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;MLTDPIADMLTRIRNATRVYKESTDVPASRFKEEILRILAREGFIKGYERVDVDGKPYLRVYLKYGPRRQGPDPRPEQVI HHIRRISKPGRRVYVGVKEIPRVRRGLGIAILSTSKGVLTDREARKLGVGGELICEVW ; ;MLTDPIADMLTRIRNATRVYKESTDVPASRFKEEILRILAREGFIKGYERVDVDGKPYLRVYLKYGPRRQGPDPRPEQVI HHIRRISKPGRRVYVGVKEIPRVRRGLGIAILSTSKGVLTDREARKLGVGGELICEVW ; H ? 9 'polypeptide(L)' no no ;EQYYGTGRRKEAVARVFLRPGNGKVTVNGQDFNEYFQGLVRAVAALEPLRAVDALGRFDAYITVRGGGKSGQIDAIKLGI ARALVQYNPDYRAKLKPLGFLTRDARVVERKKYGKHKARRAPQYSKR ; ;EQYYGTGRRKEAVARVFLRPGNGKVTVNGQDFNEYFQGLVRAVAALEPLRAVDALGRFDAYITVRGGGKSGQIDAIKLGI ARALVQYNPDYRAKLKPLGFLTRDARVVERKKYGKHKARRAPQYSKR ; I ? 10 'polypeptide(L)' no no ;KIRIKLRGFDHKTLDASAQKIVEAARRSGAQVSGPIPLPTRVRRFTVIRGPFKHKDSREHFELRTHNRLVDIINPNRKTI EQLMTLDLPTGVEIEIKT ; ;KIRIKLRGFDHKTLDASAQKIVEAARRSGAQVSGPIPLPTRVRRFTVIRGPFKHKDSREHFELRTHNRLVDIINPNRKTI EQLMTLDLPTGVEIEIKT ; J ? 11 'polypeptide(L)' no no ;KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAG REQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS ; ;KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAG REQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS ; K ? 12 'polypeptide(L)' no no ;PTINQLVRKGREKVRKKSKVPALKGAPFRRGVCTVVRTVTPKKPNSALRKVAKVRLTSGYEVTAYIPGEGHNLQEHSVVL IRGGRVKDLPGVRYHIVRGVYDAAGVKDRKKSRSKYGTKKPKEAA ; ;PTINQLVRKGREKVRKKSKVPALKGAPFRRGVCTVVRTVTPKKPNSALRKVAKVRLTSGYEVTAYIPGEGHNLQEHSVVL IRGGRVKDLPGVRYHIVRGVYDAAGVKDRKKSRSKYGTKKPKEAA ; L ? 13 'polypeptide(L)' no no ;ARIAGVEIPRNKRVDVALTYIYGIGKARAKEALEKTGINPATRVKDLTEAEVVRLREYVENTWKLEGELRAEVAANIKRL MDIGCYRGLRHRRGLPVRGQRTRTNARTRKGPRKTVAGKK ; ;ARIAGVEIPRNKRVDVALTYIYGIGKARAKEALEKTGINPATRVKDLTEAEVVRLREYVENTWKLEGELRAEVAANIKRL MDIGCYRGLRHRRGLPVRGQRTRTNARTRKGPRKTVAGKK ; M ? 14 'polypeptide(L)' no no ARKALIEKAKRTPKFKVRAYTRCVRCGRARSVYRFFGLCRICLRELAHKGQLPGVRKASW ARKALIEKAKRTPKFKVRAYTRCVRCGRARSVYRFFGLCRICLRELAHKGQLPGVRKASW N ? 15 'polypeptide(L)' no no ;PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRAL IEKLGIRG ; ;PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRAL IEKLGIRG ; O ? 16 'polypeptide(L)' no no ;MVKIRLARFGSKHNPHYRIVVTDARRKRDGKYIEKIGYYDPRKTTPDWLKVDVERARYWLSVGAQPTDTARRLLRQAGVF RQE ; ;MVKIRLARFGSKHNPHYRIVVTDARRKRDGKYIEKIGYYDPRKTTPDWLKVDVERARYWLSVGAQPTDTARRLLRQAGVF RQE ; P ? 17 'polypeptide(L)' no no ;PKKVLTGVVVSDKMQKTVTVLVERQFPHPLYGKVIKRSKKYLAHDPEEKYKLGDVVEIIESRPISKRKRFRVLRLVESGR MDLVEKYLIRRQNYESLSK ; ;PKKVLTGVVVSDKMQKTVTVLVERQFPHPLYGKVIKRSKKYLAHDPEEKYKLGDVVEIIESRPISKRKRFRVLRLVESGR MDLVEKYLIRRQNYESLSK ; Q ? 18 'polypeptide(L)' no no KAKVKATLGEFDLRDYRNVEVLKRFLSETGKILPRRRTGLSAKEQRILAKTIKRARILGLLPFTEKLVRK KAKVKATLGEFDLRDYRNVEVLKRFLSETGKILPRRRTGLSAKEQRILAKTIKRARILGLLPFTEKLVRK R ? 19 'polypeptide(L)' no no SLKKGVFVDDHLLEKVLELNAKGEKRLIKTWSRRSTIVPEMVGHTIAVYNGKQHVPVYITENMVGHKLGEFAPTRTYR SLKKGVFVDDHLLEKVLELNAKGEKRLIKTWSRRSTIVPEMVGHTIAVYNGKQHVPVYITENMVGHKLGEFAPTRTYR S ? 20 'polypeptide(L)' no no 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? 65.64 -7.81 118 1 TRP F 62 ? ? -161.27 97.85 119 1 LEU F 79 ? ? -36.60 -31.84 120 1 GLU F 95 ? ? -37.50 134.25 121 1 PHE F 97 ? ? -31.06 128.08 122 1 ASN F 100 ? ? 57.08 94.83 123 1 ALA G 7 ? ? 60.59 119.31 124 1 VAL G 9 ? ? -51.58 102.76 125 1 PRO G 14 ? ? -39.34 147.23 126 1 LEU G 16 ? ? -71.84 29.64 127 1 VAL G 17 ? ? -162.14 -13.73 128 1 TYR G 18 ? ? -140.70 -17.09 129 1 ASP G 33 ? ? 11.40 54.98 130 1 GLU G 52 ? ? -40.86 -3.71 131 1 LEU G 59 ? ? -37.23 -28.28 132 1 PHE G 62 ? ? -55.37 -71.35 133 1 ALA G 83 ? ? -100.37 -155.50 134 1 LYS G 131 ? ? -149.59 19.03 135 1 LYS G 138 ? ? -175.08 -42.49 136 1 LEU H 2 ? ? 78.84 107.31 137 1 GLN H 70 ? ? -45.14 -101.40 138 1 ASP H 73 ? ? 75.14 88.22 139 1 ILE H 86 ? ? -100.15 -74.62 140 1 ARG H 104 ? ? 41.90 71.56 141 1 ARG H 105 ? ? 24.56 45.73 142 1 THR H 120 ? ? -57.75 170.31 143 1 ARG I 10 ? ? -161.42 91.26 144 1 LYS I 11 ? ? 70.75 75.61 145 1 GLU I 12 ? ? 73.51 -29.73 146 1 ASN I 23 ? ? -93.44 -101.77 147 1 VAL I 44 ? ? -46.58 -10.00 148 1 ARG I 51 ? ? -39.26 -32.95 149 1 ASP I 54 ? ? 102.22 -13.62 150 1 ALA I 55 ? ? -71.15 32.34 151 1 ARG I 58 ? ? -59.27 46.17 152 1 VAL I 65 ? ? -162.35 116.35 153 1 ILE I 81 ? ? -22.29 -55.96 154 1 GLN I 87 ? ? -91.82 51.87 155 1 TYR I 88 ? ? -167.09 13.98 156 1 ASN I 89 ? ? 165.98 89.00 157 1 ARG I 93 ? ? -69.92 -77.62 158 1 ALA I 94 ? ? -51.28 4.79 159 1 ASP I 105 ? ? 84.24 95.49 160 1 LYS I 118 ? ? -177.35 29.46 161 1 ALA I 119 ? ? 90.05 -52.86 162 1 LYS I 127 ? ? 60.26 -73.21 163 1 LEU J 16 ? ? -143.28 -66.20 164 1 ALA J 18 ? ? -83.29 -74.91 165 1 ILE J 23 ? ? -63.71 18.89 166 1 ALA J 26 ? ? -73.42 32.53 167 1 ALA J 27 ? ? -153.79 -17.55 168 1 ALA J 32 ? ? -140.04 -103.21 169 1 LYS J 55 ? ? 34.51 54.44 170 1 SER J 59 ? ? 54.63 105.07 171 1 ILE J 75 ? ? -99.40 48.60 172 1 ILE J 82 ? ? -58.52 7.90 173 1 GLU J 83 ? ? -70.93 -84.24 174 1 MET J 86 ? ? -146.86 -50.29 175 1 LEU J 88 ? ? -163.23 72.45 176 1 LEU J 90 ? ? -159.62 27.15 177 1 ASN K 27 ? ? 177.14 163.79 178 1 ILE K 48 ? ? -65.90 -178.27 179 1 THR K 57 ? ? 21.51 135.72 180 1 LEU K 103 ? ? 21.51 89.15 181 1 SER K 107 ? ? 173.64 127.27 182 1 HIS K 116 ? ? -91.82 58.85 183 1 ASN K 117 ? ? 47.59 102.25 184 1 LYS K 127 ? ? -24.15 -26.64 185 1 VAL L 24 ? ? -157.55 72.27 186 1 PRO L 25 ? ? -68.21 61.08 187 1 ALA L 26 ? ? -68.64 34.94 188 1 LEU L 27 ? ? 12.74 -133.63 189 1 LYS L 28 ? ? -24.70 52.99 190 1 ALA L 30 ? ? 15.23 126.86 191 1 CYS L 37 ? ? -64.13 -178.77 192 1 THR L 38 ? ? -159.78 -55.79 193 1 ARG L 41 ? ? -48.62 171.58 194 1 LYS L 46 ? ? -123.77 -147.58 195 1 LYS L 47 ? ? 61.97 -122.08 196 1 ALA L 51 ? ? 172.15 178.23 197 1 GLU L 73 ? ? -48.00 -71.98 198 1 ASN L 76 ? ? -147.72 49.33 199 1 GLU L 79 ? ? 0.59 -73.06 200 1 HIS L 80 ? ? -91.58 32.05 201 1 VAL L 82 ? ? 63.17 100.86 202 1 LYS L 91 ? ? 90.10 -22.35 203 1 TYR L 105 ? ? 66.54 -124.60 204 1 LYS L 115 ? ? -89.87 -86.75 205 1 TYR L 120 ? ? 74.33 -19.08 206 1 GLU L 127 ? ? -128.12 -101.77 207 1 ARG M 3 ? ? -51.67 97.06 208 1 ILE M 4 ? ? -77.09 -107.35 209 1 ASN M 12 ? ? 30.48 -12.88 210 1 ARG M 14 ? ? -29.17 137.05 211 1 TYR M 21 ? ? -62.75 5.85 212 1 LYS M 46 ? ? -17.39 -60.73 213 1 GLU M 67 ? ? 29.76 57.61 214 1 ARG M 71 ? ? -30.08 -36.78 215 1 ASP M 83 ? ? 7.91 -126.22 216 1 CYS M 86 ? ? -68.15 -176.04 217 1 TYR M 87 ? ? -63.51 -74.32 218 1 ARG M 88 ? ? -38.29 -28.89 219 1 LEU M 90 ? ? -55.73 97.67 220 1 ARG M 91 ? ? 156.02 -54.80 221 1 ARG M 104 ? ? -33.08 -71.29 222 1 ASN M 106 ? ? 42.61 -140.15 223 1 PRO M 113 ? ? 20.51 -112.35 224 1 VAL M 117 ? ? -123.02 -155.48 225 1 ALA M 118 ? ? -118.79 -148.52 226 1 LYS M 120 ? ? 90.53 161.70 227 1 ARG N 3 ? ? -28.53 69.08 228 1 LYS N 4 ? ? -162.95 -70.33 229 1 ALA N 5 ? ? -43.77 -11.06 230 1 PHE N 16 ? ? 58.23 122.59 231 1 ALA N 20 ? ? -68.48 98.34 232 1 ARG N 23 ? ? 174.61 119.29 233 1 ARG N 26 ? ? -83.82 -84.38 234 1 CYS N 27 ? ? -59.51 79.44 235 1 PHE N 36 ? ? -65.19 7.49 236 1 PHE N 37 ? ? -155.12 -2.27 237 1 ARG N 41 ? ? -27.77 -27.87 238 1 CYS N 43 ? ? -68.60 77.54 239 1 LEU N 44 ? ? 166.18 -57.75 240 1 SER N 60 ? ? -168.33 119.42 241 1 HIS O 46 ? ? -109.54 68.39 242 1 ASP O 74 ? ? -165.28 66.98 243 1 PRO O 75 ? ? -49.82 -11.05 244 1 GLU O 76 ? ? -78.66 -71.70 245 1 ILE O 87 ? ? -149.33 -155.25 246 1 ARG O 88 ? ? 15.80 60.09 247 1 PHE P 9 ? ? -108.38 -164.23 248 1 TYR P 39 ? ? -173.11 122.93 249 1 ASP P 47 ? ? -90.34 49.56 250 1 LYS Q 14 ? ? -69.46 6.73 251 1 LYS Q 17 ? ? 56.96 16.22 252 1 ARG Q 38 ? ? -172.80 143.18 253 1 GLU Q 48 ? ? -97.02 45.38 254 1 GLU Q 49 ? ? 8.98 56.96 255 1 ARG Q 68 ? ? 74.01 -29.25 256 1 ARG Q 75 ? ? -166.53 -169.23 257 1 ARG Q 81 ? ? -25.04 51.52 258 1 SER Q 97 ? ? -79.94 39.11 259 1 SER Q 99 ? ? -112.00 -126.45 260 1 LEU R 31 ? ? -84.58 31.17 261 1 ASN R 36 ? ? -68.16 71.30 262 1 ARG R 54 ? ? -39.76 -37.34 263 1 ARG R 87 ? ? 97.14 46.04 264 1 LEU S 5 ? ? 74.18 -179.59 265 1 LYS S 6 ? ? 172.94 23.05 266 1 PHE S 10 ? ? -0.79 28.25 267 1 ALA S 24 ? ? -154.64 74.33 268 1 LYS S 25 ? ? 51.40 82.69 269 1 LEU S 30 ? ? -51.79 1.03 270 1 PRO S 42 ? ? -25.21 91.24 271 1 GLU S 43 ? ? 95.08 -13.81 272 1 VAL S 45 ? ? -103.56 -107.54 273 1 PRO S 59 ? ? -51.31 91.29 274 1 VAL S 67 ? ? -64.67 -166.01 275 1 TYR S 80 ? ? 45.17 92.85 276 1 ASN T 9 ? ? 177.41 54.71 277 1 LYS T 14 ? ? -39.99 -38.31 278 1 LYS T 27 ? ? -24.66 -51.93 279 1 LYS T 38 ? ? -26.72 -62.69 280 1 GLN T 45 ? ? -59.16 -6.39 281 1 ALA T 49 ? ? -48.22 -82.20 282 1 GLU T 50 ? ? -46.36 -76.83 283 1 LEU T 72 ? ? -145.87 17.51 284 1 HIS T 73 ? ? -34.92 140.89 285 1 LYS T 74 ? ? 127.73 -94.26 286 1 ASN T 75 ? ? -170.36 6.76 287 1 ARG T 86 ? ? -74.63 -73.18 288 1 ALA T 95 ? ? -109.30 -166.62 289 1 ALA T 97 ? ? 53.10 128.08 290 1 LEU T 99 ? ? -87.56 -87.87 291 1 ARG U 24 ? ? -100.63 45.58 # loop_ _pdbx_validate_peptide_omega.id _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_model_num _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_1 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_2 _pdbx_validate_peptide_omega.omega 1 1 ASP B 191 ? ? SER B 192 ? ? -147.29 2 1 LYS D 30 ? ? CYS D 31 ? ? 147.72 3 1 CYS D 31 ? ? ALA D 32 ? ? -134.95 4 1 GLY L 87 ? ? GLY L 88 ? ? -148.51 5 1 LEU M 66 ? ? GLU M 67 ? ? 148.13 6 1 LEU T 13 ? ? LYS T 14 ? ? 145.29 7 1 HIS T 73 ? ? LYS T 74 ? ? 140.56 8 1 ASN T 75 ? ? ALA T 76 ? ? 145.64 9 1 PRO T 98 ? ? LEU T 99 ? ? -141.99 10 1 LEU T 99 ? ? ILE T 100 ? ? -139.33 # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 4JYA 'double helix' 4JYA 'a-form double helix' 4JYA 'parallel strands' 4JYA 'hairpin loop' 4JYA tetraloop 4JYA 'bulge loop' 4JYA 'mismatched base pair' 4JYA 'internal loop' 4JYA 'triple helix' 4JYA 'quadruple helix' 4JYA 'three-way junction' 4JYA 'four-way junction' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A G 537 1_555 A A 22 1_555 6.439 -4.090 0.055 -18.835 3.374 -3.429 1 A_G542:A27_A A 542 ? A 27 ? 11 9 1 A G 5 1_555 A C 21 1_555 0.292 -0.124 -0.118 -7.383 -4.055 -5.831 2 A_G10:C26_A A 10 ? A 26 ? 19 1 1 A A 6 1_555 A U 20 1_555 -0.261 -0.092 -0.166 -0.745 -12.078 3.397 3 A_A11:U25_A A 11 ? A 25 ? 20 1 1 A G 7 1_555 A C 19 1_555 0.242 -0.054 -0.197 -1.463 -7.126 3.148 4 A_G12:C24_A A 12 ? A 24 ? 19 1 1 A U 8 1_555 A G 18 1_555 2.181 -0.542 -0.282 8.577 -9.912 -4.264 5 A_U13:G23_A A 13 ? A 23 ? 28 1 1 A A 887 1_555 A G 17 1_555 -6.856 -4.327 0.139 8.076 8.489 -5.377 6 A_A892:G22_A A 892 ? A 22 ? 11 10 1 A U 9 1_555 A U 16 1_555 -3.331 0.019 -0.393 25.870 -21.450 -91.011 7 A_U14:U21_A A 14 ? A 21 ? ? ? 1 A G 889 1_555 A C 15 1_555 -0.180 -0.198 0.064 -6.080 -7.602 4.230 8 A_G894:C20_A A 894 ? A 20 ? 19 1 1 A G 890 1_555 A C 14 1_555 -0.309 -0.013 -0.425 -12.030 -9.523 9.237 9 A_G895:C19_A A 895 ? A 19 ? 19 1 1 A A 891 1_555 A U 13 1_555 0.556 -0.183 0.167 3.460 -8.758 3.702 10 A_A896:U18_A A 896 ? 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