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_refine.pdbx_method_to_determine_struct MIRAS _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'MAXIMUM LIKELIHOOD' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free 1.050 _refine.overall_SU_ML 1.042 _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B 86.206 _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 9217 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 9217 _refine_hist.d_res_high 4.50 _refine_hist.d_res_low 45.00 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function r_bond_refined_d 0.010 0.019 ? 9287 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_bond_other_d ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_angle_refined_deg 1.560 1.957 ? 12794 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_angle_other_deg ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_1_deg 7.581 5.000 ? 1553 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_2_deg 38.397 24.759 ? 166 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_3_deg 17.831 15.000 ? 711 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_4_deg 18.546 15.000 ? 19 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_chiral_restr 0.093 0.200 ? 1666 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_gen_planes_refined 0.005 0.020 ? 7172 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_gen_planes_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_nbd_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_nbd_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_nbtor_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_nbtor_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_xyhbond_nbd_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_xyhbond_nbd_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_metal_ion_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_metal_ion_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_vdw_refined ? ? ? ? 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'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.d_res_high 4.50 _refine_ls_shell.d_res_low 4.62 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 1357 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.3850 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 99.59 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.4100 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 87 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? # _database_PDB_matrix.entry_id 4GWQ _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 4GWQ _struct.title ;Structure of the Mediator Head Module from S. cerevisiae in complex with the carboxy-terminal domain (CTD) of RNA Polymerase II Rpb1 subunit ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 4GWQ _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSCRIPTION _struct_keywords.text ;Binding Sites, Mediator Complex, Models, Molecular, Phosphorylation, Protein Structure, Tertiary, Protein Subunits, RNA Polymerase II, Saccharomyces cerevisiae, Structure-Activity Relationship, TRANSCRIPTION ; # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP MED11_YEAST Q99278 1 ;MQPPYIQERLKSLNDIETQLCSMLQEASQVTFIFGELKRGNESVKPQFENHVKQFYERLDKSTTQLRKEIQLLDENVGTR LLPINVNKKALGQDTEKMEEQLDLLSAILDPSKSK ; 1 ? 2 UNP MED17_YEAST P32569 2 ;MTTEDPDSNHLSSETGIKLALDPNLITLALSSNPNSSLHSPTSDEPVPESAGKADTSIRLEGDELENKTKKDNDKNLKFL KNKDSLVSNPHEIYGSMPLEQLIPIILRQRGPGFKFVDLNEKELQNEIKQLGSDSSDGHNSEKKDTDGADENVQIGEDFM EVDYEDKDNPVDSRNETDHKTNENGETDDNIETVMTQEQFVKRRRDMLEHINLAMNESSLALEFVSLLLSSVKESTGMSS MSPFLRKVVKPSSLNSDKIPYVAPTKKEYIELDILNKGWKLQSLNESKDLLRASFNKLSSILQNEHDYWNKIMQSISNKD VIFKIRDRTSGQKLLAIKYGYEDSGSTYKHDRGIANIRNNIESQNLDLIPHSSSVFKGTDFVHSVKKFLRVRIFTKIESE DDYILSGESVMDRDSESEEAETKDIRKQIQLLKKIIFEKELMYQIKKECALLISYGVSIENENKVIIELPNEKFEIELLS LDDDSIVNHEQDLPKINDKRANLMLVMLRLLLVVIFKKTLRSRISSPHGLINLNVDDDILIIRPILGKVRFANYKLLLKK IIKDYVLDIVPGSSITETEVEREQPQENKNIDDENITKLNKEIRAFDKLLNIPRRELKINLPLTEHKSPNLSLMLESPNY CNALIHIKFSAGTEANAVSFDTTFSDFKEVEDFLHFIVAEYIQQKKV ; 1 ? 3 UNP MED8_YEAST P38304 3 ;MSQSTASLVPEGNQGSLQEDVSFDFNGVPGQALDAVRMRLAQLTHSLRRIRDEMSKAELPQWYTLQSQLNVTLSQLVSVT STLQHFQETLDSTVVYPLPKFPTTSHESLVTTLLRKKNIPEVDEWMKYVRETSGVTTALLKDEEIEKLLQQDREITNWAR TTFRNEYGKHDFKNEESLSEEHASLLVRDSKPSKPFNVDDVLKFTFTGEKPIITGSTSTSSSN ; 1 ? 4 UNP MED22_YEAST P32570 4 ;MSNQALYEKLEQTRTILSVKLAELINMTTIADRNDDDEGSFAQENSELAVATTSVMMVNNQTMQLIKNVQDLLILTRSIK EKWLLNQIPVTEHSKVTRFDEKQIEELLDNCIETFVAEKTT ; 1 ? 5 UNP MED18_YEAST P32585 5 ;MVQQLSLFGSIGDDGYDLLISTLTTISGNPPLLYNSLCTVWKPNPSYDVENVNSRNQLVEPNRIKLSKEVPFSYLIDETM MDKPLNFRILKSFTNDKIPLNYAMTRNILHNTVPQVTNFNSTNEDQNNSKHTEDTVNESRNSDDIIDVDMDASPAPSNES CSPWSLQISDIPAAGNNRSVSMQTIAETIILSSAGKNSSVSSLMNGLGYVFEFQYLTIGVKFFMKHGLILELQKIWQIEE AGNSQITSGGFLLKAYINVSRGTDIDRINYTETALMNLKKELQGYIELSVPDRQSMDSRVAHGNILI ; 1 ? 6 UNP MED20_YEAST P34162 6 ;MGKSAVIFVERATPATLTELKDALSNSILSVRDPWSIDFRTYRCSIKNLPADVSKLMYSITFHHHGRQTVLIKDNSAMVT TAAAADIPPALVFNGSSTGVPESIDTILSSKLSNIWMQRQLIKGDAGETLILDGLTVRLVNLFSSTGFKGLLIELQADEA GEFETKIAGIEGHLAEIRAKEYKTSSDSLGPDTSNEICDLAYQYVRALEL ; 1 ? 7 UNP MED6_YEAST P38782 7 ;MNVTPLDELQWKSPEWIQVFGLRTENVLDYFAESPFFDKTSNNQVIKMQRQFSQLNDPNAAVNMTQNIMTLPDGKNGNLE EEFAYVDPARRQILFKYPMYMQLEEELMKLDGTEYVLSSVREPDFWVIRKQRRTNNSGVGSAKGPEIIPLQDYYIIGANI YQSPTIFKIVQSRLMSTSYHLNSTLESLYDLIEFQPSQGVHYKVPTDTSTTATAATNGNNAGGGSNKSSVRPTGGANMAT VPSTTNVNMTVNTMGTGGQTIDNGTGRTGNGNMGITTEMLDKLMVTSIRSTPNYI ; 1 ? 8 UNP RPB1_YEAST P04050 8 YSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPS 1556 ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 4GWQ A 1 ? 115 ? Q99278 1 ? 115 ? 1 115 2 2 4GWQ B 1 ? 687 ? P32569 1 ? 687 ? 1 687 3 3 4GWQ C 1 ? 223 ? P38304 1 ? 223 ? 1 223 4 4 4GWQ D 1 ? 121 ? P32570 1 ? 121 ? 1 121 5 5 4GWQ E 1 ? 307 ? P32585 1 ? 307 ? 1 307 6 6 4GWQ F 1 ? 210 ? P34162 1 ? 210 ? 1 210 7 7 4GWQ G 1 ? 295 ? P38782 1 ? 295 ? 1 295 8 8 4GWQ H 1 ? 35 ? P04050 1556 ? 1590 ? -4 30 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 3 4GWQ SER C 224 ? UNP P38304 ? ? 'expression tag' 224 1 3 4GWQ MET C 225 ? UNP P38304 ? ? 'expression tag' 225 2 3 4GWQ GLU C 226 ? UNP P38304 ? ? 'expression tag' 226 3 3 4GWQ LYS C 227 ? UNP P38304 ? ? 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