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'C5 H11 N O2 S' 149.211 PB8 non-polymer . ;(2S)-2-[(3R)-3-(acetylamino)-3-(2-methylpropyl)-2-oxopyrrolidin-1-yl]-N-{(1R,2S)-3-(3,5-difluorophenyl)-1-hydroxy-1-[(3R)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-3-yl]propan-2-yl}-4-phenylbutanamide ; ? 'C38 H46 F2 N4 O4' 660.793 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.d_res_high 2.878 _refine_ls_shell.d_res_low 2.953 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 2615 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.294 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 86.24 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.495 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 142 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? # _struct.entry_id 3SKG _struct.title ;Crystal structure of beta-site app-cleaving enzyme 1 (BACE-WT) complex with (2S)-2-((3R)-3-acetamido-3-isobutyl-2-oxo-1-pyrrolidinyl)-N-((1S,2R)-1-(3,5-difluorobenzyl)-2-hydroxy-2-(1,2,3,4-tetrahydro-3-isoquinolinyl)ethyl)-4-phenylbutanamide ; _struct.pdbx_descriptor 'Beta-secretase 1 (E.C.3.4.23.46)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3SKG _struct_keywords.text ;Alzheimer's disease, BACE, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 3 ? J N N 3 ? K N N 3 ? L N N 3 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 GLN A 115 ? SER A 119 ? GLN A 53 SER A 57 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 2 TYR A 185 ? ALA A 189 ? TYR A 123 ALA A 127 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 3 PRO A 197 ? THR A 206 ? PRO A 135 THR A 144 1 ? 10 HELX_P HELX_P4 4 ASN A 224 ? SER A 231 ? ASN A 162 SER A 169 1 ? 8 HELX_P HELX_P5 5 ASP A 242 ? SER A 244 ? ASP A 180 SER A 182 5 ? 3 HELX_P HELX_P6 6 ASP A 278 ? ASN A 283 ? ASP A 216 ASN A 221 1 ? 6 HELX_P HELX_P7 7 LYS A 300 ? SER A 314 ? LYS A 238 SER A 252 1 ? 15 HELX_P HELX_P8 8 SER A 315 ? GLU A 317 ? SER A 253 GLU A 255 5 ? 3 HELX_P HELX_P9 9 PRO A 320 ? LEU A 325 ? PRO A 258 LEU A 263 1 ? 6 HELX_P HELX_P10 10 PRO A 338 ? PHE A 342 ? PRO A 276 PHE A 280 5 ? 5 HELX_P HELX_P11 11 LEU A 363 ? TYR A 367 ? LEU A 301 TYR A 305 1 ? 5 HELX_P HELX_P12 12 GLY A 396 ? GLU A 401 ? GLY A 334 GLU A 339 1 ? 6 HELX_P HELX_P13 13 ARG A 409 ? ARG A 411 ? ARG A 347 ARG A 349 5 ? 3 HELX_P HELX_P14 14 PHE B 61 ? VAL B 65 ? PHE B -1 VAL B 3 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 15 GLN B 115 ? SER B 119 ? GLN B 53 SER B 57 5 ? 5 HELX_P HELX_P16 16 TYR B 185 ? ALA B 189 ? TYR B 123 ALA B 127 5 ? 5 HELX_P HELX_P17 17 PRO B 197 ? THR B 206 ? PRO B 135 THR B 144 1 ? 10 HELX_P HELX_P18 18 ASN B 224 ? SER B 231 ? ASN B 162 SER B 169 1 ? 8 HELX_P HELX_P19 19 ASP B 242 ? SER B 244 ? ASP B 180 SER B 182 5 ? 3 HELX_P HELX_P20 20 ASP B 278 ? ASN B 283 ? ASP B 216 ASN B 221 1 ? 6 HELX_P HELX_P21 21 LYS B 300 ? SER B 314 ? LYS B 238 SER B 252 1 ? 15 HELX_P HELX_P22 22 PRO B 320 ? LEU B 325 ? PRO B 258 LEU B 263 1 ? 6 HELX_P HELX_P23 23 PRO B 338 ? PHE B 342 ? PRO B 276 PHE B 280 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 24 LEU B 363 ? TYR B 367 ? LEU B 301 TYR B 305 1 ? 5 HELX_P HELX_P25 25 GLY B 396 ? GLU B 401 ? GLY B 334 GLU B 339 1 ? 6 HELX_P HELX_P26 26 ARG B 409 ? ARG B 411 ? ARG B 347 ARG B 349 5 ? 3 HELX_P HELX_P27 27 GLN C 115 ? SER C 119 ? GLN D 53 SER D 57 5 ? 5 HELX_P HELX_P28 28 TYR C 185 ? ALA C 189 ? TYR D 123 ALA D 127 5 ? 5 HELX_P HELX_P29 29 PRO C 197 ? GLN C 205 ? PRO D 135 GLN D 143 1 ? 9 HELX_P HELX_P30 30 ASN C 224 ? SER C 231 ? ASN D 162 SER D 169 1 ? 8 HELX_P HELX_P31 31 ASP C 242 ? SER C 244 ? ASP D 180 SER D 182 5 ? 3 HELX_P HELX_P32 32 ASP C 278 ? ASN C 283 ? ASP D 216 ASN D 221 1 ? 6 HELX_P HELX_P33 33 LYS C 300 ? SER C 314 ? LYS D 238 SER D 252 1 ? 15 HELX_P HELX_P34 34 PRO C 338 ? PHE C 342 ? PRO D 276 PHE D 280 5 ? 5 HELX_P HELX_P35 35 LEU C 363 ? TYR C 367 ? LEU D 301 TYR D 305 1 ? 5 HELX_P HELX_P36 36 ALA C 397 ? GLU C 401 ? ALA D 335 GLU D 339 1 ? 5 HELX_P HELX_P37 37 ARG C 409 ? ARG C 411 ? ARG D 347 ARG D 349 5 ? 3 HELX_P HELX_P38 38 GLN D 115 ? SER D 119 ? GLN E 53 SER E 57 5 ? 5 HELX_P HELX_P39 39 TYR D 185 ? ALA D 189 ? TYR E 123 ALA E 127 5 ? 5 HELX_P HELX_P40 40 PRO D 197 ? THR D 206 ? PRO E 135 THR E 144 1 ? 10 HELX_P HELX_P41 41 ASN D 224 ? SER D 231 ? ASN E 162 SER E 169 1 ? 8 HELX_P HELX_P42 42 ASP D 242 ? SER D 244 ? ASP E 180 SER E 182 5 ? 3 HELX_P HELX_P43 43 ASP D 278 ? TYR D 284 ? ASP E 216 TYR E 222 5 ? 7 HELX_P HELX_P44 44 LYS D 300 ? SER D 314 ? LYS E 238 SER E 252 1 ? 15 HELX_P HELX_P45 45 PRO D 338 ? PHE D 342 ? PRO E 276 PHE E 280 5 ? 5 HELX_P HELX_P46 46 LEU D 363 ? TYR D 367 ? LEU E 301 TYR E 305 1 ? 5 HELX_P HELX_P47 47 GLY D 396 ? GLU D 401 ? GLY E 334 GLU E 339 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf1 disulf ? ? A CYS 217 SG ? ? ? 1_555 A CYS 421 SG ? ? A CYS 155 A CYS 359 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? disulf2 disulf ? ? A CYS 279 SG ? ? ? 1_555 A CYS 444 SG ? ? A CYS 217 A CYS 382 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? disulf3 disulf ? ? A CYS 331 SG ? ? ? 1_555 A CYS 381 SG ? ? A CYS 269 A CYS 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? disulf4 disulf ? ? B CYS 217 SG ? ? ? 1_555 B CYS 421 SG ? ? B CYS 155 B CYS 359 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.006 ? disulf5 disulf ? ? B CYS 279 SG ? ? ? 1_555 B CYS 444 SG ? ? B CYS 217 B CYS 382 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? disulf6 disulf ? ? B CYS 331 SG ? ? ? 1_555 B CYS 381 SG ? ? B CYS 269 B CYS 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? disulf7 disulf ? ? C CYS 217 SG ? ? ? 1_555 C CYS 421 SG ? ? D CYS 155 D CYS 359 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? disulf8 disulf ? ? C CYS 331 SG ? ? ? 1_555 C CYS 381 SG ? ? D CYS 269 D CYS 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.130 ? disulf9 disulf ? ? D CYS 217 SG ? ? ? 1_555 D CYS 421 SG ? ? E CYS 155 E CYS 359 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? disulf10 disulf ? ? D CYS 279 SG ? ? ? 1_555 D CYS 444 SG ? ? E CYS 217 E CYS 382 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? disulf11 disulf ? ? D CYS 331 SG ? ? ? 1_555 D CYS 381 SG ? ? E CYS 269 E CYS 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 84 A . ? SER 22 A PRO 85 A ? PRO 23 A 1 -6.67 2 ARG 190 A . ? ARG 128 A PRO 191 A ? PRO 129 A 1 25.22 3 GLY 434 A . ? GLY 372 A PRO 435 A ? PRO 373 A 1 6.36 4 SER 84 B . ? SER 22 B PRO 85 B ? PRO 23 B 1 -6.21 5 ARG 190 B . ? ARG 128 B PRO 191 B ? PRO 129 B 1 0.65 6 GLY 434 B . ? GLY 372 B PRO 435 B ? PRO 373 B 1 6.53 7 SER 84 C . ? SER 22 D PRO 85 C ? PRO 23 D 1 -10.14 8 ARG 190 C . ? ARG 128 D PRO 191 C ? PRO 129 D 1 11.98 9 GLY 434 C . ? GLY 372 D PRO 435 C ? PRO 373 D 1 14.11 10 SER 84 D . ? SER 22 E PRO 85 D ? PRO 23 E 1 -6.30 11 ARG 190 D . ? ARG 128 E PRO 191 D ? PRO 129 E 1 -8.91 12 GLY 434 D . ? GLY 372 E PRO 435 D ? PRO 373 E 1 7.55 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 8 ? B ? 4 ? C ? 5 ? D ? 5 ? E ? 2 ? F ? 2 ? G ? 3 ? H ? 8 ? I ? 4 ? J ? 5 ? K ? 5 ? L ? 4 ? M ? 3 ? N ? 8 ? O ? 3 ? P ? 4 ? Q ? 5 ? R ? 5 ? S ? 2 ? T ? 2 ? U ? 3 ? V ? 8 ? W ? 4 ? X ? 5 ? Y ? 5 ? Z ? 4 ? AA ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? anti-parallel A 2 3 ? anti-parallel A 3 4 ? parallel A 4 5 ? anti-parallel A 5 6 ? parallel A 6 7 ? anti-parallel A 7 8 ? anti-parallel B 1 2 ? anti-parallel B 2 3 ? anti-parallel B 3 4 ? anti-parallel C 1 2 ? anti-parallel C 2 3 ? anti-parallel C 3 4 ? anti-parallel C 4 5 ? anti-parallel D 1 2 ? anti-parallel D 2 3 ? anti-parallel D 3 4 ? anti-parallel D 4 5 ? anti-parallel E 1 2 ? parallel F 1 2 ? parallel G 1 2 ? anti-parallel G 2 3 ? anti-parallel H 1 2 ? anti-parallel H 2 3 ? anti-parallel H 3 4 ? parallel H 4 5 ? anti-parallel H 5 6 ? parallel H 6 7 ? anti-parallel H 7 8 ? anti-parallel I 1 2 ? anti-parallel I 2 3 ? anti-parallel I 3 4 ? anti-parallel J 1 2 ? anti-parallel J 2 3 ? anti-parallel J 3 4 ? anti-parallel J 4 5 ? anti-parallel K 1 2 ? anti-parallel K 2 3 ? anti-parallel K 3 4 ? anti-parallel K 4 5 ? anti-parallel L 1 2 ? parallel L 2 3 ? anti-parallel L 3 4 ? parallel M 1 2 ? anti-parallel M 2 3 ? anti-parallel N 1 2 ? anti-parallel N 2 3 ? anti-parallel N 3 4 ? parallel N 4 5 ? anti-parallel N 5 6 ? parallel N 6 7 ? anti-parallel N 7 8 ? anti-parallel O 1 2 ? anti-parallel O 2 3 ? anti-parallel P 1 2 ? anti-parallel P 2 3 ? anti-parallel P 3 4 ? anti-parallel Q 1 2 ? anti-parallel Q 2 3 ? anti-parallel Q 3 4 ? anti-parallel Q 4 5 ? anti-parallel R 1 2 ? anti-parallel R 2 3 ? anti-parallel R 3 4 ? anti-parallel R 4 5 ? anti-parallel S 1 2 ? parallel T 1 2 ? parallel U 1 2 ? anti-parallel U 2 3 ? anti-parallel V 1 2 ? anti-parallel V 2 3 ? anti-parallel V 3 4 ? parallel V 4 5 ? anti-parallel V 5 6 ? parallel V 6 7 ? anti-parallel V 7 8 ? anti-parallel W 1 2 ? anti-parallel W 2 3 ? anti-parallel W 3 4 ? anti-parallel X 1 2 ? anti-parallel X 2 3 ? anti-parallel X 3 4 ? anti-parallel X 4 5 ? anti-parallel Y 1 2 ? anti-parallel Y 2 3 ? anti-parallel Y 3 4 ? anti-parallel Y 4 5 ? anti-parallel Z 1 2 ? parallel Z 2 3 ? anti-parallel Z 3 4 ? parallel AA 1 2 ? anti-parallel AA 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 LEU A 68 ? LYS A 71 ? LEU A 6 LYS A 9 A 2 GLY A 75 ? VAL A 82 ? GLY A 13 VAL A 20 A 3 GLN A 87 ? ASP A 94 ? GLN A 25 ASP A 32 A 4 GLY A 179 ? GLY A 182 ? GLY A 117 GLY A 120 A 5 PHE A 100 ? GLY A 103 ? PHE A 38 GLY A 41 A 6 VAL A 157 ? ASP A 168 ? VAL A 95 ASP A 106 A 7 LYS A 137 ? SER A 148 ? LYS A 75 SER A 86 A 8 ARG A 123 ? PRO A 132 ? ARG A 61 PRO A 70 B 1 LEU A 68 ? LYS A 71 ? LEU A 6 LYS A 9 B 2 GLY A 75 ? VAL A 82 ? GLY A 13 VAL A 20 B 3 LYS A 137 ? SER A 148 ? LYS A 75 SER A 86 B 4 ARG A 123 ? PRO A 132 ? ARG A 61 PRO A 70 C 1 GLY A 234 ? ILE A 238 ? GLY A 172 ILE A 176 C 2 PHE A 212 ? LEU A 216 ? PHE A 150 LEU A 154 C 3 PHE A 403 ? ASP A 408 ? PHE A 341 ASP A 346 C 4 ARG A 413 ? SER A 419 ? ARG A 351 SER A 357 C 5 TYR A 246 ? PRO A 254 ? TYR A 184 PRO A 192 D 1 GLN A 273 ? ASP A 274 ? GLN A 211 ASP A 212 D 2 ILE A 265 ? ILE A 270 ? ILE A 203 ILE A 208 D 3 ILE A 345 ? MET A 350 ? ILE A 283 MET A 288 D 4 SER A 357 ? ILE A 362 ? SER A 295 ILE A 300 D 5 ALA A 431 ? PHE A 436 ? 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