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UNP P13487 LYS 49 'engineered mutation' 27 51 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 K non-polymer . 'POTASSIUM ION' ? 'K 1' 39.098 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAP non-polymer . 'NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE' ;2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE ; 'C21 H28 N7 O17 P3' 743.405 PCA 'L-peptide linking' n 'PYROGLUTAMIC ACID' ? 'C5 H7 N O3' 129.114 PGW non-polymer . '(1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate' '1-Palmitoyl-2-Oleoyl-sn-Glycero-3-[Phospho-(1-glycerol)]; PHOSPHATIDYLGLYCEROL' 'C40 H77 O10 P' 749.007 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.crystals_number 1 _exptl.entry_id 4JTD _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_Matthews 3.79 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_percent_sol 67.56 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP' _exptl_crystal_grow.pH 8.9 _exptl_crystal_grow.temp 293 _exptl_crystal_grow.pdbx_details 'PEG 400, POTASSIUM CHLORIDE, TRIS , pH 8.9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K' _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp ? _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'ADSC QUANTUM 315r' _diffrn_detector.pdbx_collection_date ? _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 1.075 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'NSLS BEAMLINE X29A' _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 1.075 _diffrn_source.pdbx_wavelength ? _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site NSLS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline X29A # _reflns.entry_id 4JTD _reflns.d_resolution_high 2.540 _reflns.d_resolution_low 50.000 _reflns.number_obs 97913 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.104 _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 11.500 _reflns.pdbx_chi_squared 1.077 _reflns.pdbx_redundancy 7.300 _reflns.percent_possible_obs 96.700 _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.observed_criterion_sigma_I ? _reflns.number_all ? _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.pdbx_diffrn_id 1 # loop_ _reflns_shell.d_res_high _reflns_shell.d_res_low _reflns_shell.number_measured_obs _reflns_shell.number_measured_all _reflns_shell.number_unique_obs _reflns_shell.Rmerge_I_obs _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs _reflns_shell.pdbx_Rsym_value _reflns_shell.pdbx_chi_squared _reflns_shell.pdbx_redundancy _reflns_shell.percent_possible_obs _reflns_shell.number_unique_all _reflns_shell.percent_possible_all _reflns_shell.pdbx_ordinal _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 2.540 2.580 ? ? ? 0.809 ? ? 1.041 6.000 ? 1626 32.800 1 1 2.580 2.630 ? ? ? 0.780 ? ? 1.048 7.300 ? 5018 100.000 2 1 2.630 2.680 ? ? ? 0.681 ? ? 1.086 7.300 ? 4980 100.000 3 1 2.680 2.740 ? ? ? 0.621 ? ? 1.076 7.300 ? 4997 100.000 4 1 2.740 2.800 ? ? ? 0.519 ? ? 1.092 7.300 ? 5002 100.000 5 1 2.800 2.860 ? ? ? 0.408 ? ? 1.099 7.400 ? 4995 100.000 6 1 2.860 2.930 ? ? ? 0.329 ? ? 1.096 7.400 ? 4993 100.000 7 1 2.930 3.010 ? ? ? 0.278 ? ? 1.084 7.400 ? 5015 100.000 8 1 3.010 3.100 ? ? ? 0.226 ? ? 1.093 7.400 ? 5007 100.000 9 1 3.100 3.200 ? ? ? 0.189 ? ? 1.066 7.400 ? 5017 100.000 10 1 3.200 3.310 ? ? ? 0.155 ? ? 1.052 7.400 ? 5056 100.000 11 1 3.310 3.450 ? ? ? 0.125 ? ? 1.076 7.400 ? 5043 100.000 12 1 3.450 3.600 ? ? ? 0.108 ? ? 1.080 7.400 ? 5031 100.000 13 1 3.600 3.790 ? ? ? 0.091 ? ? 1.044 7.300 ? 5042 100.000 14 1 3.790 4.030 ? ? ? 0.081 ? ? 1.042 7.300 ? 5092 100.000 15 1 4.030 4.340 ? ? ? 0.076 ? ? 1.080 7.300 ? 5075 100.000 16 1 4.340 4.780 ? ? ? 0.075 ? ? 1.098 7.200 ? 5119 100.000 17 1 4.780 5.470 ? ? ? 0.082 ? ? 1.126 7.200 ? 5145 100.000 18 1 5.470 6.890 ? ? ? 0.076 ? ? 1.025 7.000 ? 5219 100.000 19 1 6.890 50.000 ? ? ? 0.062 ? ? 1.106 6.800 ? 5441 99.000 20 1 # _refine.entry_id 4JTD _refine.ls_d_res_high 2.5400 _refine.ls_d_res_low 50.0000 _refine.pdbx_ls_sigma_F 0.000 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.ls_percent_reflns_obs 93.1000 _refine.ls_number_reflns_obs 93308 _refine.ls_number_reflns_all 100265 _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details random _refine.details ;THERE IS A TOXIN MOLECULE BOUND TO THE CHANNEL TETRAMER GENERATED BY FOUR COPIES OF A TOGETHER WITH FOUR COPIES OF B. HOWEVER IT WAS NOT BUILT BECAUSE IT WAS NOT SUFFICIENTLY WELL ORDERED. RESIDUES 133-144 IN CHAIN B WAS BUILT AS A POLYGLYCINE CHAIN BECAUSE OF LACK OF ADEQUATE ELECTRON DENSITY FOR THE SIDE CHAINS. ; _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.2100 _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free 0.2346 _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 4.4000 _refine.ls_number_reflns_R_free 4406 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.B_iso_mean 74.5196 _refine.solvent_model_param_bsol 64.2602 _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.aniso_B[1][1] -5.5630 _refine.aniso_B[2][2] -5.5630 _refine.aniso_B[3][3] 11.1270 _refine.aniso_B[1][2] 0.0000 _refine.aniso_B[1][3] 0.0000 _refine.aniso_B[2][3] 0.0000 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_B ? _refine.solvent_model_details ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'Engh & Huber' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.B_iso_max 202.680 _refine.B_iso_min 18.210 _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.occupancy_max 1.000 _refine.occupancy_min 0.250 _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 11453 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 316 _refine_hist.number_atoms_solvent 313 _refine_hist.number_atoms_total 12082 _refine_hist.d_res_high 2.5400 _refine_hist.d_res_low 50.0000 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function _refine_ls_restr.pdbx_refine_id c_bond_d ? 0.007 ? ? ? 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'X-RAY DIFFRACTION' # loop_ _pdbx_xplor_file.serial_no _pdbx_xplor_file.param_file _pdbx_xplor_file.topol_file _pdbx_xplor_file.pdbx_refine_id 1 protein_rep.param CNS_TOPPAR:protein.top 'X-RAY DIFFRACTION' 2 CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param CNS_TOPPAR:dna-rna.top 'X-RAY DIFFRACTION' 3 CNS_TOPPAR:water_rep.param CNS_TOPPAR:water.top 'X-RAY DIFFRACTION' 4 CNS_TOPPAR:ion.param CNS_TOPPAR:ion.top 'X-RAY DIFFRACTION' 5 CNS_TOPPAR:carbohydrate.param CNS_TOPPAR:carbohydrate.top 'X-RAY DIFFRACTION' 6 nap_par.txt nap_top.txt 'X-RAY DIFFRACTION' 7 pgb_ro10.par pgb.top 'X-RAY DIFFRACTION' 8 pca.par pca.top 'X-RAY DIFFRACTION' # _struct.entry_id 4JTD _struct.title 'Crystal structure of Kv1.2-2.1 paddle chimera channel in complex with Lys27Met mutant of Charybdotoxin' _struct.pdbx_descriptor ;Voltage-gated potassium channel subunit beta-2, Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2, Potassium channel toxin alpha-KTx 1.1 ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 4JTD _struct_keywords.text ;potassium channel, pore blocking toxin, protein-protein complex, trans-enhanced dissociation effect, TRANSPORT PROTEIN-toxin complex ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'TRANSPORT PROTEIN/toxin' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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JA N N 7 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 THR A 31 ? ASN A 45 ? THR A 65 ASN A 79 1 ? 15 HELX_P HELX_P2 2 VAL A 55 ? ALA A 58 ? VAL A 89 ALA A 92 5 ? 4 HELX_P HELX_P3 3 GLY A 59 ? GLY A 73 ? GLY A 93 GLY A 107 1 ? 15 HELX_P HELX_P4 4 ARG A 75 ? LEU A 79 ? ARG A 109 LEU A 113 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 5 ALA A 91 ? ARG A 95 ? ALA A 125 ARG A 129 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 6 SER A 98 ? GLN A 114 ? SER A 132 GLN A 148 1 ? 17 HELX_P HELX_P7 7 PRO A 131 ? GLN A 145 ? PRO A 165 GLN A 179 1 ? 15 HELX_P HELX_P8 8 SER A 157 ? ASN A 172 ? SER A 191 ASN A 206 1 ? 16 HELX_P HELX_P9 9 ARG A 188 ? GLN A 194 ? ARG A 222 GLN A 228 1 ? 7 HELX_P HELX_P10 10 GLN A 194 ? GLY A 203 ? GLN A 228 GLY A 237 1 ? 10 HELX_P HELX_P11 11 LEU A 212 ? GLY A 219 ? LEU A 246 GLY A 253 5 ? 8 HELX_P HELX_P12 12 SER A 229 ? LEU A 233 ? SER A 263 LEU A 267 5 ? 5 HELX_P HELX_P13 13 TYR A 236 ? SER A 245 ? TYR A 270 SER A 279 1 ? 10 HELX_P HELX_P14 14 SER A 245 ? GLY A 266 ? SER A 279 GLY A 300 1 ? 22 HELX_P HELX_P15 15 THR A 268 ? LEU A 278 ? THR A 302 LEU A 312 1 ? 11 HELX_P HELX_P16 16 ASN A 292 ? ILE A 300 ? ASN A 326 ILE A 334 1 ? 9 HELX_P HELX_P17 17 GLY A 301 ? LEU A 306 ? GLY A 335 LEU A 340 1 ? 6 HELX_P HELX_P18 18 PRO A 307 ? LEU A 309 ? PRO A 341 LEU A 343 5 ? 3 HELX_P HELX_P19 19 SER A 310 ? GLY A 322 ? SER A 344 GLY A 356 1 ? 13 HELX_P HELX_P20 20 LEU B 67 ? ALA B 71 ? LEU B 48 ALA B 52 1 ? 5 HELX_P HELX_P21 21 ASP B 80 ? MET B 85 ? ASP B 61 MET B 66 1 ? 6 HELX_P HELX_P22 22 ASN B 100 ? SER B 113 ? ASN B 81 SER B 94 1 ? 14 HELX_P HELX_P23 23 PRO B 124 ? TYR B 135 ? PRO B 105 TYR B 116 1 ? 12 HELX_P HELX_P24 24 GLY B 138 ? GLU B 149 ? GLY B 119 GLU B 130 1 ? 12 HELX_P HELX_P25 25 PHE B 164 ? TRP B 169 ? PHE B 145 TRP B 150 1 ? 6 HELX_P HELX_P26 26 GLY B 179 ? GLU B 202 ? GLY B 160 GLU B 183 1 ? 24 HELX_P HELX_P27 27 LEU B 204 ? ASP B 209 ? LEU B 185 ASP B 190 1 ? 6 HELX_P HELX_P28 28 THR B 220 ? GLY B 230 ? THR B 201 GLY B 211 1 ? 11 HELX_P HELX_P29 29 ASP B 239 ? ALA B 262 ? ASP B 220 ALA B 243 1 ? 24 HELX_P HELX_P30 30 ASN B 272 ? ALA B 281 ? ASN B 253 ALA B 262 1 ? 10 HELX_P HELX_P31 31 ILE B 282 ? SER B 294 ? ILE B 263 SER B 275 1 ? 13 HELX_P HELX_P32 32 SER B 297 ? ASN B 303 ? SER B 278 ASN B 284 1 ? 7 HELX_P HELX_P33 33 VAL B 304 ? MET B 314 ? VAL B 285 MET B 295 1 ? 11 HELX_P HELX_P34 34 ARG B 315 ? HIS B 325 ? ARG B 296 HIS B 306 5 ? 11 HELX_P HELX_P35 35 SER B 326 ? ALA B 338 ? SER B 307 ALA B 319 1 ? 13 HELX_P HELX_P36 36 SER B 339 ? GLU B 365 ? SER B 320 GLU B 346 1 ? 27 HELX_P HELX_P37 37 SER B 375 ? THR B 388 ? SER B 356 THR B 369 1 ? 14 HELX_P HELX_P38 38 THR B 399 ? LEU B 419 ? THR B 380 LEU B 400 1 ? 21 HELX_P HELX_P39 39 PRO B 420 ? ARG B 434 ? PRO B 401 ARG B 415 1 ? 15 HELX_P HELX_P40 40 THR C 31 ? ASN C 45 ? THR G 65 ASN G 79 1 ? 15 HELX_P HELX_P41 41 VAL C 55 ? ALA C 58 ? VAL G 89 ALA G 92 5 ? 4 HELX_P HELX_P42 42 GLY C 59 ? GLY C 73 ? GLY G 93 GLY G 107 1 ? 15 HELX_P HELX_P43 43 ARG C 75 ? LEU C 79 ? ARG G 109 LEU G 113 5 ? 5 HELX_P HELX_P44 44 ALA C 91 ? ARG C 95 ? ALA G 125 ARG G 129 5 ? 5 HELX_P HELX_P45 45 SER C 98 ? GLN C 114 ? SER G 132 GLN G 148 1 ? 17 HELX_P HELX_P46 46 PRO C 131 ? GLN C 145 ? PRO G 165 GLN G 179 1 ? 15 HELX_P HELX_P47 47 SER C 157 ? ASN C 172 ? 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B THR 370 B K 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.178 ? metalc5 metalc ? ? B THR 389 OG1 ? ? ? 1_555 J K . K ? ? B THR 370 B K 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.247 ? metalc6 metalc ? ? B VAL 390 O ? ? ? 1_555 H K . K ? ? B VAL 371 B K 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.262 ? metalc7 metalc ? ? B VAL 390 O ? ? ? 1_555 I K . K ? ? B VAL 371 B K 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.274 ? metalc8 metalc ? ? D GLY 391 O ? ? ? 1_555 CA K . K ? ? H GLY 372 H K 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.290 ? metalc9 metalc ? ? B THR 389 O ? ? ? 1_555 J K . K ? ? B THR 370 B K 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.351 ? metalc10 metalc ? ? D VAL 390 O ? ? ? 1_555 CA K . K ? ? H VAL 371 H K 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.383 ? metalc11 metalc ? ? D TYR 392 O ? ? ? 1_555 BA K . K ? ? H TYR 373 H K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.420 ? metalc12 metalc ? ? D THR 389 OG1 ? ? ? 1_555 EA K . K ? ? H THR 370 H K 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.423 ? metalc13 metalc ? ? D VAL 390 O ? ? ? 1_555 DA K . K ? ? H VAL 371 H K 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.446 ? metalc14 metalc ? ? 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GLU C 182 ? CYS G 212 GLU G 216 E 7 GLY C 205 ? TRP C 209 ? GLY G 239 TRP G 243 E 8 VAL C 283 ? LEU C 288 ? VAL G 317 LEU G 322 E 9 LEU C 18 ? GLY C 21 ? LEU G 52 GLY G 55 F 1 LEU D 61 ? GLN D 66 ? LEU H 42 GLN H 47 F 2 ARG D 53 ? ILE D 58 ? ARG H 34 ILE H 39 F 3 GLU D 94 ? PHE D 97 ? GLU H 75 PHE H 78 F 4 PHE D 88 ? ASP D 89 ? PHE H 69 ASP H 70 G 1 GLY E 26 ? MET E 27 ? GLY Y 26 MET Y 27 G 2 ARG E 34 ? CYS E 35 ? ARG Y 34 CYS Y 35 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id A 1 2 N ARG A 6 ? 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O CYS G 212 E 6 7 N GLU C 179 ? N GLU G 213 O MET C 207 ? O MET G 241 E 7 8 N THR C 208 ? N THR G 242 O LEU C 287 ? O LEU G 321 E 8 9 O LEU C 288 ? O LEU G 322 N GLY C 21 ? N GLY G 55 F 1 2 O THR D 65 ? O THR H 46 N VAL D 54 ? N VAL H 35 F 2 3 N ASN D 57 ? N ASN H 38 O TYR D 95 ? O TYR H 76 F 3 4 O GLU D 94 ? O GLU H 75 N ASP D 89 ? N ASP H 70 G 1 2 N MET E 27 ? N MET Y 27 O ARG E 34 ? O ARG Y 34 # loop_ _struct_site.id _struct_site.pdbx_evidence_code _struct_site.pdbx_auth_asym_id _struct_site.pdbx_auth_comp_id _struct_site.pdbx_auth_seq_id _struct_site.pdbx_auth_ins_code _struct_site.pdbx_num_residues _struct_site.details AC1 Software ? ? ? ? 33 'BINDING SITE FOR RESIDUE NAP A 1001' AC2 Software ? ? ? ? 8 'BINDING SITE FOR RESIDUE K B 501' AC3 Software ? ? ? ? 12 'BINDING SITE FOR RESIDUE K B 502' AC4 Software ? ? ? ? 12 'BINDING SITE FOR RESIDUE K B 503' AC5 Software ? ? ? ? 4 'BINDING SITE FOR RESIDUE K B 504' AC6 Software ? ? ? ? 8 'BINDING SITE FOR RESIDUE PGW B 505' AC7 Software ? ? ? ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PGW B 506' AC8 Software ? ? ? ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PGW B 507' AC9 Software ? ? ? ? 2 'BINDING SITE FOR RESIDUE PGW B 509' BC1 Software ? ? ? ? 2 'BINDING SITE FOR RESIDUE PGW B 510' BC2 Software ? ? ? ? 4 'BINDING SITE FOR RESIDUE PGW B 511' BC3 Software ? ? ? ? 3 'BINDING SITE FOR RESIDUE PGW B 512' BC4 Software ? ? ? ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PGW B 514' BC5 Software ? ? ? ? 6 'BINDING SITE FOR RESIDUE PGW B 515' BC6 Software ? ? ? ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PGW B 516' BC7 Software ? ? ? ? 7 'BINDING SITE FOR RESIDUE PGW B 517' BC8 Software ? ? ? ? 2 'BINDING SITE FOR RESIDUE PGW B 519' BC9 Software ? ? ? ? 1 'BINDING SITE FOR RESIDUE PGW B 520' CC1 Software ? ? ? ? 33 'BINDING SITE FOR RESIDUE NAP G 1001' CC2 Software ? ? ? ? 12 'BINDING SITE FOR RESIDUE K H 501' CC3 Software ? ? ? ? 16 'BINDING SITE FOR RESIDUE K H 502' CC4 Software ? ? ? ? 16 'BINDING SITE FOR RESIDUE K H 503' CC5 Software ? ? ? ? 8 'BINDING SITE FOR RESIDUE K H 504' CC6 Software ? ? ? ? 6 'BINDING SITE FOR RESIDUE PGW H 505' # loop_ _struct_site_gen.id _struct_site_gen.site_id _struct_site_gen.pdbx_num_res _struct_site_gen.label_comp_id _struct_site_gen.label_asym_id _struct_site_gen.label_seq_id _struct_site_gen.pdbx_auth_ins_code _struct_site_gen.auth_comp_id _struct_site_gen.auth_asym_id _struct_site_gen.auth_seq_id _struct_site_gen.label_atom_id _struct_site_gen.label_alt_id _struct_site_gen.symmetry _struct_site_gen.details 1 AC1 33 GLY A 21 ? 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Brunger' axel.brunger@yale.edu refinement http://cns-online.org/ Fortran_77 ? 4 PDB_EXTRACT 3.11 'April 22, 2011' package PDB deposit@deposit.rcsb.org 'data extraction' http://sw-tools.pdb.org/apps/PDB_EXTRACT/ C++ ? 5 CNS . ? ? ? ? phasing ? ? ? # _pdbx_entry_details.entry_id 4JTD _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details 'PROTEIN IN CHAINS B,H IS A CHIMERIC PROTEIN OF RAT KV1.2 AND RAT KV2.1. PLEASE REFER TO THE PRIMARY CITATION FOR MORE DETAILS.' _pdbx_entry_details.compound_details ;ONE CHANNEL TETRAMER (GENERATED BY USING THE BIOMT TRANSFORMATIONS ON CHAINS G AND H AS NOTED ABOVE) BINDS TO ONE MOLECULE OF TOXIN (CHAIN Y). THE TOXIN CAN BIND IN FOUR DISTINCT ORIENTATIONS ALL OF WHICH ARE PARTIALLY OCCUPIED IN THE LATTICE. THE TOXIN WAS REFINED WITH 1/4 OCCUPANCY WITH ONE ORIENTATION OF THE TOXIN IN THE ASYMMETRIC UNIT. THE SYMMETRY OPERATIONS AROUND THE 4 FOLD SYMMETRY AXIS GENERATES THE OTHER POSSIBLE THREE ORIENTATIONS. PLEASE SEE PRIMARY CITATION FOR MORE DETAILS. ; _pdbx_entry_details.source_details ? # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 VAL A 58 ? ? 73.56 -53.69 2 1 THR A 59 ? ? -67.80 -71.43 3 1 PHE A 120 ? ? 177.07 -58.73 4 1 GLN A 221 ? ? -160.15 88.73 5 1 SER A 257 ? ? -141.80 50.78 6 1 SER A 279 ? ? -65.26 -173.87 7 1 TYR B 132 ? ? -165.30 -92.15 8 1 ILE B 133 ? ? 54.01 -176.75 9 1 LYS B 134 ? ? 70.52 -152.86 10 1 GLU B 135 ? ? 92.49 34.23 11 1 GLU B 137 ? ? 135.78 109.81 12 1 ARG B 138 ? ? -47.14 163.00 13 1 PRO B 139 ? ? -99.38 -156.96 14 1 LEU B 140 ? ? -43.64 160.93 15 1 GLU B 142 ? ? 90.77 -1.41 16 1 GLU B 144 ? ? 72.05 -73.24 17 1 TRP B 150 ? ? -64.51 8.24 18 1 PHE B 153 ? ? -144.26 13.08 19 1 GLU B 154 ? ? -155.32 -14.50 20 1 GLU B 157 ? ? -57.28 -78.46 21 1 SER B 158 ? ? -18.20 -123.85 22 1 ILE B 187 ? ? -56.17 -9.39 23 1 ASN B 192 ? ? -138.42 -152.91 24 1 ASP B 194 ? ? -115.42 56.89 25 1 SER B 215 ? ? -173.23 133.33 26 1 THR B 216 ? ? -65.83 0.44 27 1 PRO B 245 ? ? -64.02 -75.70 28 1 PHE B 251 ? ? -77.67 25.60 29 1 LEU B 298 ? ? -56.12 -7.99 30 1 TYR B 411 ? ? -64.29 -73.34 31 1 ARG B 415 ? ? -59.69 -8.07 32 1 GLU B 416 ? ? -94.22 -70.28 33 1 VAL G 58 ? ? 70.41 -53.48 34 1 PHE G 120 ? ? 177.76 -55.09 35 1 LEU G 207 ? ? -101.99 -168.99 36 1 GLN G 221 ? ? -161.82 91.97 37 1 GLU H 33 ? ? -38.52 140.55 38 1 ALA H 52 ? ? -67.93 4.46 39 1 GLU H 128 ? ? -51.75 -70.18 40 1 ASP H 129 ? ? -47.56 -13.02 41 1 GLN H 148 ? ? -143.54 -58.17 42 1 TRP H 150 ? ? -171.53 -37.80 43 1 GLU H 154 ? ? -140.69 -56.33 44 1 GLU H 157 ? ? -96.10 44.20 45 1 SER H 159 ? ? -153.96 -144.36 46 1 THR H 184 ? ? -64.93 2.91 47 1 PHE H 188 ? ? -150.48 -50.91 48 1 ARG H 189 ? ? -74.99 32.18 49 1 HIS H 203 ? ? -96.93 -96.42 50 1 THR H 209 ? ? -150.56 22.08 51 1 ILE H 210 ? ? -147.12 -66.37 52 1 SER H 215 ? ? -170.88 -157.86 53 1 SER H 217 ? ? -114.47 -79.36 54 1 PHE H 218 ? ? 70.50 71.13 55 1 THR H 219 ? ? -158.32 -31.52 56 1 ALA H 243 ? ? -174.15 30.72 57 1 PRO H 245 ? ? -68.52 46.50 58 1 SER H 246 ? ? -163.00 114.62 59 1 VAL H 268 ? ? -59.47 -6.27 60 1 GLU H 274 ? ? -98.29 -66.84 61 1 SER H 275 ? ? -54.22 -74.95 62 1 LYS H 277 ? ? -93.81 30.05 63 1 PHE H 282 ? ? -81.57 34.11 64 1 ARG H 287 ? ? -149.89 -23.02 65 1 GLN H 290 ? ? -57.91 -74.89 66 1 ALA H 319 ? ? -77.83 23.87 67 1 SER H 320 ? ? -147.89 12.21 68 1 TYR H 373 ? ? -30.57 -28.73 69 1 ASP H 375 ? ? -68.54 12.34 70 1 MET H 376 ? ? 179.87 114.02 71 1 THR H 380 ? ? -62.28 -179.58 72 1 TYR H 411 ? ? -52.66 -72.96 73 1 THR Y 3 ? ? -120.28 -163.40 74 1 THR Y 8 ? ? -142.92 -75.59 75 1 SER Y 10 ? ? -23.97 -53.69 76 1 LYS Y 11 ? ? -53.36 -6.21 77 1 TRP Y 14 ? ? -53.89 -72.66 78 1 SER Y 15 ? ? -74.56 40.94 79 1 CYS Y 17 ? ? -64.68 6.86 80 1 HIS Y 21 ? ? -141.40 -120.61 81 1 ASN Y 22 ? ? -175.88 26.18 82 1 ASN Y 30 ? ? -73.72 30.00 83 1 LYS Y 31 ? ? -120.26 -87.24 84 1 TYR Y 36 ? ? -138.51 -157.44 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_alt_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id 1 1 Y 1 B ILE 133 ? 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