data_3J99 # _entry.id 3J99 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.387 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI RCSB RCSB160411 ? ? PDB 3J99 pdb_00003j99 10.2210/pdb3j99/pdb WWPDB D_1000160411 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2015-01-28 2 'Structure model' 1 1 2015-02-11 3 'Structure model' 1 2 2018-07-18 4 'Structure model' 1 3 2024-02-21 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Data collection' 3 4 'Structure model' 'Data collection' 4 4 'Structure model' 'Database references' 5 4 'Structure model' 'Refinement description' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 3 'Structure model' em_image_scans 2 3 'Structure model' em_software 3 4 'Structure model' chem_comp_atom 4 4 'Structure model' chem_comp_bond 5 4 'Structure model' database_2 6 4 'Structure model' em_3d_fitting_list 7 4 'Structure model' pdbx_initial_refinement_model 8 4 'Structure model' refine 9 4 'Structure model' struct_ref_seq_dif # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 3 'Structure model' '_em_software.image_processing_id' 2 3 'Structure model' '_em_software.name' 3 4 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 4 4 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 5 4 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.accession_code' 6 4 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id' 7 4 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.source_name' 8 4 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.type' 9 4 'Structure model' '_refine.ls_d_res_high' 10 4 'Structure model' '_refine.ls_d_res_low' 11 4 'Structure model' '_struct_ref_seq_dif.details' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.entry_id 3J99 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2014-12-05 _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.SG_entry ? _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type _pdbx_database_related.details EMDB EMD-6209 'associated EM volume' . EMDB EMD-6204 'other EM volume' . EMDB EMD-6205 'other EM volume' . EMDB EMD-6206 'other EM volume' . EMDB EMD-6207 'other EM volume' . EMDB EMD-6208 'other EM volume' . EMDB EMD-6210 'other EM volume' . PDB 3J94 unspecified . PDB 3J95 unspecified . PDB 3J96 unspecified . PDB 3J97 unspecified . PDB 3J98 unspecified . # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Zhao, M.' 1 'Wu, S.' 2 'Cheng, Y.' 3 'Brunger, A.T.' 4 # _citation.id primary _citation.title 'Mechanistic insights into the recycling machine of the SNARE complex.' _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_volume 518 _citation.page_first 61 _citation.page_last 67 _citation.year 2015 _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.country UK _citation.journal_id_ISSN 0028-0836 _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 25581794 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/nature14148 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Zhao, M.' 1 ? primary 'Wu, S.' 2 ? primary 'Zhou, Q.' 3 ? primary 'Vivona, S.' 4 ? primary 'Cipriano, D.J.' 5 ? primary 'Cheng, Y.' 6 ? primary 'Brunger, A.T.' 7 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Vesicle-fusing ATPase' 82907.430 6 3.6.4.6 ? ? ? 2 polymer man 'Alpha-soluble NSF attachment protein' 33377.793 4 ? ? ? ? 3 polymer man 'Vesicle-associated membrane protein 2' 7231.061 1 ? ? 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'UNP residues 191-256' ? 5 polymer man 'Synaptosomal-associated protein 25' 21256.855 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 ;N-ethylmaleimide-sensitive fusion protein, NEM-sensitive fusion protein, Vesicular-fusion protein NSF, N-ethylmaleimide sensitive factor ; 2 'SNAP-alpha, N-ethylmaleimide-sensitive factor attachment protein alpha, alpha-SNAP' 3 'VAMP-2, Synaptobrevin-2' 4 'Neuron-specific antigen HPC-1, Synaptotagmin-associated 35 kDa protein, P35A' 5 'SNAP-25, Super protein, SUP, Synaptosomal-associated 25 kDa protein' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GAHMAGRSMQAARCPTDELSLSNCAVVSEKDYQSGQHVIVRTSPNHKYIFTLRTHPSVVPGSVAFSLPQRKWAGLSIGQE IEVALYSFDKAKQCIGTMTIEIDFLQKKNIDSNPYDTDKMAAEFIQQFNNQAFSVGQQLVFSFNDKLFGLLVKDIEAMDP SILKGEPASGKRQKIEVGLVVGNSQVAFEKAENSSLNLIGKAKTKENRQSIINPDWNFEKMGIGGLDKEFSDIFRRAFAS RVFPPEIVEQMGCKHVKGILLYGPPGCGKTLLARQIGKMLNAREPKVVNGPEILNKYVGESEANIRKLFADAEEEQRRLG ANSGLHIIIFDEIDAICKQRGSMAGSTGVHDTVVNQLLSKIDGVEQLNNILVIGMTNRPDLIDEALLRPGRLEVKMEIGL PDEKGRLQILHIHTARMRGHQLLSADVDIKELAVETKNFSGAELEGLVRAAQSTAMNRHIKASTKVEVDMEKAESLQVTR GDFLASLENDIKPAFGTNQEDYASYIMNGIIKWGDPVTRVLDDGELLVQQTKNSDRTPLVSVLLEGPPHSGKTALAAKIA EESNFPFIKICSPDKMIGFSETAKCQAMKKIFDDAYKSQLSCVVVDDIERLLDYVPIGPRFSNLVLQALLVLLKKAPPQG RKLLIIGTTSRKDVLQEMEMLNAFSTTIHVPNIATGEQLLEALELLGNFKDKERTTIAQQVKGKKVWIGIKKLLMLIEMS LQMDPEYRVRKFLALLREEGASPLDFD ; ;GAHMAGRSMQAARCPTDELSLSNCAVVSEKDYQSGQHVIVRTSPNHKYIFTLRTHPSVVPGSVAFSLPQRKWAGLSIGQE IEVALYSFDKAKQCIGTMTIEIDFLQKKNIDSNPYDTDKMAAEFIQQFNNQAFSVGQQLVFSFNDKLFGLLVKDIEAMDP SILKGEPASGKRQKIEVGLVVGNSQVAFEKAENSSLNLIGKAKTKENRQSIINPDWNFEKMGIGGLDKEFSDIFRRAFAS RVFPPEIVEQMGCKHVKGILLYGPPGCGKTLLARQIGKMLNAREPKVVNGPEILNKYVGESEANIRKLFADAEEEQRRLG ANSGLHIIIFDEIDAICKQRGSMAGSTGVHDTVVNQLLSKIDGVEQLNNILVIGMTNRPDLIDEALLRPGRLEVKMEIGL PDEKGRLQILHIHTARMRGHQLLSADVDIKELAVETKNFSGAELEGLVRAAQSTAMNRHIKASTKVEVDMEKAESLQVTR GDFLASLENDIKPAFGTNQEDYASYIMNGIIKWGDPVTRVLDDGELLVQQTKNSDRTPLVSVLLEGPPHSGKTALAAKIA EESNFPFIKICSPDKMIGFSETAKCQAMKKIFDDAYKSQLSCVVVDDIERLLDYVPIGPRFSNLVLQALLVLLKKAPPQG RKLLIIGTTSRKDVLQEMEMLNAFSTTIHVPNIATGEQLLEALELLGNFKDKERTTIAQQVKGKKVWIGIKKLLMLIEMS LQMDPEYRVRKFLALLREEGASPLDFD ; A,B,C,D,E,F ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GSMDTSGKQAEAMALLAEAERKVKNSQSFFSGLFGGSSKIEEACEIYARAANMFKMAKNWSAAGNAFCQAAQLHLQLQSK HDAATCFVDAGNAFKKADPQEAINCLMRAIEIYTDMGRFTIAAKHHISIAEIYETELVDVEKAIAHYEQSADYYKGEESN SSANKCLLKVAGYAAQLEQYQKAIDIYEQVGTSAMDSPLLKYSAKDYFFKAALCHFCIDMLNAKLAVQKYEELFPAFSDS RECKLMKKLLEAHEEQNVDSYTESVKEYDSISRLDQWLTTMLLRIKKTIQGDEEDLR ; ;GSMDTSGKQAEAMALLAEAERKVKNSQSFFSGLFGGSSKIEEACEIYARAANMFKMAKNWSAAGNAFCQAAQLHLQLQSK HDAATCFVDAGNAFKKADPQEAINCLMRAIEIYTDMGRFTIAAKHHISIAEIYETELVDVEKAIAHYEQSADYYKGEESN SSANKCLLKVAGYAAQLEQYQKAIDIYEQVGTSAMDSPLLKYSAKDYFFKAALCHFCIDMLNAKLAVQKYEELFPAFSDS RECKLMKKLLEAHEEQNVDSYTESVKEYDSISRLDQWLTTMLLRIKKTIQGDEEDLR ; H,I,J,G ? 3 'polypeptide(L)' no no GSNRRLQQTQAQVDEVVDIMRVNVDKVLERDQKLSELDDRADALQAGASQFETSAAKLKRKYW GSNRRLQQTQAQVDEVVDIMRVNVDKVLERDQKLSELDDRADALQAGASQFETSAAKLKRKYW K ? 4 'polypeptide(L)' no no MALSEIETRHSEIIKLENSIRELHDMFMDMAMLVESQGEMIDRIEYNVEHAVDYVERAVSDTKKAVK MALSEIETRHSEIIKLENSIRELHDMFMDMAMLVESQGEMIDRIEYNVEHAVDYVERAVSDTKKAVK L ? 5 'polypeptide(L)' no no ;RADQLADESLESTRRMLQLVEESKDAGIRTLVMLDEQGEQLDRVEEGMNHINQDMKEAEKNLKDLGKFCGLCVCPCNKLK SSDAYKKAWGNNQDGVVASQPARVVDEREQMAISGGFIRRVTNDARENEMDENLEQVSGIIGNLRHMALDMGNEIDTQNR QIDRIMEKADSNKTRIDEANQRATKMLG ; ;RADQLADESLESTRRMLQLVEESKDAGIRTLVMLDEQGEQLDRVEEGMNHINQDMKEAEKNLKDLGKFCGLCVCPCNKLK SSDAYKKAWGNNQDGVVASQPARVVDEREQMAISGGFIRRVTNDARENEMDENLEQVSGIIGNLRHMALDMGNEIDTQNR QIDRIMEKADSNKTRIDEANQRATKMLG ; M ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 ALA n 1 3 HIS n 1 4 MET n 1 5 ALA n 1 6 GLY n 1 7 ARG n 1 8 SER n 1 9 MET n 1 10 GLN n 1 11 ALA n 1 12 ALA n 1 13 ARG n 1 14 CYS n 1 15 PRO n 1 16 THR n 1 17 ASP n 1 18 GLU n 1 19 LEU n 1 20 SER n 1 21 LEU n 1 22 SER n 1 23 ASN n 1 24 CYS n 1 25 ALA n 1 26 VAL n 1 27 VAL n 1 28 SER n 1 29 GLU n 1 30 LYS n 1 31 ASP n 1 32 TYR n 1 33 GLN n 1 34 SER n 1 35 GLY n 1 36 GLN n 1 37 HIS n 1 38 VAL n 1 39 ILE n 1 40 VAL n 1 41 ARG n 1 42 THR n 1 43 SER n 1 44 PRO n 1 45 ASN n 1 46 HIS n 1 47 LYS n 1 48 TYR n 1 49 ILE n 1 50 PHE n 1 51 THR n 1 52 LEU n 1 53 ARG n 1 54 THR n 1 55 HIS n 1 56 PRO n 1 57 SER n 1 58 VAL n 1 59 VAL n 1 60 PRO n 1 61 GLY n 1 62 SER n 1 63 VAL n 1 64 ALA n 1 65 PHE n 1 66 SER n 1 67 LEU n 1 68 PRO n 1 69 GLN n 1 70 ARG n 1 71 LYS n 1 72 TRP n 1 73 ALA n 1 74 GLY n 1 75 LEU n 1 76 SER n 1 77 ILE n 1 78 GLY n 1 79 GLN n 1 80 GLU n 1 81 ILE n 1 82 GLU n 1 83 VAL n 1 84 ALA n 1 85 LEU n 1 86 TYR n 1 87 SER n 1 88 PHE n 1 89 ASP n 1 90 LYS n 1 91 ALA n 1 92 LYS n 1 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LEU n 1 261 LEU n 1 262 TYR n 1 263 GLY n 1 264 PRO n 1 265 PRO n 1 266 GLY n 1 267 CYS n 1 268 GLY n 1 269 LYS n 1 270 THR n 1 271 LEU n 1 272 LEU n 1 273 ALA n 1 274 ARG n 1 275 GLN n 1 276 ILE n 1 277 GLY n 1 278 LYS n 1 279 MET n 1 280 LEU n 1 281 ASN n 1 282 ALA n 1 283 ARG n 1 284 GLU n 1 285 PRO n 1 286 LYS n 1 287 VAL n 1 288 VAL n 1 289 ASN n 1 290 GLY n 1 291 PRO n 1 292 GLU n 1 293 ILE n 1 294 LEU n 1 295 ASN n 1 296 LYS n 1 297 TYR n 1 298 VAL n 1 299 GLY n 1 300 GLU n 1 301 SER n 1 302 GLU n 1 303 ALA n 1 304 ASN n 1 305 ILE n 1 306 ARG n 1 307 LYS n 1 308 LEU n 1 309 PHE n 1 310 ALA n 1 311 ASP n 1 312 ALA n 1 313 GLU n 1 314 GLU n 1 315 GLU n 1 316 GLN n 1 317 ARG n 1 318 ARG n 1 319 LEU n 1 320 GLY n 1 321 ALA n 1 322 ASN n 1 323 SER n 1 324 GLY n 1 325 LEU n 1 326 HIS n 1 327 ILE n 1 328 ILE n 1 329 ILE n 1 330 PHE n 1 331 ASP n 1 332 GLU n 1 333 ILE n 1 334 ASP n 1 335 ALA n 1 336 ILE n 1 337 CYS n 1 338 LYS n 1 339 GLN n 1 340 ARG n 1 341 GLY n 1 342 SER n 1 343 MET 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'ELECTRON MICROSCOPY' f_angle_d 56847 1.570 ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' f_chiral_restr 6546 0.074 ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' f_plane_restr 7356 0.006 ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' f_dihedral_angle_d 15533 15.881 ? ? ? # loop_ _refine_ls_shell.d_res_high _refine_ls_shell.d_res_low _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used _refine_ls_shell.percent_reflns_obs _refine_ls_shell.number_reflns_R_work _refine_ls_shell.R_factor_all _refine_ls_shell.R_factor_R_work _refine_ls_shell.R_factor_R_free _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_R_free _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error _refine_ls_shell.number_reflns_all _refine_ls_shell.number_reflns_obs _refine_ls_shell.pdbx_refine_id _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs 8.2007 8.2939 30 100.0 3540 . 0.4432 0.4822 . 204 . 3744 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 8.2939 8.3915 30 100.0 3660 . 0.4308 0.4544 . 168 . 3828 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 8.3915 8.4938 30 100.0 3477 . 0.4246 0.4552 . 156 . 3633 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 8.4938 8.6013 30 100.0 3784 . 0.4251 0.4828 . 228 . 4012 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 8.6013 8.7145 30 100.0 3399 . 0.4029 0.4832 . 156 . 3555 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 8.7145 8.8339 30 100.0 3906 . 0.4081 0.3740 . 192 . 4098 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 8.8339 8.9601 30 100.0 3423 . 0.4119 0.4791 . 168 . 3591 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 8.9601 9.0939 30 100.0 3616 . 0.3847 0.4195 . 192 . 3808 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 9.0939 9.2360 30 100.0 3585 . 0.3774 0.4202 . 216 . 3801 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 9.2360 9.3874 30 100.0 3720 . 0.3567 0.3919 . 228 . 3948 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 9.3874 9.5493 30 100.0 3715 . 0.3450 0.3813 . 168 . 3883 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 9.5493 9.7229 30 100.0 3654 . 0.3253 0.3624 . 216 . 3870 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 9.7229 9.9100 30 100.0 3339 . 0.3332 0.3817 . 192 . 3531 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 9.9100 10.1123 30 99.0 3717 . 0.3264 0.3529 . 158 . 3875 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 10.1123 10.3321 30 99.0 3599 . 0.3198 0.3223 . 191 . 3790 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 10.3321 10.5725 30 99.0 3522 . 0.3210 0.3147 . 199 . 3721 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 10.5725 10.8369 30 99.0 3621 . 0.2947 0.3064 . 204 . 3825 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 10.8369 11.1299 30 99.0 3573 . 0.2808 0.2799 . 178 . 3751 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 11.1299 11.4575 30 99.0 3645 . 0.2837 0.3268 . 191 . 3836 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 11.4575 11.8273 30 99.0 3499 . 0.2911 0.3436 . 202 . 3701 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 11.8273 12.2500 30 99.0 3629 . 0.3029 0.3683 . 181 . 3810 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 12.2500 12.7405 30 99.0 3523 . 0.3160 0.3373 . 190 . 3713 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 12.7405 13.3203 30 99.0 3693 . 0.3407 0.3823 . 190 . 3883 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 13.3203 14.0226 30 99.0 3566 . 0.3400 0.3370 . 165 . 3731 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 14.0226 14.9012 30 99.0 3576 . 0.3167 0.3463 . 213 . 3789 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 14.9012 16.0516 30 99.0 3638 . 0.3253 0.3444 . 144 . 3782 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 16.0516 17.6669 30 99.0 3573 . 0.3441 0.3359 . 180 . 3753 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 17.6669 20.2229 30 99.0 3638 . 0.3443 0.3132 . 190 . 3828 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 20.2229 25.4769 30 99.0 3586 . 0.3267 0.3967 . 156 . 3742 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 25.4769 311.4181 30 99.0 3605 . 0.1893 0.1565 . 202 . 3807 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . # _database_PDB_matrix.entry_id 3J99 _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 3J99 _struct.title 'Structure of 20S supercomplex determined by single particle cryoelectron microscopy (State IIIb)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3J99 _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE _struct_keywords.text 'vesicle trafficking, HYDROLASE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 2 ? K N N 3 ? L N N 4 ? 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P18708 1 ? 744 ? 1 744 2 1 3J99 B 4 ? 747 ? P18708 1 ? 744 ? 1 744 3 1 3J99 C 4 ? 747 ? P18708 1 ? 744 ? 1 744 4 1 3J99 D 4 ? 747 ? P18708 1 ? 744 ? 1 744 5 1 3J99 E 4 ? 747 ? P18708 1 ? 744 ? 1 744 6 1 3J99 F 4 ? 747 ? P18708 1 ? 744 ? 1 744 7 2 3J99 H 3 ? 297 ? P54921 1 ? 295 ? 1 295 8 2 3J99 I 3 ? 297 ? P54921 1 ? 295 ? 1 295 9 2 3J99 J 3 ? 297 ? P54921 1 ? 295 ? 1 295 10 2 3J99 G 3 ? 297 ? P54921 1 ? 295 ? 1 295 11 3 3J99 K 2 ? 63 ? P63045 28 ? 89 ? 28 89 12 4 3J99 L 2 ? 67 ? P32851 191 ? 256 ? 191 256 13 5 3J99 M 1 ? 188 ? 3J99 17 ? 204 ? 17 204 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 3J99 GLY A 1 ? UNP P18708 ? ? 'expression tag' -2 1 1 3J99 ALA A 2 ? UNP P18708 ? ? 'expression tag' -1 2 1 3J99 HIS A 3 ? UNP P18708 ? ? 'expression tag' 0 3 2 3J99 GLY B 1 ? UNP P18708 ? ? 'expression tag' -2 4 2 3J99 ALA B 2 ? UNP P18708 ? ? 'expression tag' -1 5 2 3J99 HIS B 3 ? UNP P18708 ? ? 'expression tag' 0 6 3 3J99 GLY C 1 ? UNP P18708 ? ? 'expression tag' -2 7 3 3J99 ALA C 2 ? UNP P18708 ? ? 'expression tag' -1 8 3 3J99 HIS C 3 ? UNP P18708 ? ? 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PRO A 242 ? ? -32.52 2 1 GLY A 321 ? ? LEU A 322 ? ? 122.79 3 1 GLY B 438 ? ? ALA B 439 ? ? 143.66 4 1 GLY E 438 ? ? ALA E 439 ? ? 143.58 5 1 GLY F 438 ? ? ALA F 439 ? ? 143.14 # _pdbx_validate_main_chain_plane.id 1 _pdbx_validate_main_chain_plane.PDB_model_num 1 _pdbx_validate_main_chain_plane.auth_comp_id TYR _pdbx_validate_main_chain_plane.auth_asym_id H _pdbx_validate_main_chain_plane.auth_seq_id 200 _pdbx_validate_main_chain_plane.PDB_ins_code ? _pdbx_validate_main_chain_plane.label_alt_id ? _pdbx_validate_main_chain_plane.improper_torsion_angle -10.01 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 3J99 _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' _em_3d_fitting.ref_space RECIPROCAL _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.target_criteria R-factor _em_3d_fitting.details ;REFINEMENT PROTOCOL--flexible DETAILS--D2 domain of NSF was from crystal structure 1NSF. D1 domain of NSF was from related entry EMD-6204. N domain of NSF was from crystal structure 1QCS. aSNAP was a homology model. SNARE complex was from crystal structure 1N7S. ; _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code 1 1 1NSF A ? 1 ? ? ? PDB 'experimental model' 1NSF 1 2 1QCS A ? 2 ? ? ? PDB 'experimental model' 1QCS 1 3 1N7S A ? 3 ? ? ? PDB 'experimental model' 1N7S 1 4 1N7S B ? 3 ? ? ? PDB 'experimental model' 1N7S 1 5 1N7S C ? 3 ? ? ? PDB 'experimental model' 1N7S 1 6 1N7S D ? 3 ? ? ? PDB 'experimental model' 1N7S # _em_3d_reconstruction.entry_id 3J99 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size 2.4312 _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size 2.4312 _em_3d_reconstruction.resolution 8.2 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details ;(Single particle details: 3D classification, refinement, and reconstruction were performed using RELION) (Single particle--Applied symmetry: C1) ; _em_3d_reconstruction.num_particles 14991 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name '50 mM Tris-Cl, 150 mM NaCl, 1 mM AMPPNP, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.05% v/v Nonident P-40' _em_buffer.pH 8 _em_buffer.details '50 mM Tris-Cl, 150 mM NaCl, 1 mM AMPPNP, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.05% v/v Nonident P-40' # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 '20S supercomplex consisting of truncated neuronal SNARE complex, alpha-SNAP, and N-ethylmaleimide sensitive factor (NSF)' RIBOSOME 0 ? 'One hexamer of NSF + four alpha-SNAP molecules + one SNARE complex' ? 2 'N-ethylmaleimide sensitive factor' ? 1 ? ? ? 3 'alpha Soluble NSF Attachment Protein' ? 1 ? ? ? 4 Syntaxin-1A ? 1 ? ? ? 5 Synaptobrevin-2 ? 1 ? ? ? 6 'Synaptosomal-associated protein 25' ? 1 ? ? ? # _em_imaging.entry_id 3J99 _em_imaging.id 1 _em_imaging.date 2014-01-28 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.temperature ? _em_imaging.microscope_model 'FEI POLARA 300' _em_imaging.nominal_defocus_min -1800 _em_imaging.nominal_defocus_max -2800 _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_cs 2.3 _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.nominal_magnification 31000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.details ? _em_imaging.specimen_holder_type unspecified _em_imaging.specimen_holder_model OTHER _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.detector_distance 0.0 _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.citation_id ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details 'Holey carbon on top of 400 mesh copper grid' _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? _em_sample_support.method ? # _em_vitrification.entry_id 3J99 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.details 'Blot for 3.5 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I).' _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp 77 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK I' _em_vitrification.method 'Blot for 3.5 seconds before plunging.' _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.specimen_id 1 # _em_experiment.entry_id 3J99 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 3J99 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A GLY -2 ? 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