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WWPDB D_1000045008 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2008-02-19 2 'Structure model' 1 1 2011-07-13 3 'Structure model' 1 2 2017-10-25 4 'Structure model' 2 0 2020-07-29 5 'Structure model' 2 1 2023-08-30 6 'Structure model' 2 2 2024-10-30 # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 4 'Structure model' repository Remediation 'Carbohydrate remediation' ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Non-polymer description' 2 2 'Structure model' 'Version format compliance' 3 3 'Structure model' Advisory 4 3 'Structure model' 'Refinement description' 5 4 'Structure model' Advisory 6 4 'Structure model' 'Atomic model' 7 4 'Structure model' 'Data collection' 8 4 'Structure model' 'Database references' 9 4 'Structure model' 'Derived calculations' 10 4 'Structure model' 'Structure summary' 11 5 'Structure model' 'Data collection' 12 5 'Structure model' 'Database references' 13 5 'Structure model' 'Refinement description' 14 5 'Structure model' 'Structure summary' 15 6 'Structure model' 'Structure summary' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 3 'Structure model' pdbx_validate_close_contact 2 3 'Structure model' software 3 4 'Structure model' atom_site 4 4 'Structure model' chem_comp 5 4 'Structure model' database_PDB_caveat 6 4 'Structure model' entity 7 4 'Structure model' pdbx_branch_scheme 8 4 'Structure model' pdbx_chem_comp_identifier 9 4 'Structure model' pdbx_entity_branch 10 4 'Structure model' pdbx_entity_branch_descriptor 11 4 'Structure model' pdbx_entity_branch_link 12 4 'Structure model' pdbx_entity_branch_list 13 4 'Structure model' pdbx_entity_nonpoly 14 4 'Structure model' pdbx_nonpoly_scheme 15 4 'Structure model' pdbx_struct_assembly_gen 16 4 'Structure model' pdbx_validate_chiral 17 4 'Structure model' pdbx_validate_close_contact 18 4 'Structure model' struct_asym 19 4 'Structure model' struct_conn 20 4 'Structure model' struct_ref_seq_dif 21 4 'Structure model' struct_site 22 4 'Structure model' struct_site_gen 23 5 'Structure model' chem_comp 24 5 'Structure model' chem_comp_atom 25 5 'Structure model' chem_comp_bond 26 5 'Structure model' database_2 27 5 'Structure model' pdbx_initial_refinement_model 28 6 'Structure model' pdbx_entry_details 29 6 'Structure model' pdbx_modification_feature # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 3 'Structure model' '_pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1' 2 3 'Structure model' '_pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2' 3 3 'Structure model' '_pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1' 4 3 'Structure model' '_pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2' 5 4 'Structure model' '_atom_site.B_iso_or_equiv' 6 4 'Structure model' '_atom_site.Cartn_x' 7 4 'Structure model' '_atom_site.Cartn_y' 8 4 'Structure model' '_atom_site.Cartn_z' 9 4 'Structure model' '_atom_site.auth_asym_id' 10 4 'Structure model' '_atom_site.auth_atom_id' 11 4 'Structure model' '_atom_site.auth_comp_id' 12 4 'Structure model' '_atom_site.auth_seq_id' 13 4 'Structure model' '_atom_site.label_asym_id' 14 4 'Structure model' '_atom_site.label_atom_id' 15 4 'Structure model' '_atom_site.label_comp_id' 16 4 'Structure model' '_atom_site.label_entity_id' 17 4 'Structure model' '_atom_site.type_symbol' 18 4 'Structure model' '_chem_comp.name' 19 4 'Structure model' '_chem_comp.type' 20 4 'Structure model' '_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list' 21 4 'Structure model' '_pdbx_validate_chiral.auth_asym_id' 22 4 'Structure model' '_pdbx_validate_chiral.auth_seq_id' 23 4 'Structure model' '_pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1' 24 4 'Structure model' '_pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2' 25 4 'Structure model' '_pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1' 26 4 'Structure model' '_pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2' 27 4 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag' 28 4 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_role' 29 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id' 30 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id' 31 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_asym_id' 32 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id' 33 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id' 34 4 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_asym_id' 35 4 'Structure model' '_struct_ref_seq_dif.details' 36 5 'Structure model' '_chem_comp.pdbx_synonyms' 37 5 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 38 5 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' # _database_PDB_caveat.id 1 _database_PDB_caveat.text 'MAN e 4 HAS WRONG CHIRALITY AT ATOM C1' # _pdbx_database_status.entry_id 3B2U _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2007-10-19 _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf REL _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.SG_entry ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # _pdbx_database_related.db_name PDB _pdbx_database_related.db_id 3B2V _pdbx_database_related.details . _pdbx_database_related.content_type unspecified # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Ferguson, K.M.' 1 'Li, S.' 2 'Kussie, P.' 3 # _citation.id primary _citation.title 'Structural basis for EGF receptor inhibition by the therapeutic antibody IMC-11F8.' _citation.journal_abbrev Structure _citation.journal_volume 16 _citation.page_first 216 _citation.page_last 227 _citation.year 2008 _citation.journal_id_ASTM STRUE6 _citation.country UK _citation.journal_id_ISSN 0969-2126 _citation.journal_id_CSD 2005 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 18275813 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.str.2007.11.009 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Li, S.' 1 ? primary 'Kussie, P.' 2 ? primary 'Ferguson, K.M.' 3 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'IMC-11F8 Fab Light chain' 23053.557 8 ? ? ? ? 2 polymer man 'IMC-11F8 Fab Heavy chain' 23604.381 8 ? ? ? ? 3 polymer man 'Epidermal growth factor receptor' 23786.088 8 2.7.10.1 ? 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_entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;EIVMTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEP EDFAVYYCHQYGSTPLTFGGGTKAEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQ ESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGA ; ;EIVMTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEP EDFAVYYCHQYGSTPLTFGGGTKAEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQ ESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGA ; L,D,G,K,O,R,U,X ? 2 'polypeptide(L)' no no ;QVQLQESGPGLVKPSQTLSLTCTVSGGSISSGDYYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTDYNPSLKSRVTMSVDTSKNQF SLKVNSVTAADTAVYYCARVSIFGVGTFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTV SWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKS ; ;QVQLQESGPGLVKPSQTLSLTCTVSGGSISSGDYYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTDYNPSLKSRVTMSVDTSKNQF SLKVNSVTAADTAVYYCARVSIFGVGTFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTV SWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKS ; H,C,F,J,N,Q,T,W ? 3 'polypeptide(L)' no no ;LEEKKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKHFKNCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGFLLIQAW PENRTDLHAFENLEIIRGRTKQHGQFSLAVVSLNITSLGLRSLKEISDGDVIISGNKNLCYANTINWKKLFGTSGQKTKI ISNRGENSCKATGQVCHALCSPEGCWGPEPRDCVSCRNVSRGRECVDKHHHHHH ; ;LEEKKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKHFKNCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGFLLIQAW PENRTDLHAFENLEIIRGRTKQHGQFSLAVVSLNITSLGLRSLKEISDGDVIISGNKNLCYANTINWKKLFGTSGQKTKI ISNRGENSCKATGQVCHALCSPEGCWGPEPRDCVSCRNVSRGRECVDKHHHHHH ; A,B,E,I,M,P,S,V ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 8 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose NAG 9 'SULFATE ION' SO4 10 water HOH # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id 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NAG V 3891 ? 1_555 ASN V 389 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 20 NAG LA . ? ASN R 114 ? NAG l 1 ? 1_555 ASN P 420 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 21 NAG MA . ? ASN U 22 ? NAG m 1 ? 1_555 ASN S 328 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 22 NAG NA . ? ASN U 114 ? NAG n 1 ? 1_555 ASN S 420 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 23 NAG OA . ? ASN X 22 ? NAG o 1 ? 1_555 ASN V 328 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 24 NAG PA . ? ASN X 114 ? NAG p 1 ? 1_555 ASN V 420 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 25 NAG QA . ? ASN C 31 ? NAG A 3371 ? 1_555 ASN A 337 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 26 NAG RA . ? ASN C 83 ? NAG A 3891 ? 1_555 ASN A 389 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 27 NAG TA . ? ASN F 31 ? NAG B 3371 ? 1_555 ASN B 337 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 28 NAG UA . ? ASN F 83 ? NAG B 3891 ? 1_555 ASN B 389 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 29 NAG WA . ? ASN I 31 ? NAG E 3371 ? 1_555 ASN E 337 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 30 NAG XA . ? ASN I 83 ? NAG E 3891 ? 1_555 ASN E 389 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 31 NAG Y . ? ASN C 22 ? NAG Y 1 ? 1_555 ASN A 328 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 32 NAG Z . ? ASN C 114 ? NAG Z 1 ? 1_555 ASN A 420 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 33 CYS A 23 ? CYS A 88 ? CYS L 23 ? 1_555 CYS L 88 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 34 CYS A 134 ? CYS A 194 ? CYS L 134 ? 1_555 CYS L 194 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 35 CYS B 22 ? CYS B 97 ? CYS H 22 ? 1_555 CYS H 97 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 36 CYS B 148 ? CYS B 204 ? CYS H 148 ? 1_555 CYS H 204 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 37 CYS C 7 ? CYS C 32 ? CYS A 313 ? 1_555 CYS A 338 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 38 CYS C 140 ? CYS C 169 ? CYS A 446 ? 1_555 CYS A 475 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 39 CYS C 176 ? CYS C 185 ? CYS A 482 ? 1_555 CYS A 491 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 40 CYS C 180 ? CYS C 193 ? CYS A 486 ? 1_555 CYS A 499 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 41 CYS D 23 ? CYS D 88 ? CYS D 23 ? 1_555 CYS D 88 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 42 CYS D 134 ? CYS D 194 ? CYS D 134 ? 1_555 CYS D 194 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 43 CYS E 22 ? CYS E 97 ? CYS C 22 ? 1_555 CYS C 97 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 44 CYS E 148 ? CYS E 204 ? CYS C 148 ? 1_555 CYS C 204 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 45 CYS F 7 ? CYS F 32 ? CYS B 313 ? 1_555 CYS B 338 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 46 CYS F 140 ? CYS F 169 ? CYS B 446 ? 1_555 CYS B 475 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 47 CYS F 176 ? CYS F 185 ? CYS B 482 ? 1_555 CYS B 491 ? 1_555 SG SG . . . 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None 'Disulfide bridge' 68 CYS N 148 ? CYS N 204 ? CYS N 148 ? 1_555 CYS N 204 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 69 CYS O 7 ? CYS O 32 ? CYS M 313 ? 1_555 CYS M 338 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 70 CYS O 140 ? CYS O 169 ? CYS M 446 ? 1_555 CYS M 475 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 71 CYS O 176 ? CYS O 185 ? CYS M 482 ? 1_555 CYS M 491 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 72 CYS O 180 ? CYS O 193 ? CYS M 486 ? 1_555 CYS M 499 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 73 CYS P 23 ? CYS P 88 ? CYS R 23 ? 1_555 CYS R 88 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 74 CYS P 134 ? CYS P 194 ? CYS R 134 ? 1_555 CYS R 194 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 75 CYS Q 22 ? CYS Q 97 ? CYS Q 22 ? 1_555 CYS Q 97 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 76 CYS Q 148 ? CYS Q 204 ? CYS Q 148 ? 1_555 CYS Q 204 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 77 CYS R 7 ? CYS R 32 ? CYS P 313 ? 1_555 CYS P 338 ? 1_555 SG SG . . . 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None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 7 A . ? SER 7 L PRO 8 A ? PRO 8 L 1 -3.22 2 THR 94 A . ? THR 94 L PRO 95 A ? PRO 95 L 1 -9.03 3 TYR 140 A . ? TYR 140 L PRO 141 A ? PRO 141 L 1 -0.77 4 PHE 154 B . ? PHE 154 H PRO 155 B ? PRO 155 H 1 -3.79 5 GLU 156 B . ? GLU 156 H PRO 157 B ? PRO 157 H 1 -3.79 6 GLU 2 C . ? 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