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'TG1 recO' ? ? ? ? ? ? ? plasmid ? ? ? pKBstE1a ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP ODPA_BACST P21873 1 ;MGVKTFQFPFAEQLEKVAEQFPTFQILNEEGEVVNEEAMPELSDEQLKELMRRMVYTRILDQRSISLNRQGRLGFYAPTA GQEASQIASHFALEKEDFILPGYRDVPQIIWHGLPLYQAFLFSRGHFHGNQIPEGVNVLPPQIIIGAQYIQAAGVALGLK MRGKKAVAITYTGDGGTSQGDFYEGINFAGAFKAPAIFVVQNNRFAISTPVEKQTVAKTLAQKAVAAGIPGIQVDGMDPL AVYAAVKAARERAINGEGPTLIETLCFRYGPHTMSGDDPTRYRSKELENEWAKKDPLVRFRKFLEAKGLWSEEEENNVIE QAKEEIKEAIKKADETPKQKVTDLISIMFEELPFNLKEQYEIYKEKESK ; 1 ? 2 UNP ODPB_BACST P21874 2 ;MAQMTMVQAITDALRIELKNDPNVLIFGEDVGVNGGVFRATEGLQAEFGEDRVFDTPLAESGIGGLAIGLALQGFRPVPE IQFFGFVYEVMDSICGQMARIRYRTGGRYHMPITIRSPFGGGVHTPELHSDSLEGLVAQQPGLKVVIPSTPYDAKGLLIS AIRDNDPVIFLEHLKLYRSFRQEVPEGEYTIPIGKADIKREGKDITIIAYGAMVHESLKAAAELEKEGISAEVVDLRTVQ PLDIETIIGSVEKTGRAIVVQEAQRQAGIAANVVAEINERAILSLEAPVLRVAAPDTVYPFAQAESVWLPNFKDVIETAK KVMNF ; 1 ? 3 UNP ODP2_BACST P11961 3 ;MAFEFKLPDIGEGIHEGEIVKWFVKPGDEVNEDDVLCEVQNDKAVVEIPSPVKGKVLEILVPEGTVATVGQTLITLDAPG YENMTFKGQEQEEAKKEEKTETVSKEEKVDAVAPNAPAAEAEAGPNRRVIAMPSVRKYAREKGVDIRLVQGTGKNGRVLK EDIDAFLAGGAKPAPAAAEEKAAPAAAKPATTEGEFPETREKMSGIRRAIAKAMVHSKHTAPHVTLMDEADVTKLVAHRK KFKAIAAEKGIKLTFLPYVVKALVSALREYPVLNTSIDDETEEIIQKHYYNIGIAADTDRGLLVPVIKHADRKPIFALAQ EINELAEKARDGKLTPGEMKGASCTITNIGSAGGQWFTPVINHPEVAILGIGRIAEKPIVRDGEIVAAPMLALSLSFDHR MIDGATAQKALNHIKRLLSDPELLLMEA ; 1 ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 3DV0 A 1 ? 369 ? 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'2-{4-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-3-METHYLTHIOPHEN-2-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE' 3-DEAZA-THDP 'C13 H19 N3 O7 P2 S' 423.318 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 3DV0 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 1.82 _exptl_crystal.density_percent_sol 32.58 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP' _exptl_crystal_grow.temp 291.15 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 5.5 _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details ;10-15% PEG 4K, 0.2 M imidazole malate pH 5 in the presence of 5 mM 3-deazaThDP. The crystals were soaked with 10mM pyruvate for 3-day, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K ; # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'ADSC QUANTUM 315' _diffrn_detector.pdbx_collection_date ? _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 0.9793 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'ESRF BEAMLINE ID29' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ESRF _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ID29 _diffrn_source.pdbx_wavelength ? _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 0.9793 # _reflns.entry_id 3DV0 _reflns.observed_criterion_sigma_I 2.6 _reflns.observed_criterion_sigma_F 2.6 _reflns.d_resolution_low 85 _reflns.d_resolution_high 2.5 _reflns.number_obs 110687 _reflns.number_all 110903 _reflns.percent_possible_obs 87.5 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.098 _reflns.pdbx_Rsym_value 0.110 _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 11.6 _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? 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LEU C 219 ALA C 226 5 ? 8 HELX_P HELX_P46 46 ASP C 238 ? ASN C 255 ? ASP C 237 ASN C 254 1 ? 18 HELX_P HELX_P47 47 GLU C 290 ? LYS C 294 ? GLU C 289 LYS C 293 5 ? 5 HELX_P HELX_P48 48 ASP C 295 ? ALA C 306 ? ASP C 294 ALA C 305 1 ? 12 HELX_P HELX_P49 49 SER C 311 ? GLU C 335 ? SER C 310 GLU C 334 1 ? 25 HELX_P HELX_P50 50 LYS C 340 ? ILE C 347 ? LYS C 339 ILE C 346 1 ? 8 HELX_P HELX_P51 51 PRO C 353 ? GLU C 367 ? PRO C 352 GLU C 366 1 ? 15 HELX_P HELX_P52 52 THR D 5 ? ASP D 21 ? THR D 4 ASP D 20 1 ? 17 HELX_P HELX_P53 53 GLY D 43 ? GLY D 49 ? GLY D 42 GLY D 48 1 ? 7 HELX_P HELX_P54 54 ALA D 59 ? GLN D 73 ? ALA D 58 GLN D 72 1 ? 15 HELX_P HELX_P55 55 PHE D 83 ? GLU D 89 ? PHE D 82 GLU D 88 5 ? 7 HELX_P HELX_P56 56 VAL D 90 ? GLY D 96 ? VAL D 89 GLY D 95 1 ? 7 HELX_P HELX_P57 57 GLN D 97 ? ALA D 99 ? GLN D 96 ALA D 98 5 ? 3 HELX_P HELX_P58 58 ARG D 100 ? THR D 105 ? ARG D 99 THR D 104 1 ? 6 HELX_P HELX_P59 59 LEU D 133 ? ALA D 138 ? 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ILE I 163 GLY I 169 1 ? 7 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLN 240 B . ? GLN 239 B PRO 241 B ? PRO 240 B 1 0.06 2 GLY 270 C . ? GLY 269 C PRO 271 C ? PRO 270 C 1 -0.22 3 GLN 240 D . ? GLN 239 D PRO 241 D ? PRO 240 D 1 0.21 4 GLN 240 F . ? GLN 239 F PRO 241 F ? 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LEU B 289 ALA B 293 G 1 THR C 23 ? PHE C 24 ? THR C 22 PHE C 23 G 2 GLY C 231 ? ASP C 235 ? GLY C 230 ASP C 234 G 3 THR C 260 ? LEU C 265 ? THR C 259 LEU C 264 G 4 ALA C 196 ? ASN C 202 ? ALA C 195 ASN C 201 G 5 ALA C 168 ? GLY C 173 ? ALA C 167 GLY C 172 G 6 PHE C 98 ? LEU C 100 ? PHE C 97 LEU C 99 H 1 PHE C 205 ? ALA C 206 ? PHE C 204 ALA C 205 H 2 THR C 209 ? PRO C 210 ? THR C 208 PRO C 209 I 1 GLN D 3 ? MET D 4 ? GLN D 2 MET D 3 I 2 GLN D 182 ? GLU D 183 ? GLN D 181 GLU D 182 J 1 VAL D 53 ? ASP D 55 ? VAL D 52 ASP D 54 J 2 VAL D 24 ? GLY D 28 ? VAL D 23 GLY D 27 J 3 ARG D 76 ? PRO D 79 ? ARG D 75 PRO D 78 K 1 THR D 114 ? PHE D 119 ? THR D 113 PHE D 118 K 2 VAL D 168 ? HIS D 173 ? VAL D 167 HIS D 172 K 3 LYS D 144 ? VAL D 146 ? LYS D 143 VAL D 145 L 1 ASP D 197 ? ARG D 200 ? ASP D 196 ARG D 199 L 2 ALA D 231 ? ASP D 235 ? ALA D 230 ASP D 234 L 3 ILE D 205 ? ALA D 209 ? ILE D 204 ALA D 208 L 4 ALA D 257 ? GLN D 264 ? ALA D 256 GLN D 263 L 5 LEU D 290 ? ALA D 294 ? 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PHE CE2 HE2 sing N N 257 PHE CZ HZ sing N N 258 PHE OXT HXT sing N N 259 PRO N CA sing N N 260 PRO N CD sing N N 261 PRO N H sing N N 262 PRO CA C sing N N 263 PRO CA CB sing N N 264 PRO CA HA sing N N 265 PRO C O doub N N 266 PRO C OXT sing N N 267 PRO CB CG sing N N 268 PRO CB HB2 sing N N 269 PRO CB HB3 sing N N 270 PRO CG CD sing N N 271 PRO CG HG2 sing N N 272 PRO CG HG3 sing N N 273 PRO CD HD2 sing N N 274 PRO CD HD3 sing N N 275 PRO OXT HXT sing N N 276 PYR C O doub N N 277 PYR C OXT sing N N 278 PYR C CA sing N N 279 PYR OXT HXT sing N N 280 PYR CA O3 doub N N 281 PYR CA CB sing N N 282 PYR CB HB1 sing N N 283 PYR CB HB2 sing N N 284 PYR CB HB3 sing N N 285 SER N CA sing N N 286 SER N H sing N N 287 SER N H2 sing N N 288 SER CA C sing N N 289 SER CA CB sing N N 290 SER CA HA sing N N 291 SER C O doub N N 292 SER C OXT sing N N 293 SER CB OG sing N N 294 SER CB HB2 sing N N 295 SER CB HB3 sing N N 296 SER OG HG sing N N 297 SER OXT HXT sing N N 298 THR N CA sing N N 299 THR N H 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