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218 LYS n 4 219 VAL n 4 220 ASP n 4 221 LYS n 4 222 LYS n 4 223 VAL n 4 224 GLU n 4 225 PRO n 4 226 LYS n 4 227 SER n 4 228 CYS n # loop_ _entity_src_gen.entity_id _entity_src_gen.pdbx_src_id _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag _entity_src_gen.pdbx_seq_type _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num _entity_src_gen.gene_src_common_name _entity_src_gen.gene_src_genus _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene _entity_src_gen.gene_src_species _entity_src_gen.gene_src_strain _entity_src_gen.gene_src_tissue _entity_src_gen.gene_src_tissue_fraction _entity_src_gen.gene_src_details _entity_src_gen.pdbx_gene_src_fragment _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.pdbx_gene_src_variant _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cell_line _entity_src_gen.pdbx_gene_src_atcc _entity_src_gen.pdbx_gene_src_organ _entity_src_gen.pdbx_gene_src_organelle _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cell _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cellular_location _entity_src_gen.host_org_common_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample ? ? ? ? ? env ? ? ? ? ? ? 'Human immunodeficiency virus 1' 11676 ? ? ? ? ? ? ? human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? HEK ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample ? ? ? ? ? env ? ? ? ? ? ? 'Human immunodeficiency virus 1' 11676 ? ? ? ? ? ? ? human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? HEK ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample ? ? ? human ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? HEK ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample ? ? ? human ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? HEK ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP Q2N0S6_9HIV1 Q2N0S6 1 ;AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIIS LWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKE YRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEV MIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCTVSKATWNETLGKVVKQLRK HFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQ AMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRAKRRVVG ; 30 ? 2 PDB 3J5M 3J5M 2 XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 1 ? 3 PDB 3J5M 3J5M 3 ;EIVLTQSPGTLSLSPGETASLSCTAASYGHMTWYQKKPGQPPKLLIFATSKRASGIPDRFSGSQFGKQYTLTITRMEPED FARYYCQQLEFFGQGTRLEIRRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQ DSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC ; 1 ? 4 PDB 3J5M 3J5M 4 ;QVQLVQSGSGVKKPGASVRVSCWTSEDIFERTELIHWVRQAPGQGLEWIGWVKTVTGAVNFGSPDFRQRVSLTRDRDLFT AHMDIRGLTQGDTATYFCARQKFYTGGQGWYFDLWGRGTLIVVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPE PVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC ; 1 ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 3J5M A 1 ? 475 ? 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'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 UNK 'L-peptide linking' . UNKNOWN ? 'C4 H9 N O2' 103.120 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 3J5M _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.crystals_number ? # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews ? _exptl_crystal.density_percent_sol ? _exptl_crystal.description ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp ? _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength . _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _refine_hist.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 20379 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 20379 _refine_hist.d_res_high . _refine_hist.d_res_low . # _struct.entry_id 3J5M _struct.title 'Cryo-EM structure of the BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer with 3 PGV04 Fabs' _struct.pdbx_descriptor 'BG505 SOSIP gp120, PGV04 heavy chain' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3J5M _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' _struct_keywords.text ;HIV-1 trimeric spike, gp140, SOSIP, broadly neutralizing antibody, PGV04, Env, envelope glycoprotein, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex ; # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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E CYS 198 SG ? ? ? 1_555 E CYS 209 SG ? ? E CYS 228 E CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf20 disulf ? ? E CYS 266 SG ? ? ? 1_555 E CYS 300 SG ? ? E CYS 296 E CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf21 disulf ? ? E CYS 347 SG ? ? ? 1_555 E CYS 413 SG ? ? E CYS 378 E CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf22 disulf ? ? E CYS 354 SG ? ? ? 1_555 E CYS 386 SG ? ? E CYS 385 E CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.850 ? disulf23 disulf ? ? G CYS 23 SG ? ? ? 1_555 G CYS 86 SG ? ? G CYS 23 G CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf24 disulf ? ? G CYS 128 SG ? ? ? 1_555 G CYS 188 SG ? ? G CYS 134 G CYS 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf25 disulf ? ? H CYS 22 SG ? ? ? 1_555 H CYS 98 SG ? ? H CYS 22 H CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf26 disulf ? ? H CYS 152 SG ? ? ? 1_555 H CYS 208 SG ? ? H CYS 140 H CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf27 disulf ? ? I CYS 24 SG ? ? ? 1_555 I CYS 44 SG ? ? I CYS 54 I CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf28 disulf ? ? 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THR 139 I ASP 110 I ? ASP 140 I 1 25.49 23 ALA 404 I . ? ALA 436 I PRO 405 I ? PRO 437 I 1 5.68 24 SER 7 K . ? SER 7 K PRO 8 K ? PRO 8 K 1 -3.75 25 TYR 134 K . ? TYR 140 K PRO 135 K ? PRO 141 K 1 1.24 26 PHE 158 L . ? PHE 146 L PRO 159 L ? PRO 147 L 1 -3.85 27 GLU 160 L . ? GLU 148 L PRO 161 L ? PRO 149 L 1 -0.69 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 2 ? B ? 4 ? C ? 2 ? D ? 3 ? E ? 3 ? F ? 6 ? G ? 5 ? H ? 2 ? I ? 3 ? J ? 4 ? K ? 6 ? L ? 4 ? M ? 4 ? N ? 4 ? O ? 4 ? P ? 6 ? Q ? 4 ? R ? 4 ? S ? 3 ? T ? 2 ? U ? 4 ? V ? 2 ? W ? 3 ? X ? 3 ? Y ? 6 ? Z ? 5 ? AA ? 2 ? AB ? 3 ? AC ? 4 ? AD ? 6 ? AE ? 4 ? AF ? 4 ? AG ? 4 ? AH ? 4 ? AI ? 6 ? AJ ? 4 ? AK ? 4 ? AL ? 3 ? AM ? 2 ? AN ? 4 ? AO ? 2 ? AP ? 3 ? AQ ? 3 ? AR ? 6 ? AS ? 5 ? AT ? 2 ? AU ? 3 ? AV ? 4 ? AW ? 6 ? AX ? 4 ? AY ? 4 ? AZ ? 4 ? BA ? 4 ? BB ? 6 ? BC ? 4 ? BD ? 4 ? 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L . n # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2013-11-13 2 'Structure model' 1 1 2014-01-08 3 'Structure model' 1 2 2018-07-18 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Data collection' # _pdbx_audit_revision_category.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal 3 _pdbx_audit_revision_category.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_category.category em_software # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 3 'Structure model' '_em_software.image_processing_id' 2 3 'Structure model' '_em_software.name' # _pdbx_entry_details.entry_id 3J5M _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ;THE SEQUENCE OF CHAINS B, F, AND J IS AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD (CONTAINS I559P AND T605C MUTATIONS) BUT ALL RESIDUES ARE MODELED AS ALANINE AND REPORTED AS "UNKNOWN RESIDUE." ; _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 3J5M _em_3d_fitting.ref_protocol ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.details 1 1 3SE9 ? ? 1 2 2B4C ? ? 1 3 3U2S ? ? 1 4 1ENV ? ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 3J5M _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method 'projection matching using a resolution-limited scheme' _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size 1.21 _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size 1.21 _em_3d_reconstruction.resolution 5.8 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details ;Final maps were calculated after sorting for the presence of sub-stoichiometrically labeled trimers (Single particle details: reconstructed using a resolution-limited refinement procedure implemented in Xmipp and Frealign) (Single particle--Applied symmetry: C3) ; _em_3d_reconstruction.num_particles 49572 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name TBS _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.details TBS # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 'Fully glycosylated BG505 SOSIP.664 Envelope trimer with 3 broadly neutralizing PGV04 Fabs' COMPLEX 0 ? 'three SOSIP.664 gp140 subunits (trimeric HIV-1 spike) with 3 PGV04 Fabs' ? 2 'BG505 SOSIP.664 HIV-1 Envelope glycoprotein gp140' ? 1 ? ? ? 3 'Fragment antigen binding' ? 1 ? ? ? # _em_image_scans.entry_id 3J5M _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.number_digital_images 6355 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.entry_id 3J5M _em_imaging.id 1 _em_imaging.date 2013-02-21 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.temperature ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TECNAI F20' _em_imaging.nominal_defocus_min 1000 _em_imaging.nominal_defocus_max 5000 _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_cs 2 _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.nominal_magnification 29000 _em_imaging.calibrated_magnification 29000 _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 200 _em_imaging.details 'electron counting mode' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'SIDE ENTRY, EUCENTRIC' _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.detector_distance 0.0 _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.astigmatism 'objective lens astigmatism was corrected by observing Thon rings with the Leginon software' _em_imaging.citation_id ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details '400 mesh C-Flat CF-22-4C, plasma treated for 5 seconds' _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? _em_sample_support.method ? # _em_vitrification.entry_id 3J5M _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.details '3 uL sample applied to grid, adsorbed for 30 seconds, blotted, and plunge-frozen in liquid ethane' _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.instrument 'HOMEMADE PLUNGER' _em_vitrification.method ;Specimen was prepared for cryo-EM by applying 3 microliters of sample to a freshly plasma cleaned holey carbon C-flat grid (Protochips, Inc.), allowing the sample to adsorb to the grid for 30 seconds, followed by blotting with a small piece of filter paper and plunge-freezing into liquid ethane using a manual cryo-plunger in an ambient environment (4 C). ; _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.specimen_id 1 # _em_experiment.entry_id 3J5M _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 3J5M _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C3 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 CZ2 A TRP 338 ? ? CD1 A ILE 414 ? ? 1.13 2 1 CZ2 I TRP 338 ? ? CD1 I ILE 414 ? ? 1.13 3 1 CZ2 E TRP 338 ? ? CD1 E ILE 414 ? ? 1.13 4 1 CG I LYS 335 ? ? CG1 I ILE 414 ? ? 1.32 5 1 CG A LYS 335 ? ? CG1 A ILE 414 ? ? 1.32 6 1 CG E LYS 335 ? ? CG1 E ILE 414 ? ? 1.32 7 1 CG H ARG 19 ? ? OD1 H ASP 81 ? ? 1.43 8 1 CG D ARG 19 ? ? OD1 D ASP 81 ? ? 1.43 9 1 CG L ARG 19 ? ? OD1 L ASP 81 ? ? 1.43 10 1 CE E LYS 335 ? ? CA E ILE 414 ? ? 1.46 11 1 CE A LYS 335 ? ? CA A ILE 414 ? ? 1.47 12 1 CE I LYS 335 ? ? CA I ILE 414 ? ? 1.47 13 1 CG I LYS 335 ? ? N I ILE 414 ? ? 1.50 14 1 CG A LYS 335 ? ? N A ILE 414 ? ? 1.50 15 1 CG E LYS 335 ? ? N E ILE 414 ? ? 1.50 16 1 CB I LYS 335 ? ? CG1 I ILE 414 ? ? 1.65 17 1 CB A LYS 335 ? ? CG1 A ILE 414 ? ? 1.65 18 1 CB E LYS 335 ? ? CG1 E ILE 414 ? ? 1.65 19 1 CG I LYS 335 ? ? CB I ILE 414 ? ? 1.74 20 1 CG A LYS 335 ? ? CB A ILE 414 ? ? 1.74 21 1 CG E LYS 335 ? ? CB E ILE 414 ? ? 1.74 22 1 CG I LYS 335 ? ? CA I ILE 414 ? ? 1.76 23 1 CG A LYS 335 ? ? CA A ILE 414 ? ? 1.76 24 1 CG E LYS 335 ? ? CA E ILE 414 ? ? 1.76 25 1 CD A LYS 335 ? ? CA A ILE 414 ? ? 1.87 26 1 CD I LYS 335 ? ? CA I ILE 414 ? ? 1.87 27 1 CD E LYS 335 ? ? CA E ILE 414 ? ? 1.87 28 1 CE1 E TYR 384 ? ? CG E LYS 421 ? ? 1.89 29 1 CE1 A TYR 384 ? ? CG A LYS 421 ? ? 1.89 30 1 CE1 I TYR 384 ? ? CG I LYS 421 ? ? 1.89 31 1 CD L ARG 19 ? ? OD1 L ASP 81 ? ? 1.90 32 1 CD H ARG 19 ? ? OD1 H ASP 81 ? ? 1.90 33 1 CD D ARG 19 ? ? OD1 D ASP 81 ? ? 1.90 34 1 CH2 E TRP 338 ? ? CD1 E ILE 414 ? ? 1.91 35 1 CH2 I TRP 338 ? ? CD1 I ILE 414 ? ? 1.91 36 1 CH2 A TRP 338 ? ? CD1 A ILE 414 ? ? 1.91 37 1 CB E CYS 385 ? ? SG E CYS 418 ? ? 2.04 38 1 CB A CYS 385 ? ? SG A CYS 418 ? ? 2.04 39 1 CB I CYS 385 ? ? SG I CYS 418 ? ? 2.04 40 1 NE D ARG 19 ? ? OD1 D ASP 81 ? ? 2.09 41 1 NE H ARG 19 ? ? OD1 H ASP 81 ? ? 2.09 42 1 NE L ARG 19 ? ? OD1 L ASP 81 ? ? 2.09 43 1 CD A LYS 335 ? ? CB A ILE 414 ? ? 2.14 44 1 CD I LYS 335 ? ? CB I ILE 414 ? ? 2.14 45 1 CD E LYS 335 ? ? 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