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'Specific DNA structural attributes modulate platinum anticancer drug site selection and cross-link generation.' _citation.journal_abbrev 'Nucleic Acids Res.' _citation.journal_volume 39 _citation.page_first 8200 _citation.page_last 8212 _citation.year 2011 _citation.journal_id_ASTM NARHAD _citation.country UK _citation.journal_id_ISSN 0305-1048 _citation.journal_id_CSD 0389 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 21724603 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1093/nar/gkr491 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Wu, B.' 1 ? primary 'Davey, G.E.' 2 ? primary 'Nazarov, A.A.' 3 ? primary 'Dyson, P.J.' 4 ? primary 'Davey, C.A.' 5 ? # _cell.entry_id 3REL _cell.length_a 105.659 _cell.length_b 109.697 _cell.length_c 175.654 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_gamma 90.00 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.length_a_esd ? _cell.length_b_esd ? 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;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DG) (DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC) (DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DA)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DT) (DG)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DG) (DC)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT) 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _pdbx_entity_src_syn.entity_id 5 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag sample _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num ? _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num ? _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific 'Homo sapiens' _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name human _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id 9606 _pdbx_entity_src_syn.details ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP H32_XENLA P84233 1 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 ? 2 UNP H4_XENLA P62799 2 ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 2 ? 3 UNP H2A1_XENLA P06897 3 ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGGVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESAKSAKSK ; 2 ? 4 UNP H2B11_XENLA P02281 4 ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 5 ? 5 PDB 3REL 3REL 5 ;ATCTCCAAATATCCCTTGCGGATCGTAGAAAAAGTGTGTCAAACTGCGCTATCAAAGGGAAACTTCAACTGAATTCAGTT GAAGTTTCCCTTTGATAGCGCAGTTTGACACACTTTTTCTACGATCCGCAAGGGATATTTGGAGAT ; ? ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 3REL A 1 ? 135 ? 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ARG E 63 ASP E 77 1 ? 15 HELX_P HELX_P21 21 GLN E 85 ? ALA E 114 ? GLN E 85 ALA E 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P22 22 MET E 120 ? ARG E 131 ? MET E 120 ARG E 131 1 ? 12 HELX_P HELX_P23 23 THR F 30 ? GLY F 41 ? THR F 30 GLY F 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P24 24 LEU F 49 ? ALA F 76 ? LEU F 49 ALA F 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P25 25 THR F 82 ? GLN F 93 ? THR F 82 GLN F 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P26 26 THR G 16 ? GLY G 22 ? THR G 16 GLY G 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P27 27 PRO G 26 ? LYS G 36 ? PRO G 26 LYS G 36 1 ? 11 HELX_P HELX_P28 28 GLY G 46 ? ASN G 73 ? GLY G 46 ASN G 73 1 ? 28 HELX_P HELX_P29 29 ILE G 79 ? ASP G 90 ? ILE G 79 ASP G 90 1 ? 12 HELX_P HELX_P30 30 ASP G 90 ? LEU G 97 ? ASP G 90 LEU G 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P31 31 GLN G 112 ? LEU G 116 ? GLN G 112 LEU G 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 32 TYR H 34 ? HIS H 46 ? TYR H 34 HIS H 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P33 33 SER H 52 ? ASN H 81 ? SER H 52 ASN H 81 1 ? 30 HELX_P HELX_P34 34 THR H 87 ? LEU H 99 ? THR H 87 LEU H 99 1 ? 13 HELX_P HELX_P35 35 PRO H 100 ? SER H 120 ? PRO H 100 SER H 120 1 ? 21 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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'DG-DC PAIR' ? ? ? hydrog270 hydrog ? ? I DG 133 N1 ? ? ? 1_555 J DC 14 N3 ? ? I DG 60 J DC -60 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog271 hydrog ? ? I DG 133 N2 ? ? ? 1_555 J DC 14 O2 ? ? I DG 60 J DC -60 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog272 hydrog ? ? I DG 133 O6 ? ? ? 1_555 J DC 14 N4 ? ? I DG 60 J DC -60 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog273 hydrog ? ? I DG 134 N1 ? ? ? 1_555 J DC 13 N3 ? ? I DG 61 J DC -61 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog274 hydrog ? ? I DG 134 N2 ? ? ? 1_555 J DC 13 O2 ? ? I DG 61 J DC -61 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog275 hydrog ? ? I DG 134 O6 ? ? ? 1_555 J DC 13 N4 ? ? I DG 61 J DC -61 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog276 hydrog ? ? I DA 135 N1 ? ? ? 1_555 J DT 12 N3 ? ? I DA 62 J DT -62 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog277 hydrog ? ? I DA 135 N6 ? ? ? 1_555 J DT 12 O4 ? ? I DA 62 J DT -62 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog278 hydrog ? ? I DT 136 N3 ? ? ? 1_555 J DA 11 N1 ? ? I DT 63 J DA -63 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog279 hydrog ? ? I DT 136 O4 ? ? ? 1_555 J DA 11 N6 ? ? I DT 63 J DA -63 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog280 hydrog ? ? I DA 137 N1 ? ? ? 1_555 J DT 10 N3 ? ? I DA 64 J DT -64 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog281 hydrog ? ? I DA 137 N6 ? ? ? 1_555 J DT 10 O4 ? ? I DA 64 J DT -64 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog282 hydrog ? ? I DT 138 N3 ? ? ? 1_555 J DA 9 N1 ? ? I DT 65 J DA -65 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog283 hydrog ? ? I DT 138 O4 ? ? ? 1_555 J DA 9 N6 ? ? I DT 65 J DA -65 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog284 hydrog ? ? I DT 139 N3 ? ? ? 1_555 J DA 8 N1 ? ? I DT 66 J DA -66 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog285 hydrog ? ? I DT 139 O4 ? ? ? 1_555 J DA 8 N6 ? ? I DT 66 J DA -66 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog286 hydrog ? ? I DT 140 N3 ? ? ? 1_555 J DA 7 N1 ? ? I DT 67 J DA -67 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog287 hydrog ? ? 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N ARG A 83 O VAL B 81 ? O VAL B 81 B 1 2 N ILE A 119 ? N ILE A 119 O ARG B 45 ? O ARG B 45 C 1 2 N TYR B 98 ? N TYR B 98 O THR G 101 ? O THR G 101 D 1 2 N ARG C 42 ? N ARG C 42 O ILE D 86 ? O ILE D 86 E 1 2 N ILE C 78 ? N ILE C 78 O GLY D 50 ? O GLY D 50 F 1 2 N THR C 101 ? N THR C 101 O TYR F 98 ? O TYR F 98 G 1 2 N ARG E 83 ? N ARG E 83 O VAL F 81 ? O VAL F 81 H 1 2 N ILE E 119 ? N ILE E 119 O ARG F 45 ? O ARG F 45 I 1 2 N ARG G 42 ? N ARG G 42 O ILE H 86 ? O ILE H 86 J 1 2 N ILE G 78 ? N ILE G 78 O GLY H 50 ? O GLY H 50 # loop_ _struct_site.id _struct_site.pdbx_evidence_code _struct_site.pdbx_auth_asym_id _struct_site.pdbx_auth_comp_id _struct_site.pdbx_auth_seq_id _struct_site.pdbx_auth_ins_code _struct_site.pdbx_num_residues _struct_site.details AC1 Software A MN 1001 ? 2 'BINDING SITE FOR RESIDUE MN A 1001' AC2 Software D MN 1007 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE MN D 1007' AC3 Software D SO4 1101 ? 5 'BINDING SITE FOR RESIDUE SO4 D 1101' AC4 Software C SO4 1102 ? 5 'BINDING SITE FOR RESIDUE SO4 C 1102' AC5 Software G SO4 1103 ? 6 'BINDING SITE FOR RESIDUE SO4 G 1103' AC6 Software J PT 73 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT J 73' AC7 Software J PT 74 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT J 74' AC8 Software J PT 75 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT J 75' AC9 Software J PT 76 ? 2 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT J 76' BC1 Software I PT 74 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT I 74' BC2 Software I PT 75 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT I 75' BC3 Software J PT 77 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT J 77' BC4 Software I PT 76 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT I 76' BC5 Software J PT 78 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT J 78' BC6 Software I PT 77 ? 3 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT I 77' BC7 Software J PT 79 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT J 79' BC8 Software I PT 78 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT I 78' BC9 Software I PT 79 ? 2 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT I 79' CC1 Software I PT 80 ? 3 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT I 80' CC2 Software I PT 81 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT I 81' CC3 Software I PT 82 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT I 82' CC4 Software J PT 80 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT J 80' CC5 Software I PT 83 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT I 83' CC6 Software J PT 81 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT J 81' CC7 Software J PT 82 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT J 82' CC8 Software I PT 84 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT I 84' CC9 Software J PT 83 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT J 83' DC1 Software I PT 85 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT I 85' DC2 Software I PT 86 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT I 86' DC3 Software I PT 87 ? 2 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT I 87' DC4 Software J PT 84 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT J 84' DC5 Software J PT 85 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT J 85' DC6 Software I PT 88 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT I 88' DC7 Software J PT 86 ? 2 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT J 86' DC8 Software J PT 87 ? 2 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT J 87' DC9 Software F PT 103 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT F 103' EC1 Software B PT 103 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT B 103' EC2 Software I PT 89 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT I 89' EC3 Software I PT 90 ? 2 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT I 90' EC4 Software J PT 88 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT J 88' EC5 Software I PT 91 ? 2 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT I 91' EC6 Software J PT 89 ? 2 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT J 89' EC7 Software J PT 90 ? 2 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT J 90' EC8 Software J PT 91 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT J 91' EC9 Software J PT 92 ? 2 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT J 92' FC1 Software J PT 93 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT J 93' FC2 Software I PT 93 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT I 93' FC3 Software I PT 94 ? 2 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT I 94' FC4 Software I PT 95 ? 3 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT I 95' FC5 Software I PT 96 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT I 96' FC6 Software I PT 97 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT I 97' FC7 Software J PT 106 ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PT J 106' # loop_ _struct_site_gen.id _struct_site_gen.site_id _struct_site_gen.pdbx_num_res _struct_site_gen.label_comp_id _struct_site_gen.label_asym_id _struct_site_gen.label_seq_id _struct_site_gen.pdbx_auth_ins_code _struct_site_gen.auth_comp_id _struct_site_gen.auth_asym_id _struct_site_gen.auth_seq_id _struct_site_gen.label_atom_id _struct_site_gen.label_alt_id _struct_site_gen.symmetry _struct_site_gen.details 1 AC1 2 ASP A 77 ? 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