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Proc.Natl.Acad.Sci.USA 104 814 818 2007 PNASA6 US 0027-8424 0040 ? 17210917 10.1073/pnas.0606648104 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Aller, P.' 1 ? primary 'Duclos, S.' 2 ? primary 'Wallace, S.S.' 3 ? primary 'Doublie, S.' 4 ? 1 'Aller, P.' 5 ? 1 'Rould, M.A.' 6 ? 1 'Hogg, M.' 7 ? 1 'Wallace, S.S.' 8 ? 1 'Doublie, S.' 9 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'DNA polymerase' 105069.586 4 2.7.7.7 'D222A, D327A' ? ? 2 polymer syn ;DNA (5'-D(*CP*GP*AP*(CTG)*GP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3') ; 5584.621 4 ? ? ? 'DNA template' 3 polymer syn ;DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*A)-3') ; 4271.778 4 ? ? ? 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W N N 4 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP DPOL_BPR69 Q38087 1 ;MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGL EALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVE EWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAK RLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRY ISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPI PNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFN QRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRK LLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESK FRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRY AEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPK CPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPL EGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF ; 1 ? 2 PDB 3RMA 3RMA 2 CGATGAATGACAGCCGCG ? ? 3 PDB 3RMA 3RMA 3 GCGGCTGTCATTCA ? ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 3RMA A 1 ? 903 ? 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UNP Q38087 ASP 327 'engineered mutation' 327 17 4 3RMA HIS D 904 ? UNP Q38087 ? ? 'expression tag' 904 18 4 3RMA HIS D 905 ? UNP Q38087 ? ? 'expression tag' 905 19 4 3RMA HIS D 906 ? UNP Q38087 ? ? 'expression tag' 906 20 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_and_software_defined_assembly PISA trimeric 3 2 author_and_software_defined_assembly PISA trimeric 3 3 author_and_software_defined_assembly PISA trimeric 3 4 author_and_software_defined_assembly PISA trimeric 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 3600 ? 1 MORE -22 ? 1 'SSA (A^2)' 44120 ? 2 'ABSA (A^2)' 3500 ? 2 MORE -20 ? 2 'SSA (A^2)' 43920 ? 3 'ABSA (A^2)' 4270 ? 3 MORE -22 ? 3 'SSA (A^2)' 43060 ? 4 'ABSA (A^2)' 2970 ? 4 MORE -21 ? 4 'SSA (A^2)' 44230 ? # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,E,F,M,Q,R 2 1 B,G,H,N,S,T 3 1 C,I,J,O,U,V 4 1 D,K,L,P,W # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 ASN A 64 ? 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GLN A 354 PHE A 359 5 ? 6 HELX_P HELX_P16 16 SER A 360 ? GLN A 376 ? SER A 360 GLN A 376 1 ? 17 HELX_P HELX_P17 17 SER A 414 ? ASN A 424 ? SER A 414 ASN A 424 1 ? 11 HELX_P HELX_P18 18 SER A 426 ? GLU A 428 ? SER A 426 GLU A 428 5 ? 3 HELX_P HELX_P19 19 PRO A 438 ? ASN A 444 ? PRO A 438 ASN A 444 1 ? 7 HELX_P HELX_P20 20 GLY A 469 ? GLU A 501 ? GLY A 469 GLU A 501 1 ? 33 HELX_P HELX_P21 21 SER A 537 ? ASN A 572 ? SER A 537 ASN A 572 1 ? 36 HELX_P HELX_P22 22 ASP A 579 ? VAL A 608 ? ASP A 579 VAL A 608 1 ? 30 HELX_P HELX_P23 23 ALA A 629 ? GLY A 637 ? ALA A 629 GLY A 637 1 ? 9 HELX_P HELX_P24 24 GLU A 638 ? PHE A 641 ? GLU A 638 PHE A 641 5 ? 4 HELX_P HELX_P25 25 ASP A 643 ? ARG A 658 ? ASP A 643 ARG A 658 1 ? 16 HELX_P HELX_P26 26 ARG A 658 ? MET A 674 ? ARG A 658 MET A 674 1 ? 17 HELX_P HELX_P27 27 LEU A 730 ? LYS A 734 ? LEU A 730 LYS A 734 5 ? 5 HELX_P HELX_P28 28 PRO A 738 ? GLU A 755 ? PRO A 738 GLU A 755 1 ? 18 HELX_P HELX_P29 29 GLY A 756 ? GLU A 770 ? GLY A 756 GLU A 770 1 ? 15 HELX_P HELX_P30 30 PHE A 771 ? LEU A 774 ? PHE A 771 LEU A 774 5 ? 4 HELX_P HELX_P31 31 PRO A 802 ? LYS A 816 ? PRO A 802 LYS A 816 1 ? 15 HELX_P HELX_P32 32 ILE A 858 ? MET A 866 ? ILE A 858 MET A 866 1 ? 9 HELX_P HELX_P33 33 ASP A 867 ? PHE A 876 ? ASP A 867 PHE A 876 1 ? 10 HELX_P HELX_P34 34 PHE A 876 ? ALA A 887 ? PHE A 876 ALA A 887 1 ? 12 HELX_P HELX_P35 35 SER A 896 ? PHE A 901 ? SER A 896 PHE A 901 5 ? 6 HELX_P HELX_P36 36 PRO B 42 ? ALA B 46 ? PRO B 42 ALA B 46 5 ? 5 HELX_P HELX_P37 37 ASN B 64 ? GLY B 79 ? ASN B 64 GLY B 79 1 ? 16 HELX_P HELX_P38 38 ASP B 87 ? TYR B 97 ? ASP B 87 TYR B 97 1 ? 11 HELX_P HELX_P39 39 ASP B 104 ? ILE B 108 ? ASP B 104 ILE B 108 5 ? 5 HELX_P HELX_P40 40 SER B 163 ? LYS B 169 ? SER B 163 LYS B 169 1 ? 7 HELX_P HELX_P41 41 PRO B 179 ? ASP B 184 ? PRO B 179 ASP B 184 1 ? 6 HELX_P HELX_P42 42 GLU B 196 ? LYS B 208 ? GLU B 196 LYS B 208 1 ? 13 HELX_P HELX_P43 43 PHE B 221 ? GLY B 235 ? 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