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The initial model was then refined in 6 iterations with EMAN2 using untilted particles. (Single particle--Applied symmetry: C7) ; _em_3d_reconstruction.num_particles 1455 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 2 _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name '20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl' _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.details '20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl' # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name 'Mycobacterial protein' _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 3J83 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.number_digital_images 50 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.entry_id 3J83 _em_imaging.id 1 _em_imaging.date 2013-08-28 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.temperature 298 _em_imaging.microscope_model 'FEI TECNAI SPIRIT' _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 1200 _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.nominal_magnification 49000 _em_imaging.calibrated_magnification 65900 _em_imaging.electron_source LAB6 _em_imaging.accelerating_voltage 120 _em_imaging.details 'Low dose' _em_imaging.specimen_holder_type 'side entry room temperature tomography holder' _em_imaging.specimen_holder_model 'SIDE ENTRY, EUCENTRIC' _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.detector_distance 0.0 _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.citation_id ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details '200 mesh gold grid with thin carbon support, glow discharged' _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? _em_sample_support.method ? # _em_experiment.entry_id 3J83 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 3J83 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C7 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET -22 ? 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RECONSTRUCTION ? 1 # _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.concentration 0.01 _em_specimen.vitrification_applied NO _em_specimen.staining_applied YES _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.details ;Protein was adsorbed onto grid, quickly blotted, and floated on 1% uranyl formate solution for 30 seconds. ; # _em_staining.id 1 _em_staining.specimen_id 1 _em_staining.material 'uranyl formate' _em_staining.type NEGATIVE _em_staining.details ? # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name PDB _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 4WJ1 # _atom_sites.entry_id 3J83 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 # loop_ _atom_type.symbol C H N O S # loop_