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'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MSE 'L-peptide linking' n SELENOMETHIONINE ? 'C5 H11 N O2 Se' 196.106 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.crystals_number 1 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.entry_id 3RH7 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_Matthews 2.61 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_percent_sol 52.91 _exptl_crystal.description 'DATA WERE SCALED USING XSCALE WITH FRIEDEL PAIRS KEPT AS SEPARATE WHEN COMPUTING R MERGE, COMPLETENESS AND ' _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP' _exptl_crystal_grow.pH 7.8 _exptl_crystal_grow.temp 277 _exptl_crystal_grow.pdbx_details '0.2M LiAcetate, 20.0% PEG-3350, No Buffer pH 7.8, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K' _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector PIXEL _diffrn_detector.type 'DECTRIS PILATUS 6M' _diffrn_detector.details 'Rhodium-coated vertical and horizontal focusing mirrors; liquid-nitrogen cooled double crystal Si(111) monochromator' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2011-02-05 # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator 'double crystal Si(111)' _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol MAD _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # loop_ _diffrn_radiation_wavelength.id _diffrn_radiation_wavelength.wavelength _diffrn_radiation_wavelength.wt 1 0.9796 1.0 2 0.9611 1.0 3 0.9794 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline BL12-2 _diffrn_source.type 'SSRL BEAMLINE BL12-2' _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 0.9796,0.9611,0.9794 _diffrn_source.pdbx_wavelength ? _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site SSRL # _reflns.entry_id 3RH7 _reflns.d_resolution_high 3.00 _reflns.d_resolution_low 29.759 _reflns.number_obs 42960 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.069 _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 10.570 _reflns.percent_possible_obs 94.300 _reflns.B_iso_Wilson_estimate 78.394 _reflns.observed_criterion_sigma_I -3.000 _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.number_all ? _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_redundancy ? _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.pdbx_diffrn_id 1 # loop_ _reflns_shell.d_res_high _reflns_shell.d_res_low _reflns_shell.number_measured_obs _reflns_shell.number_measured_all _reflns_shell.number_unique_obs _reflns_shell.Rmerge_I_obs _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs _reflns_shell.pdbx_Rsym_value _reflns_shell.pdbx_chi_squared _reflns_shell.pdbx_redundancy _reflns_shell.percent_possible_obs _reflns_shell.number_unique_all _reflns_shell.percent_possible_all _reflns_shell.pdbx_ordinal _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 3.000 3.110 14588 ? 7995 0.515 1.5 ? ? ? ? ? 93.300 1 1 3.110 3.230 14100 ? 7716 0.381 2.1 ? ? ? ? ? 96.000 2 1 3.230 3.380 14480 ? 8073 0.265 3.0 ? ? ? ? ? 94.900 3 1 3.380 3.550 13015 ? 7479 0.186 4.2 ? ? ? ? ? 93.800 4 1 3.550 3.780 15330 ? 8345 0.133 5.9 ? ? ? ? ? 97.100 5 1 3.780 4.060 14168 ? 7615 0.085 8.7 ? ? ? ? ? 94.900 6 1 4.060 4.470 14321 ? 7857 0.052 13.5 ? ? ? ? ? 93.100 7 1 4.470 5.110 14435 ? 7933 0.039 17.0 ? ? ? ? ? 95.000 8 1 5.110 6.400 14474 ? 7778 0.040 17.6 ? ? ? ? ? 94.000 9 1 6.400 ? 14497 ? 7885 0.018 32.3 ? ? ? ? ? 91.400 10 1 # _refine.entry_id 3RH7 _refine.ls_d_res_high 3.0000 _refine.ls_d_res_low 29.759 _refine.pdbx_ls_sigma_F 0.000 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_obs 42920 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.details ;1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. FMN WAS MODELED IN FOUR SUBUNITS BASED ON THE DENSITY AND COMPARISON WITH RELATED STRUCTURES. THERE IS SOME UNMODELLED DENSITY NEAR THE MODELED FMN. FMN MAY BE PARTIALLY PRESENT IN THE OTHER TWO SUBUNITS (B/E), BUT IT WAS NOT MODELED. FMN MODELED COULD REPRESENT (ORDERED) PART OF FAD AS SEEN IN OTHER HOMOLOGS. 4. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTERS LSSR RESTRAINT REPRESENTATION (-AUTONCS). ; _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs 0.1887 _refine.ls_R_factor_R_work 0.1867 _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free 0.2265 _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 5.0300 _refine.ls_number_reflns_R_free 2158 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.B_iso_mean 79.5308 _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.aniso_B[1][1] 12.6177 _refine.aniso_B[2][2] -21.4773 _refine.aniso_B[3][3] 8.8596 _refine.aniso_B[1][2] 0.0000 _refine.aniso_B[1][3] 0.0000 _refine.aniso_B[2][3] 0.0000 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc 0.9305 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free 0.9062 _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_B ? _refine.solvent_model_details ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct MAD _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.B_iso_max 188.260 _refine.B_iso_min 25.680 _refine.occupancy_max 1.000 _refine.occupancy_min 0.500 _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 12763 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 124 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 12887 _refine_hist.d_res_high 3.0000 _refine_hist.d_res_low 29.759 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function _refine_ls_restr.pdbx_refine_id t_dihedral_angle_d 5904 ? ? 2.000 SINUSOIDAL 'X-RAY DIFFRACTION' t_trig_c_planes 338 ? ? 2.000 HARMONIC 'X-RAY DIFFRACTION' t_gen_planes 2073 ? ? 5.000 HARMONIC 'X-RAY DIFFRACTION' t_it 13147 ? ? 20.000 HARMONIC 'X-RAY DIFFRACTION' t_nbd ? ? ? ? ? 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B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 2 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 ASP A 17 ? GLY A 26 ? ASP A 7 GLY A 16 1 ? 10 HELX_P HELX_P2 2 ASN A 72 ? ALA A 79 ? ASN A 62 ALA A 69 1 ? 8 HELX_P HELX_P3 3 GLN A 91 ? PHE A 98 ? GLN A 81 PHE A 88 1 ? 8 HELX_P HELX_P4 4 ARG A 105 ? VAL A 109 ? ARG A 95 VAL A 99 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 5 PRO A 169 ? GLY A 182 ? PRO A 159 GLY A 172 1 ? 14 HELX_P HELX_P6 6 ASP A 215 ? GLY A 229 ? ASP A 205 GLY A 219 1 ? 15 HELX_P HELX_P7 7 ARG A 269 ? ALA A 274 ? ARG A 259 ALA A 264 1 ? 6 HELX_P HELX_P8 8 SER A 280 ? GLU A 293 ? SER A 270 GLU A 283 1 ? 14 HELX_P HELX_P9 9 ASP B 17 ? GLY B 26 ? ASP B 7 GLY B 16 1 ? 10 HELX_P HELX_P10 10 ASN B 72 ? ALA B 79 ? ASN B 62 ALA B 69 1 ? 8 HELX_P HELX_P11 11 GLN B 91 ? PHE B 98 ? GLN B 81 PHE B 88 1 ? 8 HELX_P HELX_P12 12 ARG B 105 ? VAL B 109 ? ARG B 95 VAL B 99 5 ? 5 HELX_P HELX_P13 13 PRO B 169 ? GLY B 182 ? PRO B 159 GLY B 172 1 ? 14 HELX_P HELX_P14 14 ASP B 215 ? GLY B 229 ? ASP B 205 GLY B 219 1 ? 15 HELX_P HELX_P15 15 ARG B 269 ? ALA B 274 ? ARG B 259 ALA B 264 1 ? 6 HELX_P HELX_P16 16 SER B 280 ? GLU B 293 ? SER B 270 GLU B 283 1 ? 14 HELX_P HELX_P17 17 ASP C 17 ? GLY C 26 ? ASP C 7 GLY C 16 1 ? 10 HELX_P HELX_P18 18 ASN C 72 ? ALA C 79 ? ASN C 62 ALA C 69 1 ? 8 HELX_P HELX_P19 19 GLN C 91 ? PHE C 98 ? GLN C 81 PHE C 88 1 ? 8 HELX_P HELX_P20 20 ARG C 105 ? VAL C 109 ? ARG C 95 VAL C 99 5 ? 5 HELX_P HELX_P21 21 PRO C 169 ? GLY C 182 ? PRO C 159 GLY C 172 1 ? 14 HELX_P HELX_P22 22 ASP C 215 ? GLY C 229 ? ASP C 205 GLY C 219 1 ? 15 HELX_P HELX_P23 23 ARG C 269 ? ALA C 274 ? ARG C 259 ALA C 264 1 ? 6 HELX_P HELX_P24 24 SER C 280 ? GLU C 293 ? SER C 270 GLU C 283 1 ? 14 HELX_P HELX_P25 25 ASP D 17 ? GLY D 26 ? ASP D 7 GLY D 16 1 ? 10 HELX_P HELX_P26 26 ASN D 72 ? ALA D 79 ? ASN D 62 ALA D 69 1 ? 8 HELX_P HELX_P27 27 GLN D 91 ? PHE D 98 ? GLN D 81 PHE D 88 1 ? 8 HELX_P HELX_P28 28 ASP D 104 ? VAL D 109 ? ASP D 94 VAL D 99 5 ? 6 HELX_P HELX_P29 29 PRO D 169 ? GLY D 182 ? PRO D 159 GLY D 172 1 ? 14 HELX_P HELX_P30 30 ASP D 215 ? GLY D 229 ? ASP D 205 GLY D 219 1 ? 15 HELX_P HELX_P31 31 ARG D 269 ? ALA D 274 ? ARG D 259 ALA D 264 1 ? 6 HELX_P HELX_P32 32 SER D 280 ? GLU D 293 ? SER D 270 GLU D 283 1 ? 14 HELX_P HELX_P33 33 ASP E 17 ? GLY E 26 ? ASP E 7 GLY E 16 1 ? 10 HELX_P HELX_P34 34 ASN E 72 ? ALA E 79 ? ASN E 62 ALA E 69 1 ? 8 HELX_P HELX_P35 35 GLN E 91 ? PHE E 98 ? GLN E 81 PHE E 88 1 ? 8 HELX_P HELX_P36 36 ASP E 104 ? VAL E 109 ? ASP E 94 VAL E 99 5 ? 6 HELX_P HELX_P37 37 PRO E 169 ? GLY E 182 ? PRO E 159 GLY E 172 1 ? 14 HELX_P HELX_P38 38 ASP E 215 ? GLY E 229 ? ASP E 205 GLY E 219 1 ? 15 HELX_P HELX_P39 39 ARG E 269 ? ALA E 274 ? ARG E 259 ALA E 264 1 ? 6 HELX_P HELX_P40 40 SER E 280 ? SER E 295 ? SER E 270 SER E 285 1 ? 16 HELX_P HELX_P41 41 ASP F 17 ? GLY F 26 ? ASP F 7 GLY F 16 1 ? 10 HELX_P HELX_P42 42 ASN F 72 ? ALA F 79 ? ASN F 62 ALA F 69 1 ? 8 HELX_P HELX_P43 43 GLN F 91 ? PHE F 98 ? GLN F 81 PHE F 88 1 ? 8 HELX_P HELX_P44 44 ARG F 105 ? VAL F 109 ? ARG F 95 VAL F 99 5 ? 5 HELX_P HELX_P45 45 PRO F 169 ? GLY F 182 ? PRO F 159 GLY F 172 1 ? 14 HELX_P HELX_P46 46 ASP F 215 ? GLY F 229 ? ASP F 205 GLY F 219 1 ? 15 HELX_P HELX_P47 47 ARG F 269 ? ALA F 274 ? ARG F 259 ALA F 264 1 ? 6 HELX_P HELX_P48 48 SER F 280 ? SER F 295 ? SER F 270 SER F 285 1 ? 16 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale both ? A GLU 10 C ? ? ? 1_555 A MSE 11 N ? ? A GLU 0 A MSE 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? ? covale2 covale both ? A MSE 11 C ? ? ? 1_555 A THR 12 N ? ? A MSE 1 A THR 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.348 ? ? covale3 covale both ? A SER 75 C ? ? ? 1_555 A MSE 76 N ? ? A SER 65 A MSE 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.345 ? ? covale4 covale both ? A MSE 76 C ? ? ? 1_555 A THR 77 N ? ? A MSE 66 A THR 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.346 ? ? covale5 covale both ? A SER 131 C ? ? ? 1_555 A MSE 132 N ? ? A SER 121 A MSE 122 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? ? covale6 covale both ? A MSE 132 C ? ? ? 1_555 A GLN 133 N ? ? A MSE 122 A GLN 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? ? covale7 covale both ? B SER 75 C ? ? ? 1_555 B MSE 76 N ? ? B SER 65 B MSE 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.340 ? ? covale8 covale both ? B MSE 76 C ? ? ? 1_555 B THR 77 N ? ? B MSE 66 B THR 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.347 ? ? covale9 covale both ? B SER 131 C ? ? ? 1_555 B MSE 132 N ? ? B SER 121 B MSE 122 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.320 ? ? covale10 covale both ? B MSE 132 C ? ? ? 1_555 B GLN 133 N ? ? B MSE 122 B GLN 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? ? covale11 covale both ? C SER 75 C ? ? ? 1_555 C MSE 76 N ? ? C SER 65 C MSE 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.344 ? ? covale12 covale both ? C MSE 76 C ? ? ? 1_555 C THR 77 N ? ? C MSE 66 C THR 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.354 ? ? covale13 covale both ? C SER 131 C ? ? ? 1_555 C MSE 132 N ? ? C SER 121 C MSE 122 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? ? covale14 covale both ? C MSE 132 C ? ? ? 1_555 C GLN 133 N ? ? C MSE 122 C GLN 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? ? covale15 covale both ? D SER 75 C ? ? ? 1_555 D MSE 76 N ? ? D SER 65 D MSE 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.351 ? ? covale16 covale both ? D MSE 76 C ? ? ? 1_555 D THR 77 N ? ? D MSE 66 D THR 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.340 ? ? covale17 covale both ? D SER 131 C ? ? ? 1_555 D MSE 132 N ? ? D SER 121 D MSE 122 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.354 ? ? covale18 covale both ? D MSE 132 C ? ? ? 1_555 D GLN 133 N ? ? D MSE 122 D GLN 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.340 ? ? covale19 covale both ? E GLU 10 C ? ? ? 1_555 E MSE 11 N ? ? E GLU 0 E MSE 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? ? covale20 covale both ? E MSE 11 C ? ? ? 1_555 E THR 12 N ? ? E MSE 1 E THR 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.359 ? ? covale21 covale both ? E SER 75 C ? ? ? 1_555 E MSE 76 N ? ? E SER 65 E MSE 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.346 ? ? covale22 covale both ? E MSE 76 C ? ? ? 1_555 E THR 77 N ? ? E MSE 66 E THR 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.350 ? ? covale23 covale both ? E SER 131 C ? ? ? 1_555 E MSE 132 N ? ? E SER 121 E MSE 122 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? ? covale24 covale both ? E MSE 132 C ? ? ? 1_555 E GLN 133 N ? ? E MSE 122 E GLN 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.345 ? ? covale25 covale both ? F SER 75 C ? ? ? 1_555 F MSE 76 N ? ? F SER 65 F MSE 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.345 ? ? covale26 covale both ? F MSE 76 C ? ? ? 1_555 F THR 77 N ? ? F MSE 66 F THR 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.346 ? ? covale27 covale both ? F SER 131 C ? ? ? 1_555 F MSE 132 N ? ? F SER 121 F MSE 122 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? ? covale28 covale both ? F MSE 132 C ? ? ? 1_555 F GLN 133 N ? ? F MSE 122 F GLN 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? ? # _struct_conn_type.id covale _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ASP 58 A . ? ASP 48 A PRO 59 A ? PRO 49 A 1 3.21 2 ASP 58 B . ? ASP 48 B PRO 59 B ? PRO 49 B 1 3.79 3 ASP 58 C . ? ASP 48 C PRO 59 C ? PRO 49 C 1 2.54 4 ASP 58 D . ? ASP 48 D PRO 59 D ? PRO 49 D 1 2.97 5 ASP 58 E . ? ASP 48 E PRO 59 E ? PRO 49 E 1 2.63 6 ASP 58 F . ? ASP 48 F PRO 59 F ? PRO 49 F 1 2.50 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 3 ? B ? 7 ? C ? 2 ? D ? 4 ? E ? 2 ? F ? 2 ? G ? 3 ? H ? 7 ? I ? 2 ? J ? 4 ? K ? 2 ? L ? 2 ? M ? 7 ? N ? 2 ? O ? 2 ? P ? 4 ? Q ? 2 ? R ? 2 ? S ? 3 ? T ? 7 ? U ? 2 ? V ? 4 ? W ? 2 ? X ? 2 ? Y ? 3 ? Z ? 7 ? AA ? 2 ? AB ? 4 ? AC ? 2 ? AD ? 2 ? AE ? 3 ? AF ? 7 ? AG ? 2 ? AH ? 4 ? AI ? 2 ? AJ ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? anti-parallel A 2 3 ? anti-parallel B 1 2 ? anti-parallel B 2 3 ? anti-parallel B 3 4 ? anti-parallel B 4 5 ? anti-parallel B 5 6 ? anti-parallel B 6 7 ? anti-parallel C 1 2 ? anti-parallel D 1 2 ? anti-parallel D 2 3 ? parallel D 3 4 ? anti-parallel E 1 2 ? anti-parallel F 1 2 ? parallel G 1 2 ? anti-parallel G 2 3 ? anti-parallel H 1 2 ? anti-parallel H 2 3 ? anti-parallel H 3 4 ? anti-parallel H 4 5 ? anti-parallel H 5 6 ? anti-parallel H 6 7 ? anti-parallel I 1 2 ? anti-parallel J 1 2 ? anti-parallel J 2 3 ? parallel J 3 4 ? anti-parallel K 1 2 ? anti-parallel L 1 2 ? parallel M 1 2 ? anti-parallel M 2 3 ? anti-parallel M 3 4 ? anti-parallel M 4 5 ? anti-parallel M 5 6 ? anti-parallel M 6 7 ? anti-parallel N 1 2 ? anti-parallel O 1 2 ? anti-parallel P 1 2 ? anti-parallel P 2 3 ? parallel P 3 4 ? anti-parallel Q 1 2 ? anti-parallel R 1 2 ? parallel S 1 2 ? anti-parallel S 2 3 ? anti-parallel T 1 2 ? anti-parallel T 2 3 ? anti-parallel T 3 4 ? anti-parallel T 4 5 ? anti-parallel T 5 6 ? anti-parallel T 6 7 ? anti-parallel U 1 2 ? anti-parallel V 1 2 ? anti-parallel V 2 3 ? parallel V 3 4 ? anti-parallel W 1 2 ? anti-parallel X 1 2 ? parallel Y 1 2 ? anti-parallel Y 2 3 ? anti-parallel Z 1 2 ? anti-parallel Z 2 3 ? anti-parallel Z 3 4 ? anti-parallel Z 4 5 ? anti-parallel Z 5 6 ? anti-parallel Z 6 7 ? anti-parallel AA 1 2 ? anti-parallel AB 1 2 ? anti-parallel AB 2 3 ? parallel AB 3 4 ? anti-parallel AC 1 2 ? anti-parallel AD 1 2 ? parallel AE 1 2 ? anti-parallel AE 2 3 ? anti-parallel AF 1 2 ? anti-parallel AF 2 3 ? anti-parallel AF 3 4 ? anti-parallel AF 4 5 ? anti-parallel AF 5 6 ? anti-parallel AF 6 7 ? anti-parallel AG 1 2 ? anti-parallel AH 1 2 ? anti-parallel AH 2 3 ? parallel AH 3 4 ? anti-parallel AI 1 2 ? anti-parallel AJ 1 2 ? parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 THR A 30 ? GLY A 31 ? THR A 20 GLY A 21 A 2 GLY A 160 ? ALA A 162 ? GLY A 150 ALA A 152 A 3 GLY A 165 ? PHE A 167 ? GLY A 155 PHE A 157 B 1 PRO A 44 ? ALA A 49 ? PRO A 34 ALA A 39 B 2 THR A 33 ? SER A 38 ? THR A 23 SER A 28 B 3 ARG A 81 ? VAL A 86 ? ARG A 71 VAL A 76 B 4 ALA A 126 ? ALA A 138 ? ALA A 116 ALA A 128 B 5 HIS A 141 ? ASN A 153 ? HIS A 131 ASN A 143 B 6 LEU A 61 ? ALA A 67 ? LEU A 51 ALA A 57 B 7 PHE A 52 ? SER A 56 ? PHE A 42 SER A 46 C 1 TRP A 111 ? LEU A 113 ? TRP A 101 LEU A 103 C 2 PRO A 119 ? PHE A 121 ? PRO A 109 PHE A 111 D 1 ASN A 208 ? VAL A 211 ? ASN A 198 VAL A 201 D 2 ILE A 184 ? GLU A 191 ? ILE A 174 GLU A 181 D 3 GLN A 249 ? ALA A 257 ? GLN A 239 ALA A 247 D 4 VAL A 232 ? GLU A 242 ? VAL A 222 GLU A 232 E 1 VAL A 196 ? LEU A 198 ? VAL A 186 LEU A 188 E 2 ARG A 266 ? LEU A 268 ? ARG A 256 LEU A 258 F 1 THR A 203 ? LEU A 204 ? THR A 193 LEU A 194 F 2 LYS A 277 ? PHE A 278 ? LYS A 267 PHE A 268 G 1 THR B 30 ? GLY B 31 ? THR B 20 GLY B 21 G 2 GLY B 160 ? ALA B 162 ? GLY B 150 ALA B 152 G 3 GLY B 165 ? PHE B 167 ? GLY B 155 PHE B 157 H 1 PRO B 44 ? ALA B 49 ? PRO B 34 ALA B 39 H 2 THR B 33 ? SER B 38 ? THR B 23 SER B 28 H 3 ARG B 81 ? VAL B 86 ? ARG B 71 VAL B 76 H 4 ALA B 126 ? ALA B 138 ? ALA B 116 ALA B 128 H 5 HIS B 141 ? GLU B 152 ? HIS B 131 GLU B 142 H 6 LEU B 61 ? ALA B 67 ? LEU B 51 ALA B 57 H 7 PHE B 52 ? SER B 56 ? PHE B 42 SER B 46 I 1 TRP B 111 ? LEU B 113 ? TRP B 101 LEU B 103 I 2 PRO B 119 ? PHE B 121 ? PRO B 109 PHE B 111 J 1 ASN B 208 ? VAL B 211 ? ASN B 198 VAL B 201 J 2 ILE B 184 ? GLU B 191 ? ILE B 174 GLU B 181 J 3 GLN B 249 ? ALA B 257 ? GLN B 239 ALA B 247 J 4 VAL B 232 ? GLU B 242 ? VAL B 222 GLU B 232 K 1 VAL B 196 ? LEU B 198 ? VAL B 186 LEU B 188 K 2 ARG B 266 ? LEU B 268 ? ARG B 256 LEU B 258 L 1 THR B 203 ? LEU B 204 ? THR B 193 LEU B 194 L 2 LYS B 277 ? PHE B 278 ? LYS B 267 PHE B 268 M 1 PRO C 44 ? ALA C 49 ? PRO C 34 ALA C 39 M 2 THR C 33 ? SER C 38 ? THR C 23 SER C 28 M 3 ARG C 81 ? LEU C 87 ? ARG C 71 LEU C 77 M 4 VAL C 124 ? ALA C 138 ? VAL C 114 ALA C 128 M 5 HIS C 141 ? ASN C 153 ? HIS C 131 ASN C 143 M 6 LEU C 61 ? ALA C 67 ? LEU C 51 ALA C 57 M 7 PHE C 52 ? SER C 56 ? PHE C 42 SER C 46 N 1 TRP C 111 ? LEU C 113 ? TRP C 101 LEU C 103 N 2 PRO C 119 ? PHE C 121 ? PRO C 109 PHE C 111 O 1 GLY C 160 ? ALA C 162 ? GLY C 150 ALA C 152 O 2 GLY C 165 ? PHE C 167 ? GLY C 155 PHE C 157 P 1 ASN C 208 ? VAL C 211 ? ASN C 198 VAL C 201 P 2 ILE C 184 ? GLU C 191 ? ILE C 174 GLU C 181 P 3 GLN C 249 ? ALA C 257 ? GLN C 239 ALA C 247 P 4 VAL C 232 ? GLU C 242 ? VAL C 222 GLU C 232 Q 1 VAL C 196 ? LEU C 198 ? VAL C 186 LEU C 188 Q 2 ARG C 266 ? LEU C 268 ? ARG C 256 LEU C 258 R 1 THR C 203 ? LEU C 204 ? THR C 193 LEU C 194 R 2 LYS C 277 ? PHE C 278 ? LYS C 267 PHE C 268 S 1 THR D 30 ? GLY D 31 ? THR D 20 GLY D 21 S 2 GLY D 160 ? ALA D 162 ? GLY D 150 ALA D 152 S 3 GLY D 165 ? PHE D 167 ? GLY D 155 PHE D 157 T 1 PRO D 44 ? ALA D 49 ? PRO D 34 ALA D 39 T 2 THR D 33 ? SER D 38 ? 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MET SELENOMETHIONINE # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_and_software_defined_assembly PISA dimeric 2 2 author_and_software_defined_assembly PISA dimeric 2 3 author_and_software_defined_assembly PISA dimeric 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,B,G 2 1 C,D,H,I 3 1 E,F,J # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 6980 ? 1 MORE -67 ? 1 'SSA (A^2)' 23030 ? 2 'ABSA (A^2)' 7800 ? 2 MORE -73 ? 2 'SSA (A^2)' 22250 ? 3 'ABSA (A^2)' 7020 ? 3 MORE -67 ? 3 'SSA (A^2)' 22940 ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2011-06-08 2 'Structure model' 1 1 2011-07-13 3 'Structure model' 1 2 2011-07-20 4 'Structure model' 1 3 2011-11-16 5 'Structure model' 1 4 2014-12-24 6 'Structure model' 1 5 2017-11-08 7 'Structure model' 1 6 2023-02-01 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? 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Sheldrick' gsheldr@shelx.uni-ac.gwdg.de phasing http://shelx.uni-ac.gwdg.de/SHELX/ Fortran_77 ? 4 SHARP . ? package 'Eric de La Fortelle' sharp-develop@globalphasing.com phasing http://www.globalphasing.com/sharp/ ? ? 5 XSCALE 'December 6, 2010' ? package 'Wolfgang Kabsch' ? 'data scaling' http://www.mpimf-heidelberg.mpg.de/~kabsch/xds/html_doc/xscale_program.html ? ? 6 BUSTER-TNT 2.8.0 ? program 'Gerard Bricogne' buster-develop@GlobalPhasing.com refinement http://www.globalphasing.com/buster/ ? ? 7 XDS . ? ? ? ? 'data reduction' ? ? ? 8 SHELXD . ? ? ? ? phasing ? ? ? 9 BUSTER 2.8.0 ? ? ? ? refinement ? ? ? # _pdbx_entry_details.entry_id 3RH7 _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ;THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (-9), FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. CLONING WAS BASED ON VERSION 1 OF THE SMA0793 GENE FROM SINORHIZOBIUM MELILOTI 1021 (UNIPROTKB Q92ZM6 VERSION 1 / REFSEQ NP_435675.1) AND THE EXPRESSED CONSTRUCT CONTAINS NINE RESIDUES (-8)MADFQGETE(0) AT THE N-TERMINUS NOT PRESENT IN THE CURRENT PREDICTED GENE PRODUCT (VERSION 2 OF UNIPROTKB Q92ZM6 / REFSEQ NP_435675.2). ; _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ASP A 29 ? ? -69.39 -175.57 2 1 VAL A 45 ? ? -93.42 -64.19 3 1 ALA A 116 ? ? 179.37 148.55 4 1 GLN A 123 ? ? -92.10 -61.91 5 1 LEU A 146 ? ? -39.55 131.65 6 1 ARG A 153 ? ? 52.53 -120.53 7 1 GLN A 182 ? ? -98.79 -81.22 8 1 GLN A 183 ? ? -95.33 -86.96 9 1 ALA A 265 ? ? -115.25 63.57 10 1 PHE A 289 ? ? 66.57 179.65 11 1 ASP B 29 ? ? -68.32 -177.45 12 1 VAL B 45 ? ? -94.22 -64.29 13 1 ARG B 153 ? ? 55.16 -121.18 14 1 GLN B 182 ? ? -98.51 -82.50 15 1 GLN B 183 ? ? -97.42 -85.31 16 1 ALA B 265 ? ? -118.23 63.17 17 1 PHE B 289 ? ? 69.28 156.03 18 1 ASP C 29 ? ? -69.58 -175.41 19 1 VAL C 45 ? ? -93.61 -66.13 20 1 GLN C 81 ? ? -97.54 37.80 21 1 ARG C 153 ? ? 46.62 -120.56 22 1 GLN C 182 ? ? -97.85 -80.16 23 1 GLN C 183 ? ? -97.48 -85.72 24 1 ALA C 265 ? ? -116.53 63.81 25 1 PHE C 289 ? ? 67.34 164.80 26 1 ASP D 29 ? ? -69.29 -174.96 27 1 PHE D 37 ? ? -175.27 147.60 28 1 VAL D 45 ? ? -93.50 -64.13 29 1 GLU D 79 ? ? -37.32 -39.17 30 1 GLN D 81 ? ? -103.74 44.95 31 1 ARG D 153 ? ? 55.38 -130.67 32 1 GLN D 182 ? ? -97.31 -80.87 33 1 GLN D 183 ? ? -97.32 -86.52 34 1 ALA D 265 ? ? -112.82 60.26 35 1 PHE D 289 ? ? 69.32 154.80 36 1 ASP E 29 ? ? -69.37 -176.32 37 1 VAL E 45 ? ? -93.06 -65.50 38 1 GLU E 79 ? ? -39.15 -39.45 39 1 LEU E 146 ? ? -38.89 130.96 40 1 ARG E 153 ? ? 47.84 -121.08 41 1 GLN E 182 ? ? -97.67 -81.57 42 1 GLN E 183 ? ? -96.22 -86.06 43 1 ALA E 265 ? ? -114.65 62.42 44 1 PHE E 289 ? ? 68.13 164.71 45 1 ASP F 29 ? ? -69.73 -175.89 46 1 VAL F 45 ? ? -92.37 -65.34 47 1 GLN F 81 ? ? -99.87 40.01 48 1 ARG F 153 ? ? 45.27 -115.75 49 1 GLN F 182 ? ? -97.17 -81.65 50 1 GLN F 183 ? ? -95.75 -85.24 51 1 ALA F 265 ? ? -115.02 61.20 52 1 PHE F 289 ? ? 67.77 158.02 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_alt_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id 1 1 Y 1 A THR 2 ? 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