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PRO F 400 LYS F 412 1 ? 13 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf1 disulf ? ? 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S ? ? A CYS 124 A H2S 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? covale8 covale ? ? B CYS 124 SG B ? ? 1_555 T H2S . S ? ? B CYS 124 B H2S 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? covale9 covale ? ? C CYS 124 SG B ? ? 1_555 DA H2S . S ? ? C CYS 124 C H2S 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? covale10 covale ? ? D CYS 124 SG B ? ? 1_555 MA H2S . S ? ? D CYS 124 D H2S 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? covale11 covale ? ? E CYS 124 SG B ? ? 1_555 WA H2S . S ? ? E CYS 124 E H2S 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? covale12 covale ? ? F CYS 124 SG B ? ? 1_555 EB H2S . S ? ? F CYS 124 F H2S 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? covale13 covale ? ? A CSS 156 SD B ? ? 1_555 K PS9 . S2 ? ? A CSS 156 A PS9 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? covale14 covale ? ? B CSS 156 SD B ? ? 1_555 U PS9 . S2 ? ? B CSS 156 B PS9 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? covale15 covale ? ? C CSS 156 SD B ? ? 1_555 EA PS9 . S2 ? ? C CSS 156 C PS9 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? covale16 covale ? ? D CSS 156 SD B ? ? 1_555 NA PS9 . S2 ? ? D CSS 156 D PS9 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? covale17 covale ? ? E CSS 156 SD B ? ? 1_555 XA PS9 . S2 ? ? E CSS 156 E PS9 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? covale18 covale ? ? F CSS 156 SD B ? ? 1_555 FB PS9 . S2 ? ? F CSS 156 F PS9 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? covale19 covale ? ? B CSS 347 SD B ? ? 1_555 V PS9 . S2 ? ? B CSS 347 B PS9 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? covale20 covale ? ? D CSS 347 SD B ? ? 1_555 OA PS9 . S2 ? ? D CSS 347 D PS9 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? covale21 covale ? ? A SER 155 C ? ? ? 1_555 A CSS 156 N ? ? A SER 155 A CSS 156 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale22 covale ? ? A CSS 156 C ? ? ? 1_555 A PHE 157 N ? ? A CSS 156 A PHE 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale23 covale ? ? A ILE 346 C ? ? ? 1_555 A CSS 347 N ? ? A ILE 346 A CSS 347 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale24 covale ? ? A CSS 347 C ? ? ? 1_555 A ILE 348 N ? ? A CSS 347 A ILE 348 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale25 covale ? ? B SER 155 C ? ? ? 1_555 B CSS 156 N ? ? B SER 155 B CSS 156 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale26 covale ? ? B CSS 156 C ? ? ? 1_555 B PHE 157 N ? ? B CSS 156 B PHE 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale27 covale ? ? B ILE 346 C ? ? ? 1_555 B CSS 347 N ? ? B ILE 346 B CSS 347 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale28 covale ? ? B CSS 347 C ? ? ? 1_555 B ILE 348 N ? ? B CSS 347 B ILE 348 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale29 covale ? ? C SER 155 C ? ? ? 1_555 C CSS 156 N ? ? C SER 155 C CSS 156 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? covale30 covale ? ? C CSS 156 C ? ? ? 1_555 C PHE 157 N ? ? C CSS 156 C PHE 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale31 covale ? ? C ILE 346 C ? ? ? 1_555 C CSS 347 N ? ? C ILE 346 C CSS 347 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale32 covale ? ? C CSS 347 C ? ? ? 1_555 C ILE 348 N ? ? C CSS 347 C ILE 348 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale33 covale ? ? D SER 155 C ? ? ? 1_555 D CSS 156 N ? ? D SER 155 D CSS 156 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale34 covale ? ? D CSS 156 C ? ? ? 1_555 D PHE 157 N ? ? D CSS 156 D PHE 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale35 covale ? ? D ILE 346 C ? ? ? 1_555 D CSS 347 N ? ? D ILE 346 D CSS 347 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale36 covale ? ? D CSS 347 C ? ? ? 1_555 D ILE 348 N ? ? D CSS 347 D ILE 348 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale37 covale ? ? E SER 155 C ? ? ? 1_555 E CSS 156 N ? ? E SER 155 E CSS 156 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale38 covale ? ? E CSS 156 C ? ? ? 1_555 E PHE 157 N ? ? E CSS 156 E PHE 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? covale39 covale ? ? E ILE 346 C ? ? ? 1_555 E CSS 347 N ? ? E ILE 346 E CSS 347 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale40 covale ? ? E CSS 347 C ? ? ? 1_555 E ILE 348 N ? ? E CSS 347 E ILE 348 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale41 covale ? ? F SER 155 C ? ? ? 1_555 F CSS 156 N ? ? F SER 155 F CSS 156 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale42 covale ? ? F CSS 156 C ? ? ? 1_555 F PHE 157 N ? ? F CSS 156 F PHE 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale43 covale ? ? F ILE 346 C ? ? ? 1_555 F CSS 347 N ? ? F ILE 346 F CSS 347 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale44 covale ? ? F CSS 347 C ? ? ? 1_555 F ILE 348 N ? ? F CSS 347 F ILE 348 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ASP 361 A . ? ASP 361 A PRO 362 A ? 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AG ? 5 ? AH ? 2 ? AI ? 3 ? AJ ? 2 ? AK ? 4 ? AL ? 3 ? AM ? 2 ? AN ? 3 ? AO ? 5 ? AP ? 2 ? AQ ? 3 ? AR ? 2 ? AS ? 4 ? AT ? 3 ? AU ? 2 ? 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CYS S-MERCAPTOCYSTEINE 11 F CSS 156 F CSS 156 ? CYS S-MERCAPTOCYSTEINE 12 F CSS 347 F CSS 347 ? CYS S-MERCAPTOCYSTEINE # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_defined_assembly ? trimeric 3 2 author_defined_assembly ? trimeric 3 3 software_defined_assembly PISA hexameric 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,C,E,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,KB,MB,OB 2 1 B,D,F,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,LB,NB,PB 3 1 ;A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB ; # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 3 'ABSA (A^2)' 33660 ? 3 MORE -514 ? 3 'SSA (A^2)' 86780 ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2009-06-09 2 'Structure model' 1 1 2009-07-14 # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? 2 2 'Structure model' repository Obsolete ? # loop_ _software.name _software.classification _software.version _software.citation_id _software.pdbx_ordinal XDS 'data collection' . ? 1 REFMAC 'model building' 5.2.0019 ? 2 REFMAC refinement 5.2.0019 ? 3 XDS 'data reduction' . ? 4 XSCALE 'data scaling' . ? 5 REFMAC phasing 5.2.0019 ? 6 # _pdbx_entry_details.entry_id 3H28 _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ;THE SIDE CHAIN OF CYS156 AND CYS347 ARE EXTENDED TO FORM A PUTATIVE POLYSULFUR CHAIN. ONE SULFUR ATOM OF THE CHAIN IS DESCRIBED AS LINKED TO THE CYS AND FORM A S-MERCAPTO-CYSTEINE, CSS. THE REST OF THE CHAIN TAKES THE FORM OF A CYCLOOCTASULFUR SPECIES PS9 IN SEVERAL MONOMERS AND MIGHT REPRESENT THE PRODUCT OF THE REACTION CATALYZED BY THE PROTEIN. H2S INDICATES A PUTATIVE S ATOM BRIDGING CYS124 AND FAD. THIS S ATOM IS POSSIBLY CONTRIBUTED BY THE SUBSTRATE OF THE PROTEIN, HYDROGEN SULFIDE. PLEASE REFER TO THE RELATED PUBLICATION FOR A MORE DETAILED DESCRIPTION OF THE PUTATIVE SULFUR LIGANDS OF THE SULFIDE:QUINONE OXIDOREDUCTASE. ; _pdbx_entry_details.sequence_details ? # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ALA A 104 ? ? -144.02 49.64 2 1 ALA A 201 ? ? -88.51 46.05 3 1 ASN A 272 ? ? -140.15 -4.69 4 1 ALA B 104 ? ? -142.71 50.89 5 1 ALA B 201 ? ? -91.86 45.23 6 1 ALA C 104 ? ? -143.35 51.50 7 1 ALA C 201 ? ? -86.12 40.86 8 1 LYS C 273 ? ? 59.84 14.07 9 1 ALA D 201 ? ? -91.59 44.63 10 1 ALA E 104 ? ? -145.17 55.88 11 1 ALA E 201 ? ? -85.45 36.62 12 1 ASN E 278 ? ? -101.45 -163.15 13 1 ALA F 104 ? ? -143.41 51.33 14 1 ALA F 201 ? ? -90.91 47.47 15 1 ASN F 272 ? ? -146.27 -2.99 # loop_ _pdbx_validate_chiral.id _pdbx_validate_chiral.PDB_model_num _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id _pdbx_validate_chiral.label_alt_id _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id _pdbx_validate_chiral.PDB_ins_code _pdbx_validate_chiral.details _pdbx_validate_chiral.omega 1 1 C4B ? 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'WRONG HAND' . # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_alt_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id 1 1 Y 1 A CSS 347 ? SD ? A CSS 347 SD 2 1 Y 1 C CSS 347 ? SD ? C CSS 347 SD 3 1 Y 1 E CSS 347 ? SD ? E CSS 347 SD 4 1 Y 1 F CSS 347 ? SD ? F CSS 347 SD 5 1 N 1 B PS9 800 ? S4 ? U PS9 1 S4 6 1 N 1 B PS9 800 ? S5 ? U PS9 1 S5 7 1 N 1 B PS9 800 ? S6 ? U PS9 1 S6 8 1 N 1 B PS9 800 ? S7 ? U PS9 1 S7 9 1 N 1 B PS9 800 ? S8 ? U PS9 1 S8 10 1 N 1 B PS9 802 ? S4 ? V PS9 1 S4 11 1 N 1 B PS9 802 ? S5 ? V PS9 1 S5 12 1 N 1 B PS9 802 ? S6 ? V PS9 1 S6 13 1 N 1 B PS9 802 ? S7 ? V PS9 1 S7 14 1 N 1 B PS9 802 ? S8 ? V PS9 1 S8 15 1 N 1 C PS9 800 ? S8 ? EA PS9 1 S8 16 1 N 1 D PS9 800 ? S4 ? NA PS9 1 S4 17 1 N 1 D PS9 800 ? S5 ? NA PS9 1 S5 18 1 N 1 D PS9 800 ? S6 ? NA PS9 1 S6 19 1 N 1 D PS9 800 ? S7 ? NA PS9 1 S7 20 1 N 1 D PS9 800 ? S8 ? NA PS9 1 S8 21 1 N 1 D PS9 802 ? S4 ? OA PS9 1 S4 22 1 N 1 D PS9 802 ? S5 ? OA PS9 1 S5 23 1 N 1 D PS9 802 ? S6 ? OA PS9 1 S6 24 1 N 1 D PS9 802 ? S7 ? OA PS9 1 S7 25 1 N 1 D PS9 802 ? S8 ? OA PS9 1 S8 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? A MET 1 2 1 Y 1 B MET 1 ? B MET 1 3 1 Y 1 C MET 1 ? C MET 1 4 1 Y 1 D MET 1 ? D MET 1 5 1 Y 1 E MET 1 ? E MET 1 6 1 Y 1 F MET 1 ? F MET 1 # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 2 'FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE' FAD 3 2-decyl-5,6-dimethoxy-3-methylcyclohexa-2,5-diene-1,4-dione DCQ 4 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE LMT 5 'HYDROSULFURIC ACID' H2S 6 octathiocane PS9 7 'SULFATE ION' SO4 8 water HOH #