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ARG 1057 F 1 -3.78 37 LYS 397 G . ? LYS 391 G ASP 398 G ? ASP 392 G 1 -29.80 38 GLN 564 G . ? GLN 558 G PRO 565 G ? PRO 559 G 1 -0.83 39 GLU 1032 G . ? GLU 1026 G ILE 1033 G ? ILE 1027 G 1 -22.33 40 GLU 1051 G . ? GLU 1045 G THR 1052 G ? THR 1046 G 1 -12.88 41 LYS 1054 G . ? LYS 1048 G ASP 1055 G ? ASP 1049 G 1 -6.25 42 SER 1062 G . ? SER 1056 G ARG 1063 G ? ARG 1057 G 1 -3.74 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 5 ? B ? 3 ? C ? 4 ? D ? 4 ? E ? 4 ? F ? 4 ? G ? 4 ? H ? 4 ? I ? 2 ? J ? 4 ? K ? 4 ? L ? 3 ? M ? 3 ? N ? 4 ? O ? 4 ? P ? 4 ? Q ? 3 ? R ? 5 ? S ? 3 ? T ? 4 ? U ? 4 ? V ? 4 ? W ? 4 ? X ? 4 ? Y ? 4 ? Z ? 2 ? AA ? 4 ? AB ? 4 ? AC ? 3 ? AD ? 3 ? AE ? 4 ? AF ? 4 ? AG ? 4 ? AH ? 3 ? AI ? 5 ? AJ ? 3 ? AK ? 4 ? AL ? 4 ? AM ? 4 ? AN ? 4 ? AO ? 4 ? AP ? 4 ? AQ ? 2 ? AR ? 4 ? AS ? 4 ? AT ? 3 ? AU ? 3 ? AV ? 4 ? AW ? 4 ? AX ? 4 ? AY ? 3 ? AZ ? 5 ? BA ? 3 ? BB ? 4 ? BC ? 4 ? BD ? 4 ? BE ? 4 ? BF ? 4 ? BG ? 4 ? BH ? 2 ? BI ? 4 ? BJ ? 4 ? BK ? 3 ? BL ? 3 ? BM ? 4 ? BN ? 4 ? BO ? 4 ? BP ? 3 ? BQ ? 5 ? BR ? 3 ? BS ? 4 ? BT ? 4 ? BU ? 4 ? BV ? 4 ? BW ? 4 ? BX ? 4 ? BY ? 2 ? BZ ? 4 ? CA ? 4 ? CB ? 3 ? CC ? 3 ? CD ? 4 ? CE ? 4 ? CF ? 4 ? CG ? 3 ? CH ? 5 ? CI ? 3 ? CJ ? 4 ? CK ? 4 ? CL ? 4 ? CM ? 4 ? CN ? 4 ? CO ? 4 ? CP ? 2 ? CQ ? 4 ? CR ? 4 ? CS ? 3 ? CT ? 3 ? CU ? 4 ? CV ? 4 ? CW ? 4 ? CX ? 3 ? CY ? 5 ? CZ ? 3 ? DA ? 4 ? DB ? 4 ? DC ? 4 ? DD ? 4 ? DE ? 4 ? DF ? 4 ? DG ? 2 ? DH ? 4 ? DI ? 4 ? DJ ? 3 ? DK ? 3 ? DL ? 4 ? DM ? 4 ? DN ? 4 ? DO ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? parallel A 2 3 ? parallel A 3 4 ? parallel A 4 5 ? parallel B 1 2 ? anti-parallel B 2 3 ? anti-parallel C 1 2 ? anti-parallel C 2 3 ? anti-parallel C 3 4 ? anti-parallel D 1 2 ? anti-parallel D 2 3 ? anti-parallel D 3 4 ? anti-parallel E 1 2 ? anti-parallel E 2 3 ? anti-parallel E 3 4 ? anti-parallel F 1 2 ? anti-parallel F 2 3 ? anti-parallel F 3 4 ? anti-parallel G 1 2 ? anti-parallel G 2 3 ? anti-parallel G 3 4 ? anti-parallel H 1 2 ? anti-parallel H 2 3 ? anti-parallel H 3 4 ? anti-parallel I 1 2 ? anti-parallel J 1 2 ? anti-parallel J 2 3 ? anti-parallel J 3 4 ? anti-parallel K 1 2 ? anti-parallel K 2 3 ? anti-parallel K 3 4 ? anti-parallel L 1 2 ? anti-parallel L 2 3 ? anti-parallel M 1 2 ? anti-parallel M 2 3 ? anti-parallel N 1 2 ? anti-parallel N 2 3 ? anti-parallel N 3 4 ? anti-parallel O 1 2 ? anti-parallel O 2 3 ? anti-parallel O 3 4 ? anti-parallel P 1 2 ? anti-parallel P 2 3 ? anti-parallel P 3 4 ? anti-parallel Q 1 2 ? anti-parallel Q 2 3 ? anti-parallel R 1 2 ? parallel R 2 3 ? parallel R 3 4 ? parallel R 4 5 ? parallel S 1 2 ? anti-parallel S 2 3 ? anti-parallel T 1 2 ? anti-parallel T 2 3 ? anti-parallel T 3 4 ? anti-parallel U 1 2 ? anti-parallel U 2 3 ? anti-parallel U 3 4 ? anti-parallel V 1 2 ? anti-parallel V 2 3 ? anti-parallel V 3 4 ? anti-parallel W 1 2 ? anti-parallel W 2 3 ? anti-parallel W 3 4 ? anti-parallel X 1 2 ? anti-parallel X 2 3 ? anti-parallel X 3 4 ? anti-parallel Y 1 2 ? anti-parallel Y 2 3 ? anti-parallel Y 3 4 ? anti-parallel Z 1 2 ? anti-parallel AA 1 2 ? anti-parallel AA 2 3 ? anti-parallel AA 3 4 ? anti-parallel AB 1 2 ? anti-parallel AB 2 3 ? anti-parallel AB 3 4 ? anti-parallel AC 1 2 ? anti-parallel AC 2 3 ? anti-parallel AD 1 2 ? anti-parallel AD 2 3 ? anti-parallel AE 1 2 ? anti-parallel AE 2 3 ? anti-parallel AE 3 4 ? anti-parallel AF 1 2 ? anti-parallel AF 2 3 ? anti-parallel AF 3 4 ? anti-parallel AG 1 2 ? anti-parallel AG 2 3 ? anti-parallel AG 3 4 ? anti-parallel AH 1 2 ? anti-parallel AH 2 3 ? anti-parallel AI 1 2 ? parallel AI 2 3 ? parallel AI 3 4 ? parallel AI 4 5 ? parallel AJ 1 2 ? anti-parallel AJ 2 3 ? anti-parallel AK 1 2 ? anti-parallel AK 2 3 ? anti-parallel AK 3 4 ? anti-parallel AL 1 2 ? anti-parallel AL 2 3 ? anti-parallel AL 3 4 ? anti-parallel AM 1 2 ? anti-parallel AM 2 3 ? anti-parallel AM 3 4 ? anti-parallel AN 1 2 ? anti-parallel AN 2 3 ? anti-parallel AN 3 4 ? anti-parallel AO 1 2 ? anti-parallel AO 2 3 ? anti-parallel AO 3 4 ? anti-parallel AP 1 2 ? anti-parallel AP 2 3 ? anti-parallel AP 3 4 ? anti-parallel AQ 1 2 ? anti-parallel AR 1 2 ? anti-parallel AR 2 3 ? anti-parallel AR 3 4 ? anti-parallel AS 1 2 ? anti-parallel AS 2 3 ? anti-parallel AS 3 4 ? anti-parallel AT 1 2 ? anti-parallel AT 2 3 ? anti-parallel AU 1 2 ? anti-parallel AU 2 3 ? anti-parallel AV 1 2 ? anti-parallel AV 2 3 ? anti-parallel AV 3 4 ? anti-parallel AW 1 2 ? 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G . n G 1 1257 HIS 1257 1251 ? ? ? G . n G 1 1258 HIS 1258 1252 ? ? ? G . n G 1 1259 HIS 1259 1253 ? ? ? G . n G 1 1260 HIS 1260 1254 ? ? ? G . n G 1 1261 HIS 1261 1255 ? ? ? G . n G 1 1262 HIS 1262 1256 ? ? ? G . n G 1 1263 HIS 1263 1257 ? ? ? G . n # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code H 2 ATP 1 1258 1258 ATP ATP A . I 2 ATP 1 1258 1258 ATP ATP B . J 2 ATP 1 1258 1258 ATP ATP C . K 2 ATP 1 1258 1258 ATP ATP D . L 2 ATP 1 1258 1258 ATP ATP E . M 2 ATP 1 1258 1258 ATP ATP F . N 2 ATP 1 1258 1258 ATP ATP G . # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _pdbx_point_symmetry.entry_id 3IZA _pdbx_point_symmetry.Schoenflies_symbol C _pdbx_point_symmetry.circular_symmetry 7 _pdbx_point_symmetry.H-M_notation ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2010-11-03 2 'Structure model' 1 1 2011-07-13 3 'Structure model' 1 2 2013-04-10 # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? 2 3 'Structure model' repository Obsolete ? # _pdbx_audit_revision_group.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal 2 _pdbx_audit_revision_group.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_group.group 'Version format compliance' # loop_ _em_3d_fitting.id _em_3d_fitting.entry_id _em_3d_fitting.ref_space _em_3d_fitting.ref_protocol _em_3d_fitting.target_criteria _em_3d_fitting.overall_b_value _em_3d_fitting.method _em_3d_fitting.details 1 3IZA REAL 'rigid body for each domain' 'cross correlation' ? 'Fit in Map' ;After chimera fitting, Flex-EM was used to improve fitting and minimize collisions. The beta propellers were modeled using the map as a restraint, sequence alignments and the crystal structure of actin interacting protein 1. ; 2 3IZA REAL ? ? ? 'homology modeling of 7-blade propeller' 'scaffold of actin interacting protein-1 (1pgu) was used to orient the propeller in our map.' 3 3IZA REAL ? ? ? 'homology modeling of 8-blade propeller' 'scaffold of actin interacting protein-1 (1pgu) was used to orient the propeller in our map.' # loop_ _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id 1 1 1Z6T A 2 2 1vyh ? 3 3 1r5m ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 3IZA _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method 'projection matching' _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size 2.26 _em_3d_reconstruction.resolution 9.5 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details ;Final map contains 34000 particles. Setsf filtration was applied to the final map to boost amplitude at high resolution range and in the last cycles of refinement. ; _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC at 0.5 cut-off and R measurement' _em_3d_reconstruction.num_particles 42000 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 592 _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.symmetry_type ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id ? _em_buffer.name 'low salt HEPES buffer' _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.details ? # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 PROTEIN Apaf-1 ;Apaf-1 was co-assembled with cytochrome c and dATP to obtain the apoptosome. A procaspase-9 mutant, which has a thrombin site in the linker between CARD and catalytic domain, was added to the complex. Thrombin was used to cleave off the procaspase-9 catalytic domain. N-terminal domain was modeled based on the crystal structure. ; ? ? ? 2 ? Apaf-1 '7-blade propeller model' ? ? ? 3 ? Apaf-1 '8-blade propeller model' ? ? ? # _em_image_scans.entry_id 3IZA _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.entry_id 3IZA _em_imaging.id 1 _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature 96 _em_imaging.microscope_model 'FEI TECNAI F20' _em_imaging.nominal_defocus_min 1500 _em_imaging.nominal_defocus_max 3000 _em_imaging.tilt_angle_min 0.0 _em_imaging.tilt_angle_max 0.0 _em_imaging.nominal_cs 2 _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.nominal_magnification 62000 _em_imaging.calibrated_magnification 62000 _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 120 _em_imaging.details ? _em_imaging.specimen_holder_type 'Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder.' _em_imaging.specimen_holder_model 'GATAN LIQUID NITROGEN' _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.detector_distance 0.0 _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.astigmatism 'objective lens astigmatism was corrected at 200,000 times magnification' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.specimen_id 1 # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.details 'Quantifoil R1.2/1.3 holey grids' _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.specimen_id 1 # _em_vitrification.entry_id 3IZA _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.details ? _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp 77 _em_vitrification.instrument 'Vitrobot Mark 3 (FEI)' _em_vitrification.method 'Blot for 2-3 seconds at 20C before plunging' _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.specimen_id 1 # _em_experiment.entry_id 3IZA _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.id 1 _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.aggregation_state ? # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 CG1 G ILE 313 ? ? CD2 G LEU 342 ? ? 1.22 2 1 CG1 D ILE 313 ? ? CD2 D LEU 342 ? ? 1.22 3 1 CG1 B ILE 313 ? ? CD2 B LEU 342 ? ? 1.22 4 1 CG1 E ILE 313 ? ? CD2 E LEU 342 ? ? 1.22 5 1 CG1 C ILE 313 ? ? CD2 C LEU 342 ? ? 1.22 6 1 CG1 A ILE 313 ? ? CD2 A LEU 342 ? ? 1.22 7 1 CG1 F ILE 313 ? ? CD2 F LEU 342 ? ? 1.22 8 1 CG2 C THR 112 ? ? OE2 D GLU 146 ? ? 1.40 9 1 CG2 A THR 112 ? ? OE2 B GLU 146 ? ? 1.40 10 1 CG2 B THR 112 ? ? OE2 C GLU 146 ? ? 1.40 11 1 OE2 A GLU 146 ? ? CG2 G THR 112 ? ? 1.40 12 1 CG2 E THR 112 ? ? OE2 F GLU 146 ? ? 1.40 13 1 CG2 D THR 112 ? ? OE2 E GLU 146 ? ? 1.40 14 1 CG2 F THR 112 ? ? OE2 G GLU 146 ? ? 1.40 15 1 O C GLN 344 ? ? O C LYS 348 ? ? 1.55 16 1 O B GLN 344 ? ? O B LYS 348 ? ? 1.55 17 1 O G GLN 344 ? ? O G LYS 348 ? ? 1.55 18 1 O A GLN 344 ? ? O A LYS 348 ? ? 1.55 19 1 O E GLN 344 ? ? O E LYS 348 ? ? 1.55 20 1 O F GLN 344 ? ? O F LYS 348 ? ? 1.55 21 1 O D GLN 344 ? ? O D LYS 348 ? ? 1.55 22 1 O E LYS 355 ? ? OE2 E GLU 362 ? ? 1.62 23 1 O D LYS 355 ? ? 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