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L ASP 447 OD2 # _cell.entry_id 3JA7 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.length_a_esd ? _cell.length_b_esd ? _cell.length_c_esd ? _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma_esd ? # _symmetry.entry_id 3JA7 _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? # _exptl.entry_id 3JA7 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.crystals_number ? # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews ? _exptl_crystal.density_percent_sol ? _exptl_crystal.description ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp ? _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength . _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _refine.entry_id 3JA7 _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_d_res_high 3.6 _refine.ls_d_res_low 3.6 _refine.pdbx_ls_sigma_F 0.0 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.ls_percent_reflns_obs 99.9300 _refine.ls_number_reflns_obs 880514 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.details ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs 0.2644 _refine.ls_R_factor_R_work 0.2644 _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free 0.2719 _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 0.2300 _refine.ls_number_reflns_R_free 2016 _refine.ls_number_reflns_R_work 878498 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.B_iso_mean 83.0196 _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML 0.4800 _refine.overall_SU_B ? _refine.solvent_model_details 'FLAT BULK SOLVENT MODEL' _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii 1.1100 _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii 0.9000 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ML _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.B_iso_max 302.600 _refine.B_iso_min 6.590 _refine.pdbx_overall_phase_error 28.3600 _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 41280 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 41280 _refine_hist.d_res_high 3.6300 _refine_hist.d_res_low 272.0 # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' f_bond_d 42060 0.009 ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' f_angle_d 56784 1.391 ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' f_chiral_restr 6240 0.060 ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' f_plane_restr 7404 0.006 ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' f_dihedral_angle_d 15876 15.882 ? ? ? # loop_ _refine_ls_shell.d_res_high _refine_ls_shell.d_res_low _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used _refine_ls_shell.percent_reflns_obs _refine_ls_shell.number_reflns_R_work _refine_ls_shell.R_factor_all _refine_ls_shell.R_factor_R_work _refine_ls_shell.R_factor_R_free _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_R_free _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error _refine_ls_shell.number_reflns_all _refine_ls_shell.number_reflns_obs _refine_ls_shell.pdbx_refine_id _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs 3.6302 3.7210 14 100.0000 62920 . 0.4277 0.3633 . 144 . 63064 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 3.7210 3.8216 14 100.0000 63223 . 0.3629 0.3258 . 168 . 63391 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 3.8216 3.9341 14 100.0000 62390 . 0.3138 0.2709 . 120 . 62510 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 3.9341 4.0611 14 100.0000 62960 . 0.3053 0.3465 . 156 . 63116 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 4.0611 4.2062 14 100.0000 62468 . 0.2859 0.3459 . 144 . 62612 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 4.2062 4.3747 14 100.0000 63134 . 0.2642 0.2628 . 144 . 63278 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 4.3747 4.5738 14 100.0000 62647 . 0.2555 0.2691 . 144 . 62791 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 4.5738 4.8149 14 100.0000 62572 . 0.2200 0.2157 . 132 . 62704 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 4.8149 5.1166 14 100.0000 63028 . 0.2228 0.1759 . 132 . 63160 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 5.1166 5.5117 14 100.0000 62484 . 0.2424 0.2468 . 144 . 62628 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 5.5117 6.0664 14 100.0000 62671 . 0.2825 0.3787 . 144 . 62815 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 6.0664 6.9443 14 100.0000 62871 . 0.2830 0.2233 . 180 . 63051 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 6.9443 8.7492 14 100.0000 62855 . 0.2586 0.3569 . 108 . 62963 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . 8.7492 272.7666 14 99.0000 62275 . 0.1833 0.2205 . 156 . 62431 . 'ELECTRON MICROSCOPY' . # _database_PDB_matrix.entry_id 3JA7 _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 3JA7 _struct.title 'Cryo-EM structure of the bacteriophage T4 portal protein assembly at near-atomic resolution' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3JA7 _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.text 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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_em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 3JA7 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method 'Cross-common lines' _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size 1.0 _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size 1.0 _em_3d_reconstruction.resolution 3.6 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details ;FSC was calculated from two independent reconstructions. Particles were selected using an automatic selection program. (Single particle--Applied symmetry: C12) ; _em_3d_reconstruction.num_particles 98000 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 15 _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name '20 mM Tris-HCl, 400 mM NaCl, 5 mM EDTA' _em_buffer.pH 7.8 _em_buffer.details '20 mM Tris-HCl, 400 mM NaCl, 5 mM EDTA' # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name 'T4 portal protein gp20' _em_entity_assembly.type VIRUS _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details dodecamer _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 3JA7 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.number_digital_images 839 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.entry_id 3JA7 _em_imaging.id 1 _em_imaging.date 2014-07-10 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.temperature 100 _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.nominal_defocus_min 1500 _em_imaging.nominal_defocus_max 2500 _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.nominal_magnification 29000 _em_imaging.calibrated_magnification 50000 _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.details ? _em_imaging.specimen_holder_type 'Liquid nitrogen-cooled' _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.recording_temperature_minimum 80 _em_imaging.recording_temperature_maximum 105 _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.citation_id ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details 'Quantifoil R1.2/1.3 holey carbon on 200 mesh copper' _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? _em_sample_support.method ? # _em_vitrification.entry_id 3JA7 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.details 'Blot for 7 seconds before plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3).' _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 90 _em_vitrification.temp 120 _em_vitrification.instrument 'GATAN CRYOPLUNGE 3' _em_vitrification.method 'Blot for 7 seconds before plunging' _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.specimen_id 1 # _em_experiment.entry_id 3JA7 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 3JA7 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C12 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A ARG 186 ? 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