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_exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP' _exptl_crystal_grow.temp 291 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 6.0 _exptl_crystal_grow.pdbx_details '40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K' _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 90 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'MARMOSAIC 225 mm CCD' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2011-07-01 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator 'Bartels Monochromator' _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 1.14 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'SLS BEAMLINE X06DA' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site SLS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline X06DA _diffrn_source.pdbx_wavelength ? 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'X-RAY DIFFRACTION' # _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.d_res_high 2.410 _refine_ls_shell.d_res_low 2.473 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 4601 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.379 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 76.67 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.389 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 79 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # _database_PDB_matrix.entry_id 4J8W _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 4J8W _struct.title 'X-ray structure of NCP145 with chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)osmium(II)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 4J8W _struct_keywords.pdbx_keywords 'STRUCTURAL PROTEIN/DNA' _struct_keywords.text 'nucleosomes, histone, STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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UNP P02281 SER 33 conflict 29 3 5 4J8W ALA E 102 ? UNP P84233 GLY 103 conflict 102 4 7 4J8W ? G ? ? UNP Q6AZJ8 ALA 127 deletion ? 5 8 4J8W THR H 32 ? UNP P02281 SER 33 conflict 29 6 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details decameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 10 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 58600 ? 1 MORE -447 ? 1 'SSA (A^2)' 74330 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 GLY A 44 ? SER A 57 ? GLY A 44 SER A 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P2 2 ARG A 63 ? ASP A 77 ? ARG A 63 ASP A 77 1 ? 15 HELX_P HELX_P3 3 GLN A 85 ? ALA A 114 ? GLN A 85 ALA A 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P4 4 MET A 120 ? ARG A 131 ? MET A 120 ARG A 131 1 ? 12 HELX_P HELX_P5 5 ASN B 25 ? ILE B 29 ? ASN B 25 ILE B 29 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 6 THR B 30 ? GLY B 41 ? THR B 30 GLY B 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P7 7 LEU B 49 ? ALA B 76 ? LEU B 49 ALA B 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P8 8 THR B 82 ? GLN B 93 ? THR B 82 GLN B 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 9 THR C 16 ? GLY C 22 ? THR C 16 GLY C 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P10 10 PRO C 26 ? GLY C 37 ? PRO C 26 GLY C 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P11 11 GLY C 46 ? ASN C 73 ? GLY C 46 ASN C 73 1 ? 28 HELX_P HELX_P12 12 ILE C 79 ? ASN C 89 ? ILE C 79 ASN C 89 1 ? 11 HELX_P HELX_P13 13 ASP C 90 ? LEU C 97 ? ASP C 90 LEU C 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P14 14 GLN C 112 ? LEU C 116 ? GLN C 112 LEU C 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 15 TYR D 37 ? HIS D 49 ? TYR D 34 HIS D 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P16 16 SER D 55 ? ASN D 84 ? 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ASP G 90 LEU G 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P32 32 GLN G 112 ? LEU G 116 ? GLN G 112 LEU G 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P33 33 TYR H 37 ? HIS H 49 ? TYR H 34 HIS H 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P34 34 SER H 55 ? ASN H 84 ? SER H 52 ASN H 81 1 ? 30 HELX_P HELX_P35 35 THR H 90 ? LEU H 102 ? THR H 87 LEU H 99 1 ? 13 HELX_P HELX_P36 36 PRO H 103 ? SER H 123 ? PRO H 100 SER H 120 1 ? 21 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog41 hydrog ? ? I DA 17 N6 ? ? ? 1_555 J DT 129 O4 ? ? I DA -56 J DT 56 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog42 hydrog ? ? I DG 18 N2 ? ? ? 1_555 J DC 128 O2 ? ? I DG -55 J DC 55 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DG-DC PAIR' ? ? ? hydrog43 hydrog ? ? I DA 19 N1 ? ? ? 1_555 J DT 127 N3 ? ? I DA -54 J DT 54 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog44 hydrog ? ? I DA 19 N6 ? ? ? 1_555 J DT 127 O4 ? ? I DA -54 J DT 54 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog45 hydrog ? ? I DT 20 N3 ? ? ? 1_555 J DA 126 N1 ? ? I DT -53 J DA 53 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog46 hydrog ? ? I DT 20 O4 ? ? ? 1_555 J DA 126 N6 ? ? I DT -53 J DA 53 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog47 hydrog ? ? I DA 21 N1 ? ? ? 1_555 J DT 125 N3 ? ? I DA -52 J DT 52 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog48 hydrog ? ? I DA 21 N6 ? ? ? 1_555 J DT 125 O4 ? ? I DA -52 J DT 52 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog49 hydrog ? ? I DC 22 N3 ? ? ? 1_555 J DG 124 N1 ? ? 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J -72 ? 20 1 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 I DA 1 1_555 J DT 145 1_555 I DT 2 1_555 J DA 144 1_555 -0.918 -0.723 3.303 4.032 0.422 35.932 -1.225 2.045 3.176 0.681 -6.510 36.152 1 II_DA-72DT-71:DA71DT72_JJ I -72 ? J 72 ? I -71 ? J 71 ? 1 I DT 2 1_555 J DA 144 1_555 I DC 3 1_555 J DG 143 1_555 0.882 0.052 3.034 3.824 2.189 35.928 -0.206 -0.913 3.106 3.532 -6.171 36.188 2 II_DT-71DC-70:DG70DA71_JJ I -71 ? J 71 ? I -70 ? J 70 ? 1 I DC 3 1_555 J DG 143 1_555 I DA 4 1_555 J DT 142 1_555 0.023 0.835 3.610 2.947 9.477 34.055 -0.214 0.456 3.693 15.771 -4.904 35.430 3 II_DC-70DA-69:DT69DG70_JJ I -70 ? J 70 ? I -69 ? J 69 ? 1 I DA 4 1_555 J DT 142 1_555 I DA 5 1_555 J DT 141 1_555 -0.750 0.587 2.937 -7.017 3.646 41.905 0.467 0.378 3.057 5.044 9.708 42.612 4 II_DA-69DA-68:DT68DT69_JJ I -69 ? J 69 ? I -68 ? J 68 ? 1 I DA 5 1_555 J DT 141 1_555 I DT 6 1_555 J DA 140 1_555 0.371 -0.537 3.030 1.873 0.236 25.287 -1.288 -0.343 3.044 0.538 -4.272 25.356 5 II_DA-68DT-67:DA67DT68_JJ I -68 ? J 68 ? I -67 ? J 67 ? 1 I DT 6 1_555 J DA 140 1_555 I DA 7 1_555 J DT 139 1_555 -0.353 -0.310 3.652 -2.888 -4.968 43.333 0.118 0.164 3.679 -6.693 3.891 43.694 6 II_DT-67DA-66:DT66DA67_JJ I -67 ? J 67 ? I -66 ? 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J 36 ? 1 I DT 37 1_555 J DA 109 1_555 I DT 38 1_555 J DA 108 1_555 -0.413 -0.555 3.634 -7.977 -1.382 27.571 -0.766 -1.203 3.631 -2.824 16.298 28.713 37 II_DT-36DT-35:DA35DA36_JJ I -36 ? J 36 ? I -35 ? J 35 ? 1 I DT 38 1_555 J DA 108 1_555 I DG 39 1_555 J DC 107 1_555 -0.765 2.588 3.393 3.904 -25.363 49.981 4.032 1.012 1.913 -28.000 -4.310 55.805 38 II_DT-35DG-34:DC34DA35_JJ I -35 ? J 35 ? I -34 ? J 34 ? 1 I DG 39 1_555 J DC 107 1_555 I DG 40 1_555 J DC 106 1_555 1.036 0.860 2.731 -4.021 -1.721 31.473 1.827 -2.489 2.533 -3.154 7.368 31.768 39 II_DG-34DG-33:DC33DC34_JJ I -34 ? J 34 ? I -33 ? J 33 ? 1 I DG 40 1_555 J DC 106 1_555 I DA 41 1_555 J DT 105 1_555 -0.052 1.235 3.763 2.489 5.453 36.169 1.083 0.485 3.890 8.709 -3.976 36.646 40 II_DG-33DA-32:DT32DC33_JJ I -33 ? J 33 ? I -32 ? J 32 ? 1 I DA 41 1_555 J DT 105 1_555 I DA 42 1_555 J DT 104 1_555 -0.306 0.024 3.238 -0.964 4.467 32.224 -0.731 0.380 3.220 7.998 1.726 32.538 41 II_DA-32DA-31:DT31DT32_JJ I -32 ? J 32 ? I -31 ? 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J 26 ? 1 I DC 47 1_555 J DG 99 1_555 I DT 48 1_555 J DA 98 1_555 -0.573 1.359 3.583 -4.047 1.782 34.081 1.990 0.263 3.689 3.024 6.869 34.359 47 II_DC-26DT-25:DA25DG26_JJ I -26 ? J 26 ? I -25 ? J 25 ? 1 I DT 48 1_555 J DA 98 1_555 I DC 49 1_555 J DG 97 1_555 1.334 1.356 3.634 3.339 -3.045 38.041 2.491 -1.568 3.619 -4.651 -5.101 38.299 48 II_DT-25DC-24:DG24DA25_JJ I -25 ? J 25 ? I -24 ? J 24 ? 1 I DC 49 1_555 J DG 97 1_555 I DC 50 1_555 J DG 96 1_555 -0.563 0.460 2.957 -2.707 0.607 43.156 0.571 0.523 2.991 0.824 3.675 43.241 49 II_DC-24DC-23:DG23DG24_JJ I -24 ? J 24 ? I -23 ? J 23 ? 1 I DC 50 1_555 J DG 96 1_555 I DA 51 1_555 J DT 95 1_555 -0.187 0.783 3.253 -3.258 2.305 36.867 0.922 -0.143 3.299 3.632 5.134 37.075 50 II_DC-23DA-22:DT22DG23_JJ I -23 ? J 23 ? I -22 ? J 22 ? 1 I DA 51 1_555 J DT 95 1_555 I DT 52 1_555 J DA 94 1_555 0.331 -0.839 3.336 1.631 0.176 30.464 -1.630 -0.297 3.344 0.335 -3.101 30.507 51 II_DA-22DT-21:DA21DT22_JJ I -22 ? J 22 ? I -21 ? 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