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DO ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? parallel A 2 3 ? parallel A 3 4 ? parallel A 4 5 ? parallel B 1 2 ? anti-parallel B 2 3 ? anti-parallel C 1 2 ? anti-parallel C 2 3 ? anti-parallel C 3 4 ? anti-parallel D 1 2 ? anti-parallel D 2 3 ? anti-parallel D 3 4 ? anti-parallel E 1 2 ? anti-parallel E 2 3 ? anti-parallel E 3 4 ? anti-parallel F 1 2 ? anti-parallel F 2 3 ? anti-parallel F 3 4 ? anti-parallel G 1 2 ? anti-parallel G 2 3 ? anti-parallel G 3 4 ? anti-parallel H 1 2 ? anti-parallel H 2 3 ? anti-parallel H 3 4 ? anti-parallel I 1 2 ? anti-parallel J 1 2 ? anti-parallel J 2 3 ? anti-parallel J 3 4 ? anti-parallel K 1 2 ? anti-parallel K 2 3 ? anti-parallel K 3 4 ? anti-parallel L 1 2 ? anti-parallel L 2 3 ? anti-parallel M 1 2 ? anti-parallel M 2 3 ? anti-parallel N 1 2 ? anti-parallel N 2 3 ? anti-parallel N 3 4 ? anti-parallel O 1 2 ? anti-parallel O 2 3 ? anti-parallel O 3 4 ? anti-parallel P 1 2 ? anti-parallel P 2 3 ? anti-parallel P 3 4 ? anti-parallel Q 1 2 ? anti-parallel Q 2 3 ? anti-parallel R 1 2 ? parallel R 2 3 ? parallel R 3 4 ? parallel R 4 5 ? parallel S 1 2 ? anti-parallel S 2 3 ? anti-parallel T 1 2 ? anti-parallel T 2 3 ? anti-parallel T 3 4 ? anti-parallel U 1 2 ? anti-parallel U 2 3 ? anti-parallel U 3 4 ? anti-parallel V 1 2 ? anti-parallel V 2 3 ? anti-parallel V 3 4 ? anti-parallel W 1 2 ? anti-parallel W 2 3 ? anti-parallel W 3 4 ? anti-parallel X 1 2 ? anti-parallel X 2 3 ? anti-parallel X 3 4 ? anti-parallel Y 1 2 ? anti-parallel Y 2 3 ? anti-parallel Y 3 4 ? anti-parallel Z 1 2 ? anti-parallel AA 1 2 ? anti-parallel AA 2 3 ? anti-parallel AA 3 4 ? anti-parallel AB 1 2 ? anti-parallel AB 2 3 ? anti-parallel AB 3 4 ? anti-parallel AC 1 2 ? anti-parallel AC 2 3 ? anti-parallel AD 1 2 ? anti-parallel AD 2 3 ? anti-parallel AE 1 2 ? anti-parallel AE 2 3 ? anti-parallel AE 3 4 ? anti-parallel AF 1 2 ? anti-parallel AF 2 3 ? 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G . n G 1 1257 HIS 1257 1251 ? ? ? G . n G 1 1258 HIS 1258 1252 ? ? ? G . n G 1 1259 HIS 1259 1253 ? ? ? G . n G 1 1260 HIS 1260 1254 ? ? ? G . n G 1 1261 HIS 1261 1255 ? ? ? G . n G 1 1262 HIS 1262 1256 ? ? ? G . n G 1 1263 HIS 1263 1257 ? ? ? G . n # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code H 2 ATP 1 1258 1 ATP ATP A . I 2 ATP 1 1258 1 ATP ATP B . J 2 ATP 1 1258 1 ATP ATP C . K 2 ATP 1 1258 1 ATP ATP D . L 2 ATP 1 1258 1 ATP ATP E . M 2 ATP 1 1258 1 ATP ATP F . N 2 ATP 1 1258 1 ATP ATP G . # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _pdbx_point_symmetry.entry_id 3IYT _pdbx_point_symmetry.Schoenflies_symbol C _pdbx_point_symmetry.circular_symmetry 7 _pdbx_point_symmetry.H-M_notation ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2010-05-19 2 'Structure model' 1 1 2010-11-03 # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? 2 2 'Structure model' repository Obsolete ? # loop_ _em_3d_fitting.id _em_3d_fitting.entry_id _em_3d_fitting.ref_space _em_3d_fitting.ref_protocol _em_3d_fitting.target_criteria _em_3d_fitting.overall_b_value _em_3d_fitting.method _em_3d_fitting.details 1 3IYT REAL 'rigid body for each domain' 'cross correlation' ? 'Fit in Map' ;After chimera fitting, Flex-EM was used to improve fitting and minimize collisions. The beta propellers were modeled using the map as a restraint, sequence alignments and the crystal structure of actin interacting protein 1. ; 2 3IYT REAL ? ? ? 'homology modeling of 7-blade propeller' 'scaffold of actin interacting protein-1 (1pgu) was used to orient the propeller in our map.' 3 3IYT REAL ? ? ? 'homology modeling of 8-blade propeller' 'scaffold of actin interacting protein-1 (1pgu) was used to orient the propeller in our map.' # loop_ _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id 1 1 1Z6T 1Z6T_A 2 2 1vyh ? 3 3 1r5m ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 3IYT _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method 'projection matching' _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size 2.26 _em_3d_reconstruction.resolution 9.5 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details ;Final map contains 34000 particles. Setsf filtration was applied to the final map to boost amplitude at high resolution range and in the last cycles of refinement. ; _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC at 0.5 cut-off and R measurement' _em_3d_reconstruction.num_particles 42000 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 592 _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.symmetry_type ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id ? _em_buffer.name 'low salt HEPES buffer' _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.details ? # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 PROTEIN Apaf-1 ;Apaf-1 was co-assembled with cytochrome c and dATP to obtain the apoptosome. A procaspase-9 mutant, which has a thrombin site in the linker between CARD and catalytic domain, was added to the complex. Thrombin was used to cleave off the procaspase-9 catalytic domain. N-terminal domain was modeled based on the crystal structure. ; ? ? ? 2 ? Apaf-1 '7-blade propeller model' ? ? ? 3 ? Apaf-1 '8-blade propeller model' ? ? ? # _em_image_scans.entry_id 3IYT _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.entry_id 3IYT _em_imaging.id 1 _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature 96 _em_imaging.microscope_model 'FEI TECNAI F20' _em_imaging.nominal_defocus_min 1500 _em_imaging.nominal_defocus_max 3000 _em_imaging.tilt_angle_min 0.0 _em_imaging.tilt_angle_max 0.0 _em_imaging.nominal_cs 2 _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.nominal_magnification 62000 _em_imaging.calibrated_magnification 62000 _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 120 _em_imaging.details ? _em_imaging.specimen_holder_type 'Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder.' _em_imaging.specimen_holder_model 'GATAN LIQUID NITROGEN' _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.detector_distance 0.0 _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.astigmatism 'objective lens astigmatism was corrected at 200,000 times magnification' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.specimen_id 1 # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.details 'Quantifoil R1.2/1.3 holey grids' _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.specimen_id 1 # _em_vitrification.entry_id 3IYT _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.details ? _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp 77 _em_vitrification.instrument 'Vitrobot Mark 3 (FEI)' _em_vitrification.method 'Blot for 2-3 seconds at 20C before plunging' _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.specimen_id 1 # _em_experiment.entry_id 3IYT _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.id 1 _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.aggregation_state ? # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 O E GLU 116 ? ? 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CG1 E ILE 229 ? ? 2.15 # loop_ _pdbx_validate_rmsd_bond.id _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_target_value _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_bond.linker_flag 1 1 CB A TYR 361 ? ? CG A TYR 361 ? ? 1.388 1.512 -0.124 0.015 N 2 1 CB B TYR 361 ? ? CG B TYR 361 ? ? 1.388 1.512 -0.124 0.015 N 3 1 CB C TYR 361 ? ? CG C TYR 361 ? ? 1.388 1.512 -0.124 0.015 N 4 1 CB D TYR 361 ? ? 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N B TYR 361 ? ? CA B TYR 361 ? ? 92.67 121.70 -29.03 2.50 Y 38 1 CB B TYR 361 ? ? CA B TYR 361 ? ? C B TYR 361 ? ? 88.41 110.40 -21.99 2.00 N 39 1 N B TYR 361 ? ? CA B TYR 361 ? ? CB B TYR 361 ? ? 126.75 110.60 16.15 1.80 N 40 1 CD1 B TYR 361 ? ? CG B TYR 361 ? ? CD2 B TYR 361 ? ? 130.03 117.90 12.13 1.10 N 41 1 CB B TYR 361 ? ? CG B TYR 361 ? ? CD1 B TYR 361 ? ? 111.79 121.00 -9.21 0.60 N 42 1 CG B TYR 361 ? ? CD2 B TYR 361 ? ? CE2 B TYR 361 ? ? 112.25 121.30 -9.05 0.80 N 43 1 CG B MET 374 ? ? SD B MET 374 ? ? CE B MET 374 ? ? 87.37 100.20 -12.83 1.60 N 44 1 CB B VAL 393 ? ? CA B VAL 393 ? ? C B VAL 393 ? ? 98.82 111.40 -12.58 1.90 N 45 1 CB B ASP 405 ? ? CG B ASP 405 ? ? OD2 B ASP 405 ? ? 112.89 118.30 -5.41 0.90 N 46 1 CB B ASP 479 ? ? CA B ASP 479 ? ? C B ASP 479 ? ? 94.57 110.40 -15.83 2.00 N 47 1 C B VAL 920 ? ? N B MET 921 ? ? CA B MET 921 ? ? 104.80 121.70 -16.90 2.50 Y 48 1 N B PRO 1119 ? ? CA B PRO 1119 ? ? C B PRO 1119 ? ? 128.90 112.10 16.80 2.60 N 49 1 CB C PHE 126 ? ? 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CA D PHE 126 ? ? CB D PHE 126 ? ? 128.00 110.60 17.40 1.80 N 74 1 CB D ASP 170 ? ? CG D ASP 170 ? ? OD1 D ASP 170 ? ? 123.73 118.30 5.43 0.90 N 75 1 NE D ARG 205 ? ? CZ D ARG 205 ? ? NH1 D ARG 205 ? ? 123.74 120.30 3.44 0.50 N 76 1 NE D ARG 205 ? ? CZ D ARG 205 ? ? NH2 D ARG 205 ? ? 117.00 120.30 -3.30 0.50 N 77 1 C D PHE 334 ? ? N D PRO 335 ? ? CA D PRO 335 ? ? 129.46 119.30 10.16 1.50 Y 78 1 CA D ASN 347 ? ? CB D ASN 347 ? ? CG D ASN 347 ? ? 92.04 113.40 -21.36 2.20 N 79 1 CB D PHE 350 ? ? CG D PHE 350 ? ? CD1 D PHE 350 ? ? 116.60 120.80 -4.20 0.70 N 80 1 CB D SER 358 ? ? CA D SER 358 ? ? C D SER 358 ? ? 98.61 110.10 -11.49 1.90 N 81 1 CB D TYR 359 ? ? CG D TYR 359 ? ? CD2 D TYR 359 ? ? 130.00 121.00 9.00 0.60 N 82 1 CB D TYR 359 ? ? CG D TYR 359 ? ? CD1 D TYR 359 ? ? 108.52 121.00 -12.48 0.60 N 83 1 CA D ASP 360 ? ? CB D ASP 360 ? ? CG D ASP 360 ? ? 95.47 113.40 -17.93 2.20 N 84 1 C D ASP 360 ? ? N D TYR 361 ? ? CA D TYR 361 ? ? 92.67 121.70 -29.03 2.50 Y 85 1 CB D TYR 361 ? ? 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