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F PHE 472 CE2 11069 1 Y 1 F PHE 480 ? CZ ? F PHE 472 CZ 11070 1 Y 1 F THR 481 ? CB ? F THR 473 CB 11071 1 Y 1 F THR 481 ? OG1 ? F THR 473 OG1 11072 1 Y 1 F THR 481 ? CG2 ? F THR 473 CG2 11073 1 Y 1 F LEU 482 ? CB ? F LEU 474 CB 11074 1 Y 1 F LEU 482 ? CG ? F LEU 474 CG 11075 1 Y 1 F LEU 482 ? CD1 ? F LEU 474 CD1 11076 1 Y 1 F LEU 482 ? CD2 ? F LEU 474 CD2 11077 1 Y 1 F LYS 484 ? CB ? F LYS 476 CB 11078 1 Y 1 F LYS 484 ? CG ? F LYS 476 CG 11079 1 Y 1 F LYS 484 ? CD ? F LYS 476 CD 11080 1 Y 1 F LYS 484 ? CE ? F LYS 476 CE 11081 1 Y 1 F LYS 484 ? NZ ? F LYS 476 NZ 11082 1 Y 1 F ARG 485 ? CB ? F ARG 477 CB 11083 1 Y 1 F ARG 485 ? CG ? F ARG 477 CG 11084 1 Y 1 F ARG 485 ? CD ? F ARG 477 CD 11085 1 Y 1 F ARG 485 ? NE ? F ARG 477 NE 11086 1 Y 1 F ARG 485 ? CZ ? F ARG 477 CZ 11087 1 Y 1 F ARG 485 ? NH1 ? F ARG 477 NH1 11088 1 Y 1 F ARG 485 ? NH2 ? F ARG 477 NH2 11089 1 Y 1 F LYS 486 ? O ? F LYS 478 O 11090 1 Y 1 F LYS 486 ? CB ? F LYS 478 CB 11091 1 Y 1 F LYS 486 ? CG ? F LYS 478 CG 11092 1 Y 1 F LYS 486 ? CD ? F LYS 478 CD 11093 1 Y 1 F LYS 486 ? CE ? F LYS 478 CE 11094 1 Y 1 F LYS 486 ? NZ ? F LYS 478 NZ # _cell.entry_id 3J6R _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.length_a_esd ? _cell.length_b_esd ? _cell.length_c_esd ? _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma_esd ? # _symmetry.entry_id 3J6R _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? # _exptl.entry_id 3J6R _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.crystals_number ? # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews ? _exptl_crystal.density_percent_sol ? _exptl_crystal.description ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp ? _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength . _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _refine_hist.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 11466 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 11466 _refine_hist.d_res_high . _refine_hist.d_res_low . # _database_PDB_matrix.entry_id 3J6R _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 3J6R _struct.title 'Electron cryo-microscopy of Human Papillomavirus Type 16 capsid' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3J6R _struct_keywords.pdbx_keywords VIRUS _struct_keywords.text 'capsid protein, VIRUS' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code Q4VRM0_HPV16 _struct_ref.pdbx_db_accession Q4VRM0 _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ;ATVYLPPVPVSKVVSTDEYVARTNIYYHAGTSRLLAVGHPYFPIKKPNNNKILVPKVSGLQYRVFRIHLPDPNKFGFPDT SFYNPDTQRLVWACVGVEVGRGQPLGVGISGHPLLNKLDDTENASAYAANAGVDNRECISMDYKQTQLCLIGCKPPIGEH WGKGSPCTNVAVNPGDCPPLELINTVIQDGDMVDTGFGAMDFTTLQANKSEVPLDICTSICKYPDYIKMVSEPYGDSLFF YLRREQMFVRHLFNRAGTVGENVPDDLYIKGSGSTANLASSNYFPTPSGSMVTSDAQIFNKPYWLQRAQGHNNGICWGNQ LFVTVVDTTRSTNMSLCAAISTSETTYKNTNFKEYLRHGEEYDLQFIFQLCKITLTADVMTYIHSMNSTILEDWNFGLQP PPGGTLEDTYRFVTSQAIACQKHTPPAPKEDPLKKYTFWEVNLKEKFSADLDQFPLGRKFLLQAGLKAKPKFTLGKRK ; _struct_ref.pdbx_align_begin 35 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 3J6R B 1 ? 478 ? Q4VRM0 35 ? 512 ? 9 486 2 1 3J6R A 1 ? 478 ? Q4VRM0 35 ? 512 ? 9 486 3 1 3J6R E 1 ? 478 ? Q4VRM0 35 ? 512 ? 9 486 4 1 3J6R D 1 ? 478 ? Q4VRM0 35 ? 512 ? 9 486 5 1 3J6R C 1 ? 478 ? Q4VRM0 35 ? 512 ? 9 486 6 1 3J6R F 1 ? 478 ? Q4VRM0 35 ? 512 ? 9 486 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 3J6R GLN B 169 ? UNP Q4VRM0 ASN 203 conflict 177 1 1 3J6R GLN B 173 ? UNP Q4VRM0 ASN 207 conflict 181 2 1 3J6R LEU B 464 ? UNP Q4VRM0 ALA 498 conflict 472 3 2 3J6R GLN A 169 ? UNP Q4VRM0 ASN 203 conflict 177 4 2 3J6R GLN A 173 ? UNP Q4VRM0 ASN 207 conflict 181 5 2 3J6R LEU A 464 ? UNP Q4VRM0 ALA 498 conflict 472 6 3 3J6R GLN E 169 ? UNP Q4VRM0 ASN 203 conflict 177 7 3 3J6R GLN E 173 ? UNP Q4VRM0 ASN 207 conflict 181 8 3 3J6R LEU E 464 ? UNP Q4VRM0 ALA 498 conflict 472 9 4 3J6R GLN D 169 ? UNP Q4VRM0 ASN 203 conflict 177 10 4 3J6R GLN D 173 ? UNP Q4VRM0 ASN 207 conflict 181 11 4 3J6R LEU D 464 ? UNP Q4VRM0 ALA 498 conflict 472 12 5 3J6R GLN C 169 ? UNP Q4VRM0 ASN 203 conflict 177 13 5 3J6R GLN C 173 ? UNP Q4VRM0 ASN 207 conflict 181 14 5 3J6R LEU C 464 ? UNP Q4VRM0 ALA 498 conflict 472 15 6 3J6R GLN F 169 ? UNP Q4VRM0 ASN 203 conflict 177 16 6 3J6R GLN F 173 ? UNP Q4VRM0 ASN 207 conflict 181 17 6 3J6R LEU F 464 ? UNP Q4VRM0 ALA 498 conflict 472 18 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 'complete icosahedral assembly' ? 360-MERIC 360 2 'icosahedral asymmetric unit' ? hexameric 6 3 'icosahedral pentamer' ? 30-meric 30 4 'icosahedral 23 hexamer' ? 36-meric 36 5 'icosahedral asymmetric unit, std point frame' ? hexameric 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 '(1-60)' A,B,C,D,E,F 2 1 A,B,C,D,E,F 3 '(1-5)' A,B,C,D,E,F 4 '(1,2,6,10,23,24)' A,B,C,D,E,F 5 P A,B,C,D,E,F # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] P 'transform to point frame' ? ? 0.30901699 -0.80901699 0.50000000 0.00000 0.80901699 0.50000000 0.30901699 0.00000 -0.50000000 0.30901699 0.80901699 0.00000 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 2 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 -0.80901700 0.50000000 0.00000 0.80901699 0.50000000 0.30901699 0.00000 -0.50000000 0.30901699 0.80901700 0.00000 3 'point symmetry operation' ? ? -0.80901700 -0.50000000 0.30901700 0.00000 0.50000000 -0.30901699 0.80901700 0.00000 -0.30901700 0.80901699 0.50000000 0.00000 4 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.50000000 -0.30901700 0.00000 -0.50000000 -0.30901700 0.80901700 0.00000 0.30901699 0.80901700 0.50000000 0.00000 5 'point symmetry operation' ? ? 0.30901700 0.80901699 -0.50000000 0.00000 -0.80901699 0.50000000 0.30901700 0.00000 0.50000000 0.30901700 0.80901699 0.00000 6 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.30901699 -0.80901699 0.00000 -0.30901700 -0.80901699 0.50000001 0.00000 -0.80901700 0.49999999 0.30901699 0.00000 7 'point symmetry operation' ? 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