data_3ZYS # _entry.id 3ZYS # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.391 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 3ZYS pdb_00003zys 10.2210/pdb3zys/pdb PDBE EBI-49430 ? ? WWPDB D_1290049430 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2011-10-12 2 'Structure model' 1 1 2012-03-21 3 'Structure model' 1 2 2013-09-18 4 'Structure model' 1 3 2017-08-23 5 'Structure model' 1 4 2019-10-23 6 'Structure model' 1 5 2024-05-08 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' Other 2 3 'Structure model' 'Derived calculations' 3 3 'Structure model' 'Source and taxonomy' 4 4 'Structure model' 'Data collection' 5 5 'Structure model' 'Data collection' 6 5 'Structure model' Other 7 6 'Structure model' 'Data collection' 8 6 'Structure model' 'Database references' 9 6 'Structure model' 'Derived calculations' 10 6 'Structure model' 'Refinement description' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 4 'Structure model' em_image_scans 2 4 'Structure model' em_software 3 5 'Structure model' cell 4 6 'Structure model' chem_comp_atom 5 6 'Structure model' chem_comp_bond 6 6 'Structure model' database_2 7 6 'Structure model' em_3d_fitting_list 8 6 'Structure model' pdbx_initial_refinement_model 9 6 'Structure model' pdbx_struct_oper_list # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 4 'Structure model' '_em_software.fitting_id' 2 4 'Structure model' '_em_software.image_processing_id' 3 5 'Structure model' '_cell.Z_PDB' 4 6 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 5 6 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 6 6 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.accession_code' 7 6 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id' 8 6 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.source_name' 9 6 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.type' 10 6 'Structure model' '_pdbx_struct_oper_list.name' 11 6 'Structure model' '_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation' 12 6 'Structure model' '_pdbx_struct_oper_list.type' # _database_PDB_caveat.id 1 _database_PDB_caveat.text ;ASP A 726 HAS WRONG CHIRALITY FOR AN L-AMINO ACID LYS B 435 HAS WRONG CHIRALITY FOR AN L-AMINO ACID MET C 26 C-ALPHA IS PLANAR GLU C 52 HAS WRONG CHIRALITY FOR AN L-AMINO ACID PHE D 91 HAS WRONG CHIRALITY FOR AN L-AMINO ACID THR D 92 C-BETA WRONG HAND THR D 92 HAS WRONG CHIRALITY FOR AN L-AMINO ACID PHE E 495 C-ALPHA IS PLANAR ASN E 497 C-ALPHA IS PLANAR ARG E 500 C-ALPHA IS PLANAR GLU E 528 HAS WRONG CHIRALITY FOR AN L-AMINO ACID SER E 573 HAS WRONG CHIRALITY FOR AN L-AMINO ACID GLN E 579 HAS WRONG CHIRALITY FOR AN L-AMINO ACID THR E 625 C-BETA IS PLANAR TYR E 626 C-ALPHA IS PLANAR ARG E 633 C-ALPHA IS PLANAR GLU F 52 C-ALPHA IS PLANAR TYR F 55 C-ALPHA IS PLANAR ; # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.entry_id 3ZYS _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.SG_entry . _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2011-08-24 _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type _pdbx_database_related.details PDB 3ZYC unspecified 'DYNAMIN 1 GTPASE GED FUSION DIMER COMPLEXED WITH GMPPCP' PDB 2X2F unspecified 'DYNAMIN 1 GTPASE DIMER, SHORT AXIS FORM' PDB 2DYN unspecified 'DYNAMIN (PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN) (DYNPH)' PDB 2X2E unspecified 'DYNAMIN GTPASE DIMER, LONG AXIS FORM' PDB 1DYN unspecified 'DYNAMIN (PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN) (DYNPH)' EMDB EMD-1949 'associated EM volume' 'HUMAN DYNAMIN 1 DELTAPRD POLYMER STABILIZED WITH GMPPCP' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Chappie, J.S.' 1 'Mears, J.A.' 2 'Fang, S.' 3 'Leonard, M.' 4 'Schmid, S.L.' 5 'Milligan, R.A.' 6 'Hinshaw, J.E.' 7 'Dyda, F.' 8 # _citation.id primary _citation.title 'A Pseudoatomic Model of the Dynamin Polymer Identifies a Hydrolysis-Dependent Powerstroke.' _citation.journal_abbrev 'Cell(Cambridge,Mass.)' _citation.journal_volume 147 _citation.page_first 209 _citation.page_last ? _citation.year 2011 _citation.journal_id_ASTM CELLB5 _citation.country US _citation.journal_id_ISSN 0092-8674 _citation.journal_id_CSD 0998 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 21962517 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/J.CELL.2011.09.003 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Chappie, J.S.' 1 ? primary 'Mears, J.A.' 2 ? primary 'Fang, S.' 3 ? primary 'Leonard, M.' 4 ? primary 'Schmid, S.L.' 5 ? primary 'Milligan, R.A.' 6 ? primary 'Hinshaw, J.E.' 7 ? primary 'Dyda, F.' 8 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man DYNAMIN-1 39388.961 2 3.6.5.5 ? 'G DOMAIN, RESIDUES 1-320, GTPASE EFFECTOR DOMAIN, RESIDUES 726-750' 'EIGHT AMINO ACID POLYPEPTIDE LINKER BETWEEN G DOMAIN AND GTPASE EFFECTOR DOMAIN, RESIDUES 321-328' 2 polymer man 'INTERFERON-INDUCED GTP-BINDING PROTEIN MX1' 75623.188 2 ? ? ? ? 3 polymer man DYNAMIN-1 13440.362 2 3.6.5.5 ? 'PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 518-630' ? # _entity_name_com.entity_id 2 _entity_name_com.name ;INTERFERON-INDUCED PROTEIN P78, IFI-78K, INTERFERON-REGULATED RESISTANCE GTP-BINDING PROTEIN MXA, MYXOMA RESISTANCE PROTEIN 1, MYXOVIRUS RESISTANCE PROTEIN 1 ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GPEFSMEDLIPLVNRLQDAFSAIGQNADLDLPQIAVVGGQSAGKSSVLENFVGRDFLPRGSGIVTRRPLVLQLVNATTEY AEFLHCKGKKFTDFEEVRLEIEAETDRVTGTNKGISPVPINLRVYSPHVLNLTLVDLPGMTKVPVGDQPPDIEFQIRDML MQFVTKENCLILAVSPANSDLANSDALKVAKEVDPQGQRTIGVITKLDLMDEGTDARDVLENKLLPLRRGYIGVVNRSQK DIDGKKDITAALAAERKFFLSHPSYRHLADRMGTPYLQKVLNQQLTNHIRDTLPGLRNKLQSQLLSIEKEVEEYKNFRPD KHGTDSRVDEMLRMYHALKEALSIIGNINTTTV ; ;GPEFSMEDLIPLVNRLQDAFSAIGQNADLDLPQIAVVGGQSAGKSSVLENFVGRDFLPRGSGIVTRRPLVLQLVNATTEY AEFLHCKGKKFTDFEEVRLEIEAETDRVTGTNKGISPVPINLRVYSPHVLNLTLVDLPGMTKVPVGDQPPDIEFQIRDML MQFVTKENCLILAVSPANSDLANSDALKVAKEVDPQGQRTIGVITKLDLMDEGTDARDVLENKLLPLRRGYIGVVNRSQK DIDGKKDITAALAAERKFFLSHPSYRHLADRMGTPYLQKVLNQQLTNHIRDTLPGLRNKLQSQLLSIEKEVEEYKNFRPD KHGTDSRVDEMLRMYHALKEALSIIGNINTTTV ; A,D ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MVVSEVDIAKADPAAASHPLLLNGDATVAQKNPGSVAENNLCSQYEEKVRPCIDLIDSLRALGVEQDLALPAIAVIGDQS SGKSSVLEALSGVALPRGSGIVTRCPLVLKLKKLVNEDKWRGKVSYQDYEIEISDASEVEKEINKAQNAIAGEGMGISHE LITLEISSRDVPDLTLIDLPGITRVAVGNQPADIGYKIKTLIKKYIQRQETISLVVVPSNVDIATTEALSMAQEVDPEGD RTIGILTKPDLVDKGTEDKVVDVVRNLVFHLKKGYMIVKCRGQQEIQDQLSLSEALQREKIFFENHPYFRDLLEEGKATV PCLAEKLTSELITHICKSLPLLENQIKETHQRITEELQKYGVDIPEDENEKMFFLIDKVNAFNQDITALMQGEETVGEED IRLFTRLRHEFHKWSTIIENNFQEGHKILSRKIQKFENQYRGRELPGFVNYRTFETIVKQQIKALEEPAVDMLHTVTDMV RLAFTDVSIKNFEEFFNLHRTAKSKIEDIRAEQEREGEKLIRLHFQMEQIVYCQDQVYRGALQKVREKELEEEKKKKSWD FGAFQSSSATDSSMEEIFQHLMAYHQEASKRISSHIPLIIQFFMLQTYGQQLQKAMLQLLQDKDTYSWLLKERSDTSDKR KFLKERLARLTQARRRLAQFPG ; ;MVVSEVDIAKADPAAASHPLLLNGDATVAQKNPGSVAENNLCSQYEEKVRPCIDLIDSLRALGVEQDLALPAIAVIGDQS SGKSSVLEALSGVALPRGSGIVTRCPLVLKLKKLVNEDKWRGKVSYQDYEIEISDASEVEKEINKAQNAIAGEGMGISHE LITLEISSRDVPDLTLIDLPGITRVAVGNQPADIGYKIKTLIKKYIQRQETISLVVVPSNVDIATTEALSMAQEVDPEGD RTIGILTKPDLVDKGTEDKVVDVVRNLVFHLKKGYMIVKCRGQQEIQDQLSLSEALQREKIFFENHPYFRDLLEEGKATV PCLAEKLTSELITHICKSLPLLENQIKETHQRITEELQKYGVDIPEDENEKMFFLIDKVNAFNQDITALMQGEETVGEED IRLFTRLRHEFHKWSTIIENNFQEGHKILSRKIQKFENQYRGRELPGFVNYRTFETIVKQQIKALEEPAVDMLHTVTDMV RLAFTDVSIKNFEEFFNLHRTAKSKIEDIRAEQEREGEKLIRLHFQMEQIVYCQDQVYRGALQKVREKELEEEKKKKSWD FGAFQSSSATDSSMEEIFQHLMAYHQEASKRISSHIPLIIQFFMLQTYGQQLQKAMLQLLQDKDTYSWLLKERSDTSDKR KFLKERLARLTQARRRLAQFPG ; B,E ? 3 'polypeptide(L)' no no ;ILVIRKGWLTINNIGIMKGGSKEYWFVLTAENLSWYKDDEEKEKKYMLSVDNLKLRDVEKGFMSSKHIFALFNTEQRNVY KDYRQLELACETQEEVDSWKASFLRAGVYPERV ; ;ILVIRKGWLTINNIGIMKGGSKEYWFVLTAENLSWYKDDEEKEKKYMLSVDNLKLRDVEKGFMSSKHIFALFNTEQRNVY KDYRQLELACETQEEVDSWKASFLRAGVYPERV ; C,F ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 PRO n 1 3 GLU n 1 4 PHE n 1 5 SER n 1 6 MET n 1 7 GLU n 1 8 ASP n 1 9 LEU n 1 10 ILE n 1 11 PRO n 1 12 LEU n 1 13 VAL n 1 14 ASN n 1 15 ARG n 1 16 LEU n 1 17 GLN n 1 18 ASP n 1 19 ALA n 1 20 PHE n 1 21 SER n 1 22 ALA n 1 23 ILE n 1 24 GLY n 1 25 GLN n 1 26 ASN n 1 27 ALA n 1 28 ASP n 1 29 LEU n 1 30 ASP n 1 31 LEU n 1 32 PRO n 1 33 GLN n 1 34 ILE n 1 35 ALA n 1 36 VAL n 1 37 VAL n 1 38 GLY n 1 39 GLY n 1 40 GLN n 1 41 SER n 1 42 ALA n 1 43 GLY n 1 44 LYS n 1 45 SER n 1 46 SER n 1 47 VAL n 1 48 LEU n 1 49 GLU n 1 50 ASN n 1 51 PHE n 1 52 VAL n 1 53 GLY n 1 54 ARG n 1 55 ASP n 1 56 PHE n 1 57 LEU n 1 58 PRO n 1 59 ARG n 1 60 GLY n 1 61 SER n 1 62 GLY n 1 63 ILE n 1 64 VAL n 1 65 THR n 1 66 ARG n 1 67 ARG n 1 68 PRO n 1 69 LEU n 1 70 VAL n 1 71 LEU n 1 72 GLN n 1 73 LEU n 1 74 VAL n 1 75 ASN n 1 76 ALA n 1 77 THR n 1 78 THR n 1 79 GLU n 1 80 TYR n 1 81 ALA n 1 82 GLU n 1 83 PHE n 1 84 LEU n 1 85 HIS n 1 86 CYS n 1 87 LYS n 1 88 GLY n 1 89 LYS n 1 90 LYS n 1 91 PHE n 1 92 THR n 1 93 ASP n 1 94 PHE n 1 95 GLU n 1 96 GLU n 1 97 VAL n 1 98 ARG n 1 99 LEU n 1 100 GLU n 1 101 ILE n 1 102 GLU n 1 103 ALA n 1 104 GLU n 1 105 THR n 1 106 ASP n 1 107 ARG n 1 108 VAL n 1 109 THR n 1 110 GLY n 1 111 THR n 1 112 ASN n 1 113 LYS n 1 114 GLY n 1 115 ILE n 1 116 SER n 1 117 PRO n 1 118 VAL n 1 119 PRO n 1 120 ILE n 1 121 ASN n 1 122 LEU n 1 123 ARG n 1 124 VAL n 1 125 TYR n 1 126 SER n 1 127 PRO n 1 128 HIS n 1 129 VAL n 1 130 LEU n 1 131 ASN n 1 132 LEU n 1 133 THR n 1 134 LEU n 1 135 VAL n 1 136 ASP n 1 137 LEU n 1 138 PRO n 1 139 GLY n 1 140 MET n 1 141 THR n 1 142 LYS n 1 143 VAL n 1 144 PRO n 1 145 VAL n 1 146 GLY n 1 147 ASP n 1 148 GLN n 1 149 PRO n 1 150 PRO n 1 151 ASP n 1 152 ILE n 1 153 GLU n 1 154 PHE n 1 155 GLN n 1 156 ILE n 1 157 ARG n 1 158 ASP n 1 159 MET n 1 160 LEU n 1 161 MET n 1 162 GLN n 1 163 PHE n 1 164 VAL n 1 165 THR n 1 166 LYS n 1 167 GLU n 1 168 ASN n 1 169 CYS n 1 170 LEU n 1 171 ILE n 1 172 LEU n 1 173 ALA n 1 174 VAL n 1 175 SER n 1 176 PRO n 1 177 ALA n 1 178 ASN n 1 179 SER n 1 180 ASP n 1 181 LEU n 1 182 ALA n 1 183 ASN n 1 184 SER n 1 185 ASP n 1 186 ALA n 1 187 LEU n 1 188 LYS n 1 189 VAL n 1 190 ALA n 1 191 LYS n 1 192 GLU n 1 193 VAL n 1 194 ASP n 1 195 PRO n 1 196 GLN n 1 197 GLY n 1 198 GLN n 1 199 ARG n 1 200 THR n 1 201 ILE n 1 202 GLY n 1 203 VAL n 1 204 ILE n 1 205 THR n 1 206 LYS n 1 207 LEU n 1 208 ASP n 1 209 LEU n 1 210 MET n 1 211 ASP n 1 212 GLU n 1 213 GLY n 1 214 THR n 1 215 ASP n 1 216 ALA n 1 217 ARG n 1 218 ASP n 1 219 VAL n 1 220 LEU n 1 221 GLU n 1 222 ASN n 1 223 LYS n 1 224 LEU n 1 225 LEU n 1 226 PRO n 1 227 LEU n 1 228 ARG n 1 229 ARG n 1 230 GLY n 1 231 TYR n 1 232 ILE n 1 233 GLY n 1 234 VAL n 1 235 VAL n 1 236 ASN n 1 237 ARG n 1 238 SER n 1 239 GLN n 1 240 LYS n 1 241 ASP n 1 242 ILE n 1 243 ASP n 1 244 GLY n 1 245 LYS n 1 246 LYS n 1 247 ASP n 1 248 ILE n 1 249 THR n 1 250 ALA n 1 251 ALA n 1 252 LEU n 1 253 ALA n 1 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_struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3ZYS _struct_keywords.pdbx_keywords 'HYDROLASE/GTP-BINDING PROTEIN' _struct_keywords.text 'HYDROLASE-GTP-BINDING PROTEIN COMPLEX, ENDOCYTOSIS, GTP HYDROLYSIS, MEMBRANE REMODELING' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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P20591 1 ? 662 ? 1 662 4 3 3ZYS C 1 ? 113 ? Q05193 518 ? 630 ? 10 122 5 1 3ZYS D 6 ? 320 ? Q05193 6 ? 320 ? 6 320 6 1 3ZYS D 329 ? 353 ? Q05193 726 ? 750 ? 726 750 7 2 3ZYS E 1 ? 662 ? P20591 1 ? 662 ? 1 662 8 3 3ZYS F 1 ? 113 ? Q05193 518 ? 630 ? 10 122 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 3ZYS LYS A 321 ? UNP Q05193 ? ? linker 321 1 1 3ZYS HIS A 322 ? UNP Q05193 ? ? linker 322 2 1 3ZYS GLY A 323 ? UNP Q05193 ? ? linker 323 3 1 3ZYS THR A 324 ? UNP Q05193 ? ? linker 324 4 1 3ZYS ASP A 325 ? UNP Q05193 ? ? linker 325 5 1 3ZYS SER A 326 ? UNP Q05193 ? ? linker 326 6 1 3ZYS ARG A 327 ? UNP Q05193 ? ? linker 327 7 1 3ZYS VAL A 328 ? UNP Q05193 ? ? linker 328 8 1 3ZYS ASN A 347 ? UNP Q05193 ASP 744 variant 744 9 5 3ZYS LYS D 321 ? UNP Q05193 ? ? linker 321 10 5 3ZYS HIS D 322 ? UNP Q05193 ? ? linker 322 11 5 3ZYS GLY D 323 ? UNP Q05193 ? ? linker 323 12 5 3ZYS THR D 324 ? UNP Q05193 ? ? linker 324 13 5 3ZYS ASP D 325 ? UNP Q05193 ? ? linker 325 14 5 3ZYS SER D 326 ? UNP Q05193 ? ? linker 326 15 5 3ZYS ARG D 327 ? UNP Q05193 ? ? linker 327 16 5 3ZYS VAL D 328 ? UNP Q05193 ? ? linker 328 17 5 3ZYS ASN D 347 ? UNP Q05193 ASP 744 variant 744 18 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 'representative helical assembly' ? helical 72 2 'helical asymmetric unit' ? hexameric 6 3 'helical asymmetric unit, std helical frame' ? hexameric 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 '(1-12)' A,B,C,D,E,F 2 7 A,B,C,D,E,F 3 H A,B,C,D,E,F # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] H 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 1 'helical symmetry operation' ? ? 0.84122780 -0.54068086 0.00000000 0.00000 0.54068086 0.84122780 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 -90.27000 2 'helical symmetry operation' ? ? 0.04754229 -0.99886923 0.00000000 0.00000 0.99886923 0.04754229 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 -75.22500 3 'helical symmetry operation' ? ? -0.78607271 -0.61813404 0.00000000 0.00000 0.61813404 -0.78607271 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 -60.18000 4 'helical symmetry operation' ? ? -0.95948627 0.28175539 0.00000000 0.00000 -0.28175539 -0.95948627 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 -45.13500 5 'helical symmetry operation' ? ? -0.32705297 0.94500601 0.00000000 0.00000 -0.94500601 -0.32705297 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 -30.09000 6 'helical symmetry operation' ? ? 0.58006337 0.81457135 0.00000000 0.00000 -0.81457135 0.58006337 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 -15.04500 7 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 8 'helical symmetry operation' ? ? 0.58006337 -0.81457135 0.00000000 0.00000 0.81457135 0.58006337 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 15.04500 9 'helical symmetry operation' ? ? -0.32705297 -0.94500601 0.00000000 0.00000 0.94500601 -0.32705297 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 30.09000 10 'helical symmetry operation' ? ? -0.95948627 -0.28175539 0.00000000 0.00000 0.28175539 -0.95948627 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 45.13500 11 'helical symmetry operation' ? ? -0.78607271 0.61813404 0.00000000 0.00000 -0.61813404 -0.78607271 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 60.18000 12 'helical symmetry operation' ? ? 0.04754229 0.99886923 0.00000000 0.00000 -0.99886923 0.04754229 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 75.22500 # _struct_biol.id 1 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 SER A 5 ? GLY A 24 ? SER A 5 GLY A 24 1 ? 20 HELX_P HELX_P2 2 GLY A 43 ? GLY A 53 ? GLY A 43 GLY A 53 1 ? 11 HELX_P HELX_P3 3 ASP A 93 ? GLY A 110 ? ASP A 93 GLY A 110 1 ? 18 HELX_P HELX_P4 4 ASP A 151 ? THR A 165 ? ASP A 151 THR A 165 1 ? 15 HELX_P HELX_P5 5 ASP A 180 ? ASN A 183 ? ASP A 180 ASN A 183 5 ? 4 HELX_P HELX_P6 6 SER A 184 ? ASP A 194 ? SER A 184 ASP A 194 1 ? 11 HELX_P HELX_P7 7 LYS A 206 ? MET A 210 ? LYS A 206 MET A 210 5 ? 5 HELX_P HELX_P8 8 ALA A 216 ? GLU A 221 ? ALA A 216 GLU A 221 1 ? 6 HELX_P HELX_P9 9 SER A 238 ? LYS A 245 ? SER A 238 LYS A 245 1 ? 8 HELX_P HELX_P10 10 ASP A 247 ? HIS A 262 ? ASP A 247 HIS A 262 1 ? 16 HELX_P HELX_P11 11 TYR A 265 ? MET A 272 ? TYR A 265 MET A 272 5 ? 8 HELX_P HELX_P12 12 GLY A 273 ? GLU A 310 ? GLY A 273 GLU A 310 1 ? 38 HELX_P HELX_P13 13 LEU A 332 ? THR A 351 ? LEU A 729 THR A 748 1 ? 20 HELX_P HELX_P14 14 ASP B 367 ? GLN B 391 ? ASP B 367 GLN B 391 1 ? 25 HELX_P HELX_P15 15 ARG B 402 ? GLN B 434 ? ARG B 402 GLN B 434 1 ? 33 HELX_P HELX_P16 16 TYR B 451 ? ALA B 464 ? TYR B 451 ALA B 464 1 ? 14 HELX_P HELX_P17 17 LEU B 465 ? PHE B 492 ? LEU B 465 PHE B 492 1 ? 28 HELX_P HELX_P18 18 PHE B 495 ? GLN B 529 ? PHE B 495 GLN B 529 1 ? 35 HELX_P HELX_P19 19 ILE B 577 ? PHE B 603 ? ILE B 577 PHE B 603 1 ? 27 HELX_P HELX_P20 20 LEU B 605 ? LEU B 617 ? LEU B 605 LEU B 617 1 ? 13 HELX_P HELX_P21 21 GLN B 618 ? GLN B 621 ? GLN B 618 GLN B 621 5 ? 4 HELX_P HELX_P22 22 ASP B 622 ? ASP B 624 ? ASP B 622 ASP B 624 5 ? 3 HELX_P HELX_P23 23 THR B 625 ? LEU B 630 ? THR B 625 LEU B 630 1 ? 6 HELX_P HELX_P24 24 GLU B 632 ? THR B 636 ? GLU B 632 THR B 636 5 ? 5 HELX_P HELX_P25 25 GLY C 15 ? GLY C 19 ? GLY C 24 GLY C 28 5 ? 5 HELX_P HELX_P26 26 THR C 92 ? ALA C 106 ? THR C 101 ALA C 115 1 ? 15 HELX_P HELX_P27 27 SER D 5 ? GLY D 24 ? SER D 5 GLY D 24 1 ? 20 HELX_P HELX_P28 28 GLY D 43 ? GLY D 53 ? GLY D 43 GLY D 53 1 ? 11 HELX_P HELX_P29 29 ASP D 93 ? GLY D 110 ? ASP D 93 GLY D 110 1 ? 18 HELX_P HELX_P30 30 ASP D 151 ? THR D 165 ? ASP D 151 THR D 165 1 ? 15 HELX_P HELX_P31 31 ASP D 180 ? ASN D 183 ? ASP D 180 ASN D 183 5 ? 4 HELX_P HELX_P32 32 SER D 184 ? ASP D 194 ? SER D 184 ASP D 194 1 ? 11 HELX_P HELX_P33 33 LYS D 206 ? MET D 210 ? LYS D 206 MET D 210 5 ? 5 HELX_P HELX_P34 34 ALA D 216 ? GLU D 221 ? ALA D 216 GLU D 221 1 ? 6 HELX_P HELX_P35 35 SER D 238 ? GLY D 244 ? SER D 238 GLY D 244 1 ? 7 HELX_P HELX_P36 36 ASP D 247 ? LEU D 260 ? ASP D 247 LEU D 260 1 ? 14 HELX_P HELX_P37 37 TYR D 265 ? MET D 272 ? TYR D 265 MET D 272 5 ? 8 HELX_P HELX_P38 38 GLY D 273 ? GLU D 310 ? GLY D 273 GLU D 310 1 ? 38 HELX_P HELX_P39 39 LEU D 332 ? THR D 351 ? LEU D 729 THR D 748 1 ? 20 HELX_P HELX_P40 40 GLU E 366 ? GLN E 391 ? GLU E 366 GLN E 391 1 ? 26 HELX_P HELX_P41 41 ARG E 402 ? ASN E 438 ? ARG E 402 ASN E 438 1 ? 37 HELX_P HELX_P42 42 ASN E 450 ? ALA E 464 ? ASN E 450 ALA E 464 1 ? 15 HELX_P HELX_P43 43 LEU E 465 ? PHE E 492 ? LEU E 465 PHE E 492 1 ? 28 HELX_P HELX_P44 44 HIS E 499 ? GLU E 528 ? HIS E 499 GLU E 528 1 ? 30 HELX_P HELX_P45 45 SER E 573 ? LEU E 605 ? SER E 573 LEU E 605 1 ? 33 HELX_P HELX_P46 46 LEU E 605 ? GLN E 618 ? LEU E 605 GLN E 618 1 ? 14 HELX_P HELX_P47 47 LEU E 619 ? GLN E 621 ? LEU E 619 GLN E 621 5 ? 3 HELX_P HELX_P48 48 TYR E 626 ? LYS E 631 ? TYR E 626 LYS E 631 1 ? 6 HELX_P HELX_P49 49 GLY F 15 ? GLY F 19 ? GLY F 24 GLY F 28 5 ? 5 HELX_P HELX_P50 50 THR F 92 ? ALA F 106 ? THR F 101 ALA F 115 1 ? 15 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id ASN _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 497 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id E _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id ASN _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 497 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id E _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 LEU _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 498 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 E _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 LEU _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 498 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 E _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle -28.39 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA ? 8 ? CA ? 8 ? DA ? 7 ? FA ? 7 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA 1 2 ? anti-parallel AA 2 3 ? parallel AA 3 4 ? anti-parallel AA 4 5 ? parallel AA 5 6 ? parallel AA 6 7 ? parallel AA 7 8 ? parallel CA 1 2 ? anti-parallel CA 2 3 ? anti-parallel CA 3 4 ? anti-parallel CA 4 5 ? anti-parallel CA 5 6 ? anti-parallel CA 6 7 ? anti-parallel CA 7 8 ? parallel DA 1 2 ? anti-parallel DA 2 3 ? parallel DA 3 4 ? anti-parallel DA 4 5 ? parallel DA 5 6 ? parallel DA 6 7 ? parallel FA 1 2 ? anti-parallel FA 2 3 ? anti-parallel FA 3 4 ? anti-parallel FA 4 5 ? anti-parallel FA 5 6 ? anti-parallel FA 6 7 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA 1 TYR A 80 ? 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CA D PHE 91 ? ? 144.96 121.70 23.26 2.50 Y 50 1 N D PHE 91 ? ? CA D PHE 91 ? ? CB D PHE 91 ? ? 123.60 110.60 13.00 1.80 N 51 1 O D PHE 91 ? ? C D PHE 91 ? ? N D THR 92 ? ? 112.80 122.70 -9.90 1.60 Y 52 1 C D GLY 114 ? ? N D ILE 115 ? ? CA D ILE 115 ? ? 152.23 121.70 30.53 2.50 Y 53 1 N D ILE 115 ? ? CA D ILE 115 ? ? CB D ILE 115 ? ? 127.14 110.80 16.34 2.30 N 54 1 NE D ARG 123 ? ? CZ D ARG 123 ? ? NH1 D ARG 123 ? ? 116.95 120.30 -3.35 0.50 N 55 1 N D LEU 130 ? ? CA D LEU 130 ? ? CB D LEU 130 ? ? 127.54 110.40 17.14 2.00 N 56 1 CA D LEU 130 ? ? CB D LEU 130 ? ? CG D LEU 130 ? ? 133.49 115.30 18.19 2.30 N 57 1 C D ASN 131 ? ? N D LEU 132 ? ? CA D LEU 132 ? ? 139.50 121.70 17.80 2.50 Y 58 1 CG1 D ILE 201 ? ? CB D ILE 201 ? ? CG2 D ILE 201 ? ? 94.48 111.40 -16.92 2.20 N 59 1 CA D GLU 212 ? ? CB D GLU 212 ? ? CG D GLU 212 ? ? 133.93 113.40 20.53 2.20 N 60 1 CB D LEU 224 ? ? CG D LEU 224 ? ? CD1 D LEU 224 ? ? 134.83 111.00 23.83 1.70 N 61 1 CB D LYS 245 ? ? CG D LYS 245 ? ? CD D LYS 245 ? ? 92.45 111.60 -19.15 2.60 N 62 1 C D MET 272 ? ? N D GLY 273 ? ? CA D GLY 273 ? ? 136.58 122.30 14.28 2.10 Y 63 1 CA E ASN 438 ? ? C E ASN 438 ? ? O E ASN 438 ? ? 103.08 120.10 -17.02 2.10 N 64 1 N E PHE 492 ? ? CA E PHE 492 ? ? CB E PHE 492 ? ? 122.08 110.60 11.48 1.80 N 65 1 N E GLU 493 ? ? CA E GLU 493 ? ? CB E GLU 493 ? ? 123.66 110.60 13.06 1.80 N 66 1 O E GLU 494 ? ? C E GLU 494 ? ? N E PHE 495 ? ? 112.94 122.70 -9.76 1.60 Y 67 1 C E GLU 494 ? ? N E PHE 495 ? ? CA E PHE 495 ? ? 156.69 121.70 34.99 2.50 Y 68 1 CB E PHE 495 ? ? CA E PHE 495 ? ? C E PHE 495 ? ? 130.96 110.40 20.56 2.00 N 69 1 CD1 E PHE 495 ? ? CG E PHE 495 ? ? CD2 E PHE 495 ? ? 108.14 118.30 -10.16 1.30 N 70 1 CB E PHE 495 ? ? CG E PHE 495 ? ? CD1 E PHE 495 ? ? 126.60 120.80 5.80 0.70 N 71 1 CG E PHE 495 ? ? CD1 E PHE 495 ? ? CE1 E PHE 495 ? ? 127.76 120.80 6.96 1.10 N 72 1 CA E PHE 495 ? ? C E PHE 495 ? ? N E PHE 496 ? ? 149.13 117.20 31.93 2.20 Y 73 1 O E PHE 495 ? ? C E PHE 495 ? ? N E PHE 496 ? ? 83.48 122.70 -39.22 1.60 Y 74 1 C E PHE 495 ? ? N E PHE 496 ? ? CA E PHE 496 ? ? 164.97 121.70 43.27 2.50 Y 75 1 CB E PHE 496 ? ? CA E PHE 496 ? ? C E PHE 496 ? ? 95.04 110.40 -15.36 2.00 N 76 1 CZ E PHE 496 ? ? CE2 E PHE 496 ? ? CD2 E PHE 496 ? ? 106.84 120.10 -13.26 1.20 N 77 1 N E PHE 496 ? ? CA E PHE 496 ? ? C E PHE 496 ? ? 141.20 111.00 30.20 2.70 N 78 1 CA E PHE 496 ? ? C E PHE 496 ? ? N E ASN 497 ? ? 152.72 117.20 35.52 2.20 Y 79 1 O E PHE 496 ? ? C E PHE 496 ? ? N E ASN 497 ? ? 68.35 122.70 -54.35 1.60 Y 80 1 C E PHE 496 ? ? N E ASN 497 ? ? CA E ASN 497 ? ? 163.29 121.70 41.59 2.50 Y 81 1 CB E ASN 497 ? ? CA E ASN 497 ? ? C E ASN 497 ? ? 97.16 110.40 -13.24 2.00 N 82 1 N E ASN 497 ? ? CA E ASN 497 ? ? CB E ASN 497 ? ? 121.63 110.60 11.03 1.80 N 83 1 N E ASN 497 ? ? CA E ASN 497 ? ? C E ASN 497 ? ? 141.21 111.00 30.21 2.70 N 84 1 CA E ASN 497 ? ? C E ASN 497 ? ? O E ASN 497 ? ? 144.00 120.10 23.90 2.10 N 85 1 CA E ASN 497 ? ? C E ASN 497 ? ? N E LEU 498 ? ? 146.92 117.20 29.72 2.20 Y 86 1 O E ASN 497 ? ? C E ASN 497 ? ? N E LEU 498 ? ? 64.19 122.70 -58.51 1.60 Y 87 1 C E ASN 497 ? ? N E LEU 498 ? ? CA E LEU 498 ? ? 175.38 121.70 53.68 2.50 Y 88 1 N E LEU 498 ? ? CA E LEU 498 ? ? CB E LEU 498 ? ? 129.28 110.40 18.88 2.00 N 89 1 CA E LEU 498 ? ? CB E LEU 498 ? ? CG E LEU 498 ? ? 147.89 115.30 32.59 2.30 N 90 1 CB E LEU 498 ? ? CG E LEU 498 ? ? CD1 E LEU 498 ? ? 100.05 111.00 -10.95 1.70 N 91 1 CB E LEU 498 ? ? CG E LEU 498 ? ? CD2 E LEU 498 ? ? 131.72 111.00 20.72 1.70 N 92 1 CA E LEU 498 ? ? C E LEU 498 ? ? N E HIS 499 ? ? 151.19 117.20 33.99 2.20 Y 93 1 O E LEU 498 ? ? C E LEU 498 ? ? N E HIS 499 ? ? 91.69 122.70 -31.01 1.60 Y 94 1 C E LEU 498 ? ? N E HIS 499 ? ? CA E HIS 499 ? ? 164.43 121.70 42.73 2.50 Y 95 1 CB E HIS 499 ? ? CA E HIS 499 ? ? C E HIS 499 ? ? 128.62 110.40 18.22 2.00 N 96 1 CA E HIS 499 ? ? C E HIS 499 ? ? N E ARG 500 ? ? 134.03 117.20 16.83 2.20 Y 97 1 O E HIS 499 ? ? C E HIS 499 ? ? N E ARG 500 ? ? 105.16 122.70 -17.54 1.60 Y 98 1 C E HIS 499 ? ? N E ARG 500 ? ? CA E ARG 500 ? ? 149.87 121.70 28.17 2.50 Y 99 1 N E ARG 500 ? ? CA E ARG 500 ? ? CB E ARG 500 ? ? 123.50 110.60 12.90 1.80 N 100 1 CB E ARG 500 ? ? CG E ARG 500 ? ? CD E ARG 500 ? ? 139.54 111.60 27.94 2.60 N 101 1 CG E ARG 500 ? ? CD E ARG 500 ? ? NE E ARG 500 ? ? 140.44 111.80 28.64 2.10 N 102 1 CD E ARG 500 ? ? NE E ARG 500 ? ? CZ E ARG 500 ? ? 152.17 123.60 28.57 1.40 N 103 1 NH1 E ARG 500 ? ? CZ E ARG 500 ? ? NH2 E ARG 500 ? ? 107.80 119.40 -11.60 1.10 N 104 1 NE E ARG 500 ? ? CZ E ARG 500 ? ? NH1 E ARG 500 ? ? 113.39 120.30 -6.91 0.50 N 105 1 NE E ARG 500 ? ? CZ E ARG 500 ? ? NH2 E ARG 500 ? ? 138.39 120.30 18.09 0.50 N 106 1 O E ARG 500 ? ? C E ARG 500 ? ? N E THR 501 ? ? 102.57 122.70 -20.13 1.60 Y 107 1 N E THR 501 ? ? CA E THR 501 ? ? CB E THR 501 ? ? 128.36 110.30 18.06 1.90 N 108 1 CA E THR 501 ? ? CB E THR 501 ? ? CG2 E THR 501 ? ? 130.33 112.40 17.93 1.40 N 109 1 O E THR 501 ? ? C E THR 501 ? ? N E ALA 502 ? ? 111.53 122.70 -11.17 1.60 Y 110 1 N E ALA 502 ? ? CA E ALA 502 ? ? CB E ALA 502 ? ? 118.80 110.10 8.70 1.40 N 111 1 CA E LYS 503 ? ? CB E LYS 503 ? ? CG E LYS 503 ? ? 127.12 113.40 13.72 2.20 N 112 1 O E LYS 503 ? ? C E LYS 503 ? ? N E SER 504 ? ? 112.34 122.70 -10.36 1.60 Y 113 1 CD E LYS 505 ? ? CE E LYS 505 ? ? NZ E LYS 505 ? ? 134.79 111.70 23.09 2.30 N 114 1 O E GLU 507 ? ? C E GLU 507 ? ? N E ASP 508 ? ? 111.25 122.70 -11.45 1.60 Y 115 1 N E MET 527 ? ? CA E MET 527 ? ? CB E MET 527 ? ? 121.70 110.60 11.10 1.80 N 116 1 CA E MET 527 ? ? CB E MET 527 ? ? CG E MET 527 ? ? 130.82 113.30 17.52 1.70 N 117 1 CG E MET 527 ? ? SD E MET 527 ? ? CE E MET 527 ? ? 82.17 100.20 -18.03 1.60 N 118 1 CA E MET 527 ? ? C E MET 527 ? ? O E MET 527 ? ? 136.24 120.10 16.14 2.10 N 119 1 O E MET 527 ? ? C E MET 527 ? ? N E GLU 528 ? ? 104.83 122.70 -17.87 1.60 Y 120 1 CB E TYR 532 ? ? CG E TYR 532 ? ? CD2 E TYR 532 ? ? 113.07 121.00 -7.93 0.60 N 121 1 CB E TYR 532 ? ? CG E TYR 532 ? ? CD1 E TYR 532 ? ? 125.93 121.00 4.93 0.60 N 122 1 CA E TYR 532 ? ? C E TYR 532 ? ? O E TYR 532 ? ? 141.67 120.10 21.57 2.10 N 123 1 N E GLU 576 ? ? CA E GLU 576 ? ? CB E GLU 576 ? ? 123.39 110.60 12.79 1.80 N 124 1 CA E GLU 576 ? ? CB E GLU 576 ? ? CG E GLU 576 ? ? 137.61 113.40 24.21 2.20 N 125 1 N E GLN 579 ? ? CA E GLN 579 ? ? CB E GLN 579 ? ? 134.03 110.60 23.43 1.80 N 126 1 CA E THR 625 ? ? CB E THR 625 ? ? CG2 E THR 625 ? ? 131.57 112.40 19.17 1.40 N 127 1 O E THR 625 ? ? C E THR 625 ? ? N E TYR 626 ? ? 101.83 122.70 -20.87 1.60 Y 128 1 N E TYR 626 ? ? CA E TYR 626 ? ? CB E TYR 626 ? ? 125.16 110.60 14.56 1.80 N 129 1 CD1 E TYR 626 ? ? CE1 E TYR 626 ? ? CZ E TYR 626 ? ? 114.19 119.80 -5.61 0.90 N 130 1 CE1 E TYR 626 ? ? CZ E TYR 626 ? ? CE2 E TYR 626 ? ? 108.69 119.80 -11.11 1.60 N 131 1 CZ E TYR 626 ? ? CE2 E TYR 626 ? ? CD2 E TYR 626 ? ? 113.81 119.80 -5.99 0.90 N 132 1 CG E TRP 628 ? ? CD2 E TRP 628 ? ? 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CA E ARG 633 ? ? C E ARG 633 ? ? 129.96 111.00 18.96 2.70 N 145 1 CA F GLU 50 ? ? CB F GLU 50 ? ? CG F GLU 50 ? ? 137.22 113.40 23.82 2.20 N 146 1 C F GLU 52 ? ? N F LYS 53 ? ? CA F LYS 53 ? ? 140.59 121.70 18.89 2.50 Y 147 1 N F LYS 53 ? ? CA F LYS 53 ? ? CB F LYS 53 ? ? 122.81 110.60 12.21 1.80 N 148 1 N F TYR 55 ? ? CA F TYR 55 ? ? CB F TYR 55 ? ? 122.96 110.60 12.36 1.80 N 149 1 CB F ASN 61 ? ? CA F ASN 61 ? ? C F ASN 61 ? ? 124.20 110.40 13.80 2.00 N 150 1 CA F ASN 61 ? ? CB F ASN 61 ? ? CG F ASN 61 ? ? 138.51 113.40 25.11 2.20 N 151 1 CB F ASN 61 ? ? CG F ASN 61 ? ? OD1 F ASN 61 ? ? 135.64 121.60 14.04 2.00 N 152 1 CB F ASN 61 ? ? CG F ASN 61 ? ? ND2 F ASN 61 ? ? 100.70 116.70 -16.00 2.40 N 153 1 N F ASP 66 ? ? CA F ASP 66 ? ? CB F ASP 66 ? ? 124.21 110.60 13.61 1.80 N 154 1 CB F ASP 66 ? ? CG F ASP 66 ? ? OD1 F ASP 66 ? ? 110.30 118.30 -8.00 0.90 N 155 1 C F LYS 69 ? ? N F GLY 70 ? ? CA F GLY 70 ? ? 135.65 122.30 13.35 2.10 Y 156 1 C F ARG 93 ? ? N F GLN 94 ? ? 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PLANAR . 11 1 CA ? E GLU 528 ? 'WRONG HAND' . 12 1 CA ? E SER 573 ? 'WRONG HAND' . 13 1 CA ? E GLN 579 ? 'WRONG HAND' . 14 1 CB ? E THR 625 ? PLANAR . 15 1 CA ? E TYR 626 ? PLANAR . 16 1 CA ? E ARG 633 ? PLANAR . 17 1 CA ? F GLU 52 ? 'WRONG HAND' . 18 1 CA ? F TYR 55 ? PLANAR . # loop_ _pdbx_validate_planes.id _pdbx_validate_planes.PDB_model_num _pdbx_validate_planes.auth_comp_id _pdbx_validate_planes.auth_asym_id _pdbx_validate_planes.auth_seq_id _pdbx_validate_planes.PDB_ins_code _pdbx_validate_planes.label_alt_id _pdbx_validate_planes.rmsd _pdbx_validate_planes.type 1 1 ARG A 67 ? ? 0.084 'SIDE CHAIN' 2 1 GLU A 221 ? ? 0.088 'SIDE CHAIN' 3 1 ARG A 228 ? ? 0.090 'SIDE CHAIN' 4 1 TYR A 231 ? ? 0.075 'SIDE CHAIN' 5 1 ARG A 290 ? ? 0.135 'SIDE CHAIN' 6 1 ASN B 369 ? ? 0.081 'SIDE CHAIN' 7 1 ARG B 402 ? ? 0.133 'SIDE CHAIN' 8 1 ARG B 408 ? ? 0.085 'SIDE CHAIN' 9 1 HIS B 595 ? ? 0.086 'SIDE CHAIN' 10 1 PHE B 602 ? ? 0.064 'SIDE CHAIN' 11 1 TYR B 626 ? ? 0.153 'SIDE CHAIN' 12 1 PHE E 373 ? ? 0.077 'SIDE CHAIN' 13 1 PHE E 495 ? ? 0.137 'SIDE CHAIN' 14 1 PHE E 496 ? ? 0.141 'SIDE CHAIN' 15 1 HIS E 499 ? ? 0.116 'SIDE CHAIN' 16 1 TYR E 532 ? ? 0.274 'SIDE CHAIN' 17 1 HIS E 585 ? ? 0.087 'SIDE CHAIN' 18 1 GLU E 587 ? ? 0.072 'SIDE CHAIN' 19 1 TYR E 608 ? ? 0.157 'SIDE CHAIN' 20 1 TYR E 626 ? ? 0.342 'SIDE CHAIN' 21 1 ARG E 633 ? ? 0.173 'SIDE CHAIN' 22 1 TYR F 55 ? ? 0.076 'SIDE CHAIN' 23 1 ASN F 61 ? ? 0.116 'SIDE CHAIN' # loop_ _pdbx_validate_main_chain_plane.id _pdbx_validate_main_chain_plane.PDB_model_num _pdbx_validate_main_chain_plane.auth_comp_id _pdbx_validate_main_chain_plane.auth_asym_id _pdbx_validate_main_chain_plane.auth_seq_id _pdbx_validate_main_chain_plane.PDB_ins_code _pdbx_validate_main_chain_plane.label_alt_id _pdbx_validate_main_chain_plane.improper_torsion_angle 1 1 SER A 5 ? ? -10.96 2 1 GLU A 7 ? ? 10.09 3 1 SER A 41 ? ? -11.15 4 1 GLN A 72 ? ? -11.36 5 1 THR A 105 ? ? -10.30 6 1 LEU A 130 ? ? -10.04 7 1 LEU A 132 ? ? -10.76 8 1 ALA A 177 ? ? -10.56 9 1 GLY A 197 ? ? -12.70 10 1 LYS A 206 ? ? -13.10 11 1 MET A 728 ? ? -10.00 12 1 PHE B 492 ? ? -16.14 13 1 LEU B 620 ? ? -11.45 14 1 GLY C 24 ? ? -18.77 15 1 ASN C 61 ? ? -11.02 16 1 GLU C 68 ? ? -13.11 17 1 CYS C 99 ? ? -10.05 18 1 GLU D 7 ? ? 10.45 19 1 GLY D 43 ? ? 10.68 20 1 GLY D 62 ? ? -15.90 21 1 GLN D 72 ? ? -12.60 22 1 PHE D 91 ? ? 12.59 23 1 LYS D 113 ? ? -14.87 24 1 GLY D 114 ? ? 11.40 25 1 GLY D 197 ? ? -13.73 26 1 ASP D 726 ? ? 15.65 27 1 GLU E 494 ? ? 13.97 28 1 PHE E 495 ? ? -44.19 29 1 PHE E 496 ? ? -72.99 30 1 ASN E 497 ? ? 20.08 31 1 HIS E 499 ? ? 22.84 32 1 ALA E 502 ? ? 10.87 33 1 MET E 616 ? ? -10.00 34 1 LEU E 620 ? ? -10.57 35 1 THR E 625 ? ? 20.43 36 1 TYR E 626 ? ? 10.01 37 1 LEU E 629 ? ? 10.15 38 1 GLU E 632 ? ? 12.79 39 1 GLY F 24 ? ? -18.26 40 1 TYR F 55 ? ? -17.22 41 1 ASN F 61 ? ? -14.67 42 1 GLU F 68 ? ? -13.22 43 1 LYS F 69 ? ? 10.13 # _pdbx_validate_polymer_linkage.id 1 _pdbx_validate_polymer_linkage.PDB_model_num 1 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_atom_id_1 C _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_asym_id_1 E _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_comp_id_1 LEU _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_seq_id_1 498 _pdbx_validate_polymer_linkage.PDB_ins_code_1 ? _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_1 ? _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_atom_id_2 N _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_asym_id_2 E _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_comp_id_2 HIS _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_seq_id_2 499 _pdbx_validate_polymer_linkage.PDB_ins_code_2 ? _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_2 ? _pdbx_validate_polymer_linkage.dist 1.19 # _pdbx_helical_symmetry.entry_id 3ZYS _pdbx_helical_symmetry.number_of_operations 12 _pdbx_helical_symmetry.rotation_per_n_subunits 54.545000 _pdbx_helical_symmetry.rise_per_n_subunits 15.045000 _pdbx_helical_symmetry.n_subunits_divisor 1 _pdbx_helical_symmetry.dyad_axis no _pdbx_helical_symmetry.circular_symmetry 1 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 3ZYS _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details 'REFINEMENT PROTOCOL--YUP ALGORITHM' _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code 1 1 2X2E ? ? 1 ? ? ? PDB 'experimental model' 2X2E 1 2 3LJB ? ? 2 ? ? ? PDB 'experimental model' 3LJB 1 3 1DYN ? ? 3 ? ? ? PDB 'experimental model' 1DYN # _em_3d_reconstruction.entry_id 3ZYS _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type HELICAL _em_3d_reconstruction.num_particles 4814 _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method IHRSR _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size 2.26 _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.resolution 12.2 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details ;THIS MODEL INCORPORATES COORDINATES FROM 3ZYC AND 1DYN, WHICH WERE DOCKED INTO A HELICAL CRYO-EM DENSITY. CHAINS A AND D OF THE MODEL SHOW RESIDUES 6-311 OF HUMAN DYNAMIN 1'S G DOMAIN AND RESIDUES 726-748 OF ITS GTPASE EFFECTOR DOMAIN. CHAINS C AND F INCLUDE RESIDUES 518-630 OF DYNAMIN'S PH DOMAIN. RESIDUE 5 SER IN CHAINS A AND D IS A CLONING ARTIFACT THAT WAS VISIBLE IN THE CRYSTAL STRUCTURE OF 3ZYC. INCORPORATES COORDINATES FROM 3LJB, WHICH WERE DOCKED INTO A HELICAL CRYO-EM DENSITY. CHAINS B AND E INCLUDE RESIDUES 367-435 AND 451-531 OF HUMAN MXA'S MIDDLE DOMAIN AND RESIDUES 576-636 OF IF GTPASE EFFECTOR DOMAIN. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1949. (DEPOSITION ID: 10194). ; _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name 'GMPPCP STABILIZED HUMAN DYNAMIN 1 DELTA PRD HELICAL POLYMER' _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details 'DELTA PRD DYNAMIN HELICAL TUBES GENERATED IN THE PRESENCE OF GMPPCP AND DOPS LIPOSOMES' _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.entry_id 3ZYS _em_imaging.id 1 _em_imaging.nominal_magnification 50000 _em_imaging.nominal_defocus_min 500 _em_imaging.nominal_defocus_max 2000 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TECNAI F20' _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 120 _em_imaging.details ? _em_imaging.specimen_holder_type . _em_imaging.specimen_holder_model . _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details 'HOLEY CARBON' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? # _em_vitrification.entry_id 3ZYS _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.instrument 'HOMEMADE PLUNGER' _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.details 'PLUNGE FROZEN IN LIQUID ETHANE' _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 3ZYS _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state 'HELICAL ARRAY' _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method HELICAL # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A GLY 1 ? 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