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B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 3 ? E N N 3 ? F N N 3 ? G N N 3 ? H N N 3 ? I N N 3 ? J N N 3 ? K N N 3 ? L N N 3 ? M N N 3 ? N N N 3 ? O N N 3 ? P N N 3 ? Q N N 3 ? 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Q6Q0L3 1 ? 381 ? 1 381 18 4 3J31 R 1 ? 15 ? 3J31 1 ? 15 ? 1 15 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 'complete icosahedral assembly' ? 1080-MERIC 1080 2 'icosahedral asymmetric unit' ? octadecameric 18 3 'icosahedral pentamer' ? 90-meric 90 4 'icosahedral 23 hexamer' ? 108-meric 108 5 'icosahedral asymmetric unit, std point frame' ? octadecameric 18 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 '(1-60)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R 2 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R 3 '(1-5)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R 4 '(1,2,6,10,23,24)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R 5 P A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] P 'transform to point frame' ? ? 0.50000000 0.30901699 -0.80901699 0.00000 0.30901699 0.80901699 0.50000000 0.00000 0.80901699 -0.50000000 0.30901699 0.00000 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 2 'point symmetry operation' ? ? 0.80901700 -0.50000000 0.30901699 0.00000 0.50000000 0.30901699 -0.80901700 0.00000 0.30901699 0.80901699 0.50000000 0.00000 3 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.30901700 0.80901699 0.00000 0.30901700 -0.80901700 -0.50000000 0.00000 0.80901700 0.50000000 -0.30901699 0.00000 4 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.30901699 0.80901700 0.00000 -0.30901700 -0.80901699 0.50000000 0.00000 0.80901700 -0.50000000 -0.30901700 0.00000 5 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 0.50000000 0.30901700 0.00000 -0.50000000 0.30901700 0.80901699 0.00000 0.30901700 -0.80901699 0.50000000 0.00000 6 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 -0.80901700 0.49999999 0.00000 -0.80901699 -0.50000000 -0.30901699 0.00000 0.50000001 -0.30901700 -0.80901699 0.00000 7 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 8 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.80901700 0.50000000 0.00000 -0.80901699 0.50000000 -0.30901699 0.00000 -0.50000000 -0.30901699 0.80901700 0.00000 9 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 0.50000000 -0.30901700 0.00000 -0.50000000 0.30901699 -0.80901699 0.00000 -0.30901699 0.80901700 0.50000000 0.00000 10 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 -0.50000000 -0.30901700 0.00000 -0.50000000 -0.30901700 -0.80901699 0.00000 0.30901700 0.80901699 -0.50000000 0.00000 11 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.50000001 0.30901700 0.00000 0.49999999 0.30901699 0.80901700 0.00000 0.30901699 0.80901699 -0.50000000 0.00000 12 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 0.80901700 -0.50000000 0.00000 0.80901699 0.50000000 0.30901700 0.00000 0.50000000 -0.30901700 -0.80901700 0.00000 13 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 14 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 -0.80901700 -0.50000000 0.00000 0.80901700 -0.50000000 0.30901699 0.00000 -0.50000000 -0.30901699 0.80901699 0.00000 15 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.50000000 0.30901700 0.00000 0.50000000 -0.30901700 0.80901699 0.00000 -0.30901700 0.80901699 0.50000000 0.00000 16 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 0.30901699 -0.80901699 0.00000 0.30901700 -0.80901699 -0.50000001 0.00000 -0.80901700 -0.49999999 0.30901699 0.00000 17 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.30901700 -0.80901699 0.00000 -0.30901699 -0.80901699 0.50000000 0.00000 -0.80901700 0.50000000 0.30901699 0.00000 18 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.50000000 -0.30901699 0.00000 -0.50000000 0.30901699 0.80901700 0.00000 -0.30901700 0.80901699 -0.50000000 0.00000 19 'point symmetry operation' ? ? -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 20 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.50000000 -0.30901700 0.00000 0.50000000 0.30901700 -0.80901699 0.00000 -0.30901700 -0.80901699 -0.50000000 0.00000 21 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 0.50000000 0.30901699 0.00000 0.50000001 -0.30901700 -0.80901699 0.00000 -0.30901699 0.80901700 -0.49999999 0.00000 22 'point symmetry operation' ? ? 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 23 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 -0.50000000 0.30901699 0.00000 -0.50000000 -0.30901699 0.80901700 0.00000 -0.30901699 -0.80901700 -0.50000000 0.00000 24 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.30901699 0.80901699 0.00000 -0.30901699 0.80901700 0.50000000 0.00000 -0.80901699 -0.50000000 0.30901700 0.00000 25 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.30901700 0.80901699 0.00000 0.30901700 0.80901699 -0.50000000 0.00000 -0.80901699 0.50000000 0.30901700 0.00000 26 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 27 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.30901699 0.80901700 0.00000 0.30901699 0.80901699 0.50000000 0.00000 -0.80901700 0.50000000 -0.30901699 0.00000 28 'point symmetry operation' ? ? -0.30901700 0.80901700 0.50000000 0.00000 0.80901700 0.50000000 -0.30901699 0.00000 -0.50000000 0.30901700 -0.80901699 0.00000 29 'point symmetry operation' ? ? 0.30901700 0.80901699 -0.50000000 0.00000 0.80901700 -0.50000000 -0.30901700 0.00000 -0.50000000 -0.30901699 -0.80901700 0.00000 30 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.30901700 -0.80901699 0.00000 0.30901700 -0.80901699 0.50000000 0.00000 -0.80901699 -0.50000000 -0.30901700 0.00000 31 'point symmetry operation' ? ? -0.30901700 0.80901699 0.50000001 0.00000 -0.80901700 -0.49999999 0.30901699 0.00000 0.50000000 -0.30901699 0.80901699 0.00000 32 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.80901699 -0.50000000 0.00000 -0.80901700 0.50000000 0.30901699 0.00000 0.50000000 0.30901700 0.80901699 0.00000 33 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.30901699 -0.80901700 0.00000 -0.30901700 0.80901699 -0.50000000 0.00000 0.80901699 0.50000000 0.30901699 0.00000 34 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 35 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.30901700 0.80901699 0.00000 -0.30901700 -0.80901699 -0.50000000 0.00000 0.80901699 -0.50000000 0.30901700 0.00000 36 'point symmetry operation' ? ? -0.49999999 -0.30901699 -0.80901700 0.00000 0.30901699 0.80901699 -0.50000000 0.00000 0.80901699 -0.50000001 -0.30901700 0.00000 37 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.50000000 -0.30901700 0.00000 0.50000000 -0.30901700 -0.80901700 0.00000 0.30901699 -0.80901700 0.50000000 0.00000 38 'point symmetry operation' ? ? -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 39 'point symmetry operation' ? ? -0.80901700 0.50000000 -0.30901699 0.00000 -0.50000000 -0.30901699 0.80901699 0.00000 0.30901699 0.80901700 0.50000000 0.00000 40 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 0.30901700 -0.80901699 0.00000 -0.30901700 0.80901699 0.50000000 0.00000 0.80901699 0.50000000 -0.30901700 0.00000 41 'point symmetry operation' ? ? 0.80901700 0.49999999 -0.30901699 0.00000 0.50000000 -0.30901699 0.80901699 0.00000 0.30901700 -0.80901699 -0.50000001 0.00000 42 'point symmetry operation' ? 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? -38.11 140.87 235 1 ASN M 66 ? ? -160.17 92.26 236 1 SER M 77 ? ? -159.02 82.25 237 1 THR M 90 ? ? -59.90 -1.84 238 1 ALA M 97 ? ? -154.42 72.24 239 1 ALA M 107 ? ? -57.55 109.89 240 1 ASN M 114 ? ? -165.23 101.47 241 1 ALA M 122 ? ? 52.60 -115.64 242 1 ASN M 131 ? ? 59.52 75.85 243 1 PRO M 142 ? ? -48.04 157.64 244 1 ASN M 148 ? ? -115.57 56.78 245 1 ALA M 180 ? ? -87.73 40.70 246 1 ALA M 204 ? ? 180.00 148.66 247 1 PRO M 208 ? ? -65.12 -177.61 248 1 ASN M 227 ? ? -107.34 56.74 249 1 THR M 229 ? ? -140.74 35.82 250 1 GLU M 235 ? ? -162.69 118.33 251 1 LYS M 248 ? ? -154.24 50.54 252 1 ASP M 304 ? ? -137.79 -158.04 253 1 PRO M 316 ? ? -51.38 -7.17 254 1 TYR M 317 ? ? -141.37 32.48 255 1 TYR N 5 ? ? -170.28 142.41 256 1 ARG N 27 ? ? -102.95 67.77 257 1 ASN N 29 ? ? -132.98 -158.65 258 1 ALA N 55 ? ? -38.20 143.27 259 1 PRO N 56 ? ? -68.98 0.74 260 1 ASN N 60 ? ? -68.34 0.08 261 1 SER N 77 ? ? -163.60 82.62 262 1 ALA N 97 ? ? -155.24 76.14 263 1 ASN N 114 ? ? -168.49 101.23 264 1 ALA N 122 ? ? 54.89 -115.21 265 1 ASN N 131 ? ? 51.86 77.47 266 1 ASN N 148 ? ? -118.53 53.81 267 1 ALA N 180 ? ? -87.36 37.01 268 1 PRO N 208 ? ? -66.23 -177.69 269 1 ASN N 227 ? ? -103.81 54.97 270 1 THR N 229 ? ? -140.32 40.33 271 1 GLU N 235 ? ? -161.02 119.00 272 1 LYS N 248 ? ? -155.39 50.50 273 1 ASP N 304 ? ? -136.90 -153.95 274 1 PRO N 316 ? ? -44.21 -11.86 275 1 TYR N 317 ? ? -145.25 40.17 276 1 ARG O 27 ? ? -100.45 67.99 277 1 ASN O 29 ? ? -135.99 -156.10 278 1 SER O 77 ? ? -163.27 85.21 279 1 THR O 90 ? ? -57.60 -3.65 280 1 ALA O 97 ? ? -154.66 73.65 281 1 ALA O 107 ? ? -55.37 109.23 282 1 ASN O 114 ? ? -162.90 98.82 283 1 ALA O 122 ? ? 50.20 -116.16 284 1 ASN O 131 ? ? 55.78 76.51 285 1 ASN O 148 ? ? -115.73 51.16 286 1 ALA O 180 ? ? -87.01 38.12 287 1 ASN O 227 ? ? -105.41 56.68 288 1 GLU O 235 ? ? -162.65 116.68 289 1 LYS O 248 ? ? -154.78 48.25 290 1 ASP O 304 ? ? -138.55 -156.06 291 1 PRO O 316 ? ? -51.31 -9.54 292 1 ALA P 12 ? ? -140.66 31.32 293 1 SER P 34 ? ? -138.84 -50.07 294 1 PHE P 100 ? ? 45.38 27.36 295 1 ASN P 101 ? ? 72.84 -51.02 296 1 ASN P 104 ? ? -140.45 19.59 297 1 PHE P 149 ? ? 83.44 24.05 298 1 GLU P 150 ? ? -91.88 -75.42 299 1 LYS P 151 ? ? -111.26 59.59 300 1 ILE P 160 ? ? -145.66 -15.96 301 1 SER P 360 ? ? -141.59 -52.00 302 1 SER P 361 ? ? 87.39 10.06 # loop_ _pdbx_validate_planes.id _pdbx_validate_planes.PDB_model_num _pdbx_validate_planes.auth_comp_id _pdbx_validate_planes.auth_asym_id _pdbx_validate_planes.auth_seq_id _pdbx_validate_planes.PDB_ins_code _pdbx_validate_planes.label_alt_id _pdbx_validate_planes.rmsd _pdbx_validate_planes.type 1 1 TYR Q 154 ? ? 0.075 'SIDE CHAIN' 2 1 TYR A 152 ? ? 0.078 'SIDE CHAIN' 3 1 TYR C 307 ? ? 0.081 'SIDE CHAIN' 4 1 TYR I 98 ? ? 0.068 'SIDE CHAIN' 5 1 TYR K 152 ? ? 0.076 'SIDE CHAIN' 6 1 TYR M 307 ? ? 0.062 'SIDE CHAIN' 7 1 TYR N 267 ? ? 0.067 'SIDE CHAIN' 8 1 TYR O 307 ? ? 0.062 'SIDE CHAIN' # _pdbx_point_symmetry.entry_id 3J31 _pdbx_point_symmetry.Schoenflies_symbol I _pdbx_point_symmetry.circular_symmetry ? _pdbx_point_symmetry.H-M_notation ? # _pdbx_entry_details.entry_id 3J31 _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details 'CHAIN R CORRESPONDS TO A PORTION OF THE SEQUENCE MNIEEIQYEVGQEDQIPPAQTKTVVVQQNPKLFGISVWIWIIIILVLILLVLIIK (UNP Q6Q0M0).' _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? # loop_ _em_3d_fitting.id _em_3d_fitting.entry_id _em_3d_fitting.ref_protocol _em_3d_fitting.ref_space _em_3d_fitting.overall_b_value _em_3d_fitting.target_criteria _em_3d_fitting.details _em_3d_fitting.method 1 3J31 'FLEXIBLE FIT' RECIPROCAL ? ? ;REFINEMENT PROTOCOL--positional (xyz) minimization and isotropic B factor refinement DETAILS--Real space refinement was also carried out using Coot. ; ? 2 3J31 'FLEXIBLE FIT' RECIPROCAL ? ? ;REFINEMENT PROTOCOL--positional (xyz) minimization and isotropic B factor refinement DETAILS--Real space refinement was also carried out using Coot. Only the N-terminal domain was refined using CNS (residues 3-134). The C-terminal domain (residues 135-222) was only rigid-body fit using Coot and an arbitrary B-factor value of 150 A2 was assigned to it. ; ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code 1 1 2BBD ? ? 1 ? ? ? PDB 'experimental model' 2BBD 2 2 4IL7 ? ? 2 ? ? ? PDB 'experimental model' 4IL7 # _em_3d_reconstruction.entry_id 3J31 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method 'Projection matching' _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size 1.37 _em_3d_reconstruction.resolution 4.5 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration 'Fitting of atomic coordinates' _em_3d_reconstruction.details ;The final reconstruction was sharpened with a negative temperature factor of 400A2 (Single particle--Applied symmetry: I) Resolution method was FSC at 0.143 cut-off. The reported resolution is for the entire reconstruction. The resolution of the coat subunit region (B345) is estimated to 3.9 A using the same criterion. ; _em_3d_reconstruction.num_particles 8903 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name '23 mM KH2PO4, 19 mM (NH4)2SO4, 1 mM MgSO4, 2 mM CaCl2' _em_buffer.pH 3.5 _em_buffer.details '23 mM KH2PO4, 19 mM (NH4)2SO4, 1 mM MgSO4, 2 mM CaCl2' # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name 'Mature Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus' _em_entity_assembly.type VIRUS _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 3J31 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.number_digital_images 878 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.entry_id 3J31 _em_imaging.id 1 _em_imaging.date 2011-03-30 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.temperature 90 _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 2500 _em_imaging.tilt_angle_min 0 _em_imaging.tilt_angle_max 0 _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification 102189 _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.details 'Nanoprobe mode was used.' _em_imaging.specimen_holder_type 'Nitrogen cooled' _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.detector_distance 0.0 _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.astigmatism 'Objective lens astigmatism was corrected at 103000 times magnification' _em_imaging.citation_id ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details 'glow-discharged C-flat holey carbon grids (CF-2/2-4C, Protochips)' _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? _em_sample_support.method ? # _em_virus_entity.id 1 _em_virus_entity.virus_host_category ARCHAEA _em_virus_entity.entity_assembly_id 1 _em_virus_entity.virus_type VIRION _em_virus_entity.virus_isolate STRAIN _em_virus_entity.empty NO _em_virus_entity.enveloped YES _em_virus_entity.details ? # _em_vitrification.entry_id 3J31 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.details 'Vitrification carried out at room temperature using liquid ethane and a homemade plunger' _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.temp 94 _em_vitrification.instrument 'HOMEMADE PLUNGER' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.specimen_id 1 # _em_experiment.entry_id 3J31 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 3J31 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry I _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 Q MET 1 ? A MET 1 2 1 Y 1 Q GLY 2 ? A GLY 2 3 1 Y 1 Q ILE 223 ? A ILE 223 4 1 Y 1 A MET 1 ? C MET 1 5 1 Y 1 B MET 1 ? D MET 1 6 1 Y 1 C MET 1 ? E MET 1 7 1 Y 1 D MET 1 ? F MET 1 8 1 Y 1 E MET 1 ? G MET 1 9 1 Y 1 F MET 1 ? H MET 1 10 1 Y 1 G MET 1 ? I MET 1 11 1 Y 1 H MET 1 ? J MET 1 12 1 Y 1 I MET 1 ? K MET 1 13 1 Y 1 J MET 1 ? L MET 1 14 1 Y 1 K MET 1 ? M MET 1 15 1 Y 1 L MET 1 ? N MET 1 16 1 Y 1 M MET 1 ? O MET 1 17 1 Y 1 N MET 1 ? P MET 1 18 1 Y 1 O MET 1 ? Q MET 1 19 1 Y 1 P MET 1 ? R MET 1 20 1 Y 1 P SER 2 ? R SER 2 21 1 Y 1 P VAL 3 ? R VAL 3 22 1 Y 1 P THR 4 ? R THR 4 23 1 Y 1 P THR 5 ? R THR 5 24 1 Y 1 P LEU 6 ? R LEU 6 25 1 Y 1 P SER 205 ? R SER 205 26 1 Y 1 P VAL 206 ? R VAL 206 # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.pdbx_ordinal ALA N N N N 1 ALA CA C N S 2 ALA C C N N 3 ALA O O N N 4 ALA CB C N N 5 ALA OXT O N N 6 ALA H H N N 7 ALA H2 H N N 8 ALA HA H N N 9 ALA HB1 H N N 10 ALA HB2 H N N 11 ALA HB3 H N N 12 ALA HXT H N N 13 ARG N N N N 14 ARG CA C N S 15 ARG C C N N 16 ARG O O N N 17 ARG CB C N N 18 ARG CG C N N 19 ARG CD C N N 20 ARG NE N N N 21 ARG CZ C N N 22 ARG NH1 N N N 23 ARG NH2 N N N 24 ARG OXT O N N 25 ARG H H N N 26 ARG H2 H N N 27 ARG HA H N N 28 ARG HB2 H N N 29 ARG HB3 H N N 30 ARG HG2 H N N 31 ARG HG3 H N N 32 ARG HD2 H N N 33 ARG HD3 H N N 34 ARG HE H N N 35 ARG HH11 H N N 36 ARG HH12 H N N 37 ARG HH21 H N N 38 ARG HH22 H N N 39 ARG HXT H N N 40 ASN N N N N 41 ASN CA C N S 42 ASN C C N N 43 ASN O O N N 44 ASN CB C N N 45 ASN CG C N N 46 ASN OD1 O N N 47 ASN ND2 N N N 48 ASN OXT O N N 49 ASN H H N N 50 ASN H2 H N N 51 ASN HA H N N 52 ASN HB2 H N N 53 ASN HB3 H N N 54 ASN HD21 H N N 55 ASN HD22 H N N 56 ASN HXT H N N 57 ASP N N N N 58 ASP CA C N S 59 ASP C C N N 60 ASP O O N N 61 ASP CB C N N 62 ASP CG C N N 63 ASP OD1 O N N 64 ASP OD2 O N N 65 ASP OXT O N N 66 ASP H H N N 67 ASP H2 H N N 68 ASP HA H N N 69 ASP HB2 H N N 70 ASP HB3 H N N 71 ASP HD2 H N N 72 ASP HXT H N N 73 CYS N N N N 74 CYS CA C N R 75 CYS C C N N 76 CYS O O N N 77 CYS CB C N N 78 CYS SG S N N 79 CYS OXT O N N 80 CYS H H N N 81 CYS H2 H N N 82 CYS HA H N N 83 CYS HB2 H N N 84 CYS HB3 H N N 85 CYS HG H N N 86 CYS HXT H N N 87 GLN N N N N 88 GLN CA C N S 89 GLN C C N N 90 GLN O O N N 91 GLN CB C N N 92 GLN CG C N N 93 GLN CD C N N 94 GLN OE1 O N N 95 GLN NE2 N N N 96 GLN OXT O N N 97 GLN H H N N 98 GLN H2 H N N 99 GLN HA H N N 100 GLN HB2 H N N 101 GLN HB3 H N N 102 GLN HG2 H N N 103 GLN HG3 H N N 104 GLN HE21 H N N 105 GLN HE22 H N N 106 GLN HXT H N N 107 GLU N N N N 108 GLU CA C N S 109 GLU C C N N 110 GLU O O N N 111 GLU CB C N N 112 GLU CG C N N 113 GLU CD C N N 114 GLU OE1 O N N 115 GLU OE2 O N N 116 GLU OXT O N N 117 GLU H H N N 118 GLU H2 H N N 119 GLU HA H N N 120 GLU HB2 H N N 121 GLU HB3 H N N 122 GLU HG2 H N N 123 GLU HG3 H N N 124 GLU HE2 H N N 125 GLU HXT H N N 126 GLY N N N N 127 GLY CA C N N 128 GLY C C N N 129 GLY O O N N 130 GLY OXT O N N 131 GLY H H N N 132 GLY H2 H N N 133 GLY HA2 H N N 134 GLY HA3 H N N 135 GLY HXT H N N 136 HIS N N N N 137 HIS CA C N S 138 HIS C C N N 139 HIS O O N N 140 HIS CB C N N 141 HIS CG C Y N 142 HIS ND1 N Y N 143 HIS CD2 C Y N 144 HIS CE1 C Y N 145 HIS NE2 N Y N 146 HIS OXT O N N 147 HIS H H N N 148 HIS H2 H N N 149 HIS HA H N N 150 HIS HB2 H N N 151 HIS HB3 H N N 152 HIS HD1 H N N 153 HIS HD2 H N N 154 HIS HE1 H N N 155 HIS HE2 H N N 156 HIS HXT H N N 157 ILE N N N N 158 ILE CA C N S 159 ILE C C N N 160 ILE O O N N 161 ILE CB C N S 162 ILE CG1 C N N 163 ILE CG2 C N N 164 ILE CD1 C N N 165 ILE OXT O N N 166 ILE H H N N 167 ILE H2 H N N 168 ILE HA H N 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