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'X-RAY DIFFRACTION' # loop_ _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id _refine_ls_restr_ncs.dom_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position _refine_ls_restr_ncs.weight_position _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso _refine_ls_restr_ncs.pdbx_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_rms _refine_ls_restr_ncs.pdbx_weight 1 'X-RAY DIFFRACTION' 1 1 'TIGHT THERMAL' A 1051 3.720 0.710 ? ? ? ? ? ? 2 'X-RAY DIFFRACTION' 2 1 'TIGHT THERMAL' B 1051 4.960 0.710 ? ? ? ? ? ? 3 'X-RAY DIFFRACTION' 3 1 'TIGHT THERMAL' C 1047 4.790 0.710 ? ? ? ? ? ? 4 'X-RAY DIFFRACTION' 4 1 'TIGHT THERMAL' D 1046 6.040 0.710 ? ? ? ? ? ? 5 'X-RAY DIFFRACTION' 5 1 'TIGHT THERMAL' E 1046 4.570 0.710 ? ? ? ? ? ? 6 'X-RAY DIFFRACTION' 6 1 'TIGHT THERMAL' F 1053 4.780 0.710 ? ? ? ? ? ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.d_res_high 2.800 _refine_ls_shell.d_res_low 2.873 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 6587 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.222 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 88.61 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.321 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 337 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? # loop_ _struct_ncs_oper.id _struct_ncs_oper.code _struct_ncs_oper.details _struct_ncs_oper.matrix[1][1] _struct_ncs_oper.matrix[1][2] _struct_ncs_oper.matrix[1][3] _struct_ncs_oper.matrix[2][1] _struct_ncs_oper.matrix[2][2] _struct_ncs_oper.matrix[2][3] _struct_ncs_oper.matrix[3][1] _struct_ncs_oper.matrix[3][2] _struct_ncs_oper.matrix[3][3] _struct_ncs_oper.vector[1] _struct_ncs_oper.vector[2] _struct_ncs_oper.vector[3] 1 given ? 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 0.00000 0.00000 2 given ? -0.998390 -0.045199 -0.034260 -0.052443 0.505676 0.861128 -0.021597 0.861539 -0.507232 48.80252 -34.07327 62.82601 # loop_ _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details 1 1 A 2 1 B 3 1 C 4 1 D 5 1 E 6 1 F # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details 1 ? 2 ? 3 ? 4 ? 5 ? 6 ? # _struct.entry_id 3WJM _struct.title 'Crystal structure of Bombyx mori Sp2/Sp3 heterohexamer' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3WJM _struct_keywords.pdbx_keywords 'OXYGEN TRANSPORT' _struct_keywords.text 'Bombyx mori storage proteins, papain cleavage site, heterohexamer, OXYGEN TRANSPORT' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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ASP B 117 MET B 132 1 ? 16 HELX_P HELX_P46 46 ASN B 133 ? ARG B 148 ? ASN B 133 ARG B 148 1 ? 16 HELX_P HELX_P47 47 ALA B 158 ? TYR B 163 ? ALA B 158 TYR B 163 1 ? 6 HELX_P HELX_P48 48 PRO B 164 ? PHE B 167 ? PRO B 164 PHE B 167 5 ? 4 HELX_P HELX_P49 49 ASN B 169 ? ASP B 183 ? ASN B 169 ASP B 183 1 ? 15 HELX_P HELX_P50 50 ASP B 187 ? TYR B 194 ? ASP B 187 TYR B 194 1 ? 8 HELX_P HELX_P51 51 ASN B 217 ? ARG B 221 ? ASN B 217 ARG B 221 5 ? 5 HELX_P HELX_P52 52 ILE B 222 ? GLU B 227 ? ILE B 222 GLU B 227 1 ? 6 HELX_P HELX_P53 53 ASP B 228 ? LEU B 242 ? ASP B 228 LEU B 242 1 ? 15 HELX_P HELX_P54 54 SER B 248 ? GLU B 256 ? SER B 248 GLU B 256 5 ? 9 HELX_P HELX_P55 55 ARG B 257 ? ASN B 280 ? ARG B 257 ASN B 280 1 ? 24 HELX_P HELX_P56 56 THR B 320 ? LYS B 322 ? THR B 320 LYS B 322 5 ? 3 HELX_P HELX_P57 57 ASN B 323 ? GLY B 344 ? ASN B 323 GLY B 344 1 ? 22 HELX_P HELX_P58 58 SER B 358 ? THR B 370 ? SER B 358 THR B 370 1 ? 13 HELX_P HELX_P59 59 ASN B 371 ? GLU B 376 ? ASN B 371 GLU B 376 5 ? 6 HELX_P HELX_P60 60 SER B 386 ? ALA B 397 ? SER B 386 ALA B 397 1 ? 12 HELX_P HELX_P61 61 SER B 410 ? PHE B 414 ? SER B 410 PHE B 414 5 ? 5 HELX_P HELX_P62 62 THR B 417 ? ARG B 420 ? THR B 417 ARG B 420 5 ? 4 HELX_P HELX_P63 63 ASP B 421 ? GLN B 440 ? ASP B 421 GLN B 440 1 ? 20 HELX_P HELX_P64 64 THR B 446 ? HIS B 451 ? THR B 446 HIS B 451 1 ? 6 HELX_P HELX_P65 65 PHE B 477 ? VAL B 480 ? PHE B 477 VAL B 480 5 ? 4 HELX_P HELX_P66 66 SER B 483 ? LYS B 488 ? SER B 483 LYS B 488 1 ? 6 HELX_P HELX_P67 67 SER B 538 ? PHE B 546 ? SER B 538 PHE B 546 5 ? 9 HELX_P HELX_P68 68 THR B 568 ? PHE B 570 ? THR B 568 PHE B 570 5 ? 3 HELX_P HELX_P69 69 PRO B 579 ? ASP B 588 ? PRO B 579 ASP B 588 1 ? 10 HELX_P HELX_P70 70 THR B 594 ? SER B 599 ? THR B 594 SER B 599 1 ? 6 HELX_P HELX_P71 71 ARG B 606 ? LEU B 609 ? ARG B 606 LEU B 609 5 ? 4 HELX_P HELX_P72 72 LEU B 657 ? PHE B 661 ? LEU B 657 PHE B 661 5 ? 5 HELX_P HELX_P73 73 PHE B 680 ? ASN B 685 ? 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B CYS 185 SG ? ? ? 1_555 B CYS 191 SG ? ? B CYS 185 B CYS 191 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? ? covale1 covale one ? A ASN 211 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 211 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.427 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? B ASN 208 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? B ASN 208 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? C ASN 208 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? C ASN 208 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? D ASN 208 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? D ASN 208 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? E ASN 211 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? E ASN 211 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.419 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? F ASN 211 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? F ASN 211 L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? N-Glycosylation covale7 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.424 ? ? covale8 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G BMA . C1 ? ? G NAG 2 G BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale9 covale both ? G BMA . O3 ? ? ? 1_555 G MAN . C1 ? ? G BMA 3 G MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? ? covale10 covale both ? G BMA . O6 ? ? ? 1_555 G BMA . C1 ? ? G BMA 3 G BMA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale11 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale12 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H BMA . C1 ? ? H NAG 2 H BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.383 ? ? covale13 covale both ? H BMA . O3 ? ? ? 1_555 H BMA . C1 ? ? H BMA 3 H BMA 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? ? covale14 covale both ? H BMA . O6 ? ? ? 1_555 H MAN . C1 ? ? H BMA 3 H MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale15 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale16 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I BMA . C1 ? ? I NAG 2 I BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale17 covale both ? I BMA . O6 ? ? ? 1_555 I MAN . C1 ? ? I BMA 3 I MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale18 covale both ? I BMA . O3 ? ? ? 1_555 I MAN . C1 ? ? I BMA 3 I MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? ? covale19 covale both ? I MAN . O6 ? ? ? 1_555 I MAN . C1 ? ? I MAN 4 I MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? ? covale20 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.420 ? ? covale21 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J BMA . C1 ? ? J NAG 2 J BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? covale22 covale both ? J BMA . O3 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? J BMA 3 J MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale23 covale both ? J BMA . O6 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? J BMA 3 J MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale24 covale both ? J MAN . O2 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? J MAN 4 J MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? ? covale25 covale both ? J MAN . O6 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? J MAN 6 J MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.463 ? ? covale26 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? ? covale27 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K BMA . C1 ? ? K NAG 2 K BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.426 ? ? covale28 covale both ? K BMA . O3 ? ? ? 1_555 K BMA . C1 ? ? K BMA 3 K BMA 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale29 covale both ? K BMA . O6 ? ? ? 1_555 K MAN . C1 ? ? K BMA 3 K MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.462 ? ? covale30 covale both ? K BMA . O3 ? ? ? 1_555 K BMA . C1 ? ? K BMA 4 K BMA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.467 ? ? covale31 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale32 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L BMA . C1 ? ? L NAG 2 L BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? ? covale33 covale both ? L BMA . O3 ? ? ? 1_555 L MAN . C1 ? ? L BMA 3 L MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? ? covale34 covale both ? L MAN . O2 ? ? ? 1_555 L BMA . C1 ? ? 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AI ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? anti-parallel A 2 3 ? parallel A 3 4 ? anti-parallel A 4 5 ? parallel A 5 6 ? anti-parallel A 6 7 ? anti-parallel A 7 8 ? anti-parallel B 1 2 ? anti-parallel C 1 2 ? anti-parallel D 1 2 ? anti-parallel E 1 2 ? anti-parallel E 2 3 ? anti-parallel F 1 2 ? parallel G 1 2 ? anti-parallel H 1 2 ? anti-parallel H 2 3 ? parallel H 3 4 ? anti-parallel H 4 5 ? parallel H 5 6 ? anti-parallel H 6 7 ? anti-parallel H 7 8 ? anti-parallel I 1 2 ? anti-parallel J 1 2 ? anti-parallel K 1 2 ? anti-parallel K 2 3 ? anti-parallel L 1 2 ? parallel M 1 2 ? anti-parallel N 1 2 ? anti-parallel N 2 3 ? parallel N 3 4 ? anti-parallel N 4 5 ? parallel N 5 6 ? anti-parallel N 6 7 ? anti-parallel N 7 8 ? anti-parallel O 1 2 ? anti-parallel P 1 2 ? anti-parallel Q 1 2 ? anti-parallel Q 2 3 ? anti-parallel R 1 2 ? parallel S 1 2 ? anti-parallel T 1 2 ? anti-parallel T 2 3 ? parallel T 3 4 ? anti-parallel T 4 5 ? parallel T 5 6 ? anti-parallel T 6 7 ? anti-parallel T 7 8 ? anti-parallel U 1 2 ? anti-parallel V 1 2 ? anti-parallel W 1 2 ? anti-parallel W 2 3 ? anti-parallel X 1 2 ? parallel Y 1 2 ? anti-parallel Y 2 3 ? parallel Y 3 4 ? anti-parallel Y 4 5 ? parallel Y 5 6 ? anti-parallel Y 6 7 ? anti-parallel Y 7 8 ? anti-parallel Z 1 2 ? anti-parallel AA 1 2 ? anti-parallel AB 1 2 ? anti-parallel AC 1 2 ? anti-parallel AC 2 3 ? anti-parallel AD 1 2 ? parallel AE 1 2 ? anti-parallel AE 2 3 ? parallel AE 3 4 ? anti-parallel AE 4 5 ? parallel AE 5 6 ? anti-parallel AE 6 7 ? anti-parallel AE 7 8 ? anti-parallel AF 1 2 ? anti-parallel AG 1 2 ? anti-parallel AH 1 2 ? anti-parallel AH 2 3 ? anti-parallel AI 1 2 ? parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 ILE A 199 ? 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