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B,D,F,H ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MAFEFKLPDIGEGIHEGEIVKWFVKPGDEVNEDDVLCEVQNDKAVVEIPSPVKGKVLEILVPEGTVATVGQTLITLDAPG YENMTFKGQEQEEAKKEEKTETVSKEEKVDAVAPNAPAAEAEAGPNRRVIAMPSVRKYAREKGVDIRLVQGTGKNGRVLK EDIDAFLAGGAKPAPAAAEEKAAPAAAKPATTEGEFPETREKMSGIRRAIAKAMVHSKHTAPHVTLMDEADVTKLVAHRK KFKAIAAEKGIKLTFLPYVVKALVSALREYPVLNTSIDDETEEIIQKHYYNIGIAADTDRGLLVPVIKHADRKPIFALAQ EINELAEKARDGKLTPGEMKGASCTITNIGSAGGQWFTPVINHPEVAILGIGRIAEKPIVRDGEIVAAPMLALSLSFDHR MIDGATAQKALNHIKRLLSDPELLLMEA ; ;MAFEFKLPDIGEGIHEGEIVKWFVKPGDEVNEDDVLCEVQNDKAVVEIPSPVKGKVLEILVPEGTVATVGQTLITLDAPG YENMTFKGQEQEEAKKEEKTETVSKEEKVDAVAPNAPAAEAEAGPNRRVIAMPSVRKYAREKGVDIRLVQGTGKNGRVLK EDIDAFLAGGAKPAPAAAEEKAAPAAAKPATTEGEFPETREKMSGIRRAIAKAMVHSKHTAPHVTLMDEADVTKLVAHRK KFKAIAAEKGIKLTFLPYVVKALVSALREYPVLNTSIDDETEEIIQKHYYNIGIAADTDRGLLVPVIKHADRKPIFALAQ EINELAEKARDGKLTPGEMKGASCTITNIGSAGGQWFTPVINHPEVAILGIGRIAEKPIVRDGEIVAAPMLALSLSFDHR MIDGATAQKALNHIKRLLSDPELLLMEA ; I,J ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id 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'Bacillus stearothermophilus' ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? 'TG1 recO' ? ? ? ? ? ? ? plasmid ? ? ? pKBstE1a ? ? 2 1 sample ? ? ? ? ? pdhB ? ? ? ? ? ? 'Bacillus stearothermophilus' ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? 'TG1 recO' ? ? ? ? ? ? ? plasmid ? ? ? pKBstE1b ? ? 3 1 sample ? ? ? ? ? pdhC ? ? ? ? ? ? 'Bacillus stearothermophilus' ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? 'TG1 recO' ? ? ? ? ? ? ? plasmid ? ? ? pKBstE1a ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP ODPA_BACST P21873 1 ;MGVKTFQFPFAEQLEKVAEQFPTFQILNEEGEVVNEEAMPELSDEQLKELMRRMVYTRILDQRSISLNRQGRLGFYAPTA GQEASQIASHFALEKEDFILPGYRDVPQIIWHGLPLYQAFLFSRGHFHGNQIPEGVNVLPPQIIIGAQYIQAAGVALGLK MRGKKAVAITYTGDGGTSQGDFYEGINFAGAFKAPAIFVVQNNRFAISTPVEKQTVAKTLAQKAVAAGIPGIQVDGMDPL AVYAAVKAARERAINGEGPTLIETLCFRYGPHTMSGDDPTRYRSKELENEWAKKDPLVRFRKFLEAKGLWSEEEENNVIE QAKEEIKEAIKKADETPKQKVTDLISIMFEELPFNLKEQYEIYKEKESK ; 1 ? 2 UNP ODPB_BACST P21874 2 ;MAQMTMVQAITDALRIELKNDPNVLIFGEDVGVNGGVFRATEGLQAEFGEDRVFDTPLAESGIGGLAIGLALQGFRPVPE IQFFGFVYEVMDSICGQMARIRYRTGGRYHMPITIRSPFGGGVHTPELHSDSLEGLVAQQPGLKVVIPSTPYDAKGLLIS AIRDNDPVIFLEHLKLYRSFRQEVPEGEYTIPIGKADIKREGKDITIIAYGAMVHESLKAAAELEKEGISAEVVDLRTVQ PLDIETIIGSVEKTGRAIVVQEAQRQAGIAANVVAEINERAILSLEAPVLRVAAPDTVYPFAQAESVWLPNFKDVIETAK KVMNF ; 1 ? 3 UNP ODP2_BACST P11961 3 ;MAFEFKLPDIGEGIHEGEIVKWFVKPGDEVNEDDVLCEVQNDKAVVEIPSPVKGKVLEILVPEGTVATVGQTLITLDAPG YENMTFKGQEQEEAKKEEKTETVSKEEKVDAVAPNAPAAEAEAGPNRRVIAMPSVRKYAREKGVDIRLVQGTGKNGRVLK EDIDAFLAGGAKPAPAAAEEKAAPAAAKPATTEGEFPETREKMSGIRRAIAKAMVHSKHTAPHVTLMDEADVTKLVAHRK KFKAIAAEKGIKLTFLPYVVKALVSALREYPVLNTSIDDETEEIIQKHYYNIGIAADTDRGLLVPVIKHADRKPIFALAQ EINELAEKARDGKLTPGEMKGASCTITNIGSAGGQWFTPVINHPEVAILGIGRIAEKPIVRDGEIVAAPMLALSLSFDHR MIDGATAQKALNHIKRLLSDPELLLMEA ; 1 ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 3DUF A 1 ? 369 ? P21873 1 ? 369 ? 0 368 2 2 3DUF B 1 ? 325 ? P21874 1 ? 325 ? 0 324 3 1 3DUF C 1 ? 369 ? P21873 1 ? 369 ? 0 368 4 2 3DUF D 1 ? 325 ? P21874 1 ? 325 ? 0 324 5 3 3DUF I 1 ? 428 ? P11961 1 ? 428 ? 1 428 6 1 3DUF E 1 ? 369 ? P21873 1 ? 369 ? 0 368 7 2 3DUF F 1 ? 325 ? P21874 1 ? 325 ? 0 324 8 1 3DUF G 1 ? 369 ? P21873 1 ? 369 ? 0 368 9 2 3DUF H 1 ? 325 ? P21874 1 ? 325 ? 0 324 10 3 3DUF J 1 ? 428 ? P11961 1 ? 428 ? 1 428 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 K non-polymer . 'POTASSIUM ION' ? 'K 1' 39.098 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 R1T non-polymer . '2-{4-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-5-[(1R)-1-HYDROXYETHYL]-3-METHYL-2-THIENYL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE' '2-[(1R)-1-HYDROXYETHYL]-3-DEAZA-THDP' 'C15 H23 N3 O8 P2 S' 467.371 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 3DUF _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 1.86 _exptl_crystal.density_percent_sol 33.72 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP' _exptl_crystal_grow.temp 291.15 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 5.5 _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details ;The protein solution was then mixed in 1:1 volume ratio of crystallization buffer consisting of 8-12 % mono-methyl ether polyethylene glycol (MME PEG) 5000, 0.1 M Na maleate pH 5.5, and the droplet was left to equilibrate against a reservoir of neat crystallization buffer., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K ; # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'MARMOSAIC 225 mm CCD' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2005-11-11 _diffrn_detector.details mirror # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator GRAPHITE _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 0.9795 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'ESRF BEAMLINE ID23-1' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ESRF _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ID23-1 _diffrn_source.pdbx_wavelength ? _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 0.9795 # _reflns.entry_id 3DUF _reflns.observed_criterion_sigma_I 2.6 _reflns.observed_criterion_sigma_F 2.6 _reflns.d_resolution_low 66 _reflns.d_resolution_high 2.5 _reflns.number_obs 99351 _reflns.number_all 99540 _reflns.percent_possible_obs 98.9 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.111 _reflns.pdbx_Rsym_value 0.111 _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 3.1 _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy 3.7 _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 # _reflns_shell.d_res_high 2.5 _reflns_shell.d_res_low 2.64 _reflns_shell.percent_possible_all 99.9 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.26 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value 0.302 _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 5.4 _reflns_shell.pdbx_redundancy 3.7 _reflns_shell.percent_possible_obs ? 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ASP C 237 ASN C 254 1 ? 18 HELX_P HELX_P47 47 ASP C 278 ? TYR C 282 ? ASP C 277 TYR C 281 5 ? 5 HELX_P HELX_P48 48 ASP C 295 ? ALA C 306 ? ASP C 294 ALA C 305 1 ? 12 HELX_P HELX_P49 49 SER C 311 ? GLU C 335 ? SER C 310 GLU C 334 1 ? 25 HELX_P HELX_P50 50 LYS C 340 ? ILE C 347 ? LYS C 339 ILE C 346 1 ? 8 HELX_P HELX_P51 51 PRO C 353 ? GLU C 367 ? PRO C 352 GLU C 366 1 ? 15 HELX_P HELX_P52 52 THR D 5 ? ASP D 21 ? THR D 4 ASP D 20 1 ? 17 HELX_P HELX_P53 53 GLY D 43 ? GLY D 49 ? GLY D 42 GLY D 48 1 ? 7 HELX_P HELX_P54 54 ALA D 59 ? GLN D 73 ? ALA D 58 GLN D 72 1 ? 15 HELX_P HELX_P55 55 PHE D 83 ? GLU D 89 ? PHE D 82 GLU D 88 5 ? 7 HELX_P HELX_P56 56 VAL D 90 ? GLN D 97 ? VAL D 89 GLN D 96 1 ? 8 HELX_P HELX_P57 57 ARG D 100 ? THR D 105 ? ARG D 99 THR D 104 1 ? 6 HELX_P HELX_P58 58 LEU D 133 ? ALA D 138 ? LEU D 132 ALA D 137 1 ? 6 HELX_P HELX_P59 59 THR D 150 ? ASP D 164 ? THR D 149 ASP D 163 1 ? 15 HELX_P HELX_P60 60 ALA D 212 ? LYS D 226 ? 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LEU J 159 ALA J 165 1 ? 7 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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B HOH 1344 D MG 1326 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? ? metalc11 metalc ? ? C ASP 174 OD1 ? ? ? 1_555 N MG . MG ? ? C ASP 173 C MG 1368 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.189 ? ? metalc12 metalc ? ? C ASN 203 OD1 ? ? ? 1_555 N MG . MG ? ? C ASN 202 C MG 1368 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? ? metalc13 metalc ? ? C PHE 205 O ? ? ? 1_555 N MG . MG ? ? C PHE 204 C MG 1368 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.475 ? ? metalc14 metalc ? ? N MG . MG ? ? ? 1_555 O R1T . O1A ? ? C MG 1368 C R1T 1370 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? ? metalc15 metalc ? ? N MG . MG ? ? ? 1_555 O R1T . O3B ? ? C MG 1368 C R1T 1370 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? ? metalc16 metalc ? ? D ILE 113 O ? ? ? 1_555 Q K . K ? ? D ILE 112 D K 1325 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.993 ? ? metalc17 metalc ? ? D ALA 161 O ? ? ? 1_555 Q K . K ? ? D ALA 160 D K 1325 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.888 ? ? metalc18 metalc ? ? D ASP 166 O ? ? ? 1_555 Q K . K ? ? D ASP 165 D K 1325 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.860 ? ? metalc19 metalc ? ? F ASP 174 OD1 ? ? ? 1_555 R MG . MG ? ? 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G R1T 1370 G MG 1371 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? ? metalc29 metalc ? ? T MG . MG ? ? ? 1_555 CA HOH . O ? ? G MG 1371 G HOH 1383 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLN 240 B . ? GLN 239 B PRO 241 B ? PRO 240 B 1 0.05 2 GLN 240 D . ? 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