data_3ZVO # _entry.id 3ZVO # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.280 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code PDB 3ZVO PDBE EBI-49153 WWPDB D_1290049153 # _pdbx_database_PDB_obs_spr.id OBSLTE _pdbx_database_PDB_obs_spr.date 2014-12-10 _pdbx_database_PDB_obs_spr.pdb_id 4V8O _pdbx_database_PDB_obs_spr.replace_pdb_id 3ZVO _pdbx_database_PDB_obs_spr.details ;THIS ENTRY WITH OTHER SPLIT ENTRIES HAVE BEEN CONSOLIDATED INTO A COMBINED FILE FOR COMPLETE REPRESENTATION. NO COORDINATES HAVE BEEN CHANGED. ; # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type _pdbx_database_related.details PDB 3ZVO split . PDB 3ZVP split . PDB 1DK1 unspecified 'DETAILED VIEW OF A KEY ELEMENT OF THE RIBOSOME ASSEMBLY: CRYSTAL STRUCTURE OF THE S15-RRNA COMPLEX' PDB 1IBK unspecified 'STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S RIBOSOMAL SUBUNITIN COMPLEX WITH THE ANTIBIOTIC PAROMOMYCIN' PDB 1F7Y unspecified ;THE CRYSTAL STRUCTURE OF TWO UUCG LOOPS HIGHLIGHTS THE ROLEPLAYED BY 2'-HYDROXYL GROUPS IN ITS UNUSUAL STABILITY ; PDB 1LOU unspecified 'RIBOSOMAL PROTEIN S6' PDB 1IBL unspecified ;STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S RIBOSOMAL SUBUNITIN COMPLEX WITH A MESSENGER RNA FRAGMENT AND COGNATETRANSFER RNA ANTICODON STEM-LOOP BOUND AT THE A SITE ANDWITH THE ANTIBIOTIC PAROMOMYCIN ; PDB 2UUC unspecified ;STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S RIBOSOMAL SUBUNIT COMPLEXED WITH A VALINE-ASL WITH CMO5U IN POSITION 34 BOUND TO AN MRNA WITH A GUA-CODON IN THE A-SITE AND PAROMOMYCIN. ; PDB 2WDK unspecified ;STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 70S RIBOSOME IN COMPLEX WITH MRNA, PAROMOMYCIN, ACYLATED A- AND P-SITE TRNAS, AND E-SITE TRNA. THIS FILE CONTAINS THE 30S SUBUNIT A-,P-, AND E-SITE TRNAS AND PAROMOMYCIN FOR MOLECULE I. ; PDB 2Y0U unspecified 'THE CRYSTAL STRUCTURE OF EF-TU AND A9C-TRNA-TRP BOUND TO A NEAR-COGNATE CODON ON THE 70S RIBOSOME' PDB 1KUQ unspecified 'CRYSTAL STRUCTURE OF T3C MUTANT S15 RIBOSOMAL PROTEIN INCOMPLEX WITH 16S RRNA' PDB 1AB3 unspecified 'RIBOSOMAL PROTEIN S15 FROM THERMUS THERMOPHILUS, NMR,26 STRUCTURES' PDB 2J02 unspecified ;STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 70S RIBOSOME COMPLEXED WITH MRNA, TRNA AND PAROMOMYCIN (PART 3 OF 4) THIS FILE CONTAINS THE 30S SUBUNIT, MRNA, A-, P - AND E-SITE TRNAS AND PAROMOMYCIN FOR MOLECULE II. ; PDB 1QJH unspecified ;PROTEIN AGGREGATION AND ALZHEIMER'S DISEASE: CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF THE PHENOMENON. ENGINEERED VERSION OF THE RIBOSOMAL PROTEIN S6 USED AS A STABLE SCAFFOLD TO STUDY OLIGOMERIZATION. ; PDB 1J5E unspecified 'STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S RIBOSOMAL SUBUNIT' PDB 2WRQ unspecified 'THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE 70S RIBOSOME BOUND TO EF-TU AND TRNA (PART 3 OF 4).' PDB 1HNX unspecified 'STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S RIBOSOMAL SUBUNITIN COMPLEX WITH PACTAMYCIN' PDB 2J00 unspecified ;STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 70S RIBOSOME COMPLEXED WITH MRNA, TRNA AND PAROMOMYCIN (PART 1 OF 4). THIS FILE CONTAINS THE 30S SUBUNIT, MRNA, A-, P - AND E-SITE TRNAS AND PAROMOMYCIN FOR MOLECULE I. ; PDB 2B9O unspecified ;30S RIBOSOMAL SUBUNIT, TRNAS AND MRNA FROM A CRYSTALSTRUCTURE OF THE WHOLE RIBOSOMAL COMPLEX WITH A STOP CODONIN THE A-SITE. THIS FILE CONTAINS THE 30S SUBUNIT, TRNASAND MRNA FROM A CRYSTAL STRUCTURE OF THE WHOLE RIBOSOMALCOMPLEX WITH A STOP CODON IN THE A-SITE AND IS DESCRIBEDIN REMARK 400. ; PDB 2X9T unspecified 'STRUCTURE OF THE 70S RIBOSOME BOUND TO RELEASE FACTOR 2 AND A SUBSTRATE ANALOG PROVIDES INSIGHTS INTO CATALYSIS OF PEPTIDE RELEASE' PDB 2UUB unspecified ;STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S RIBOSOMAL SUBUNIT COMPLEXED WITH A VALINE-ASL WITH CMO5U IN POSITION 34 BOUND TO AN MRNA WITH A GUU-CODON IN THE A-SITE AND PAROMOMYCIN. ; PDB 2WH3 unspecified 'INSIGHTS INTO TRANSLATIONAL TERMINATION FROM THE STRUCTURE OF RF2 BOUND TO THE RIBOSOME' PDB 2XQD unspecified 'THE STRUCTURE OF EF-TU AND AMINOACYL-TRNA BOUND TO THE 70S RIBOSOME WITH A GTP ANALOG' PDB 1MVR unspecified ;DECODING CENTER & PEPTIDYL TRANSFERASE CENTER FROM THE X -RAY STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 70S RIBOSOME ,ALIGNED TO THE LOW RESOLUTION CRYO-EM MAP OF E. COLI 70SRIBOSOME ; PDB 1CQN unspecified ;PROTEIN AGGREGATION AND ALZHEIMER'S DISEASE: CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF THE PHENOMENON. ENGINEEREDVERSION OF THE RIBOSOMAL PROTEIN S6 USED AS A STABLESCAFFOLD TO STUDY OLIGOMERIZATION. ; PDB 1EMW unspecified 'SOLUTION STRUCTURE OF THE RIBOSOMAL PROTEIN S16 FROMTHERMUS THERMOPHILUS' PDB 2V46 unspecified ;STRUCTURE OF THE RIBOSOME RECYCLING FACTOR BOUND TO THE THERMUS THERMOPHILUS 70S RIBOSOME WITH MRNA, ASL- PHE AND TRNA-FMET (PART 1 OF 4). THIS FILE CONTAINS THE 30S SUBUNIT, MRNA, P-SITE ASL, E-SITE TRNA AND RRF FOR MOLECULE 1. ; PDB 1PNX unspecified ;CRYSTAL STRUCTURE OF THE WILD TYPE RIBOSOME FROM E. COLI,30S SUBUNIT OF 70S RIBOSOME. THIS FILE, 1PNX, CONTAINSONLY MOLECULES OF THE 30S RIBOSOMAL SUBUNIT. THE 50SSUBUNIT IS IN THE PDB FILE 1PNY. ; PDB 1QKF unspecified 'SOLUTION STRUCTURE OF THE RIBOSOMAL PROTEIN S19 FROM THERMUS THERMOPHILUS' PDB 1QKH unspecified 'SOLUTION STRUCTURE OF THE RIBOSOMAL PROTEIN S19 FROM THERMUS THERMOPHILUS' PDB 2VQF unspecified ;MODIFIED URIDINES WITH C5-METHYLENE SUBSTITUENTS AT THE FIRST POSITION OF THE TRNA ANTICODON STABILIZE U-G WOBBLE PAIRING DURING DECODING ; PDB 2Y10 unspecified 'THE CRYSTAL STRUCTURE OF EF-TU AND TRP-TRNA-TRP BOUND TO A COGNATE CODON ON THE 70S RIBOSOME.' PDB 2WH1 unspecified 'INSIGHTS INTO TRANSLATIONAL TERMINATION FROM THE STRUCTURE OF RF2 BOUND TO THE RIBOSOME' PDB 1N32 unspecified ;STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S RIBOSOMAL SUBUNITBOUND TO CODON AND NEAR-COGNATE TRANSFER RNA ANTICODONSTEM-LOOP MISMATCHED AT THE FIRST CODON POSITION AT THE ASITE WITH PAROMOMYCIN ; PDB 2Y18 unspecified 'THE CRYSTAL STRUCTURE OF EF-TU AND TRP-TRNA-TRP BOUND TO A COGNATE CODON ON THE 70S RIBOSOME.' PDB 2Y12 unspecified 'THE CRYSTAL STRUCTURE OF EF-TU AND G24A-TRNA-TRP BOUND TO A NEAR-COGNATE CODON ON THE 70S RIBOSOME' PDB 2WRN unspecified 'THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE 70S RIBOSOME BOUND TO EF-TU AND TRNA (PART 1 OF 4).' PDB 2F4V unspecified '30S RIBOSOME + DESIGNER ANTIBIOTIC' PDB 1TWT unspecified ;MODEL STRUCTURE OF THE T. THERMOPHILUS 70S RIBOSOME, 30SSUBUNIT OF 70S ROBOSOME. THIS FILE, 1TWT, CONTAINS ONLYMOLECULES OF THE 30S RIBOSOMAL SUBUNIT. THE 50S SUBUNIT ISIN THE PDB FILE 1TWV. ; PDB 2UXD unspecified ;CRYSTAL STRUCTURE OF AN EXTENDED TRNA ANTICODON STEM LOOP IN COMPLEX WITH ITS COGNATE MRNA CGGG IN THE CONTEXT OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S SUBUNIT. ; PDB 1FKA unspecified 'STRUCTURE OF FUNCTIONALLY ACTIVATED SMALL RIBOSOMAL SUBUNITAT 3.3 A RESOLUTION' PDB 1FJG unspecified ;STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S RIBOSOMAL SUBUNITIN COMPLEX WITH THE ANTIBIOTICS STREPTOMYCIN, SPECTINOMYCIN,AND PAROMOMYCIN ; PDB 1N36 unspecified ;STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S RIBOSOMAL SUBUNITIN THE PRESENCE OF CRYSTALLOGRAPHICALLY DISORDERED CODONAND NEAR-COGNATE TRANSFER RNA ANTICODON STEM- LOOPMISMATCHED AT THE SECOND CODON POSITION ; PDB 2UXC unspecified ;CRYSTAL STRUCTURE OF AN EXTENDED TRNA ANTICODON STEM LOOP IN COMPLEX WITH ITS COGNATE MRNA UCGU IN THE CONTEXT OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S SUBUNIT. ; PDB 1HNW unspecified 'STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S RIBOSOMAL SUBUNITIN COMPLEX WITH TETRACYCLINE' PDB 1L1U unspecified 'TERNARY COMPLEX DOCKED IN THE DECODING SITE OF THE 30SRIBOSOMAL SUBUNIT' PDB 1HR0 unspecified 'CRYSTAL STRUCTURE OF INITIATION FACTOR IF1 BOUND TO THE 30SRIBOSOMAL SUBUNIT' PDB 2V48 unspecified ;STRUCTURE OF THE RIBOSOME RECYCLING FACTOR BOUND TO THE THERMUS THERMOPHILUS 70S RIBOSOME WITH MRNA, ASL- PHE AND TRNA-FMET (PART 3 OF 4). THIS FILE CONTAINS THE 30S SUBUNIT, MRNA, P-SITE ASL, E-SITE TRNA AND RRF FOR MOLECULE 2. ; PDB 2XUY unspecified 'TRNA TRANLOCATION ON THE 70S RIBOSOME: THE POST- TRANSLOCATIONAL TRANSLOCATION INTERMEDIATE TI(POST)' PDB 1AN7 unspecified 'RIBOSOMAL PROTEIN S8 FROM THERMUS THERMOPHILUS' PDB 2B64 unspecified ;30S RIBOSOMAL SUBUNIT, TRNAS, MRNA AND RELEASE FACTOR RF1FROM A CRYSTAL STRUCTURE OF THE WHOLE RIBOSOMAL COMPLEX.THIS FILE CONTAINS THE 30S SUBUNIT, TRNAS, MRNA ANDRELEASE FACTOR RF1 FROM A CRYSTAL STRUCTURE OF THE WHOLERIBOSOMAL COMPLEX". THE ENTIRE CRYSTAL STRUCTURE CONTAINSONE 70S RIBOSOME, TRNAS, MRNA AND RELEASE FACTOR RF1 ANDIS DESCRIBED IN REMARK 400. ; PDB 1XMQ unspecified 'CRYSTAL STRUCTURE OF T6A37-ASLLYSUUU AAA-MRNA BOUND TO THEDECODING CENTER' PDB 2B9M unspecified ;30S RIBOSOMAL SUBUNIT, TRNAS, MRNA AND RELEASE FACTOR RF2FROM A CRYSTAL STRUCTURE OF THE WHOLE RIBOSOMAL COMPLEX.THIS FILE CONTAINS THE 30S RIBOSOMAL SUBUNIT, TRNAS, MRNAAND RELEASE FACTOR RF2 FROM A CRYSTAL STRUCTURE OF THEWHOLE RIBOSOMAL COMPLEX". THE ENTIRE CRYSTAL STRUCTURECONTAINS ONE 70S RIBOSOME, TRNAS, MRNA AND RELEASE FACTORRF2 AND IS DESCRIBED IN REMARK 400. ; PDB 2WDG unspecified ;STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 70S RIBOSOME IN COMPLEX WITH MRNA, PAROMOMYCIN, ACYLATED A-SITE TRNA, DEACYLATED P-SITE TRNA, AND E-SITE TRNA. THIS FILE CONTAINS THE 30S SUBUNIT A-,P-, AND E-SITE TRNAS AND PAROMOMYCIN FOR MOLECULE I. ; PDB 1XNR unspecified 'CRYSTAL STRUCTURE OF AN INOSINE-CYTOSINE WOBBLE BASE PAIRIN THE CONTEXT OF THE DECODING CENTER' PDB 1HNZ unspecified 'STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S RIBOSOMAL SUBUNITIN COMPLEX WITH HYGROMYCIN B' PDB 2WDH unspecified ;STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 70S RIBOSOME IN COMPLEX WITH MRNA, PAROMOMYCIN, ACYLATED A-SITE TRNA, DEACYLATED P-SITE TRNA, AND E-SITE TRNA. THIS FILE CONTAINS THE 30S SUBUNIT A-,P-, AND E-SITE TRNAS AND PAROMOMYCIN FOR MOLECULE II. ; PDB 1JGQ unspecified ;THE PATH OF MESSENGER RNA THROUGH THE RIBOSOME. THIS FILE,1JGQ, CONTAINS THE 30S RIBOSOME SUBUNIT, THREE TRNA, ANDMRNA MOLECULES. 50S RIBOSOME SUBUNIT IS IN THE FILE 1GIY ; PDB 1I94 unspecified 'CRYSTAL STRUCTURES OF THE SMALL RIBOSOMAL SUBUNIT WITHTETRACYCLINE, EDEINE AND IF3' PDB 1CQM unspecified ;PROTEIN AGGREGATION AND ALZHEIMER'S DISEASE: CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF THE PHENOMENON. ENGINEEREDVERSION OF THE RIBOSOMAL PROTEIN S6 USED AS A STABLESCAFFOLD TO STUDY OLIGOMERIZATION. ; PDB 2XSY unspecified 'TRNA TRANLOCATION ON THE 70S RIBOSOME: THE PRE- TRANSLOCATIONAL TRANSLOCATION INTERMEDIATE TI(PRE)' PDB 1I96 unspecified ;CRYSTAL STRUCTURE OF THE 30S RIBOSOMAL SUBUNIT FROM THERMUSTHERMOPHILUS IN COMPLEX WITH THE TRANSLATION INITIATIONFACTOR IF3 (C-TERMINAL DOMAIN) ; PDB 2UU9 unspecified ;STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S RIBOSOMAL SUBUNIT COMPLEXED WITH A VALINE-ASL WITH CMO5U IN POSITION 34 BOUND TO AN MRNA WITH A GUG-CODON IN THE A-SITE AND PAROMOMYCIN. ; PDB 1EG0 unspecified 'FITTING OF COMPONENTS WITH KNOWN STRUCTURE INTO AN 11 .5 A CRYO-EM MAP OF THE E.COLI 70S RIBOSOME' PDB 1VOX unspecified ;CRYSTAL STRUCTURE OF FIVE 70S RIBOSOMES FROM ESCHERICHIACOLI IN COMPLEX WITH PROTEIN Y. THIS FILE CONTAINS THE 30SSUBUNIT OF ONE 70S RIBOSOME. THE ENTIRE CRYSTAL STRUCTURECONTAINS FIVE 70S RIBOSOMES AND IS DESCRIBED IN REMARK 400. ; PDB 1IBM unspecified ;STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S RIBOSOMAL SUBUNITIN COMPLEX WITH A MESSENGER RNA FRAGMENT AND COGNATETRANSFER RNA ANTICODON STEM-LOOP BOUND AT THE A SITE ; PDB 2UXB unspecified ;CRYSTAL STRUCTURE OF AN EXTENDED TRNA ANTICODON STEM LOOP IN COMPLEX WITH ITS COGNATE MRNA GGGU IN THE CONTEXT OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S SUBUNIT. ; PDB 2VQE unspecified ;MODIFIED URIDINES WITH C5-METHYLENE SUBSTITUENTS AT THE FIRST POSITION OF THE TRNA ANTICODON STABILIZE U-G WOBBLE PAIRING DURING DECODING ; PDB 1G1X unspecified 'STRUCTURE OF RIBOSOMAL PROTEINS S15, S6, S18, AND 16SRIBOSOMAL RNA' PDB 2BVZ unspecified 'MUTANT OF THE RIBOSOMAL PROTEIN S6' PDB 1I95 unspecified 'CRYSTAL STRUCTURE OF THE 30S RIBOSOMAL SUBUNIT FROM THERMUSTHERMOPHILUS IN COMPLEX WITH EDEINE' PDB 2UUA unspecified ;STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S RIBOSOMAL SUBUNIT COMPLEXED WITH A VALINE-ASL WITH CMO5U IN POSITION 34 BOUND TO AN MRNA WITH A GUC-CODON IN THE A-SITE AND PAROMOMYCIN. ; PDB 1VOZ unspecified ;CRYSTAL STRUCTURE OF FIVE 70S RIBOSOMES FROM ESCHERICHIACOLI IN COMPLEX WITH PROTEIN Y. THIS FILE CONTAINS THE 30SSUBUNIT OF ONE 70S RIBOSOME. THE ENTIRE CRYSTAL STRUCTURECONTAINS FIVE 70S RIBOSOMES AND IS DESCRIBED IN REMARK 400. ; PDB 1XNQ unspecified 'STRUCTURE OF AN INOSINE-ADENINE WOBBLE BASE PAIR COMPLEX INTHE CONTEXT OF THE DECODING CENTER' PDB 2XFZ unspecified 'STRUCTURE OF CYTOTOXIC DOMAIN OF COLICIN E3 BOUND TO THE 70S RIBOSOME (PART 1 OF 4)' PDB 2BXJ unspecified 'DOUBLE MUTANT OF THE RIBOSOMAL PROTEIN S6' PDB 1GIX unspecified ;CRYSTAL STRUCTURE OF THE RIBOSOME AT 5.5 A RESOLUTION. THISFILE, 1GIX, CONTAINS THE 30S RIBOSOME SUBUNIT, THREE TRNA,AND MRNA MOLECULES. 50S RIBOSOME SUBUNIT IS IN THE FILE 1GIY ; PDB 1JGO unspecified ;THE PATH OF MESSENGER RNA THROUGH THE RIBOSOME. THIS FILE,1JGO, CONTAINS THE 30S RIBOSOME SUBUNIT, THREE TRNA, ANDMRNA MOLECULES. 50S RIBOSOME SUBUNIT IS IN THE FILE 1GIY ; PDB 1JGP unspecified ;THE PATH OF MESSENGER RNA THROUGH THE RIBOSOME. THIS FILE,1JGP, CONTAINS THE 30S RIBOSOME SUBUNIT, THREE TRNA, ANDMRNA MOLECULES. 50S RIBOSOME SUBUNIT IS IN THE FILE 1GIY ; PDB 2XG1 unspecified 'STRUCTURE OF CYTOTOXIC DOMAIN OF COLICIN E3 BOUND TO THE 70S RIBOSOME (PART 3 OF 4)' PDB 2X9R unspecified 'STRUCTURE OF THE 70S RIBOSOME BOUND TO RELEASE FACTOR 2 AND A SUBSTRATE ANALOG PROVIDES INSIGHTS INTO CATALYSIS OF PEPTIDE RELEASE' PDB 1N34 unspecified ;STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S RIBOSOMAL SUBUNITIN THE PRESENCE OF CODON AND CRYSTALLOGRAPHICALLYDISORDERED NEAR-COGNATE TRANSFER RNA ANTICODON STEM-LOOPMISMATCHED AT THE FIRST CODON POSITION ; PDB 2Y0W unspecified 'THE CRYSTAL STRUCTURE OF EF-TU AND A9C-TRNA-TRP BOUND TO A NEAR-COGNATE CODON ON THE 70S RIBOSOME' PDB 1N33 unspecified ;STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S RIBOSOMAL SUBUNITBOUND TO CODON AND NEAR-COGNATE TRANSFER RNA ANTICODONSTEM-LOOP MISMATCHED AT THE SECOND CODON POSITION AT THE ASITE WITH PAROMOMYCIN ; PDB 2JL7 unspecified ;INSIGHTS INTO TRANSLATIONAL TERMINATION FROM THE STRUCTURE OF RF2 BOUND TO THE RIBOSOME (PART 3 OF 4). THIS FILE CONTAINS THE 30S SUBUNIT. ; PDB 1PNS unspecified ;CRYSTAL STRUCTURE OF A STREPTOMYCIN DEPENDENT RIBOSOME FROME. COLI, 30S SUBUNIT OF 70S RIBOSOME. THIS FILE, 1PNS,CONTAINS THE 30S SUBUNIT, TWO TRNAS, AND ONE MRNAMOLECULE. THE 50S RIBOSOMAL SUBUNIT IS IN FILE 1PNU. ; PDB 1YL4 unspecified ;CRYSTAL STRUCTURE OF 70S RIBOSOME WITH THRS OPERATOR ANDTRNAS. 30S SUBUNIT. THE COORDINATES FOR THE 50S SUBUNITARE IN THE PDB ENTRY 1YL3 ; PDB 2Y0Y unspecified 'THE CRYSTAL STRUCTURE OF EF-TU AND G24A-TRNA-TRP BOUND TO A NEAR-COGNATE CODON ON THE 70S RIBOSOME' PDB 1RIS unspecified . PDB 2WDM unspecified ;STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 70S RIBOSOME IN COMPLEX WITH MRNA, PAROMOMYCIN, ACYLATED A- AND P-SITE TRNAS, AND E-SITE TRNA. THIS FILE CONTAINS THE 30S SUBUNIT A-,P-, AND E-SITE TRNAS AND PAROMOMYCIN FOR MOLECULE II. ; PDB 1XMO unspecified 'CRYSTAL STRUCTURE OF MNM5U34T6A37-TRNALYSUUU COMPLEXED WITHAAG-MRNA IN THE DECODING CENTER' PDB 2Y14 unspecified 'THE CRYSTAL STRUCTURE OF EF-TU AND G24A-TRNA-TRP BOUND TO A COGNATE CODON ON THE 70S RIBOSOME.' PDB 1I97 unspecified 'CRYSTAL STRUCTURE OF THE 30S RIBOSOMAL SUBUNIT FROM THERMUSTHERMOPHILUS IN COMPLEX WITH TETRACYCLINE' # _pdbx_database_status.status_code OBS _pdbx_database_status.entry_id 3ZVO _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.SG_entry . _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2011-07-26 _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Jin, H.' 1 'Kelley, A.C.' 2 'Ramakrishnan, V.' 3 # _citation.id primary _citation.title 'Crystal Structure of the Hybrid State of Ribosome in Complex with the Guanosine Triphosphatase Release Factor 3.' _citation.journal_abbrev Proc.Natl.Acad.Sci.USA _citation.journal_volume 108 _citation.page_first 15798 _citation.page_last ? _citation.year 2011 _citation.journal_id_ASTM PNASA6 _citation.country US _citation.journal_id_ISSN 0027-8424 _citation.journal_id_CSD 0040 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 21903932 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1073/PNAS.1112185108 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Jin, H.' 1 primary 'Kelley, A.C.' 2 primary 'Ramakrishnan, V.' 3 # _cell.entry_id 3ZVO _cell.length_a 204.700 _cell.length_b 229.300 _cell.length_c 307.000 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 90.17 _cell.angle_gamma 90.00 _cell.Z_PDB 2 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3ZVO _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat '16S RRNA' 493958.281 1 ? ? ? 'CHAIN A (16S RNA) HAS E.COLI NUMBERING, BASED ON A STRUCTURAL ALIGNMENT WITH THE CORRESPONDING E. COLI STRUCTURE IN 2AVY.' 2 polymer nat '30S RIBOSOMAL PROTEIN S2' 29317.703 1 ? ? ? ? 3 polymer nat '30S RIBOSOMAL PROTEIN S3' 26751.076 1 ? ? ? ? 4 polymer nat '30S RIBOSOMAL PROTEIN S4' 24373.447 1 ? ? ? ? 5 polymer nat '30S RIBOSOMAL PROTEIN S5' 17583.416 1 ? ? ? ? 6 polymer nat '30S RIBOSOMAL PROTEIN S6' 11988.753 1 ? ? ? ? 7 polymer nat '30S RIBOSOMAL PROTEIN S7' 18050.973 1 ? ? ? ? 8 polymer nat '30S RIBOSOMAL PROTEIN S8' 15868.570 1 ? ? ? ? 9 polymer nat '30S RIBOSOMAL PROTEIN S9' 14429.661 1 ? ? ? ? 10 polymer nat '30S RIBOSOMAL PROTEIN S10' 11954.968 1 ? ? ? ? 11 polymer nat '30S RIBOSOMAL PROTEIN S11' 13737.868 1 ? ? ? ? 12 polymer nat '30S RIBOSOMAL PROTEIN S12' 14920.754 1 ? ? ? ? 13 polymer nat '30S RIBOSOMAL PROTEIN S13' 14338.861 1 ? ? ? ? 14 polymer nat '30S RIBOSOMAL PROTEIN S14 TYPE Z' 7158.725 1 ? ? ? ? 15 polymer nat '30S RIBOSOMAL PROTEIN S15' 10578.407 1 ? ? ? ? 16 polymer nat '30S RIBOSOMAL PROTEIN S16' 10409.983 1 ? ? ? ? 17 polymer nat '30S RIBOSOMAL PROTEIN S17' 12325.655 1 ? ? ? ? 18 polymer nat '30S RIBOSOMAL PROTEIN S18' 10258.299 1 ? ? ? ? 19 polymer nat '30S RIBOSOMAL PROTEIN S19' 10605.464 1 ? ? ? ? 20 polymer nat '30S RIBOSOMAL PROTEIN S20' 11736.143 1 ? ? ? ? 21 polymer nat '30S RIBOSOMAL PROTEIN THX' 3350.030 1 ? ? ? ? 22 polymer nat 'PE HYBRID STATE TRNA FMET' 24802.785 1 ? ? ? ? 23 polymer syn ;MRNA 5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*GP*UP)-3' ; 2887.814 1 ? ? ? ? 24 polymer nat 'PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR 3' 59651.934 1 ? ? ? ? 25 non-polymer syn 'PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER' 521.208 1 ? ? ? ? # _entity_name_com.entity_id 24 _entity_name_com.name 'RELEASE FACTOR 3, RF-3' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 polyribonucleotide no no 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ACCAGGCCUUGACAUGCUAGGGAACCCGGGUGAAAGCCUGGGGUGCCCCGCGAGGGGAGCCCUAGCACAGGUGCUGCAUG GCCGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGCCGUUAGUUGCCAGCGGUUC GGCCGGGCACUCUAACGGGACUGCCCGCGAAAGCGGGAGGAAGGAGGGGACGACGUCUGGUCAGCAUGGCCCUUACGGCC UGGGCGACACACGUGCUACAAUGCCCACUACAAAGCGAUGCCACCCGGCAACGGGGAGCUAAUCGCAAAAAGGUGGGCCC AGUUCGGAUUGGGGUCUGCAACCCGACCCCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAUA CGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGAGCCUACGGGCAGG CGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU CU ; ;UUUGUUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAGACAUGCAAGUCGUGCGGGCCGCGGGGU UUUACUCCGUGGUCAGCGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGGGUGACCUACCCGGAAGAGGGGGACAACCCGGGGAAACUC GGGCUAAUCCCCCAUGUGGACCCGCCCCUUGGGGUGUGUCCAAAGGGCUUUGCCCGCUUCCGGAUGGGCCCGCGUCCCAU CAGCUAGUUGGUGGGGUAAUGGCCCACCAAGGCGACGACGGGUAGCCGGUCUGAGAGGAUGGCCGGCCACAGGGGCACUG AGACACGGGCCCCACUCCUACGGGAGGCAGCAGUUAGGAAUCUUCCGCAAUGGGCGCAAGCCUGACGGAGCGACGCCGCU UGGAGGAAGAAGCCCUUCGGGGUGUAAACUCCUGAACCCGGGACGAAACCCCCGACGAGGGGACUGACGGUACCGGGGUA AUAGCGCCGGCCAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGCGCGAGCGUUACCCGGAUUCACUGGGCGUAAAGG GCGUGUAGGCGGCCUGGGGCGUCCCAUGUGAAAGACCACGGCUCAACCGUGGGGGAGCGUGGGAUACGCUCAGGCUAGAC GGUGGGAGAGGGUGGUGGAAUUCCCGGAGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAUACCGGGAGGAACGCCGAUGGCGAAGGCAGCC ACCUGGUCCACCCGUGACGCUGAGGCGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCACGCCCUAAA CGAUGCGCGCUAGGUCUCUGGGUCUCCUGGGGGCCGAAGCUAACGCGUUAAGCGCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAG GCUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUU ACCAGGCCUUGACAUGCUAGGGAACCCGGGUGAAAGCCUGGGGUGCCCCGCGAGGGGAGCCCUAGCACAGGUGCUGCAUG GCCGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGCCGUUAGUUGCCAGCGGUUC GGCCGGGCACUCUAACGGGACUGCCCGCGAAAGCGGGAGGAAGGAGGGGACGACGUCUGGUCAGCAUGGCCCUUACGGCC UGGGCGACACACGUGCUACAAUGCCCACUACAAAGCGAUGCCACCCGGCAACGGGGAGCUAAUCGCAAAAAGGUGGGCCC AGUUCGGAUUGGGGUCUGCAACCCGACCCCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAUA CGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGAGCCUACGGGCAGG CGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU CU ; A ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MPVEITVKELLEAGVHFGHERKRWNPKFARYIYAERNGIHIIDLQKTMEELERTFRFIEDLAMRGGTILFVGTKKQAQDI VRMEAERAGMPYVNQRWLGGMLTNFKTISQRVHRLEELEALFASPEIEERPKKEQVRLKHELERLQKYLSGFRLLKRLPD AIFVVDPTKEAIAVREARKLFIPVIALADTDSDPDLVDYIIPGNDDAIRSIQLILSRAVDLIIQARGGVVEPSPSYALVQ EAEATETPEGESEVEA ; ;MPVEITVKELLEAGVHFGHERKRWNPKFARYIYAERNGIHIIDLQKTMEELERTFRFIEDLAMRGGTILFVGTKKQAQDI VRMEAERAGMPYVNQRWLGGMLTNFKTISQRVHRLEELEALFASPEIEERPKKEQVRLKHELERLQKYLSGFRLLKRLPD AIFVVDPTKEAIAVREARKLFIPVIALADTDSDPDLVDYIIPGNDDAIRSIQLILSRAVDLIIQARGGVVEPSPSYALVQ EAEATETPEGESEVEA ; B ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MGNKIHPIGFRLGITRDWESRWYAGKKQYRHLLLEDQRIRGLLEKELYSAGLARVDIERAADNVAVTVHVAKPGVVIGRG GERIRVLREELAKLTGKNVALNVQEVQNPNLSAPLVAQRVAEQIERRFAVRRAIKQAVQRVMESGAKGAKVIVSGRIGGA EQARTEWAAQGRVPLHTLRANIDYGFALARTTYGVLGVKAYIFLGEVIGGQKPKARPELPKAEERPRRRRPAVRVKKEE ; ;MGNKIHPIGFRLGITRDWESRWYAGKKQYRHLLLEDQRIRGLLEKELYSAGLARVDIERAADNVAVTVHVAKPGVVIGRG GERIRVLREELAKLTGKNVALNVQEVQNPNLSAPLVAQRVAEQIERRFAVRRAIKQAVQRVMESGAKGAKVIVSGRIGGA EQARTEWAAQGRVPLHTLRANIDYGFALARTTYGVLGVKAYIFLGEVIGGQKPKARPELPKAEERPRRRRPAVRVKKEE ; C ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MGRYIGPVCRLCRREGVKLYLKGERCYSPKCAMERRPYPPGQHGQKRARRPSDYAVRLREKQKLRRIYGISERQFRNLFE EASKKKGVTGSVFLGLLESRLDNVVYRLGFAVSRRQARQLVRHGHITVNGRRVDLPSYRVRPGDEIAVAEKSRNLELIRQ NLEAMKGRKVGPWLSLDVEGMKGKFLRLPDREDLALPVNEQLVIEFYSR ; ;MGRYIGPVCRLCRREGVKLYLKGERCYSPKCAMERRPYPPGQHGQKRARRPSDYAVRLREKQKLRRIYGISERQFRNLFE EASKKKGVTGSVFLGLLESRLDNVVYRLGFAVSRRQARQLVRHGHITVNGRRVDLPSYRVRPGDEIAVAEKSRNLELIRQ NLEAMKGRKVGPWLSLDVEGMKGKFLRLPDREDLALPVNEQLVIEFYSR ; D ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MPETDFEEKMILIRRTARMQAGGRRFRFGALVVVGDRQGRVGLGFGKAPEVPLAVQKAGYYARRNMVEVPLQNGTIPHEI EVEFGASKIVLKPAAPGTGVIAGAVPRAILELAGVTDILTKELGSRNPINIAYATMEALRQLRTKADVERLRKGEAHAQA QG ; ;MPETDFEEKMILIRRTARMQAGGRRFRFGALVVVGDRQGRVGLGFGKAPEVPLAVQKAGYYARRNMVEVPLQNGTIPHEI EVEFGASKIVLKPAAPGTGVIAGAVPRAILELAGVTDILTKELGSRNPINIAYATMEALRQLRTKADVERLRKGEAHAQA QG ; E ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MRRYEVNIVLNPNLDQSQLALEKEIIQRALENYGARVEKVEELGLRRLAYPIAKDPQGYFLWYQVEMPEDRVNDLARELR IRDNVRRVMVVKSQEPFLANA ; ;MRRYEVNIVLNPNLDQSQLALEKEIIQRALENYGARVEKVEELGLRRLAYPIAKDPQGYFLWYQVEMPEDRVNDLARELR IRDNVRRVMVVKSQEPFLANA ; F ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MARRRRAEVRQLQPDLVYGDVLVTAFINKIMRDGKKNLAARIFYDACKIIQEKTGQEPLKVFKQAVENVKPRMEVRSRRV GGANYQVPMEVSPRRQQSLALRWLVQAANQRPERRAAVRIAHELMDAAEGKGGAVKKKEDVERMAEANRAYAHYRW ; ;MARRRRAEVRQLQPDLVYGDVLVTAFINKIMRDGKKNLAARIFYDACKIIQEKTGQEPLKVFKQAVENVKPRMEVRSRRV GGANYQVPMEVSPRRQQSLALRWLVQAANQRPERRAAVRIAHELMDAAEGKGGAVKKKEDVERMAEANRAYAHYRW ; G ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MLTDPIADMLTRIRNATRVYKESTDVPASRFKEEILRILAREGFIKGYERVDVDGKPYLRVYLKYGPRRQGPDPRPEQVI HHIRRISKPGRRVYVGVKEIPRVRRGLGIAILSTSKGVLTDREARKLGVGGELICEVW ; ;MLTDPIADMLTRIRNATRVYKESTDVPASRFKEEILRILAREGFIKGYERVDVDGKPYLRVYLKYGPRRQGPDPRPEQVI HHIRRISKPGRRVYVGVKEIPRVRRGLGIAILSTSKGVLTDREARKLGVGGELICEVW ; H ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MEQYYGTGRRKEAVARVFLRPGNGKVTVNGQDFNEYFQGLVRAVAALEPLRAVDALGRFDAYITVRGGGKSGQIDAIKLG IARALVQYNPDYRAKLKPLGFLTRDARVVERKKYGKHKARRAPQYSKR ; ;MEQYYGTGRRKEAVARVFLRPGNGKVTVNGQDFNEYFQGLVRAVAALEPLRAVDALGRFDAYITVRGGGKSGQIDAIKLG IARALVQYNPDYRAKLKPLGFLTRDARVVERKKYGKHKARRAPQYSKR ; I ? 10 'polypeptide(L)' no no ;MPKIRIKLRGFDHKTLDASAQKIVEAARRSGAQVSGPIPLPTRVRRFTVIRGPFKHKDSREHFELRTHNRLVDIINPNRK TIEQLMTLDLPTGVEIEIKTVGGGR ; ;MPKIRIKLRGFDHKTLDASAQKIVEAARRSGAQVSGPIPLPTRVRRFTVIRGPFKHKDSREHFELRTHNRLVDIINPNRK TIEQLMTLDLPTGVEIEIKTVGGGR ; J ? 11 'polypeptide(L)' no no ;MAKKPSKKKVKRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSV DVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS ; ;MAKKPSKKKVKRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSV DVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS ; K ? 12 'polypeptide(L)' no no ;MVALPTINQLVRKGREKVRKKSKVPALKGAPFRRGVCTVVRTVTPKKPNSALRKVAKVRLTSGYEVTAYIPGEGHNLQEH SVVLIRGGRVKDLPGVRYHIVRGVYDAAGVKDRKKSRSKYGTKKPKEAAKTAAKK ; ;MVALPTINQLVRKGREKVRKKSKVPALKGAPFRRGVCTVVRTVTPKKPNSALRKVAKVRLTSGYEVTAYIPGEGHNLQEH SVVLIRGGRVKDLPGVRYHIVRGVYDAAGVKDRKKSRSKYGTKKPKEAAKTAAKK ; L ? 13 'polypeptide(L)' no no ;MARIAGVEIPRNKRVDVALTYIYGIGKARAKEALEKTGINPATRVKDLTEAEVVRLREYVENTWKLEGELRAEVAANIKR LMDIGCYRGLRHRRGLPVRGQRTRTNARTRKGPRKTVAGKKKAPRK ; ;MARIAGVEIPRNKRVDVALTYIYGIGKARAKEALEKTGINPATRVKDLTEAEVVRLREYVENTWKLEGELRAEVAANIKR LMDIGCYRGLRHRRGLPVRGQRTRTNARTRKGPRKTVAGKKKAPRK ; M ? 14 'polypeptide(L)' no no MARKALIEKAKRTPKFKVRAYTRCVRCGRARSVYRFFGLCRICLRELAHKGQLPGVRKASW MARKALIEKAKRTPKFKVRAYTRCVRCGRARSVYRFFGLCRICLRELAHKGQLPGVRKASW N ? 15 'polypeptide(L)' no no ;MPITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRA LIEKLGIRG ; ;MPITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRA LIEKLGIRG ; O ? 16 'polypeptide(L)' no no ;MVKIRLARFGSKHNPHYRIVVTDARRKRDGKYIEKIGYYDPRKTTPDWLKVDVERARYWLSVGAQPTDTARRLLRQAGVF RQEAREGA ; ;MVKIRLARFGSKHNPHYRIVVTDARRKRDGKYIEKIGYYDPRKTTPDWLKVDVERARYWLSVGAQPTDTARRLLRQAGVF RQEAREGA ; P ? 17 'polypeptide(L)' no no ;MPKKVLTGVVVSDKMQKTVTVLVERQFPHPLYGKVIKRSKKYLAHDPEEKYKLGDVVEIIESRPISKRKRFRVLRLVESG RMDLVEKYLIRRQNYESLSKRGGKA ; ;MPKKVLTGVVVSDKMQKTVTVLVERQFPHPLYGKVIKRSKKYLAHDPEEKYKLGDVVEIIESRPISKRKRFRVLRLVESG RMDLVEKYLIRRQNYESLSKRGGKA ; Q ? 18 'polypeptide(L)' no no ;MSTKNAKPKKEAQRRPSRKAKVKATLGEFDLRDYRNVEVLKRFLSETGKILPRRRTGLSAKEQRILAKTIKRARILGLLP FTEKLVRK ; ;MSTKNAKPKKEAQRRPSRKAKVKATLGEFDLRDYRNVEVLKRFLSETGKILPRRRTGLSAKEQRILAKTIKRARILGLLP FTEKLVRK ; R ? 19 'polypeptide(L)' no no ;MPRSLKKGVFVDDHLLEKVLELNAKGEKRLIKTWSRRSTIVPEMVGHTIAVYNGKQHVPVYITENMVGHKLGEFAPTRTY RGHGKEAKATKKK ; ;MPRSLKKGVFVDDHLLEKVLELNAKGEKRLIKTWSRRSTIVPEMVGHTIAVYNGKQHVPVYITENMVGHKLGEFAPTRTY RGHGKEAKATKKK ; S ? 20 'polypeptide(L)' no no ;MAQKKPKRNLSALKRHRQSLKRRLRNKAKKSAIKTLSKKAIQLAQEGKAEEALKIMRKAESLIDKAAKGSTLHKNAAARR KSRLMRKVRQLLEAAGAPLIGGGLSA ; ;MAQKKPKRNLSALKRHRQSLKRRLRNKAKKSAIKTLSKKAIQLAQEGKAEEALKIMRKAESLIDKAAKGSTLHKNAAARR KSRLMRKVRQLLEAAGAPLIGGGLSA ; T ? 21 'polypeptide(L)' no no MGKGDRRTRRGKIWRGTYGKYRPRKKK MGKGDRRTRRGKIWRGTYGKYRPRKKK U ? 22 polyribonucleotide no no CGCGGGGUGGAGCAGCCUGGUAGCUCGUCGGGCUCAUAACCCGAAGGUCGUCGGUUCAAAUCCGGCCCCCGCAACCA CGCGGGGUGGAGCAGCCUGGUAGCUCGUCGGGCUCAUAACCCGAAGGUCGUCGGUUCAAAUCCGGCCCCCGCAACCA V ? 23 polyribonucleotide no no AAAAAAUGU AAAAAAUGU X ? 24 'polypeptide(L)' no no ;MTLSPYLQEVAKRRTFAIISHPDAGKTTITEKVLLFGQAIQTAGTVKGRGSNQHAKSDWMEMEKQRGISITTSVMQFPYH DCLVNLLDTPGHEDFSEDTYRTLTAVDCCLMVIDAAKGVEDRTRKLMEVTRLRDTPILTFMNKLDRDIRDPMELLDEVEN ELKIGCAPITWPIGCGKLFKGVYHLYKDETYLYQSGKGHTIQEVRIVKGLNNPDLDAAVGEDLAQQLRDELELVKGASNE FDKELFLAGEITPVFFGTALGNFGVDHMLDGLVEWAPAPMPRQTDTRTVEASEDKFTGFVFKIQANMDPKHRDRVAFMRV VSGKYEKGMKLRQVRTAKDVVISDALTFMAGDRSHVEEAYPGDILGLHNHGTIQIGDTFTQGEMMKFTGIPNFAPELFRR IRLKDPLKQKQLLKGLVQLSEEGAVQVFRPISNNDLIVGAVGVLQFDVVVARLKSEYNVEAVYESVNVATARWVECADAK KFEEFKRKNESQLALDGGDNLAYIATSMVNLRLAQERYPDVQFHQTREH ; ;MTLSPYLQEVAKRRTFAIISHPDAGKTTITEKVLLFGQAIQTAGTVKGRGSNQHAKSDWMEMEKQRGISITTSVMQFPYH DCLVNLLDTPGHEDFSEDTYRTLTAVDCCLMVIDAAKGVEDRTRKLMEVTRLRDTPILTFMNKLDRDIRDPMELLDEVEN ELKIGCAPITWPIGCGKLFKGVYHLYKDETYLYQSGKGHTIQEVRIVKGLNNPDLDAAVGEDLAQQLRDELELVKGASNE FDKELFLAGEITPVFFGTALGNFGVDHMLDGLVEWAPAPMPRQTDTRTVEASEDKFTGFVFKIQANMDPKHRDRVAFMRV VSGKYEKGMKLRQVRTAKDVVISDALTFMAGDRSHVEEAYPGDILGLHNHGTIQIGDTFTQGEMMKFTGIPNFAPELFRR IRLKDPLKQKQLLKGLVQLSEEGAVQVFRPISNNDLIVGAVGVLQFDVVVARLKSEYNVEAVYESVNVATARWVECADAK KFEEFKRKNESQLALDGGDNLAYIATSMVNLRLAQERYPDVQFHQTREH ; Y ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 U n 1 2 U n 1 3 U n 1 4 G n 1 5 U n 1 6 U n 1 7 G n 1 8 G n 1 9 A n 1 10 G n 1 11 A n 1 12 G n 1 13 U n 1 14 U n 1 15 U n 1 16 G n 1 17 A n 1 18 U n 1 19 C n 1 20 C n 1 21 U n 1 22 G n 1 23 G n 1 24 C n 1 25 U n 1 26 C n 1 27 A n 1 28 G n 1 29 G n 1 30 G n 1 31 U n 1 32 G n 1 33 A n 1 34 A n 1 35 C n 1 36 G n 1 37 C n 1 38 U n 1 39 G n 1 40 G n 1 41 C n 1 42 G n 1 43 G n 1 44 C n 1 45 G n 1 46 U n 1 47 G n 1 48 C n 1 49 C n 1 50 U n 1 51 A n 1 52 A n 1 53 G n 1 54 A n 1 55 C n 1 56 A n 1 57 U n 1 58 G n 1 59 C n 1 60 A n 1 61 A n 1 62 G n 1 63 U n 1 64 C n 1 65 G n 1 66 U n 1 67 G n 1 68 C n 1 69 G n 1 70 G n 1 71 G n 1 72 C n 1 73 C n 1 74 G n 1 75 C n 1 76 G n 1 77 G n 1 78 G n 1 79 G n 1 80 U n 1 81 U n 1 82 U n 1 83 U n 1 84 A n 1 85 C n 1 86 U n 1 87 C n 1 88 C n 1 89 G n 1 90 U n 1 91 G n 1 92 G n 1 93 U n 1 94 C n 1 95 A n 1 96 G n 1 97 C n 1 98 G n 1 99 G n 1 100 C n 1 101 G n 1 102 G n 1 103 A n 1 104 C n 1 105 G n 1 106 G n 1 107 G n 1 108 U n 1 109 G n 1 110 A n 1 111 G n 1 112 U n 1 113 A n 1 114 A n 1 115 C n 1 116 G n 1 117 C n 1 118 G n 1 119 U n 1 120 G n 1 121 G n 1 122 G n 1 123 U n 1 124 G n 1 125 A n 1 126 C n 1 127 C n 1 128 U n 1 129 A n 1 130 C n 1 131 C n 1 132 C n 1 133 G n 1 134 G n 1 135 A n 1 136 A n 1 137 G n 1 138 A n 1 139 G n 1 140 G n 1 141 G n 1 142 G n 1 143 G n 1 144 A n 1 145 C n 1 146 A n 1 147 A n 1 148 C n 1 149 C n 1 150 C n 1 151 G n 1 152 G n 1 153 G n 1 154 G n 1 155 A n 1 156 A n 1 157 A n 1 158 C n 1 159 U n 1 160 C n 1 161 G n 1 162 G n 1 163 G n 1 164 C n 1 165 U n 1 166 A n 1 167 A n 1 168 U n 1 169 C n 1 170 C n 1 171 C n 1 172 C n 1 173 C n 1 174 A n 1 175 U n 1 176 G n 1 177 U n 1 178 G n 1 179 G n 1 180 A n 1 181 C n 1 182 C n 1 183 C n 1 184 G n 1 185 C n 1 186 C n 1 187 C n 1 188 C n 1 189 U n 1 190 U n 1 191 G n 1 192 G n 1 193 G n 1 194 G n 1 195 U n 1 196 G n 1 197 U n 1 198 G n 1 199 U n 1 200 C n 1 201 C n 1 202 A n 1 203 A n 1 204 A n 1 205 G n 1 206 G n 1 207 G n 1 208 C n 1 209 U n 1 210 U n 1 211 U n 1 212 G n 1 213 C n 1 214 C n 1 215 C n 1 216 G n 1 217 C n 1 218 U n 1 219 U n 1 220 C n 1 221 C n 1 222 G n 1 223 G n 1 224 A n 1 225 U n 1 226 G n 1 227 G n 1 228 G n 1 229 C n 1 230 C n 1 231 C n 1 232 G n 1 233 C n 1 234 G n 1 235 U n 1 236 C n 1 237 C n 1 238 C n 1 239 A n 1 240 U n 1 241 C n 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B1XFI4 ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 3ZVO A 1 ? 1522 ? 55979969 131300 ? 132821 ? 0 1544 2 2 3ZVO B 1 ? 256 ? P80371 1 ? 256 ? 1 256 3 3 3ZVO C 1 ? 239 ? P80372 1 ? 239 ? 1 239 4 4 3ZVO D 1 ? 209 ? P80373 1 ? 209 ? 1 209 5 5 3ZVO E 1 ? 162 ? Q5SHQ5 1 ? 162 ? 1 162 6 6 3ZVO F 1 ? 101 ? Q5SLP8 1 ? 101 ? 1 101 7 7 3ZVO G 1 ? 156 ? P17291 1 ? 156 ? 1 156 8 8 3ZVO H 1 ? 138 ? Q5SHQ2 1 ? 138 ? 1 138 9 9 3ZVO I 1 ? 128 ? P80374 1 ? 128 ? 1 128 10 10 3ZVO J 1 ? 105 ? 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B1XFI4 1 ? 529 ? 1 529 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 9 3ZVO ARG I 58 ? UNP P80374 HIS 58 CONFLICT 58 1 12 3ZVO MET L 1 ? UNP P17293 ? ? 'EXPRESSION TAG' 1 2 12 3ZVO VAL L 2 ? UNP P17293 ? ? 'EXPRESSION TAG' 2 3 12 3ZVO ALA L 3 ? UNP P17293 ? ? 'EXPRESSION TAG' 3 4 12 3ZVO LEU L 4 ? UNP P17293 ? ? 'EXPRESSION TAG' 4 5 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GCP non-polymer . 'PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER' ? 'C11 H18 N5 O13 P3' 521.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 3ZVO _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 9 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews ? _exptl_crystal.density_percent_sol ? _exptl_crystal.description NONE # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method ? _exptl_crystal_grow.temp ? _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 6.7 _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details '100 MM MES-KOH PH 6.7, 20 MM KCL, 7.4% (W/V) PEG20K' # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector PIXEL _diffrn_detector.type 'DECTRIS PSI PILATUS' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2011-03-27 _diffrn_detector.details 'DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR' # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator 'LN2 COOLED FIXED-EXIT SI(111)' _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 1.0 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'SLS BEAMLINE X06SA' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site SLS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline X06SA _diffrn_source.pdbx_wavelength 1.0 _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ? # _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.entry_id 3ZVO _reflns.observed_criterion_sigma_I 1.3 _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 45.00 _reflns.d_resolution_high 3.80 _reflns.number_obs 274830 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 99.0 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.18 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 6.42 _reflns.B_iso_Wilson_estimate 40.1 _reflns.pdbx_redundancy 7.44 # _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.d_res_high 3.80 _reflns_shell.d_res_low 3.90 _reflns_shell.percent_possible_all 99.0 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 1.40 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 1.06 _reflns_shell.pdbx_redundancy 7.29 # _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.entry_id 3ZVO _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs 274819 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F 0.0 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF 10000101 _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF 0.000000 _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 44.9 _refine.ls_d_res_high 3.8 _refine.ls_percent_reflns_obs 98.7 _refine.ls_R_factor_obs 0.293 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.293 _refine.ls_R_factor_R_free 0.351 _refine.ls_R_factor_R_free_error 0.005 _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 2.0 _refine.ls_number_reflns_R_free 5622 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean 147.0 _refine.aniso_B[1][1] -24.15 _refine.aniso_B[2][2] 31.81 _refine.aniso_B[3][3] -7.67 _refine.aniso_B[1][2] 0.00 _refine.aniso_B[1][3] -13.13 _refine.aniso_B[2][3] 0.00 _refine.solvent_model_details 'FLAT MODEL' _refine.solvent_model_param_ksol 0.2 _refine.solvent_model_param_bsol 7.66545 _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details ;THERE IS A LIGAND GDPCP IN THE COORDINATE IN THIS ENTRY. DUE TO THE RELATIVE WEAKER DENSITY OF THE RELEASE FACTOR 3 COMPARED TO THE RIBOSOME, THE CONFORMATION OF THE SIDE CHAINS OF RF3, AND OF THE PRECISE REGISTRY IN REGIONS THAT HAD MOVED RELATIVE TO THE ISOLATED CRYSTAL STRUCTURE (PDB CODE: 2H5E) CAN NOT BE CERTAIN. IONS SUCH AS MG2+ AND WATER MOLECULES WERE NOT FITTED INTO THE STRUCTURE. ; _refine.pdbx_starting_model 'PDB ENTRY 2J00' _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_analyze.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_analyze.entry_id 3ZVO _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_obs 0.74 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_obs 1.42 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_obs 5.00 _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_free 0.83 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_free 1.48 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_free ? _refine_analyze.number_disordered_residues ? _refine_analyze.occupancy_sum_hydrogen ? _refine_analyze.occupancy_sum_non_hydrogen ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 23091 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 34161 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 32 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 57284 _refine_hist.d_res_high 3.8 _refine_hist.d_res_low 44.9 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function c_bond_d 0.010 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_bond_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_bond_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_d ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_deg 1.5 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_deg_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_deg_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_dihedral_angle_d 29.3 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_dihedral_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_dihedral_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_improper_angle_d 1.81 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_improper_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_improper_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_mcbond_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_mcangle_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_scbond_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_scangle_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 6 _refine_ls_shell.d_res_high 3.80 _refine_ls_shell.d_res_low 4.04 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 44893 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.425 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 99.2 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.435 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error 0.014 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free 2.1 _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 956 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? # _struct.entry_id 3ZVO _struct.title 'Crystal structure of the hybrid state of ribosome in complex with the guanosine triphosphatase release factor 3' _struct.pdbx_descriptor ;30S RIBOSOMAL PROTEIN S2, 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3, 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4, 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5, 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6, 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7, 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8, 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9, 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10, 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11, 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12, 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13, 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14 TYPE Z, 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15, 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16, 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17, 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18, 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19, 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20, 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX, PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR 3/RNA Complex, PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3ZVO _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME _struct_keywords.text 'RIBOSOME, HYBRID STATE, P/E TRNA, GUANOSINE TRIPHOSPHATASE, RELEASE FACTOR 3' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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PRO K 39 SER K 44 KA 2 ILE K 29 ? THR K 33 ? ILE K 29 THR K 33 KA 3 SER K 16 ? ALA K 23 ? SER K 16 ALA K 23 KA 4 SER K 79 ? GLY K 86 ? SER K 79 GLY K 86 KA 5 GLN K 104 ? ASP K 110 ? GLN K 104 ASP K 110 KA 6 LEU R 85 ? VAL R 86 ? LEU R 85 VAL R 86 LA 1 VAL L 82 ? ILE L 85 ? VAL L 82 ILE L 85 LA 2 ARG L 33 ? VAL L 39 ? ARG L 33 VAL L 39 LA 3 VAL L 55 ? LEU L 60 ? VAL L 55 LEU L 60 LA 4 TYR L 64 ? TYR L 69 ? TYR L 64 TYR L 69 LA 5 TYR L 98 ? HIS L 99 ? TYR L 98 HIS L 99 PA 1 VAL P 2 ? ALA P 7 ? VAL P 2 ALA P 7 PA 2 TYR P 17 ? ASP P 23 ? TYR P 17 ASP P 23 PA 3 GLU P 34 ? TYR P 39 ? GLU P 34 TYR P 39 PA 4 LEU P 49 ? LYS P 50 ? LEU P 49 LYS P 50 PB 1 GLY P 10 ? SER P 11 ? GLY P 10 SER P 11 PB 2 ASN P 14 ? PRO P 15 ? ASN P 14 PRO P 15 QA 1 LEU Q 43 ? HIS Q 45 ? LEU Q 43 HIS Q 45 QA 2 THR Q 18 ? VAL Q 23 ? THR Q 18 VAL Q 23 QA 3 GLY Q 8 ? VAL Q 10 ? GLY Q 8 VAL Q 10 QA 4 ASP Q 55 ? GLU Q 61 ? ASP Q 55 GLU Q 61 QA 5 PHE Q 71 ? SER Q 79 ? PHE Q 71 SER Q 79 QB 1 PRO Q 28 ? HIS Q 29 ? 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? -40.25 -75.68 239 1 ALA G 107 ? ? -38.80 -79.54 240 1 GLU G 113 ? ? -35.18 155.48 241 1 ARG G 114 ? ? -80.77 -79.45 242 1 ALA G 116 ? ? -61.65 -76.58 243 1 ALA G 117 ? ? -18.52 -65.19 244 1 ARG G 119 ? ? -40.60 -79.72 245 1 ILE G 120 ? ? -25.76 -87.14 246 1 ALA G 121 ? ? -26.46 -55.74 247 1 LYS G 131 ? ? -159.70 20.64 248 1 LYS G 136 ? ? -45.78 -78.03 249 1 LYS G 137 ? ? -36.04 -26.81 250 1 LYS G 138 ? ? -56.76 -79.51 251 1 GLU G 142 ? ? -59.72 -2.10 252 1 ALA G 145 ? ? -66.15 -175.41 253 1 GLU G 146 ? ? 38.05 23.18 254 1 ARG G 155 ? ? -37.71 148.18 255 1 LEU H 2 ? ? 63.71 83.46 256 1 PRO H 5 ? ? -47.69 -76.88 257 1 ILE H 6 ? ? -12.52 -74.96 258 1 LEU H 10 ? ? -33.03 -24.72 259 1 ILE H 13 ? ? -74.79 -72.52 260 1 VAL H 19 ? ? -72.82 23.83 261 1 TYR H 20 ? ? 41.21 21.67 262 1 GLU H 33 ? ? -39.20 -75.52 263 1 GLU H 34 ? ? -25.25 -55.97 264 1 ILE H 35 ? ? -53.20 -81.98 265 1 LEU H 36 ? ? -23.02 -56.91 266 1 LYS H 46 ? ? -67.32 0.39 267 1 TYR H 48 ? ? -165.58 -148.76 268 1 GLU H 49 ? ? 165.95 128.29 269 1 PRO H 57 ? ? -29.77 134.09 270 1 ARG H 68 ? ? -59.95 179.36 271 1 ARG H 69 ? ? -129.32 -155.23 272 1 ASP H 73 ? ? 38.68 77.16 273 1 HIS H 81 ? ? -91.95 -68.42 274 1 ARG H 91 ? ? 172.75 76.90 275 1 ARG H 102 ? ? -113.06 66.39 276 1 VAL H 103 ? ? -35.11 141.77 277 1 ARG H 104 ? ? 20.06 65.93 278 1 ARG H 105 ? ? 17.03 66.26 279 1 LEU H 107 ? ? -56.90 8.55 280 1 LEU H 112 ? ? 176.20 158.93 281 1 LYS H 116 ? ? -118.89 71.72 282 1 LEU H 119 ? ? -102.92 -154.26 283 1 THR H 120 ? ? -121.91 -156.79 284 1 GLN I 3 ? ? -164.69 99.49 285 1 LYS I 11 ? ? 68.46 88.55 286 1 GLU I 12 ? ? 59.28 -9.48 287 1 PRO I 21 ? ? -57.48 76.47 288 1 PHE I 33 ? ? -51.74 -73.44 289 1 ASN I 34 ? ? -30.45 -29.05 290 1 VAL I 41 ? ? -102.64 78.76 291 1 ARG I 42 ? ? -171.81 -26.22 292 1 VAL I 44 ? ? -37.95 -26.58 293 1 ALA I 46 ? ? -67.29 14.67 294 1 ASP I 54 ? ? 48.33 7.63 295 1 ARG I 58 ? ? 131.21 24.13 296 1 ARG I 66 ? ? -179.39 115.44 297 1 TYR I 88 ? ? -111.40 70.16 298 1 ASN I 89 ? ? 139.17 63.43 299 1 TYR I 92 ? ? -87.67 44.96 300 1 LYS I 95 ? ? 167.47 -16.30 301 1 PRO I 98 ? ? -26.57 -45.27 302 1 PHE I 101 ? ? -36.89 -29.31 303 1 LEU I 102 ? ? -96.43 31.05 304 1 GLU I 110 ? ? -49.46 165.16 305 1 LYS I 112 ? ? -59.16 97.94 306 1 ALA I 119 ? ? 135.36 -65.17 307 1 ARG I 121 ? ? -54.96 108.15 308 1 PRO I 123 ? ? -45.15 150.95 309 1 SER I 126 ? ? -93.92 -76.74 310 1 LYS I 127 ? ? 83.47 -83.07 311 1 HIS J 13 ? ? -52.61 -3.65 312 1 LYS J 14 ? ? -94.59 -66.93 313 1 ALA J 18 ? ? -99.60 -61.40 314 1 SER J 19 ? ? -68.74 29.69 315 1 ALA J 20 ? ? -142.13 -36.40 316 1 ALA J 26 ? ? -97.98 36.33 317 1 ALA J 27 ? ? -150.12 -45.74 318 1 ARG J 28 ? ? -55.91 -70.95 319 1 ARG J 29 ? ? -70.90 28.85 320 1 ALA J 32 ? ? -55.18 -153.02 321 1 ARG J 51 ? ? -58.65 -87.22 322 1 LYS J 55 ? ? -26.26 24.87 323 1 LYS J 57 ? ? -45.45 -8.77 324 1 SER J 59 ? ? 37.74 83.46 325 1 ARG J 60 ? ? -99.69 -136.89 326 1 GLU J 61 ? ? -177.49 113.48 327 1 ARG J 66 ? ? -45.66 93.51 328 1 ILE J 75 ? ? -77.94 -75.84 329 1 ARG J 79 ? ? -58.16 23.02 330 1 GLU J 83 ? ? -55.70 -79.21 331 1 THR J 87 ? ? -133.20 -55.04 332 1 LEU J 90 ? ? 171.97 44.65 333 1 PRO J 91 ? ? -86.76 48.50 334 1 THR J 92 ? ? -31.22 -39.72 335 1 TYR K 25 ? ? -54.83 -3.27 336 1 ASN K 27 ? ? 171.19 172.39 337 1 ILE K 29 ? ? -160.11 113.06 338 1 THR K 41 ? ? 172.24 166.13 339 1 SER K 43 ? ? 174.86 -179.15 340 1 SER K 44 ? ? 173.87 -158.11 341 1 LYS K 51 ? ? -174.72 129.59 342 1 GLN K 62 ? ? -50.69 -82.18 343 1 LEU K 63 ? ? -26.39 -60.23 344 1 ALA K 65 ? ? -51.57 -75.27 345 1 LEU K 66 ? ? -32.71 -37.83 346 1 ALA K 72 ? ? -64.78 -84.77 347 1 MET K 73 ? ? -23.77 -45.16 348 1 GLN K 78 ? ? -108.52 -64.03 349 1 VAL K 80 ? ? -166.52 116.29 350 1 THR K 87 ? ? -129.07 -116.09 351 1 ARG K 91 ? ? -39.20 -75.07 352 1 ILE K 95 ? ? -34.45 -73.70 353 1 GLN K 99 ? ? -48.82 -70.48 354 1 SER K 101 ? ? -140.78 -52.77 355 1 VAL K 105 ? ? -116.01 68.24 356 1 LYS K 106 ? ? -47.23 -16.43 357 1 SER K 107 ? ? -178.85 112.29 358 1 ASP K 111 ? ? -140.48 20.75 359 1 HIS K 116 ? ? -76.68 25.91 360 1 ASN K 117 ? ? 78.41 85.89 361 1 LYS K 122 ? ? -55.61 179.10 362 1 LYS K 127 ? ? -44.61 -12.37 363 1 ALA K 128 ? ? -68.05 54.71 364 1 THR L 6 ? ? -67.51 97.76 365 1 ILE L 7 ? ? -19.98 -39.70 366 1 LEU L 10 ? ? -53.42 -0.04 367 1 LYS L 13 ? ? -138.82 -40.78 368 1 VAL L 18 ? ? -48.95 -95.37 369 1 ARG L 19 ? ? 91.68 103.52 370 1 PRO L 25 ? ? -53.32 67.51 371 1 LEU L 27 ? ? 46.62 146.70 372 1 LYS L 28 ? ? 26.85 62.17 373 1 PHE L 32 ? ? -165.60 -164.35 374 1 ARG L 33 ? ? 178.75 149.42 375 1 VAL L 40 ? ? -111.86 59.60 376 1 ARG L 41 ? ? -55.89 -121.94 377 1 THR L 42 ? ? 156.71 139.32 378 1 PRO L 45 ? ? -56.86 177.12 379 1 LYS L 47 ? ? 2.73 -74.48 380 1 LEU L 52 ? ? -109.33 56.49 381 1 THR L 61 ? ? -37.79 -32.86 382 1 PRO L 71 ? ? -46.20 -177.81 383 1 HIS L 75 ? ? -127.56 -142.43 384 1 ASN L 76 ? ? -175.83 57.04 385 1 VAL L 83 ? ? -172.42 -178.46 386 1 ARG L 89 ? ? -45.89 173.16 387 1 LYS L 91 ? ? -42.46 97.43 388 1 ASP L 92 ? ? 146.24 -16.64 389 1 PRO L 94 ? ? 1.28 -91.88 390 1 VAL L 101 ? ? -55.22 102.64 391 1 TYR L 105 ? ? 47.58 -145.02 392 1 ASP L 106 ? ? -74.49 20.39 393 1 LYS L 111 ? ? -46.67 154.12 394 1 ASP L 112 ? ? 70.18 -5.90 395 1 ARG L 113 ? ? -57.34 170.43 396 1 LYS L 114 ? ? -150.83 -59.51 397 1 LYS L 115 ? ? -67.59 -109.44 398 1 SER L 116 ? ? -64.57 98.36 399 1 TYR L 120 ? ? 107.39 9.64 400 1 THR L 122 ? ? 16.08 125.60 401 1 LYS L 124 ? ? -43.88 93.82 402 1 LYS L 126 ? ? -45.20 159.91 403 1 ALA L 128 ? ? 64.63 67.46 404 1 ILE M 4 ? ? -159.01 -84.28 405 1 ALA M 5 ? ? -75.26 -120.71 406 1 VAL M 7 ? ? -59.91 56.26 407 1 PRO M 10 ? ? -56.18 -81.01 408 1 ARG M 11 ? ? 77.89 173.93 409 1 ASN M 12 ? ? 33.17 -5.79 410 1 ARG M 14 ? ? -20.97 128.97 411 1 ASP M 16 ? ? -57.27 -4.73 412 1 ALA M 28 ? ? -55.35 -88.77 413 1 ARG M 29 ? ? -15.23 -74.12 414 1 ALA M 30 ? ? -34.63 -72.46 415 1 LYS M 31 ? ? -54.41 -3.85 416 1 THR M 37 ? ? -90.27 32.57 417 1 ALA M 42 ? ? -25.04 -79.97 418 1 THR M 43 ? ? -19.66 120.87 419 1 ARG M 44 ? ? -52.79 -157.43 420 1 VAL M 53 ? ? -42.92 -90.53 421 1 LEU M 56 ? ? -70.97 -74.08 422 1 ARG M 57 ? ? -30.95 -37.09 423 1 GLU M 58 ? ? -50.81 -80.75 424 1 VAL M 60 ? ? -34.75 -99.97 425 1 THR M 63 ? ? -138.63 -78.61 426 1 LEU M 66 ? ? -111.90 -164.26 427 1 GLU M 67 ? ? -34.74 135.23 428 1 GLU M 69 ? ? -53.60 5.31 429 1 ARG M 71 ? ? -21.83 -88.29 430 1 ALA M 75 ? ? -46.13 -15.87 431 1 ILE M 78 ? ? -92.64 -66.76 432 1 ASP M 83 ? ? -54.75 -147.71 433 1 LEU M 90 ? ? -46.21 155.94 434 1 ARG M 91 ? ? 102.29 -59.84 435 1 VAL M 98 ? ? -108.97 47.72 436 1 ARG M 99 ? ? -146.33 42.85 437 1 ARG M 104 ? ? -27.44 -27.75 438 1 THR M 105 ? ? -136.94 -50.40 439 1 ASN M 106 ? ? -94.02 -145.90 440 1 ALA M 107 ? ? 73.31 77.63 441 1 ARG M 114 ? ? 31.43 94.32 442 1 LYS M 115 ? ? -106.18 67.13 443 1 THR M 116 ? ? -30.08 -73.10 444 1 VAL M 117 ? ? 22.88 76.74 445 1 LYS M 120 ? ? 76.11 112.32 446 1 LYS M 122 ? ? -119.00 -131.92 447 1 PRO M 124 ? ? -68.19 -112.56 448 1 ARG M 125 ? ? -56.11 68.77 449 1 ARG N 3 ? ? -152.78 -28.61 450 1 ARG N 12 ? ? -62.09 -167.17 451 1 PRO N 14 ? ? -8.06 164.16 452 1 LYS N 15 ? ? 7.80 124.00 453 1 PHE N 16 ? ? 36.03 144.90 454 1 ARG N 19 ? ? -84.99 -133.96 455 1 ALA N 20 ? ? 56.15 146.65 456 1 TYR N 21 ? ? -166.05 -168.82 457 1 CYS N 24 ? ? -38.15 122.95 458 1 ARG N 26 ? ? -68.50 -98.49 459 1 ARG N 29 ? ? -47.86 153.03 460 1 ALA N 30 ? ? -103.45 -64.09 461 1 SER N 32 ? ? 71.63 76.84 462 1 ARG N 41 ? ? -23.24 -32.39 463 1 VAL N 56 ? ? -2.13 111.57 464 1 LYS N 58 ? ? -21.73 43.00 465 1 ALA N 59 ? ? 24.53 -125.35 466 1 SER N 60 ? ? 88.52 143.16 467 1 SER O 24 ? ? 98.45 124.41 468 1 THR O 25 ? ? -20.90 -67.85 469 1 GLU O 26 ? ? -35.10 -87.69 470 1 VAL O 27 ? ? -22.78 -67.74 471 1 HIS O 46 ? ? -118.65 74.00 472 1 LEU O 66 ? ? -43.75 -70.42 473 1 LEU O 67 ? ? -29.73 -56.17 474 1 GLU O 73 ? ? -93.73 -62.35 475 1 ARG O 88 ? ? 39.12 80.88 476 1 ARG P 5 ? ? -126.01 -144.45 477 1 HIS P 13 ? ? 89.87 48.62 478 1 ASN P 14 ? ? -178.85 59.90 479 1 HIS P 16 ? ? -154.27 89.96 480 1 ARG P 28 ? ? -28.68 -88.11 481 1 ILE P 36 ? ? -159.09 30.56 482 1 LYS P 43 ? ? 34.84 91.32 483 1 THR P 45 ? ? 142.06 106.01 484 1 PRO P 46 ? ? -54.87 33.14 485 1 LEU P 49 ? ? -160.32 115.61 486 1 SER P 61 ? ? -93.14 31.46 487 1 VAL P 62 ? ? -158.54 -1.53 488 1 THR P 67 ? ? -59.27 -174.30 489 1 GLN P 76 ? ? -37.34 -21.07 490 1 GLU P 83 ? ? 75.16 -53.65 491 1 LYS Q 4 ? ? -13.92 141.41 492 1 LYS Q 14 ? ? -53.06 21.15 493 1 PHE Q 27 ? ? 157.72 146.22 494 1 LYS Q 34 ? ? -29.11 142.99 495 1 ARG Q 68 ? ? 73.67 -63.22 496 1 LYS Q 69 ? ? -53.98 107.09 497 1 VAL Q 77 ? ? -141.94 -6.40 498 1 GLU Q 78 ? ? 158.26 158.45 499 1 MET Q 82 ? ? -45.59 -12.35 500 1 ASN Q 94 ? ? -67.63 3.15 501 1 SER Q 99 ? ? -115.22 -145.39 502 1 LYS R 21 ? ? -34.95 130.52 503 1 LEU R 26 ? ? -175.38 129.44 504 1 ARG R 32 ? ? -148.55 -19.86 505 1 TYR R 34 ? ? -69.48 37.61 506 1 ARG R 35 ? ? -145.36 -29.56 507 1 ASN R 36 ? ? -64.39 77.31 508 1 GLU R 38 ? ? -28.83 -74.68 509 1 VAL R 39 ? ? -46.38 -70.55 510 1 LYS R 41 ? ? -24.76 -57.57 511 1 ARG R 42 ? ? -61.23 16.57 512 1 SER R 45 ? ? -14.25 -122.43 513 1 ARG R 54 ? ? -67.41 29.03 514 1 ARG R 55 ? ? -169.24 -32.38 515 1 ALA R 60 ? ? -41.88 -85.86 516 1 GLN R 63 ? ? -48.44 -72.41 517 1 ARG R 64 ? ? -26.12 -55.67 518 1 LYS R 68 ? ? -34.06 -81.42 519 1 ILE R 75 ? ? -38.16 -34.75 520 1 LEU R 76 ? ? -83.24 35.73 521 1 LEU R 78 ? ? -81.61 -78.46 522 1 ARG R 87 ? ? 79.72 99.56 523 1 LEU S 5 ? ? -34.42 -178.95 524 1 LYS S 6 ? ? -159.03 -29.36 525 1 VAL S 9 ? ? -172.64 98.78 526 1 PHE S 10 ? ? -45.09 -9.95 527 1 ASP S 12 ? ? -48.18 164.65 528 1 HIS S 14 ? ? -64.40 5.23 529 1 GLU S 17 ? ? -69.83 3.83 530 1 LYS S 18 ? ? -130.72 -41.41 531 1 ALA S 24 ? ? -61.21 20.65 532 1 LYS S 25 ? ? -155.89 -41.12 533 1 GLU S 27 ? ? -66.94 -146.65 534 1 LYS S 28 ? ? -72.68 -155.12 535 1 ARG S 29 ? ? -149.56 -13.35 536 1 THR S 33 ? ? 170.69 148.95 537 1 SER S 35 ? ? -65.98 33.92 538 1 ARG S 37 ? ? -67.92 60.31 539 1 THR S 39 ? ? -57.07 172.49 540 1 GLU S 43 ? ? 105.81 -37.43 541 1 MET S 44 ? ? -57.33 3.79 542 1 VAL S 51 ? ? -47.83 151.68 543 1 ASN S 53 ? ? -159.11 36.68 544 1 LYS S 55 ? ? -120.02 -72.45 545 1 PRO S 59 ? ? -60.74 32.95 546 1 TYR S 61 ? 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