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GKFQAALRAGAQD ; c ? 20 'polypeptide(L)' no no ;MLRALSTLGARPLGRPPAQFLLLARGRKTRHDPPAKSKIGRVATPPAVDPAEFFVLTERYRQYRQTVRALRQEFVTEVRR KVHEARAGVLAERKALQDAAEHRELMAWNQAENQRLHELRMARLRQEAREQEQWQAEEAAREAREAEAWARLKEQEVLQL QEDAKNFITRENLEARVEEALDSPKSYNWAVTREGQVVTPQHKGS ; ;MLRALSTLGARPLGRPPAQFLLLARGRKTRHDPPAKSKIGRVATPPAVDPAEFFVLTERYRQYRQTVRALRQEFVTEVRR KVHEARAGVLAERKALQDAAEHRELMAWNQAENQRLHELRMARLRQEAREQEQWQAEEAAREAREAEAWARLKEQEVLQL QEDAKNFITRENLEARVEEALDSPKSYNWAVTREGQVVTPQHKGS ; d ? 21 'polypeptide(L)' no no ;MAAPMVRRAIFLARNVLLPQLSLAGKRYLLSAAYEDSRKWEARAKEDCHLADLASLMDKTYERKLPVSSLTISRFVDNIS SREEIDHAEYYLYKFRHSPNCWYLRNWTIHTWIRQCLKYGAQDKALYTLVNKVQYGIFPDNYTFNLLMDHFIKKENYKDA LSVVFEIMMQEAFEVPSTQLLSLYVLYQCLAKKTDFSWEEERNFGASLLLPGLKQKNSVGLSSQLYGYALLGKVELQQGL RAVYHNMPLLWRPGYLDRALQVMEKVASSPEDGKLCREALGVLDRALKALTAPAQESPEEQPQEGEESPASEELMEQLDV EETEQSKLPRYVERYEALHSKLQALGKVESESLLTLTTQLVKEQLPTCEAEDIATYEQKLQEWHLELVNLIEREKEMREK ARLKHEARRAAKAAA ; ;MAAPMVRRAIFLARNVLLPQLSLAGKRYLLSAAYEDSRKWEARAKEDCHLADLASLMDKTYERKLPVSSLTISRFVDNIS SREEIDHAEYYLYKFRHSPNCWYLRNWTIHTWIRQCLKYGAQDKALYTLVNKVQYGIFPDNYTFNLLMDHFIKKENYKDA LSVVFEIMMQEAFEVPSTQLLSLYVLYQCLAKKTDFSWEEERNFGASLLLPGLKQKNSVGLSSQLYGYALLGKVELQQGL RAVYHNMPLLWRPGYLDRALQVMEKVASSPEDGKLCREALGVLDRALKALTAPAQESPEEQPQEGEESPASEELMEQLDV EETEQSKLPRYVERYEALHSKLQALGKVESESLLTLTTQLVKEQLPTCEAEDIATYEQKLQEWHLELVNLIEREKEMREK ARLKHEARRAAKAAA ; e ? 22 'polypeptide(L)' no no ;MAALCRTRAVTAESHFLRVFLFSRSCRGAGTESGSGSESSNSTEPRPRPGGFASALERHSELQRKAELARTRGSPKNVES FASMLRHSPLTQMGPAKDKIVIGRIFHIVENDLYIDFGGKFHCVCKRPEVDGEKYQKGTRVRLRLLDLELTSRFLGATTD TTILEAEAVLLGLQESKDSKSKEERRENK ; ;MAALCRTRAVTAESHFLRVFLFSRSCRGAGTESGSGSESSNSTEPRPRPGGFASALERHSELQRKAELARTRGSPKNVES FASMLRHSPLTQMGPAKDKIVIGRIFHIVENDLYIDFGGKFHCVCKRPEVDGEKYQKGTRVRLRLLDLELTSRFLGATTD TTILEAEAVLLGLQESKDSKSKEERRENK ; f ? 23 'polypeptide(L)' no no ;MLKGMTRLVSRVHKLDPGRFSHLGTQAPQCPVAHLDNQVPTERTRAISRTLENDPAKHGEQHVGQHYNISIQELKTVFPH 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WEKKKTEADMEEYVWKDSASEKNILETLFQIKAAEKNTELSKEELLSTKEVEDYKNSVVSLKNEGDNENTISQYKESVKR LLHLM ; k ? 28 'polypeptide(L)' no no ;MATPSLRGRLARLGNPRKPILKPNKPLILANHVGERRREKGEATCITEMSIMMACWKQNEFRDEACKKEIRDFFDCASRA EAARKMRSIQEDLGELGSLPPRKLNKLLQRFPNKPHLS ; ;MATPSLRGRLARLGNPRKPILKPNKPLILANHVGERRREKGEATCITEMSIMMACWKQNEFRDEACKKEIRDFFDCASRA EAARKMRSIQEDLGELGSLPPRKLNKLLQRFPNKPHLS ; m ? 29 'polypeptide(L)' no no ;MFLMRLTSQLLRAVPRAGCSGPWPVLGVLGRHACRPCYSTKPTGPSGVASLPGRRVHMELEEMLVPRKMSISPLESWLTI RYLLPRLDTGAPGTVSPAQLYECPPSRVGEGVEQGGKDVFDAPQMQCRNVLKIRRRKMNHHKYRKLVKRTRFLRRKVREA RLKRKQMKFERDLRRIWQKAGLKEAPPGWQTPKIYLKGK ; ;MFLMRLTSQLLRAVPRAGCSGPWPVLGVLGRHACRPCYSTKPTGPSGVASLPGRRVHMELEEMLVPRKMSISPLESWLTI RYLLPRLDTGAPGTVSPAQLYECPPSRVGEGVEQGGKDVFDAPQMQCRNVLKIRRRKMNHHKYRKLVKRTRFLRRKVREA RLKRKQMKFERDLRRIWQKAGLKEAPPGWQTPKIYLKGK ; n ? 30 'polypeptide(L)' no no ;MASVASARWLRVSCGLCVPLTARRAGPCGRTPSSRFYSGSAAVPKDEGADIAGTEEVVIPKKKTWDKVAVLQALASTVHR DTTAAPYAFQDDPYLIPTSSVESHSFLLAKKSGENAAKFIINSYPKYFQKDIAEPHIPCLMPE(UNK)(UNK)(UNK) 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56 A n 1 57 U n 1 58 C n 1 59 U n 1 60 A n 1 61 C n 1 62 A n 1 63 C n 1 64 C n 1 65 C n 1 66 C n 1 67 A n 1 68 G n 1 69 U n 1 70 G n 1 71 A n 1 72 G n 1 73 A n 1 74 A n 1 75 U n 1 76 G n 1 77 C n 1 78 C n 1 79 C n 1 80 U n 1 81 C n 1 82 U n 1 83 A n 1 84 G n 1 85 G n 1 86 U n 1 87 U n 1 88 A n 1 89 U n 1 90 U n 1 91 A n 1 92 A n 1 93 A n 1 94 A n 1 95 C n 1 96 U n 1 97 A n 1 98 A n 1 99 G n 1 100 A n 1 101 G n 1 102 G n 1 103 A n 1 104 G n 1 105 C n 1 106 U n 1 107 G n 1 108 G n 1 109 C n 1 110 A n 1 111 U n 1 112 C n 1 113 A n 1 114 A n 1 115 G n 1 116 C n 1 117 A n 1 118 C n 1 119 A n 1 120 C n 1 121 A n 1 122 C n 1 123 C n 1 124 C n 1 125 U n 1 126 G n 1 127 U n 1 128 A n 1 129 G n 1 130 C n 1 131 U n 1 132 C n 1 133 A n 1 134 C n 1 135 G n 1 136 A n 1 137 C n 1 138 G n 1 139 C n 1 140 C n 1 141 U n 1 142 U n 1 143 G n 1 144 C n 1 145 U n 1 146 U n 1 147 A n 1 148 A n 1 149 C n 1 150 C n 1 151 A n 1 152 C n 1 153 A n 1 154 C n 1 155 C n 1 156 C n 1 157 C n 1 158 A n 1 159 C n 1 160 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Based on statistical information derived from Relion classification, ~28% of the particles - those with low cross-correlation coefficient values with the 55S reference projections - were removed. ; _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 307556 _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name '20 mM HEPES-KOH, pH 7.6, 20 mM MgCl2, 40 mM KCl, 20 mM DTT' _em_buffer.pH 7.6 _em_buffer.details '20 mM HEPES-KOH, pH 7.6, 20 mM MgCl2, 40 mM KCl, 20 mM DTT' # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name 'small subunit of mitochondrial ribosome' _em_entity_assembly.type RIBOSOME _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.entry_id 3JD5 _em_imaging.id 1 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.date 2009-10-10 _em_imaging.temperature 100 _em_imaging.microscope_model 'JEOL 3200FS' _em_imaging.nominal_defocus_min 1000 _em_imaging.nominal_defocus_max 4500 _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode 'SPOT SCAN' _em_imaging.nominal_magnification 60000 _em_imaging.calibrated_magnification 59717 _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.details ? _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'GATAN LIQUID NITROGEN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.detector_distance 800 _em_imaging.recording_temperature_maximum 105 _em_imaging.recording_temperature_minimum 80 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details '300 mesh Quantifoil holey carbon copper grid, carbon support, glow-discharged in a plasma cleaner' _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? _em_sample_support.method ? # _em_vitrification.entry_id 3JD5 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.details 'Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I).' _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK I' _em_vitrification.method 'flash freezing' _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 3JD5 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 3JD5 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 MET B 91 ? ? -96.19 59.39 2 1 ARG B 136 ? ? -156.02 -0.46 3 1 GLU B 153 ? ? -97.75 -147.62 4 1 ARG B 158 ? 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? -88.04 33.34 35 1 LEU E 223 ? ? -93.14 -92.59 36 1 GLU E 235 ? ? -88.22 -71.88 37 1 TYR E 278 ? ? -114.08 63.78 38 1 GLU E 286 ? ? 59.31 17.12 39 1 HIS E 288 ? ? -156.98 -33.07 40 1 THR E 289 ? ? -134.59 -159.64 41 1 ILE E 290 ? ? -119.13 -164.26 42 1 TYR E 291 ? ? -101.49 -95.44 43 1 ARG E 315 ? ? -153.90 73.11 44 1 ILE E 327 ? ? -122.21 -54.88 45 1 PRO E 381 ? ? -69.79 80.60 46 1 PRO E 402 ? ? -64.56 97.13 47 1 SER E 423 ? ? -75.08 -85.53 48 1 LEU E 425 ? ? -105.83 -150.45 49 1 ALA E 429 ? ? -97.81 34.47 50 1 ALA F 12 ? ? -67.54 92.24 51 1 MET F 13 ? ? -106.15 -133.34 52 1 GLN F 14 ? ? -108.77 -162.44 53 1 ARG F 37 ? ? -79.20 -75.17 54 1 THR F 59 ? ? -128.93 -51.49 55 1 PRO F 71 ? ? -73.12 -116.35 56 1 THR F 72 ? ? -134.33 -59.03 57 1 ARG F 90 ? ? -156.35 86.66 58 1 GLU F 106 ? ? -154.61 -46.51 59 1 PRO F 110 ? ? -77.92 -125.94 60 1 LYS F 116 ? ? 57.12 72.07 61 1 LYS F 121 ? ? -107.69 -156.04 62 1 ALA G 56 ? ? -76.26 -74.23 63 1 THR G 71 ? ? 55.58 79.45 64 1 ALA G 79 ? ? -89.91 32.35 65 1 THR G 80 ? 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