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P10104 2 ? 487 ? 1 486 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ? # _pdbx_validate_close_contact.id 1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num 1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 CA _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 B _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 SER _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 370 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 ? _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 ? _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 CA _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 B _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 SER _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 372 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 ? _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 ? _pdbx_validate_close_contact.dist 1.81 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 3J2O _em_3d_fitting.ref_protocol ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ;DETAILS--The model of fibritin comprises the crystal structure of the N-terminal domain (Boudko et al., 2004, J. Mol. Biol. 339, 927-935), the crystal structure of the C-terminal domain (Tao et al., 1997, Structure 5, 789-798), and the central region, modeled with segments of triple-helical coiled coil (Letarov et al., 2005, J. Bacteriol. 187, 1055-1066). These parts of the fibritin structure were fitted into the cryo-EM density using the program CHIMERA (Pettersen et al., 2004, J. Computat. Chem. 25, 1605-1612). Chains A, B, and C correspond to one fibritin molecule located in the phage collar. Chains D, E, and F correspond to one fibritin molecule forming the whisker. ; _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 3J2O _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.5 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method 'projection matching' _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size 3.572 _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size 3.572 _em_3d_reconstruction.resolution 25 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 2727 _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name '50 mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M NaCl, 8 mM MgCl2' _em_buffer.pH 8 _em_buffer.details '50 mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M NaCl, 8 mM MgCl2' # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 'Bacteriophage T4 tail' VIRUS 0 ? ? ? 2 fibritin ? 1 ? ;Twelve fibritin molecules attach to the bacteriophage T4 neck with six molecules forming the phage collar and six molecules forming the whiskers. The model of fibritin comprises the crystal structure of the N-terminal comain (Boudko et al., 2004, J. Mol. Biol. 339, 927-935), the crystal structure of the C-terminal domain (Tao et al., 1997, Structure 5, 789-798), and the central region, modeled with segments of triple-helical coiled coil (Letarov et al., 2005, J. Bacteriol. 187, 1055-1066). ; ? # _em_image_scans.entry_id 3J2O _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.number_digital_images 97 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.entry_id 3J2O _em_imaging.id 1 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.date 2007-03-07 _em_imaging.temperature ? _em_imaging.microscope_model 'FEI/PHILIPS CM200FEG' _em_imaging.nominal_defocus_min 1500 _em_imaging.nominal_defocus_max 3000 _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_cs 2 _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode 'SPOT SCAN' _em_imaging.nominal_magnification 38000 _em_imaging.calibrated_magnification 39190 _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 200 _em_imaging.details ? _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'GATAN LIQUID NITROGEN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? # _em_vitrification.entry_id 3J2O _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.details 'plunged into liquid ethane (homemade plunger)' _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.instrument 'HOMEMADE PLUNGER' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 3J2O _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 3J2O _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A THR 1 ? 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A LYS 223 67 1 Y 1 A PRO 224 ? A PRO 224 68 1 Y 1 A PRO 225 ? A PRO 225 69 1 Y 1 A SER 226 ? A SER 226 70 1 Y 1 A PHE 227 ? A PHE 227 71 1 Y 1 A SER 228 ? A SER 228 72 1 Y 1 A GLN 229 ? A GLN 229 73 1 Y 1 A ASN 230 ? A ASN 230 74 1 Y 1 A GLY 257 ? A GLY 257 75 1 Y 1 A TYR 258 ? A TYR 258 76 1 Y 1 A PRO 259 ? A PRO 259 77 1 Y 1 A GLY 260 ? A GLY 260 78 1 Y 1 A ASN 261 ? A ASN 261 79 1 Y 1 A ASN 262 ? A ASN 262 80 1 Y 1 A LEU 282 ? A LEU 282 81 1 Y 1 A ASN 283 ? A ASN 283 82 1 Y 1 A GLN 284 ? A GLN 284 83 1 Y 1 A SER 285 ? A SER 285 84 1 Y 1 A GLY 286 ? A GLY 286 85 1 Y 1 A GLY 287 ? A GLY 287 86 1 Y 1 A GLY 300 ? A GLY 300 87 1 Y 1 A SER 301 ? A SER 301 88 1 Y 1 A ASP 302 ? A ASP 302 89 1 Y 1 A ASP 303 ? A ASP 303 90 1 Y 1 A ILE 304 ? A ILE 304 91 1 Y 1 A PRO 305 ? A PRO 305 92 1 Y 1 A SER 306 ? A SER 306 93 1 Y 1 A SER 307 ? A SER 307 94 1 Y 1 A GLU 320 ? A GLU 320 95 1 Y 1 A SER 321 ? A SER 321 96 1 Y 1 A LEU 322 ? A LEU 322 97 1 Y 1 A ASN 323 ? A ASN 323 98 1 Y 1 A GLY 324 ? A GLY 324 99 1 Y 1 A ILE 325 ? A ILE 325 100 1 Y 1 A VAL 326 ? A VAL 326 101 1 Y 1 A GLY 327 ? A GLY 327 102 1 Y 1 A GLU 328 ? A GLU 328 103 1 Y 1 A ASN 329 ? A ASN 329 104 1 Y 1 A THR 330 ? A THR 330 105 1 Y 1 A SER 331 ? A SER 331 106 1 Y 1 A SER 332 ? A SER 332 107 1 Y 1 A GLY 333 ? A GLY 333 108 1 Y 1 A VAL 345 ? A VAL 345 109 1 Y 1 A GLY 346 ? A GLY 346 110 1 Y 1 A THR 347 ? A THR 347 111 1 Y 1 A ASP 348 ? A ASP 348 112 1 Y 1 A SER 349 ? A SER 349 113 1 Y 1 A SER 350 ? A SER 350 114 1 Y 1 A GLY 351 ? A GLY 351 115 1 Y 1 A GLY 352 ? A GLY 352 116 1 Y 1 A GLN 353 ? A GLN 353 117 1 Y 1 A PRO 354 ? A PRO 354 118 1 Y 1 A SER 355 ? A SER 355 119 1 Y 1 A PRO 356 ? A PRO 356 120 1 Y 1 A PRO 357 ? A PRO 357 121 1 Y 1 A GLY 358 ? A GLY 358 122 1 Y 1 A SER 484 ? A SER 484 123 1 Y 1 A PRO 485 ? A PRO 485 124 1 Y 1 A ALA 486 ? A ALA 486 125 1 Y 1 B THR 1 ? B THR 1 126 1 Y 1 B GLY 81 ? B GLY 81 127 1 Y 1 B ILE 82 ? B ILE 82 128 1 Y 1 B LEU 83 ? B LEU 83 129 1 Y 1 B ASP 84 ? 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