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_citation.title 'Crystal Structure of the Eukaryotic 60S Ribosomal Subunit in Complex with Initiation Factor 6.' _citation.journal_abbrev Science _citation.journal_volume 334 _citation.page_first 941 _citation.page_last ? _citation.year 2011 _citation.journal_id_ASTM SCIEAS _citation.country US _citation.journal_id_ISSN 0036-8075 _citation.journal_id_CSD 0038 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 22052974 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1126/SCIENCE.1211204 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Klinge, S.' 1 primary 'Voigts-Hoffmann, F.' 2 primary 'Leibundgut, M.' 3 primary 'Arpagaus, S.' 4 primary 'Ban, N.' 5 # _cell.entry_id 4A18 _cell.length_a 320.190 _cell.length_b 289.250 _cell.length_c 535.040 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 91.22 _cell.angle_gamma 90.00 _cell.Z_PDB 2 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4A18 _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' 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no no ;MAKGQAVGINKGFITTQLEKKLQKHSAVQRKGKLGKRVALVRQVIREVTGFAPYEKRIIELIKAGSAKDSKKATKIARKR LGTHRRAKVKKALLEEAVRAQRKK ; ;MAKGQAVGINKGFITTQLEKKLQKHSAVQRKGKLGKRVALVRQVIREVTGFAPYEKRIIELIKAGSAKDSKKATKIARKR LGTHRRAKVKKALLEEAVRAQRKK ; Q ? 17 'polypeptide(L)' no no MAKSKNSTNKNQISKSHRNGIKKPKDHRHISTKGVNPRFLRNRRRAIKNDPSIKKSKNLEKKVNKE MAKSKNSTNKNQISKSHRNGIKKPKDHRHISTKGVNPRFLRNRRRAIKNDPSIKKSKNLEKKVNKE T ? 18 'polypeptide(L)' no no ;MKHNNQLPVAQLRKHQQFRIKTFFNQAAQKKARLHARRAQAAAVFPRPTEKLQPVVRKQTQRYNKSTKLGRGFTLQELKA AGISAAFAQSIGIKVDHRRKNRCQESLELNKKRLLAYVSKLVLFPRHQGKAKKGLVNDTADTSSAAQNALQTSVPLPSVS KREKAVSNIAELRKKKVYRIIRQEKTNQKWDGKRKAKAQAAAEPKA ; ;MKHNNQLPVAQLRKHQQFRIKTFFNQAAQKKARLHARRAQAAAVFPRPTEKLQPVVRKQTQRYNKSTKLGRGFTLQELKA AGISAAFAQSIGIKVDHRRKNRCQESLELNKKRLLAYVSKLVLFPRHQGKAKKGLVNDTADTSSAAQNALQTSVPLPSVS KREKAVSNIAELRKKKVYRIIRQEKTNQKWDGKRKAKAQAAAEPKA ; U ? 19 'polypeptide(L)' no no ;MVRKAAQEPKDDTLQMKVRQYVVSAARLPIEQGTKPEILQMRVFARDEVHAKTKFWYNMRKLNKIKRSQGRILSVNEIYE KSLNTVKTYGIVLKYQSRTAIHNMYKEYRDVSLNGAVSQLIQDMAGNHRAQPDTIQIIRTATLEPKDIKRPATLAMRNAA LKFPIVKTIHRPSEKKYRTVYKATRPTTF ; ;MVRKAAQEPKDDTLQMKVRQYVVSAARLPIEQGTKPEILQMRVFARDEVHAKTKFWYNMRKLNKIKRSQGRILSVNEIYE KSLNTVKTYGIVLKYQSRTAIHNMYKEYRDVSLNGAVSQLIQDMAGNHRAQPDTIQIIRTATLEPKDIKRPATLAMRNAA LKFPIVKTIHRPSEKKYRTVYKATRPTTF ; X ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 C n 1 2 U n 1 3 A n 1 4 C n 1 5 A n 1 6 C n 1 7 C n 1 8 U n 1 9 G n 1 10 A n 1 11 A n 1 12 A n 1 13 C n 1 14 A n 1 15 A n 1 16 G n 1 17 C n 1 18 A n 1 19 A n 1 20 G n 1 21 A n 1 22 U n 1 23 U n 1 24 A n 1 25 C n 1 26 C n 1 27 C n 1 28 G n 1 29 C n 1 30 U n 1 31 G n 1 32 A n 1 33 A n 1 34 C n 1 35 U n 1 36 U n 1 37 A n 1 38 A n 1 39 G n 1 40 C n 1 41 A n 1 42 U n 1 43 A n 1 44 U n 1 45 C n 1 46 A n 1 47 G n 1 48 U n 1 49 A n 1 50 A n 1 51 G n 1 52 C n 1 53 G n 1 54 G n 1 55 A n 1 56 G n 1 57 G n 1 58 A n 1 59 A n 1 60 A n 1 61 A n 1 62 G n 1 63 A n 1 64 A n 1 65 A n 1 66 C n 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C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 11 ? L N N 12 ? M N N 13 ? N N N 14 ? O N N 15 ? P N N 16 ? Q N N 17 ? R N N 18 ? S N N 19 ? T N N 20 ? U N N 20 ? V N N 20 ? W N N 20 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ;THE BIOLOGICAL ASSEMBLY CONSISTS OF PDB ENTRIES 4A1E AND 4A18 COMPLETE ASYMMETRIC UNIT CAN BE MADE BY COMBINING PDB ENTRIES 4A18 4A1E 4A17 4A19 4A1A 4A1B 4A1C 4A1D ; # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 GLY B 4 ? GLY B 9 ? GLY A 4 GLY A 9 1 ? 6 HELX_P HELX_P2 2 GLY B 38 ? ALA B 42 ? GLY A 38 ALA A 42 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 3 LYS B 53 ? ARG B 57 ? LYS A 53 ARG A 57 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 4 MET B 68 ? ASN B 77 ? MET A 68 ASN A 77 1 ? 10 HELX_P HELX_P5 5 THR C 6 ? GLN C 19 ? THR B 6 GLN B 19 1 ? 14 HELX_P HELX_P6 6 TRP C 26 ? LYS C 30 ? TRP B 26 LYS B 30 5 ? 5 HELX_P HELX_P7 7 ALA D 35 ? SER D 46 ? ALA C 35 SER C 46 1 ? 12 HELX_P HELX_P8 8 ASP D 93 ? LYS D 104 ? ASP C 93 LYS C 104 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 9 LYS E 14 ? TYR E 19 ? LYS E 14 TYR E 19 1 ? 6 HELX_P HELX_P10 10 ASN E 91 ? ALA E 93 ? ASN E 91 ALA E 93 5 ? 3 HELX_P HELX_P11 11 ASN E 108 ? PHE E 112 ? ASN E 108 PHE E 112 5 ? 5 HELX_P HELX_P12 12 GLU E 113 ? PHE E 117 ? GLU E 113 PHE E 117 5 ? 5 HELX_P HELX_P13 13 THR E 135 ? LYS E 166 ? THR E 135 LYS E 166 1 ? 32 HELX_P HELX_P14 14 PHE E 169 ? SER E 176 ? PHE E 169 SER E 176 1 ? 8 HELX_P HELX_P15 15 ARG F 68 ? ASP F 80 ? ARG F 68 ASP F 80 1 ? 13 HELX_P HELX_P16 16 ASP F 80 ? THR F 88 ? ASP F 80 THR F 88 1 ? 9 HELX_P HELX_P17 17 THR F 88 ? ASN F 102 ? THR F 88 ASN F 102 1 ? 15 HELX_P HELX_P18 18 GLY F 104 ? THR F 121 ? GLY F 104 THR F 121 1 ? 18 HELX_P HELX_P19 19 ASP G 8 ? GLY G 21 ? ASP G 8 GLY G 21 1 ? 14 HELX_P HELX_P20 20 GLY G 26 ? GLY G 37 ? GLY G 26 GLY G 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P21 21 PRO G 49 ? GLN G 64 ? PRO G 49 GLN G 64 1 ? 16 HELX_P HELX_P22 22 SER G 73 ? CYS G 81 ? SER G 73 CYS G 81 1 ? 9 HELX_P HELX_P23 23 SER G 98 ? LYS G 102 ? SER G 98 LYS G 102 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 24 THR H 44 ? PHE H 50 ? THR H 44 PHE H 50 1 ? 7 HELX_P HELX_P25 25 PRO H 96 ? GLY H 101 ? PRO H 96 GLY H 101 5 ? 6 HELX_P HELX_P26 26 ASP I 15 ? VAL I 18 ? ASP J 12 VAL J 15 5 ? 4 HELX_P HELX_P27 27 SER I 34 ? VAL I 46 ? SER J 31 VAL J 43 1 ? 13 HELX_P HELX_P28 28 ILE I 61 ? THR I 66 ? ILE J 58 THR J 63 1 ? 6 HELX_P HELX_P29 29 ASN I 80 ? LEU I 91 ? ASN J 77 LEU J 88 1 ? 12 HELX_P HELX_P30 30 ALA I 106 ? CYS I 110 ? ALA J 103 CYS J 107 1 ? 5 HELX_P HELX_P31 31 ASP I 125 ? GLY I 137 ? ASP J 122 GLY J 134 1 ? 13 HELX_P HELX_P32 32 LEU I 150 ? TYR I 154 ? LEU J 147 TYR J 151 1 ? 5 HELX_P HELX_P33 33 SER I 169 ? GLN I 181 ? SER J 166 GLN J 178 1 ? 13 HELX_P HELX_P34 34 VAL I 195 ? GLY I 199 ? VAL J 192 GLY J 196 1 ? 5 HELX_P HELX_P35 35 THR I 214 ? PHE I 225 ? THR J 211 PHE J 222 1 ? 12 HELX_P HELX_P36 36 GLU J 79 ? CYS J 91 ? GLU K 79 CYS K 91 1 ? 13 HELX_P HELX_P37 37 LYS J 112 ? GLY J 116 ? LYS K 112 GLY K 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P38 38 THR K 15 ? ASN K 18 ? THR L 15 ASN L 18 5 ? 4 HELX_P HELX_P39 39 ALA K 62 ? THR K 66 ? ALA L 62 THR L 66 5 ? 5 HELX_P HELX_P40 40 ALA K 68 ? THR K 73 ? ALA L 68 THR L 73 1 ? 6 HELX_P HELX_P41 41 CYS K 83 ? SER K 109 ? CYS L 83 SER L 109 1 ? 27 HELX_P HELX_P42 42 CYS L 21 ? ASP L 27 ? CYS M 21 ASP M 27 1 ? 7 HELX_P HELX_P43 43 LEU L 31 ? ILE L 43 ? LEU M 31 ILE M 43 1 ? 13 HELX_P HELX_P44 44 SER L 74 ? GLN L 89 ? SER M 74 GLN M 89 1 ? 16 HELX_P HELX_P45 45 GLY M 58 ? ARG M 65 ? GLY N 58 ARG N 65 1 ? 8 HELX_P HELX_P46 46 ASP M 92 ? VAL M 97 ? ASP N 92 VAL N 97 1 ? 6 HELX_P HELX_P47 47 LYS M 98 ? ASN M 104 ? LYS N 98 ASN N 104 1 ? 7 HELX_P HELX_P48 48 ALA M 106 ? THR M 124 ? ALA N 106 THR N 124 1 ? 19 HELX_P HELX_P49 49 GLU M 129 ? SER M 140 ? GLU N 129 SER N 140 1 ? 12 HELX_P HELX_P50 50 MET N 1 ? LYS N 10 ? MET O 1 LYS O 10 1 ? 10 HELX_P HELX_P51 51 ALA N 54 ? GLN N 56 ? ALA O 54 GLN O 56 5 ? 3 HELX_P HELX_P52 52 GLY N 86 ? PHE N 98 ? GLY O 86 PHE O 98 1 ? 13 HELX_P HELX_P53 53 SER N 100 ? ASN N 134 ? SER O 100 ASN O 134 1 ? 35 HELX_P HELX_P54 54 ASP O 7 ? ASN O 17 ? ASP P 7 ASN P 17 1 ? 11 HELX_P HELX_P55 55 ASP O 57 ? ALA O 67 ? ASP P 57 ALA P 67 1 ? 11 HELX_P HELX_P56 56 GLY P 35 ? GLY P 50 ? GLY Q 35 GLY Q 50 1 ? 16 HELX_P HELX_P57 57 ALA P 52 ? GLY P 65 ? ALA Q 52 GLY Q 65 1 ? 14 HELX_P HELX_P58 58 SER P 66 ? GLY P 82 ? SER Q 66 GLY Q 82 1 ? 17 HELX_P HELX_P59 59 THR P 83 ? LYS P 103 ? THR Q 83 LYS Q 103 1 ? 21 HELX_P HELX_P60 60 ASN Q 11 ? ARG Q 18 ? ASN T 11 ARG T 18 1 ? 8 HELX_P HELX_P61 61 ASN Q 36 ? ASP Q 50 ? ASN T 36 ASP T 50 1 ? 15 HELX_P HELX_P62 62 SER Q 56 ? GLU Q 66 ? SER T 56 GLU T 66 1 ? 11 HELX_P HELX_P63 63 HIS R 15 ? 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THR G 89 ASP G 94 GA 3 LEU G 41 ? ILE G 44 ? LEU G 41 ILE G 44 GA 4 SER G 66 ? HIS G 69 ? SER G 66 HIS G 69 HA 1 VAL H 16 ? SER H 26 ? VAL H 16 SER H 26 HA 2 VAL H 103 ? MET H 107 ? VAL H 103 MET H 107 HA 3 ARG H 55 ? LYS H 65 ? ARG H 55 LYS H 65 HA 4 SER H 68 ? HIS H 81 ? SER H 68 HIS H 81 HA 5 VAL H 86 ? PHE H 91 ? VAL H 86 PHE H 91 HA 6 THR H 29 ? LEU H 39 ? THR H 29 LEU H 39 HA 7 VAL H 16 ? SER H 26 ? VAL H 16 SER H 26 JA 1 ALA I 5 ? CYS I 8 ? ALA J 2 CYS J 5 JA 2 ALA I 206 ? GLY I 210 ? ALA J 203 GLY J 207 JA 3 LEU I 200 ? ASN I 203 ? LEU J 197 ASN J 200 JB 1 CYS I 20 ? THR I 23 ? CYS J 17 THR J 20 JB 2 TYR I 26 ? SER I 30 ? TYR J 23 SER J 27 JB 3 VAL I 51 ? THR I 54 ? VAL J 48 THR J 51 JC 1 CYS I 67 ? ASN I 69 ? CYS J 64 ASN J 66 JC 2 GLY I 72 ? VAL I 75 ? GLY J 69 VAL J 72 JC 3 ARG I 96 ? ARG I 99 ? ARG J 93 ARG J 96 JD 1 VAL I 111 ? ALA I 113 ? VAL J 108 ALA J 110 JD 2 VAL I 117 ? ILE I 120 ? VAL J 114 ILE J 117 JD 3 GLU I 139 ? ARG I 142 ? GLU J 136 ARG J 139 JE 1 CYS I 155 ? 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N ALA H 18 O LEU H 104 ? O LEU H 104 HA 2 3 N MET H 107 ? N MET H 107 O ARG H 55 ? O ARG H 55 HA 3 4 N LYS H 65 ? N LYS H 65 O SER H 68 ? O SER H 68 HA 4 5 N HIS H 81 ? N HIS H 81 O VAL H 86 ? O VAL H 86 HA 5 6 N ALA H 89 ? N ALA H 89 O ALA H 35 ? O ALA H 35 HA 6 7 N LYS H 38 ? N LYS H 38 O ALA H 19 ? O ALA H 19 JA 1 2 N ARG I 6 ? N ARG J 3 O ALA I 207 ? O ALA J 204 JA 2 3 N PHE I 208 ? N PHE J 205 O VAL I 201 ? O VAL J 198 JB 1 2 N THR I 23 ? N THR J 20 O TYR I 26 ? O TYR J 23 JB 2 3 N VAL I 29 ? N VAL J 26 O ILE I 52 ? O ILE J 49 JC 1 2 N ASN I 69 ? N ASN J 66 O GLY I 72 ? O GLY J 69 JC 2 3 N LEU I 73 ? N LEU J 70 O ARG I 96 ? O ARG J 93 JD 1 2 N VAL I 112 ? N VAL J 109 O LEU I 119 ? O LEU J 116 JD 2 3 N ALA I 118 ? N ALA J 115 O GLU I 139 ? O GLU J 136 JE 1 2 N VAL I 156 ? N VAL J 153 O LEU I 163 ? O LEU J 160 JE 2 3 N VAL I 164 ? N VAL J 161 O CYS I 185 ? O CYS J 182 KA 1 2 N LEU J 103 ? N LEU K 103 O LYS J 94 ? O LYS K 94 KA 2 3 N VAL J 95 ? N VAL K 95 O ARG J 122 ? O ARG K 122 LA 1 2 N VAL K 23 ? N VAL L 23 O VAL K 31 ? O VAL L 31 MA 1 2 N SER L 59 ? N SER M 59 O ASN L 66 ? O ASN M 66 MA 2 3 N SER L 69 ? N SER M 69 O LEU L 15 ? O LEU M 15 MA 3 4 N ASP L 20 ? N ASP M 20 O TYR L 105 ? O TYR M 105 MA 4 5 N ARG L 108 ? N ARG M 108 O TYR L 96 ? O TYR M 96 NA 1 2 N VAL M 75 ? N VAL N 75 O VAL M 41 ? O VAL N 41 NA 2 3 N VAL M 46 ? N VAL N 46 O LYS M 22 ? O LYS N 22 NA 3 4 N ILE M 25 ? N ILE N 25 O ARG M 9 ? O ARG N 9 NA 4 5 N ILE M 12 ? N ILE N 12 O MET M 81 ? O MET N 81 OA 1 2 N ASN N 19 ? N ASN O 19 O VAL N 22 ? O VAL O 22 OB 1 2 N GLY N 53 ? N GLY O 53 O ALA N 57 ? O ALA O 57 OB 2 3 N LEU N 62 ? N LEU O 62 O GLU N 79 ? O GLU O 79 PA 1 2 N LYS O 3 ? N LYS P 3 O LEU O 50 ? O LEU P 50 PA 2 3 N THR O 55 ? N THR P 55 O THR O 40 ? O THR P 40 PA 3 4 N ARG O 45 ? N ARG P 45 O VAL O 30 ? O VAL P 30 PA 4 5 N VAL O 31 ? N VAL P 31 O SER O 73 ? O SER P 73 UA 1 2 N VAL R 56 ? N VAL U 56 O LYS R 68 ? O LYS U 68 XA 1 2 N ALA S 45 ? N ALA X 45 O ARG S 19 ? 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THE ENTRY 4A18 CONTAINS THE PROTEINS THAT ARE DESCRIBED WITH LOWER CASE CHAIN IDS IN THE CITATION. ; # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 "O2'" 1 U 2815 ? ? OP2 1 G 2816 ? ? 1.48 2 1 "O2'" 1 C 1380 ? ? OP1 1 G 1381 ? ? 1.50 3 1 "O2'" 1 A 3044 ? ? OP2 1 A 3046 ? ? 1.60 4 1 "O2'" 1 A 1207 ? ? OP1 1 U 1208 ? ? 1.62 5 1 "O2'" 1 U 304 ? ? OP2 1 A 305 ? ? 1.68 6 1 "O2'" 1 C 1909 ? ? 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O ASN 81 410 1 Y 1 P THR 82 ? O THR 82 411 1 Y 1 P LYS 83 ? O LYS 83 412 1 Y 1 P LYS 84 ? O LYS 84 413 1 Y 1 P ALA 85 ? O ALA 85 414 1 Y 1 P THR 86 ? O THR 86 415 1 Y 1 P LYS 87 ? O LYS 87 416 1 Y 1 P ARG 88 ? O ARG 88 417 1 Y 1 P SER 89 ? O SER 89 418 1 Y 1 Q MET 1 ? P MET 1 419 1 Y 1 Q LYS 104 ? P LYS 104 420 1 Y 1 T MET 1 ? Q MET 1 421 1 Y 1 U PRO 204 ? R PRO 204 422 1 Y 1 U LYS 205 ? R LYS 205 423 1 Y 1 U ALA 206 ? R ALA 206 424 1 Y 1 X MET 1 ? S MET 1 # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 4A18 'double helix' 4A18 'a-form double helix' 4A18 'z-form double helix' 4A18 'hairpin loop' 4A18 tetraloop 4A18 'bulge loop' 4A18 'mismatched base pair' 4A18 'internal loop' 4A18 'triple helix' 4A18 'quadruple helix' 4A18 'three-way junction' 4A18 'four-way junction' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A G 9 1_555 A A 1587 1_555 3.288 -4.030 -0.289 -1.750 0.000 -72.262 1 1_G9:A1587_1 1 9 ? 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