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PDB 4JYA ;Crystal structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit complexed with a phenylalanine-ASL and a mRNA stop codon containing pseudouridine ; unspecified # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Fernandez, I.S.' 1 'Ng, C.L.' 2 'Kelley, A.C.' 3 'Guowei, W.' 4 'Yu, Y.T.' 5 'Ramakrishnan, V.' 6 # _citation.id primary _citation.title 'Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome.' _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_volume 500 _citation.page_first 107 _citation.page_last 110 _citation.year 2013 _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.country UK _citation.journal_id_ISSN 0028-0836 _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 23812587 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/nature12302 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Fernandez, I.S.' 1 ? primary 'Ng, C.L.' 2 ? primary 'Kelley, 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;PKKVLTGVVVSDKMQKTVTVLVERQFPHPLYGKVIKRSKKYLAHDPEEKYKLGDVVEIIESRPISKRKRFRVLRLVESGR MDLVEKYLIRRQNYESLSKR ; Q ? 18 'polypeptide(L)' no no KAKVKATLGEFDLRDYRNVEVLKRFLSETGKILPRRRTGLSAKEQRILAKTIKRARILGLLPFTEKLVRK KAKVKATLGEFDLRDYRNVEVLKRFLSETGKILPRRRTGLSAKEQRILAKTIKRARILGLLPFTEKLVRK R ? 19 'polypeptide(L)' no no SLKKGVFVDDHLLEKVLELNAKGEKRLIKTWSRRSTIVPEMVGHTIAVYNGKQHVPVYITENMVGHKLGEFAPTRTYRG SLKKGVFVDDHLLEKVLELNAKGEKRLIKTWSRRSTIVPEMVGHTIAVYNGKQHVPVYITENMVGHKLGEFAPTRTYRG S ? 20 'polypeptide(L)' no no ;RNLSALKRHRQSLKRRLRNKAKKSAIKTLSKKAIQLAQEGKAEEALKIMRKAESLIDKAAKGSTLHKNAAARRKSRLMRK VRQLLEAAGAPLIGGGLSA ; ;RNLSALKRHRQSLKRRLRNKAKKSAIKTLSKKAIQLAQEGKAEEALKIMRKAESLIDKAAKGSTLHKNAAARRKSRLMRK VRQLLEAAGAPLIGGGLSA ; T ? 21 'polypeptide(L)' no no GKGDRRTRRGKIWRGTYGKYRPRKK GKGDRRTRRGKIWRGTYGKYRPRKK U ? 22 polyribonucleotide no no UAGUA UAGUA X ? 23 polyribonucleotide no no AUUIGAAAUCU AUUIGAAAUCU Y ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 U 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'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.d_res_high 3.400 _refine_ls_shell.d_res_low 3.486 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 13045 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.261 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 99.94 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.310 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 686 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? # _struct.entry_id 4K0K _struct.title 'Crystal structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit complexed with a serine-ASL and mRNA containing a stop codon' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 4K0K _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME _struct_keywords.text 'ribosomal subunit, translation, RIBOSOME' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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13 13 UNP RS13_THET8 P80377 1 ;MARIAGVEIPRNKRVDVALTYIYGIGKARAKEALEKTGINPATRVKDLTEAEVVRLREYVENTWKLEGELRAEVAANIKR LMDIGCYRGLRHRRGLPVRGQRTRTNARTRKGPRKTVAGKKKAPRK ; ? 14 14 UNP RS14Z_THET8 Q5SHQ1 1 MARKALIEKAKRTPKFKVRAYTRCVRCGRARSVYRFFGLCRICLRELAHKGQLPGVRKASW ? 15 15 UNP RS15_THET8 Q5SJ76 1 ;MPITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRA LIEKLGIRG ; ? 16 16 UNP RS16_THET8 Q5SJH3 1 ;MVKIRLARFGSKHNPHYRIVVTDARRKRDGKYIEKIGYYDPRKTTPDWLKVDVERARYWLSVGAQPTDTARRLLRQAGVF RQEAREGA ; ? 17 17 UNP RS17_THET8 Q5SHP7 1 ;MPKKVLTGVVVSDKMQKTVTVLVERQFPHPLYGKVIKRSKKYLAHDPEEKYKLGDVVEIIESRPISKRKRFRVLRLVESG RMDLVEKYLIRRQNYESLSKRGGKA ; ? 18 18 UNP RS18_THET8 Q5SLQ0 1 ;MSTKNAKPKKEAQRRPSRKAKVKATLGEFDLRDYRNVEVLKRFLSETGKILPRRRTGLSAKEQRILAKTIKRARILGLLP FTEKLVRK ; ? 19 19 UNP RS19_THET8 Q5SHP2 1 ;MPRSLKKGVFVDDHLLEKVLELNAKGEKRLIKTWSRRSTIVPEMVGHTIAVYNGKQHVPVYITENMVGHKLGEFAPTRTY RGHGKEAKATKKK ; ? 20 20 UNP RS20_THET8 P80380 1 ;MAQKKPKRNLSALKRHRQSLKRRLRNKAKKSAIKTLSKKAIQLAQEGKAEEALKIMRKAESLIDKAAKGSTLHKNAAARR KSRLMRKVRQLLEAAGAPLIGGGLSA ; ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog256 hydrog ? ? A G 146 N1 ? ? ? 1_555 A C 155 N3 ? ? A G 151 A C 160 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog257 hydrog ? ? A G 146 N2 ? ? ? 1_555 A C 155 O2 ? ? A G 151 A C 160 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog258 hydrog ? ? A G 146 O6 ? ? ? 1_555 A C 155 N4 ? ? A G 151 A C 160 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog259 hydrog ? ? A G 147 N1 ? ? ? 1_555 A U 154 O2 ? ? A G 152 A U 159 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-U MISPAIR' ? ? ? hydrog260 hydrog ? ? A G 148 N2 ? ? ? 1_555 A C 153 O2 ? ? A G 153 A C 158 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? ? hydrog261 hydrog ? ? A G 149 N2 ? ? ? 1_555 A A 152 N7 ? ? A G 154 A A 157 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-A MISPAIR' ? ? ? hydrog262 hydrog ? ? A A 169 N1 ? ? ? 1_555 A A 198 N6 ? ? A A 174 A A 203 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_5_PAIR ? ? ? hydrog263 hydrog ? ? A A 169 N6 ? ? ? 1_555 A A 198 N7 ? ? A A 174 A A 203 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_5_PAIR ? ? ? hydrog264 hydrog ? ? A U 170 N3 ? ? ? 1_555 A A 197 N7 ? ? 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A C 187 A G 192 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog291 hydrog ? ? A A 199 N3 ? ? ? 1_555 A G 211 N2 ? ? A A 204 A G 216 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-G MISPAIR' ? ? ? hydrog292 hydrog ? ? A G 200 N1 ? ? ? 1_555 A C 210 N3 ? ? A G 205 A C 215 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog293 hydrog ? ? A G 200 N2 ? ? ? 1_555 A C 210 O2 ? ? A G 205 A C 215 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog294 hydrog ? ? A G 200 O6 ? ? ? 1_555 A C 210 N4 ? ? A G 205 A C 215 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog295 hydrog ? ? A G 201 N1 ? ? ? 1_555 A C 209 N3 ? ? A G 206 A C 214 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? ? hydrog296 hydrog ? ? A G 202 N1 ? ? ? 1_555 A C 208 N3 ? ? A G 207 A C 213 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog297 hydrog ? ? A G 202 N2 ? ? ? 1_555 A C 208 O2 ? ? A G 207 A C 213 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog298 hydrog ? ? A G 202 O6 ? ? ? 1_555 A C 208 N4 ? ? A G 207 A C 213 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog299 hydrog ? ? 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A C 281 O2 ? ? ? 1_555 A G 301 N2 ? ? A C 286 A G 306 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog352 hydrog ? ? A C 282 N3 ? ? ? 1_555 A G 300 N1 ? ? A C 287 A G 305 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog353 hydrog ? ? A C 282 N4 ? ? ? 1_555 A G 300 O6 ? ? A C 287 A G 305 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog354 hydrog ? ? A C 282 O2 ? ? ? 1_555 A G 300 N2 ? ? A C 287 A G 305 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog355 hydrog ? ? A G 283 N7 ? ? ? 1_555 A G 296 N2 ? ? A G 288 A G 301 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-G MISPAIR' ? ? ? hydrog356 hydrog ? ? A G 283 N1 ? ? ? 1_555 A C 299 N3 ? ? A G 288 A C 304 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog357 hydrog ? ? A G 283 N2 ? ? ? 1_555 A C 299 O2 ? ? A G 288 A C 304 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog358 hydrog ? ? A G 283 O6 ? ? ? 1_555 A C 299 N4 ? ? A G 288 A C 304 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog359 hydrog ? ? A G 283 N2 ? ? ? 1_555 A A 587 N1 ? ? A G 288 A A 592 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_10_PAIR ? ? ? hydrog360 hydrog ? ? A G 283 N3 ? ? ? 1_555 A A 587 N6 ? ? A G 288 A A 592 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_10_PAIR ? ? ? hydrog361 hydrog ? ? A G 284 N1 ? ? ? 1_555 A U 295 O2 ? ? A G 289 A U 300 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog362 hydrog ? ? A G 284 O6 ? ? ? 1_555 A U 295 N3 ? ? A G 289 A U 300 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog363 hydrog ? ? A U 285 N3 ? ? ? 1_555 A A 294 N1 ? ? A U 290 A A 299 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog364 hydrog ? ? A U 285 O4 ? ? ? 1_555 A A 294 N6 ? ? A U 290 A A 299 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog365 hydrog ? ? A C 286 N3 ? ? ? 1_555 A G 293 N1 ? ? A C 291 A G 298 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog366 hydrog ? ? A C 286 N4 ? ? ? 1_555 A G 293 O6 ? ? A C 291 A G 298 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog367 hydrog ? ? A C 286 O2 ? ? ? 1_555 A G 293 N2 ? ? A C 291 A G 298 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog368 hydrog ? ? A U 287 N3 ? ? ? 1_555 A G 292 O6 ? ? 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CD2 HD22 sing N N 342 LEU CD2 HD23 sing N N 343 LEU OXT HXT sing N N 344 LYS N CA sing N N 345 LYS N H sing N N 346 LYS N H2 sing N N 347 LYS CA C sing N N 348 LYS CA CB sing N N 349 LYS CA HA sing N N 350 LYS C O doub N N 351 LYS C OXT sing N N 352 LYS CB CG sing N N 353 LYS CB HB2 sing N N 354 LYS CB HB3 sing N N 355 LYS CG CD sing N N 356 LYS CG HG2 sing N N 357 LYS CG HG3 sing N N 358 LYS CD CE sing N N 359 LYS CD HD2 sing N N 360 LYS CD HD3 sing N N 361 LYS CE NZ sing N N 362 LYS CE HE2 sing N N 363 LYS CE HE3 sing N N 364 LYS NZ HZ1 sing N N 365 LYS NZ HZ2 sing N N 366 LYS NZ HZ3 sing N N 367 LYS OXT HXT sing N N 368 MET N CA sing N N 369 MET N H sing N N 370 MET N H2 sing N N 371 MET CA C sing N N 372 MET CA CB sing N N 373 MET CA HA sing N N 374 MET C O doub N N 375 MET C OXT sing N N 376 MET CB CG sing N N 377 MET CB HB2 sing N N 378 MET CB HB3 sing N N 379 MET CG SD sing N N 380 MET CG HG2 sing N N 381 MET CG HG3 sing N N 382 MET SD CE sing N N 383 MET CE HE1 sing N N 384 MET 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sing N N 554 VAL CG1 HG11 sing N N 555 VAL CG1 HG12 sing N N 556 VAL CG1 HG13 sing N N 557 VAL CG2 HG21 sing N N 558 VAL CG2 HG22 sing N N 559 VAL CG2 HG23 sing N N 560 VAL OXT HXT sing N N 561 # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 4K0K 'double helix' 4K0K 'a-form double helix' 4K0K 'parallel strands' 4K0K 'hairpin loop' 4K0K tetraloop 4K0K 'bulge loop' 4K0K 'mismatched base pair' 4K0K 'internal loop' 4K0K 'triple helix' 4K0K 'quadruple helix' 4K0K 'three-way junction' 4K0K 'four-way junction' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger 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