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A ALA 21 . A PRO 6 A ALA 21 3 ? 1 2 1 C PRO 6 . C ALA 21 . C PRO 6 C ALA 21 3 ? 1 1 2 A LEU 322 . A ASP 510 . A LEU 322 A ASP 510 3 ? 1 2 2 C LEU 322 . C ASP 510 . C LEU 322 C ASP 510 3 ? 1 1 3 A ILE 512 . A GLU 580 . A ILE 512 A GLU 580 3 ? 1 2 3 C ILE 512 . C GLU 580 . C ILE 512 C GLU 580 3 ? 2 1 1 B GLU 8 . B ALA 21 . B GLU 8 B ALA 21 3 ? 2 2 1 D GLU 8 . D ALA 21 . D GLU 8 D ALA 21 3 ? 2 1 2 B LEU 322 . B GLU 580 . B LEU 322 B GLU 580 3 ? 2 2 2 D LEU 322 . D GLU 580 . D LEU 322 D GLU 580 3 ? 3 1 1 A TYR 25 . A LEU 317 . A TYR 25 A LEU 317 3 ? 3 2 1 C TYR 25 . C LEU 317 . C TYR 25 C LEU 317 3 ? 4 1 1 B TYR 25 . B VAL 95 . B TYR 25 B VAL 95 3 ? 4 2 1 D TYR 25 . D VAL 95 . D TYR 25 D VAL 95 3 ? 4 1 2 B THR 97 . B LEU 317 . B THR 97 B LEU 317 4 ? 4 2 2 D THR 97 . D LEU 317 . D THR 97 D LEU 317 4 ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details 1 ? 2 ? 3 ? 4 ? # _struct.entry_id 3O4G _struct.title 'Structure and Catalysis of Acylaminoacyl Peptidase' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3O4G _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE _struct_keywords.text 'alpha/beta hydrolase fold, beta propeller, hydrolase, oligopeptidase, size selectivity' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 3 ? J N N 3 ? K N N 3 ? L N N 3 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details 'The biological assembly is homodimer. One dimer consists of chains A and B, and the other dimer consists of chains C and D.' # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 GLU A 8 ? VAL A 22 ? GLU A 8 VAL A 22 1 ? 15 HELX_P HELX_P2 2 LYS A 238 ? ARG A 244 ? LYS A 238 ARG A 244 1 ? 7 HELX_P HELX_P3 3 PRO A 323 ? ARG A 328 ? PRO A 323 ARG A 328 1 ? 6 HELX_P HELX_P4 4 ASP A 379 ? GLY A 389 ? ASP A 379 GLY A 389 1 ? 11 HELX_P HELX_P5 5 GLY A 404 ? LYS A 410 ? GLY A 404 LYS A 410 1 ? 7 HELX_P HELX_P6 6 GLY A 417 ? SER A 433 ? GLY A 417 SER A 433 1 ? 17 HELX_P HELX_P7 7 SER A 445 ? LYS A 458 ? SER A 445 LYS A 458 1 ? 14 HELX_P HELX_P8 8 ASP A 473 ? LEU A 480 ? ASP A 473 LEU A 480 1 ? 8 HELX_P HELX_P9 9 ASP A 482 ? GLY A 494 ? ASP A 482 GLY A 494 1 ? 13 HELX_P HELX_P10 10 SER A 496 ? ARG A 503 ? SER A 496 ARG A 503 1 ? 8 HELX_P HELX_P11 11 SER A 504 ? ILE A 512 ? SER A 504 ILE A 512 5 ? 9 HELX_P HELX_P12 12 LEU A 529 ? ARG A 542 ? LEU A 529 ARG A 542 1 ? 14 HELX_P HELX_P13 13 THR A 560 ? ARG A 581 ? THR A 560 ARG A 581 1 ? 22 HELX_P HELX_P14 14 GLU B 8 ? VAL B 22 ? GLU B 8 VAL B 22 1 ? 15 HELX_P HELX_P15 15 LYS B 238 ? ARG B 244 ? LYS B 238 ARG B 244 1 ? 7 HELX_P HELX_P16 16 PRO B 323 ? ILE B 330 ? PRO B 323 ILE B 330 1 ? 8 HELX_P HELX_P17 17 ASP B 379 ? ALA B 388 ? ASP B 379 ALA B 388 1 ? 10 HELX_P HELX_P18 18 GLY B 404 ? LYS B 410 ? GLY B 404 LYS B 410 1 ? 7 HELX_P HELX_P19 19 GLY B 417 ? SER B 433 ? GLY B 417 SER B 433 1 ? 17 HELX_P HELX_P20 20 SER B 445 ? LYS B 458 ? SER B 445 LYS B 458 1 ? 14 HELX_P HELX_P21 21 ASP B 473 ? LEU B 480 ? ASP B 473 LEU B 480 1 ? 8 HELX_P HELX_P22 22 ASP B 482 ? THR B 493 ? ASP B 482 THR B 493 1 ? 12 HELX_P HELX_P23 23 SER B 496 ? ARG B 503 ? SER B 496 ARG B 503 1 ? 8 HELX_P HELX_P24 24 SER B 504 ? ILE B 512 ? SER B 504 ILE B 512 5 ? 9 HELX_P HELX_P25 25 LEU B 529 ? ARG B 542 ? LEU B 529 ARG B 542 1 ? 14 HELX_P HELX_P26 26 THR B 560 ? LEU B 568 ? THR B 560 LEU B 568 1 ? 9 HELX_P HELX_P27 27 LEU B 568 ? ARG B 579 ? LEU B 568 ARG B 579 1 ? 12 HELX_P HELX_P28 28 GLU C 8 ? VAL C 22 ? GLU C 8 VAL C 22 1 ? 15 HELX_P HELX_P29 29 LYS C 238 ? ARG C 244 ? LYS C 238 ARG C 244 1 ? 7 HELX_P HELX_P30 30 PRO C 323 ? ARG C 328 ? PRO C 323 ARG C 328 1 ? 6 HELX_P HELX_P31 31 ASP C 379 ? GLY C 389 ? ASP C 379 GLY C 389 1 ? 11 HELX_P HELX_P32 32 GLY C 404 ? LYS C 410 ? GLY C 404 LYS C 410 1 ? 7 HELX_P HELX_P33 33 GLY C 417 ? SER C 433 ? GLY C 417 SER C 433 1 ? 17 HELX_P HELX_P34 34 SER C 445 ? LYS C 458 ? SER C 445 LYS C 458 1 ? 14 HELX_P HELX_P35 35 ASP C 473 ? LEU C 480 ? ASP C 473 LEU C 480 1 ? 8 HELX_P HELX_P36 36 ASP C 482 ? GLY C 494 ? ASP C 482 GLY C 494 1 ? 13 HELX_P HELX_P37 37 SER C 496 ? ARG C 503 ? SER C 496 ARG C 503 1 ? 8 HELX_P HELX_P38 38 SER C 504 ? ILE C 512 ? SER C 504 ILE C 512 5 ? 9 HELX_P HELX_P39 39 PRO C 528 ? ARG C 542 ? PRO C 528 ARG C 542 1 ? 15 HELX_P HELX_P40 40 THR C 560 ? ARG C 581 ? THR C 560 ARG C 581 1 ? 22 HELX_P HELX_P41 41 GLU D 8 ? VAL D 22 ? GLU D 8 VAL D 22 1 ? 15 HELX_P HELX_P42 42 LYS D 238 ? ARG D 244 ? LYS D 238 ARG D 244 1 ? 7 HELX_P HELX_P43 43 PRO D 323 ? SER D 329 ? PRO D 323 SER D 329 1 ? 7 HELX_P HELX_P44 44 ASP D 379 ? ALA D 388 ? ASP D 379 ALA D 388 1 ? 10 HELX_P HELX_P45 45 GLY D 404 ? LYS D 410 ? GLY D 404 LYS D 410 1 ? 7 HELX_P HELX_P46 46 GLY D 417 ? SER D 433 ? GLY D 417 SER D 433 1 ? 17 HELX_P HELX_P47 47 SER D 445 ? LYS D 458 ? SER D 445 LYS D 458 1 ? 14 HELX_P HELX_P48 48 ASP D 473 ? LEU D 480 ? ASP D 473 LEU D 480 1 ? 8 HELX_P HELX_P49 49 ASP D 482 ? THR D 493 ? ASP D 482 THR D 493 1 ? 12 HELX_P HELX_P50 50 SER D 496 ? ARG D 503 ? SER D 496 ARG D 503 1 ? 8 HELX_P HELX_P51 51 SER D 504 ? ILE D 512 ? SER D 504 ILE D 512 5 ? 9 HELX_P HELX_P52 52 LEU D 529 ? ARG D 542 ? LEU D 529 ARG D 542 1 ? 14 HELX_P HELX_P53 53 THR D 560 ? LEU D 568 ? THR D 560 LEU D 568 1 ? 9 HELX_P HELX_P54 54 LEU D 568 ? ARG D 579 ? LEU D 568 ARG D 579 1 ? 12 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 LEU 311 A . ? LEU 311 A PRO 312 A ? PRO 312 A 1 5.57 2 THR 358 A . ? THR 358 A PRO 359 A ? PRO 359 A 1 3.26 3 GLY 369 A . ? GLY 369 A PRO 370 A ? PRO 370 A 1 4.85 4 LEU 311 B . ? LEU 311 B PRO 312 B ? PRO 312 B 1 0.66 5 THR 358 B . ? THR 358 B PRO 359 B ? PRO 359 B 1 -2.32 6 GLY 369 B . ? GLY 369 B PRO 370 B ? PRO 370 B 1 6.87 7 LEU 311 C . ? LEU 311 C PRO 312 C ? PRO 312 C 1 7.14 8 THR 358 C . ? THR 358 C PRO 359 C ? PRO 359 C 1 -0.03 9 GLY 369 C . ? GLY 369 C PRO 370 C ? PRO 370 C 1 8.92 10 LEU 311 D . ? LEU 311 D PRO 312 D ? PRO 312 D 1 4.81 11 THR 358 D . ? THR 358 D PRO 359 D ? PRO 359 D 1 -3.60 12 GLY 369 D . ? GLY 369 D PRO 370 D ? PRO 370 D 1 8.60 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 4 ? B ? 4 ? C ? 5 ? D ? 4 ? E ? 4 ? F ? 4 ? G ? 4 ? H ? 16 ? I ? 4 ? J ? 4 ? K ? 5 ? L ? 4 ? M ? 4 ? N ? 4 ? O ? 4 ? P ? 4 ? Q ? 4 ? R ? 5 ? S ? 4 ? T ? 4 ? U ? 4 ? V ? 4 ? W ? 16 ? X ? 4 ? Y ? 4 ? Z ? 5 ? AA ? 4 ? AB ? 4 ? AC ? 4 ? AD ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? anti-parallel A 2 3 ? anti-parallel A 3 4 ? anti-parallel B 1 2 ? anti-parallel B 2 3 ? anti-parallel B 3 4 ? anti-parallel C 1 2 ? parallel C 2 3 ? anti-parallel C 3 4 ? anti-parallel C 4 5 ? anti-parallel D 1 2 ? anti-parallel D 2 3 ? anti-parallel D 3 4 ? anti-parallel E 1 2 ? anti-parallel E 2 3 ? anti-parallel E 3 4 ? anti-parallel F 1 2 ? anti-parallel F 2 3 ? anti-parallel F 3 4 ? anti-parallel G 1 2 ? anti-parallel G 2 3 ? anti-parallel G 3 4 ? anti-parallel H 1 2 ? anti-parallel H 2 3 ? anti-parallel H 3 4 ? parallel H 4 5 ? parallel H 5 6 ? parallel H 6 7 ? parallel H 7 8 ? parallel H 8 9 ? anti-parallel H 9 10 ? parallel H 10 11 ? parallel H 11 12 ? parallel H 12 13 ? parallel H 13 14 ? parallel H 14 15 ? anti-parallel H 15 16 ? anti-parallel I 1 2 ? anti-parallel I 2 3 ? anti-parallel I 3 4 ? anti-parallel J 1 2 ? anti-parallel J 2 3 ? anti-parallel J 3 4 ? anti-parallel K 1 2 ? parallel K 2 3 ? anti-parallel K 3 4 ? anti-parallel K 4 5 ? anti-parallel L 1 2 ? anti-parallel L 2 3 ? anti-parallel L 3 4 ? anti-parallel M 1 2 ? anti-parallel M 2 3 ? anti-parallel M 3 4 ? anti-parallel N 1 2 ? anti-parallel N 2 3 ? anti-parallel N 3 4 ? anti-parallel O 1 2 ? anti-parallel O 2 3 ? anti-parallel O 3 4 ? anti-parallel P 1 2 ? anti-parallel P 2 3 ? anti-parallel P 3 4 ? anti-parallel Q 1 2 ? anti-parallel Q 2 3 ? anti-parallel Q 3 4 ? anti-parallel R 1 2 ? parallel R 2 3 ? anti-parallel R 3 4 ? anti-parallel R 4 5 ? anti-parallel S 1 2 ? anti-parallel S 2 3 ? anti-parallel S 3 4 ? anti-parallel T 1 2 ? anti-parallel T 2 3 ? anti-parallel T 3 4 ? anti-parallel U 1 2 ? anti-parallel U 2 3 ? anti-parallel U 3 4 ? anti-parallel V 1 2 ? anti-parallel V 2 3 ? anti-parallel V 3 4 ? anti-parallel W 1 2 ? anti-parallel W 2 3 ? anti-parallel W 3 4 ? parallel W 4 5 ? parallel W 5 6 ? parallel W 6 7 ? parallel W 7 8 ? parallel W 8 9 ? anti-parallel W 9 10 ? parallel W 10 11 ? parallel W 11 12 ? parallel W 12 13 ? parallel W 13 14 ? parallel W 14 15 ? anti-parallel W 15 16 ? anti-parallel X 1 2 ? anti-parallel X 2 3 ? anti-parallel X 3 4 ? anti-parallel Y 1 2 ? anti-parallel Y 2 3 ? anti-parallel Y 3 4 ? anti-parallel Z 1 2 ? parallel Z 2 3 ? anti-parallel Z 3 4 ? anti-parallel Z 4 5 ? anti-parallel AA 1 2 ? anti-parallel AA 2 3 ? anti-parallel AA 3 4 ? anti-parallel AB 1 2 ? anti-parallel AB 2 3 ? anti-parallel AB 3 4 ? anti-parallel AC 1 2 ? anti-parallel AC 2 3 ? anti-parallel AC 3 4 ? anti-parallel AD 1 2 ? anti-parallel AD 2 3 ? anti-parallel AD 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 LYS A 24 ? VAL A 31 ? LYS A 24 VAL A 31 A 2 LYS A 35 ? SER A 42 ? LYS A 35 SER A 42 A 3 SER A 45 ? ASP A 52 ? SER A 45 ASP A 52 A 4 GLU A 55 ? LYS A 58 ? GLU A 55 LYS A 58 B 1 SER A 66 ? VAL A 67 ? SER A 66 VAL A 67 B 2 ARG A 76 ? ASP A 82 ? ARG A 76 ASP A 82 B 3 HIS A 90 ? ASN A 96 ? HIS A 90 ASN A 96 B 4 GLU A 103 ? ARG A 105 ? GLU A 103 ARG A 105 C 1 ASP A 69 ? PRO A 70 ? ASP A 69 PRO A 70 C 2 ARG A 113 ? ASP A 119 ? ARG A 113 ASP A 119 C 3 VAL A 124 ? ALA A 129 ? VAL A 124 ALA A 129 C 4 VAL A 134 ? ASP A 140 ? VAL A 134 ASP A 140 C 5 GLY A 143 ? LEU A 150 ? GLY A 143 LEU A 150 D 1 GLY A 154 ? ARG A 160 ? GLY A 154 ARG A 160 D 2 LEU A 163 ? GLY A 171 ? LEU A 163 GLY A 171 D 3 ARG A 174 ? ASN A 181 ? ARG A 174 ASN A 181 D 4 GLY A 185 ? PHE A 190 ? GLY A 185 PHE A 190 E 1 SER A 196 ? ILE A 202 ? SER A 196 ILE A 202 E 2 VAL A 208 ? GLU A 213 ? VAL A 208 GLU A 213 E 3 ALA A 218 ? VAL A 223 ? ALA A 218 VAL A 223 E 4 VAL A 230 ? ASP A 232 ? VAL A 230 ASP A 232 F 1 ALA A 247 ? TYR A 253 ? 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D 318 ? ? ? ? # loop_ _software.name _software.classification _software.version _software.citation_id _software.pdbx_ordinal MAR345dtb 'data collection' . ? 1 MOLREP phasing . ? 2 REFMAC refinement 5.5.0102 ? 3 XDS 'data reduction' . ? 4 XSCALE 'data scaling' . ? 5 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 GLU A 43 ? ? 39.19 39.36 2 1 ARG A 61 ? ? -102.26 -78.83 3 1 SER A 66 ? ? -170.64 -163.00 4 1 ALA A 148 ? ? -170.47 143.17 5 1 PHE A 153 ? ? -39.94 128.10 6 1 ARG A 216 ? ? -141.21 20.04 7 1 SER A 445 ? ? 60.25 -127.09 8 1 ARG B 61 ? ? -93.02 -79.19 9 1 SER B 84 ? ? -148.10 25.88 10 1 ARG B 216 ? ? -131.54 -114.67 11 1 ASP B 227 ? ? -152.22 1.78 12 1 PRO B 306 ? ? -39.82 125.97 13 1 ILE B 330 ? ? -105.07 67.88 14 1 ASP B 414 ? ? -156.34 60.49 15 1 SER B 445 ? ? 57.46 -116.14 16 1 HIS B 508 ? ? -143.14 25.57 17 1 ASN B 523 ? ? -146.92 49.37 18 1 GLU B 580 ? ? -97.14 48.49 19 1 ARG C 61 ? ? -104.64 -80.49 20 1 SER C 66 ? ? -172.08 -162.29 21 1 ALA C 148 ? ? -171.40 143.04 22 1 PHE C 153 ? ? -39.67 131.39 23 1 ARG C 216 ? ? -141.31 19.00 24 1 ASP C 414 ? ? -141.13 44.46 25 1 SER C 445 ? ? 60.16 -127.47 26 1 ARG D 61 ? ? -82.68 -86.51 27 1 TYR D 72 ? ? -39.21 124.62 28 1 SER D 84 ? ? -148.59 22.50 29 1 ALA D 148 ? ? -176.93 143.85 30 1 ARG D 216 ? ? -127.30 -109.14 31 1 TRP D 250 ? ? -171.70 146.98 32 1 PRO D 306 ? ? -39.89 132.10 33 1 ILE D 330 ? ? -102.95 66.06 34 1 TYR D 403 ? ? -140.21 33.30 35 1 ASP D 414 ? ? -157.04 58.19 36 1 SER D 445 ? ? 59.33 -117.59 37 1 HIS D 508 ? ? -142.29 26.96 38 1 ASN D 523 ? ? -146.23 51.34 39 1 THR D 527 ? ? -150.15 68.02 40 1 ALA D 554 ? ? -95.23 31.27 41 1 GLU D 580 ? ? -96.28 51.74 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_alt_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id 1 1 Y 1 A MET 5 ? 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