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;MVVSEVDIAKADPAAASHPLLLNGDATVAQKNPGSVAENNLCSQYEEKVRPCIDLIDSLRALGVEQDLALPAIAVIGDQS SGKSSVLEALSGVALPRGSGIVTRCPLVLKLKKLVNEDKWRGKVSYQDYEIEISDASEVEKEINKAQNAIAGEGMGISHE LITLEISSRDVPDLTLIDLPGITRVAVGNQPADIGYKIKTLIKKYIQRQETISLVVVPSNVDIATTEALSMAQEVDPEGD RTIGILTKPDLVDKGTEDKVVDVVRNLVFHLKKGYMIVKCRGQQEIQDQLSLSEALQREKIFFENHPYFRDLLEEGKATV PCLAEKLTSELITHICKSLPLLENQIKETHQRITEELQKYGVDIPEDENEKMFFLIDKVNAFNQDITALMQGEETVGEED IRLFTRLRHEFHKWSTIIENNFQEGHKILSRKIQKFENQYRGRELPGFVNYRTFETIVKQQIKALEEPAVDMLHTVTDMV RLAFTDVSIKNFEEFFNLHRTAKSKIEDIRAEQEREGEKLIRLHFQMEQIVYCQDQVYRGALQKVREKELEEEKKKKSWD FGAFQSSSATDSSMEEIFQHLMAYHQEASKRISSHIPLIIQFFMLQTYGQQLQKAMLQLLQDKDTYSWLLKERSDTSDKR KFLKERLARLTQARRRLAQFPG ; B,E ? 3 'polypeptide(L)' no no ;ILVIRKGWLTINNIGIMKGGSKEYWFVLTAENLSWYKDDEEKEKKYMLSVDNLKLRDVEKGFMSSKHIFALFNTEQRNVY KDYRQLELACETQEEVDSWKASFLRAGVYPERV ; ;ILVIRKGWLTINNIGIMKGGSKEYWFVLTAENLSWYKDDEEKEKKYMLSVDNLKLRDVEKGFMSSKHIFALFNTEQRNVY KDYRQLELACETQEEVDSWKASFLRAGVYPERV ; C,F ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id 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UNP Q05193 ? ? linker 322 11 5 3ZYS GLY D 323 ? UNP Q05193 ? ? linker 323 12 5 3ZYS THR D 324 ? UNP Q05193 ? ? linker 324 13 5 3ZYS ASP D 325 ? UNP Q05193 ? ? linker 325 14 5 3ZYS SER D 326 ? UNP Q05193 ? ? linker 326 15 5 3ZYS ARG D 327 ? UNP Q05193 ? ? linker 327 16 5 3ZYS VAL D 328 ? UNP Q05193 ? ? linker 328 17 5 3ZYS ASN D 347 ? UNP Q05193 ASP 744 variant 744 18 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 3ZYS _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.crystals_number ? # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews ? _exptl_crystal.density_percent_sol ? _exptl_crystal.description ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp ? _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l ? _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol ? _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type ? # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength . _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 3ZYS _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high 12.20 _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 10677 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 10677 _refine_hist.d_res_high 12.20 _refine_hist.d_res_low . # _struct.entry_id 3ZYS _struct.title 'Human dynamin 1 deltaPRD polymer stabilized with GMPPCP' _struct.pdbx_descriptor 'DYNAMIN-1 (E.C.3.6.5.5), INTERFERON-INDUCED GTP-BINDING PROTEIN MX1' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3ZYS _struct_keywords.pdbx_keywords 'HYDROLASE/GTP-BINDING PROTEIN' _struct_keywords.text 'HYDROLASE-GTP-BINDING PROTEIN COMPLEX, ENDOCYTOSIS, GTP HYDROLYSIS, MEMBRANE REMODELING' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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ASP A 180 ASN A 183 5 ? 4 HELX_P HELX_P6 6 SER A 184 ? ASP A 194 ? SER A 184 ASP A 194 1 ? 11 HELX_P HELX_P7 7 LYS A 206 ? MET A 210 ? LYS A 206 MET A 210 5 ? 5 HELX_P HELX_P8 8 ALA A 216 ? GLU A 221 ? ALA A 216 GLU A 221 1 ? 6 HELX_P HELX_P9 9 SER A 238 ? LYS A 245 ? SER A 238 LYS A 245 1 ? 8 HELX_P HELX_P10 10 ASP A 247 ? HIS A 262 ? ASP A 247 HIS A 262 1 ? 16 HELX_P HELX_P11 11 TYR A 265 ? MET A 272 ? TYR A 265 MET A 272 5 ? 8 HELX_P HELX_P12 12 GLY A 273 ? GLU A 310 ? GLY A 273 GLU A 310 1 ? 38 HELX_P HELX_P13 13 LEU A 332 ? THR A 351 ? LEU A 729 THR A 748 1 ? 20 HELX_P HELX_P14 14 ASP B 367 ? GLN B 391 ? ASP B 367 GLN B 391 1 ? 25 HELX_P HELX_P15 15 ARG B 402 ? GLN B 434 ? ARG B 402 GLN B 434 1 ? 33 HELX_P HELX_P16 16 TYR B 451 ? ALA B 464 ? TYR B 451 ALA B 464 1 ? 14 HELX_P HELX_P17 17 LEU B 465 ? PHE B 492 ? LEU B 465 PHE B 492 1 ? 28 HELX_P HELX_P18 18 PHE B 495 ? GLN B 529 ? PHE B 495 GLN B 529 1 ? 35 HELX_P HELX_P19 19 ILE B 577 ? PHE B 603 ? ILE B 577 PHE B 603 1 ? 27 HELX_P HELX_P20 20 LEU B 605 ? LEU B 617 ? LEU B 605 LEU B 617 1 ? 13 HELX_P HELX_P21 21 GLN B 618 ? GLN B 621 ? GLN B 618 GLN B 621 5 ? 4 HELX_P HELX_P22 22 ASP B 622 ? ASP B 624 ? ASP B 622 ASP B 624 5 ? 3 HELX_P HELX_P23 23 THR B 625 ? LEU B 630 ? THR B 625 LEU B 630 1 ? 6 HELX_P HELX_P24 24 GLU B 632 ? THR B 636 ? GLU B 632 THR B 636 5 ? 5 HELX_P HELX_P25 25 GLY C 15 ? GLY C 19 ? GLY C 24 GLY C 28 5 ? 5 HELX_P HELX_P26 26 THR C 92 ? ALA C 106 ? THR C 101 ALA C 115 1 ? 15 HELX_P HELX_P27 27 SER D 5 ? GLY D 24 ? SER D 5 GLY D 24 1 ? 20 HELX_P HELX_P28 28 GLY D 43 ? GLY D 53 ? GLY D 43 GLY D 53 1 ? 11 HELX_P HELX_P29 29 ASP D 93 ? GLY D 110 ? ASP D 93 GLY D 110 1 ? 18 HELX_P HELX_P30 30 ASP D 151 ? THR D 165 ? ASP D 151 THR D 165 1 ? 15 HELX_P HELX_P31 31 ASP D 180 ? ASN D 183 ? ASP D 180 ASN D 183 5 ? 4 HELX_P HELX_P32 32 SER D 184 ? ASP D 194 ? SER D 184 ASP D 194 1 ? 11 HELX_P HELX_P33 33 LYS D 206 ? MET D 210 ? LYS D 206 MET D 210 5 ? 5 HELX_P HELX_P34 34 ALA D 216 ? GLU D 221 ? ALA D 216 GLU D 221 1 ? 6 HELX_P HELX_P35 35 SER D 238 ? GLY D 244 ? SER D 238 GLY D 244 1 ? 7 HELX_P HELX_P36 36 ASP D 247 ? LEU D 260 ? ASP D 247 LEU D 260 1 ? 14 HELX_P HELX_P37 37 TYR D 265 ? MET D 272 ? TYR D 265 MET D 272 5 ? 8 HELX_P HELX_P38 38 GLY D 273 ? GLU D 310 ? GLY D 273 GLU D 310 1 ? 38 HELX_P HELX_P39 39 LEU D 332 ? THR D 351 ? LEU D 729 THR D 748 1 ? 20 HELX_P HELX_P40 40 GLU E 366 ? GLN E 391 ? GLU E 366 GLN E 391 1 ? 26 HELX_P HELX_P41 41 ARG E 402 ? ASN E 438 ? ARG E 402 ASN E 438 1 ? 37 HELX_P HELX_P42 42 ASN E 450 ? ALA E 464 ? ASN E 450 ALA E 464 1 ? 15 HELX_P HELX_P43 43 LEU E 465 ? PHE E 492 ? LEU E 465 PHE E 492 1 ? 28 HELX_P HELX_P44 44 HIS E 499 ? GLU E 528 ? HIS E 499 GLU E 528 1 ? 30 HELX_P HELX_P45 45 SER E 573 ? LEU E 605 ? SER E 573 LEU E 605 1 ? 33 HELX_P HELX_P46 46 LEU E 605 ? GLN E 618 ? LEU E 605 GLN E 618 1 ? 14 HELX_P HELX_P47 47 LEU E 619 ? GLN E 621 ? LEU E 619 GLN E 621 5 ? 3 HELX_P HELX_P48 48 TYR E 626 ? LYS E 631 ? TYR E 626 LYS E 631 1 ? 6 HELX_P HELX_P49 49 GLY F 15 ? GLY F 19 ? GLY F 24 GLY F 28 5 ? 5 HELX_P HELX_P50 50 THR F 92 ? ALA F 106 ? 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E . n E 2 635 ASP 635 635 ? ? ? E . n E 2 636 THR 636 636 ? ? ? E . n E 2 637 SER 637 637 ? ? ? E . n E 2 638 ASP 638 638 ? ? ? E . n E 2 639 LYS 639 639 ? ? ? E . n E 2 640 ARG 640 640 ? ? ? E . n E 2 641 LYS 641 641 ? ? ? E . n E 2 642 PHE 642 642 ? ? ? E . n E 2 643 LEU 643 643 ? ? ? E . n E 2 644 LYS 644 644 ? ? ? E . n E 2 645 GLU 645 645 ? ? ? E . n E 2 646 ARG 646 646 ? ? ? E . n E 2 647 LEU 647 647 ? ? ? E . n E 2 648 ALA 648 648 ? ? ? E . n E 2 649 ARG 649 649 ? ? ? E . n E 2 650 LEU 650 650 ? ? ? E . n E 2 651 THR 651 651 ? ? ? E . n E 2 652 GLN 652 652 ? ? ? E . n E 2 653 ALA 653 653 ? ? ? E . n E 2 654 ARG 654 654 ? ? ? E . n E 2 655 ARG 655 655 ? ? ? E . n E 2 656 ARG 656 656 ? ? ? E . n E 2 657 LEU 657 657 ? ? ? E . n E 2 658 ALA 658 658 ? ? ? E . n E 2 659 GLN 659 659 ? ? ? E . n E 2 660 PHE 660 660 ? ? ? E . n E 2 661 PRO 661 661 ? ? ? E . n E 2 662 GLY 662 662 ? ? ? E . n F 3 1 ILE 1 10 10 ILE ILE F . n F 3 2 LEU 2 11 11 LEU LEU F . n F 3 3 VAL 3 12 12 VAL VAL F . n F 3 4 ILE 4 13 13 ILE ILE F . n F 3 5 ARG 5 14 14 ARG ARG F . n F 3 6 LYS 6 15 15 LYS LYS F . n F 3 7 GLY 7 16 16 GLY GLY F . n F 3 8 TRP 8 17 17 TRP TRP F . n F 3 9 LEU 9 18 18 LEU LEU F . n F 3 10 THR 10 19 19 THR THR F . n F 3 11 ILE 11 20 20 ILE ILE F . n F 3 12 ASN 12 21 21 ASN ASN F . n F 3 13 ASN 13 22 22 ASN ASN F . n F 3 14 ILE 14 23 23 ILE ILE F . n F 3 15 GLY 15 24 24 GLY GLY F . n F 3 16 ILE 16 25 25 ILE ILE F . n F 3 17 MET 17 26 26 MET MET F . n F 3 18 LYS 18 27 27 LYS LYS F . n F 3 19 GLY 19 28 28 GLY GLY F . n F 3 20 GLY 20 29 29 GLY GLY F . n F 3 21 SER 21 30 30 SER SER F . n F 3 22 LYS 22 31 31 LYS LYS F . n F 3 23 GLU 23 32 32 GLU GLU F . n F 3 24 TYR 24 33 33 TYR TYR F . n F 3 25 TRP 25 34 34 TRP TRP F . n F 3 26 PHE 26 35 35 PHE PHE F . n F 3 27 VAL 27 36 36 VAL VAL F . n F 3 28 LEU 28 37 37 LEU LEU F . n F 3 29 THR 29 38 38 THR THR F . n F 3 30 ALA 30 39 39 ALA ALA F . n F 3 31 GLU 31 40 40 GLU GLU F . n F 3 32 ASN 32 41 41 ASN ASN F . n F 3 33 LEU 33 42 42 LEU LEU F . n F 3 34 SER 34 43 43 SER SER F . n F 3 35 TRP 35 44 44 TRP TRP F . n F 3 36 TYR 36 45 45 TYR TYR F . n F 3 37 LYS 37 46 46 LYS LYS F . n F 3 38 ASP 38 47 47 ASP ASP F . n F 3 39 ASP 39 48 48 ASP ASP F . n F 3 40 GLU 40 49 49 GLU GLU F . n F 3 41 GLU 41 50 50 GLU GLU F . n F 3 42 LYS 42 51 51 LYS LYS F . n F 3 43 GLU 43 52 52 GLU GLU F . n F 3 44 LYS 44 53 53 LYS LYS F . n F 3 45 LYS 45 54 54 LYS LYS F . n F 3 46 TYR 46 55 55 TYR TYR F . n F 3 47 MET 47 56 56 MET MET F . n F 3 48 LEU 48 57 57 LEU LEU F . n F 3 49 SER 49 58 58 SER SER F . n F 3 50 VAL 50 59 59 VAL VAL F . n F 3 51 ASP 51 60 60 ASP ASP F . n F 3 52 ASN 52 61 61 ASN ASN F . n F 3 53 LEU 53 62 62 LEU LEU F . n F 3 54 LYS 54 63 63 LYS LYS F . n F 3 55 LEU 55 64 64 LEU LEU F . n F 3 56 ARG 56 65 65 ARG ARG F . n F 3 57 ASP 57 66 66 ASP ASP F . n F 3 58 VAL 58 67 67 VAL VAL F . n F 3 59 GLU 59 68 68 GLU GLU F . n F 3 60 LYS 60 69 69 LYS LYS F . n F 3 61 GLY 61 70 70 GLY GLY F . n F 3 62 PHE 62 71 71 PHE PHE F . n F 3 63 MET 63 72 72 MET MET F . n F 3 64 SER 64 73 73 SER SER F . n F 3 65 SER 65 74 74 SER SER F . n F 3 66 LYS 66 75 75 LYS LYS F . n F 3 67 HIS 67 76 76 HIS HIS F . n F 3 68 ILE 68 77 77 ILE ILE F . n F 3 69 PHE 69 78 78 PHE PHE F . n F 3 70 ALA 70 79 79 ALA ALA F . n F 3 71 LEU 71 80 80 LEU LEU F . n F 3 72 PHE 72 81 81 PHE PHE F . n F 3 73 ASN 73 82 82 ASN ASN F . n F 3 74 THR 74 83 83 THR THR F . n F 3 75 GLU 75 84 84 GLU GLU F . n F 3 76 GLN 76 85 85 GLN GLN F . n F 3 77 ARG 77 86 86 ARG ARG F . n F 3 78 ASN 78 87 87 ASN ASN F . n F 3 79 VAL 79 88 88 VAL VAL F . n F 3 80 TYR 80 89 89 TYR TYR F . n F 3 81 LYS 81 90 90 LYS LYS F . n F 3 82 ASP 82 91 91 ASP ASP F . n F 3 83 TYR 83 92 92 TYR TYR F . n F 3 84 ARG 84 93 93 ARG ARG F . n F 3 85 GLN 85 94 94 GLN GLN F . n F 3 86 LEU 86 95 95 LEU LEU F . n F 3 87 GLU 87 96 96 GLU GLU F . n F 3 88 LEU 88 97 97 LEU LEU F . n F 3 89 ALA 89 98 98 ALA ALA F . n F 3 90 CYS 90 99 99 CYS CYS F . n F 3 91 GLU 91 100 100 GLU GLU F . n F 3 92 THR 92 101 101 THR THR F . n F 3 93 GLN 93 102 102 GLN GLN F . n F 3 94 GLU 94 103 103 GLU GLU F . n F 3 95 GLU 95 104 104 GLU GLU F . n F 3 96 VAL 96 105 105 VAL VAL F . n F 3 97 ASP 97 106 106 ASP ASP F . n F 3 98 SER 98 107 107 SER SER F . n F 3 99 TRP 99 108 108 TRP TRP F . n F 3 100 LYS 100 109 109 LYS LYS F . n F 3 101 ALA 101 110 110 ALA ALA F . n F 3 102 SER 102 111 111 SER SER F . n F 3 103 PHE 103 112 112 PHE PHE F . n F 3 104 LEU 104 113 113 LEU LEU F . n F 3 105 ARG 105 114 114 ARG ARG F . n F 3 106 ALA 106 115 115 ALA ALA F . n F 3 107 GLY 107 116 116 GLY GLY F . n F 3 108 VAL 108 117 117 VAL VAL F . n F 3 109 TYR 109 118 118 TYR TYR F . n F 3 110 PRO 110 119 119 PRO PRO F . n F 3 111 GLU 111 120 120 GLU GLU F . n F 3 112 ARG 112 121 121 ARG ARG F . n F 3 113 VAL 113 122 122 VAL VAL F . n # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 'representative helical assembly' ? helical 72 2 'helical asymmetric unit' ? hexameric 6 3 'helical asymmetric unit, std helical frame' ? hexameric 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 '(1-12)' A,B,C,D,E,F 2 7 A,B,C,D,E,F 3 H A,B,C,D,E,F # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] H 'transform to helical frame' ? ? 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 1 'helical symmetry operation' ? ? 0.84122780 -0.54068086 0.00000000 0.00000 0.54068086 0.84122780 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 -90.27000 2 'helical symmetry operation' ? ? 0.04754229 -0.99886923 0.00000000 0.00000 0.99886923 0.04754229 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 -75.22500 3 'helical symmetry operation' ? ? -0.78607271 -0.61813404 0.00000000 0.00000 0.61813404 -0.78607271 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 -60.18000 4 'helical symmetry operation' ? ? -0.95948627 0.28175539 0.00000000 0.00000 -0.28175539 -0.95948627 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 -45.13500 5 'helical symmetry operation' ? ? -0.32705297 0.94500601 0.00000000 0.00000 -0.94500601 -0.32705297 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 -30.09000 6 'helical symmetry operation' ? ? 0.58006337 0.81457135 0.00000000 0.00000 -0.81457135 0.58006337 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 -15.04500 7 'helical symmetry operation' ? ? 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 8 'helical symmetry operation' ? ? 0.58006337 -0.81457135 0.00000000 0.00000 0.81457135 0.58006337 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 15.04500 9 'helical symmetry operation' ? ? -0.32705297 -0.94500601 0.00000000 0.00000 0.94500601 -0.32705297 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 30.09000 10 'helical symmetry operation' ? ? -0.95948627 -0.28175539 0.00000000 0.00000 0.28175539 -0.95948627 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 45.13500 11 'helical symmetry operation' ? ? -0.78607271 0.61813404 0.00000000 0.00000 -0.61813404 -0.78607271 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 60.18000 12 'helical symmetry operation' ? ? 0.04754229 0.99886923 0.00000000 0.00000 -0.99886923 0.04754229 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 75.22500 # _pdbx_helical_symmetry.entry_id 3ZYS _pdbx_helical_symmetry.number_of_operations 12 _pdbx_helical_symmetry.rotation_per_n_subunits 54.545000 _pdbx_helical_symmetry.rise_per_n_subunits 15.045000 _pdbx_helical_symmetry.n_subunits_divisor 1 _pdbx_helical_symmetry.dyad_axis no _pdbx_helical_symmetry.circular_symmetry 1 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2011-10-12 2 'Structure model' 1 1 2012-03-21 3 'Structure model' 1 2 2013-09-18 4 'Structure model' 1 3 2017-08-23 5 'Structure model' 1 4 2019-10-23 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' Other 2 3 'Structure model' 'Derived calculations' 3 3 'Structure model' 'Source and taxonomy' 4 4 'Structure model' 'Data collection' 5 5 'Structure model' 'Data collection' 6 5 'Structure model' Other # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 4 'Structure model' em_image_scans 2 4 'Structure model' em_software 3 5 'Structure model' cell # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 4 'Structure model' '_em_software.fitting_id' 2 4 'Structure model' '_em_software.image_processing_id' 3 5 'Structure model' '_cell.Z_PDB' # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 3ZYS _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details 'REFINEMENT PROTOCOL--YUP ALGORITHM' _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.details 1 1 2X2E ? ? 1 2 3LJB ? ? 1 3 1DYN ? ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 3ZYS _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type HELICAL _em_3d_reconstruction.num_particles 4814 _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method IHRSR _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size 2.26 _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.resolution 12.2 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details ;THIS MODEL INCORPORATES COORDINATES FROM 3ZYC AND 1DYN, WHICH WERE DOCKED INTO A HELICAL CRYO-EM DENSITY. CHAINS A AND D OF THE MODEL SHOW RESIDUES 6-311 OF HUMAN DYNAMIN 1'S G DOMAIN AND RESIDUES 726-748 OF ITS GTPASE EFFECTOR DOMAIN. CHAINS C AND F INCLUDE RESIDUES 518-630 OF DYNAMIN'S PH DOMAIN. RESIDUE 5 SER IN CHAINS A AND D IS A CLONING ARTIFACT THAT WAS VISIBLE IN THE CRYSTAL STRUCTURE OF 3ZYC. INCORPORATES COORDINATES FROM 3LJB, WHICH WERE DOCKED INTO A HELICAL CRYO-EM DENSITY. CHAINS B AND E INCLUDE RESIDUES 367-435 AND 451-531 OF HUMAN MXA'S MIDDLE DOMAIN AND RESIDUES 576-636 OF IF GTPASE EFFECTOR DOMAIN. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1949. (DEPOSITION ID: 10194). ; _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name 'GMPPCP STABILIZED HUMAN DYNAMIN 1 DELTA PRD HELICAL POLYMER' _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details 'DELTA PRD DYNAMIN HELICAL TUBES GENERATED IN THE PRESENCE OF GMPPCP AND DOPS LIPOSOMES' _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.entry_id 3ZYS _em_imaging.id 1 _em_imaging.nominal_magnification 50000 _em_imaging.nominal_defocus_min 500 _em_imaging.nominal_defocus_max 2000 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TECNAI F20' _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 120 _em_imaging.details ? _em_imaging.specimen_holder_type . _em_imaging.specimen_holder_model . _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details 'HOLEY CARBON' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? # _em_vitrification.entry_id 3ZYS _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.instrument 'HOMEMADE PLUNGER' _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.details 'PLUNGE FROZEN IN LIQUID ETHANE' _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 3ZYS _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state 'HELICAL ARRAY' _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method HELICAL # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 O D ASP 726 ? ? 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