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'X-RAY DIFFRACTION' # _struct.entry_id 3V5N _struct.title 'The crystal structure of oxidoreductase from Sinorhizobium meliloti' _struct.pdbx_descriptor 'Oxidoreductase (E.C.1.1.1.-)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3V5N _struct_keywords.pdbx_keywords OXIDOREDUCTASE _struct_keywords.text ;Structural Genomics, PSI-Biology, Protein Structure Initiative, NYSGRC, New York Structural Genomics Research Consortium, oxidoreductase ; # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? 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D MSE 77 D ALA 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale65 covale ? ? D PRO 174 C ? ? ? 1_555 D MSE 175 N ? ? D PRO 151 D MSE 152 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale66 covale ? ? D MSE 175 C ? ? ? 1_555 D VAL 176 N ? ? D MSE 152 D VAL 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale67 covale ? ? D GLU 181 C ? ? ? 1_555 D MSE 182 N ? ? D GLU 158 D MSE 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? covale68 covale ? ? D MSE 182 C ? ? ? 1_555 D ILE 183 N ? ? D MSE 159 D ILE 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale69 covale ? ? D GLN 195 C ? ? ? 1_555 D MSE 196 N ? ? D GLN 172 D MSE 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale70 covale ? ? D MSE 196 C ? ? ? 1_555 D GLU 197 N ? ? D MSE 173 D GLU 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale71 covale ? ? D LEU 272 C ? ? ? 1_555 D MSE 273 N ? ? D LEU 249 D MSE 250 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale72 covale ? ? D MSE 273 C ? ? ? 1_555 D ARG 274 N ? ? D MSE 250 D ARG 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale73 covale ? ? D GLY 285 C ? ? ? 1_555 D MSE 286 N ? ? D GLY 262 D MSE 263 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale74 covale ? ? D MSE 286 C ? ? ? 1_555 D LEU 287 N ? ? D MSE 263 D LEU 264 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale75 covale ? ? D LEU 300 C ? ? ? 1_555 D MSE 301 N ? ? D LEU 277 D MSE 278 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale76 covale ? ? D MSE 301 C ? ? ? 1_555 D VAL 302 N ? ? D MSE 278 D VAL 279 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale77 covale ? ? D GLY 394 C ? ? ? 1_555 D MSE 395 N ? ? D GLY 371 D MSE 372 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale78 covale ? ? D MSE 395 C ? ? ? 1_555 D ARG 396 N ? ? D MSE 372 D ARG 373 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale79 covale ? ? D GLY 397 C ? ? ? 1_555 D MSE 398 N ? ? D GLY 374 D MSE 375 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale80 covale ? ? D MSE 398 C ? ? ? 1_555 D THR 399 N ? ? D MSE 375 D THR 376 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? # _struct_conn_type.id covale _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 LYS 141 A . ? LYS 118 A PRO 142 A ? PRO 119 A 1 -13.31 2 LYS 141 B . ? LYS 118 B PRO 142 B ? PRO 119 B 1 -9.49 3 LYS 141 C . ? LYS 118 C PRO 142 C ? PRO 119 C 1 -14.19 4 LYS 141 D . ? LYS 118 D PRO 142 D ? PRO 119 D 1 -11.66 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 5 ? B ? 16 ? C ? 5 ? D ? 16 ? E ? 5 ? F ? 5 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? parallel A 2 3 ? parallel A 3 4 ? parallel A 4 5 ? parallel B 1 2 ? anti-parallel B 2 3 ? anti-parallel B 3 4 ? parallel B 4 5 ? anti-parallel B 5 6 ? anti-parallel B 6 7 ? anti-parallel B 7 8 ? anti-parallel B 8 9 ? anti-parallel B 9 10 ? anti-parallel B 10 11 ? anti-parallel B 11 12 ? anti-parallel B 12 13 ? anti-parallel B 13 14 ? parallel B 14 15 ? anti-parallel B 15 16 ? anti-parallel C 1 2 ? parallel C 2 3 ? parallel C 3 4 ? parallel C 4 5 ? parallel D 1 2 ? anti-parallel D 2 3 ? anti-parallel D 3 4 ? parallel D 4 5 ? anti-parallel D 5 6 ? anti-parallel D 6 7 ? anti-parallel D 7 8 ? anti-parallel D 8 9 ? anti-parallel D 9 10 ? anti-parallel D 10 11 ? anti-parallel D 11 12 ? anti-parallel D 12 13 ? anti-parallel D 13 14 ? parallel D 14 15 ? anti-parallel D 15 16 ? anti-parallel E 1 2 ? parallel E 2 3 ? parallel E 3 4 ? parallel E 4 5 ? parallel F 1 2 ? parallel F 2 3 ? parallel F 3 4 ? parallel F 4 5 ? parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 TYR A 65 ? ALA A 71 ? TYR A 42 ALA A 48 A 2 ILE A 38 ? VAL A 43 ? ILE A 15 VAL A 20 A 3 ALA A 113 ? ILE A 116 ? ALA A 90 ILE A 93 A 4 HIS A 136 ? ASP A 140 ? HIS A 113 ASP A 117 A 5 PHE A 164 ? THR A 167 ? PHE A 141 THR A 144 B 1 LEU A 249 ? ASP A 257 ? LEU A 226 ASP A 234 B 2 ASN A 268 ? PHE A 275 ? ASN A 245 PHE A 252 B 3 LYS A 284 ? SER A 290 ? LYS A 261 SER A 267 B 4 VAL A 191 ? PRO A 199 ? VAL A 168 PRO A 176 B 5 MSE A 301 ? GLY A 306 ? MSE A 278 GLY A 283 B 6 GLY A 309 ? THR A 314 ? GLY A 286 THR A 291 B 7 TYR A 320 ? PRO A 325 ? TYR A 297 PRO A 302 B 8 LYS A 330 ? THR A 334 ? LYS A 307 THR A 311 B 9 LYS C 330 ? THR C 334 ? LYS C 307 THR C 311 B 10 ASP C 317 ? PRO C 325 ? ASP C 294 PRO C 302 B 11 GLY C 309 ? THR C 314 ? GLY C 286 THR C 291 B 12 MSE C 301 ? TYR C 305 ? MSE C 278 TYR C 282 B 13 LEU C 193 ? PRO C 199 ? LEU C 170 PRO C 176 B 14 LYS C 284 ? SER C 290 ? LYS C 261 SER C 267 B 15 ASN C 268 ? PHE C 275 ? ASN C 245 PHE C 252 B 16 LEU C 249 ? ASP C 257 ? 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ASP D 257 ? LEU D 226 ASP D 234 E 1 TYR C 65 ? ALA C 71 ? TYR C 42 ALA C 48 E 2 ILE C 38 ? GLY C 44 ? ILE C 15 GLY C 21 E 3 ALA C 113 ? VAL C 117 ? ALA C 90 VAL C 94 E 4 HIS C 136 ? CYS C 139 ? HIS C 113 CYS C 116 E 5 PHE C 164 ? LEU C 166 ? PHE C 141 LEU C 143 F 1 TYR D 65 ? ALA D 71 ? TYR D 42 ALA D 48 F 2 ILE D 38 ? VAL D 43 ? ILE D 15 VAL D 20 F 3 ALA D 113 ? ILE D 116 ? ALA D 90 ILE D 93 F 4 HIS D 136 ? ASP D 140 ? HIS D 113 ASP D 117 F 5 PHE D 164 ? THR D 167 ? PHE D 141 THR D 144 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id A 1 2 O GLU A 66 ? O GLU A 43 N LEU A 40 ? N LEU A 17 A 2 3 N GLY A 41 ? N GLY A 18 O ALA A 113 ? O ALA A 90 A 3 4 N VAL A 114 ? N VAL A 91 O ILE A 138 ? O ILE A 115 A 4 5 N CYS A 139 ? N CYS A 116 O VAL A 165 ? O VAL A 142 B 1 2 N ASP A 255 ? N ASP A 232 O HIS A 270 ? O HIS A 247 B 2 3 N VAL A 271 ? N VAL A 248 O LEU A 287 ? O LEU A 264 B 3 4 O LYS A 284 ? O LYS A 261 N ARG A 192 ? N ARG A 169 B 4 5 N GLN A 195 ? N GLN A 172 O ARG A 303 ? O ARG A 280 B 5 6 N VAL A 304 ? N VAL A 281 O LEU A 311 ? O LEU A 288 B 6 7 N GLU A 312 ? N GLU A 289 O TRP A 322 ? O TRP A 299 B 7 8 N TYR A 323 ? N TYR A 300 O ARG A 331 ? O ARG A 308 B 8 9 N LEU A 332 ? N LEU A 309 O LYS C 330 ? O LYS C 307 B 9 10 O ARG C 331 ? O ARG C 308 N TYR C 323 ? N TYR C 300 B 10 11 O TRP C 322 ? O TRP C 299 N GLU C 312 ? N GLU C 289 B 11 12 O LEU C 311 ? O LEU C 288 N VAL C 304 ? N VAL C 281 B 12 13 O ARG C 303 ? O ARG C 280 N GLN C 195 ? N GLN C 172 B 13 14 N MSE C 196 ? N MSE C 173 O MSE C 286 ? O MSE C 263 B 14 15 O CYS C 289 ? O CYS C 266 N ALA C 269 ? N ALA C 246 B 15 16 O LEU C 272 ? O LEU C 249 N ALA C 253 ? N ALA C 230 C 1 2 O VAL B 68 ? O VAL B 45 N LEU B 40 ? N LEU B 17 C 2 3 N GLY B 41 ? N GLY B 18 O ALA B 115 ? O ALA B 92 C 3 4 N VAL B 114 ? N VAL B 91 O ILE B 138 ? O ILE B 115 C 4 5 N CYS B 139 ? N CYS B 116 O VAL B 165 ? O VAL B 142 D 1 2 N GLU B 250 ? N GLU B 227 O ARG B 274 ? O ARG B 251 D 2 3 N VAL B 271 ? N VAL B 248 O LEU B 287 ? O LEU B 264 D 3 4 O MSE B 286 ? O MSE B 263 N MSE B 196 ? N MSE B 173 D 4 5 N GLN B 195 ? N GLN B 172 O ARG B 303 ? O ARG B 280 D 5 6 N GLY B 306 ? N GLY B 283 O GLY B 309 ? O GLY B 286 D 6 7 N GLY B 310 ? N GLY B 287 O THR B 324 ? O THR B 301 D 7 8 N TYR B 323 ? N TYR B 300 O ARG B 331 ? O ARG B 308 D 8 9 N LYS B 330 ? N LYS B 307 O LEU D 332 ? O LEU D 309 D 9 10 O LEU D 333 ? O LEU D 310 N LEU D 321 ? N LEU D 298 D 10 11 O THR D 324 ? O THR D 301 N GLY D 310 ? N GLY D 287 D 11 12 O GLY D 309 ? O GLY D 286 N GLY D 306 ? N GLY D 283 D 12 13 O ARG D 303 ? 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D . n # _pdbx_SG_project.id 1 _pdbx_SG_project.project_name PSI:Biology _pdbx_SG_project.full_name_of_center 'New York Structural Genomics Research Consortium' _pdbx_SG_project.initial_of_center NYSGRC # loop_ _pdbx_struct_mod_residue.id _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id _pdbx_struct_mod_residue.label_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.label_seq_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id _pdbx_struct_mod_residue.PDB_ins_code _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.details 1 A MSE 42 A MSE 19 ? MET SELENOMETHIONINE 2 A MSE 100 A MSE 77 ? MET SELENOMETHIONINE 3 A MSE 175 A MSE 152 ? MET SELENOMETHIONINE 4 A MSE 182 A MSE 159 ? MET SELENOMETHIONINE 5 A MSE 196 A MSE 173 ? MET SELENOMETHIONINE 6 A MSE 273 A MSE 250 ? MET SELENOMETHIONINE 7 A MSE 286 A MSE 263 ? MET SELENOMETHIONINE 8 A MSE 301 A MSE 278 ? MET SELENOMETHIONINE 9 A MSE 395 A MSE 372 ? 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