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'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 3RNP _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 3.38 _exptl_crystal.density_percent_sol 64. _exptl_crystal.description ;THE HEAVY ATOM POSITIONS OF THE TAMM CLUSTERS WERE REFINED USING THE ROOM TEMPERATURE DATA, NEW PHASES WERE CALCULATED AND THREE CYCLES OF NOISE FILTERING WERE CARRIED OUT. DM WAS USED TO IMPROVE THE ROOM TEMPERATURE PHASES AND SIX-FOLD AVERAGING BETWEEN THE ROOM TEMPERATURE AND LOW TEMPERATURE DATA SETS WAS CARRIED OUT USING DM(MULTI) WHICH PRODUCED A VERY CLEAR ELECTRON DENSITY MAP. THE FOLDING OF THE C-TERMINAL REGION OF THE MOLECULE WAS CONFIRMED BY THE NEW ELECTRON DENSITY MAP. THE FOLDING OF THE N-TERMINAL REGION OF THE MOLECULE WHICH WAS AMBIGUOUS IN THE INITIAL ENTRY HAS BEEN RESOLVED BASED ON THE NEW ELECTRON DENSITY MAP AND A NEW N-TERMINAL FOLDING IS PROPOSED IN CURRENT MODEL. TO DATE 86% OF SEQUENCE HAS BEEN FIT INTO THE ELECTRON DENSITY MAP. ; # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 81 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector 'IMAGE PLATE' _diffrn_detector.type MARRESEARCH _diffrn_detector.pdbx_collection_date 1996-06-10 _diffrn_detector.details 'YALE MIRRORS' # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol ? _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 1.5418 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source 'X-RAY GENERATOR' _diffrn_source.type 'RIGAKU RU200' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ? _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ? _diffrn_source.pdbx_wavelength 1.5418 _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ? # _reflns.entry_id 3RNP _reflns.observed_criterion_sigma_I 2. _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 50.00 _reflns.d_resolution_high 2.6 _reflns.number_obs 88576 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 77.52 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs ? _reflns.pdbx_Rsym_value 0.138 _reflns.pdbx_netI_over_av_sigmaI ? _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy 4.11 _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI ? # _refine.entry_id 3RNP _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high 3.0 _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct MIRAS _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_B ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 2340 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 2340 _refine_hist.d_res_high 3.0 _refine_hist.d_res_low . _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function o_bond_d ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? o_bond_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? o_bond_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? o_angle_d ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? o_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? o_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? o_angle_deg ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? o_angle_deg_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? o_angle_deg_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? o_dihedral_angle_d ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? o_dihedral_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? o_dihedral_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? o_improper_angle_d ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? o_improper_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? o_improper_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? o_mcbond_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? o_mcangle_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? o_scbond_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? o_scangle_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # _struct.entry_id 3RNP _struct.title 'BACTERIOPHAGE T7 RNA POLYMERASE, HIGH SALT CRYSTAL FORM, LOW LOW TEMPERATURE DATA' _struct.pdbx_descriptor 'RNA POLYMERASE' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3RNP _struct_keywords.pdbx_keywords NUCLEOTIDYLTRANSFERASE _struct_keywords.text 'NUCLEOTIDYLTRANSFERASE, RNA POLYMERASE, TRANSCRIPTION' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? # _struct_biol.id 1 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA ASP A . ? ASP A . ? ASP A 12 ASP A 25 1 'HELIX H IN REFERENCE 1' 14 HELX_P HELX_P2 BA LEU A . ? GLU A . ? LEU A 31 GLU A 41 1 'HELIX G IN REFERENCE 1' 11 HELX_P HELX_P3 CA ALA A . ? PHE A . ? ALA A 48 PHE A 54 1 'HELIX F IN REFERENCE 1' 7 HELX_P HELX_P4 DA LEU A . ? GLU A . ? LEU A 72 GLU A 90 1 'HELIX E IN REFERENCE 1' 19 HELX_P HELX_P5 EA GLN A . ? GLU A . ? GLN A 103 GLU A 107 1 'HELIX D IN REFERENCE 1' 5 HELX_P HELX_P6 FA VAL A . ? LEU A . ? VAL A 113 LEU A 122 1 'HELIX C IN REFERENCE 1' 10 HELX_P HELX_P7 GA THR A . ? ILE A . ? THR A 131 ILE A 144 1 'HELIX B IN REFERENCE 1' 14 HELX_P HELX_P8 HA ALA A . ? LEU A . ? ALA A 148 LEU A 156 1 'HELIX A IN REFERENCE 1' 9 HELX_P HELX_P9 IA GLU A . ? ILE A . ? GLU A 206 ILE A 220 1 'HELIX I IN REFERENCE 1' 15 HELX_P HELX_P10 JA GLU A . ? THR A . ? GLU A 248 THR A 255 1 'HELIX J IN REFERENCE 1' 8 HELX_P HELX_P11 LA LYS A . ? TYR A . ? LYS A 302 TYR A 307 1 'HELIX L IN REFERENCE 1' 6 HELX_P HELX_P12 MA VAL A . ? ASN A . ? VAL A 315 ASN A 324 1 'HELIX M IN REFERENCE 1' 10 HELX_P HELX_P13 NA LYS A . ? THR A . ? LYS A 331 THR A 341 1 'HELIX N IN REFERENCE 1' 11 HELX_P HELX_P14 OA ALA A . ? SER A . ? ALA A 372 SER A 406 1 'HELIX O IN REFERENCE 1' 35 HELX_P HELX_P15 PA ASP A . ? ARG A . ? ASP A 437 ARG A 442 1 'HELIX P IN REFERENCE 1' 6 HELX_P HELX_P16 QA GLU A . ? GLY A . ? GLU A 454 GLY A 463 1 'HELIX Q IN REFERENCE 1' 10 HELX_P HELX_P17 RA PHE A . ? GLU A . ? PHE A 474 GLU A 483 1 'HELIX R IN REFERENCE 1' 10 HELX_P HELX_P18 SA HIS A . ? LYS A . ? HIS A 485 LYS A 493 1 'HELIX S IN REFERENCE 1' 9 HELX_P HELX_P19 TA PHE A . ? ALA A . ? PHE A 510 ALA A 518 1 'HELIX T IN REFERENCE 1' 9 HELX_P HELX_P20 UA GLY A . ? MET A . ? GLY A 541 MET A 548 1 'HELIX U IN REFERENCE 1' 8 HELX_P HELX_P21 VA ASP A . ? ARG A . ? ASP A 551 ARG A 556 1 'HELIX V IN REFERENCE 1' 6 HELX_P HELX_P22 WA GLY A . ? GLN A . ? GLY A 571 GLN A 582 1 'HELIX W IN REFERENCE 1' 12 HELX_P HELX_P23 XA GLY A . ? ARG A . ? GLY A 623 ARG A 631 1 'HELIX X IN REFERENCE 1' 9 HELX_P HELX_P24 ZA ASP A . ? ILE A . ? ASP A 652 ILE A 658 1 'HELIX Z IN REFERENCE 1' 7 HELX_P HELX_P25 AAA ASN A . ? VAL A . ? ASN A 670 VAL A 686 1 'HELIX AA IN REFERENCE 1' 17 HELX_P HELX_P26 BBA VAL A . ? ALA A . ? 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ALA B 842 ASP B 850 1 'HELIX EE IN REFERENCE 1' 9 HELX_P HELX_P60 FFB ARG B . ? GLU B . ? ARG B 872 GLU B 876 1 'HELIX FF IN REFERENCE 1' 5 HELX_P HELX_P61 AC ASP C . ? ASP C . ? ASP C 12 ASP C 25 1 'HELIX H IN REFERENCE 1' 14 HELX_P HELX_P62 BC LEU C . ? GLU C . ? LEU C 31 GLU C 41 1 'HELIX G IN REFERENCE 1' 11 HELX_P HELX_P63 CC ALA C . ? PHE C . ? ALA C 48 PHE C 54 1 'HELIX F IN REFERENCE 1' 7 HELX_P HELX_P64 DC LEU C . ? GLU C . ? LEU C 72 GLU C 90 1 'HELIX E IN REFERENCE 1' 19 HELX_P HELX_P65 EC GLN C . ? GLU C . ? GLN C 103 GLU C 107 1 'HELIX D IN REFERENCE 1' 5 HELX_P HELX_P66 FC VAL C . ? LEU C . ? VAL C 113 LEU C 122 1 'HELIX C IN REFERENCE 1' 10 HELX_P HELX_P67 GC THR C . ? ILE C . ? THR C 131 ILE C 144 1 'HELIX B IN REFERENCE 1' 14 HELX_P HELX_P68 HC ALA C . ? LEU C . ? ALA C 148 LEU C 156 1 'HELIX A IN REFERENCE 1' 9 HELX_P HELX_P69 IC GLU C . ? ILE C . ? GLU C 206 ILE C 220 1 'HELIX I IN REFERENCE 1' 15 HELX_P HELX_P70 JC GLU C . ? THR C . ? 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