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_citation_author.ordinal primary 'Reiter, N.J.' 1 primary 'Osterman, A.' 2 primary 'Torres-Larios, A.' 3 primary 'Swinger, K.K.' 4 primary 'Pan, T.' 5 primary 'Mondragon, A.' 6 # _cell.entry_id 3OKB _cell.length_a 169.920 _cell.length_b 169.920 _cell.length_c 185.530 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_gamma 120.00 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3OKB _symmetry.space_group_name_H-M 'P 31 2 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 152 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer syn 'RNase P RNA' 112622.805 1 ? ? ? ? 2 polymer man 'Ribonuclease P protein component' 14363.003 1 3.1.26.5 ? ? ? 3 polymer syn 'tRNA (PHE)' 27023.045 1 ? ? ? ? 4 polymer syn ;tRNA 5' leader ; 1602.008 1 ? ? ? ? 5 non-polymer syn 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'THE RNA WAS PREPARED BY IN VITRO TRANSCRIPTION' 3 1 sample ? ? ? ? ? 'THE RNA WAS PREPARED BY IN VITRO TRANSCRIPTION' # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 PDB 3OKB 3OKB 1 ;GGAGAGGAGCAGGCGGUCGCGGGGGCGCACACCUGCGCUUCCCGAGGAAAGUCCGGACUCUGGAGCGGGGUGCCGGGUAA CGCCCGGGAGGGGUGACCCUCGGACAGGGCCAUAGAGAAGAAGACCGCCCGGGGGGAAACUUCCGGGCAAGGGUGGAACG GUGGGGUAAGAGCCCACCAGCGUCGGGGCAACCCGGCGGCUUGGCAACCCCCACCUGGAGCAAGGCCAAGCAGGGGGUUG GGUCGCUCCCCCUAUUCCCCCGGGUUGGCCGCUUGAGGUGUGCGGUAACGCACACCCCAGAUUGAUGACCGCCCACGACA GAAUCCGGCUUAUGCUCCUCUCCCGUG ; 1 ? 2 UNP RNPA_THEMA Q9X1H4 2 ;ESFTRRERLRLRRDFLLIFKEGKSLQNEYFVVLFRKNGLDYSRLGIVVKRKFGKATRRNKLKRWVREIFRRNKGVIPKGF DIVVIPRKKLSEEFERVDFWTVREKLLNLLKRIEG ; 3 ? 3 PDB 3OKB 3OKB 3 ;GGCCAGGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACUGGUAUGGGCACCCCCUAAGCCAGGUGUCGGCGGUUCGAUUCCGCCCCUGGCC ACCA ; 1 ? 4 PDB 3OKB 3OKB 4 GGCGU -5 ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 3OKB B 1 ? 347 ? 3OKB 1 ? 347 ? 1 347 2 2 3OKB A 4 ? 118 ? Q9X1H4 3 ? 117 ? 3 117 3 3 3OKB C 1 ? 84 ? 3OKB 1 ? 84 ? 1 84 4 4 3OKB D 1 ? 5 ? 3OKB -5 ? -1 ? -5 -1 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 2 3OKB GLY A 1 ? UNP Q9X1H4 ? ? 'EXPRESSION TAG' 0 1 2 3OKB SER A 2 ? UNP Q9X1H4 ? ? 'EXPRESSION TAG' 1 2 2 3OKB THR A 3 ? UNP Q9X1H4 ? ? 'EXPRESSION TAG' 2 3 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 3OKB _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 4.97 _exptl_crystal.density_percent_sol 75.25 _exptl_crystal.description ;DUE TO THE ANISOTROPIC NATURE OF THE DIFFRACTION, THE DATA WERE TREATED IN TWO DIFFERENT WAYS: 1) BY APPLYING AN ANISOTROPIC CORRECTION TO THE DATA (ANISOTROPIC), AND 2) WITHOUT ANY ANISOTROPY CORRECTION (ISOTROPIC). WHILE COMPLETENESS OF THE HIGHEST RESOLUTION SHELL MAY APPEAR OF POOR QUALITY IN THE ANISOTROPIC CASE, THE DATA COLLECTION STATISTICS AND RWORK AND RFREE REFINEMENT STATISTICS WERE ACTUALLY BETTER FOR THE CARVED (ANISOTROPIC) DATA SET THAN FOR THE ISOTROPIC CASE. FOR THIS REASON, THE REPORTED 3OK7 STRUCTURE AND HEADER REMARKS REFLECT THE CARVED, ANISOTROPICALLY CORRECTED DATA. ; _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP' _exptl_crystal_grow.temp 303 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 6.0 _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details '1.8 LiSO4, 50 mM CaCo, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K' # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'RAYONIX MX-225' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2010-02-10 _diffrn_detector.details mirrors # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator 'DIAMOND LAUE' _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 0.97872 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'APS BEAMLINE 21-ID-F' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site APS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline 21-ID-F _diffrn_source.pdbx_wavelength ? _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 0.97872 # _reflns.entry_id 3OKB _reflns.observed_criterion_sigma_I ? _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 30.0 _reflns.d_resolution_high 4.20 _reflns.number_obs 17674 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 76.4 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.081 _reflns.pdbx_Rsym_value 0.099 _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 10.7 _reflns.B_iso_Wilson_estimate 153.42 _reflns.pdbx_redundancy 5.7 _reflns.R_free_details ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 # _reflns_shell.d_res_high 4.2 _reflns_shell.d_res_low 4.39 _reflns_shell.percent_possible_all 7.8 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.463 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value 0.577 _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 2.4 _reflns_shell.pdbx_redundancy 3.7 _reflns_shell.percent_possible_obs 7.8 _reflns_shell.number_unique_all ? _reflns_shell.number_measured_all ? _reflns_shell.number_measured_obs ? _reflns_shell.number_unique_obs ? _reflns_shell.pdbx_chi_squared ? _reflns_shell.pdbx_diffrn_id ? _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 # _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.entry_id 3OKB _refine.ls_number_reflns_obs 17651 _refine.ls_number_reflns_all 17674 _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F 0.0 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 29.63 _refine.ls_d_res_high 4.21 _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs 0.2581 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.2576 _refine.ls_R_factor_R_free 0.2673 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 5.17 _refine.ls_number_reflns_R_free 913 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc 0.8954 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free 0.8810 _refine.B_iso_mean 80.04 _refine.aniso_B[1][1] -21.4733 _refine.aniso_B[2][2] -21.4733 _refine.aniso_B[3][3] 42.9466 _refine.aniso_B[1][2] 0.0000 _refine.aniso_B[1][3] 0.0000 _refine.aniso_B[2][3] 0.0000 _refine.solvent_model_details ? 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_refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? # _refine_analyze.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_analyze.entry_id 3OKB _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_obs 1.028 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_obs ? _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_obs ? _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_free ? _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_free ? _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_free ? _refine_analyze.number_disordered_residues ? _refine_analyze.occupancy_sum_hydrogen ? _refine_analyze.occupancy_sum_non_hydrogen ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 973 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 9166 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 5 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 10144 _refine_hist.d_res_high 4.21 _refine_hist.d_res_low 29.63 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function t_bond_d 0.007 ? 2.00 11228 'X-RAY DIFFRACTION' HARMONIC t_angle_deg 1.23 ? 2.00 17266 'X-RAY DIFFRACTION' HARMONIC t_dihedral_angle_d ? ? 2.00 5529 'X-RAY DIFFRACTION' SINUSOIDAL t_incorr_chiral_ct ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_pseud_angle ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_trig_c_planes ? ? 2.00 20 'X-RAY DIFFRACTION' HARMONIC t_gen_planes ? ? 5.00 564 'X-RAY DIFFRACTION' HARMONIC t_it ? ? 20.00 11228 'X-RAY DIFFRACTION' HARMONIC t_nbd ? ? 5.00 0 'X-RAY DIFFRACTION' SEMIHARMONIC t_omega_torsion ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_other_torsion ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_improper_torsion ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_chiral_improper_torsion ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_sum_occupancies ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_utility_distance ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_utility_angle ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_utility_torsion ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? t_ideal_dist_contact ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 9 _refine_ls_shell.d_res_high 4.21 _refine_ls_shell.d_res_low 4.46 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 406 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.2310 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.3233 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free 5.14 _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 22 _refine_ls_shell.number_reflns_all 428 _refine_ls_shell.R_factor_all 0.2362 _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? # _struct.entry_id 3OKB _struct.title ;Crystal Structure of a bacterial RNase P holoenzyme in complex with tRNA and in the presence of 5' leader ; _struct.pdbx_descriptor 'Ribonuclease P protein component (E.C.3.1.26.5)/RNA Complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3OKB _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE/RNA _struct_keywords.text ;RNase P, ribozyme, ribonuclease P, tRNA, pre-tRNA, Thermatoga maritima, tetraloop-receptor, ribose zipper, A-minor interaction, base stacking, intermolecular base pairs, intermolecular RNA-RNA contacts, RNA-protein contacts, RNP, ribonucleoprotein complex, enzyme-product complex, metalloenzyme, RNA-metal interactions, shape complementarity, substrate recognition, endonuclease, hydrolase, HYDROLASE-RNA complex ; # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 5 ? G N N 5 ? H N N 5 ? I N N 5 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 ARG B 13 ? GLY B 25 ? ARG A 12 GLY A 24 1 ? 13 HELX_P HELX_P2 2 LYS B 52 ? PHE B 55 ? LYS A 51 PHE A 54 5 ? 4 HELX_P HELX_P3 3 ALA B 58 ? LYS B 76 ? ALA A 57 LYS A 75 1 ? 19 HELX_P HELX_P4 4 LYS B 92 ? PHE B 97 ? LYS A 91 PHE A 96 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 5 ASP B 101 ? LYS B 114 ? ASP A 100 LYS A 113 1 ? 14 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc1 metalc ? ? C G 1 OP1 ? ? ? 1_555 F MG . MG ? ? C G 1 B MG 349 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.003 ? metalc2 metalc ? ? C A 81 OP1 ? ? ? 1_555 I MG . MG ? ? C A 81 C MG 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? metalc3 metalc ? ? A U 52 O4 ? ? ? 1_555 F MG . MG ? ? B U 52 B MG 349 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? metalc4 metalc ? ? A A 50 OP1 ? ? ? 1_555 F MG . MG ? ? B A 50 B MG 349 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? metalc5 metalc ? ? A G 51 OP2 ? ? ? 1_555 G MG . MG ? ? B G 51 B MG 350 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? metalc6 metalc ? ? A A 50 "O3'" ? ? ? 1_555 F MG . MG ? ? B A 50 B MG 349 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc7 metalc ? ? A A 50 OP2 ? ? ? 1_555 F MG . MG ? ? B A 50 B MG 349 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.654 ? metalc8 metalc ? ? C G 1 OP3 ? ? ? 1_555 F MG . MG ? ? C G 1 B MG 349 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.929 ? metalc9 metalc ? ? A G 51 OP1 ? ? ? 1_555 G MG . MG ? ? B G 51 B MG 350 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.986 ? hydrog1 hydrog ? ? A G 1 N1 ? ? ? 1_555 A C 343 N3 ? ? B G 1 B C 343 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog2 hydrog ? ? A G 1 N2 ? ? ? 1_555 A C 343 O2 ? ? B G 1 B C 343 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog3 hydrog ? ? A G 1 O6 ? ? ? 1_555 A C 343 N4 ? ? B G 1 B C 343 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog4 hydrog ? ? A G 1 N1 ? ? ? 1_555 A C 344 N3 ? ? B G 1 B C 344 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? hydrog5 hydrog ? ? A G 2 N1 ? ? ? 1_555 A C 342 N3 ? ? B G 2 B C 342 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog6 hydrog ? ? A G 2 N2 ? ? ? 1_555 A C 342 O2 ? ? B G 2 B C 342 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog7 hydrog ? ? A G 2 O6 ? ? ? 1_555 A C 342 N4 ? ? B G 2 B C 342 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog8 hydrog ? ? A A 3 N1 ? ? ? 1_555 A U 341 N3 ? ? B A 3 B U 341 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog9 hydrog ? ? A A 3 N6 ? ? ? 1_555 A U 341 O4 ? ? B A 3 B U 341 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog10 hydrog ? ? A G 4 N2 ? ? ? 1_555 A A 96 N3 ? ? B G 4 B A 96 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-A MISPAIR' ? ? hydrog11 hydrog ? ? A G 4 N1 ? ? ? 1_555 A C 340 N3 ? ? B G 4 B C 340 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog12 hydrog ? ? A G 4 N2 ? ? ? 1_555 A C 340 O2 ? ? B G 4 B C 340 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog13 hydrog ? ? A G 4 O6 ? ? ? 1_555 A C 340 N4 ? ? B G 4 B C 340 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog14 hydrog ? ? A A 5 N1 ? ? ? 1_555 A U 339 N3 ? ? B A 5 B U 339 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog15 hydrog ? ? A A 5 N6 ? ? ? 1_555 A U 339 O4 ? ? B A 5 B U 339 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog16 hydrog ? ? A G 6 N1 ? ? ? 1_555 A C 338 N3 ? ? B G 6 B C 338 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog17 hydrog ? ? A G 6 N2 ? ? ? 1_555 A C 338 O2 ? ? B G 6 B C 338 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog18 hydrog ? ? A G 6 O6 ? ? ? 1_555 A C 338 N4 ? ? B G 6 B C 338 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog19 hydrog ? ? A G 7 N1 ? ? ? 1_555 A C 337 N3 ? ? B G 7 B C 337 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog20 hydrog ? ? A G 7 N2 ? ? ? 1_555 A C 337 O2 ? ? B G 7 B C 337 1_555 ? ? ? ? ? ? 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C G 35 C C 42 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog423 hydrog ? ? C G 35 N2 ? ? ? 1_555 C C 42 O2 ? ? C G 35 C C 42 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog424 hydrog ? ? C G 35 O6 ? ? ? 1_555 C C 42 N4 ? ? C G 35 C C 42 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog425 hydrog ? ? C G 36 N1 ? ? ? 1_555 C C 41 N3 ? ? C G 36 C C 41 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog426 hydrog ? ? C G 36 N2 ? ? ? 1_555 C C 41 O2 ? ? C G 36 C C 41 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog427 hydrog ? ? C G 36 O6 ? ? ? 1_555 C C 41 N4 ? ? C G 36 C C 41 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog428 hydrog ? ? C G 36 N1 ? ? ? 1_555 C C 42 O2 ? ? C G 36 C C 42 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? hydrog429 hydrog ? ? C C 37 O2 ? ? ? 1_555 C C 39 N4 ? ? C C 37 C C 39 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-C MISPAIR' ? ? hydrog430 hydrog ? ? C C 37 N3 ? ? ? 1_555 C C 40 N4 ? ? C C 37 C C 40 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-C MISPAIR' ? ? hydrog431 hydrog ? ? C G 57 N1 ? ? ? 1_555 C C 73 N3 ? ? C G 57 C C 73 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog432 hydrog ? ? C G 57 N2 ? ? ? 1_555 C C 73 O2 ? ? C G 57 C C 73 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog433 hydrog ? ? C G 57 O6 ? ? ? 1_555 C C 73 N4 ? ? C G 57 C C 73 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog434 hydrog ? ? C G 58 N1 ? ? ? 1_555 C C 72 N3 ? ? C G 58 C C 72 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog435 hydrog ? ? C G 58 N2 ? ? ? 1_555 C C 72 O2 ? ? C G 58 C C 72 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog436 hydrog ? ? C G 58 O6 ? ? ? 1_555 C C 72 N4 ? ? C G 58 C C 72 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog437 hydrog ? ? C C 59 N3 ? ? ? 1_555 C G 71 N1 ? ? C C 59 C G 71 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog438 hydrog ? ? C C 59 N4 ? ? ? 1_555 C G 71 O6 ? ? C C 59 C G 71 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog439 hydrog ? ? C C 59 O2 ? ? ? 1_555 C G 71 N2 ? ? C C 59 C G 71 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog440 hydrog ? ? C G 60 N1 ? ? ? 1_555 C C 70 N3 ? ? C G 60 C C 70 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog441 hydrog ? ? C G 60 N2 ? ? ? 1_555 C C 70 O2 ? ? C G 60 C C 70 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog442 hydrog ? ? C G 60 O6 ? ? ? 1_555 C C 70 N4 ? ? C G 60 C C 70 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog443 hydrog ? ? C G 61 N1 ? ? ? 1_555 C C 69 N3 ? ? C G 61 C C 69 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog444 hydrog ? ? C G 61 N2 ? ? ? 1_555 C C 69 O2 ? ? C G 61 C C 69 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog445 hydrog ? ? C G 61 O6 ? ? ? 1_555 C C 69 N4 ? ? C G 61 C C 69 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog446 hydrog ? ? C U 62 N3 ? ? ? 1_555 C A 66 N7 ? ? C U 62 C A 66 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? hydrog447 hydrog ? ? C U 62 O2 ? ? ? 1_555 C A 66 N6 ? ? C U 62 C A 66 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id GLU _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 117 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id B _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id GLU _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 116 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id A _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 GLY _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 118 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 B _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 GLY _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 117 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 A _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle -2.84 # _struct_sheet.id A _struct_sheet.type ? _struct_sheet.number_strands 4 _struct_sheet.details ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? anti-parallel A 2 3 ? anti-parallel A 3 4 ? parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 LYS B 26 ? GLN B 29 ? LYS A 25 GLN A 28 A 2 PHE B 33 ? LYS B 39 ? PHE A 32 LYS A 38 A 3 PHE B 83 ? PRO B 89 ? PHE A 82 PRO A 88 A 4 ARG B 46 ? ILE B 49 ? ARG A 45 ILE A 48 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id A 1 2 N LEU B 28 ? N LEU A 27 O VAL B 35 ? O VAL A 34 A 2 3 N ARG B 38 ? N ARG A 37 O ASP B 84 ? O ASP A 83 A 3 4 O ILE B 85 ? O ILE A 84 N ARG B 46 ? 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A C 81 . ? 1_555 ? 2 AC1 2 C C 82 ? C C 82 . ? 1_555 ? 3 AC2 2 A A 150 ? A B 150 . ? 1_555 ? 4 AC2 2 G A 151 ? G B 151 . ? 1_555 ? 5 AC3 4 A A 50 ? A B 50 . ? 1_555 ? 6 AC3 4 G A 51 ? G B 51 . ? 1_555 ? 7 AC3 4 U A 52 ? U B 52 . ? 1_555 ? 8 AC3 4 G C 1 ? G C 1 . ? 1_555 ? 9 AC4 2 G A 51 ? G B 51 . ? 1_555 ? 10 AC4 2 U D 5 ? U D -1 . ? 1_555 ? 11 AC5 2 G A 1 ? G B 1 . ? 1_555 ? 12 AC5 2 G A 347 ? G B 347 . ? 5_555 ? # _database_PDB_matrix.entry_id 3OKB _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _atom_sites.entry_id 3OKB _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.005885 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.003398 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006796 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005390 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 # loop_ _atom_type.symbol C MG N O P # loop_ _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code _pdbx_poly_seq_scheme.hetero A 1 1 G 1 1 1 G G B . n A 1 2 G 2 2 2 G G B . n A 1 3 A 3 3 3 A A B . n A 1 4 G 4 4 4 G G B . n A 1 5 A 5 5 5 A A B . n A 1 6 G 6 6 6 G G B . n A 1 7 G 7 7 7 G G B . n A 1 8 A 8 8 8 A A B . n A 1 9 G 9 9 9 G G B . n A 1 10 C 10 10 10 C C B . n A 1 11 A 11 11 11 A A B . n A 1 12 G 12 12 12 G G B . n A 1 13 G 13 13 13 G G B . n A 1 14 C 14 14 14 C C B . n A 1 15 G 15 15 15 G G B . n A 1 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REGIONS 131-135 WERE REPLACED WITH A 14 NUCLEOTIDE EXTENSION ADDED FOR CRYSTALLIZATION. THUS, A TOTAL OF NINE NTS. WERE ADDED TO THE 338 NUCLEOTIDE P RNA. THE OVERALL NUMBERING FOR P RNA FROM NTS 136-338 CORRESPONDS TO NTS 145-347 IN 3OKB. THE TRNA INCLUDES NTS 1-27 AND 43-76. REGIONS 28-42 WERE ALTERED OR REPLACED WITH A 23 NUCLEOTIDE EXTENSION. THUS, A TOTAL OF EIGHT NTS WERE ADDED TO THE 76 NUCLEOTIDE TRNA. THE OVERALL NUMBERING FOR TRNA FROM NTS 43-76 CORRESPOND TO NTS 51-84 IN 3OKB. SEE PRIMARY CITATION FOR FURTHER DETAILS. ; _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? # _pdbx_validate_rmsd_bond.id 1 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_model_num 1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_1 P _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_1 C _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_1 G _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_1 1 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_ins_code_1 ? _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_1 ? _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_2 OP3 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_2 C _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_2 G _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 1 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_ins_code_2 ? _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_2 ? _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value 1.476 _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_target_value 1.607 _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation -0.131 _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_standard_deviation 0.012 _pdbx_validate_rmsd_bond.linker_flag N # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 N1 B G 24 ? ? 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