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CD D PRO 462 ? ? 139.82 120.60 19.22 2.20 Y # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 GLU B 128 ? ? -56.97 -9.33 2 1 LYS B 140 ? ? 49.24 26.76 3 1 PRO B 151 ? ? -59.31 -0.79 4 1 ASN B 170 ? ? -171.07 124.18 5 1 LYS B 200 ? ? -37.27 130.14 6 1 THR B 239 ? ? -39.02 136.51 7 1 PHE B 247 ? ? -147.43 39.88 8 1 GLU B 249 ? ? 75.96 -56.56 9 1 SER B 404 ? ? 82.13 -3.50 10 1 PHE B 429 ? ? -141.03 -49.69 11 1 GLN B 533 ? ? 88.63 13.68 12 1 LYS B 603 ? ? 83.59 -0.80 13 1 LEU B 647 ? ? 58.78 -122.44 14 1 LEU B 713 ? ? 86.70 5.39 15 1 UNK B 758 ? ? -162.85 71.47 16 1 GLU A 128 ? ? -56.94 -9.34 17 1 LYS A 140 ? ? 49.23 26.75 18 1 PRO A 151 ? ? -59.34 -0.81 19 1 ASN A 170 ? ? -171.07 124.18 20 1 LYS A 200 ? ? -37.25 130.12 21 1 THR A 239 ? ? -39.01 136.50 22 1 PHE A 247 ? ? -147.38 39.86 23 1 GLU A 249 ? ? 76.07 -56.72 24 1 SER A 404 ? ? 82.15 -3.49 25 1 PHE A 429 ? ? -141.09 -49.54 26 1 GLN A 533 ? ? 88.55 13.72 27 1 LYS A 603 ? ? 83.68 -0.79 28 1 LEU A 647 ? ? 58.78 -122.45 29 1 LEU A 713 ? ? 86.66 5.32 30 1 UNK A 758 ? ? -162.85 71.60 31 1 GLU C 128 ? ? -57.01 -9.27 32 1 LYS C 140 ? ? 49.19 26.78 33 1 PRO C 151 ? ? -59.32 -0.75 34 1 ASN C 170 ? ? -171.02 124.22 35 1 LYS C 200 ? ? -37.31 130.12 36 1 THR C 239 ? ? -39.02 136.57 37 1 PHE C 247 ? ? -147.36 39.83 38 1 GLU C 249 ? ? 76.01 -56.67 39 1 SER C 404 ? ? 82.17 -3.50 40 1 PHE C 429 ? ? -141.01 -49.65 41 1 GLN C 533 ? ? 88.63 13.65 42 1 LYS C 603 ? ? 83.59 -0.74 43 1 LEU C 647 ? ? 58.78 -122.50 44 1 LEU C 713 ? ? 86.68 5.25 45 1 UNK C 758 ? ? -162.86 71.59 46 1 GLU D 128 ? ? -56.96 -9.34 47 1 LYS D 140 ? ? 49.22 26.77 48 1 PRO D 151 ? ? -59.31 -0.80 49 1 ASN D 170 ? ? -171.04 124.20 50 1 LYS D 200 ? ? -37.28 130.14 51 1 THR D 239 ? ? -39.03 136.53 52 1 PHE D 247 ? ? -147.39 39.87 53 1 GLU D 249 ? ? 76.02 -56.63 54 1 SER D 404 ? ? 82.09 -3.42 55 1 PHE D 429 ? ? -141.04 -49.61 56 1 GLN D 533 ? ? 88.59 13.68 57 1 LYS D 603 ? ? 83.63 -0.76 58 1 LEU D 647 ? ? 58.77 -122.43 59 1 LEU D 713 ? ? 86.71 5.31 60 1 UNK D 758 ? ? -162.83 71.51 # loop_ _pdbx_validate_peptide_omega.id _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_model_num _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.omega 1 1 PRO B 243 ? ? GLY B 244 ? ? 73.32 2 1 GLY B 244 ? ? PHE B 245 ? ? 55.41 3 1 PHE B 247 ? ? GLY B 248 ? ? -99.91 4 1 GLY B 248 ? ? GLU B 249 ? ? 130.55 5 1 PRO B 376 ? ? VAL B 377 ? ? -115.49 6 1 ILE B 689 ? ? ALA B 690 ? ? -147.96 7 1 PRO A 243 ? ? GLY A 244 ? ? 73.30 8 1 GLY A 244 ? ? PHE A 245 ? ? 55.40 9 1 PHE A 247 ? ? GLY A 248 ? ? -99.91 10 1 GLY A 248 ? ? GLU A 249 ? ? 130.55 11 1 PRO A 376 ? ? VAL A 377 ? ? -115.52 12 1 ILE A 689 ? ? ALA A 690 ? ? -147.97 13 1 PRO C 243 ? ? GLY C 244 ? ? 73.33 14 1 GLY C 244 ? ? PHE C 245 ? ? 55.37 15 1 PHE C 247 ? ? GLY C 248 ? ? -99.91 16 1 GLY C 248 ? ? GLU C 249 ? ? 130.57 17 1 PRO C 376 ? ? VAL C 377 ? ? -115.48 18 1 ILE C 689 ? ? ALA C 690 ? ? -147.94 19 1 PRO D 243 ? ? GLY D 244 ? ? 73.33 20 1 GLY D 244 ? ? PHE D 245 ? ? 55.37 21 1 PHE D 247 ? ? GLY D 248 ? ? -99.91 22 1 GLY D 248 ? ? GLU D 249 ? ? 130.54 23 1 PRO D 376 ? ? VAL D 377 ? ? -115.49 24 1 ILE D 689 ? ? ALA D 690 ? ? -147.94 # _pdbx_entry_details.entry_id 3J5P _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ;THE TRPV1 CONSTRUCT COMPRISES RESIDUES 110-603 AND 627-764, WITH RESIDUES 604-626 DELETED. RESIDUES 719-764 ARE NOT MODELED, WITH THE EXCEPTION OF 11 RESIDUES (NUMBERED 752-762 IN THE COORDINATES) WHOSE IDENTITIES ARE NOT KNOWN. ; _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 3J5P _em_3d_fitting.ref_protocol 'AB INITIO MODEL' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ;REFINEMENT PROTOCOL--de novo model building DETAILS--The entire ankyrin structure was fitted as a single rigid body. As a result, the first two ankyrin repeats (UNP residues 111-199) are included but are not well defined by the experimental density. ; _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 3J5P _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.refinement_type 'HALF-MAPS REFINED INDEPENDENTLY' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method 'Maximum likelihood' _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size 1.2156 _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size 1.2156 _em_3d_reconstruction.resolution 3.275 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details ;The entire ankyrin structure was fitted as a single rigid body. As a result, the first two ankyrin repeats (UNP residues 111-199) are included but are not well defined by the experimental density. (Single particle details: 3D classification, refinement, and reconstruction were performed using RELION) (Single particle--Applied symmetry: C4) ; _em_3d_reconstruction.num_particles 35645 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name '150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP' _em_buffer.pH 7.4 _em_buffer.details '150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP' # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name 'Rat TRPV1' _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details Tetramer _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 3J5P _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.number_digital_images 946 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.entry_id 3J5P _em_imaging.id 1 _em_imaging.date 2013-01-01 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.temperature ? _em_imaging.microscope_model 'FEI POLARA 300' _em_imaging.nominal_defocus_min 1500 _em_imaging.nominal_defocus_max 3000 _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_cs 2.0 _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.nominal_magnification 31000 _em_imaging.calibrated_magnification 31000 _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.details 'K2 Summit in super-resolution counting mode. Motion correction as described in Li et al. (2013) Nature Methods.' _em_imaging.specimen_holder_type 'FEI Polara cartridge' _em_imaging.specimen_holder_model OTHER _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.detector_distance 0.0 _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.citation_id ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details '400 mesh Quantifoil grid' _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? _em_sample_support.method ? # _em_vitrification.entry_id 3J5P _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.details 'Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III)' _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 90 _em_vitrification.temp 120 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK III' _em_vitrification.method 'Blot for 6 sec' _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.specimen_id 1 # _em_experiment.entry_id 3J5P _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 3J5P _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C4 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 B LEU 503 ? A LEU 393 2 1 Y 1 B LYS 504 ? A LYS 394 3 1 Y 1 B SER 505 ? A SER 395 4 1 Y 1 B LEU 506 ? A LEU 396 5 1 Y 1 B PHE 507 ? A PHE 397 6 1 Y 1 B UNK 751 ? A UNK 587 7 1 Y 1 A LEU 503 ? B LEU 393 8 1 Y 1 A LYS 504 ? B LYS 394 9 1 Y 1 A SER 505 ? B SER 395 10 1 Y 1 A LEU 506 ? B LEU 396 11 1 Y 1 A PHE 507 ? B PHE 397 12 1 Y 1 A UNK 751 ? B UNK 587 13 1 Y 1 C LEU 503 ? C LEU 393 14 1 Y 1 C LYS 504 ? C LYS 394 15 1 Y 1 C SER 505 ? C SER 395 16 1 Y 1 C LEU 506 ? C LEU 396 17 1 Y 1 C PHE 507 ? C PHE 397 18 1 Y 1 C UNK 751 ? C UNK 587 19 1 Y 1 D LEU 503 ? D LEU 393 20 1 Y 1 D LYS 504 ? D LYS 394 21 1 Y 1 D SER 505 ? D SER 395 22 1 Y 1 D LEU 506 ? D LEU 396 23 1 Y 1 D PHE 507 ? D PHE 397 24 1 Y 1 D UNK 751 ? D UNK 587 # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.pdbx_ordinal ALA N N N N 1 ALA CA C N S 2 ALA C C N N 3 ALA O O N N 4 ALA CB C N N 5 ALA OXT O N N 6 ALA H H N N 7 ALA H2 H N N 8 ALA HA H N N 9 ALA HB1 H N N 10 ALA HB2 H N N 11 ALA HB3 H N N 12 ALA HXT H N N 13 ARG N N N N 14 ARG CA C N S 15 ARG C C N N 16 ARG O O N N 17 ARG CB C N N 18 ARG CG C N N 19 ARG CD C N N 20 ARG NE N N N 21 ARG CZ C N N 22 ARG NH1 N N N 23 ARG NH2 N N N 24 ARG OXT O N N 25 ARG H H N N 26 ARG H2 H N N 27 ARG HA H N N 28 ARG HB2 H N N 29 ARG HB3 H N N 30 ARG HG2 H N N 31 ARG HG3 H N N 32 ARG HD2 H N N 33 ARG HD3 H N N 34 ARG HE H N N 35 ARG HH11 H N N 36 ARG HH12 H N N 37 ARG HH21 H N N 38 ARG HH22 H N N 39 ARG HXT H N N 40 ASN N N N N 41 ASN CA C N S 42 ASN C C N N 43 ASN O O N N 44 ASN CB C N N 45 ASN CG C N N 46 ASN OD1 O N N 47 ASN ND2 N N N 48 ASN OXT O N N 49 ASN H H N N 50 ASN H2 H N N 51 ASN HA H N N 52 ASN HB2 H N N 53 ASN HB3 H N N 54 ASN HD21 H N N 55 ASN HD22 H N N 56 ASN HXT H N N 57 ASP N N N N 58 ASP CA C N S 59 ASP C C N N 60 ASP O O N N 61 ASP CB C N N 62 ASP CG C N N 63 ASP OD1 O N N 64 ASP OD2 O N N 65 ASP OXT O N N 66 ASP H H N N 67 ASP H2 H N N 68 ASP HA H N N 69 ASP HB2 H N N 70 ASP HB3 H N N 71 ASP HD2 H N N 72 ASP HXT H N N 73 CYS N N N N 74 CYS CA C N R 75 CYS C C N N 76 CYS O O N N 77 CYS CB C N N 78 CYS SG S N N 79 CYS OXT O N N 80 CYS H H N N 81 CYS H2 H N N 82 CYS HA H N N 83 CYS HB2 H N N 84 CYS HB3 H N N 85 CYS HG H N N 86 CYS HXT H N N 87 GLN N N N N 88 GLN CA C N S 89 GLN C C N N 90 GLN O O N N 91 GLN CB C N N 92 GLN CG C N N 93 GLN CD C N N 94 GLN OE1 O N N 95 GLN NE2 N N N 96 GLN OXT O N N 97 GLN H H N N 98 GLN H2 H N N 99 GLN HA H N N 100 GLN HB2 H N N 101 GLN HB3 H N N 102 GLN HG2 H N N 103 GLN HG3 H N N 104 GLN HE21 H N N 105 GLN HE22 H N N 106 GLN HXT H N N 107 GLU N N N N 108 GLU CA C N S 109 GLU C C N N 110 GLU O O N N 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