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'X-RAY DIFFRACTION' # _struct.entry_id 3RRR _struct.title 'Structure of the RSV F protein in the post-fusion conformation' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3RRR _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.text 'six-helix bundle, membrane fusion, VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 1 ? H N N 2 ? I N N 1 ? J N N 2 ? K N N 1 ? L N N 2 ? M N N 3 ? N N N 3 ? O N N 3 ? P N N 3 ? Q N N 3 ? R N N 3 ? S N N 3 ? T N N 3 ? U N N 3 ? V N N 3 ? W N N 3 ? 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B ASN 354 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? B ASN 500 B NAG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? C ASN 45 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? C ASN 70 C NAG 770 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? D ASN 354 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? D ASN 500 D NAG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? E ASN 45 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? E ASN 70 E NAG 770 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? F ASN 354 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? F ASN 500 F NAG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? G ASN 45 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? G ASN 70 G NAG 770 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? H ASN 354 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? H ASN 500 H NAG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? I ASN 45 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? I ASN 70 I NAG 770 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? J ASN 354 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? L ASN 500 L NAG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? K ASN 45 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? M ASN 70 M NAG 770 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? L ASN 354 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? N ASN 500 N NAG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 4 B . ? SER 150 B GLY 5 B ? GLY 151 B 1 -1.00 2 THR 99 B . ? THR 245 B PRO 100 B ? PRO 246 B 1 2.28 3 LEU 367 B . ? LEU 513 B GLY 368 B ? GLY 514 B 1 0.34 4 THR 99 D . ? 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AO ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? anti-parallel A 3 4 ? anti-parallel A 4 5 ? anti-parallel A 5 6 ? anti-parallel B 1 2 ? anti-parallel B 2 3 ? parallel B 3 4 ? anti-parallel C 1 2 ? anti-parallel C 2 3 ? parallel D 1 2 ? anti-parallel D 2 3 ? anti-parallel E 1 2 ? anti-parallel E 2 3 ? anti-parallel E 3 4 ? anti-parallel F 1 2 ? anti-parallel F 2 3 ? anti-parallel F 3 4 ? anti-parallel F 4 5 ? parallel G 1 2 ? anti-parallel G 2 3 ? parallel H 1 2 ? parallel H 2 3 ? parallel H 3 4 ? anti-parallel I 1 2 ? anti-parallel I 2 3 ? anti-parallel I 3 4 ? anti-parallel J 1 2 ? anti-parallel J 2 3 ? anti-parallel J 3 4 ? anti-parallel J 4 5 ? anti-parallel J 5 6 ? anti-parallel K 1 2 ? anti-parallel K 2 3 ? parallel K 3 4 ? anti-parallel L 1 2 ? parallel L 2 3 ? parallel M 1 2 ? parallel N 1 2 ? anti-parallel N 2 3 ? anti-parallel O 1 2 ? anti-parallel P 1 2 ? anti-parallel Q 1 2 ? anti-parallel R 1 2 ? anti-parallel S 1 2 ? anti-parallel S 2 3 ? anti-parallel T 1 2 ? anti-parallel T 2 3 ? anti-parallel U 1 2 ? anti-parallel U 2 3 ? anti-parallel U 3 4 ? anti-parallel U 4 5 ? anti-parallel U 5 6 ? anti-parallel V 1 2 ? anti-parallel V 2 3 ? parallel V 3 4 ? anti-parallel W 1 2 ? parallel W 2 3 ? parallel X 1 2 ? anti-parallel Y 1 2 ? anti-parallel Y 2 3 ? anti-parallel Z 1 2 ? anti-parallel Z 2 3 ? anti-parallel Z 3 4 ? anti-parallel AA 1 2 ? anti-parallel AA 2 3 ? anti-parallel AA 3 4 ? anti-parallel AB 1 2 ? anti-parallel AB 2 3 ? parallel AB 3 4 ? anti-parallel AC 1 2 ? anti-parallel AC 2 3 ? anti-parallel AD 1 2 ? parallel AD 2 3 ? anti-parallel AE 1 2 ? parallel AF 1 2 ? anti-parallel AF 2 3 ? anti-parallel AG 1 2 ? anti-parallel AG 2 3 ? anti-parallel AH 1 2 ? anti-parallel AI 1 2 ? anti-parallel AJ 1 2 ? anti-parallel AJ 2 3 ? anti-parallel AJ 3 4 ? anti-parallel AJ 4 5 ? anti-parallel AJ 5 6 ? anti-parallel AK 1 2 ? parallel AK 2 3 ? parallel AL 1 2 ? anti-parallel AL 2 3 ? parallel AL 3 4 ? anti-parallel AM 1 2 ? anti-parallel AN 1 2 ? anti-parallel AN 2 3 ? anti-parallel AO 1 2 ? anti-parallel AO 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 VAL B 203 ? 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ASP ASP N . n L 2 344 ALA 344 490 490 ALA ALA N . n L 2 345 SER 345 491 491 SER SER N . n L 2 346 ILE 346 492 492 ILE ILE N . n L 2 347 SER 347 493 493 SER SER N . n L 2 348 GLN 348 494 494 GLN GLN N . n L 2 349 VAL 349 495 495 VAL VAL N . n L 2 350 ASN 350 496 496 ASN ASN N . n L 2 351 GLU 351 497 497 GLU GLU N . n L 2 352 LYS 352 498 498 LYS LYS N . n L 2 353 ILE 353 499 499 ILE ILE N . n L 2 354 ASN 354 500 500 ASN ASN N . n L 2 355 GLN 355 501 501 GLN GLN N . n L 2 356 SER 356 502 502 SER SER N . n L 2 357 LEU 357 503 503 LEU LEU N . n L 2 358 ALA 358 504 504 ALA ALA N . n L 2 359 PHE 359 505 505 PHE PHE N . n L 2 360 ILE 360 506 506 ILE ILE N . n L 2 361 ARG 361 507 507 ARG ARG N . n L 2 362 LYS 362 508 508 LYS LYS N . n L 2 363 SER 363 509 509 SER SER N . n L 2 364 ASP 364 510 510 ASP ASP N . n L 2 365 GLU 365 511 511 GLU GLU N . n L 2 366 LEU 366 512 512 LEU LEU N . n L 2 367 LEU 367 513 513 LEU LEU N . n L 2 368 GLY 368 514 514 GLY GLY N . n L 2 369 LEU 369 515 ? ? ? N . n L 2 370 GLU 370 516 ? ? ? N . n L 2 371 VAL 371 517 ? ? ? N . n L 2 372 LEU 372 518 ? ? ? N . n L 2 373 PHE 373 519 ? ? ? N . n L 2 374 GLN 374 520 ? ? ? N . n # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 3 NAG 1 770 770 NAG NAG A . N 3 NAG 1 800 800 NAG NAG B . O 3 NAG 1 770 770 NAG NAG C . P 3 NAG 1 800 800 NAG NAG D . Q 3 NAG 1 770 770 NAG NAG E . R 3 NAG 1 800 800 NAG NAG F . S 3 NAG 1 770 770 NAG NAG G . T 3 NAG 1 800 800 NAG NAG H . U 3 NAG 1 770 770 NAG NAG I . V 3 NAG 1 800 800 NAG NAG L . W 3 NAG 1 770 770 NAG NAG M . X 3 NAG 1 800 800 NAG NAG N . # loop_ _pdbx_struct_mod_residue.id _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id _pdbx_struct_mod_residue.label_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.label_seq_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id _pdbx_struct_mod_residue.PDB_ins_code _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.details 1 I ASN 45 I ASN 70 ? ASN 'GLYCOSYLATION SITE' 2 H ASN 354 H ASN 500 ? ASN 'GLYCOSYLATION SITE' 3 G ASN 45 G ASN 70 ? ASN 'GLYCOSYLATION SITE' 4 E ASN 45 E ASN 70 ? ASN 'GLYCOSYLATION SITE' 5 A ASN 45 A ASN 70 ? ASN 'GLYCOSYLATION SITE' 6 K ASN 45 M ASN 70 ? ASN 'GLYCOSYLATION SITE' 7 B ASN 354 B ASN 500 ? ASN 'GLYCOSYLATION SITE' 8 C ASN 45 C ASN 70 ? ASN 'GLYCOSYLATION SITE' 9 J ASN 354 L ASN 500 ? ASN 'GLYCOSYLATION SITE' 10 D ASN 354 D ASN 500 ? ASN 'GLYCOSYLATION SITE' 11 L ASN 354 N ASN 500 ? ASN 'GLYCOSYLATION SITE' 12 F ASN 354 F ASN 500 ? ASN 'GLYCOSYLATION SITE' # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_and_software_defined_assembly PISA hexameric 6 2 author_and_software_defined_assembly PISA hexameric 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,B,C,D,E,F,M,N,O,P,Q,R 2 1 G,H,I,J,K,L,S,T,U,V,W,X # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 54520 ? 1 MORE -360 ? 1 'SSA (A^2)' 51530 ? 2 'ABSA (A^2)' 54740 ? 2 MORE -368 ? 2 'SSA (A^2)' 51590 ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2011-06-08 2 'Structure model' 1 1 2011-07-13 3 'Structure model' 1 2 2011-08-10 4 'Structure model' 1 3 2014-04-02 5 'Structure model' 1 4 2020-07-29 6 'Structure model' 1 5 2023-09-13 # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 5 'Structure model' repository Remediation 'Carbohydrate remediation' ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Version format compliance' 2 3 'Structure model' 'Database references' 3 4 'Structure model' 'Source and taxonomy' 4 5 'Structure model' Advisory 5 5 'Structure model' 'Data collection' 6 5 'Structure model' 'Database references' 7 5 'Structure model' 'Derived calculations' 8 5 'Structure model' 'Structure summary' 9 6 'Structure model' 'Data collection' 10 6 'Structure model' 'Database references' 11 6 'Structure model' 'Refinement description' 12 6 'Structure model' 'Structure summary' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 5 'Structure model' chem_comp 2 5 'Structure model' database_PDB_caveat 3 5 'Structure model' entity 4 5 'Structure model' pdbx_chem_comp_identifier 5 5 'Structure model' pdbx_entity_nonpoly 6 5 'Structure model' struct_conn 7 5 'Structure model' struct_ref_seq_dif 8 5 'Structure model' struct_site 9 5 'Structure model' struct_site_gen 10 6 'Structure model' chem_comp 11 6 'Structure model' chem_comp_atom 12 6 'Structure model' chem_comp_bond 13 6 'Structure model' database_2 14 6 'Structure model' pdbx_initial_refinement_model # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 5 'Structure model' '_chem_comp.name' 2 5 'Structure model' '_chem_comp.type' 3 5 'Structure model' '_entity.pdbx_description' 4 5 'Structure model' '_pdbx_entity_nonpoly.name' 5 5 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_dist_value' 6 5 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag' 7 5 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_role' 8 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id' 9 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id' 10 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_asym_id' 11 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_seq_id' 12 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id' 13 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id' 14 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_asym_id' 15 5 'Structure model' '_struct_ref_seq_dif.details' 16 6 'Structure model' '_chem_comp.pdbx_synonyms' 17 6 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 18 6 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' # loop_ _pdbx_refine_tls.pdbx_refine_id _pdbx_refine_tls.id _pdbx_refine_tls.details _pdbx_refine_tls.method _pdbx_refine_tls.origin_x _pdbx_refine_tls.origin_y _pdbx_refine_tls.origin_z _pdbx_refine_tls.T[1][1] _pdbx_refine_tls.T[2][2] _pdbx_refine_tls.T[3][3] _pdbx_refine_tls.T[1][2] _pdbx_refine_tls.T[1][3] _pdbx_refine_tls.T[2][3] _pdbx_refine_tls.L[1][1] _pdbx_refine_tls.L[2][2] _pdbx_refine_tls.L[3][3] _pdbx_refine_tls.L[1][2] _pdbx_refine_tls.L[1][3] _pdbx_refine_tls.L[2][3] _pdbx_refine_tls.S[1][1] _pdbx_refine_tls.S[1][2] _pdbx_refine_tls.S[1][3] _pdbx_refine_tls.S[2][1] _pdbx_refine_tls.S[2][2] _pdbx_refine_tls.S[2][3] _pdbx_refine_tls.S[3][1] _pdbx_refine_tls.S[3][2] _pdbx_refine_tls.S[3][3] 'X-RAY DIFFRACTION' 1 ? 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refined -57.1201 -44.4103 -30.1350 0.1549 0.0632 0.3838 -0.1008 0.1602 -0.1090 0.2998 0.0861 0.2478 -0.2436 -0.2453 0.0992 -0.2319 0.0621 -0.3198 0.0662 -0.0269 0.1026 0.1724 -0.0570 0.2012 # loop_ _pdbx_refine_tls_group.pdbx_refine_id _pdbx_refine_tls_group.id _pdbx_refine_tls_group.refine_tls_id _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_asym_id _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id _pdbx_refine_tls_group.beg_label_asym_id _pdbx_refine_tls_group.beg_label_seq_id _pdbx_refine_tls_group.end_auth_asym_id _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id _pdbx_refine_tls_group.end_label_asym_id _pdbx_refine_tls_group.end_label_seq_id _pdbx_refine_tls_group.selection _pdbx_refine_tls_group.selection_details 'X-RAY DIFFRACTION' 1 1 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 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'CHAIN M or CHAIN N' # loop_ _software.name _software.classification _software.version _software.citation_id _software.pdbx_ordinal SERGUI 'data collection' . ? 1 PHASER phasing . ? 2 PHENIX refinement '(phenix.refine: 1.6.4_486)' ? 3 HKL-2000 'data reduction' . ? 4 HKL-2000 'data scaling' . ? 5 # _pdbx_entry_details.entry_id 3RRR _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ;1) THE CRYSTALLIZED SEQUENCE CORRESPONDS TO A VIRAL STRAIN NOT PRESENT IN THE DATABASE UNP ENTRY Q84850_HRSV. 2) THE FULL SEQUENCE PRESENT IN THE PLASMID WAS CLEAVED DURING EXPRESSION. ; _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 ND2 C ASN 70 ? ? 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