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'polypeptide(L)' no no ;KIRIKLRGFDHKTLDASAQKIVEAARRSGAQVSGPIPLPTRVRRFTVIRGPFKHKDSREHFELRTHNRLVDIINPNRKTI EQLMTLDLPTGVEIEIKT ; ;KIRIKLRGFDHKTLDASAQKIVEAARRSGAQVSGPIPLPTRVRRFTVIRGPFKHKDSREHFELRTHNRLVDIINPNRKTI EQLMTLDLPTGVEIEIKT ; J ? 11 'polypeptide(L)' no no ;KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAG REQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKK ; ;KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAG REQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKK ; K ? 12 'polypeptide(L)' no no ;PTINQLVRKGREKVRKKSKVPALKGAPFRRGVCTVVRTVTPKKPNSALRKVAKVRLTSGYEVTAYIPGEGHNLQEHSVVL IRGGRVKDLPGVRYHIVRGVYDAAGVKDRKKSRSKYGTKKPK ; ;PTINQLVRKGREKVRKKSKVPALKGAPFRRGVCTVVRTVTPKKPNSALRKVAKVRLTSGYEVTAYIPGEGHNLQEHSVVL IRGGRVKDLPGVRYHIVRGVYDAAGVKDRKKSRSKYGTKKPK ; L ? 13 'polypeptide(L)' no no ;ARIAGVEIPRNKRVDVALTYIYGIGKARAKEALEKTGINPATRVKDLTEAEVVRLREYVENTWKLEGELRAEVAANIKRL MDIGCYRGLRHRRGLPVRGQRTRTNARTRKGPRKTVA ; ;ARIAGVEIPRNKRVDVALTYIYGIGKARAKEALEKTGINPATRVKDLTEAEVVRLREYVENTWKLEGELRAEVAANIKRL MDIGCYRGLRHRRGLPVRGQRTRTNARTRKGPRKTVA ; M ? 14 'polypeptide(L)' no no ARKALIEKAKRTPKFKVRAYTRCVRCGRARSVYRFFGLCRICLRELAHKGQLPGVRKASW ARKALIEKAKRTPKFKVRAYTRCVRCGRARSVYRFFGLCRICLRELAHKGQLPGVRKASW N ? 15 'polypeptide(L)' no no ;PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRAL IEKLGIRG ; ;PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRAL IEKLGIRG ; O ? 16 'polypeptide(L)' no no ;MVKIRLARFGSKHNPHYRIVVTDARRKRDGKYIEKIGYYDPRKTTPDWLKVDVERARYWLSVGAQPTDTARRLLRQAGVF RQE ; ;MVKIRLARFGSKHNPHYRIVVTDARRKRDGKYIEKIGYYDPRKTTPDWLKVDVERARYWLSVGAQPTDTARRLLRQAGVF RQE ; P ? 17 'polypeptide(L)' no no ;PKKVLTGVVVSDKMQKTVTVLVERQFPHPLYGKVIKRSKKYLAHDPEEKYKLGDVVEIIESRPISKRKRFRVLRLVESGR MDLVEKYLIRRQNYQSLSK ; ;PKKVLTGVVVSDKMQKTVTVLVERQFPHPLYGKVIKRSKKYLAHDPEEKYKLGDVVEIIESRPISKRKRFRVLRLVESGR MDLVEKYLIRRQNYQSLSK ; Q ? 18 'polypeptide(L)' no no KAKVKATLGEFDLRDYRNVEVLKRFLSETGKILPRRRTGLSAKEQRILAKTIKRARILGLLPFTEKLVRK KAKVKATLGEFDLRDYRNVEVLKRFLSETGKILPRRRTGLSAKEQRILAKTIKRARILGLLPFTEKLVRK R ? 19 'polypeptide(L)' no no SLKKGVFVDDHLLEKVLELNAKGEKRLIKTWSRRSTIVPEMVGHTIAVYNGKQHVPVYITENMVGHKLGEFAPTRTYR SLKKGVFVDDHLLEKVLELNAKGEKRLIKTWSRRSTIVPEMVGHTIAVYNGKQHVPVYITENMVGHKLGEFAPTRTYR S ? 20 'polypeptide(L)' no no ;RNLSALKRHRQSLKRRLRNKAKKSAIKTLSKKAVQLAQEGKAEEALKIMRKAESLIDKAAKGSTLHKNAAARRKSRLMRK VRQLLEAAGAPLIGGGLSA ; ;RNLSALKRHRQSLKRRLRNKAKKSAIKTLSKKAVQLAQEGKAEEALKIMRKAESLIDKAAKGSTLHKNAAARRKSRLMRK VRQLLEAAGAPLIGGGLSA ; T ? 21 'polypeptide(L)' no no GKGDRRTRRGKIWRGTYGKYRPRK GKGDRRTRRGKIWRGTYGKYRPRK U ? 22 polyribonucleotide no no CGCGGGGUGGAGCAGCCUGGUAGCUCGUCGGGCUCAUAACCCGAAGGUCGUCGGUUCAAAUCCGGCCCCCGCAACCA CGCGGGGUGGAGCAGCCUGGUAGCUCGUCGGGCUCAUAACCCGAAGGUCGUCGGUUCAAAUCCGGCCCCCGCAACCA V,W ? 23 polyribonucleotide no no AAAUG AAAUG X ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 U n 1 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'Escherichia coli' 512 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _pdbx_entity_src_syn.entity_id 23 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag sample _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num ? _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num ? _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific 'Synthetic DNA' _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name ? _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id 32630 _pdbx_entity_src_syn.details 'This sequence is an analogue of naturally occurring bacterial mRNA' # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 GB AE017221 AE017221.1 1 ;UGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAGACAUGCAAGUCGUGCGGGCCGCGGGGUUUUAC UCCGUGGUCAGCGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGGGUGACCUACCCGGAAGAGGGGGACAACCCGGGGAAACUCGGGCU AAUCCCCCAUGUGGACCCGCCCCUUGGGGUGUGUCCAAAGGGCUUUGCCCGCUUCCGGAUGGGCCCGCGUCCCAUCAGCU AGUUGGUGGGGUAAUGGCCCACCAAGGCGACGACGGGUAGCCGGUCUGAGAGGAUGGCCGGCCACAGGGGCACUGAGACA CGGGCCCCACUCCUACGGGAGGCAGCAGUUAGGAAUCUUCCGCAAUGGGCGCAAGCCUGACGGAGCGACGCCGCUUGGAG GAAGAAGCCCUUCGGGGUGUAAACUCCUGAACCCGGGACGAAACCCCCGAGGAGGGGACUGACGGUACCGGGGUAAUAGC GCCGGCCAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGCGCGAGCGUUACCCGGAUUCACUGGGCGUAAAGGGCGUG UAGGCGGCCUGGGGCGUCCCAUGUGAAAGACCACGGCUCAACCGUGGGGGAGCGUGGGAUACGCUCAGGCUAGACGGUGG GAGAGGGUGGUGGAAUUCCCGGAGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAUACCGGGAGGAACGCCGAUGGCGAAGGCAGCCACCUG GUCCACCCGUGACGCUGAGGCGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCACGCCCUAAACGAUG CGCGCUAGGUCUCUGGGUCUCCUGGGGGCCGAAGCUAACGCGUUAAGCGCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUGA AACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUUACCAG GCCUUGACAUGCUAGGGAACCCGGGUGAAAGCCUGGGGUGCCCCGCGAGGGGAGCCCUAGCACAGGUGCUGCAUGGCCGU CGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGCCGUUAGUUGCCAGCGGUUCGGCCG GGCACUCUAACGGGACUGCCCGCGAAAGCGGGAGGAAGGAGGGGACGACGUCUGGUCAGCAUGGCCCUUACGGCCUGGGC GACACACGUGCUACAAUGCCCACUACAAAGCGAUGCCACCCGGCAACGGGGAGCUAAUCGCAAAAAGGUGGGCCCAGUUC GGAUUGGGGUCUGCAACCCGACCCCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAUACGUUC CCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGAGCCUACGGGCAGGCGCCG AGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUC ; 1310204 ? 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This file contains the 30S subunit, tRNA and mRNA molecules from the first 70S ribosome. ; _struct.pdbx_descriptor 'PROTEIN/RNA Complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 4L6K _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME _struct_keywords.text 'translation termination, peptidyl transfer, ribosomal crystal structure, translation inhibitor, blasticidin S, RIBOSOME' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 11 ? L N N 12 ? M N N 13 ? N N N 14 ? O N N 15 ? P N N 16 ? Q N N 17 ? R N N 18 ? S N N 19 ? T N N 20 ? U N N 21 ? V N N 22 ? W N N 22 ? X N N 23 ? Y N N 24 ? 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ARG C 156 ALA C 160 5 ? 5 HELX_P HELX_P20 20 VAL D 7 ? GLU D 14 ? VAL D 8 GLU D 15 1 ? 8 HELX_P HELX_P21 21 GLU D 23 ? SER D 27 ? GLU D 24 SER D 28 5 ? 5 HELX_P HELX_P22 22 SER D 51 ? GLY D 68 ? SER D 52 GLY D 69 1 ? 18 HELX_P HELX_P23 23 SER D 70 ? LYS D 83 ? SER D 71 LYS D 84 1 ? 14 HELX_P HELX_P24 24 VAL D 87 ? SER D 98 ? VAL D 88 SER D 99 1 ? 12 HELX_P HELX_P25 25 ARG D 99 ? LEU D 107 ? ARG D 100 LEU D 108 1 ? 9 HELX_P HELX_P26 26 SER D 112 ? HIS D 122 ? SER D 113 HIS D 123 1 ? 11 HELX_P HELX_P27 27 LEU D 154 ? LYS D 165 ? LEU D 155 LYS D 166 1 ? 12 HELX_P HELX_P28 28 ASN D 198 ? TYR D 206 ? ASN D 199 TYR D 207 1 ? 9 HELX_P HELX_P29 29 GLU E 46 ? ASN E 61 ? GLU E 50 ASN E 65 1 ? 16 HELX_P HELX_P30 30 GLY E 95 ? ALA E 109 ? GLY E 99 ALA E 113 1 ? 15 HELX_P HELX_P31 31 ASN E 123 ? ARG E 136 ? ASN E 127 ARG E 140 1 ? 14 HELX_P HELX_P32 32 THR E 140 ? ARG E 148 ? THR E 144 ARG E 152 1 ? 9 HELX_P HELX_P33 33 ASP F 15 ? TYR F 33 ? ASP F 15 TYR F 33 1 ? 19 HELX_P HELX_P34 34 PRO F 68 ? 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? -38.71 131.82 201 1 TYR M 21 ? ? -57.73 -9.77 202 1 ALA M 28 ? ? -75.83 -70.30 203 1 THR M 37 ? ? -151.92 6.86 204 1 TYR M 59 ? ? -60.29 -70.09 205 1 TRP M 64 ? ? -170.05 148.27 206 1 LEU M 66 ? ? -165.35 -165.77 207 1 GLU M 67 ? ? 55.16 -128.40 208 1 GLN M 101 ? ? -65.00 -149.45 209 1 THR M 103 ? ? -162.77 -34.55 210 1 ASN M 106 ? ? 48.95 -141.76 211 1 THR M 109 ? ? -65.25 1.95 212 1 THR M 116 ? ? 58.37 -114.99 213 1 VAL M 117 ? ? 61.02 130.46 214 1 THR N 13 ? ? 37.59 57.76 215 1 PRO N 14 ? ? -96.57 -64.27 216 1 LYS N 15 ? ? -66.12 -168.50 217 1 PHE N 16 ? ? -33.46 140.46 218 1 ILE N 42 ? ? -63.84 -70.16 219 1 SER N 60 ? ? 178.03 106.52 220 1 ASP O 21 ? ? -82.89 42.89 221 1 ARG O 88 ? ? 62.63 106.37 222 1 SER P 11 ? ? -50.37 175.92 223 1 HIS P 13 ? ? 64.25 -8.48 224 1 ASN P 14 ? ? -115.64 68.17 225 1 HIS P 16 ? ? -153.57 89.71 226 1 LYS P 27 ? ? -97.99 54.45 227 1 ARG P 28 ? ? 51.55 -87.07 228 1 ASP P 29 ? ? -71.13 23.13 229 1 GLU P 34 ? ? -177.03 134.30 230 1 TYR P 39 ? ? -161.35 110.30 231 1 LYS P 50 ? 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? -57.97 77.10 263 1 THR T 71 ? ? -63.66 -137.60 264 1 LYS T 74 ? ? 47.94 -156.51 265 1 SER T 82 ? ? -58.76 -78.37 266 1 LEU T 84 ? ? -61.70 -70.12 267 1 ALA T 95 ? ? 68.34 99.31 268 1 ALA T 97 ? ? 64.76 139.54 269 1 PRO T 98 ? ? -52.57 85.42 270 1 ASP U 5 ? ? -65.61 92.75 271 1 ARG U 7 ? ? -106.43 42.88 272 1 TYR U 21 ? ? -71.24 48.14 273 1 ARG U 24 ? ? -175.69 -125.77 # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 4L6K 'double helix' 4L6K 'a-form double helix' 4L6K 'parallel strands' 4L6K 'hairpin loop' 4L6K tetraloop 4L6K 'bulge loop' 4L6K 'mismatched base pair' 4L6K 'internal loop' 4L6K 'triple helix' 4L6K 'quadruple helix' 4L6K 'three-way junction' 4L6K 'four-way junction' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A G 537 1_555 A A 22 1_555 6.806 -4.047 -0.177 -31.103 1.738 2.797 1 A_G558:A26_A A 558 ? A 26 ? 11 9 1 A G 5 1_555 A C 21 1_555 -0.078 -0.048 -0.230 -17.865 0.080 -0.013 2 A_G9:C25_A A 9 ? A 25 ? 19 1 1 A A 6 1_555 A U 20 1_555 -0.140 0.044 -0.225 -6.955 -10.782 8.481 3 A_A10:U24_A A 10 ? A 24 ? 20 1 1 A G 7 1_555 A C 19 1_555 -0.089 -0.072 -0.309 -6.641 -20.980 6.204 4 A_G11:C23_A A 11 ? A 23 ? 19 1 1 A U 8 1_555 A G 18 1_555 2.068 -0.545 -1.112 12.847 -22.259 -2.997 5 A_U12:G22_A A 12 ? A 22 ? 28 1 1 A A 887 1_555 A G 17 1_555 -6.969 -4.151 0.020 12.340 3.503 0.382 6 A_A914:G21_A A 914 ? A 21 ? 11 9 1 A U 9 1_555 A U 16 1_555 -2.831 -0.528 -0.429 19.336 18.018 -76.000 7 A_U13:U20_A A 13 ? A 20 ? ? ? 1 A G 889 1_555 A C 15 1_555 -0.355 0.076 -0.326 -8.750 -8.480 6.651 8 A_G916:C19_A A 916 ? A 19 ? 19 1 1 A G 890 1_555 A C 14 1_555 -1.137 -0.153 -0.315 -10.783 -18.481 11.203 9 A_G917:C18_A A 917 ? A 18 ? 19 1 1 A A 891 1_555 A U 13 1_555 -0.007 0.056 0.521 8.346 -2.539 4.343 10 A_A918:U17_A A 918 ? A 17 ? 20 1 1 A A 892 1_555 A A 12 1_555 2.046 1.258 -1.284 -1.413 -11.769 16.800 11 A_A919:A16_A A 919 ? A 16 ? ? 1 1 A U 893 1_555 A G 11 1_555 2.119 -0.505 0.623 -19.941 8.483 -1.917 12 A_U920:G15_A A 920 ? A 15 ? 28 1 1 A U 894 1_555 A A 1374 1_555 0.090 -0.090 0.657 -14.524 -12.327 11.415 13 A_U921:A1396_A A 921 ? A 1396 ? 20 1 1 A G 895 1_555 A C 1373 1_555 0.681 0.109 0.157 0.975 -23.857 4.260 14 A_G922:C1395_A A 922 ? A 1395 ? 19 1 1 A A 896 1_555 A U 1371 1_555 -0.713 -0.248 0.203 -2.679 -9.349 -6.935 15 A_A923:U1393_A A 923 ? A 1393 ? 20 1 1 A C 897 1_555 A G 1370 1_555 0.349 -0.342 0.073 6.339 -29.012 -0.425 16 A_C924:G1392_A A 924 ? A 1392 ? 19 1 1 A G 898 1_555 A U 1369 1_555 -1.881 -0.625 0.235 3.722 -9.250 -7.950 17 A_G925:U1391_A A 925 ? A 1391 ? 28 1 1 A G 900 1_555 A U 1368 1_555 -1.433 -0.686 -1.327 -12.184 -19.895 1.193 18 A_G927:U1390_A A 927 ? A 1390 ? 28 1 1 A G 901 1_555 A C 1367 1_555 0.262 0.109 0.168 -3.791 3.461 -3.910 19 A_G928:C1389_A A 928 ? 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