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PVL1392 ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP ACM3_RAT P08483 1 ;DPLGGHTIWQVVFIAFLTGFLALVTIIGNILVIVAFKVNKQLKTVNNYFLLSLACADLIIGVISMNLFTTYIIMNRWALG NLACDLWLSIDYVASNASVMNLLVISFDRYFSITRPLTYRAKRTTKRAGVMIGLAWVISFVLWAPAILFWQYFVGKRTVP PGECFIQFLSEPTITFGTAIAAFYMPVTIMTILYWRIYKETEK ; 57 ? 2 UNP LYS_BPT4 P00720 1 ;MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILR NAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDA Y ; 1 ? 3 UNP ACM3_RAT P08483 1 ;LIKEKKAAQTLSAILLAFIITWTPYNIMVLVNTFCDSCIPKTYWNLGYWLCYINSTVNPVCYALCNKTFRTTFKTLLLCQ CDKRKRRKQQYQQRQSVIFHKRVPEQAL ; 482 ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 4DAJ A 2 ? 204 ? 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P08483 482 ? 589 ? 482 589 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 4DAJ GLY A 1 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 56 1 2 4DAJ THR A 258 ? UNP P00720 CYS 54 'engineered mutation' 1054 2 2 4DAJ ALA A 301 ? UNP P00720 CYS 97 'engineered mutation' 1097 3 3 4DAJ HIS A 474 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 590 4 3 4DAJ HIS A 475 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 591 5 3 4DAJ HIS A 476 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 592 6 3 4DAJ HIS A 477 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 593 7 3 4DAJ HIS A 478 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 594 8 3 4DAJ HIS A 479 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 595 9 4 4DAJ GLY B 1 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 56 10 5 4DAJ THR B 258 ? UNP P00720 CYS 54 'engineered mutation' 1054 11 5 4DAJ ALA B 301 ? UNP P00720 CYS 97 'engineered mutation' 1097 12 6 4DAJ HIS B 474 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 590 13 6 4DAJ HIS B 475 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 591 14 6 4DAJ HIS B 476 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 592 15 6 4DAJ HIS B 477 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 593 16 6 4DAJ HIS B 478 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 594 17 6 4DAJ HIS B 479 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 595 18 7 4DAJ GLY C 1 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 56 19 8 4DAJ THR C 258 ? UNP P00720 CYS 54 'engineered mutation' 1054 20 8 4DAJ ALA C 301 ? UNP P00720 CYS 97 'engineered mutation' 1097 21 9 4DAJ HIS C 474 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 590 22 9 4DAJ HIS C 475 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 591 23 9 4DAJ HIS C 476 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 592 24 9 4DAJ HIS C 477 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 593 25 9 4DAJ HIS C 478 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 594 26 9 4DAJ HIS C 479 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 595 27 10 4DAJ GLY D 1 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 56 28 11 4DAJ THR D 258 ? UNP P00720 CYS 54 'engineered mutation' 1054 29 11 4DAJ ALA D 301 ? UNP P00720 CYS 97 'engineered mutation' 1097 30 12 4DAJ HIS D 474 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 590 31 12 4DAJ HIS D 475 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 591 32 12 4DAJ HIS D 476 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 592 33 12 4DAJ HIS D 477 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 593 34 12 4DAJ HIS D 478 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 594 35 12 4DAJ HIS D 479 ? UNP P08483 ? ? 'expression tag' 595 36 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight 0HK non-polymer . '(1R,2R,4S,5S,7S)-7-{[hydroxy(dithiophen-2-yl)acetyl]oxy}-9,9-dimethyl-3-oxa-9-azoniatricyclo[3.3.1.0~2,4~]nonane' Tiotropium 'C19 H22 N O4 S2 1' 392.512 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PO4 non-polymer . 'PHOSPHATE ION' ? 'O4 P -3' 94.971 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 4DAJ _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 76 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 2.68 _exptl_crystal.density_percent_sol 54.17 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method ? _exptl_crystal_grow.temp 293 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 7.5 _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details ;27-38% PEG 300, 100 mM HEPES pH 7.5, 1% (w/w) 1,2,3-heptanetriol, and 100 mM ammonium phosphate. Protein was reconstituted in cubic phase using a 10:1 monolein:cholesterol mix by weight, Lipidic cubic phase, temperature 293K ; # loop_ _diffrn.id _diffrn.ambient_temp _diffrn.ambient_temp_details _diffrn.crystal_id 1 78 ? 1 2 78 ? 1 # loop_ _diffrn_detector.diffrn_id _diffrn_detector.detector _diffrn_detector.type _diffrn_detector.pdbx_collection_date _diffrn_detector.details 1 CCD 'MARMOSAIC 300 mm CCD' 2011-08-14 mirrors 2 CCD 'MARMOSAIC 300 mm CCD' 2011-08-23 mirrors # loop_ _diffrn_radiation.diffrn_id _diffrn_radiation.wavelength_id _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l _diffrn_radiation.monochromator _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type 1 1 M 'Si(111)' 'SINGLE WAVELENGTH' x-ray 2 1 ? ? ? x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 1.033 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # loop_ _diffrn_source.diffrn_id _diffrn_source.source _diffrn_source.type _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline _diffrn_source.pdbx_wavelength _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 1 SYNCHROTRON 'APS BEAMLINE 23-ID-D' APS 23-ID-D ? 1.033 2 SYNCHROTRON 'APS BEAMLINE 23-ID-D' APS 23-ID-D ? 1.033 # _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.entry_id 4DAJ _reflns.observed_criterion_sigma_I -3 _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 40 _reflns.d_resolution_high 3.4 _reflns.number_obs 28385 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 90.6 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.226 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 4.5 _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy 3.7 _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? # _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.d_res_high 3.4 _reflns_shell.d_res_low 3.5 _reflns_shell.percent_possible_all 85.9 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.527 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 1.7 _reflns_shell.pdbx_redundancy 2.8 _reflns_shell.percent_possible_obs ? _reflns_shell.number_unique_all ? _reflns_shell.number_measured_all ? _reflns_shell.number_measured_obs ? _reflns_shell.number_unique_obs ? _reflns_shell.pdbx_chi_squared ? # _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.entry_id 4DAJ _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs 26013 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F 1.980 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 39.90 _refine.ls_d_res_high 3.40 _refine.ls_percent_reflns_obs 82.9 _refine.ls_R_factor_obs 0.254 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.251 _refine.ls_R_factor_R_free 0.303 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 4.910 _refine.ls_number_reflns_R_free 1276 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] -2.16980 _refine.aniso_B[2][2] 6.59920 _refine.aniso_B[3][3] -4.42940 _refine.aniso_B[1][2] 2.01780 _refine.aniso_B[1][3] 0.10590 _refine.aniso_B[2][3] -1.32220 _refine.solvent_model_details 'FLAT BULK SOLVENT MODEL' _refine.solvent_model_param_ksol 0.30 _refine.solvent_model_param_bsol 49.36 _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii 0.60 _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii 0.27 _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model 'M2 muscarinic acetylcholine receptor (3UON)' _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ML _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML 0.590 _refine.pdbx_overall_phase_error 33.300 _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.B_iso_min ? _refine.B_iso_max ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 13435 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 154 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 13589 _refine_hist.d_res_high 3.40 _refine_hist.d_res_low 39.90 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function f_bond_d 0.011 ? ? 14794 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_angle_d 0.862 ? ? 19010 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_dihedral_angle_d 14.722 ? ? 4824 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_chiral_restr 0.058 ? ? 2248 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_plane_restr 0.003 ? ? 2303 'X-RAY DIFFRACTION' ? # loop_ _refine_ls_shell.pdbx_refine_id _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used _refine_ls_shell.d_res_high _refine_ls_shell.d_res_low _refine_ls_shell.number_reflns_R_work _refine_ls_shell.R_factor_R_work _refine_ls_shell.percent_reflns_obs _refine_ls_shell.R_factor_R_free _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_all _refine_ls_shell.R_factor_all _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs _refine_ls_shell.number_reflns_obs 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.4000 3.5361 1695 0.3367 52.00 0.4295 . . 93 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.5361 3.6970 2116 0.3155 64.00 0.3398 . . 114 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.6970 3.8917 2535 0.2962 75.00 0.3635 . . 114 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.8917 4.1353 2882 0.2733 87.00 0.3447 . . 139 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.1353 4.4542 3039 0.2398 91.00 0.3270 . . 158 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.4542 4.9018 3052 0.2128 92.00 0.2753 . . 161 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 4.9018 5.6094 3132 0.2438 94.00 0.2849 . . 155 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 5.6094 7.0608 3102 0.2843 94.00 0.3541 . . 168 . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 7.0608 39.9065 3184 0.2179 96.00 0.2358 . . 174 . . . . # _struct.entry_id 4DAJ _struct.title 'Structure of the M3 Muscarinic Acetylcholine Receptor' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 4DAJ _struct_keywords.pdbx_keywords 'SIGNALING PROTEIN, Hydrolase' _struct_keywords.text 'G protein-coupled receptor, muscarinic receptor, Acetylcholine receptor, SIGNALING PROTEIN, Hydrolase' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 3 ? H N N 3 ? I N N 3 ? J N N 2 ? K N N 3 ? L N N 2 ? M N N 3 ? N N N 3 ? O N N 2 ? P N N 3 ? Q N N 3 ? 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