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Nature 455 109 113 2008 NATUAS UK 0028-0836 0006 ? 18668044 10.1038/nature07159 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Rasheed, M.' 1 primary 'Bettadapura, R.' 2 primary 'Bajaj, C.' 3 original_data_1 'Liu, J.' 4 original_data_1 'Bartesaghi, A.' 5 original_data_1 'Borgnia, M.J.' 6 original_data_1 'Sapiro, G.' 7 original_data_1 'Subramaniam, S.' 8 # _cell.entry_id 3J70 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.length_a_esd ? _cell.length_b_esd ? _cell.length_c_esd ? _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma_esd ? # _symmetry.entry_id 3J70 _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'monoclonal antibody 17b light chain' 22636.338 3 ? ? ? ? 2 polymer nat 'monoclonal antibody 17b heavy chain' 22816.270 3 ? ? ? ? 3 polymer nat 'T-cell surface glycoprotein CD4' 20503.260 3 ? ? 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A,M,R ? 2 'polypeptide(L)' no no ;DIQMTQSPSSVSASVGDRVTITCRASQDISTWLAWYQQKPGKAPKLLIYAASTLQSGVPSRFSGSGSGTDFSLTINSLQP EDFATYYCQQANSFFTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQE SVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKKLYACEVTQGLSSPVTKSFNRGE ; ;DIQMTQSPSSVSASVGDRVTITCRASQDISTWLAWYQQKPGKAPKLLIYAASTLQSGVPSRFSGSGSGTDFSLTINSLQP EDFATYYCQQANSFFTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQE SVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKKLYACEVTQGLSSPVTKSFNRGE ; B,N,S ? 3 'polypeptide(L)' no no ;KKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSD TYICEVEDQKEEVQLLVFGLTANSDTHLLQGQSLTLTLESPPGSSPSVQCRSPRGKNIQGGKTLSVSQLELQDSGTWTCT VLQNQKKVEFKIDIVVLAFQKASNT ; ;KKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSD TYICEVEDQKEEVQLLVFGLTANSDTHLLQGQSLTLTLESPPGSSPSVQCRSPRGKNIQGGKTLSVSQLELQDSGTWTCT VLQNQKKVEFKIDIVVLAFQKASNT ; C,O,T ? 4 'polypeptide(L)' no no ;TEKLWVTVYYGVPVWKEATTTLFCASDAKAYDTEVHNVWATHACVPTDPNPQEVVLVNVTENFNMWKNDMVEQMHEDIIS 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HIV-1 'Human immunodeficiency virus 1' 11676 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP CD4_HUMAN P01730 3 ;KKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSD TYICEVEDQKEEVQLLVFGLTANSDTHLLQGQSLTLTLESPPGSSPSVQCRSPRGKNIQGGKTLSVSQLELQDSGTWTCT VLQNQKKVEFKIDIVVLAFQKAS ; 26 ? 2 UNP ENV_HV1H2 P04578 4 ;TEKLWVTVYYGVPVWKEATTTLFCASDAKAYDTEVHNVWATHACVPTDPNPQEVVLVNVTENFNMWKNDMVEQMHEDIIS LWDQSLKPCVKLTPLCVSLKCTDLKNDTNTNSSSGRMIMEKGEIKNCSFNISTSIRGKVQKEYAFFYKLDIIPIDNDTTS YKLTSCNTSVITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCNNKTFNGTGPCTNVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEEEV VIRSVNFTDNAKTIIVQLNTSVEINCTRPNNNTRKRIRIQRGPGRAFVTIGKIGNMRQAHCNISRAKWNNTLKQIASKLR EQFGNNKTIIFKQSSGGDPEIVTHSFNCGGEFFYCNSTQLFNSTWFNSTWSTEGSNNTEGSDTITLPCRIKQIINMWQKV GKAMYAPPISGQIRCSSNITGLLLTRDGGNSNNESEIFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTK ; 31 ? 3 PDB 3J70 3J70 1 ;EVQLVQSGAEVKKPGATVKISCKASGYTFSDFYMYWVRQAPGKGLEWMGLIDEDADTMYAEKFRGRVTITADTSTDTGYL ELRSEDTAVYYCAADPWELNNVWGQGTLVSVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALT SGVTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNKPSNTKVDKKVEPK ; 1 ? 4 PDB 3J70 3J70 2 ;DIQMTQSPSSVSASVGDRVTITCRASQDISTWLAWYQQKPGKAPKLLIYAASTLQSGVPSRFSGSGSGTDFSLTINSLQP EDFATYYCQQANSFFTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQE SVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKKLYACEVTQGLSSPVTKSFNRGE ; 1 ? 5 PDB 3J70 3J70 5 ;XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX ; 1 ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 3J70 C 1 ? 183 ? 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P04578 31 ? 500 ? 31 500 7 3 3J70 A 1 ? 212 ? 3J70 1 ? 214 ? 1 214 8 3 3J70 M 1 ? 212 ? 3J70 1 ? 214 ? 1 214 9 3 3J70 R 1 ? 212 ? 3J70 1 ? 214 ? 1 214 10 4 3J70 B 1 ? 210 ? 3J70 1 ? 213 ? 1 213 11 4 3J70 N 1 ? 210 ? 3J70 1 ? 213 ? 1 213 12 4 3J70 S 1 ? 210 ? 3J70 1 ? 213 ? 1 213 13 5 3J70 E 1 ? 140 ? 3J70 1 ? 140 ? 1 140 14 5 3J70 Q 1 ? 140 ? 3J70 1 ? 140 ? 1 140 15 5 3J70 V 1 ? 140 ? 3J70 1 ? 140 ? 1 140 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 3J70 ASN C 184 ? UNP P01730 ? ? 'EXPRESSION TAG' 184 1 1 3J70 THR C 185 ? UNP P01730 ? ? 'EXPRESSION TAG' 185 2 3 3J70 ASN O 184 ? UNP P01730 ? ? 'EXPRESSION TAG' 184 3 3 3J70 THR O 185 ? UNP P01730 ? ? 'EXPRESSION TAG' 185 4 5 3J70 ASN T 184 ? UNP P01730 ? ? 'EXPRESSION TAG' 184 5 5 3J70 THR T 185 ? UNP P01730 ? ? 'EXPRESSION TAG' 185 6 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 UNK 'L-peptide linking' . UNKNOWN ? 'C4 H9 N O2' 103.120 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 3J70 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.crystals_number ? # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews ? _exptl_crystal.density_percent_sol ? _exptl_crystal.description ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp ? _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength . _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _refine_hist.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 26016 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 26016 _refine_hist.d_res_high . _refine_hist.d_res_low . # _struct.entry_id 3J70 _struct.title 'Model of gp120, including variable regions, in complex with CD4 and 17b' _struct.pdbx_descriptor ;monoclonal antibody 17b light chain , monoclonal antibody 17b heavy chain, T-cell surface glycoprotein CD4, Envelope glycoprotein gp120, envelope glycoprotein gp41 ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3J70 _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' _struct_keywords.text 'gp120, V1V2, CD4, 17b, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 1 ? G N N 2 ? H N N 3 ? I N N 4 ? J N N 5 ? K N N 1 ? L N N 2 ? M N N 3 ? N N N 4 ? O N N 5 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 THR A 28 ? PHE A 32 ? THR A 28 PHE A 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 2 GLU A 61 ? ARG A 64 ? GLU A 61 ARG A 64 5 ? 4 HELX_P HELX_P3 3 THR A 73 ? THR A 75 ? THR A 73 THR A 75 5 ? 3 HELX_P HELX_P4 4 ARG A 83 ? THR A 87 ? ARG A 83 THR A 87 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 5 SER A 185 ? GLN A 191 ? SER A 186 GLN A 192 1 ? 7 HELX_P HELX_P6 6 SER B 120 ? GLY B 127 ? SER B 121 GLY B 128 1 ? 8 HELX_P HELX_P7 7 LYS B 182 ? LYS B 187 ? LYS B 183 LYS B 188 1 ? 6 HELX_P HELX_P8 8 SER C 49 ? ASP C 53 ? SER C 49 ASP C 53 5 ? 5 HELX_P HELX_P9 9 ARG C 58 ? TRP C 62 ? ARG C 58 TRP C 62 5 ? 5 HELX_P HELX_P10 10 LYS C 75 ? SER C 79 ? LYS C 75 SER C 79 5 ? 5 HELX_P HELX_P11 11 GLU C 150 ? SER C 154 ? GLU C 150 SER C 154 5 ? 5 HELX_P HELX_P12 12 GLU D 34 ? ALA D 43 ? GLU D 64 ALA D 73 1 ? 10 HELX_P HELX_P13 13 ASN D 68 ? LEU D 86 ? ASN D 98 LEU D 116 1 ? 19 HELX_P HELX_P14 14 ARG D 305 ? GLY D 324 ? ARG D 335 GLY D 354 1 ? 20 HELX_P HELX_P15 15 ASP D 338 ? THR D 343 ? ASP D 368 THR D 373 1 ? 6 HELX_P HELX_P16 16 ASN D 367 ? SER D 381 ? ASN D 397 SER D 411 1 ? 15 HELX_P HELX_P17 17 MET D 445 ? TYR D 454 ? MET D 475 TYR D 484 1 ? 10 HELX_P HELX_P18 18 UNK E 3 ? UNK E 37 ? UNK E 3 UNK E 37 1 ? 35 HELX_P HELX_P19 19 UNK E 102 ? UNK E 140 ? UNK E 102 UNK E 140 1 ? 39 HELX_P HELX_P20 20 THR F 28 ? PHE F 32 ? THR M 28 PHE M 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P21 21 GLU F 61 ? ARG F 64 ? GLU M 61 ARG M 64 5 ? 4 HELX_P HELX_P22 22 THR F 73 ? THR F 75 ? THR M 73 THR M 75 5 ? 3 HELX_P HELX_P23 23 ARG F 83 ? THR F 87 ? ARG M 83 THR M 87 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 24 SER F 185 ? GLN F 191 ? SER M 186 GLN M 192 1 ? 7 HELX_P HELX_P25 25 SER G 120 ? GLY G 127 ? SER N 121 GLY N 128 1 ? 8 HELX_P HELX_P26 26 LYS G 182 ? LYS G 187 ? LYS N 183 LYS N 188 1 ? 6 HELX_P HELX_P27 27 SER H 49 ? ASP H 53 ? SER O 49 ASP O 53 5 ? 5 HELX_P HELX_P28 28 ARG H 58 ? TRP H 62 ? ARG O 58 TRP O 62 5 ? 5 HELX_P HELX_P29 29 LYS H 75 ? SER H 79 ? LYS O 75 SER O 79 5 ? 5 HELX_P HELX_P30 30 GLU H 150 ? SER H 154 ? GLU O 150 SER O 154 5 ? 5 HELX_P HELX_P31 31 GLU I 34 ? ALA I 43 ? GLU P 64 ALA P 73 1 ? 10 HELX_P HELX_P32 32 ASN I 68 ? LEU I 86 ? ASN P 98 LEU P 116 1 ? 19 HELX_P HELX_P33 33 ARG I 305 ? GLY I 324 ? ARG P 335 GLY P 354 1 ? 20 HELX_P HELX_P34 34 ASP I 338 ? THR I 343 ? ASP P 368 THR P 373 1 ? 6 HELX_P HELX_P35 35 ASN I 367 ? SER I 381 ? ASN P 397 SER P 411 1 ? 15 HELX_P HELX_P36 36 MET I 445 ? TYR I 454 ? MET P 475 TYR P 484 1 ? 10 HELX_P HELX_P37 37 UNK J 3 ? UNK J 37 ? UNK Q 3 UNK Q 37 1 ? 35 HELX_P HELX_P38 38 UNK J 102 ? UNK J 140 ? UNK Q 102 UNK Q 140 1 ? 39 HELX_P HELX_P39 39 THR K 28 ? PHE K 32 ? THR R 28 PHE R 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P40 40 GLU K 61 ? ARG K 64 ? GLU R 61 ARG R 64 5 ? 4 HELX_P HELX_P41 41 THR K 73 ? THR K 75 ? THR R 73 THR R 75 5 ? 3 HELX_P HELX_P42 42 ARG K 83 ? THR K 87 ? ARG R 83 THR R 87 5 ? 5 HELX_P HELX_P43 43 SER K 185 ? GLN K 191 ? SER R 186 GLN R 192 1 ? 7 HELX_P HELX_P44 44 SER L 120 ? GLY L 127 ? SER S 121 GLY S 128 1 ? 8 HELX_P HELX_P45 45 LYS L 182 ? LYS L 187 ? LYS S 183 LYS S 188 1 ? 6 HELX_P HELX_P46 46 SER M 49 ? ASP M 53 ? SER T 49 ASP T 53 5 ? 5 HELX_P HELX_P47 47 ARG M 58 ? TRP M 62 ? ARG T 58 TRP T 62 5 ? 5 HELX_P HELX_P48 48 LYS M 75 ? SER M 79 ? LYS T 75 SER T 79 5 ? 5 HELX_P HELX_P49 49 GLU M 150 ? SER M 154 ? GLU T 150 SER T 154 5 ? 5 HELX_P HELX_P50 50 GLU N 34 ? ALA N 43 ? GLU U 64 ALA U 73 1 ? 10 HELX_P HELX_P51 51 ASN N 68 ? LEU N 86 ? ASN U 98 LEU U 116 1 ? 19 HELX_P HELX_P52 52 ARG N 305 ? GLY N 324 ? ARG U 335 GLY U 354 1 ? 20 HELX_P HELX_P53 53 ASP N 338 ? THR N 343 ? ASP U 368 THR U 373 1 ? 6 HELX_P HELX_P54 54 ASN N 367 ? SER N 381 ? ASN U 397 SER U 411 1 ? 15 HELX_P HELX_P55 55 MET N 445 ? TYR N 454 ? MET U 475 TYR U 484 1 ? 10 HELX_P HELX_P56 56 UNK O 3 ? UNK O 37 ? UNK V 3 UNK V 37 1 ? 35 HELX_P HELX_P57 57 UNK O 102 ? UNK O 140 ? UNK V 102 UNK V 140 1 ? 39 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf1 disulf ? ? A CYS 22 SG ? ? ? 1_555 A CYS 92 SG ? ? A CYS 22 A CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.978 ? disulf2 disulf ? ? A CYS 140 SG ? ? ? 1_555 A CYS 195 SG ? ? A CYS 140 A CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.170 ? disulf3 disulf ? ? B CYS 23 SG ? ? ? 1_555 B CYS 88 SG ? ? B CYS 23 B CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.130 ? disulf4 disulf ? ? B CYS 133 SG ? ? ? 1_555 B CYS 192 SG ? ? B CYS 134 B CYS 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? disulf5 disulf ? ? C CYS 16 SG ? ? ? 1_555 C CYS 84 SG ? ? C CYS 16 C CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.897 ? disulf6 disulf ? ? C CYS 130 SG ? ? ? 1_555 C CYS 159 SG ? ? C CYS 130 C CYS 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.150 ? disulf7 disulf ? ? D CYS 89 SG ? ? ? 1_555 D CYS 175 SG ? ? D CYS 119 D CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.833 ? disulf8 disulf ? ? D CYS 188 SG ? ? ? 1_555 D CYS 217 SG ? ? D CYS 218 D CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.884 ? disulf9 disulf ? ? D CYS 198 SG ? ? ? 1_555 D CYS 209 SG ? ? D CYS 228 D CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.147 ? disulf10 disulf ? ? D CYS 266 SG ? ? ? 1_555 D CYS 301 SG ? ? D CYS 296 D CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.927 ? disulf11 disulf ? ? D CYS 301 SG ? ? ? 1_555 D CYS 388 SG ? ? D CYS 331 D CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? disulf12 disulf ? ? D CYS 301 SG ? ? ? 1_555 D CYS 355 SG ? ? D CYS 331 D CYS 385 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? disulf13 disulf ? ? D CYS 348 SG ? ? ? 1_555 D CYS 415 SG ? ? D CYS 378 D CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.123 ? disulf14 disulf ? ? D CYS 355 SG ? ? ? 1_555 D CYS 388 SG ? ? D CYS 385 D CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? disulf15 disulf ? ? F CYS 22 SG ? ? ? 1_555 F CYS 92 SG ? ? M CYS 22 M CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.978 ? disulf16 disulf ? ? F CYS 140 SG ? ? ? 1_555 F CYS 195 SG ? ? M CYS 140 M CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.170 ? disulf17 disulf ? ? G CYS 23 SG ? ? ? 1_555 G CYS 88 SG ? ? N CYS 23 N CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.130 ? disulf18 disulf ? ? G CYS 133 SG ? ? ? 1_555 G CYS 192 SG ? ? N CYS 134 N CYS 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? disulf19 disulf ? ? H CYS 16 SG ? ? ? 1_555 H CYS 84 SG ? ? O CYS 16 O CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.898 ? disulf20 disulf ? ? H CYS 130 SG ? ? ? 1_555 H CYS 159 SG ? ? O CYS 130 O CYS 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.150 ? disulf21 disulf ? ? I CYS 89 SG ? ? ? 1_555 I CYS 175 SG ? ? P CYS 119 P CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.833 ? disulf22 disulf ? ? I CYS 188 SG ? ? ? 1_555 I CYS 217 SG ? ? P CYS 218 P CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.884 ? disulf23 disulf ? ? I CYS 198 SG ? ? ? 1_555 I CYS 209 SG ? ? P CYS 228 P CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.147 ? disulf24 disulf ? ? I CYS 266 SG ? ? ? 1_555 I CYS 301 SG ? ? P CYS 296 P CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.926 ? disulf25 disulf ? ? I CYS 301 SG ? ? ? 1_555 I CYS 388 SG ? ? P CYS 331 P CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? disulf26 disulf ? ? I CYS 301 SG ? ? ? 1_555 I CYS 355 SG ? ? P CYS 331 P CYS 385 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? disulf27 disulf ? ? I CYS 348 SG ? ? ? 1_555 I CYS 415 SG ? ? P CYS 378 P CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? disulf28 disulf ? ? I CYS 355 SG ? ? ? 1_555 I CYS 388 SG ? ? P CYS 385 P CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.109 ? disulf29 disulf ? ? K CYS 22 SG ? ? ? 1_555 K CYS 92 SG ? ? R CYS 22 R CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.978 ? disulf30 disulf ? ? K CYS 140 SG ? ? ? 1_555 K CYS 195 SG ? ? R CYS 140 R CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? disulf31 disulf ? ? L CYS 23 SG ? ? ? 1_555 L CYS 88 SG ? ? S CYS 23 S CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.130 ? disulf32 disulf ? ? L CYS 133 SG ? ? ? 1_555 L CYS 192 SG ? ? S CYS 134 S CYS 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? disulf33 disulf ? ? M CYS 16 SG ? ? ? 1_555 M CYS 84 SG ? ? T CYS 16 T CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.898 ? disulf34 disulf ? ? M CYS 130 SG ? ? ? 1_555 M CYS 159 SG ? ? T CYS 130 T CYS 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.150 ? disulf35 disulf ? ? N CYS 89 SG ? ? ? 1_555 N CYS 175 SG ? ? U CYS 119 U CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.833 ? disulf36 disulf ? ? N CYS 188 SG ? ? ? 1_555 N CYS 217 SG ? ? U CYS 218 U CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.884 ? disulf37 disulf ? ? N CYS 198 SG ? ? ? 1_555 N CYS 209 SG ? ? U CYS 228 U CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.147 ? disulf38 disulf ? ? N CYS 266 SG ? ? ? 1_555 N CYS 301 SG ? ? U CYS 296 U CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.927 ? disulf39 disulf ? ? N CYS 301 SG ? ? ? 1_555 N CYS 388 SG ? ? U CYS 331 U CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? disulf40 disulf ? ? N CYS 301 SG ? ? ? 1_555 N CYS 355 SG ? ? U CYS 331 U CYS 385 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? disulf41 disulf ? ? N CYS 348 SG ? ? ? 1_555 N CYS 415 SG ? ? U CYS 378 U CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? disulf42 disulf ? ? N CYS 355 SG ? ? ? 1_555 N CYS 388 SG ? ? U CYS 385 U CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PHE 146 A . ? PHE 146 A PRO 147 A ? PRO 147 A 1 -1.36 2 GLU 148 A . ? GLU 148 A PRO 149 A ? PRO 149 A 1 -0.46 3 SER 7 B . ? SER 7 B PRO 8 B ? PRO 8 B 1 0.36 4 TYR 139 B . ? 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# _pdbx_database_remark.id 0 _pdbx_database_remark.text ;THIS ENTRY 3J70 CONTAINS A STRUCTURAL MODEL FIT TO AN ELECTRON MICROSCOPY MAP (EMD-5020) DETERMINED ORIGINALLY BY AUTHORS: J.LIU, A.BARTESAGHI, M.J.BORGNIA, G.SAPIRO, S.Y.SUBRAMANIAM ; # _em_3d_reconstruction.entry_id 3J70 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.5 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.resolution 20 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_particles . _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.pH 7.2 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name 'gp120, including variable regions, in complex with CD4 and 17b' _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? 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