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'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 3HM8 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 3.00 _exptl_crystal.density_percent_sol 58.40 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method ? _exptl_crystal_grow.temp 291 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 7.2 _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details ;reservoir solution: 16% PEG 3350, 0.20 M Ammonium Citrate, 0.1 M HEPES. 0.005 M glucose-6-phosphate, 0.005 M ADP-Mg, 0.02 M TCEP, 1:100 (w/w) trypsin was added to the protein stock solution., pH 7.2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K ; # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'ADSC QUANTUM 315' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2009-03-20 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l ? _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 0.97857 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'APS BEAMLINE 19-ID' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site APS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline 19-ID _diffrn_source.pdbx_wavelength 0.97857 _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ? # _reflns.entry_id 3HM8 _reflns.observed_criterion_sigma_I ? _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 20.000 _reflns.d_resolution_high 2.800 _reflns.number_obs 53686 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 98.4 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs ? _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI ? _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy ? _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.pdbx_diffrn_id 1 # _reflns_shell.d_res_high 2.80 _reflns_shell.d_res_low 2.90 _reflns_shell.percent_possible_all 86.8 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.66600 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs ? _reflns_shell.pdbx_redundancy ? _reflns_shell.percent_possible_obs ? _reflns_shell.number_unique_all ? _reflns_shell.number_measured_all ? _reflns_shell.number_measured_obs ? _reflns_shell.number_unique_obs ? _reflns_shell.pdbx_chi_squared ? _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 # _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.entry_id 3HM8 _refine.ls_number_reflns_obs 52939 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 20.00 _refine.ls_d_res_high 2.80 _refine.ls_percent_reflns_obs 97.2 _refine.ls_R_factor_obs 0.245 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.245 _refine.ls_R_factor_R_free 0.270 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 2.837 _refine.ls_number_reflns_R_free 1502 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min 1.00 _refine.occupancy_max 1.00 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc 0.938 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free 0.915 _refine.B_iso_mean 69.23 _refine.aniso_B[1][1] 5.54100 _refine.aniso_B[2][2] 5.54100 _refine.aniso_B[3][3] -11.08200 _refine.aniso_B[1][2] 0.00000 _refine.aniso_B[1][3] 0.00000 _refine.aniso_B[2][3] 0.00000 _refine.solvent_model_details 'MASK BULK SOLVENT' _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details 'HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE PROGRAMS CHAINSAW, PRODRG, PHENIX, COOT AND MOLPROBLITY WERE ALSO USED.' _refine.pdbx_starting_model 'pdb entry 2NZT, chain A, residues 468 through 913' _refine.pdbx_method_to_determine_struct MR _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'MAXIMUM LIKELIHOOD' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML 0.384 _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B 48.382 _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.B_iso_min ? _refine.B_iso_max ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 12521 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 112 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 12633 _refine_hist.d_res_high 2.80 _refine_hist.d_res_low 20.00 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function r_bond_refined_d 0.011 0.022 ? 12803 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_bond_other_d 0.003 0.020 ? 8173 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_angle_refined_deg 1.054 1.980 ? 17404 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_angle_other_deg 0.783 3.001 ? 19913 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_1_deg 3.864 5.000 ? 1749 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_2_deg 33.612 24.103 ? 468 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_3_deg 11.488 15.000 ? 1929 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_4_deg 12.304 15.000 ? 78 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_chiral_restr 0.059 0.200 ? 2118 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_gen_planes_refined 0.001 0.020 ? 14625 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_gen_planes_other 0.001 0.020 ? 2533 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_nbd_refined ? ? ? ? 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_refine_ls_shell.number_reflns_obs ? # loop_ _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id 1 A 1 2 B 1 3 C 1 4 D 1 1 A 2 2 B 2 3 C 2 4 D 2 1 A 3 2 B 3 3 C 3 4 D 3 1 A 4 2 B 4 3 C 4 4 D 4 1 A 5 2 B 5 3 C 5 4 D 5 # loop_ _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.selection_details _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id 1 A 479 A 773 1 1 ? ? ? ? ? ? ? ? 1 ? ? ? 2 B 479 B 773 1 1 ? ? 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_struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3HM8 _struct_keywords.text ;glucose, glucose-6-phosphate, non-protein kinase, hexokinase, STRUCTURAL GENOMICS, STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM, SGC, Allosteric enzyme, ATP-binding, Glycolysis, Kinase, Nucleotide-binding, Transferase ; _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSFERASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 2 ? H N N 3 ? I N N 2 ? J N N 3 ? K N N 2 ? L N N 3 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 SER A 2 ? ALA A 11 ? SER A 479 ALA A 488 1 ? 10 HELX_P HELX_P2 2 PRO A 12 ? ARG A 14 ? PRO A 489 ARG A 491 5 ? 3 HELX_P HELX_P3 3 ASN A 16 ? GLY A 37 ? ASN A 493 GLY A 514 1 ? 22 HELX_P HELX_P4 4 PRO A 92 ? GLN A 97 ? 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SER B 752 LEU B 770 1 ? 19 HELX_P HELX_P33 33 ILE B 302 ? THR B 307 ? ILE B 779 THR B 784 5 ? 6 HELX_P HELX_P34 34 LYS B 312 ? GLU B 320 ? LYS B 789 GLU B 797 1 ? 9 HELX_P HELX_P35 35 ALA B 325 ? LEU B 336 ? ALA B 802 LEU B 813 1 ? 12 HELX_P HELX_P36 36 THR B 341 ? ARG B 378 ? THR B 818 ARG B 855 1 ? 38 HELX_P HELX_P37 37 GLY B 391 ? HIS B 397 ? GLY B 868 HIS B 874 1 ? 7 HELX_P HELX_P38 38 ARG B 399 ? ALA B 412 ? ARG B 876 ALA B 889 1 ? 14 HELX_P HELX_P39 39 GLY B 425 ? GLN B 442 ? GLY B 902 GLN B 919 1 ? 18 HELX_P HELX_P40 40 ARG C 3 ? ALA C 11 ? ARG C 480 ALA C 488 1 ? 9 HELX_P HELX_P41 41 PRO C 12 ? ARG C 14 ? PRO C 489 ARG C 491 5 ? 3 HELX_P HELX_P42 42 ASN C 16 ? GLY C 37 ? ASN C 493 GLY C 514 1 ? 22 HELX_P HELX_P43 43 PRO C 92 ? GLN C 97 ? PRO C 569 GLN C 574 1 ? 6 HELX_P HELX_P44 44 SER C 99 ? GLY C 119 ? SER C 576 GLY C 596 1 ? 21 HELX_P HELX_P45 45 ASP C 161 ? GLN C 174 ? ASP C 638 GLN C 651 1 ? 14 HELX_P HELX_P46 46 ASN C 185 ? TYR C 196 ? ASN C 662 TYR C 673 1 ? 12 HELX_P HELX_P47 47 ARG C 220 ? VAL C 222 ? ARG C 697 VAL C 699 5 ? 3 HELX_P HELX_P48 48 GLU C 237 ? PHE C 241 ? GLU C 714 PHE C 718 5 ? 5 HELX_P HELX_P49 49 THR C 252 ? ALA C 261 ? THR C 729 ALA C 738 1 ? 10 HELX_P HELX_P50 50 PHE C 270 ? ILE C 274 ? PHE C 747 ILE C 751 5 ? 5 HELX_P HELX_P51 51 SER C 275 ? LEU C 293 ? SER C 752 LEU C 770 1 ? 19 HELX_P HELX_P52 52 ILE C 302 ? THR C 307 ? ILE C 779 THR C 784 5 ? 6 HELX_P HELX_P53 53 LYS C 312 ? GLU C 320 ? LYS C 789 GLU C 797 1 ? 9 HELX_P HELX_P54 54 ALA C 325 ? ASP C 335 ? ALA C 802 ASP C 812 1 ? 11 HELX_P HELX_P55 55 THR C 341 ? ARG C 378 ? THR C 818 ARG C 855 1 ? 38 HELX_P HELX_P56 56 GLY C 391 ? HIS C 397 ? GLY C 868 HIS C 874 1 ? 7 HELX_P HELX_P57 57 ARG C 399 ? ALA C 412 ? ARG C 876 ALA C 889 1 ? 14 HELX_P HELX_P58 58 GLY C 425 ? GLN C 442 ? GLY C 902 GLN C 919 1 ? 18 HELX_P HELX_P59 59 SER D 2 ? ALA D 11 ? SER D 479 ALA D 488 1 ? 10 HELX_P HELX_P60 60 PRO D 12 ? ARG D 14 ? 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THR D 818 ARG D 855 1 ? 38 HELX_P HELX_P75 75 GLY D 391 ? HIS D 397 ? GLY D 868 HIS D 874 1 ? 7 HELX_P HELX_P76 76 ARG D 399 ? ALA D 412 ? ARG D 876 ALA D 889 1 ? 14 HELX_P HELX_P77 77 GLY D 425 ? GLN D 442 ? GLY D 902 GLN D 919 1 ? 18 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 6 ? B ? 5 ? C ? 2 ? D ? 6 ? E ? 5 ? F ? 2 ? G ? 6 ? H ? 5 ? I ? 2 ? J ? 6 ? K ? 5 ? 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