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THIS FILE CONTAINS 26S RRNA AND PROTEINS OF MOLECULE 1' PDB 4A1E split 'RIBOSOMAL COMPLEX MOLECULE 1 OF 8' PDB 4A17 split 'RIBOSOMAL COMPLEX MOLECULE 3 OF 8' PDB 4A19 split 'RIBOSOMAL COMPLEX MOLECULE 4 OF 8' PDB 4A1A split 'RIBOSOMAL COMPLEX MOLECULE 5 OF 8' PDB 4A1B split 'RIBOSOMAL COMPLEX MOLECULE 6 OF 8' PDB 4A1C split 'RIBOSOMAL COMPLEX MOLECULE 7 OF 8' PDB 4A1D split . # _pdbx_database_status.status_code OBS _pdbx_database_status.entry_id 4A1D _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.SG_entry . _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2011-09-14 _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Klinge, S.' 1 'Voigts-Hoffmann, F.' 2 'Leibundgut, M.' 3 'Arpagaus, S.' 4 'Ban, N.' 5 # _citation.id primary _citation.title 'Crystal Structure of the Eukaryotic 60S Ribosomal Subunit in Complex with Initiation Factor 6.' _citation.journal_abbrev Science _citation.journal_volume 334 _citation.page_first 941 _citation.page_last ? _citation.year 2011 _citation.journal_id_ASTM SCIEAS _citation.country US _citation.journal_id_ISSN 0036-8075 _citation.journal_id_CSD 0038 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 22052974 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1126/SCIENCE.1211204 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Klinge, S.' 1 primary 'Voigts-Hoffmann, F.' 2 primary 'Leibundgut, M.' 3 primary 'Arpagaus, S.' 4 primary 'Ban, N.' 5 # _cell.entry_id 4A1D _cell.length_a 320.190 _cell.length_b 289.250 _cell.length_c 535.040 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 91.22 _cell.angle_gamma 90.00 _cell.Z_PDB 2 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4A1D _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' 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;MSFRKKTKQVKKVNLGFKIDCSQPVEDKVILIGEFAEFLKSKIKVGGKLGNLGENITISNDDKKINVQSTIPFSKRYLKY LTKKYLKKQDLRNYLYVTSSDKNSYQLRYFNIQQDQAE ; M ? 13 'polypeptide(L)' no no ;MAKFLKYGRVVILLQGRFAGKKAVIVKSSEDGTKDRKFGHVLVAGVERSPKKVTKRMGSKKIQKRTSVKPFIKYVNLNHI MPTRYSVKELCDFKELVKEDKIKNNAKSEVRDTLKKVFVEKYRTINPEEKSASHTKFFFSKLRF ; ;MAKFLKYGRVVILLQGRFAGKKAVIVKSSEDGTKDRKFGHVLVAGVERSPKKVTKRMGSKKIQKRTSVKPFIKYVNLNHI MPTRYSVKELCDFKELVKEDKIKNNAKSEVRDTLKKVFVEKYRTINPEEKSASHTKFFFSKLRF ; N ? 14 'polypeptide(L)' no no ;MSQLVWEIVKNNNAFLVKNNGVAFTTDPFSVTGRNTQVGLGFTHRHGVALKGGAKQAIATSLRKNQSHKVKKTGTIEAET LTVKGGVQRVAKVIRGRFQSKGLKQFALKKLVNFHRANVRAQANLKAESKAKKN ; ;MSQLVWEIVKNNNAFLVKNNGVAFTTDPFSVTGRNTQVGLGFTHRHGVALKGGAKQAIATSLRKNQSHKVKKTGTIEAET LTVKGGVQRVAKVIRGRFQSKGLKQFALKKLVNFHRANVRAQANLKAESKAKKN ; O ? 15 'polypeptide(L)' no no ;MPKEITDIKKFMKLWQNNKDTPATAGAKKVVYVKTNKRITKFKLRGKKYLYTFKTADPKIAKGIKDAIPATYSKIEIKGK NTKKATKRS ; ;MPKEITDIKKFMKLWQNNKDTPATAGAKKVVYVKTNKRITKFKLRGKKYLYTFKTADPKIAKGIKDAIPATYSKIEIKGK NTKKATKRS ; P ? 16 'polypeptide(L)' no no ;MAKGQAVGINKGFITTQLEKKLQKHSAVQRKGKLGKRVALVRQVIREVTGFAPYEKRIIELIKAGSAKDSKKATKIARKR LGTHRRAKVKKALLEEAVRAQRKK ; ;MAKGQAVGINKGFITTQLEKKLQKHSAVQRKGKLGKRVALVRQVIREVTGFAPYEKRIIELIKAGSAKDSKKATKIARKR LGTHRRAKVKKALLEEAVRAQRKK ; Q ? 17 'polypeptide(L)' no no MAKSKNSTNKNQISKSHRNGIKKPKDHRHISTKGVNPRFLRNRRRAIKNDPSIKKSKNLEKKVNKE MAKSKNSTNKNQISKSHRNGIKKPKDHRHISTKGVNPRFLRNRRRAIKNDPSIKKSKNLEKKVNKE T ? 18 'polypeptide(L)' no no ;MKHNNQLPVAQLRKHQQFRIKTFFNQAAQKKARLHARRAQAAAVFPRPTEKLQPVVRKQTQRYNKSTKLGRGFTLQELKA AGISAAFAQSIGIKVDHRRKNRCQESLELNKKRLLAYVSKLVLFPRHQGKAKKGLVNDTADTSSAAQNALQTSVPLPSVS KREKAVSNIAELRKKKVYRIIRQEKTNQKWDGKRKAKAQAAAEPKA ; ;MKHNNQLPVAQLRKHQQFRIKTFFNQAAQKKARLHARRAQAAAVFPRPTEKLQPVVRKQTQRYNKSTKLGRGFTLQELKA AGISAAFAQSIGIKVDHRRKNRCQESLELNKKRLLAYVSKLVLFPRHQGKAKKGLVNDTADTSSAAQNALQTSVPLPSVS KREKAVSNIAELRKKKVYRIIRQEKTNQKWDGKRKAKAQAAAEPKA ; U ? 19 'polypeptide(L)' no no ;MVRKAAQEPKDDTLQMKVRQYVVSAARLPIEQGTKPEILQMRVFARDEVHAKTKFWYNMRKLNKIKRSQGRILSVNEIYE KSLNTVKTYGIVLKYQSRTAIHNMYKEYRDVSLNGAVSQLIQDMAGNHRAQPDTIQIIRTATLEPKDIKRPATLAMRNAA LKFPIVKTIHRPSEKKYRTVYKATRPTTF ; ;MVRKAAQEPKDDTLQMKVRQYVVSAARLPIEQGTKPEILQMRVFARDEVHAKTKFWYNMRKLNKIKRSQGRILSVNEIYE KSLNTVKTYGIVLKYQSRTAIHNMYKEYRDVSLNGAVSQLIQDMAGNHRAQPDTIQIIRTATLEPKDIKRPATLAMRNAA LKFPIVKTIHRPSEKKYRTVYKATRPTTF ; X ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 C n 1 2 U n 1 3 A n 1 4 C n 1 5 A n 1 6 C n 1 7 C n 1 8 U n 1 9 G n 1 10 A n 1 11 A n 1 12 A n 1 13 C n 1 14 A n 1 15 A n 1 16 G n 1 17 C n 1 18 A n 1 19 A n 1 20 G n 1 21 A n 1 22 U n 1 23 U n 1 24 A n 1 25 C n 1 26 C n 1 27 C n 1 28 G n 1 29 C n 1 30 U n 1 31 G n 1 32 A n 1 33 A n 1 34 C n 1 35 U n 1 36 U n 1 37 A n 1 38 A n 1 39 G n 1 40 C n 1 41 A n 1 42 U n 1 43 A n 1 44 U n 1 45 C n 1 46 A n 1 47 G n 1 48 U n 1 49 A n 1 50 A n 1 51 G n 1 52 C n 1 53 G n 1 54 G n 1 55 A n 1 56 G n 1 57 G n 1 58 A n 1 59 A n 1 60 A n 1 61 A n 1 62 G n 1 63 A n 1 64 A n 1 65 A n 1 66 C n 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C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 11 ? L N N 12 ? M N N 13 ? N N N 14 ? O N N 15 ? P N N 16 ? Q N N 17 ? R N N 18 ? S N N 19 ? T N N 20 ? U N N 20 ? V N N 20 ? W N N 20 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ;THE BIOLOGICAL ASSEMBLY CONSISTS OF PDB ENTRIES 4A1C AND 4A1D COMPLETE ASYMMETRIC UNIT CAN BE MADE BY COMBINING PDB ENTRIES 4A18 4A1E 4A17 4A19 4A1A 4A1B 4A1C 4A1D ; # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 GLY B 4 ? GLY B 9 ? GLY A 4 GLY A 9 1 ? 6 HELX_P HELX_P2 2 GLY B 38 ? ALA B 42 ? GLY A 38 ALA A 42 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 3 LYS B 53 ? ARG B 57 ? LYS A 53 ARG A 57 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 4 MET B 68 ? ASN B 77 ? MET A 68 ASN A 77 1 ? 10 HELX_P HELX_P5 5 THR C 6 ? ASN C 20 ? THR B 6 ASN B 20 1 ? 15 HELX_P HELX_P6 6 TRP C 26 ? LYS C 30 ? TRP B 26 LYS B 30 5 ? 5 HELX_P HELX_P7 7 ALA D 35 ? SER D 46 ? ALA C 35 SER C 46 1 ? 12 HELX_P HELX_P8 8 ASP D 93 ? LYS D 104 ? ASP C 93 LYS C 104 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 9 LYS E 14 ? TYR E 19 ? LYS E 14 TYR E 19 1 ? 6 HELX_P HELX_P10 10 ASN E 91 ? ALA E 93 ? ASN E 91 ALA E 93 5 ? 3 HELX_P HELX_P11 11 ASN E 108 ? PHE E 112 ? ASN E 108 PHE E 112 5 ? 5 HELX_P HELX_P12 12 GLU E 113 ? PHE E 117 ? GLU E 113 PHE E 117 5 ? 5 HELX_P HELX_P13 13 THR E 135 ? LYS E 166 ? THR E 135 LYS E 166 1 ? 32 HELX_P HELX_P14 14 PHE E 169 ? SER E 176 ? PHE E 169 SER E 176 1 ? 8 HELX_P HELX_P15 15 ARG F 68 ? ASP F 80 ? ARG F 68 ASP F 80 1 ? 13 HELX_P HELX_P16 16 ASP F 80 ? THR F 88 ? ASP F 80 THR F 88 1 ? 9 HELX_P HELX_P17 17 THR F 88 ? ASN F 102 ? THR F 88 ASN F 102 1 ? 15 HELX_P HELX_P18 18 GLY F 104 ? THR F 121 ? GLY F 104 THR F 121 1 ? 18 HELX_P HELX_P19 19 ASP G 8 ? GLY G 21 ? ASP G 8 GLY G 21 1 ? 14 HELX_P HELX_P20 20 GLY G 26 ? GLY G 37 ? GLY G 26 GLY G 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P21 21 PRO G 49 ? GLN G 64 ? PRO G 49 GLN G 64 1 ? 16 HELX_P HELX_P22 22 SER G 73 ? CYS G 81 ? SER G 73 CYS G 81 1 ? 9 HELX_P HELX_P23 23 SER G 98 ? LYS G 102 ? SER G 98 LYS G 102 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 24 THR H 44 ? PHE H 50 ? THR H 44 PHE H 50 1 ? 7 HELX_P HELX_P25 25 PRO H 96 ? GLY H 101 ? PRO H 96 GLY H 101 5 ? 6 HELX_P HELX_P26 26 ASP I 15 ? VAL I 18 ? ASP J 12 VAL J 15 5 ? 4 HELX_P HELX_P27 27 SER I 34 ? VAL I 46 ? SER J 31 VAL J 43 1 ? 13 HELX_P HELX_P28 28 ILE I 61 ? THR I 66 ? ILE J 58 THR J 63 1 ? 6 HELX_P HELX_P29 29 ASN I 80 ? LEU I 91 ? ASN J 77 LEU J 88 1 ? 12 HELX_P HELX_P30 30 ALA I 106 ? CYS I 110 ? ALA J 103 CYS J 107 1 ? 5 HELX_P HELX_P31 31 ASP I 125 ? GLY I 137 ? ASP J 122 GLY J 134 1 ? 13 HELX_P HELX_P32 32 LEU I 150 ? TYR I 154 ? LEU J 147 TYR J 151 1 ? 5 HELX_P HELX_P33 33 SER I 169 ? GLN I 181 ? SER J 166 GLN J 178 1 ? 13 HELX_P HELX_P34 34 VAL I 195 ? GLY I 199 ? VAL J 192 GLY J 196 1 ? 5 HELX_P HELX_P35 35 THR I 214 ? PHE I 225 ? THR J 211 PHE J 222 1 ? 12 HELX_P HELX_P36 36 GLU J 79 ? CYS J 91 ? GLU K 79 CYS K 91 1 ? 13 HELX_P HELX_P37 37 LYS J 112 ? GLY J 116 ? LYS K 112 GLY K 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P38 38 THR K 15 ? ASN K 18 ? THR L 15 ASN L 18 5 ? 4 HELX_P HELX_P39 39 ALA K 62 ? THR K 66 ? ALA L 62 THR L 66 5 ? 5 HELX_P HELX_P40 40 ALA K 68 ? THR K 73 ? ALA L 68 THR L 73 1 ? 6 HELX_P HELX_P41 41 CYS K 83 ? SER K 109 ? CYS L 83 SER L 109 1 ? 27 HELX_P HELX_P42 42 CYS L 21 ? ASP L 27 ? CYS M 21 ASP M 27 1 ? 7 HELX_P HELX_P43 43 LEU L 31 ? ILE L 43 ? LEU M 31 ILE M 43 1 ? 13 HELX_P HELX_P44 44 SER L 74 ? GLN L 89 ? SER M 74 GLN M 89 1 ? 16 HELX_P HELX_P45 45 GLY M 58 ? ARG M 65 ? GLY N 58 ARG N 65 1 ? 8 HELX_P HELX_P46 46 ASP M 92 ? VAL M 97 ? ASP N 92 VAL N 97 1 ? 6 HELX_P HELX_P47 47 LYS M 98 ? ASN M 104 ? LYS N 98 ASN N 104 1 ? 7 HELX_P HELX_P48 48 ALA M 106 ? THR M 124 ? ALA N 106 THR N 124 1 ? 19 HELX_P HELX_P49 49 GLU M 129 ? SER M 140 ? GLU N 129 SER N 140 1 ? 12 HELX_P HELX_P50 50 MET N 1 ? LYS N 10 ? MET O 1 LYS O 10 1 ? 10 HELX_P HELX_P51 51 ALA N 54 ? GLN N 56 ? ALA O 54 GLN O 56 5 ? 3 HELX_P HELX_P52 52 GLY N 86 ? PHE N 98 ? GLY O 86 PHE O 98 1 ? 13 HELX_P HELX_P53 53 SER N 100 ? ASN N 134 ? SER O 100 ASN O 134 1 ? 35 HELX_P HELX_P54 54 ASP O 7 ? ASN O 17 ? ASP P 7 ASN P 17 1 ? 11 HELX_P HELX_P55 55 ASP O 57 ? ALA O 67 ? ASP P 57 ALA P 67 1 ? 11 HELX_P HELX_P56 56 GLY P 35 ? GLY P 50 ? GLY Q 35 GLY Q 50 1 ? 16 HELX_P HELX_P57 57 ALA P 52 ? GLY P 65 ? ALA Q 52 GLY Q 65 1 ? 14 HELX_P HELX_P58 58 SER P 66 ? GLY P 82 ? SER Q 66 GLY Q 82 1 ? 17 HELX_P HELX_P59 59 THR P 83 ? LYS P 103 ? THR Q 83 LYS Q 103 1 ? 21 HELX_P HELX_P60 60 ASN Q 11 ? ARG Q 18 ? ASN T 11 ARG T 18 1 ? 8 HELX_P HELX_P61 61 ASN Q 36 ? ASP Q 50 ? ASN T 36 ASP T 50 1 ? 15 HELX_P HELX_P62 62 SER Q 56 ? GLU Q 66 ? SER T 56 GLU T 66 1 ? 11 HELX_P HELX_P63 63 HIS R 15 ? 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THE ENTRY 4A1D CONTAINS THE PROTEINS THAT ARE DESCRIBED WITH LOWER CASE CHAIN IDS IN THE CITATION. ; # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 "O2'" 1 U 2815 ? ? OP2 1 G 2816 ? ? 1.47 2 1 "O2'" 1 C 1380 ? ? OP1 1 G 1381 ? ? 1.54 3 1 "O2'" 1 A 3044 ? ? OP2 1 A 3046 ? ? 1.57 4 1 "O2'" 1 A 1207 ? ? OP1 1 U 1208 ? ? 1.58 5 1 "O2'" 1 U 304 ? ? OP2 1 A 305 ? ? 1.63 6 1 "O2'" 1 C 1909 ? ? 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O4 1 U 1110 ? ? 121.52 125.90 -4.38 0.60 N 79 1 C6 1 U 1110 ? ? N1 1 U 1110 ? ? "C1'" 1 U 1110 ? ? 112.79 121.20 -8.41 1.40 N 80 1 C2 1 U 1110 ? ? N1 1 U 1110 ? ? "C1'" 1 U 1110 ? ? 129.85 117.70 12.15 1.20 N 81 1 N1 1 G 1154 ? ? C6 1 G 1154 ? ? O6 1 G 1154 ? ? 123.59 119.90 3.69 0.60 N 82 1 C8 1 G 1169 ? ? N9 1 G 1169 ? ? C4 1 G 1169 ? ? 108.81 106.40 2.41 0.40 N 83 1 C8 1 A 1173 ? ? N9 1 A 1173 ? ? C4 1 A 1173 ? ? 108.27 105.80 2.47 0.40 N 84 1 N3 1 U 1178 ? ? C4 1 U 1178 ? ? C5 1 U 1178 ? ? 110.96 114.60 -3.64 0.60 N 85 1 C6 1 C 1183 ? ? N1 1 C 1183 ? ? C2 1 C 1183 ? ? 122.70 120.30 2.40 0.40 N 86 1 C8 1 A 1192 ? ? N9 1 A 1192 ? ? C4 1 A 1192 ? ? 108.44 105.80 2.64 0.40 N 87 1 N1 1 A 1217 ? ? C6 1 A 1217 ? ? N6 1 A 1217 ? ? 122.53 118.60 3.93 0.60 N 88 1 C8 1 G 1343 ? ? N9 1 G 1343 ? ? "C1'" 1 G 1343 ? ? 118.48 127.00 -8.52 1.30 N 89 1 C4 1 G 1343 ? ? N9 1 G 1343 ? ? "C1'" 1 G 1343 ? ? 135.52 126.50 9.02 1.30 N 90 1 C6 1 A 1344 ? ? C5 1 A 1344 ? ? N7 1 A 1344 ? ? 127.73 132.30 -4.57 0.70 N 91 1 N1 1 A 1344 ? ? C6 1 A 1344 ? ? N6 1 A 1344 ? ? 122.43 118.60 3.83 0.60 N 92 1 C5 1 G 1394 ? ? C6 1 G 1394 ? ? N1 1 G 1394 ? ? 107.27 111.50 -4.23 0.50 N 93 1 N7 1 A 1407 ? ? C8 1 A 1407 ? ? N9 1 A 1407 ? ? 110.37 113.80 -3.43 0.50 N 94 1 C8 1 A 1407 ? ? N9 1 A 1407 ? ? C4 1 A 1407 ? ? 109.88 105.80 4.08 0.40 N 95 1 C8 1 A 1419 ? ? N9 1 A 1419 ? ? C4 1 A 1419 ? ? 108.43 105.80 2.63 0.40 N 96 1 C5 1 U 1441 ? ? C6 1 U 1441 ? ? N1 1 U 1441 ? ? 119.34 122.70 -3.36 0.50 N 97 1 C5 1 C 1446 ? ? C6 1 C 1446 ? ? N1 1 C 1446 ? ? 124.02 121.00 3.02 0.50 N 98 1 N3 1 G 1455 ? ? C4 1 G 1455 ? ? N9 1 G 1455 ? ? 129.82 126.00 3.82 0.60 N 99 1 N3 1 C 1458 ? ? C4 1 C 1458 ? ? C5 1 C 1458 ? ? 119.49 121.90 -2.41 0.40 N 100 1 C8 1 G 1467 ? ? N9 1 G 1467 ? ? C4 1 G 1467 ? ? 108.89 106.40 2.49 0.40 N 101 1 C4 1 G 1476 ? ? C5 1 G 1476 ? ? N7 1 G 1476 ? ? 113.68 110.80 2.88 0.40 N 102 1 N1 1 G 1476 ? ? C6 1 G 1476 ? ? 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