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details of the fibronectin receptor' _citation.journal_abbrev 'J.Cell Biol.' _citation.journal_volume 197 _citation.page_first 131 _citation.page_last 140 _citation.year 2012 _citation.journal_id_ASTM JCLBA3 _citation.country US _citation.journal_id_ISSN 0021-9525 _citation.journal_id_CSD 2019 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 22451694 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1083/jcb.201111077 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Nagae, M.' 1 ? primary 'Re, S.' 2 ? primary 'Mihara, E.' 3 ? primary 'Nogi, T.' 4 ? primary 'Sugita, Y.' 5 ? primary 'Takagi, J.' 6 ? # _cell.entry_id 3VI4 _cell.length_a 92.805 _cell.length_b 103.869 _cell.length_c 125.262 _cell.angle_alpha 75.72 _cell.angle_beta 70.16 _cell.angle_gamma 70.90 _cell.Z_PDB 2 _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.length_a_esd ? _cell.length_b_esd ? _cell.length_c_esd ? _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta_esd ? 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;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; 1072.964 2 ? ? ? ? 8 non-polymer syn 'CALCIUM ION' 40.078 10 ? ? ? ? 9 non-polymer man 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 221.208 11 ? ? ? ? 10 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 ;CD49 antigen-like family member E, Fibronectin receptor subunit alpha, Integrin alpha-F, VLA-5, Integrin alpha-5 heavy chain, Integrin alpha-5 light chain ; 2 'Fibronectin receptor subunit beta, VLA-4 subunit beta' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no 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1 53 GLY n 1 54 ALA n 1 55 VAL n 1 56 TYR n 1 57 LEU n 1 58 CYS n 1 59 PRO n 1 60 TRP n 1 61 GLY n 1 62 ALA n 1 63 SER n 1 64 PRO n 1 65 THR n 1 66 GLN n 1 67 CYS n 1 68 THR n 1 69 PRO n 1 70 ILE n 1 71 GLU n 1 72 PHE n 1 73 ASP n 1 74 SER n 1 75 LYS n 1 76 GLY n 1 77 SER n 1 78 ARG n 1 79 LEU n 1 80 LEU n 1 81 GLU n 1 82 SER n 1 83 SER n 1 84 LEU n 1 85 SER n 1 86 SER n 1 87 SER n 1 88 GLU n 1 89 GLY n 1 90 GLU n 1 91 GLU n 1 92 PRO n 1 93 VAL n 1 94 GLU n 1 95 TYR n 1 96 LYS n 1 97 SER n 1 98 LEU n 1 99 GLN n 1 100 TRP n 1 101 PHE n 1 102 GLY n 1 103 ALA n 1 104 THR n 1 105 VAL n 1 106 ARG n 1 107 ALA n 1 108 HIS n 1 109 GLY n 1 110 SER n 1 111 SER n 1 112 ILE n 1 113 LEU n 1 114 ALA n 1 115 CYS n 1 116 ALA n 1 117 PRO n 1 118 LEU n 1 119 TYR n 1 120 SER n 1 121 TRP n 1 122 ARG n 1 123 THR n 1 124 GLU n 1 125 LYS n 1 126 GLU n 1 127 PRO n 1 128 LEU n 1 129 SER n 1 130 ASP n 1 131 PRO n 1 132 VAL n 1 133 GLY n 1 134 THR n 1 135 CYS n 1 136 TYR n 1 137 LEU n 1 138 SER n 1 139 THR n 1 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SER n 1 224 SER n 1 225 ILE n 1 226 TYR n 1 227 ASP n 1 228 ASP n 1 229 SER n 1 230 TYR n 1 231 LEU n 1 232 GLY n 1 233 TYR n 1 234 SER n 1 235 VAL n 1 236 ALA n 1 237 VAL n 1 238 GLY n 1 239 GLU n 1 240 PHE n 1 241 SER n 1 242 GLY n 1 243 ASP n 1 244 ASP n 1 245 THR n 1 246 GLU n 1 247 ASP n 1 248 PHE n 1 249 VAL n 1 250 ALA n 1 251 GLY n 1 252 VAL n 1 253 PRO n 1 254 LYS n 1 255 GLY n 1 256 ASN n 1 257 LEU n 1 258 THR n 1 259 TYR n 1 260 GLY n 1 261 TYR n 1 262 VAL n 1 263 THR n 1 264 ILE n 1 265 LEU n 1 266 ASN n 1 267 GLY n 1 268 SER n 1 269 ASP n 1 270 ILE n 1 271 ARG n 1 272 SER n 1 273 LEU n 1 274 TYR n 1 275 ASN n 1 276 PHE n 1 277 SER n 1 278 GLY n 1 279 GLU n 1 280 GLN n 1 281 MET n 1 282 ALA n 1 283 SER n 1 284 TYR n 1 285 PHE n 1 286 GLY n 1 287 TYR n 1 288 ALA n 1 289 VAL n 1 290 ALA n 1 291 ALA n 1 292 THR n 1 293 ASP n 1 294 VAL n 1 295 ASN n 1 296 GLY n 1 297 ASP n 1 298 GLY n 1 299 LEU n 1 300 ASP n 1 301 ASP n 1 302 LEU n 1 303 LEU n 1 304 VAL n 1 305 GLY n 1 306 ALA 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Hybridoma ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _pdbx_entity_src_syn.entity_id 5 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag sample _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num ? _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num ? _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific ? _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name ? _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ? _pdbx_entity_src_syn.details 'This sequence is found in fibronectin' # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP ITA5_HUMAN P08648 1 ;FNLDAEAPAVLSGPPGSFFGFSVEFYRPGTDGVSVLVGAPKANTSQPGVLQGGAVYLCPWGASPTQCTPIEFDSKGSRLL ESSLSSSEGEEPVEYKSLQWFGATVRAHGSSILACAPLYSWRTEKEPLSDPVGTCYLSTDNFTRILEYAPCRSDFSWAAG QGYCQGGFSAEFTKTGRVVLGGPGSYFWQGQILSATQEQIAESYYPEYLINLVQGQLQTRQASSIYDDSYLGYSVAVGEF SGDDTEDFVAGVPKGNLTYGYVTILNGSDIRSLYNFSGEQMASYFGYAVAATDVNGDGLDDLLVGAPLLMDRTPDGRPQE VGRVYVYLQHPAGIEPTPTLTLTGHDEFGRFGSSLTPLGDLDQDGYNDVAIGAPFGGETQQGVVFVFPGGPGGLGSKPSQ VLQPLWAASHTPDFFGSALRGGRDLDGNGYPDLIVGSFGVDKAVVYRGRPIVSASASLTIFPAMFNPEERSCSLEGNPVA CINLSFCLNASGKHVADSIGFTVELQLDWQKQKGGVRRALFLASRQATLTQTLLIQNGAREDCREMKIYLRNESEFRDKL SPIHIALNFSLDPQAPVDSHGLRPALHYQSKSRIEDKAQILLDCGEDNICVPDLQLEVFGEQN ; 42 ? 2 UNP ITB1_HUMAN P05556 2 ;QTDENRCLKANAKSCGECIQAGPNCGWCTNSTFLQEGMPTSARCDDLEALKKKGCPPDDIENPRGSKDIKKNKNVTNRSK GTAEKLKPEDITQIQPQQLVLRLRSGEPQTFTLKFKRAEDYPIDLYYLMDLSYSMKDDLENVKSLGTDLMNEMRRITSDF RIGFGSFVEKTVMPYISTTPAKLRNPCTSEQNCTSPFSYKNVLSLTNKGEVFNELVGKQRISGNLDSPEGGFDAIMQVAV CGSLIGWRNVTRLLVFSTDAGFHFAGDGKLGGIVLPNDGQCHLENNMYTMSHYYDYPSIAHLVQKLSENNIQTIFAVTEE FQPVYKELKNLIPKSAVGTLSANSSNVIQLIIDAYNSLSSEVILENGKLSEGVTISYKSYCKNGVNGTGENGRKCSNISI GDEVQFEISITSNKCPKKDSDSFKIRPLGFTEEVEVILQYICECE ; 21 ? 3 PDB 3VI4 3VI4 3 ? ? ? 4 PDB 3VI4 3VI4 4 ? ? ? 5 PDB 3VI4 3VI4 5 ? ? ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 3VI4 A 1 ? 623 ? 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PRO F 205 SER F 208 5 ? 4 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 58 SG ? ? ? 1_555 A CYS 67 SG ? ? A CYS 58 A CYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 115 SG ? ? ? 1_555 A CYS 135 SG ? ? A CYS 115 A CYS 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 151 SG ? ? ? 1_555 A CYS 164 SG ? ? A CYS 151 A CYS 164 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf4 disulf ? ? A CYS 472 SG ? ? ? 1_555 A CYS 481 SG ? ? A CYS 472 A CYS 481 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? disulf5 disulf ? ? A CYS 487 SG ? ? ? 1_555 A CYS 543 SG ? ? A CYS 487 A CYS 543 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? ? disulf6 disulf ? ? B CYS 7 SG ? ? ? 1_555 B CYS 25 SG ? ? B CYS 7 B CYS 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf7 disulf ? ? B CYS 15 SG ? ? ? 1_555 B CYS 444 SG ? ? B CYS 15 B CYS 444 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf8 disulf ? ? B CYS 18 SG ? ? ? 1_555 B CYS 44 SG ? ? B CYS 18 B CYS 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf9 disulf ? ? B CYS 28 SG ? ? ? 1_555 B CYS 55 SG ? ? B CYS 28 B CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf10 disulf ? ? B CYS 187 SG ? ? ? 1_555 B CYS 193 SG ? ? B CYS 187 B CYS 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? ? disulf11 disulf ? ? B CYS 241 SG ? ? ? 1_555 B CYS 281 SG ? ? B CYS 241 B CYS 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf12 disulf ? ? B CYS 381 SG ? ? ? 1_555 B CYS 395 SG ? ? B CYS 381 B CYS 395 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf13 disulf ? ? B CYS 415 SG ? ? ? 1_555 B CYS 442 SG ? ? B CYS 415 B CYS 442 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf14 disulf ? ? C CYS 58 SG ? ? ? 1_555 C CYS 67 SG ? ? C CYS 58 C CYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? ? disulf15 disulf ? ? C CYS 115 SG ? ? ? 1_555 C CYS 135 SG ? ? C CYS 115 C CYS 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? ? disulf16 disulf ? ? C CYS 151 SG ? ? ? 1_555 C CYS 164 SG ? ? C CYS 151 C CYS 164 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? ? disulf17 disulf ? ? C CYS 472 SG ? ? ? 1_555 C CYS 481 SG ? ? C CYS 472 C CYS 481 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf18 disulf ? ? C CYS 487 SG ? ? ? 1_555 C CYS 543 SG ? ? C CYS 487 C CYS 543 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? disulf19 disulf ? ? D CYS 7 SG ? ? ? 1_555 D CYS 25 SG ? ? D CYS 7 D CYS 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf20 disulf ? ? D CYS 15 SG ? ? ? 1_555 D CYS 444 SG ? ? D CYS 15 D CYS 444 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf21 disulf ? ? D CYS 18 SG ? ? ? 1_555 D CYS 44 SG ? ? D CYS 18 D CYS 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf22 disulf ? ? D CYS 28 SG ? ? ? 1_555 D CYS 55 SG ? ? D CYS 28 D CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf23 disulf ? ? D CYS 187 SG ? ? ? 1_555 D CYS 193 SG ? ? D CYS 187 D CYS 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? ? disulf24 disulf ? ? D CYS 241 SG ? ? ? 1_555 D CYS 281 SG ? ? D CYS 241 D CYS 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? ? disulf25 disulf ? ? D CYS 381 SG ? ? ? 1_555 D CYS 395 SG ? ? D CYS 381 D CYS 395 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? ? disulf26 disulf ? ? D CYS 415 SG ? ? ? 1_555 D CYS 442 SG ? ? D CYS 415 D CYS 442 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? ? disulf27 disulf ? ? E CYS 23 SG ? ? ? 1_555 E CYS 93 SG ? ? L CYS 23 L CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? ? disulf28 disulf ? ? E CYS 139 SG ? ? ? 1_555 E CYS 199 SG ? ? L CYS 139 L CYS 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? ? disulf29 disulf ? ? F CYS 22 SG ? ? ? 1_555 F CYS 96 SG ? ? H CYS 22 H CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? ? disulf30 disulf ? ? F CYS 145 SG ? ? ? 1_555 F CYS 200 SG ? ? H CYS 145 H CYS 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf31 disulf ? ? G CYS 23 SG ? ? ? 1_555 G CYS 93 SG ? ? E CYS 23 E CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? ? disulf32 disulf ? ? G CYS 139 SG ? ? ? 1_555 G CYS 199 SG ? ? E CYS 139 E CYS 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? ? disulf33 disulf ? ? H CYS 22 SG ? ? ? 1_555 H CYS 96 SG ? ? F CYS 22 F CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? disulf34 disulf ? ? H CYS 145 SG ? ? ? 1_555 H CYS 200 SG ? ? F CYS 145 F CYS 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? covale1 covale one ? A ASN 43 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? A ASN 43 A NAG 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 141 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? A ASN 141 A NAG 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 256 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? A ASN 256 A NAG 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 266 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? A ASN 266 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 275 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? A ASN 275 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.427 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 568 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? A ASN 568 A NAG 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? B ASN 249 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? B ASN 249 B NAG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? B ASN 386 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? B ASN 386 B NAG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? C ASN 43 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? C ASN 43 M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? C ASN 141 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? C ASN 141 C NAG 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? C ASN 256 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? C ASN 256 C NAG 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? C ASN 266 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? C ASN 266 C NAG 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? C ASN 275 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? C ASN 275 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? C ASN 568 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? C ASN 568 C NAG 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? D ASN 386 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? D ASN 386 D NAG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale16 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale17 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? ? covale18 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L BMA . C1 ? ? K NAG 2 K BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale19 covale both ? L BMA . O6 ? ? ? 1_555 L MAN . C1 ? ? K BMA 3 K MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale20 covale both ? L BMA . O3 ? ? ? 1_555 L MAN . C1 ? ? K BMA 3 K MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale21 covale both ? L MAN . O3 ? ? ? 1_555 L MAN . C1 ? ? K MAN 4 K MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale22 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale23 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.423 ? ? covale24 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N BMA . C1 ? ? N NAG 2 N BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale25 covale both ? N BMA . O6 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? N BMA 3 N MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale26 covale both ? N BMA . O3 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? N BMA 3 N MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale27 covale both ? N MAN . O3 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? N MAN 4 N MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? ? metalc1 metalc ? ? A GLU 239 OE2 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? A GLU 239 A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? ? metalc2 metalc ? ? A GLU 239 OE1 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? A GLU 239 A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.992 ? ? metalc3 metalc ? ? A SER 241 OG ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? A SER 241 A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.320 ? ? metalc4 metalc ? ? A ASP 243 OD1 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? A ASP 243 A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? ? metalc5 metalc ? ? A THR 245 O ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? A THR 245 A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.320 ? ? metalc6 metalc ? ? A ASP 247 OD2 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? A ASP 247 A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? ? metalc7 metalc ? ? A ASP 247 OD1 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? A ASP 247 A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.904 ? ? metalc8 metalc ? ? A ASP 293 OD2 ? ? ? 1_555 P CA . CA ? ? A ASP 293 A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? ? metalc9 metalc ? ? A ASN 295 OD1 ? ? ? 1_555 P CA . CA ? ? A ASN 295 A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? ? metalc10 metalc ? ? A ASP 297 OD1 ? ? ? 1_555 P CA . CA ? ? A ASP 297 A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.711 ? ? metalc11 metalc ? ? A LEU 299 O ? ? ? 1_555 P CA . CA ? ? A LEU 299 A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? ? metalc12 metalc ? ? A ASP 301 OD1 ? ? ? 1_555 P CA . CA ? ? A ASP 301 A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? ? metalc13 metalc ? ? A ASP 301 OD2 ? ? ? 1_555 P CA . CA ? ? A ASP 301 A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.724 ? ? metalc14 metalc ? ? A ASP 360 OD2 ? ? ? 1_555 Q CA . CA ? ? A ASP 360 A CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? ? metalc15 metalc ? ? A ASP 362 OD1 ? ? ? 1_555 Q CA . CA ? ? A ASP 362 A CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? ? metalc16 metalc ? ? A ASP 364 OD2 ? ? ? 1_555 Q CA . CA ? ? A ASP 364 A CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? ? metalc17 metalc ? ? A TYR 366 O ? ? ? 1_555 Q CA . CA ? ? A TYR 366 A CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? ? metalc18 metalc ? ? A ASP 368 OD2 ? ? ? 1_555 Q CA . CA ? ? A ASP 368 A CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? ? metalc19 metalc ? ? A ASP 368 OD1 ? ? ? 1_555 Q CA . CA ? ? A ASP 368 A CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.891 ? ? metalc20 metalc ? ? A ASP 424 OD1 ? ? ? 1_555 R CA . CA ? ? A ASP 424 A CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? ? metalc21 metalc ? ? A ASP 426 OD1 ? ? ? 1_555 R CA . CA ? ? A ASP 426 A CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.310 ? ? metalc22 metalc ? ? A ASP 426 OD2 ? ? ? 1_555 R CA . CA ? ? A ASP 426 A CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.141 ? ? metalc23 metalc ? ? A ASN 428 OD1 ? ? ? 1_555 R CA . CA ? ? A ASN 428 A CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? ? metalc24 metalc ? ? A TYR 430 O ? ? ? 1_555 R CA . CA ? ? A TYR 430 A CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? ? metalc25 metalc ? ? A ASP 432 OD2 ? ? ? 1_555 R CA . CA ? ? A ASP 432 A CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? ? metalc26 metalc ? ? A ASP 432 OD1 ? ? ? 1_555 R CA . CA ? ? A ASP 432 A CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.761 ? ? metalc27 metalc ? ? B SER 132 OG ? ? ? 1_555 X MG . MG ? ? B SER 132 B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? ? metalc28 metalc ? ? B SER 134 OG ? ? ? 1_555 X MG . MG ? ? B SER 134 B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? ? metalc29 metalc ? ? B GLU 169 OE1 ? ? ? 1_555 W CA . CA ? ? B GLU 169 B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? ? metalc30 metalc ? ? B ASN 224 OD1 ? ? ? 1_555 W CA . CA ? ? B ASN 224 B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? ? metalc31 metalc ? ? B ASP 226 O ? ? ? 1_555 W CA . CA ? ? B ASP 226 B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? ? metalc32 metalc ? ? B ASP 226 OD1 ? ? ? 1_555 W CA . CA ? ? B ASP 226 B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.585 ? ? metalc33 metalc ? ? B PRO 228 O ? ? ? 1_555 W CA . CA ? ? B PRO 228 B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? ? metalc34 metalc ? ? B GLU 229 OE2 ? ? ? 1_555 W CA . CA ? ? B GLU 229 B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? ? metalc35 metalc ? ? B GLU 229 OE1 ? ? ? 1_555 X MG . MG ? ? B GLU 229 B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.921 ? ? metalc36 metalc ? ? X MG . MG ? ? ? 1_555 J ASP 3 OD1 ? ? 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AU ? 4 ? AV ? 5 ? AW ? 4 ? AX ? 4 ? AY ? 4 ? AZ ? 4 ? BA ? 6 ? BB ? 4 ? BC ? 4 ? BD ? 4 ? 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loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 4 'Structure model' software 2 5 'Structure model' atom_site 3 5 'Structure model' chem_comp 4 5 'Structure model' entity 5 5 'Structure model' pdbx_branch_scheme 6 5 'Structure model' pdbx_chem_comp_identifier 7 5 'Structure model' pdbx_entity_branch 8 5 'Structure model' pdbx_entity_branch_descriptor 9 5 'Structure model' pdbx_entity_branch_link 10 5 'Structure model' pdbx_entity_branch_list 11 5 'Structure model' pdbx_entity_nonpoly 12 5 'Structure model' pdbx_nonpoly_scheme 13 5 'Structure model' pdbx_struct_assembly_gen 14 5 'Structure model' pdbx_struct_conn_angle 15 5 'Structure model' pdbx_validate_close_contact 16 5 'Structure model' struct_asym 17 5 'Structure model' struct_conn 18 5 'Structure model' struct_ref_seq_dif 19 5 'Structure model' struct_site 20 5 'Structure model' struct_site_gen # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 4 'Structure model' '_software.name' 2 5 'Structure model' '_atom_site.B_iso_or_equiv' 3 5 'Structure model' '_atom_site.Cartn_x' 4 5 'Structure model' '_atom_site.Cartn_y' 5 5 'Structure model' '_atom_site.Cartn_z' 6 5 'Structure model' '_atom_site.auth_asym_id' 7 5 'Structure model' '_atom_site.auth_atom_id' 8 5 'Structure model' '_atom_site.auth_comp_id' 9 5 'Structure model' '_atom_site.auth_seq_id' 10 5 'Structure model' '_atom_site.label_asym_id' 11 5 'Structure model' '_atom_site.label_atom_id' 12 5 'Structure model' '_atom_site.label_comp_id' 13 5 'Structure model' '_atom_site.label_entity_id' 14 5 'Structure model' '_atom_site.type_symbol' 15 5 'Structure model' '_chem_comp.name' 16 5 'Structure model' '_chem_comp.type' 17 5 'Structure model' '_entity.formula_weight' 18 5 'Structure model' '_entity.pdbx_description' 19 5 'Structure model' '_entity.pdbx_number_of_molecules' 20 5 'Structure model' '_entity.src_method' 21 5 'Structure model' '_entity.type' 22 5 'Structure model' '_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list' 23 5 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id' 24 5 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id' 25 5 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id' 26 5 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id' 27 5 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id' 28 5 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id' 29 5 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id' 30 5 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id' 31 5 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id' 32 5 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id' 33 5 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id' 34 5 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id' 35 5 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id' 36 5 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id' 37 5 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id' 38 5 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id' 39 5 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id' 40 5 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id' 41 5 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id' 42 5 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id' 43 5 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.value' 44 5 'Structure model' '_pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2' 45 5 'Structure model' '_pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2' 46 5 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_dist_value' 47 5 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag' 48 5 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_role' 49 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id' 50 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id' 51 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id' 52 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_asym_id' 53 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_atom_id' 54 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_comp_id' 55 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_seq_id' 56 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id' 57 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id' 58 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id' 59 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_asym_id' 60 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_atom_id' 61 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_comp_id' 62 5 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_seq_id' 63 5 'Structure model' '_struct_ref_seq_dif.details' # 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THE SEQUENCE CONFLICTS OF ENTITY 2 ARE BASED ON REFERENCE 1 OF DATABASE UNIPROTKB/SWISS-PROT P05556 (ITB1_HUMAN). 2. THE SEQUENCE OF SG/19 LIGHT CHAIN HAS BEEN DEPOSITED TO EMBL WITH ACCESSION NUMBER HE578878, AND SG/19SG/19 HEAVY CHAIN SG/19 HAS BEEN DEPOSITED TO EMBL WITH ACCESSION NUMBER HE578877. ; _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 ND2 C ASN 256 ? ? 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J PRO 5 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero K 6 NAG 1 J NAG 1 A NAG 3401 n K 6 NAG 2 J NAG 2 A NAG 3402 n L 7 NAG 1 K NAG 1 A NAG 3501 n L 7 NAG 2 K NAG 2 A NAG 3502 n L 7 BMA 3 K BMA 3 A BMA 3503 n L 7 MAN 4 K MAN 4 A MAN 3505 n L 7 MAN 5 K MAN 5 A MAN 3506 n L 7 MAN 6 K MAN 6 A MAN 3504 n M 6 NAG 1 M NAG 1 C NAG 3101 n M 6 NAG 2 M NAG 2 C NAG 3102 n N 7 NAG 1 N NAG 1 C NAG 3501 n N 7 NAG 2 N NAG 2 C NAG 3502 n N 7 BMA 3 N BMA 3 C BMA 3503 n N 7 MAN 4 N MAN 4 C MAN 3505 n N 7 MAN 5 N MAN 5 C MAN 3506 n N 7 MAN 6 N MAN 6 C MAN 3504 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 6 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 6 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 6 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 7 'DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 7 'WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 7 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 3 7 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 4 7 4 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 5 7 5 MAN C1 O1 4 MAN O3 HO3 sing ? 6 7 6 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 7 NAG 1 n 7 NAG 2 n 7 BMA 3 n 7 MAN 4 n 7 MAN 5 n 7 MAN 6 n # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 8 'CALCIUM ION' CA 9 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose NAG 10 'MAGNESIUM ION' MG #