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APPSVRFVTKINMNGINNSSGMVDARSIPVLAKWQNSYSIKVVLQELRRLMMSKENMKLPQPPEGQTYN ; A,E,I ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GPLGSMAGLPRRIIKETQRLLAEPVPGIKAEPDESNARYFHVVIAGPQDSPFEGGTFKLELFLPEEYPMAAPKVRFMTKI YHPNVDKLGRICLDILKDKWSPALQIRTVLLSIQALLSAPNPDDPLANDVAEQWKTNEAQAIETARAWTRLYAMN ; ;GPLGSMAGLPRRIIKETQRLLAEPVPGIKAEPDESNARYFHVVIAGPQDSPFEGGTFKLELFLPEEYPMAAPKVRFMTKI YHPNVDKLGRICLDILKDKWSPALQIRTVLLSIQALLSAPNPDDPLANDVAEQWKTNEAQAIETARAWTRLYAMN ; B,F,J ? 3 'polypeptide(L)' no no ;GPLGSPGFQEHWALMEELNRSKKDFEAIIQAKNKELEQTKEEKEKMQAQKEEVLSHMNDVLENELQCIICSEYFIEAVTL NCAHSFCSYCINEWMKRKIECPICRKDIKSKTYSLVLDNCINKMVNNLSSEVKERRIVLIRERKAKRLF ; ;GPLGSPGFQEHWALMEELNRSKKDFEAIIQAKNKELEQTKEEKEKMQAQKEEVLSHMNDVLENELQCIICSEYFIEAVTL NCAHSFCSYCINEWMKRKIECPICRKDIKSKTYSLVLDNCINKMVNNLSSEVKERRIVLIRERKAKRLF ; C,G,H,K,L ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 PRO n 1 3 LEU n 1 4 GLY n 1 5 SER n 1 6 MET n 1 7 ALA n 1 8 VAL n 1 9 SER n 1 10 THR n 1 11 GLY n 1 12 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'BL21 Gold' ? ? ? ? ? ? ? plasmid ? ? ? pGEX-6P-1 ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP UB2V2_HUMAN Q15819 1 ;MAVSTGVKVPRNFRLLEELEEGQKGVGDGTVSWGLEDDEDMTLTRWTGMIIGPPRTNYENRIYSLKVECGPKYPEAPPSV RFVTKINMNGINNSSGMVDARSIPVLAKWQNSYSIKVVLQELRRLMMSKENMKLPQPPEGQTYN ; 1 ? 2 UNP UBE2N_HUMAN P61088 2 ;MAGLPRRIIKETQRLLAEPVPGIKAEPDESNARYFHVVIAGPQDSPFEGGTFKLELFLPEEYPMAAPKVRFMTKIYHPNV DKLGRICLDILKDKWSPALQIRTVLLSIQALLSAPNPDDPLANDVAEQWKTNEAQAIETARAWTRLYAMN ; 1 ? 3 UNP RNF8_HUMAN O76064 3 ;QEHWALMEELNRSKKDFEAIIQAKNKELEQTKEEKEKMQAQKEEVLSHMNDVLENELQCIICSEYFIEAVTLNCAHSFCS YCINEWMKRKIECPICRKDIKSKTYSLVLDNCINKMVNNLSSEVKERRIVLIRERKAKRLF ; 345 ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 4EPO A 6 ? 149 ? 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'EXPRESSION TAG' -4 1 1 4EPO PRO A 2 ? UNP Q15819 ? ? 'EXPRESSION TAG' -3 2 1 4EPO LEU A 3 ? UNP Q15819 ? ? 'EXPRESSION TAG' -2 3 1 4EPO GLY A 4 ? UNP Q15819 ? ? 'EXPRESSION TAG' -1 4 1 4EPO SER A 5 ? UNP Q15819 ? ? 'EXPRESSION TAG' 0 5 2 4EPO GLY B 1 ? UNP P61088 ? ? 'EXPRESSION TAG' -4 6 2 4EPO PRO B 2 ? UNP P61088 ? ? 'EXPRESSION TAG' -3 7 2 4EPO LEU B 3 ? UNP P61088 ? ? 'EXPRESSION TAG' -2 8 2 4EPO GLY B 4 ? UNP P61088 ? ? 'EXPRESSION TAG' -1 9 2 4EPO SER B 5 ? UNP P61088 ? ? 'EXPRESSION TAG' 0 10 3 4EPO GLY C 1 ? UNP O76064 ? ? 'EXPRESSION TAG' 337 11 3 4EPO PRO C 2 ? UNP O76064 ? ? 'EXPRESSION TAG' 338 12 3 4EPO LEU C 3 ? UNP O76064 ? ? 'EXPRESSION TAG' 339 13 3 4EPO GLY C 4 ? UNP O76064 ? ? 'EXPRESSION TAG' 340 14 3 4EPO SER C 5 ? UNP O76064 ? ? 'EXPRESSION TAG' 341 15 3 4EPO PRO C 6 ? UNP O76064 ? ? 'EXPRESSION TAG' 342 16 3 4EPO GLY C 7 ? UNP O76064 ? ? 'EXPRESSION TAG' 343 17 3 4EPO PHE C 8 ? UNP O76064 ? ? 'EXPRESSION TAG' 344 18 4 4EPO GLY E 1 ? UNP Q15819 ? ? 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'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 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'X-RAY DIFFRACTION' f_angle_d 13883 1.497 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' f_chiral_restr 1667 0.103 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' f_plane_restr 1864 0.006 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' f_dihedral_angle_d 3334 12.788 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' # loop_ _refine_ls_shell.d_res_high _refine_ls_shell.d_res_low _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used _refine_ls_shell.percent_reflns_obs _refine_ls_shell.number_reflns_R_work _refine_ls_shell.R_factor_all _refine_ls_shell.R_factor_R_work _refine_ls_shell.R_factor_R_free _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_R_free _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error _refine_ls_shell.number_reflns_all _refine_ls_shell.number_reflns_obs _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 4.802 4.8999 17 92.0000 2377 . 0.4113 0.4698 . 130 . 2507 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 4.8999 5.0064 17 97.0000 2566 . 0.4075 0.3829 . 129 . 2695 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 5.0064 5.1229 17 97.0000 2532 . 0.4128 0.3770 . 143 . 2675 . . 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'X-RAY DIFFRACTION' 9.7983 12.3430 17 99.0000 2595 . 0.2307 0.2317 . 146 . 2741 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 12.3430 123.5808 17 99.0000 2618 . 0.2956 0.2678 . 119 . 2737 . . 'X-RAY DIFFRACTION' # _struct.entry_id 4EPO _struct.title 'Crystal structure of RNF8 bound to the Ubc13/Mms2 heterodimer' _struct.pdbx_descriptor ;Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2, Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N (E.C.6.3.2.19), E3 ubiquitin-protein ligase RNF8 (E.C.6.3.2.-) ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 4EPO _struct_keywords.text 'coiled-coil, E3 ubiquitin ligase, ubiquitin, PROTEIN BINDING-LIGASE complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'PROTEIN BINDING/LIGASE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 3 ? H N N 1 ? I N N 2 ? J N N 3 ? K N N 3 ? L N N 4 ? M N N 4 ? N N N 4 ? O N N 4 ? P N N 4 ? Q N N 4 ? R N N 4 ? S N N 4 ? T N N 4 ? U N N 4 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 PRO A 15 ? GLY A 30 ? PRO A 10 GLY A 25 1 ? 16 HELX_P HELX_P2 2 ASP A 104 ? SER A 107 ? ASP A 99 SER A 102 5 ? 4 HELX_P HELX_P3 3 ILE A 108 ? LYS A 113 ? ILE A 103 LYS A 108 1 ? 6 HELX_P HELX_P4 4 SER A 119 ? MET A 132 ? 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ARG H 471 LEU H 484 1 ? 14 HELX_P HELX_P33 33 PRO H 15 ? GLY H 30 ? PRO I 10 GLY I 25 1 ? 16 HELX_P HELX_P34 34 ASP H 104 ? SER H 107 ? ASP I 99 SER I 102 5 ? 4 HELX_P HELX_P35 35 ILE H 108 ? LYS H 113 ? ILE I 103 LYS I 108 1 ? 6 HELX_P HELX_P36 36 SER H 119 ? MET H 132 ? SER I 114 MET I 127 1 ? 14 HELX_P HELX_P37 37 SER H 133 ? LYS H 138 ? SER I 128 LYS I 133 1 ? 6 HELX_P HELX_P38 38 PRO I 10 ? LEU I 21 ? PRO J 5 LEU J 16 1 ? 12 HELX_P HELX_P39 39 LEU I 93 ? LYS I 97 ? LEU J 88 LYS J 92 5 ? 5 HELX_P HELX_P40 40 GLN I 105 ? ALA I 119 ? GLN J 100 ALA J 114 1 ? 15 HELX_P HELX_P41 41 ASP I 129 ? ASN I 137 ? ASP J 124 ASN J 132 1 ? 9 HELX_P HELX_P42 42 ASN I 137 ? ALA I 153 ? ASN J 132 ALA J 148 1 ? 17 HELX_P HELX_P43 43 GLU J 10 ? ASP J 59 ? GLU K 346 ASP K 395 1 ? 50 HELX_P HELX_P44 44 SER J 88 ? LYS J 96 ? SER K 424 LYS K 432 1 ? 9 HELX_P HELX_P45 45 ASP J 118 ? SER J 130 ? ASP K 454 SER K 466 1 ? 13 HELX_P HELX_P46 46 ARG J 135 ? LEU J 148 ? 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K ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? anti-parallel A 2 3 ? anti-parallel A 3 4 ? anti-parallel B 1 2 ? anti-parallel B 2 3 ? anti-parallel B 3 4 ? anti-parallel C 1 2 ? anti-parallel C 2 3 ? anti-parallel D 1 2 ? anti-parallel D 2 3 ? anti-parallel D 3 4 ? anti-parallel E 1 2 ? anti-parallel E 2 3 ? anti-parallel E 3 4 ? anti-parallel F 1 2 ? anti-parallel F 2 3 ? anti-parallel G 1 2 ? anti-parallel G 2 3 ? anti-parallel H 1 2 ? anti-parallel H 2 3 ? anti-parallel H 3 4 ? anti-parallel I 1 2 ? anti-parallel I 2 3 ? anti-parallel I 3 4 ? anti-parallel J 1 2 ? anti-parallel J 2 3 ? anti-parallel K 1 2 ? anti-parallel K 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 VAL A 36 ? 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SER H 421 CYS H 423 G 2 ALA G 77 ? THR G 79 ? ALA H 413 THR H 415 G 3 VAL G 116 ? LEU G 117 ? VAL H 452 LEU H 453 H 1 VAL H 36 ? LEU H 40 ? VAL I 31 LEU I 35 H 2 ARG H 50 ? ILE H 56 ? ARG I 45 ILE I 51 H 3 ILE H 67 ? GLU H 73 ? ILE I 62 GLU I 68 H 4 SER H 84 ? PHE H 87 ? SER I 79 PHE I 82 I 1 ILE I 28 ? PRO I 32 ? ILE J 23 PRO J 27 I 2 TYR I 39 ? ALA I 45 ? TYR J 34 ALA J 40 I 3 THR I 56 ? PHE I 62 ? THR J 51 PHE J 57 I 4 LYS I 73 ? PHE I 76 ? LYS J 68 PHE J 71 J 1 SER J 85 ? CYS J 87 ? SER K 421 CYS K 423 J 2 ALA J 77 ? THR J 79 ? ALA K 413 THR K 415 J 3 VAL J 116 ? LEU J 117 ? VAL K 452 LEU K 453 K 1 SER K 85 ? CYS K 87 ? SER L 421 CYS L 423 K 2 ALA K 77 ? THR K 79 ? ALA L 413 THR L 415 K 3 VAL K 116 ? LEU K 117 ? 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