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B ARG 412 CG 2814 1 Y 1 B ARG 412 ? CD ? B ARG 412 CD 2815 1 Y 1 B ARG 412 ? NE ? B ARG 412 NE 2816 1 Y 1 B ARG 412 ? CZ ? B ARG 412 CZ 2817 1 Y 1 B ARG 412 ? NH1 ? B ARG 412 NH1 2818 1 Y 1 B ARG 412 ? NH2 ? B ARG 412 NH2 2819 1 Y 1 B VAL 413 ? CB ? B VAL 413 CB 2820 1 Y 1 B VAL 413 ? CG1 ? B VAL 413 CG1 2821 1 Y 1 B VAL 413 ? CG2 ? B VAL 413 CG2 2822 1 Y 1 B VAL 414 ? CB ? B VAL 414 CB 2823 1 Y 1 B VAL 414 ? CG1 ? B VAL 414 CG1 2824 1 Y 1 B VAL 414 ? CG2 ? B VAL 414 CG2 2825 1 Y 1 B VAL 415 ? CB ? B VAL 415 CB 2826 1 Y 1 B VAL 415 ? CG1 ? B VAL 415 CG1 2827 1 Y 1 B VAL 415 ? CG2 ? B VAL 415 CG2 2828 1 Y 1 B THR 416 ? CB ? B THR 416 CB 2829 1 Y 1 B THR 416 ? OG1 ? B THR 416 OG1 2830 1 Y 1 B THR 416 ? CG2 ? B THR 416 CG2 2831 1 Y 1 B THR 417 ? CB ? B THR 417 CB 2832 1 Y 1 B THR 417 ? OG1 ? B THR 417 OG1 2833 1 Y 1 B THR 417 ? CG2 ? B THR 417 CG2 2834 1 Y 1 B SER 418 ? CB ? B SER 418 CB 2835 1 Y 1 B SER 418 ? OG ? B SER 418 OG 2836 1 Y 1 B LEU 419 ? CB ? B LEU 419 CB 2837 1 Y 1 B LEU 419 ? CG ? B LEU 419 CG 2838 1 Y 1 B LEU 419 ? CD1 ? B LEU 419 CD1 2839 1 Y 1 B LEU 419 ? CD2 ? B LEU 419 CD2 2840 1 Y 1 B SER 420 ? CB ? B SER 420 CB 2841 1 Y 1 B SER 420 ? OG ? B SER 420 OG 2842 1 Y 1 B VAL 421 ? CB ? B VAL 421 CB 2843 1 Y 1 B VAL 421 ? CG1 ? B VAL 421 CG1 2844 1 Y 1 B VAL 421 ? CG2 ? B VAL 421 CG2 2845 1 Y 1 B SER 422 ? CB ? B SER 422 CB 2846 1 Y 1 B SER 422 ? OG ? B SER 422 OG 2847 1 Y 1 B GLN 423 ? CB ? B GLN 423 CB 2848 1 Y 1 B GLN 423 ? CG ? B GLN 423 CG 2849 1 Y 1 B GLN 423 ? CD ? B GLN 423 CD 2850 1 Y 1 B GLN 423 ? OE1 ? B GLN 423 OE1 2851 1 Y 1 B GLN 423 ? NE2 ? B GLN 423 NE2 2852 1 Y 1 B ARG 424 ? CB ? B ARG 424 CB 2853 1 Y 1 B ARG 424 ? CG ? B ARG 424 CG 2854 1 Y 1 B ARG 424 ? CD ? B ARG 424 CD 2855 1 Y 1 B ARG 424 ? NE ? B ARG 424 NE 2856 1 Y 1 B ARG 424 ? CZ ? B ARG 424 CZ 2857 1 Y 1 B ARG 424 ? NH1 ? B ARG 424 NH1 2858 1 Y 1 B ARG 424 ? NH2 ? B ARG 424 NH2 2859 1 Y 1 B ALA 425 ? CB ? B ALA 425 CB 2860 1 Y 1 B THR 426 ? CB ? B THR 426 CB 2861 1 Y 1 B THR 426 ? OG1 ? B THR 426 OG1 2862 1 Y 1 B THR 426 ? CG2 ? B THR 426 CG2 2863 1 Y 1 B GLU 427 ? CB ? B GLU 427 CB 2864 1 Y 1 B GLU 427 ? CG ? B GLU 427 CG 2865 1 Y 1 B GLU 427 ? CD ? B GLU 427 CD 2866 1 Y 1 B GLU 427 ? OE1 ? B GLU 427 OE1 2867 1 Y 1 B GLU 427 ? OE2 ? B GLU 427 OE2 2868 1 Y 1 B PHE 428 ? CB ? B PHE 428 CB 2869 1 Y 1 B PHE 428 ? CG ? B PHE 428 CG 2870 1 Y 1 B PHE 428 ? CD1 ? B PHE 428 CD1 2871 1 Y 1 B PHE 428 ? CD2 ? B PHE 428 CD2 2872 1 Y 1 B PHE 428 ? CE1 ? B PHE 428 CE1 2873 1 Y 1 B PHE 428 ? CE2 ? B PHE 428 CE2 2874 1 Y 1 B PHE 428 ? CZ ? B PHE 428 CZ 2875 1 Y 1 B CYS 429 ? CB ? B CYS 429 CB 2876 1 Y 1 B CYS 429 ? SG ? B CYS 429 SG 2877 1 Y 1 B GLN 430 ? CB ? B GLN 430 CB 2878 1 Y 1 B GLN 430 ? CG ? B GLN 430 CG 2879 1 Y 1 B GLN 430 ? CD ? B GLN 430 CD 2880 1 Y 1 B GLN 430 ? OE1 ? B GLN 430 OE1 2881 1 Y 1 B GLN 430 ? NE2 ? B GLN 430 NE2 2882 1 Y 1 B MET 431 ? CB ? B MET 431 CB 2883 1 Y 1 B MET 431 ? CG ? B MET 431 CG 2884 1 Y 1 B MET 431 ? SD ? B MET 431 SD 2885 1 Y 1 B MET 431 ? CE ? B MET 431 CE 2886 1 Y 1 B ASP 432 ? CB ? B ASP 432 CB 2887 1 Y 1 B ASP 432 ? CG ? B ASP 432 CG 2888 1 Y 1 B ASP 432 ? OD1 ? B ASP 432 OD1 2889 1 Y 1 B ASP 432 ? OD2 ? B ASP 432 OD2 2890 1 Y 1 B TRP 433 ? CB ? B TRP 433 CB 2891 1 Y 1 B TRP 433 ? CG ? B TRP 433 CG 2892 1 Y 1 B TRP 433 ? CD1 ? B TRP 433 CD1 2893 1 Y 1 B TRP 433 ? CD2 ? B TRP 433 CD2 2894 1 Y 1 B TRP 433 ? NE1 ? B TRP 433 NE1 2895 1 Y 1 B TRP 433 ? CE2 ? B TRP 433 CE2 2896 1 Y 1 B TRP 433 ? CE3 ? B TRP 433 CE3 2897 1 Y 1 B TRP 433 ? CZ2 ? B TRP 433 CZ2 2898 1 Y 1 B TRP 433 ? CZ3 ? B TRP 433 CZ3 2899 1 Y 1 B TRP 433 ? CH2 ? B TRP 433 CH2 2900 1 Y 1 B ARG 434 ? CB ? B ARG 434 CB 2901 1 Y 1 B ARG 434 ? CG ? B ARG 434 CG 2902 1 Y 1 B ARG 434 ? CD ? B ARG 434 CD 2903 1 Y 1 B ARG 434 ? NE ? B ARG 434 NE 2904 1 Y 1 B ARG 434 ? CZ ? B ARG 434 CZ 2905 1 Y 1 B ARG 434 ? NH1 ? B ARG 434 NH1 2906 1 Y 1 B ARG 434 ? NH2 ? B ARG 434 NH2 # _cell.entry_id 3IYM _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.length_a_esd ? _cell.length_b_esd ? _cell.length_c_esd ? _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma_esd ? # _symmetry.entry_id 3IYM _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? # _exptl.entry_id 3IYM _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.crystals_number ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 3168 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 3168 _refine_hist.d_res_high . _refine_hist.d_res_low . # _database_PDB_matrix.entry_id 3IYM _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 3IYM _struct.title 'Backbone Trace of the Capsid Protein Dimer of a Fungal Partitivirus from Electron Cryomicroscopy and Homology Modeling' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3IYM _struct_keywords.pdbx_keywords VIRUS _struct_keywords.text 'dsRNA virus, icosahedral virus, partitivirus, Penicillium stoloniferum virus S, PsV-S, VIRUS' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code Q6YDQ6_9VIRU _struct_ref.pdbx_db_accession Q6YDQ6 _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ;MSSIAPTDSVSSSGKRSKPGKRERQQARSAVGSAGGKPASASKAAAFAQGGSSDPVPMPGKYPVVFSTGAGEPTRDQEFA LPVHKAFPLFGSVSDKYRRNPRYAEFRAHSEFTDGVFGTHLAVSSLLRLAQQLVHAHVNMGLPLGDFAPLASSDVRIPSA LASVVNQFGEFSSPSIGTRFLLRDYEHAVSRVVFLADQLWTNGNSHHIFARSWLPMSNNDGNFKTIVASRLLEFISAGDL SILPTVLEDAVLSGEVPEAWEQVKDLLGDAPGVGQVDRRDRFDFLFKSYADVGQFTTAFTTQAASDVLTELGLPWNSPSA GHLNWQYSTKQRFTFLADTWAKLSAAYSQFFELSSGLATRQSATGSHAQMVDLTSVEGVTVLKAALALSAPEFSLAACFP PSCIFVGGITRRVVVTTSLSVSQRATEFCQMDWR ; _struct_ref.pdbx_align_begin 1 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 3IYM A 1 ? 434 ? 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UNP Q6YDQ6 ILE 409 conflict 409 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 'complete icosahedral assembly' ? 120-MERIC 120 2 'icosahedral asymmetric unit' ? dimeric 2 3 'icosahedral pentamer' ? decameric 10 4 'icosahedral 23 hexamer' ? dodecameric 12 5 'icosahedral asymmetric unit, std point frame' ? dimeric 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 '(1-60)' A,B 2 1 A,B 3 '(1-5)' A,B 4 '(1,2,6,10,23,24)' A,B 5 P A,B # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] P 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 2 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 -0.80901699 0.50000000 0.00000 0.80901699 0.50000000 0.30901699 0.00000 -0.50000000 0.30901699 0.80901699 0.00000 3 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.50000000 0.30901699 0.00000 0.50000000 -0.30901699 0.80901699 0.00000 -0.30901699 0.80901699 0.50000000 0.00000 4 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.50000000 -0.30901699 0.00000 -0.50000000 -0.30901699 0.80901699 0.00000 0.30901699 0.80901699 0.50000000 0.00000 5 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.80901699 -0.50000000 0.00000 -0.80901699 0.50000000 0.30901699 0.00000 0.50000000 0.30901699 0.80901699 0.00000 6 'point symmetry operation' ? ? -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 7 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 0.80901699 -0.50000000 0.00000 -0.80901699 -0.50000000 -0.30901699 0.00000 -0.50000000 0.30901699 0.80901699 0.00000 8 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 0.50000000 -0.30901699 0.00000 -0.50000000 0.30901699 -0.80901699 0.00000 -0.30901699 0.80901699 0.50000000 0.00000 9 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 -0.50000000 0.30901699 0.00000 0.50000000 0.30901699 -0.80901699 0.00000 0.30901699 0.80901699 0.50000000 0.00000 10 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 -0.80901699 0.50000000 0.00000 0.80901699 -0.50000000 -0.30901699 0.00000 0.50000000 0.30901699 0.80901699 0.00000 11 'point symmetry operation' ? ? -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 12 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 0.80901699 -0.50000000 0.00000 0.80901699 0.50000000 0.30901699 0.00000 0.50000000 -0.30901699 -0.80901699 0.00000 13 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 0.50000000 -0.30901699 0.00000 0.50000000 -0.30901699 0.80901699 0.00000 0.30901699 -0.80901699 -0.50000000 0.00000 14 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 -0.50000000 0.30901699 0.00000 -0.50000000 -0.30901699 0.80901699 0.00000 -0.30901699 -0.80901699 -0.50000000 0.00000 15 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 -0.80901699 0.50000000 0.00000 -0.80901699 0.50000000 0.30901699 0.00000 -0.50000000 -0.30901699 -0.80901699 0.00000 16 'point symmetry operation' ? ? 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 17 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 -0.80901699 0.50000000 0.00000 -0.80901699 -0.50000000 -0.30901699 0.00000 0.50000000 -0.30901699 -0.80901699 0.00000 18 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.50000000 0.30901699 0.00000 -0.50000000 0.30901699 -0.80901699 0.00000 0.30901699 -0.80901699 -0.50000000 0.00000 19 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.50000000 -0.30901699 0.00000 0.50000000 0.30901699 -0.80901699 0.00000 -0.30901699 -0.80901699 -0.50000000 0.00000 20 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.80901699 -0.50000000 0.00000 0.80901699 -0.50000000 -0.30901699 0.00000 -0.50000000 -0.30901699 -0.80901699 0.00000 21 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 22 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 0.30901699 0.80901699 0.00000 0.30901699 -0.80901699 0.50000000 0.00000 0.80901699 0.50000000 0.30901699 0.00000 23 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 0.80901699 0.50000000 0.00000 -0.80901699 -0.50000000 0.30901699 0.00000 0.50000000 -0.30901699 0.80901699 0.00000 24 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.80901699 0.50000000 0.00000 -0.80901699 0.50000000 -0.30901699 0.00000 -0.50000000 -0.30901699 0.80901699 0.00000 25 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.30901699 0.80901699 0.00000 0.30901699 0.80901699 -0.50000000 0.00000 -0.80901699 0.50000000 0.30901699 0.00000 26 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 27 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 0.30901699 0.80901699 0.00000 -0.30901699 0.80901699 -0.50000000 0.00000 -0.80901699 -0.50000000 -0.30901699 0.00000 28 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 0.80901699 0.50000000 0.00000 0.80901699 0.50000000 -0.30901699 0.00000 -0.50000000 0.30901699 -0.80901699 0.00000 29 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.80901699 0.50000000 0.00000 0.80901699 -0.50000000 0.30901699 0.00000 0.50000000 0.30901699 -0.80901699 0.00000 30 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.30901699 0.80901699 0.00000 -0.30901699 -0.80901699 0.50000000 0.00000 0.80901699 -0.50000000 -0.30901699 0.00000 31 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 32 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.30901699 -0.80901699 0.00000 -0.30901699 0.80901699 -0.50000000 0.00000 0.80901699 0.50000000 0.30901699 0.00000 33 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 -0.80901699 -0.50000000 0.00000 0.80901699 0.50000000 -0.30901699 0.00000 0.50000000 -0.30901699 0.80901699 0.00000 34 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 -0.80901699 -0.50000000 0.00000 0.80901699 -0.50000000 0.30901699 0.00000 -0.50000000 -0.30901699 0.80901699 0.00000 35 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.30901699 -0.80901699 0.00000 -0.30901699 -0.80901699 0.50000000 0.00000 -0.80901699 0.50000000 0.30901699 0.00000 36 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 37 'point symmetry operation' ? 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? -0.50000000 -0.30901699 0.80901699 0.00000 0.30901699 0.80901699 0.50000000 0.00000 -0.80901699 0.50000000 -0.30901699 0.00000 45 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.50000000 0.30901699 0.00000 0.50000000 0.30901699 0.80901699 0.00000 0.30901699 0.80901699 -0.50000000 0.00000 46 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 47 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.50000000 -0.30901699 0.00000 -0.50000000 0.30901699 0.80901699 0.00000 -0.30901699 0.80901699 -0.50000000 0.00000 48 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 0.30901699 -0.80901699 0.00000 -0.30901699 0.80901699 0.50000000 0.00000 0.80901699 0.50000000 -0.30901699 0.00000 49 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.30901699 -0.80901699 0.00000 0.30901699 0.80901699 0.50000000 0.00000 0.80901699 -0.50000000 0.30901699 0.00000 50 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 -0.50000000 -0.30901699 0.00000 0.50000000 0.30901699 0.80901699 0.00000 -0.30901699 -0.80901699 0.50000000 0.00000 51 'point symmetry operation' ? 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