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'X-RAY DIFFRACTION' # loop_ _pdbx_xplor_file.serial_no _pdbx_xplor_file.param_file _pdbx_xplor_file.topol_file _pdbx_xplor_file.pdbx_refine_id 1 protein_rep.param protein.top 'X-RAY DIFFRACTION' 2 dna-rna_rep.param dna-rna.top 'X-RAY DIFFRACTION' 3 ion.param ion.top 'X-RAY DIFFRACTION' # loop_ _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom.details 1 1 ? 2 2 ? 3 3 ? 4 4 ? 5 5 ? 6 6 ? 7 7 ? 8 8 ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details 1 ? 2 ? 3 ? 4 ? 5 ? 6 ? 7 ? 8 ? # _struct.entry_id 4FY4 _struct.title 'The Crystallographic Structure of Panicum Mosaic Virus' _struct.pdbx_descriptor 'Capsid protein' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 4FY4 _struct_keywords.pdbx_keywords VIRUS/RNA _struct_keywords.text 'icosahedral virus, tombusviridae, RNA hairpin, virus coat protein, Swiss jelly roll fold, VIRUS-RNA complex' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 2 ? I N N 1 ? J N N 1 ? K N N 1 ? L N N 2 ? M N N 1 ? N N N 1 ? O N N 1 ? P N N 2 ? Q N N 1 ? R N N 1 ? S N N 1 ? T N N 2 ? U N N 1 ? V N N 1 ? W N N 1 ? X N N 2 ? Y N N 1 ? Z N N 1 ? AA N N 1 ? BA N N 2 ? CA N N 1 ? DA N N 1 ? EA N N 1 ? FA N N 2 ? GA N N 1 ? HA N N 1 ? IA N N 1 ? JA N N 2 ? KA N N 1 ? LA N N 1 ? MA N N 1 ? NA N N 2 ? OA N N 1 ? PA N N 1 ? QA N N 1 ? RA N N 2 ? SA N N 1 ? TA N N 1 ? UA N N 1 ? VA N N 2 ? WA N N 3 ? XA N N 3 ? YA N N 3 ? ZA N N 3 ? AB N N 3 ? BB N N 3 ? CB N N 3 ? DB N N 3 ? EB N N 3 ? FB N N 3 ? GB N N 3 ? HB N N 3 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ;THE FULL ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO ICOSAHEDRAL VIRUS PARTICLES, THE FIRST COMPRISING PDB ENTRIES 4FY1, 4FY2, 4FY3, 4FY4, AND 4FY5, AND THE SECOND COMPRISING PDB ENTRIES 4FY6, 4FY7, 4FY8, 4FY9, AND 4FYA. ; # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 ALA A 100 ? SER A 108 ? ALA A 100 SER A 108 1 ? 9 HELX_P HELX_P2 2 THR A 149 ? MET A 154 ? THR A 149 MET A 154 1 ? 6 HELX_P HELX_P3 3 ASP A 187 ? ALA A 193 ? ASP A 187 ALA A 193 1 ? 7 HELX_P HELX_P4 4 SER A 195 ? GLY A 200 ? SER A 195 GLY A 200 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 5 ASP A 201 ? SER A 203 ? ASP A 201 SER A 203 5 ? 3 HELX_P HELX_P6 6 ALA B 100 ? SER B 108 ? ALA B 100 SER B 108 1 ? 9 HELX_P HELX_P7 7 LEU B 150 ? MET B 154 ? LEU B 150 MET B 154 5 ? 5 HELX_P HELX_P8 8 ASP B 187 ? ALA B 193 ? ASP B 187 ALA B 193 1 ? 7 HELX_P HELX_P9 9 SER B 195 ? GLY B 200 ? SER B 195 GLY B 200 1 ? 6 HELX_P HELX_P10 10 ASP B 201 ? SER B 203 ? ASP B 201 SER B 203 5 ? 3 HELX_P HELX_P11 11 ALA C 100 ? SER C 108 ? ALA C 100 SER C 108 1 ? 9 HELX_P HELX_P12 12 THR C 149 ? MET C 154 ? THR C 149 MET C 154 1 ? 6 HELX_P HELX_P13 13 ASP C 187 ? LEU C 194 ? ASP C 187 LEU C 194 1 ? 8 HELX_P HELX_P14 14 SER C 195 ? GLY C 200 ? SER C 195 GLY C 200 1 ? 6 HELX_P HELX_P15 15 ASP C 201 ? SER C 203 ? ASP C 201 SER C 203 5 ? 3 HELX_P HELX_P16 16 ALA E 100 ? SER E 108 ? 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UA ALA 242 # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 4FY4 'double helix' 4FY4 'hairpin loop' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 D U 2 1_555 D U 16 1_555 0.931 -1.476 1.742 0.629 -8.363 29.554 1 D_U2:U16_D D 2 ? 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N 13 ? 20 1 1 L A 6 1_555 L U 11 1_555 0.770 0.366 -0.800 -3.772 17.895 6.369 12 N_A6:U11_N N 6 ? N 11 ? ? ? 1 P U 2 1_555 P U 16 1_555 0.932 -1.476 1.709 0.041 -8.262 29.672 13 S_U2:U16_S S 2 ? S 16 ? ? ? 1 P A 3 1_555 P U 14 1_555 -0.074 0.396 -0.758 -4.880 -2.733 8.354 14 S_A3:U14_S S 3 ? S 14 ? ? ? 1 P A 4 1_555 P U 13 1_555 -0.388 -0.221 -1.092 -7.516 -5.378 4.798 15 S_A4:U13_S S 4 ? S 13 ? 20 1 1 P A 6 1_555 P U 11 1_555 0.769 0.352 -0.752 -3.450 18.465 6.362 16 S_A6:U11_S S 6 ? S 11 ? ? ? 1 T U 2 1_555 T U 16 1_555 0.923 -1.488 1.715 0.343 -8.384 29.510 17 X_U2:U16_X X 2 ? X 16 ? ? ? 1 T A 3 1_555 T U 14 1_555 -0.077 0.383 -0.752 -5.221 -2.918 8.436 18 X_A3:U14_X X 3 ? X 14 ? ? ? 1 T A 4 1_555 T U 13 1_555 -0.392 -0.216 -1.091 -6.887 -5.649 4.917 19 X_A4:U13_X X 4 ? X 13 ? 20 1 1 T A 6 1_555 T U 11 1_555 0.771 0.351 -0.698 -3.463 17.695 6.590 20 X_A6:U11_X X 6 ? 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