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'MT2169, prcA, Rv2109c' ? ? ? ? ? ? 'Mycobacterium tuberculosis' 1773 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 469008 ? ? ? ? ? ? 'BL21(DE3)' ? ? ? ? ? ? ? Plasmid ? ? ? pACYCDuet ? ? 2 1 sample ? ? ? ? ? 'MT2170, prcB, Rv2110c' ? ? ? ? ? ? 'Mycobacterium tuberculosis' 1773 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 469008 ? ? ? ? ? ? 'BL21(DE3)' ? ? ? ? ? ? ? Plasmid ? ? ? pACYCDuet ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP PSA_MYCTU O33244 1 ;MSFPYFISPEQAMRERSELARKGIARAKSVVALAYAGGVLFVAENPSRSLQKISELYDRVGFAAAGKFNEFDNLRRGGIQ FADTRGYAYDRRDVTGRQLANVYAQTLGTIFTEQAKPYEVELCVAEVAHYGETKRPELYRITYDGSIADEPHFVVMGGTT EPIANALKESYAENASLTDALRIAVAALRAGSADTSGGDQPTLGVASLEVAVLDANRPRRAFRRITGSALQALLVDQESP QSDGESSG ; 1 ? 2 UNP PSB_MYCTU O33245 2 ;MTWPLPDRLSINSLSGTPAVDLSSFTDFLRRQAPELLPASISGGAPLAGGDAQLPHGTTIVALKYPGGVVMAGDRRSTQG NMISGRDVRKVYITDDYTATGIAGTAAVAVEFARLYAVELEHYEKLEGVPLTFAGKINRLAIMVRGNLAAAMQGLLALPL LAGYDIHASDPQSAGRIVSFDAAGGWNIEEEGYQAVGSGSLFAKSSMKKLYSQVTDGDSGLRVAVEALYDAADDDSATGG PDLVRGIFPTAVIIDADGAVDVPESRIAELARAIIESRSGADTFGSDGGEK ; 1 ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 3MKA A 1 ? 248 ? O33244 1 ? 248 ? 1 248 2 1 3MKA B 1 ? 248 ? O33244 1 ? 248 ? 1 248 3 2 3MKA C 1 ? 291 ? O33245 1 ? 291 ? -57 534 4 1 3MKA D 1 ? 248 ? O33244 1 ? 248 ? 1 248 5 2 3MKA E 1 ? 291 ? O33245 1 ? 291 ? -57 534 6 1 3MKA F 1 ? 248 ? O33244 1 ? 248 ? 1 248 7 2 3MKA G 1 ? 291 ? O33245 1 ? 291 ? -57 534 8 2 3MKA H 1 ? 291 ? O33245 1 ? 291 ? -57 534 9 1 3MKA I 1 ? 247 ? O33244 1 ? 248 ? 1 247 10 2 3MKA J 1 ? 291 ? O33245 1 ? 291 ? -57 534 11 1 3MKA K 1 ? 248 ? O33244 1 ? 248 ? 1 248 12 2 3MKA L 1 ? 291 ? O33245 1 ? 291 ? -57 534 13 1 3MKA M 1 ? 248 ? O33244 1 ? 248 ? 1 248 14 2 3MKA N 1 ? 291 ? O33245 1 ? 291 ? -57 534 15 1 3MKA O 1 ? 248 ? O33244 1 ? 248 ? 1 248 16 2 3MKA P 1 ? 291 ? O33245 1 ? 291 ? -57 534 17 1 3MKA Q 1 ? 248 ? O33244 1 ? 248 ? 1 248 18 2 3MKA R 1 ? 291 ? O33245 1 ? 291 ? -57 534 19 1 3MKA S 1 ? 248 ? O33244 1 ? 248 ? 1 248 20 2 3MKA T 1 ? 291 ? O33245 1 ? 291 ? -57 534 21 1 3MKA U 1 ? 248 ? O33244 1 ? 248 ? 1 248 22 2 3MKA V 1 ? 291 ? O33245 1 ? 291 ? -57 534 23 1 3MKA W 1 ? 248 ? O33244 1 ? 248 ? 1 248 24 2 3MKA X 1 ? 291 ? O33245 1 ? 291 ? -57 534 25 1 3MKA Y 1 ? 248 ? O33244 1 ? 248 ? 1 248 26 2 3MKA Z 1 ? 291 ? O33245 1 ? 291 ? -57 534 27 1 3MKA 1 1 ? 248 ? O33244 1 ? 248 ? 1 248 28 2 3MKA 2 1 ? 291 ? O33245 1 ? 291 ? -57 534 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 3 3MKA ALA C 58 ? UNP O33245 THR 58 'engineered mutation' 301 1 5 3MKA ALA E 58 ? UNP O33245 THR 58 'engineered mutation' 301 2 7 3MKA ALA G 58 ? UNP O33245 THR 58 'engineered mutation' 301 3 8 3MKA ALA H 58 ? UNP O33245 THR 58 'engineered mutation' 301 4 10 3MKA ALA J 58 ? UNP O33245 THR 58 'engineered mutation' 301 5 12 3MKA ALA L 58 ? UNP O33245 THR 58 'engineered mutation' 301 6 14 3MKA ALA N 58 ? UNP O33245 THR 58 'engineered mutation' 301 7 16 3MKA ALA P 58 ? UNP O33245 THR 58 'engineered mutation' 301 8 18 3MKA ALA R 58 ? UNP O33245 THR 58 'engineered mutation' 301 9 20 3MKA ALA T 58 ? UNP O33245 THR 58 'engineered mutation' 301 10 22 3MKA ALA V 58 ? UNP O33245 THR 58 'engineered mutation' 301 11 24 3MKA ALA X 58 ? UNP O33245 THR 58 'engineered mutation' 301 12 26 3MKA ALA Z 58 ? UNP O33245 THR 58 'engineered mutation' 301 13 28 3MKA ALA 2 58 ? UNP O33245 THR 58 'engineered mutation' 301 14 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 3MKA _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 2 # loop_ _exptl_crystal.id _exptl_crystal.density_meas _exptl_crystal.density_Matthews _exptl_crystal.density_percent_sol _exptl_crystal.description _exptl_crystal.F_000 _exptl_crystal.preparation 1 ? 2.30 46.61 ? ? ? 2 ? ? ? ? ? ? # loop_ _exptl_crystal_grow.crystal_id _exptl_crystal_grow.method _exptl_crystal_grow.temp _exptl_crystal_grow.temp_details _exptl_crystal_grow.pH _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range _exptl_crystal_grow.pdbx_details 1 'VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP' 277.0 ? 5.7 ? '60 mM sodium citrate (pH 5.7), 100 mM Glycine, and 14% PEG 6000, 100mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K' 2 'VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP' 294 ? 5.8 ? '60 mM sodium citrate (pH 5.8), 100 mM Glycine, and 14% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K' # loop_ _diffrn.id _diffrn.ambient_temp _diffrn.ambient_temp_details _diffrn.crystal_id 1 100 ? 1 2 100 ? 1 # loop_ _diffrn_detector.diffrn_id _diffrn_detector.detector _diffrn_detector.type _diffrn_detector.pdbx_collection_date _diffrn_detector.details 1 CCD 'ADSC QUANTUM 315' 2009-09-06 ? 2 CCD 'ADSC QUANTUM 315' 2009-10-22 ? # loop_ _diffrn_radiation.diffrn_id _diffrn_radiation.wavelength_id _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l _diffrn_radiation.monochromator _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type 1 1 M 'SI 111 CHANNEL' 'SINGLE WAVELENGTH' x-ray 2 1 M 'SI 111 CHANNEL' 'SINGLE WAVELENGTH' x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 1.000 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # loop_ _diffrn_source.diffrn_id _diffrn_source.source _diffrn_source.type _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline _diffrn_source.pdbx_wavelength _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 1 SYNCHROTRON 'NSLS BEAMLINE X25' NSLS X25 ? 1.000 2 SYNCHROTRON 'NSLS BEAMLINE X25' NSLS X25 ? 1.000 # _reflns.entry_id 3MKA _reflns.observed_criterion_sigma_I 0.0 _reflns.observed_criterion_sigma_F 0.0 _reflns.d_resolution_low 35.0 _reflns.d_resolution_high 2.50 _reflns.number_obs 219931 _reflns.number_all 233943 _reflns.percent_possible_obs 94.3 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.144 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 14.6 _reflns.B_iso_Wilson_estimate 57.6 _reflns.pdbx_redundancy 8.6 _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_diffrn_id 1,2 _reflns.pdbx_ordinal 1 # _reflns_shell.d_res_high 2.50 _reflns_shell.d_res_low 2.59 _reflns_shell.percent_possible_all 75.9 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.405 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 1.56 _reflns_shell.pdbx_redundancy 2.3 _reflns_shell.percent_possible_obs ? _reflns_shell.number_unique_all ? _reflns_shell.number_measured_all ? _reflns_shell.number_measured_obs ? _reflns_shell.number_unique_obs ? _reflns_shell.pdbx_chi_squared ? _reflns_shell.pdbx_diffrn_id ? _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 # _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.entry_id 3MKA _refine.ls_number_reflns_obs 219607 _refine.ls_number_reflns_all 233874 _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F 0.0 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF 5401264.88 _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF 0.000000 _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 29.77 _refine.ls_d_res_high 2.51 _refine.ls_percent_reflns_obs 93.9 _refine.ls_R_factor_obs 0.217 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.217 _refine.ls_R_factor_R_free 0.247 _refine.ls_R_factor_R_free_error 0.002 _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 5.0 _refine.ls_number_reflns_R_free 11800 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean 83.3 _refine.aniso_B[1][1] 0.00 _refine.aniso_B[2][2] 0.00 _refine.aniso_B[3][3] 0.00 _refine.aniso_B[1][2] 0.00 _refine.aniso_B[1][3] 0.00 _refine.aniso_B[2][3] 0.00 _refine.solvent_model_details 'FLAT MODEL' _refine.solvent_model_param_ksol 0.35 _refine.solvent_model_param_bsol 75.7622 _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details 'BULK SOLVENT MODEL USED' _refine.pdbx_starting_model 'PDB entry 2FHG' _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model RESTRAINED _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'Engh & Huber' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.B_iso_min ? _refine.B_iso_max ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? # _refine_analyze.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_analyze.entry_id 3MKA _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_obs 0.36 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_obs 0.52 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_obs 5.00 _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_free 0.40 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_free 0.55 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_free ? _refine_analyze.number_disordered_residues ? _refine_analyze.occupancy_sum_hydrogen ? _refine_analyze.occupancy_sum_non_hydrogen ? _refine_analyze.pdbx_Luzzati_d_res_high_obs ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 49700 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 101 _refine_hist.number_atoms_total 49801 _refine_hist.d_res_high 2.51 _refine_hist.d_res_low 29.77 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function c_bond_d 0.016 ? ? ? 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'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_restr_ncs.dom_id 1 _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details CONSTR _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position ? _refine_ls_restr_ncs.weight_position ? _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso ? _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso ? _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal 1 _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type . _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id . _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id 1 _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number ? _refine_ls_restr_ncs.pdbx_asym_id ? _refine_ls_restr_ncs.pdbx_rms ? _refine_ls_restr_ncs.pdbx_weight ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 10 _refine_ls_shell.d_res_high 2.51 _refine_ls_shell.d_res_low 2.59 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 15483 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.344 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 65.4 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.337 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error 0.011 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free 5.3 _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 862 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? # loop_ _pdbx_xplor_file.pdbx_refine_id _pdbx_xplor_file.serial_no _pdbx_xplor_file.param_file _pdbx_xplor_file.topol_file 'X-RAY DIFFRACTION' 1 protein_rep.param protein.top 'X-RAY DIFFRACTION' 2 water_rep.param water.top 'X-RAY DIFFRACTION' 3 ion.param ion.top # _struct_ncs_dom.id 1 _struct_ncs_dom.details ? _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id 1 # _struct_ncs_ens.id 1 _struct_ncs_ens.details ? # _struct.entry_id 3MKA _struct.title 'Crystal Structure of Mycobacterium Tuberculosis Proteasome with propetide and an T1A mutation at beta-subunit' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3MKA _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE _struct_keywords.text ;Mycobacterium tuberculosis, Proteasome Endopeptidase Complex, Protein Subunits, Propeptide, Protein maturation, Proteasome Assembly, HYDROLASE ; # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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