HEADER VIRAL PROTEIN 05-FEB-13 4J2R TITLE MIDDLE DOMAIN OF INFLUENZA A VIRUS RNA-DEPENDENT POLYMERASE PB2 COMPND MOL_ID: 1; COMPND 2 MOLECULE: POLYMERASE BASIC PROTEIN 2; COMPND 3 CHAIN: A, B; COMPND 4 FRAGMENT: MIDDLE DOMAIN, UNP RESIDUES 320-482; COMPND 5 SYNONYM: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT P3; COMPND 6 ENGINEERED: YES SOURCE MOL_ID: 1; SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: INFLUENZA A VIRUS; SOURCE 3 ORGANISM_TAXID: 211044; SOURCE 4 STRAIN: A/PUERTO RICO/8/1934 H1N1; SOURCE 5 GENE: PB2; SOURCE 6 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI; SOURCE 7 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 562; SOURCE 8 EXPRESSION_SYSTEM_STRAIN: BL21(DE3); SOURCE 9 EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR_TYPE: PLASMID; SOURCE 10 EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID: PET15B KEYWDS CAP-BINDING DOMAIN, CAP-SNATCHING, VIRAL PROTEIN EXPDTA X-RAY DIFFRACTION AUTHOR H.QIU,T.TSURUMURA,Y.TSUMORI,D.HATAKEYAMA,T.KUZUHARA,H.TSUGE REVDAT 2 08-NOV-23 4J2R 1 SEQADV REVDAT 1 05-FEB-14 4J2R 0 JRNL AUTH T.TSURUMURA,H.QIU,T.YOSHIDA,Y.TSUMORI,H.TSUGE JRNL TITL CRYSTALLIZATION AND PRELIMINARY X-RAY DIFFRACTION STUDIES OF JRNL TITL 2 A SURFACE MUTANT OF THE MIDDLE DOMAIN OF PB2 FROM HUMAN JRNL TITL 3 INFLUENZA A (H1N1) VIRUS JRNL REF ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.F V. 70 72 2014 JRNL REFN ESSN 1744-3091 JRNL PMID 24419622 JRNL DOI 10.1107/S2053230X13032603 REMARK 2 REMARK 2 RESOLUTION. 2.42 ANGSTROMS. REMARK 3 REMARK 3 REFINEMENT. REMARK 3 PROGRAM : REFMAC 5.7.0029 REMARK 3 AUTHORS : MURSHUDOV,SKUBAK,LEBEDEV,PANNU,STEINER, REMARK 3 : NICHOLLS,WINN,LONG,VAGIN REMARK 3 REMARK 3 REFINEMENT TARGET : MAXIMUM LIKELIHOOD REMARK 3 REMARK 3 DATA USED IN REFINEMENT. REMARK 3 RESOLUTION RANGE HIGH (ANGSTROMS) : 2.42 REMARK 3 RESOLUTION RANGE LOW (ANGSTROMS) : 25.88 REMARK 3 DATA CUTOFF (SIGMA(F)) : NULL REMARK 3 COMPLETENESS FOR RANGE (%) : 92.5 REMARK 3 NUMBER OF REFLECTIONS : 15240 REMARK 3 REMARK 3 FIT TO DATA USED IN REFINEMENT. REMARK 3 CROSS-VALIDATION METHOD : THROUGHOUT REMARK 3 FREE R VALUE TEST SET SELECTION : RANDOM REMARK 3 R VALUE (WORKING + TEST SET) : 0.218 REMARK 3 R VALUE (WORKING SET) : 0.215 REMARK 3 FREE R VALUE : 0.271 REMARK 3 FREE R VALUE TEST SET SIZE (%) : 5.000 REMARK 3 FREE R VALUE TEST SET COUNT : 803 REMARK 3 REMARK 3 FIT IN THE HIGHEST RESOLUTION BIN. REMARK 3 TOTAL NUMBER OF BINS USED : 20 REMARK 3 BIN RESOLUTION RANGE HIGH (A) : 2.42 REMARK 3 BIN RESOLUTION RANGE LOW (A) : 2.48 REMARK 3 REFLECTION IN BIN (WORKING SET) : 1035 REMARK 3 BIN COMPLETENESS (WORKING+TEST) (%) : 89.34 REMARK 3 BIN R VALUE (WORKING SET) : 0.3450 REMARK 3 BIN FREE R VALUE SET COUNT : 63 REMARK 3 BIN FREE R VALUE : 0.3550 REMARK 3 REMARK 3 NUMBER OF NON-HYDROGEN ATOMS USED IN REFINEMENT. REMARK 3 PROTEIN ATOMS : 2582 REMARK 3 NUCLEIC ACID ATOMS : 0 REMARK 3 HETEROGEN ATOMS : 0 REMARK 3 SOLVENT ATOMS : 71 REMARK 3 REMARK 3 B VALUES. REMARK 3 FROM WILSON PLOT (A**2) : NULL REMARK 3 MEAN B VALUE (OVERALL, A**2) : 58.00 REMARK 3 OVERALL ANISOTROPIC B VALUE. REMARK 3 B11 (A**2) : -1.46000 REMARK 3 B22 (A**2) : 1.14000 REMARK 3 B33 (A**2) : 0.32000 REMARK 3 B12 (A**2) : 0.00000 REMARK 3 B13 (A**2) : 0.00000 REMARK 3 B23 (A**2) : 0.00000 REMARK 3 REMARK 3 ESTIMATED OVERALL COORDINATE ERROR. REMARK 3 ESU BASED ON R VALUE (A): 0.412 REMARK 3 ESU BASED ON FREE R VALUE (A): 0.286 REMARK 3 ESU BASED ON MAXIMUM LIKELIHOOD (A): 0.210 REMARK 3 ESU FOR B VALUES BASED ON MAXIMUM LIKELIHOOD (A**2): 18.699 REMARK 3 REMARK 3 CORRELATION COEFFICIENTS. REMARK 3 CORRELATION COEFFICIENT FO-FC : 0.949 REMARK 3 CORRELATION COEFFICIENT FO-FC FREE : 0.914 REMARK 3 REMARK 3 RMS DEVIATIONS FROM IDEAL VALUES COUNT RMS WEIGHT REMARK 3 BOND LENGTHS REFINED ATOMS (A): 2618 ; 0.015 ; 0.019 REMARK 3 BOND LENGTHS OTHERS (A): 2612 ; 0.001 ; 0.020 REMARK 3 BOND ANGLES REFINED ATOMS (DEGREES): 3508 ; 1.787 ; 1.954 REMARK 3 BOND ANGLES OTHERS (DEGREES): 5974 ; 0.906 ; 3.000 REMARK 3 TORSION ANGLES, PERIOD 1 (DEGREES): 324 ; 7.234 ; 5.000 REMARK 3 TORSION ANGLES, PERIOD 2 (DEGREES): 122 ;34.313 ;22.787 REMARK 3 TORSION ANGLES, PERIOD 3 (DEGREES): 508 ;18.680 ;15.000 REMARK 3 TORSION ANGLES, PERIOD 4 (DEGREES): 30 ;19.408 ;15.000 REMARK 3 CHIRAL-CENTER RESTRAINTS (A**3): 394 ; 0.109 ; 0.200 REMARK 3 GENERAL PLANES REFINED ATOMS (A): 2940 ; 0.007 ; 0.020 REMARK 3 GENERAL PLANES OTHERS (A): 630 ; 0.001 ; 0.020 REMARK 3 NON-BONDED CONTACTS REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 NON-BONDED CONTACTS OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 NON-BONDED TORSION REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 NON-BONDED TORSION OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 H-BOND (X...Y) REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 H-BOND (X...Y) OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 POTENTIAL METAL-ION REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 POTENTIAL METAL-ION OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SYMMETRY VDW REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SYMMETRY VDW OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SYMMETRY H-BOND REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SYMMETRY H-BOND OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SYMMETRY METAL-ION REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SYMMETRY METAL-ION OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 REMARK 3 ISOTROPIC THERMAL FACTOR RESTRAINTS. COUNT RMS WEIGHT REMARK 3 MAIN-CHAIN BOND REFINED ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 MAIN-CHAIN BOND OTHER ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 MAIN-CHAIN ANGLE REFINED ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 MAIN-CHAIN ANGLE OTHER ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SIDE-CHAIN BOND REFINED ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SIDE-CHAIN BOND OTHER ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SIDE-CHAIN ANGLE REFINED ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SIDE-CHAIN ANGLE OTHER ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 LONG RANGE B REFINED ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 LONG RANGE B OTHER ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 REMARK 3 ANISOTROPIC THERMAL FACTOR RESTRAINTS. COUNT RMS WEIGHT REMARK 3 RIGID-BOND RESTRAINTS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SPHERICITY; FREE ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SPHERICITY; BONDED ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 REMARK 3 NCS RESTRAINTS STATISTICS REMARK 3 NUMBER OF DIFFERENT NCS GROUPS : NULL REMARK 3 REMARK 3 TLS DETAILS REMARK 3 NUMBER OF TLS GROUPS : 2 REMARK 3 REMARK 3 TLS GROUP : 1 REMARK 3 NUMBER OF COMPONENTS GROUP : 1 REMARK 3 COMPONENTS C SSSEQI TO C SSSEQI REMARK 3 RESIDUE RANGE : A 320 A 482 REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 24.7832 -36.8273 -24.0418 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.1866 T22: 0.0110 REMARK 3 T33: 0.1459 T12: -0.0090 REMARK 3 T13: -0.0274 T23: 0.0202 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 0.6588 L22: 1.0365 REMARK 3 L33: 0.2026 L12: -0.5773 REMARK 3 L13: -0.2329 L23: 0.4338 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: 0.0132 S12: -0.0562 S13: -0.1065 REMARK 3 S21: -0.1060 S22: -0.0038 S23: 0.1207 REMARK 3 S31: -0.0411 S32: -0.0049 S33: -0.0095 REMARK 3 REMARK 3 TLS GROUP : 2 REMARK 3 NUMBER OF COMPONENTS GROUP : 1 REMARK 3 COMPONENTS C SSSEQI TO C SSSEQI REMARK 3 RESIDUE RANGE : B 320 B 482 REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 64.7617 -46.5124 -13.1080 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.1903 T22: 0.0762 REMARK 3 T33: 0.0267 T12: -0.0192 REMARK 3 T13: -0.0022 T23: -0.0015 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 0.7028 L22: 0.4167 REMARK 3 L33: 0.3846 L12: 0.0396 REMARK 3 L13: 0.2282 L23: 0.2196 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: 0.0479 S12: -0.0322 S13: 0.0198 REMARK 3 S21: 0.0350 S22: -0.1058 S23: 0.0515 REMARK 3 S31: 0.0286 S32: 0.0384 S33: 0.0580 REMARK 3 REMARK 3 BULK SOLVENT MODELLING. REMARK 3 METHOD USED : MASK REMARK 3 PARAMETERS FOR MASK CALCULATION REMARK 3 VDW PROBE RADIUS : 1.20 REMARK 3 ION PROBE RADIUS : 0.80 REMARK 3 SHRINKAGE RADIUS : 0.80 REMARK 3 REMARK 3 OTHER REFINEMENT REMARKS: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING REMARK 3 POSITIONS REMARK 4 REMARK 4 4J2R COMPLIES WITH FORMAT V. 3.30, 13-JUL-11 REMARK 100 REMARK 100 THIS ENTRY HAS BEEN PROCESSED BY PDBJ ON 15-FEB-13. REMARK 100 THE DEPOSITION ID IS D_1000077522. REMARK 200 REMARK 200 EXPERIMENTAL DETAILS REMARK 200 EXPERIMENT TYPE : X-RAY DIFFRACTION REMARK 200 DATE OF DATA COLLECTION : 06-DEC-12 REMARK 200 TEMPERATURE (KELVIN) : 100 REMARK 200 PH : 5.9 REMARK 200 NUMBER OF CRYSTALS USED : 1 REMARK 200 REMARK 200 SYNCHROTRON (Y/N) : Y REMARK 200 RADIATION SOURCE : PHOTON FACTORY REMARK 200 BEAMLINE : AR-NW12A REMARK 200 X-RAY GENERATOR MODEL : NULL REMARK 200 MONOCHROMATIC OR LAUE (M/L) : M REMARK 200 WAVELENGTH OR RANGE (A) : 1.0 REMARK 200 MONOCHROMATOR : NULL REMARK 200 OPTICS : NULL REMARK 200 REMARK 200 DETECTOR TYPE : CCD REMARK 200 DETECTOR MANUFACTURER : ADSC QUANTUM 210R REMARK 200 INTENSITY-INTEGRATION SOFTWARE : HKL-2000 REMARK 200 DATA SCALING SOFTWARE : HKL-2000 REMARK 200 REMARK 200 NUMBER OF UNIQUE REFLECTIONS : 16108 REMARK 200 RESOLUTION RANGE HIGH (A) : 2.420 REMARK 200 RESOLUTION RANGE LOW (A) : 31.420 REMARK 200 REJECTION CRITERIA (SIGMA(I)) : 0.000 REMARK 200 REMARK 200 OVERALL. REMARK 200 COMPLETENESS FOR RANGE (%) : 93.5 REMARK 200 DATA REDUNDANCY : 7.100 REMARK 200 R MERGE (I) : 0.04500 REMARK 200 R SYM (I) : NULL REMARK 200 FOR THE DATA SET : 45.0000 REMARK 200 REMARK 200 IN THE HIGHEST RESOLUTION SHELL. REMARK 200 HIGHEST RESOLUTION SHELL, RANGE HIGH (A) : 2.42 REMARK 200 HIGHEST RESOLUTION SHELL, RANGE LOW (A) : 2.47 REMARK 200 COMPLETENESS FOR SHELL (%) : 98.9 REMARK 200 DATA REDUNDANCY IN SHELL : 7.10 REMARK 200 R MERGE FOR SHELL (I) : 0.33000 REMARK 200 R SYM FOR SHELL (I) : NULL REMARK 200 FOR SHELL : 45.10 REMARK 200 REMARK 200 DIFFRACTION PROTOCOL: SINGLE WAVELENGTH REMARK 200 METHOD USED TO DETERMINE THE STRUCTURE: MOLECULAR REPLACEMENT REMARK 200 SOFTWARE USED: MOLREP 11.0 REMARK 200 STARTING MODEL: PDB ENTRY 2VQZ REMARK 200 REMARK 200 REMARK: NULL REMARK 280 REMARK 280 CRYSTAL REMARK 280 SOLVENT CONTENT, VS (%): 56.39 REMARK 280 MATTHEWS COEFFICIENT, VM (ANGSTROMS**3/DA): 2.82 REMARK 280 REMARK 280 CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 0.1M NAH2PO4, 0.1M KH2PO4, 0.1M MES REMARK 280 (PH 5.9), 0.8M NACL, 4% (V/V) 1-PROPANOL, VAPOR DIFFUSION, REMARK 280 HANGING DROP, TEMPERATURE 277K REMARK 290 REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY REMARK 290 SYMMETRY OPERATORS FOR SPACE GROUP: I 21 21 21 REMARK 290 REMARK 290 SYMOP SYMMETRY REMARK 290 NNNMMM OPERATOR REMARK 290 1555 X,Y,Z REMARK 290 2555 -X+1/2,-Y,Z+1/2 REMARK 290 3555 -X,Y+1/2,-Z+1/2 REMARK 290 4555 X+1/2,-Y+1/2,-Z REMARK 290 5555 X+1/2,Y+1/2,Z+1/2 REMARK 290 6555 -X,-Y+1/2,Z REMARK 290 7555 -X+1/2,Y,-Z REMARK 290 8555 X,-Y,-Z+1/2 REMARK 290 REMARK 290 WHERE NNN -> OPERATOR NUMBER REMARK 290 MMM -> TRANSLATION VECTOR REMARK 290 REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS REMARK 290 THE FOLLOWING TRANSFORMATIONS OPERATE ON THE ATOM/HETATM REMARK 290 RECORDS IN THIS ENTRY TO PRODUCE CRYSTALLOGRAPHICALLY REMARK 290 RELATED MOLECULES. REMARK 290 SMTRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY1 2 -1.000000 0.000000 0.000000 37.98450 REMARK 290 SMTRY2 2 0.000000 -1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY3 2 0.000000 0.000000 1.000000 56.26300 REMARK 290 SMTRY1 3 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY2 3 0.000000 1.000000 0.000000 51.75550 REMARK 290 SMTRY3 3 0.000000 0.000000 -1.000000 56.26300 REMARK 290 SMTRY1 4 1.000000 0.000000 0.000000 37.98450 REMARK 290 SMTRY2 4 0.000000 -1.000000 0.000000 51.75550 REMARK 290 SMTRY3 4 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY1 5 1.000000 0.000000 0.000000 37.98450 REMARK 290 SMTRY2 5 0.000000 1.000000 0.000000 51.75550 REMARK 290 SMTRY3 5 0.000000 0.000000 1.000000 56.26300 REMARK 290 SMTRY1 6 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY2 6 0.000000 -1.000000 0.000000 51.75550 REMARK 290 SMTRY3 6 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY1 7 -1.000000 0.000000 0.000000 37.98450 REMARK 290 SMTRY2 7 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY3 7 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY1 8 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY2 8 0.000000 -1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY3 8 0.000000 0.000000 -1.000000 56.26300 REMARK 290 REMARK 290 REMARK: NULL REMARK 300 REMARK 300 BIOMOLECULE: 1, 2 REMARK 300 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM REMARK 300 GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN REMARK 300 THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON REMARK 300 BURIED SURFACE AREA. REMARK 350 REMARK 350 COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN REMARK 350 BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE REMARK 350 MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS REMARK 350 GIVEN BELOW. BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND REMARK 350 CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN. REMARK 350 REMARK 350 BIOMOLECULE: 1 REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: MONOMERIC REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: MONOMERIC REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 350 REMARK 350 BIOMOLECULE: 2 REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: MONOMERIC REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: MONOMERIC REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: B REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 465 REMARK 465 MISSING RESIDUES REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.) REMARK 465 REMARK 465 M RES C SSSEQI REMARK 465 GLY A 314 REMARK 465 SER A 315 REMARK 465 HIS A 316 REMARK 465 MET A 317 REMARK 465 ARG A 318 REMARK 465 ILE A 319 REMARK 465 MET A 483 REMARK 465 GLY A 484 REMARK 465 SER A 485 REMARK 465 GLY A 486 REMARK 465 CYS A 487 REMARK 465 GLY B 314 REMARK 465 SER B 315 REMARK 465 HIS B 316 REMARK 465 MET B 317 REMARK 465 ARG B 318 REMARK 465 ILE B 319 REMARK 465 MET B 483 REMARK 465 GLY B 484 REMARK 465 SER B 485 REMARK 465 GLY B 486 REMARK 465 CYS B 487 REMARK 500 REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY REMARK 500 SUBTOPIC: TORSION ANGLES REMARK 500 REMARK 500 TORSION ANGLES OUTSIDE THE EXPECTED RAMACHANDRAN REGIONS: REMARK 500 (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; REMARK 500 SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE). REMARK 500 REMARK 500 STANDARD TABLE: REMARK 500 FORMAT:(10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,4X,F7.2,3X,F7.2) REMARK 500 REMARK 500 EXPECTED VALUES: GJ KLEYWEGT AND TA JONES (1996). PHI/PSI- REMARK 500 CHOLOGY: RAMACHANDRAN REVISITED. STRUCTURE 4, 1395 - 1400 REMARK 500 REMARK 500 M RES CSSEQI PSI PHI REMARK 500 PHE A 323 174.72 179.59 REMARK 500 SER A 334 154.67 169.34 REMARK 500 ARG A 340 135.66 -170.73 REMARK 500 ALA A 377 -159.36 -130.52 REMARK 500 THR A 378 109.38 -56.95 REMARK 500 ASN A 419 54.72 -144.28 REMARK 500 SER B 322 147.64 -34.36 REMARK 500 THR B 378 99.86 -49.95 REMARK 500 ASN B 419 50.95 -147.62 REMARK 500 ASP B 455 26.11 -71.82 REMARK 500 SER B 481 146.00 -179.24 REMARK 500 REMARK 500 REMARK: NULL REMARK 650 REMARK 650 HELIX REMARK 650 DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED REMARK 900 REMARK 900 RELATED ENTRIES REMARK 900 RELATED ID: 3CW4 RELATED DB: PDB REMARK 900 LARGE C-TERMINAL DOMAIN OF INFLUENZA A VIRUS RNA-DEPENDENT REMARK 900 POLYMERASE PB2 DBREF 4J2R A 318 484 UNP P03428 PB2_I34A1 318 484 DBREF 4J2R B 318 484 UNP P03428 PB2_I34A1 318 484 SEQADV 4J2R GLY A 314 UNP P03428 EXPRESSION TAG SEQADV 4J2R SER A 315 UNP P03428 EXPRESSION TAG SEQADV 4J2R HIS A 316 UNP P03428 EXPRESSION TAG SEQADV 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LEU B 381 6167 5032 4594 -24 -83 -45 C ANISOU 1785 CD1 LEU B 381 5916 4764 4352 -65 -67 -57 C ANISOU 1786 CD2 LEU B 381 6421 5274 4878 -15 -99 -67 C ANISOU 1787 N ILE B 382 6398 5333 4772 75 -113 -17 N ANISOU 1788 CA ILE B 382 6300 5239 4674 103 -131 -32 C ANISOU 1789 C ILE B 382 6269 5168 4681 100 -139 -78 C ANISOU 1790 O ILE B 382 6452 5342 4876 111 -157 -88 O ANISOU 1791 CB ILE B 382 7155 6137 5498 144 -137 -29 C ANISOU 1792 CG1 ILE B 382 6820 5798 5165 176 -158 -60 C ANISOU 1793 CG2 ILE B 382 7480 6471 5821 153 -128 -38 C ANISOU 1794 CD1 ILE B 382 7515 6459 5898 181 -163 -113 C ANISOU 1795 N GLN B 383 6436 5313 4870 83 -127 -104 N ANISOU 1796 CA GLN B 383 6414 5261 4891 73 -128 -151 C ANISOU 1797 C GLN B 383 6466 5292 4959 37 -106 -164 C ANISOU 1798 O GLN B 383 7250 6076 5722 35 -98 -148 O ANISOU 1799 CB GLN B 383 6704 5552 5195 108 -146 -187 C ANISOU 1800 CG GLN B 383 7351 6177 5895 98 -151 -236 C ANISOU 1801 CD GLN B 383 8476 7308 7037 136 -178 -268 C ANISOU 1802 OE1 GLN B 383 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CB SER B 405 6467 5404 4822 -72 -62 67 C ANISOU 1966 OG SER B 405 6284 5224 4650 -102 -60 77 O ANISOU 1967 N GLN B 406 6189 5184 4516 -99 -61 127 N ANISOU 1968 CA GLN B 406 6409 5449 4739 -106 -63 157 C ANISOU 1969 C GLN B 406 6042 5104 4391 -107 -63 171 C ANISOU 1970 O GLN B 406 5393 4502 3746 -103 -62 198 O ANISOU 1971 CB GLN B 406 6710 5787 5032 -76 -69 172 C ANISOU 1972 CG GLN B 406 7565 6612 5869 -70 -75 162 C ANISOU 1973 CD GLN B 406 7232 6315 5536 -41 -86 175 C ANISOU 1974 OE1 GLN B 406 8014 7128 6327 -6 -88 171 O ANISOU 1975 NE2 GLN B 406 7063 6142 5356 -53 -96 186 N ANISOU 1976 N GLU B 407 5993 5022 4353 -110 -64 154 N ANISOU 1977 CA GLU B 407 6129 5166 4505 -113 -68 171 C ANISOU 1978 C GLU B 407 5844 4893 4240 -146 -70 192 C ANISOU 1979 O GLU B 407 5813 4851 4217 -172 -69 179 O ANISOU 1980 CB GLU B 407 5991 4982 4382 -112 -75 144 C ANISOU 1981 CG GLU B 407 6436 5420 4814 -77 -78 127 C ANISOU 1982 CD GLU B 407 6381 5351 4768 -64 -91 128 C ANISOU 1983 OE1 GLU B 407 6359 5323 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ANISOU 2487 CB SER B 470 5464 4220 4695 33 -301 -656 C ANISOU 2488 OG SER B 470 5670 4382 4887 75 -355 -618 O ANISOU 2489 N ILE B 471 7152 5927 6441 103 -346 -724 N ANISOU 2490 CA ILE B 471 7467 6229 6719 141 -376 -698 C ANISOU 2491 C ILE B 471 7336 6050 6530 170 -422 -626 C ANISOU 2492 O ILE B 471 6880 5587 6028 201 -446 -597 O ANISOU 2493 CB ILE B 471 8061 6844 7399 169 -404 -774 C ANISOU 2494 CG1 ILE B 471 8232 7003 7660 188 -446 -821 C ANISOU 2495 CG2 ILE B 471 8337 7172 7720 136 -354 -834 C ANISOU 2496 CD1 ILE B 471 8601 7379 8098 232 -496 -875 C ANISOU 2497 N GLU B 472 7692 6376 6884 159 -433 -596 N ANISOU 2498 CA GLU B 472 7861 6499 6998 179 -474 -521 C ANISOU 2499 C GLU B 472 7357 5991 6403 154 -443 -444 C ANISOU 2500 O GLU B 472 7127 5746 6103 170 -461 -379 O ANISOU 2501 CB GLU B 472 8289 6887 7490 184 -515 -532 C ANISOU 2502 CG GLU B 472 8996 7593 8295 216 -558 -607 C ANISOU 2503 CD GLU B 472 9663 8271 8941 253 -581 -612 C ANISOU 2504 OE1 GLU B 472 9969 8617 9310 260 -572 -687 O ANISOU 2505 OE2 GLU B 472 11005 9588 10203 273 -606 -543 O ANISOU 2506 N MET B 473 7256 5909 6307 113 -398 -452 N ANISOU 2507 CA MET B 473 6909 5559 5888 86 -371 -385 C ANISOU 2508 C MET B 473 6220 4911 5176 55 -313 -400 C ANISOU 2509 O MET B 473 6197 4913 5201 43 -292 -463 O ANISOU 2510 CB MET B 473 7291 5915 6301 64 -381 -374 C ANISOU 2511 CG MET B 473 8050 6623 7108 88 -441 -371 C ANISOU 2512 SD MET B 473 8994 7528 7973 108 -479 -270 S ANISOU 2513 CE MET B 473 8419 6953 7355 64 -446 -210 C ANISOU 2514 N SER B 474 5275 3971 4161 37 -290 -340 N ANISOU 2515 CA SER B 474 5895 4619 4757 4 -242 -345 C ANISOU 2516 C SER B 474 5686 4407 4495 -16 -230 -282 C ANISOU 2517 O SER B 474 5582 4284 4364 -2 -255 -231 O ANISOU 2518 CB SER B 474 5904 4649 4731 15 -223 -347 C ANISOU 2519 OG SER B 474 5513 4279 4320 -18 -180 -352 O ANISOU 2520 N MET B 475 5394 4136 4186 -49 -193 -285 N ANISOU 2521 CA MET B 475 5783 4534 4514 -65 -176 -225 C ANISOU 2522 C MET B 475 5981 4741 4656 -39 -176 -187 C ANISOU 2523 O MET B 475 5774 4542 4449 -24 -171 -213 O ANISOU 2524 CB MET B 475 5958 4732 4676 -103 -138 -238 C ANISOU 2525 CG MET B 475 6171 4946 4931 -132 -135 -269 C ANISOU 2526 SD MET B 475 6465 5270 5199 -178 -95 -279 S ANISOU 2527 CE MET B 475 6308 5131 5076 -187 -72 -349 C ANISOU 2528 N ARG B 476 6343 5106 4976 -36 -183 -127 N ANISOU 2529 CA ARG B 476 6257 5035 4840 -8 -189 -89 C ANISOU 2530 C ARG B 476 6452 5252 5007 -2 -164 -102 C ANISOU 2531 O ARG B 476 6861 5673 5401 -26 -139 -94 O ANISOU 2532 CB ARG B 476 6332 5120 4878 -17 -190 -25 C ANISOU 2533 CG ARG B 476 6622 5440 5110 8 -189 15 C ANISOU 2534 CD ARG B 476 6527 5367 4983 -5 -185 77 C ANISOU 2535 NE ARG B 476 6661 5503 5134 -42 -168 84 N ANISOU 2536 CZ ARG B 476 6706 5575 5162 -52 -143 83 C ANISOU 2537 NH1 ARG B 476 7347 6239 5776 -29 -133 74 N ANISOU 2538 NH2 ARG B 476 6670 5541 5140 -84 -132 88 N ANISOU 2539 N GLY B 477 6028 4831 4580 28 -175 -121 N ANISOU 2540 CA GLY B 477 6241 5059 4774 37 -159 -135 C ANISOU 2541 C GLY B 477 6461 5268 5031 17 -141 -185 C ANISOU 2542 O GLY B 477 5275 4086 3839 24 -131 -200 O ANISOU 2543 N VAL B 478 5683 4479 4297 -8 -137 -213 N ANISOU 2544 CA VAL B 478 5667 4462 4312 -36 -113 -257 C ANISOU 2545 C VAL B 478 5587 4378 4286 -20 -128 -310 C ANISOU 2546 O VAL B 478 5391 4175 4117 -1 -155 -318 O ANISOU 2547 CB VAL B 478 5617 4415 4276 -75 -96 -262 C ANISOU 2548 CG1 VAL B 478 5464 4270 4150 -107 -69 -308 C ANISOU 2549 CG2 VAL B 478 5396 4200 4002 -90 -86 -209 C ANISOU 2550 N ARG B 479 5922 4717 4640 -26 -113 -344 N ANISOU 2551 CA ARG B 479 5848 4646 4627 -11 -127 -402 C ANISOU 2552 C ARG B 479 5897 4704 4707 -49 -94 -441 C ANISOU 2553 O ARG B 479 6341 5145 5114 -71 -70 -417 O ANISOU 2554 CB ARG B 479 5821 4616 4586 31 -151 -401 C ANISOU 2555 CG ARG B 479 6106 4899 4830 68 -183 -359 C ANISOU 2556 CD ARG B 479 6768 5552 5529 84 -215 -374 C ANISOU 2557 NE ARG B 479 6862 5643 5573 116 -244 -326 N ANISOU 2558 CZ ARG B 479 6966 5744 5634 107 -242 -270 C ANISOU 2559 NH1 ARG B 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482 10738 9569 9793 -223 37 -650 C ANISOU 2578 O LYS B 482 10308 9176 9431 -250 57 -705 O ANISOU 2579 CB LYS B 482 12292 11062 11280 -140 -21 -596 C ANISOU 2580 CG LYS B 482 12023 10784 10983 -75 -63 -583 C ANISOU 2581 CD LYS B 482 11753 10531 10774 -36 -95 -640 C ANISOU 2582 CE LYS B 482 11953 10738 10936 22 -133 -624 C ANISOU 2583 NZ LYS B 482 11358 10124 10264 41 -138 -568 N TER 2584 LYS B 482 HETATM 2585 O HOH A 501 19.243 -19.252 -25.379 1.00 56.15 O HETATM 2586 O HOH A 502 18.569 -16.648 -31.670 1.00 39.92 O HETATM 2587 O HOH A 503 27.942 -28.769 -27.657 1.00 59.57 O HETATM 2588 O HOH A 504 7.841 -20.625 -27.598 1.00 55.35 O HETATM 2589 O HOH A 505 14.397 -27.658 -14.522 1.00 43.54 O HETATM 2590 O HOH A 506 20.918 -37.332 -11.449 1.00 46.29 O HETATM 2591 O HOH A 507 23.792 -37.668 -14.869 1.00 55.02 O HETATM 2592 O HOH A 508 24.671 -47.504 -19.644 1.00 60.97 O HETATM 2593 O HOH A 509 23.212 -28.912 -13.283 1.00 45.99 O HETATM 2594 O HOH A 510 20.599 -23.239 -16.665 1.00 48.66 O HETATM 2595 O HOH A 511 25.429 -30.404 -14.600 1.00 46.31 O HETATM 2596 O HOH A 512 31.180 -28.203 -17.461 1.00 58.74 O HETATM 2597 O HOH A 513 19.901 -42.743 -15.777 1.00 61.62 O HETATM 2598 O HOH A 514 15.286 -42.882 -25.735 1.00 92.16 O HETATM 2599 O HOH A 515 16.460 -45.011 -28.427 1.00 65.98 O HETATM 2600 O HOH A 516 34.646 -30.647 -31.864 1.00 43.33 O HETATM 2601 O HOH A 517 44.265 -45.322 -14.131 1.00 46.62 O HETATM 2602 O HOH A 518 32.207 -51.952 -17.898 1.00 59.77 O HETATM 2603 O HOH A 519 16.835 -43.233 -18.498 1.00 43.73 O HETATM 2604 O HOH A 520 20.683 -46.100 -17.417 1.00 50.44 O HETATM 2605 O HOH A 521 11.412 -38.145 -14.630 1.00 51.89 O HETATM 2606 O HOH A 522 9.303 -19.920 -22.895 1.00 57.72 O HETATM 2607 O HOH A 523 8.780 -17.193 -24.946 1.00 66.34 O HETATM 2608 O HOH A 524 10.298 -44.406 -31.091 1.00 58.03 O HETATM 2609 O HOH A 525 13.633 -45.623 -32.393 1.00 62.42 O HETATM 2610 O HOH A 526 27.924 -45.174 -36.010 1.00 75.58 O HETATM 2611 O HOH A 527 29.253 -37.715 -38.172 1.00 61.31 O HETATM 2612 O HOH A 528 18.316 -39.760 -38.034 1.00 60.00 O HETATM 2613 O HOH A 529 10.405 -26.288 -24.470 1.00 55.14 O HETATM 2614 O HOH A 530 6.830 -27.138 -14.665 1.00 47.97 O HETATM 2615 O HOH A 531 11.940 -39.490 -31.110 1.00 85.02 O HETATM 2616 O HOH A 532 37.788 -34.341 -36.537 1.00 64.08 O HETATM 2617 O HOH A 533 4.971 -33.291 -19.280 1.00 78.86 O HETATM 2618 O HOH B 501 67.853 -53.903 -3.838 1.00 41.51 O HETATM 2619 O HOH B 502 69.179 -34.568 -14.954 1.00 44.66 O HETATM 2620 O HOH B 503 72.604 -50.037 -19.521 1.00 66.97 O HETATM 2621 O HOH B 504 52.202 -53.520 -17.130 1.00 67.92 O HETATM 2622 O HOH B 505 48.764 -42.035 -15.543 1.00 62.09 O HETATM 2623 O HOH B 506 76.474 -37.086 -5.991 1.00 62.42 O HETATM 2624 O HOH B 507 74.361 -31.204 -5.732 1.00 53.27 O HETATM 2625 O HOH B 508 63.435 -42.883 -24.164 1.00 43.74 O HETATM 2626 O HOH B 509 71.549 -52.082 -15.541 1.00 65.38 O HETATM 2627 O HOH B 510 73.320 -54.163 -7.688 1.00 70.63 O HETATM 2628 O HOH B 511 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2645 O HOH B 528 79.292 -39.046 -16.651 1.00 53.15 O HETATM 2646 O HOH B 529 75.333 -53.353 -12.469 1.00 58.47 O HETATM 2647 O HOH B 530 75.350 -53.737 -9.579 1.00 54.84 O HETATM 2648 O HOH B 531 66.489 -37.502 -14.349 1.00 57.81 O HETATM 2649 O HOH B 532 63.249 -33.879 -5.145 1.00 73.06 O HETATM 2650 O HOH B 533 47.871 -49.889 -2.156 1.00 52.94 O HETATM 2651 O HOH B 534 73.509 -45.551 5.080 1.00 48.45 O HETATM 2652 O HOH B 535 67.827 -40.958 -22.783 1.00 42.81 O HETATM 2653 O HOH B 536 56.555 -37.880 -28.098 1.00 77.99 O HETATM 2654 O HOH B 537 61.014 -38.661 -26.393 1.00 46.69 O HETATM 2655 O HOH B 538 60.989 -60.183 -24.041 1.00 50.99 O MASTER 363 0 0 8 24 0 0 6 2653 2 0 28 END