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'Chua, E.Y.D.' 1 'Vasudevan, D.' 2 'Davey, G.E.' 3 'Wu, B.' 4 'Davey, C.A.' 5 # _citation.id primary _citation.title 'The mechanics behind DNA sequence-dependent properties of the nucleosome' _citation.journal_abbrev 'Nucleic Acids Res.' _citation.journal_volume 40 _citation.page_first 6338 _citation.page_last 6352 _citation.year 2012 _citation.journal_id_ASTM NARHAD _citation.country UK _citation.journal_id_ISSN 0305-1048 _citation.journal_id_CSD 0389 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 22453276 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1093/nar/gks261 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Chua, E.Y.D.' 1 ? primary 'Vasudevan, D.' 2 ? primary 'Davey, G.E.' 3 ? primary 'Wu, B.' 4 ? primary 'Davey, C.A.' 5 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation 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;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC) (DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG) (DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCAATATCCACCTGCAGATACTACCAAAAGTGTATTTGGAAACTGCTCCATCAATTTAAATGTTCAGCTGAATCAGCTG AACATTTAAATTGATGGAGCAGTTTCCAAATACACTTTTGGTAGTATCTGCAGGTGGATATTGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC) (DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG) (DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCAATATCCACCTGCAGATACTACCAAAAGTGTATTTGGAAACTGCTCCATCAATTTAAATGTTCAGCTGATTCAGCTG AACATTTAAATTGATGGAGCAGTTTCCAAATACACTTTTGGTAGTATCTGCAGGTGGATATTGAT ; J ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 7 'CHLORIDE ION' CL 8 'MANGANESE (II) ION' MN 9 water HOH # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 ARG n 1 3 THR n 1 4 LYS n 1 5 GLN n 1 6 THR n 1 7 ALA n 1 8 ARG n 1 9 LYS n 1 10 SER n 1 11 THR n 1 12 GLY n 1 13 GLY n 1 14 LYS n 1 15 ALA n 1 16 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n 1 107 THR n 1 108 ASN n 1 109 LEU n 1 110 CYS n 1 111 ALA n 1 112 ILE n 1 113 HIS n 1 114 ALA n 1 115 LYS n 1 116 ARG n 1 117 VAL n 1 118 THR n 1 119 ILE n 1 120 MET n 1 121 PRO n 1 122 LYS n 1 123 ASP n 1 124 ILE n 1 125 GLN n 1 126 LEU n 1 127 ALA n 1 128 ARG n 1 129 ARG n 1 130 ILE n 1 131 ARG n 1 132 GLY n 1 133 GLU n 1 134 ARG n 1 135 ALA n 2 1 SER n 2 2 GLY n 2 3 ARG n 2 4 GLY n 2 5 LYS n 2 6 GLY n 2 7 GLY n 2 8 LYS n 2 9 GLY n 2 10 LEU n 2 11 GLY n 2 12 LYS n 2 13 GLY n 2 14 GLY n 2 15 ALA n 2 16 LYS n 2 17 ARG n 2 18 HIS n 2 19 ARG n 2 20 LYS n 2 21 VAL n 2 22 LEU n 2 23 ARG n 2 24 ASP n 2 25 ASN n 2 26 ILE n 2 27 GLN n 2 28 GLY n 2 29 ILE n 2 30 THR n 2 31 LYS n 2 32 PRO n 2 33 ALA n 2 34 ILE n 2 35 ARG n 2 36 ARG n 2 37 LEU n 2 38 ALA n 2 39 ARG n 2 40 ARG n 2 41 GLY n 2 42 GLY n 2 43 VAL n 2 44 LYS n 2 45 ARG n 2 46 ILE n 2 47 SER n 2 48 GLY n 2 49 LEU n 2 50 ILE n 2 51 TYR n 2 52 GLU n 2 53 GLU n 2 54 THR n 2 55 ARG n 2 56 GLY n 2 57 VAL n 2 58 LEU n 2 59 LYS n 2 60 VAL n 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ASP G 90 LEU G 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P32 32 GLN G 112 ? LEU G 116 ? GLN G 112 LEU G 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P33 33 TYR H 37 ? HIS H 49 ? TYR H 34 HIS H 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P34 34 SER H 55 ? ASN H 84 ? SER H 52 ASN H 81 1 ? 30 HELX_P HELX_P35 35 THR H 90 ? LEU H 102 ? THR H 87 LEU H 99 1 ? 13 HELX_P HELX_P36 36 PRO H 103 ? SER H 123 ? 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"C1'" I DT -37 ? ? N1 I DT -37 ? ? 111.59 108.30 3.29 0.30 N 25 1 "C3'" I DA -30 ? ? "O3'" I DA -30 ? ? P I DC -29 ? ? 127.80 119.70 8.10 1.20 Y 26 1 "O4'" I DT -28 ? ? "C1'" I DT -28 ? ? N1 I DT -28 ? ? 110.15 108.30 1.85 0.30 N 27 1 "C3'" I DG -27 ? ? "O3'" I DG -27 ? ? P I DC -26 ? ? 127.33 119.70 7.63 1.20 Y 28 1 "O4'" I DT -25 ? ? "C1'" I DT -25 ? ? N1 I DT -25 ? ? 110.72 108.30 2.42 0.30 N 29 1 "O4'" I DC -24 ? ? "C1'" I DC -24 ? ? N1 I DC -24 ? ? 111.14 108.30 2.84 0.30 N 30 1 "O4'" I DC -20 ? ? "C1'" I DC -20 ? ? N1 I DC -20 ? ? 110.94 108.30 2.64 0.30 N 31 1 "O4'" I DA -19 ? ? "C1'" I DA -19 ? ? N9 I DA -19 ? ? 110.67 108.30 2.37 0.30 N 32 1 "O4'" I DA -18 ? ? "C1'" I DA -18 ? ? N9 I DA -18 ? ? 111.14 108.30 2.84 0.30 N 33 1 "O4'" I DT -17 ? ? "C1'" I DT -17 ? ? N1 I DT -17 ? ? 111.61 108.30 3.31 0.30 N 34 1 "O4'" I DT -16 ? ? "C1'" I DT -16 ? ? N1 I DT -16 ? ? 110.21 108.30 1.91 0.30 N 35 1 "O4'" I DT -9 ? ? "C1'" I DT -9 ? ? N1 I DT -9 ? ? 111.20 108.30 2.90 0.30 N 36 1 "O4'" I DT -8 ? ? "C1'" I DT -8 ? ? N1 I DT -8 ? ? 111.12 108.30 2.82 0.30 N 37 1 "C3'" I DC 10 ? ? "C2'" I DC 10 ? ? "C1'" I DC 10 ? ? 96.02 102.40 -6.38 0.80 N 38 1 "O4'" I DT 13 ? ? "C1'" I DT 13 ? ? N1 I DT 13 ? ? 111.57 108.30 3.27 0.30 N 39 1 "O4'" I DA 21 ? ? "C1'" I DA 21 ? ? N9 I DA 21 ? ? 110.43 108.30 2.13 0.30 N 40 1 "O4'" I DT 22 ? ? "C1'" I DT 22 ? ? N1 I DT 22 ? ? 110.96 108.30 2.66 0.30 N 41 1 "C3'" I DG 24 ? ? "O3'" I DG 24 ? ? P I DA 25 ? ? 127.48 119.70 7.78 1.20 Y 42 1 "C3'" I DA 28 ? ? "C2'" I DA 28 ? ? "C1'" I DA 28 ? ? 97.59 102.40 -4.81 0.80 N 43 1 "O4'" I DT 30 ? ? "C1'" I DT 30 ? ? N1 I DT 30 ? ? 111.84 108.30 3.54 0.30 N 44 1 "O4'" I DT 32 ? ? "C1'" I DT 32 ? ? N1 I DT 32 ? ? 110.39 108.30 2.09 0.30 N 45 1 "O4'" I DC 34 ? ? "C1'" I DC 34 ? ? N1 I DC 34 ? ? 111.16 108.30 2.86 0.30 N 46 1 "O4'" I DA 37 ? ? "C1'" I DA 37 ? ? N9 I DA 37 ? ? 111.32 108.30 3.02 0.30 N 47 1 "O4'" I DA 39 ? ? "C1'" I DA 39 ? ? 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N1 I DT 54 ? ? 111.32 108.30 3.02 0.30 N 60 1 "O4'" I DA 59 ? ? "C1'" I DA 59 ? ? N9 I DA 59 ? ? 103.12 108.00 -4.88 0.70 N 61 1 "C3'" I DG 60 ? ? "C2'" I DG 60 ? ? "C1'" I DG 60 ? ? 96.88 102.40 -5.52 0.80 N 62 1 "O4'" I DG 60 ? ? "C1'" I DG 60 ? ? N9 I DG 60 ? ? 110.37 108.30 2.07 0.30 N 63 1 "O4'" I DG 61 ? ? "C1'" I DG 61 ? ? N9 I DG 61 ? ? 111.14 108.30 2.84 0.30 N 64 1 "O4'" I DT 62 ? ? "C1'" I DT 62 ? ? N1 I DT 62 ? ? 112.36 108.30 4.06 0.30 N 65 1 "O4'" I DG 63 ? ? "C1'" I DG 63 ? ? N9 I DG 63 ? ? 110.23 108.30 1.93 0.30 N 66 1 "C3'" I DG 63 ? ? "O3'" I DG 63 ? ? P I DG 64 ? ? 127.85 119.70 8.15 1.20 Y 67 1 "O4'" I DG 64 ? ? "C1'" I DG 64 ? ? N9 I DG 64 ? ? 110.28 108.30 1.98 0.30 N 68 1 "C3'" I DA 65 ? ? "O3'" I DA 65 ? ? P I DT 66 ? ? 128.18 119.70 8.48 1.20 Y 69 1 "C3'" I DT 66 ? ? "C2'" I DT 66 ? ? "C1'" I DT 66 ? ? 96.34 102.40 -6.06 0.80 N 70 1 "O4'" I DT 66 ? ? "C1'" I DT 66 ? ? N1 I DT 66 ? ? 110.97 108.30 2.67 0.30 N 71 1 "O4'" I DG 70 ? ? "C1'" I DG 70 ? ? 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"C1'" J DA -43 ? ? N9 J DA -43 ? ? 110.22 108.30 1.92 0.30 N 84 1 "O4'" J DG -40 ? ? "C1'" J DG -40 ? ? N9 J DG -40 ? ? 110.49 108.30 2.19 0.30 N 85 1 "O4'" J DT -39 ? ? "C1'" J DT -39 ? ? N1 J DT -39 ? ? 111.29 108.30 2.99 0.30 N 86 1 "O4'" J DT -37 ? ? "C1'" J DT -37 ? ? N1 J DT -37 ? ? 111.68 108.30 3.38 0.30 N 87 1 "O4'" J DA -31 ? ? "C1'" J DA -31 ? ? N9 J DA -31 ? ? 111.52 108.30 3.22 0.30 N 88 1 "O4'" J DA -30 ? ? "C1'" J DA -30 ? ? N9 J DA -30 ? ? 111.55 108.30 3.25 0.30 N 89 1 "O4'" J DT -28 ? ? "C1'" J DT -28 ? ? N1 J DT -28 ? ? 110.54 108.30 2.24 0.30 N 90 1 "C3'" J DT -25 ? ? "C2'" J DT -25 ? ? "C1'" J DT -25 ? ? 97.08 102.40 -5.32 0.80 N 91 1 "O4'" J DT -25 ? ? "C1'" J DT -25 ? ? N1 J DT -25 ? ? 114.37 108.30 6.07 0.30 N 92 1 "O4'" J DT -21 ? ? "C1'" J DT -21 ? ? N1 J DT -21 ? ? 110.19 108.30 1.89 0.30 N 93 1 "O4'" J DC -20 ? ? "C1'" J DC -20 ? ? N1 J DC -20 ? ? 110.90 108.30 2.60 0.30 N 94 1 "O4'" J DA -18 ? ? "C1'" J DA -18 ? ? 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TYR CA HA sing N N 460 TYR C O doub N N 461 TYR C OXT sing N N 462 TYR CB CG sing N N 463 TYR CB HB2 sing N N 464 TYR CB HB3 sing N N 465 TYR CG CD1 doub Y N 466 TYR CG CD2 sing Y N 467 TYR CD1 CE1 sing Y N 468 TYR CD1 HD1 sing N N 469 TYR CD2 CE2 doub Y N 470 TYR CD2 HD2 sing N N 471 TYR CE1 CZ doub Y N 472 TYR CE1 HE1 sing N N 473 TYR CE2 CZ sing Y N 474 TYR CE2 HE2 sing N N 475 TYR CZ OH sing N N 476 TYR OH HH sing N N 477 TYR OXT HXT sing N N 478 VAL N CA sing N N 479 VAL N H sing N N 480 VAL N H2 sing N N 481 VAL CA C sing N N 482 VAL CA CB sing N N 483 VAL CA HA sing N N 484 VAL C O doub N N 485 VAL C OXT sing N N 486 VAL CB CG1 sing N N 487 VAL CB CG2 sing N N 488 VAL CB HB sing N N 489 VAL CG1 HG11 sing N N 490 VAL CG1 HG12 sing N N 491 VAL CG1 HG13 sing N N 492 VAL CG2 HG21 sing N N 493 VAL CG2 HG22 sing N N 494 VAL CG2 HG23 sing N N 495 VAL OXT HXT sing N N 496 # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 3UTA 'double helix' 3UTA 'a-form double helix' 3UTA 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J 61 ? 1 I DC 12 1_555 J DG 134 1_555 I DC 13 1_555 J DG 133 1_555 0.256 -0.771 3.701 4.626 10.386 35.162 -2.773 0.288 3.353 16.662 -7.422 36.899 12 II_DC-61DC-60:DG60DG61_JJ I -61 ? J 61 ? I -60 ? J 60 ? 1 I DC 13 1_555 J DG 133 1_555 I DT 14 1_555 J DA 132 1_555 0.340 0.907 3.412 -0.004 7.089 36.934 0.421 -0.528 3.520 11.065 0.007 37.585 13 II_DC-60DT-59:DA59DG60_JJ I -60 ? J 60 ? I -59 ? J 59 ? 1 I DT 14 1_555 J DA 132 1_555 I DG 15 1_555 J DC 131 1_555 -0.258 2.086 3.267 -1.334 -1.522 40.107 3.210 0.226 3.196 -2.218 1.944 40.156 14 II_DT-59DG-58:DC58DA59_JJ I -59 ? J 59 ? I -58 ? J 58 ? 1 I DG 15 1_555 J DC 131 1_555 I DC 16 1_555 J DG 130 1_555 0.158 0.941 2.824 4.750 4.509 38.108 0.932 0.277 2.911 6.843 -7.209 38.646 15 II_DG-58DC-57:DG57DC58_JJ I -58 ? J 58 ? I -57 ? J 57 ? 1 I DC 16 1_555 J DG 130 1_555 I DA 17 1_555 J DT 129 1_555 -0.268 3.225 3.307 1.088 -14.600 47.271 4.812 0.391 2.270 -17.718 -1.320 49.362 16 II_DC-57DA-56:DT56DG57_JJ I -57 ? J 57 ? I -56 ? 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