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_citation.year 2013 _citation.journal_id_ASTM CELLB5 _citation.country US _citation.journal_id_ISSN 0092-8674 _citation.journal_id_CSD 0998 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 23746846 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/J.CELL.2013.04.052 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Chen, D.-H.' 1 ? primary 'Madan, D.' 2 ? primary 'Weaver, J.' 3 ? primary 'Lin, Z.' 4 ? primary 'Schroder, G.F.' 5 ? primary 'Chiu, W.' 6 ? primary 'Rye, H.S.' 7 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man '60 KDA CHAPERONIN' 55220.105 14 ? ? ? ;A GROEL VARIANT IN WHICH THE ENDOGENOUS CYS RESIDUES (138,458,519) HAVE BEEN CHANGED TO ALA (GROELCYS0) WAS MODIFIED TO CONTAIN TWO ADDITIONAL MUTATIONS, D398A AND S43C. THE D398A MUTATION PREVENTS ATP HYDROLYSIS BY GROEL, WHILE THE S43C MUTATION, LOCATED AT THE TIP OF STEM LOOP AT THE BOTTOM OF THE GROEL CAVITY, PERMITS THE COVALENT ATTACHMENT OF N-1-PYRENE MALEIMIDE TO THIS POSITION. ; 2 polymer man '10 KDA CHAPERONIN' 10400.938 7 ? ? ? ? 3 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 427.201 7 ? ? ? ? 4 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 7 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'GROEL PROTEIN, PROTEIN CPN60, GROELCYS0-D398A-S43C-PYRENE' 2 'GROES PROTEIN, PROTEIN CPN10' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;AAKDVKFGNDARVKMLRGVNVLADAVKVTLGPKGRNVVLDKSFGAPTITKDGVSVAREIELEDKFENMGAQMVKEVASKA NDAAGDGTTTATVLAQAIITEGLKAVAAGMNPMDLKRGIDKAVTAAVEELKALSVPCSDSKAIAQVGTISANSDETVGKL 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;MNIRPLHDRVIVKRKEVETKSAGGIVLTGSAAAKSTRGEVLAVGNGRILENGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDN EEVLIMSESDILAIVEA ; ;MNIRPLHDRVIVKRKEVETKSAGGIVLTGSAAAKSTRGEVLAVGNGRILENGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDN EEVLIMSESDILAIVEA ; O,P,Q,R,S,T,U ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 3 "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ADP 4 'MAGNESIUM ION' MG # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 ALA n 1 3 LYS n 1 4 ASP n 1 5 VAL n 1 6 LYS n 1 7 PHE n 1 8 GLY n 1 9 ASN n 1 10 ASP n 1 11 ALA n 1 12 ARG n 1 13 VAL n 1 14 LYS n 1 15 MET n 1 16 LEU n 1 17 ARG n 1 18 GLY n 1 19 VAL n 1 20 ASN n 1 21 VAL n 1 22 LEU n 1 23 ALA n 1 24 ASP n 1 25 ALA n 1 26 VAL n 1 27 LYS n 1 28 VAL n 1 29 THR n 1 30 LEU n 1 31 GLY n 1 32 PRO n 1 33 LYS n 1 34 GLY n 1 35 ARG n 1 36 ASN n 1 37 VAL n 1 38 VAL n 1 39 LEU n 1 40 ASP n 1 41 LYS n 1 42 SER n 1 43 PHE n 1 44 GLY n 1 45 ALA n 1 46 PRO n 1 47 THR n 1 48 ILE n 1 49 THR 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EF ? 2 ? EG ? 2 ? FA ? 3 ? FB ? 3 ? FC ? 4 ? FD ? 4 ? FE ? 2 ? FF ? 2 ? FG ? 2 ? GA ? 3 ? GB ? 4 ? GC ? 4 ? GD ? 2 ? GE ? 2 ? HA ? 4 ? HB ? 4 ? HC ? 3 ? HD ? 5 ? HE ? 4 ? HF ? 4 ? HG ? 6 ? HH ? 6 ? HI ? 5 ? HJ ? 2 ? HK ? 2 ? HL ? 2 ? IA ? 4 ? IB ? 3 ? IC ? 5 ? ID ? 4 ? IE ? 4 ? IF ? 6 ? IG ? 6 ? IH ? 5 ? II ? 2 ? IJ ? 2 ? IK ? 2 ? JA ? 4 ? JB ? 3 ? JC ? 5 ? JD ? 4 ? JE ? 4 ? JF ? 6 ? JG ? 6 ? JH ? 5 ? JI ? 2 ? JJ ? 2 ? JK ? 2 ? KA ? 4 ? KB ? 3 ? KC ? 6 ? KD ? 4 ? KE ? 2 ? KF ? 2 ? LA ? 4 ? LB ? 3 ? LC ? 5 ? LD ? 4 ? LE ? 4 ? LF ? 6 ? LG ? 6 ? LH ? 5 ? LI ? 2 ? LJ ? 2 ? LK ? 2 ? MA ? 4 ? MB ? 3 ? MC ? 6 ? MD ? 4 ? ME ? 2 ? MF ? 2 ? NA ? 3 ? NB ? 6 ? NC ? 4 ? ND ? 2 ? NE ? 2 ? OA ? 7 ? OB ? 7 ? PA ? 7 ? QA ? 7 ? RA ? 7 ? SA ? 7 ? TA ? 7 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA 1 2 ? anti-parallel AA 2 3 ? parallel AA 3 4 ? anti-parallel AB 1 2 ? anti-parallel AB 2 3 ? parallel AB 3 4 ? anti-parallel AC 1 2 ? parallel AC 2 3 ? anti-parallel AD 1 2 ? anti-parallel AD 2 3 ? anti-parallel AD 3 4 ? anti-parallel AE 1 2 ? parallel AE 2 3 ? parallel AE 3 4 ? anti-parallel AF 1 2 ? parallel AG 1 2 ? anti-parallel AH 1 2 ? anti-parallel BA 1 2 ? anti-parallel BA 2 3 ? parallel BA 3 4 ? anti-parallel BB 1 2 ? parallel BB 2 3 ? anti-parallel BC 1 2 ? anti-parallel BC 2 3 ? anti-parallel BC 3 4 ? anti-parallel BD 1 2 ? parallel BD 2 3 ? parallel BD 3 4 ? anti-parallel BE 1 2 ? anti-parallel BF 1 2 ? anti-parallel CA 1 2 ? anti-parallel CA 2 3 ? parallel CA 3 4 ? anti-parallel CB 1 2 ? parallel CB 2 3 ? anti-parallel CC 1 2 ? anti-parallel CC 2 3 ? anti-parallel CC 3 4 ? anti-parallel CD 1 2 ? parallel CD 2 3 ? parallel CD 3 4 ? parallel CE 1 2 ? parallel CE 2 3 ? parallel CE 3 4 ? anti-parallel CF 1 2 ? parallel CG 1 2 ? anti-parallel CH 1 2 ? anti-parallel DA 1 2 ? anti-parallel DA 2 3 ? parallel DA 3 4 ? anti-parallel DB 1 2 ? parallel DB 2 3 ? anti-parallel DC 1 2 ? anti-parallel DC 2 3 ? anti-parallel DC 3 4 ? anti-parallel DD 1 2 ? parallel DD 2 3 ? parallel DD 3 4 ? anti-parallel DE 1 2 ? anti-parallel DF 1 2 ? anti-parallel EA 1 2 ? anti-parallel EA 2 3 ? parallel EA 3 4 ? anti-parallel EB 1 2 ? parallel EB 2 3 ? anti-parallel EC 1 2 ? anti-parallel EC 2 3 ? anti-parallel EC 3 4 ? anti-parallel ED 1 2 ? parallel ED 2 3 ? parallel ED 3 4 ? anti-parallel EE 1 2 ? parallel EF 1 2 ? anti-parallel EG 1 2 ? anti-parallel FA 1 2 ? anti-parallel FA 2 3 ? parallel FB 1 2 ? parallel FB 2 3 ? anti-parallel FC 1 2 ? anti-parallel FC 2 3 ? anti-parallel FC 3 4 ? anti-parallel FD 1 2 ? parallel FD 2 3 ? parallel FD 3 4 ? anti-parallel FE 1 2 ? parallel FF 1 2 ? anti-parallel FG 1 2 ? anti-parallel GA 1 2 ? parallel GA 2 3 ? anti-parallel GB 1 2 ? anti-parallel GB 2 3 ? anti-parallel GB 3 4 ? anti-parallel GC 1 2 ? parallel GC 2 3 ? parallel GC 3 4 ? anti-parallel GD 1 2 ? anti-parallel GE 1 2 ? anti-parallel HA 1 2 ? anti-parallel HA 2 3 ? parallel HA 3 4 ? anti-parallel HB 1 2 ? anti-parallel HB 2 3 ? parallel HB 3 4 ? anti-parallel HC 1 2 ? parallel HC 2 3 ? anti-parallel HD 1 2 ? anti-parallel HD 2 3 ? anti-parallel HD 3 4 ? anti-parallel HD 4 5 ? parallel HE 1 2 ? anti-parallel HE 2 3 ? anti-parallel HE 3 4 ? parallel HF 1 2 ? parallel HF 2 3 ? parallel HF 3 4 ? parallel HG 1 2 ? anti-parallel HG 2 3 ? anti-parallel HG 3 4 ? anti-parallel HG 4 5 ? parallel HG 5 6 ? parallel HH 1 2 ? parallel HH 2 3 ? parallel HH 3 4 ? anti-parallel HH 4 5 ? anti-parallel HH 5 6 ? anti-parallel HI 1 2 ? parallel HI 2 3 ? parallel HI 3 4 ? anti-parallel HI 4 5 ? parallel HJ 1 2 ? parallel HK 1 2 ? anti-parallel HL 1 2 ? anti-parallel IA 1 2 ? anti-parallel IA 2 3 ? parallel IA 3 4 ? anti-parallel IB 1 2 ? parallel IB 2 3 ? anti-parallel IC 1 2 ? anti-parallel IC 2 3 ? anti-parallel IC 3 4 ? anti-parallel IC 4 5 ? anti-parallel ID 1 2 ? anti-parallel ID 2 3 ? anti-parallel ID 3 4 ? parallel IE 1 2 ? parallel IE 2 3 ? parallel IE 3 4 ? anti-parallel IF 1 2 ? anti-parallel IF 2 3 ? anti-parallel IF 3 4 ? anti-parallel IF 4 5 ? parallel IF 5 6 ? parallel IG 1 2 ? parallel IG 2 3 ? parallel IG 3 4 ? anti-parallel IG 4 5 ? anti-parallel IG 5 6 ? anti-parallel IH 1 2 ? parallel IH 2 3 ? parallel IH 3 4 ? anti-parallel IH 4 5 ? parallel II 1 2 ? anti-parallel IJ 1 2 ? anti-parallel IK 1 2 ? anti-parallel JA 1 2 ? anti-parallel JA 2 3 ? parallel JA 3 4 ? anti-parallel JB 1 2 ? parallel JB 2 3 ? anti-parallel JC 1 2 ? anti-parallel JC 2 3 ? anti-parallel JC 3 4 ? anti-parallel JC 4 5 ? anti-parallel JD 1 2 ? anti-parallel JD 2 3 ? anti-parallel JD 3 4 ? parallel JE 1 2 ? parallel JE 2 3 ? parallel JE 3 4 ? anti-parallel JF 1 2 ? anti-parallel JF 2 3 ? anti-parallel JF 3 4 ? anti-parallel JF 4 5 ? parallel JF 5 6 ? parallel JG 1 2 ? parallel JG 2 3 ? parallel JG 3 4 ? anti-parallel JG 4 5 ? anti-parallel JG 5 6 ? anti-parallel JH 1 2 ? parallel JH 2 3 ? parallel JH 3 4 ? anti-parallel JH 4 5 ? parallel JI 1 2 ? anti-parallel JJ 1 2 ? anti-parallel JK 1 2 ? anti-parallel KA 1 2 ? anti-parallel KA 2 3 ? parallel KA 3 4 ? anti-parallel KB 1 2 ? parallel KB 2 3 ? anti-parallel KC 1 2 ? parallel KC 2 3 ? parallel KC 3 4 ? anti-parallel KC 4 5 ? parallel KC 5 6 ? parallel KD 1 2 ? parallel KD 2 3 ? parallel KD 3 4 ? anti-parallel KE 1 2 ? anti-parallel KF 1 2 ? anti-parallel LA 1 2 ? anti-parallel LA 2 3 ? parallel LA 3 4 ? anti-parallel LB 1 2 ? parallel LB 2 3 ? anti-parallel LC 1 2 ? anti-parallel LC 2 3 ? anti-parallel LC 3 4 ? anti-parallel LC 4 5 ? parallel LD 1 2 ? anti-parallel LD 2 3 ? anti-parallel LD 3 4 ? parallel LE 1 2 ? parallel LE 2 3 ? parallel LE 3 4 ? parallel LF 1 2 ? anti-parallel LF 2 3 ? anti-parallel LF 3 4 ? anti-parallel LF 4 5 ? parallel LF 5 6 ? parallel LG 1 2 ? parallel LG 2 3 ? parallel LG 3 4 ? anti-parallel LG 4 5 ? anti-parallel LG 5 6 ? anti-parallel LH 1 2 ? parallel LH 2 3 ? parallel LH 3 4 ? anti-parallel LH 4 5 ? parallel LI 1 2 ? parallel LJ 1 2 ? anti-parallel LK 1 2 ? anti-parallel MA 1 2 ? anti-parallel MA 2 3 ? parallel MA 3 4 ? anti-parallel MB 1 2 ? parallel MB 2 3 ? anti-parallel MC 1 2 ? anti-parallel MC 2 3 ? anti-parallel MC 3 4 ? anti-parallel MC 4 5 ? parallel MC 5 6 ? parallel MD 1 2 ? anti-parallel MD 2 3 ? anti-parallel MD 3 4 ? parallel ME 1 2 ? anti-parallel MF 1 2 ? anti-parallel NA 1 2 ? parallel NA 2 3 ? anti-parallel NB 1 2 ? anti-parallel NB 2 3 ? anti-parallel NB 3 4 ? anti-parallel NB 4 5 ? parallel NB 5 6 ? parallel NC 1 2 ? anti-parallel NC 2 3 ? anti-parallel NC 3 4 ? parallel ND 1 2 ? anti-parallel NE 1 2 ? anti-parallel OA 1 2 ? anti-parallel OA 2 3 ? anti-parallel OA 3 4 ? anti-parallel OA 4 5 ? anti-parallel OA 5 6 ? anti-parallel OA 6 7 ? anti-parallel OB 1 2 ? anti-parallel OB 2 3 ? anti-parallel OB 3 4 ? anti-parallel OB 4 5 ? anti-parallel OB 5 6 ? anti-parallel OB 6 7 ? anti-parallel PA 1 2 ? anti-parallel PA 2 3 ? anti-parallel PA 3 4 ? anti-parallel PA 4 5 ? anti-parallel PA 5 6 ? anti-parallel PA 6 7 ? anti-parallel QA 1 2 ? anti-parallel QA 2 3 ? anti-parallel QA 3 4 ? anti-parallel QA 4 5 ? anti-parallel QA 5 6 ? anti-parallel QA 6 7 ? anti-parallel RA 1 2 ? anti-parallel RA 2 3 ? anti-parallel RA 3 4 ? anti-parallel RA 4 5 ? anti-parallel RA 5 6 ? anti-parallel RA 6 7 ? anti-parallel SA 1 2 ? anti-parallel SA 2 3 ? anti-parallel SA 3 4 ? anti-parallel SA 4 5 ? anti-parallel SA 5 6 ? anti-parallel SA 6 7 ? anti-parallel TA 1 2 ? anti-parallel TA 2 3 ? anti-parallel TA 3 4 ? anti-parallel TA 4 5 ? anti-parallel TA 5 6 ? anti-parallel TA 6 7 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA 1 LYS A 3 ? 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(DEPOSITION ID: 11455).' _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name '50 MM HEPES, 50 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 2 MM DTT' _em_buffer.pH 7.6 _em_buffer.details '50 MM HEPES, 50 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 2 MM DTT' # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name ;NON-NATIVE RUBISCO SUBSTRATE PROTEIN ENCAPSULATED INSIDE THE CAVITY OF GROEL VARIANT EL43PY CAPPED BY GROES WITH THE ASSISTANCE OF NUCLEOTIDE ATP ; _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 3ZQ0 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.number_digital_images 2000 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? 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C C N N 45 ALA O O N N 46 ALA CB C N N 47 ALA OXT O N N 48 ALA H H N N 49 ALA H2 H N N 50 ALA HA H N N 51 ALA HB1 H N N 52 ALA HB2 H N N 53 ALA HB3 H N N 54 ALA HXT H N N 55 ARG N N N N 56 ARG CA C N S 57 ARG C C N N 58 ARG O O N N 59 ARG CB C N N 60 ARG CG C N N 61 ARG CD C N N 62 ARG NE N N N 63 ARG CZ C N N 64 ARG NH1 N N N 65 ARG NH2 N N N 66 ARG OXT O N N 67 ARG H H N N 68 ARG H2 H N N 69 ARG HA H N N 70 ARG HB2 H N N 71 ARG HB3 H N N 72 ARG HG2 H N N 73 ARG HG3 H N N 74 ARG HD2 H N N 75 ARG HD3 H N N 76 ARG HE H N N 77 ARG HH11 H N N 78 ARG HH12 H N N 79 ARG HH21 H N N 80 ARG HH22 H N N 81 ARG HXT H N N 82 ASN N N N N 83 ASN CA C N S 84 ASN C C N N 85 ASN O O N N 86 ASN CB C N N 87 ASN CG C N N 88 ASN OD1 O N N 89 ASN ND2 N N N 90 ASN OXT O N N 91 ASN H H N N 92 ASN H2 H N N 93 ASN HA H N N 94 ASN HB2 H N N 95 ASN HB3 H N N 96 ASN HD21 H N N 97 ASN HD22 H N N 98 ASN HXT H N N 99 ASP N N N N 100 ASP CA C N S 101 ASP C C N N 102 ASP O O N N 103 ASP CB C N N 104 ASP CG C N N 105 ASP 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