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'H2 O' 18.015 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAD non-polymer . NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE ? 'C21 H27 N7 O14 P2' 663.425 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 SO4 non-polymer . 'SULFATE ION' ? 'O4 S -2' 96.063 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 4BUR _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 3.47 _exptl_crystal.density_percent_sol 64.63 _exptl_crystal.description NONE # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method ? _exptl_crystal_grow.temp ? _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH ? _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details '16-20% PEG 4K, 0.2 M LI2SO4 AND 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5' # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector ? _diffrn_detector.type ? _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2011-11-23 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 0.97626 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'ESRF BEAMLINE ID23-1' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ESRF _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ID23-1 _diffrn_source.pdbx_wavelength 0.97626 _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ? # _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.entry_id 4BUR _reflns.observed_criterion_sigma_I 2.0 _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 343.36 _reflns.d_resolution_high 2.87 _reflns.number_obs 66707 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 99.8 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.10 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 12.60 _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy 6.6 # _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.d_res_high 2.88 _reflns_shell.d_res_low 3.04 _reflns_shell.percent_possible_all ? _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.47 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 3.40 _reflns_shell.pdbx_redundancy 7 # _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.entry_id 4BUR _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs 61636 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F . _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 40.00 _refine.ls_d_res_high 2.88 _refine.ls_percent_reflns_obs 99.65 _refine.ls_R_factor_obs 0.18014 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.17634 _refine.ls_R_factor_R_free 0.22973 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 7.2 _refine.ls_number_reflns_R_free 4786 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc 0.951 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free 0.919 _refine.B_iso_mean 56.685 _refine.aniso_B[1][1] 1.63 _refine.aniso_B[2][2] 1.63 _refine.aniso_B[3][3] -2.44 _refine.aniso_B[1][2] 0.81 _refine.aniso_B[1][3] 0.00 _refine.aniso_B[2][3] 0.00 _refine.solvent_model_details MASK _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii 1.20 _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii 0.80 _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii 0.80 _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details ;HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. 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'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_vdw_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_hbond_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_hbond_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_metal_ion_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_metal_ion_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_mcbond_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_mcbond_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_mcangle_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_mcangle_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_scbond_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_scbond_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_scangle_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_scangle_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_long_range_B_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_long_range_B_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_rigid_bond_restr ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_sphericity_free ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_sphericity_bonded ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # loop_ _refine_ls_restr_ncs.dom_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position _refine_ls_restr_ncs.weight_position _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso _refine_ls_restr_ncs.pdbx_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_rms _refine_ls_restr_ncs.pdbx_weight 1 A 533 0.08 0.05 'interatomic distance' 1 1 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 B 533 0.08 0.05 'interatomic distance' 1 2 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 1 A 521 0.09 0.05 'interatomic distance' 2 3 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 C 521 0.09 0.05 'interatomic distance' 2 4 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 1 A 510 0.09 0.05 'interatomic distance' 3 5 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 D 510 0.09 0.05 'interatomic distance' 3 6 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 1 B 536 0.06 0.05 'interatomic distance' 4 7 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 C 536 0.06 0.05 'interatomic distance' 4 8 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 1 B 516 0.05 0.05 'interatomic distance' 5 9 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 D 516 0.05 0.05 'interatomic distance' 5 10 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 1 C 525 0.08 0.05 'interatomic distance' 6 11 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? 2 D 525 0.08 0.05 'interatomic distance' 6 12 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? ? ? ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.d_res_high 2.881 _refine_ls_shell.d_res_low 2.956 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 4148 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.291 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 99.73 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.350 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 317 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? # loop_ _struct_ncs_oper.id _struct_ncs_oper.code _struct_ncs_oper.details _struct_ncs_oper.matrix[1][1] _struct_ncs_oper.matrix[1][2] _struct_ncs_oper.matrix[1][3] _struct_ncs_oper.matrix[2][1] _struct_ncs_oper.matrix[2][2] _struct_ncs_oper.matrix[2][3] _struct_ncs_oper.matrix[3][1] _struct_ncs_oper.matrix[3][2] _struct_ncs_oper.matrix[3][3] _struct_ncs_oper.vector[1] _struct_ncs_oper.vector[2] _struct_ncs_oper.vector[3] 1 given ? -0.874080 -0.484150 -0.039800 -0.474600 0.833620 0.282540 -0.103620 0.265850 -0.958430 66.01836 38.94597 -148.03976 2 given ? -0.991750 0.034560 -0.123410 -0.004960 -0.972570 -0.232570 -0.128070 -0.230040 0.964720 124.31247 -120.62219 -6.16794 3 given ? 0.880830 0.447530 0.154480 0.457230 -0.888760 -0.032340 0.122830 0.099120 -0.987470 75.09617 -121.54403 -167.84200 4 given ? 0.881970 0.456450 0.117420 0.443340 -0.888010 0.122020 0.159970 -0.055560 -0.985560 10.15357 -123.59381 -183.31473 5 given ? -0.999640 0.020650 -0.016920 -0.013090 -0.931350 -0.363900 -0.023270 -0.363550 0.931280 70.36703 -143.39383 -26.69025 6 given ? -0.890300 -0.454420 -0.029540 -0.445420 0.855520 0.263990 -0.094690 0.248190 -0.964070 68.92381 36.38877 -149.65079 # loop_ _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id 1 A 1 2 B 1 1 A 2 2 C 2 1 A 3 2 D 3 1 B 4 2 C 4 1 B 5 2 D 5 1 C 6 2 D 6 # loop_ _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.selection_details 1 1 0 A ALA 26 . A ASN 507 . A ALA 128 A ASN 609 0 ? 1 2 0 B ALA 26 . B ASN 507 . B ALA 128 B ASN 609 0 ? 2 1 0 A ALA 26 . A HIS 509 . A ALA 128 A HIS 611 0 ? 2 2 0 C ALA 26 . C HIS 509 . C ALA 128 C HIS 611 0 ? 3 1 0 A ALA 26 . A HIS 509 . A ALA 128 A HIS 611 0 ? 3 2 0 D ALA 26 . D HIS 509 . D ALA 128 D HIS 611 0 ? 4 1 0 B LYS 25 . B ILE 508 . B LYS 127 B ILE 610 0 ? 4 2 0 C LYS 25 . C ILE 508 . C LYS 127 C ILE 610 0 ? 5 1 0 B ALA 26 . B ILE 508 . B ALA 128 B ILE 610 0 ? 5 2 0 D ALA 26 . D ILE 508 . D ALA 128 D ILE 610 0 ? 6 1 0 C ALA 26 . C HIS 509 . C ALA 128 C HIS 611 0 ? 6 2 0 D ALA 26 . D HIS 509 . D ALA 128 D HIS 611 0 ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details 1 ? 2 ? 3 ? 4 ? 5 ? 6 ? # _struct.entry_id 4BUR _struct.title 'Crystal structure of the reduced human Apoptosis inducing factor complexed with NAD' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 4BUR _struct_keywords.pdbx_keywords OXIDOREDUCTASE _struct_keywords.text 'APOPTOSIS, MITOCHONDRIA, NUCLEAR CHROMATINOLYSIS, DNA-BINDING, FLAVOPROTEIN, OXIDOREDUCTASE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 3 ? K N N 2 ? L N N 2 ? M N N 3 ? N N N 2 ? O N N 2 ? P N N 3 ? Q N N 4 ? R N N 5 ? S N N 5 ? 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