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'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ? 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 3FKU _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 3.82 _exptl_crystal.density_percent_sol 67.78 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP' _exptl_crystal_grow.temp 295 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 8.5 _exptl_crystal_grow.pdbx_details '12.5% PEG 1K, 25% ethylene glycol, 100 mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K' _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range . # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'MARMOSAIC 325 mm CCD' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2008-03-21 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator 'Si(111)' _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 1.0 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'SSRL BEAMLINE BL9-2' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site SSRL _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline BL9-2 _diffrn_source.pdbx_wavelength ? 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'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.d_res_high 3.200 _refine_ls_shell.d_res_low 3.283 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 6225 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.317 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 68.37 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.383 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 346 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # _struct.entry_id 3FKU _struct.title 'Crystal structure of influenza hemagglutinin (H5) in complex with a broadly neutralizing antibody F10' _struct.pdbx_descriptor 'Hemagglutinin, Neutralizing antibody F10' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3FKU _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' _struct_keywords.text ;influenza, hemagglutinin, neutralizing antibody, scFv, H5, F10, Cell membrane, Envelope protein, Fusion protein, Membrane, Transmembrane, Virion, Cleavage on pair of basic residues, Glycoprotein, Lipoprotein, Palmitate, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX ; # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 1 ? H N N 2 ? I N N 1 ? J N N 2 ? K N N 1 ? L N N 2 ? M N N 3 ? N N N 3 ? O N N 3 ? P N N 3 ? Q N N 3 ? R N N 3 ? S N N 4 ? T N N 5 ? U N N 4 ? V N N 5 ? W N N 4 ? X N N 5 ? Y N N 4 ? Z N N 5 ? AA N N 4 ? BA N N 5 ? CA N N 4 ? DA N N 5 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ;Two biological assemblies are present in the asymmetric unit. Chains A, B, C, D, E, F, X, Y, Z constitute one assembly. Chains G, H, I, J, K, L, S, T, U constitute the other assembly. ; # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 SER A 64 ? GLY A 71 ? SER A 60 GLY A 67 1 ? 8 HELX_P HELX_P2 2 CYS A 75 ? ILE A 79 ? CYS A 71 ILE A 75 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 3 ASP A 105 ? LEU A 113 ? ASP A 101 LEU A 109 1 ? 9 HELX_P HELX_P4 4 PRO A 126 ? TRP A 130 ? PRO A 122 TRP A 126 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 5 ASP A 191 ? TYR A 199 ? ASP A 187 TYR A 195 1 ? 9 HELX_P HELX_P6 6 ASP B 37 ? ASP B 57 ? ASP B 37 ASP B 57 1 ? 21 HELX_P HELX_P7 7 GLU B 74 ? LEU B 126 ? GLU B 74 LEU B 126 1 ? 53 HELX_P HELX_P8 8 ASP B 145 ? ASN B 154 ? ASP B 145 ASN B 154 1 ? 10 HELX_P HELX_P9 9 ASP B 158 ? ILE B 173 ? ASP B 158 ILE B 173 1 ? 16 HELX_P HELX_P10 10 SER C 64 ? GLY C 71 ? SER C 60 GLY C 67 1 ? 8 HELX_P HELX_P11 11 CYS C 75 ? ILE C 79 ? CYS C 71 ILE C 75 5 ? 5 HELX_P HELX_P12 12 ASP C 105 ? ARG C 115 ? ASP C 101 ARG C 111 1 ? 11 HELX_P HELX_P13 13 PRO C 126 ? TRP C 130 ? PRO C 122 TRP C 126 5 ? 5 HELX_P HELX_P14 14 ASP C 191 ? GLN C 200 ? ASP C 187 GLN C 196 1 ? 10 HELX_P HELX_P15 15 ASP D 37 ? MET D 59 ? ASP D 37 MET D 59 1 ? 23 HELX_P HELX_P16 16 GLU D 74 ? LEU D 126 ? GLU D 74 LEU D 126 1 ? 53 HELX_P HELX_P17 17 ASP D 145 ? ASN D 154 ? ASP D 145 ASN D 154 1 ? 10 HELX_P HELX_P18 18 ASP D 158 ? GLN D 161 ? ASP D 158 GLN D 161 5 ? 4 HELX_P HELX_P19 19 TYR D 162 ? ILE D 173 ? 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ASP J 145 ASN J 154 1 ? 10 HELX_P HELX_P48 48 ASP J 158 ? SER J 174 ? ASP J 158 SER J 174 1 ? 17 HELX_P HELX_P49 49 VAL K 65 ? LEU K 70 ? VAL K 61 LEU K 66 1 ? 6 HELX_P HELX_P50 50 ASN K 72 ? ILE K 79 ? ASN K 68 ILE K 75 5 ? 8 HELX_P HELX_P51 51 ASP K 105 ? LEU K 113 ? ASP K 101 LEU K 109 1 ? 9 HELX_P HELX_P52 52 SER K 114 ? ILE K 116 ? SER K 110 ILE K 112 5 ? 3 HELX_P HELX_P53 53 PRO K 126 ? TRP K 130 ? PRO K 122 TRP K 126 5 ? 5 HELX_P HELX_P54 54 ASP K 191 ? GLN K 200 ? ASP K 187 GLN K 196 1 ? 10 HELX_P HELX_P55 55 ASP L 37 ? ASN L 53 ? ASP L 37 ASN L 53 1 ? 17 HELX_P HELX_P56 56 GLU L 74 ? LEU L 126 ? GLU L 74 LEU L 126 1 ? 53 HELX_P HELX_P57 57 ASP L 145 ? ASN L 154 ? ASP L 145 ASN L 154 1 ? 10 HELX_P HELX_P58 58 TYR L 162 ? SER L 174 ? TYR L 162 SER L 174 1 ? 13 HELX_P HELX_P59 59 GLN M 62 ? GLN M 65 ? GLN X 62 GLN X 65 5 ? 4 HELX_P HELX_P60 60 GLN M 219 ? GLU M 223 ? GLN X 219 GLU X 223 5 ? 5 HELX_P HELX_P61 61 GLN N 62 ? GLN N 65 ? 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GLN U 219 GLU U 223 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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C CYS 98 SG ? ? ? 1_555 C CYS 143 SG ? ? C CYS 94 C CYS 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? ? disulf11 disulf ? ? C CYS 286 SG ? ? ? 1_555 C CYS 310 SG ? ? C CYS 282 C CYS 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? ? disulf12 disulf ? ? D CYS 144 SG ? ? ? 1_555 D CYS 148 SG ? ? D CYS 144 D CYS 148 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? ? disulf13 disulf ? ? E CYS 12 SG ? ? ? 1_555 F CYS 137 SG ? ? E CYS 8 F CYS 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? ? disulf14 disulf ? ? E CYS 50 SG ? ? ? 1_555 E CYS 282 SG ? ? E CYS 46 E CYS 278 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? ? disulf15 disulf ? ? E CYS 63 SG ? ? ? 1_555 E CYS 75 SG ? ? E CYS 59 E CYS 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? ? disulf16 disulf ? ? E CYS 98 SG ? ? ? 1_555 E CYS 143 SG ? ? E CYS 94 E CYS 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? ? disulf17 disulf ? ? E CYS 286 SG ? ? ? 1_555 E CYS 310 SG ? ? E CYS 282 E CYS 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.050 ? ? disulf18 disulf ? ? F CYS 144 SG ? ? ? 1_555 F CYS 148 SG ? ? F CYS 144 F CYS 148 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? ? disulf19 disulf ? ? G CYS 50 SG ? ? ? 1_555 G CYS 282 SG ? ? G CYS 46 G CYS 278 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? ? disulf20 disulf ? ? G CYS 63 SG ? ? ? 1_555 G CYS 75 SG ? ? G CYS 59 G CYS 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? ? disulf21 disulf ? ? G CYS 98 SG ? ? ? 1_555 G CYS 143 SG ? ? G CYS 94 G CYS 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? ? disulf22 disulf ? ? G CYS 286 SG ? ? ? 1_555 G CYS 310 SG ? ? G CYS 282 G CYS 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? ? disulf23 disulf ? ? H CYS 144 SG ? ? ? 1_555 H CYS 148 SG ? ? H CYS 144 H CYS 148 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? disulf24 disulf ? ? I CYS 12 SG ? ? ? 1_555 J CYS 137 SG ? ? I CYS 8 J CYS 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? ? disulf25 disulf ? ? I CYS 50 SG ? ? ? 1_555 I CYS 282 SG ? ? I CYS 46 I CYS 278 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? ? disulf26 disulf ? ? I CYS 63 SG ? ? ? 1_555 I CYS 75 SG ? ? I CYS 59 I CYS 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? ? disulf27 disulf ? ? I CYS 98 SG ? ? ? 1_555 I CYS 143 SG ? ? I CYS 94 I CYS 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? ? disulf28 disulf ? ? I CYS 286 SG ? ? ? 1_555 I CYS 310 SG ? ? I CYS 282 I CYS 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? ? disulf29 disulf ? ? J CYS 144 SG ? ? ? 1_555 J CYS 148 SG ? ? J CYS 144 J CYS 148 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? ? disulf30 disulf ? ? K CYS 12 SG ? ? ? 1_555 L CYS 137 SG ? ? K CYS 8 L CYS 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? ? disulf31 disulf ? ? K CYS 50 SG ? ? ? 1_555 K CYS 282 SG ? ? K CYS 46 K CYS 278 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? ? disulf32 disulf ? ? K CYS 63 SG ? ? ? 1_555 K CYS 75 SG ? ? K CYS 59 K CYS 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? ? disulf33 disulf ? ? K CYS 98 SG ? ? ? 1_555 K CYS 143 SG ? ? K CYS 94 K CYS 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? ? disulf34 disulf ? ? K CYS 286 SG ? ? ? 1_555 K CYS 310 SG ? ? K CYS 282 K CYS 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? ? disulf35 disulf ? ? L CYS 144 SG ? ? ? 1_555 L CYS 148 SG ? ? L CYS 144 L CYS 148 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf36 disulf ? ? M CYS 22 SG ? ? ? 1_555 M CYS 96 SG ? ? X CYS 22 X CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? ? disulf37 disulf ? ? M CYS 104 SG ? ? ? 1_555 M CYS 109 SG ? ? X CYS 104 X CYS 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? ? disulf38 disulf ? ? M CYS 161 SG ? ? ? 1_555 M CYS 228 SG ? ? X CYS 161 X CYS 228 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf39 disulf ? ? N CYS 22 SG ? ? ? 1_555 N CYS 96 SG ? ? Y CYS 22 Y CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? ? disulf40 disulf ? ? N CYS 104 SG ? ? ? 1_555 N CYS 109 SG ? ? Y CYS 104 Y CYS 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? ? disulf41 disulf ? ? N CYS 161 SG ? ? ? 1_555 N CYS 228 SG ? ? Y CYS 161 Y CYS 228 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf42 disulf ? ? O CYS 22 SG ? ? ? 1_555 O CYS 96 SG ? ? Z CYS 22 Z CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? ? disulf43 disulf ? ? O CYS 104 SG ? ? ? 1_555 O CYS 109 SG ? ? Z CYS 104 Z CYS 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.086 ? ? disulf44 disulf ? ? O CYS 161 SG ? ? ? 1_555 O CYS 228 SG ? ? Z CYS 161 Z CYS 228 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.060 ? ? disulf45 disulf ? ? P CYS 22 SG ? ? ? 1_555 P CYS 96 SG ? ? S CYS 22 S CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf46 disulf ? ? P CYS 104 SG ? ? ? 1_555 P CYS 109 SG ? ? S CYS 104 S CYS 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? ? disulf47 disulf ? ? P CYS 161 SG ? ? ? 1_555 P CYS 228 SG ? ? S CYS 161 S CYS 228 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf48 disulf ? ? Q CYS 22 SG ? ? ? 1_555 Q CYS 96 SG ? ? T CYS 22 T CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? ? disulf49 disulf ? ? Q CYS 104 SG ? ? ? 1_555 Q CYS 109 SG ? ? T CYS 104 T CYS 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? ? disulf50 disulf ? ? Q CYS 161 SG ? ? ? 1_555 Q CYS 228 SG ? ? T CYS 161 T CYS 228 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? ? disulf51 disulf ? ? R CYS 22 SG ? ? ? 1_555 R CYS 96 SG ? ? U CYS 22 U CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? ? disulf52 disulf ? ? R CYS 104 SG ? ? ? 1_555 R CYS 109 SG ? ? U CYS 104 U CYS 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? ? disulf53 disulf ? ? R CYS 161 SG ? ? ? 1_555 R CYS 228 SG ? ? U CYS 161 U CYS 228 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? ? covale1 covale one ? A ASN 31 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? A ASN 27 M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 173 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? A ASN 169 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? C ASN 31 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? C ASN 27 O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? C ASN 173 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? C ASN 169 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? E ASN 31 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? E ASN 27 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? E ASN 173 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? E ASN 169 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? N-Glycosylation covale7 covale none ? G LYS 30 CD ? ? ? 1_555 Y NAG . C8 ? ? G LYS 26 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.494 ? ? covale8 covale none ? G LYS 30 NZ ? ? ? 1_555 Y NAG . C7 ? ? G LYS 26 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.277 ? ? covale9 covale none ? G LYS 30 NZ ? ? ? 1_555 Y NAG . O7 ? ? G LYS 26 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.391 ? ? covale10 covale one ? G ASN 31 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? G ASN 27 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? G ASN 173 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? G ASN 169 W NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? I ASN 31 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? I ASN 27 a NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? I ASN 173 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? I ASN 169 b NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? K ASN 31 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? K ASN 27 c NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? K ASN 173 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? K ASN 169 d NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? N-Glycosylation covale16 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale17 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale18 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T BMA . C1 ? ? N NAG 2 N BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? ? covale19 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? ? covale20 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale21 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V BMA . C1 ? ? P NAG 2 P BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale22 covale both ? W NAG . O4 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? Q NAG 1 Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale23 covale both ? X NAG . O4 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? R NAG 1 R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? covale24 covale both ? X NAG . O4 ? ? ? 1_555 X BMA . C1 ? ? R NAG 2 R BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? ? covale25 covale both ? Y NAG . O4 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? V NAG 1 V NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale26 covale both ? Z NAG . O4 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? W NAG 1 W NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale27 covale both ? Z NAG . O4 ? ? ? 1_555 Z BMA . C1 ? ? W NAG 2 W BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.463 ? ? covale28 covale both ? AA NAG . O4 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? a NAG 1 a NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale29 covale both ? BA NAG . O4 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? b NAG 1 b NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale30 covale both ? BA NAG . O4 ? ? ? 1_555 BA BMA . C1 ? ? b NAG 2 b BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? ? covale31 covale both ? CA NAG . O4 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? c NAG 1 c NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? ? covale32 covale both ? DA NAG . O4 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? d NAG 1 d NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale33 covale both ? DA NAG . O4 ? ? ? 1_555 DA BMA . C1 ? ? d NAG 2 d BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 5 ? B ? 2 ? C ? 2 ? D ? 3 ? E ? 2 ? F ? 2 ? G ? 5 ? H ? 5 ? I ? 2 ? J ? 2 ? K ? 3 ? L ? 5 ? 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anti-parallel AP 3 4 ? anti-parallel AQ 1 2 ? anti-parallel AR 1 2 ? anti-parallel AR 2 3 ? anti-parallel AS 1 2 ? anti-parallel AT 1 2 ? anti-parallel AU 1 2 ? parallel AU 2 3 ? parallel AV 1 2 ? parallel AW 1 2 ? parallel AW 2 3 ? parallel AX 1 2 ? anti-parallel AX 2 3 ? anti-parallel AX 3 4 ? anti-parallel AX 4 5 ? anti-parallel AY 1 2 ? anti-parallel AY 2 3 ? anti-parallel AY 3 4 ? anti-parallel AZ 1 2 ? anti-parallel BA 1 2 ? anti-parallel BB 1 2 ? anti-parallel BC 1 2 ? anti-parallel BC 2 3 ? anti-parallel BC 3 4 ? anti-parallel BC 4 5 ? anti-parallel BD 1 2 ? anti-parallel BE 1 2 ? anti-parallel BF 1 2 ? parallel BF 2 3 ? parallel BG 1 2 ? parallel BH 1 2 ? parallel BH 2 3 ? parallel BI 1 2 ? parallel BI 2 3 ? anti-parallel BI 3 4 ? anti-parallel BI 4 5 ? anti-parallel BJ 1 2 ? parallel BJ 2 3 ? anti-parallel BJ 3 4 ? anti-parallel BJ 4 5 ? anti-parallel BK 1 2 ? anti-parallel BL 1 2 ? anti-parallel BL 2 3 ? anti-parallel BM 1 2 ? anti-parallel BN 1 2 ? anti-parallel BN 2 3 ? anti-parallel BO 1 2 ? anti-parallel BO 2 3 ? anti-parallel BO 3 4 ? anti-parallel BP 1 2 ? parallel BP 2 3 ? anti-parallel BQ 1 2 ? anti-parallel BQ 2 3 ? anti-parallel BQ 3 4 ? anti-parallel BQ 4 5 ? anti-parallel BR 1 2 ? parallel BS 1 2 ? anti-parallel BS 2 3 ? anti-parallel BT 1 2 ? anti-parallel BT 2 3 ? anti-parallel BT 3 4 ? anti-parallel BU 1 2 ? anti-parallel BU 2 3 ? anti-parallel BU 3 4 ? anti-parallel BV 1 2 ? parallel BV 2 3 ? anti-parallel BV 3 4 ? anti-parallel BV 4 5 ? anti-parallel BV 5 6 ? anti-parallel BW 1 2 ? parallel BW 2 3 ? anti-parallel BW 3 4 ? anti-parallel BX 1 2 ? parallel BY 1 2 ? anti-parallel BY 2 3 ? anti-parallel BZ 1 2 ? anti-parallel BZ 2 3 ? anti-parallel CA 1 2 ? anti-parallel CA 2 3 ? anti-parallel CA 3 4 ? anti-parallel CB 1 2 ? anti-parallel CC 1 2 ? parallel CC 2 3 ? anti-parallel CC 3 4 ? anti-parallel CC 4 5 ? anti-parallel CC 5 6 ? anti-parallel CD 1 2 ? parallel CD 2 3 ? anti-parallel CD 3 4 ? anti-parallel CE 1 2 ? anti-parallel CF 1 2 ? parallel CF 2 3 ? anti-parallel CF 3 4 ? 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? 2 3 'Structure model' repository Remediation 'Carbohydrate remediation' ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' Advisory 2 2 'Structure model' 'Version format compliance' 3 3 'Structure model' Advisory 4 3 'Structure model' 'Atomic model' 5 3 'Structure model' 'Data collection' 6 3 'Structure model' 'Database references' 7 3 'Structure model' 'Derived calculations' 8 3 'Structure model' 'Structure summary' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 3 'Structure model' atom_site 2 3 'Structure model' chem_comp 3 3 'Structure model' database_PDB_caveat 4 3 'Structure model' entity 5 3 'Structure model' pdbx_branch_scheme 6 3 'Structure model' pdbx_chem_comp_identifier 7 3 'Structure model' pdbx_entity_branch 8 3 'Structure model' pdbx_entity_branch_descriptor 9 3 'Structure model' pdbx_entity_branch_link 10 3 'Structure model' pdbx_entity_branch_list 11 3 'Structure model' pdbx_entity_nonpoly 12 3 'Structure model' pdbx_nonpoly_scheme 13 3 'Structure model' pdbx_struct_assembly_gen 14 3 'Structure model' pdbx_validate_chiral 15 3 'Structure model' pdbx_validate_close_contact 16 3 'Structure model' struct_asym 17 3 'Structure model' struct_conn 18 3 'Structure model' struct_ref_seq_dif 19 3 'Structure model' struct_site 20 3 'Structure model' struct_site_gen # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 3 'Structure model' '_atom_site.auth_asym_id' 2 3 'Structure model' '_atom_site.auth_seq_id' 3 3 'Structure model' '_atom_site.label_asym_id' 4 3 'Structure model' '_atom_site.label_entity_id' 5 3 'Structure model' '_chem_comp.name' 6 3 'Structure model' '_chem_comp.type' 7 3 'Structure model' '_entity.formula_weight' 8 3 'Structure model' '_entity.pdbx_description' 9 3 'Structure model' '_entity.pdbx_number_of_molecules' 10 3 'Structure model' '_entity.type' 11 3 'Structure model' '_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list' 12 3 'Structure model' '_pdbx_validate_chiral.auth_asym_id' 13 3 'Structure model' '_pdbx_validate_chiral.auth_seq_id' 14 3 'Structure model' '_pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2' 15 3 'Structure model' '_pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2' 16 3 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_dist_value' 17 3 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag' 18 3 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_role' 19 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id' 20 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id' 21 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id' 22 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_asym_id' 23 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_atom_id' 24 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_comp_id' 25 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_seq_id' 26 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id' 27 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id' 28 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id' 29 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_asym_id' 30 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_atom_id' 31 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_comp_id' 32 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_seq_id' 33 3 'Structure model' '_struct_ref_seq_dif.details' # loop_ _pdbx_refine_tls.id _pdbx_refine_tls.details _pdbx_refine_tls.method _pdbx_refine_tls.origin_x _pdbx_refine_tls.origin_y _pdbx_refine_tls.origin_z _pdbx_refine_tls.T[1][1] _pdbx_refine_tls.T[2][2] _pdbx_refine_tls.T[3][3] _pdbx_refine_tls.T[1][2] _pdbx_refine_tls.T[1][3] _pdbx_refine_tls.T[2][3] _pdbx_refine_tls.L[1][1] _pdbx_refine_tls.L[2][2] _pdbx_refine_tls.L[3][3] _pdbx_refine_tls.L[1][2] _pdbx_refine_tls.L[1][3] _pdbx_refine_tls.L[2][3] _pdbx_refine_tls.S[1][1] _pdbx_refine_tls.S[1][2] _pdbx_refine_tls.S[1][3] _pdbx_refine_tls.S[2][1] _pdbx_refine_tls.S[2][2] _pdbx_refine_tls.S[2][3] _pdbx_refine_tls.S[3][1] _pdbx_refine_tls.S[3][2] _pdbx_refine_tls.S[3][3] _pdbx_refine_tls.pdbx_refine_id 1 ? refined 28.6807 -24.1326 -73.9895 -0.0952 -0.2742 -0.2480 -0.0277 -0.0757 0.0869 0.4170 0.5916 4.7115 0.0547 -0.6853 -0.6607 -0.0230 0.2580 0.1750 -0.3901 -0.0439 0.0845 -0.2881 -0.3740 0.0669 'X-RAY DIFFRACTION' 2 ? refined 30.8224 -32.7922 -19.4521 -0.5458 -0.5393 -0.4373 0.0880 -0.0328 -0.0380 0.6325 1.0248 10.5637 0.3403 0.4674 1.6479 0.0283 0.0274 0.0712 0.0835 -0.0375 0.0337 -0.0695 0.0085 0.0092 'X-RAY DIFFRACTION' 3 ? refined 54.0374 -49.3112 -73.9528 -0.1487 -0.2762 -0.2470 0.0914 0.1321 0.0399 0.7740 0.4405 4.8296 0.0892 -0.0052 1.1262 -0.0754 0.3977 -0.0732 -0.2861 -0.0036 -0.1924 -0.1334 0.5412 0.0790 'X-RAY DIFFRACTION' 4 ? refined 45.5860 -46.6971 -19.4757 -0.5028 -0.5031 -0.4329 -0.0232 -0.0356 0.0748 0.4996 0.7145 9.7861 -0.1395 0.8341 -0.6805 -0.0809 0.0054 0.0024 0.1235 0.0247 -0.0121 0.1505 0.0249 0.0561 'X-RAY DIFFRACTION' 5 ? refined 19.4741 -58.6273 -73.9596 -0.2352 -0.1008 -0.2255 -0.0567 -0.0009 -0.1268 0.4211 0.4316 4.3746 0.0078 1.0901 -0.3839 -0.0626 0.2545 -0.1362 -0.2943 -0.0309 0.1305 0.4250 -0.1062 0.0934 'X-RAY DIFFRACTION' 6 ? refined 26.1761 -52.4960 -19.4207 -0.4623 -0.5206 -0.3980 -0.0184 0.0445 -0.0003 0.7926 0.6391 8.1892 -0.0265 -1.0971 0.1111 -0.0381 -0.0647 -0.1025 0.0126 -0.0840 0.0292 -0.0956 -0.2240 0.1222 'X-RAY DIFFRACTION' 7 ? refined 51.1970 3.2030 -98.5565 -0.2530 -0.2828 -0.1072 -0.0413 0.0692 0.0567 0.7460 1.1488 3.1745 0.1237 -0.1885 -0.9973 0.0489 -0.0316 -0.0937 -0.0563 0.0612 0.0972 0.2112 -0.4557 -0.1100 'X-RAY DIFFRACTION' 8 ? refined 58.6677 7.1539 -151.4976 0.1137 0.0655 -0.0212 0.0858 0.0475 -0.0080 1.2152 1.5102 13.3861 0.7701 1.8023 1.8675 -0.0533 0.5831 -0.1302 -0.5895 0.2730 0.0195 0.4402 0.4626 -0.2197 'X-RAY DIFFRACTION' 9 ? refined 87.1428 6.5301 -98.5204 -0.3190 -0.0818 -0.0086 0.0332 0.0388 -0.0704 0.7106 0.8275 3.7363 -0.0648 0.8299 0.6691 -0.0083 0.0063 -0.1581 -0.0641 -0.0013 -0.2757 0.2765 0.3589 0.0096 'X-RAY DIFFRACTION' 10 ? refined 79.8735 10.8217 -151.4003 0.0950 0.0796 0.0661 0.0563 0.1903 -0.1078 1.8035 0.8201 9.5503 0.1290 -2.2712 0.3964 0.0193 0.6178 -0.0638 -0.5256 0.1436 -0.2137 0.0089 0.2084 -0.1629 'X-RAY DIFFRACTION' 11 ? 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