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A CYS 14 SG ? ? ? 1_555 A CYS 27 SG ? ? A CYS 35 A CYS 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 159 SG ? ? ? 1_555 A CYS 165 SG ? ? A CYS 181 A CYS 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 235 SG ? ? ? 1_555 A CYS 248 SG ? ? A CYS 257 A CYS 270 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? ? disulf4 disulf ? ? A CYS 238 SG ? ? ? 1_555 A CYS 245 SG ? ? A CYS 260 A CYS 267 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? ? disulf5 disulf ? ? A CYS 457 SG ? ? ? 1_555 A CYS 487 SG ? ? A CYS 479 A CYS 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? disulf6 disulf ? ? A CYS 754 SG ? ? ? 1_555 A CYS 781 SG ? ? A CYS 776 A CYS 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? ? disulf7 disulf ? ? B CYS 14 SG ? ? ? 1_555 B CYS 27 SG ? ? B CYS 35 B CYS 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.072 ? ? disulf8 disulf ? ? B CYS 159 SG ? ? ? 1_555 B CYS 165 SG ? ? B CYS 181 B CYS 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? ? disulf9 disulf ? ? B CYS 235 SG ? ? ? 1_555 B CYS 248 SG ? ? B CYS 257 B CYS 270 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf10 disulf ? ? B CYS 238 SG ? ? ? 1_555 B CYS 245 SG ? ? B CYS 260 B CYS 267 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? ? disulf11 disulf ? ? B CYS 457 SG ? ? ? 1_555 B CYS 487 SG ? ? B CYS 479 B CYS 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? ? disulf12 disulf ? ? B CYS 754 SG ? ? ? 1_555 B CYS 781 SG ? ? B CYS 776 B CYS 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf13 disulf ? ? C CYS 14 SG ? ? ? 1_555 C CYS 27 SG ? ? C CYS 35 C CYS 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? ? disulf14 disulf ? ? C CYS 159 SG ? ? ? 1_555 C CYS 165 SG ? ? C CYS 181 C CYS 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? ? disulf15 disulf ? ? C CYS 235 SG ? ? ? 1_555 C CYS 248 SG ? ? C CYS 257 C CYS 270 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? ? disulf16 disulf ? ? C CYS 238 SG ? ? ? 1_555 C CYS 245 SG ? ? C CYS 260 C CYS 267 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.110 ? ? disulf17 disulf ? ? C CYS 457 SG ? ? ? 1_555 C CYS 487 SG ? ? C CYS 479 C CYS 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf18 disulf ? ? C CYS 754 SG ? ? ? 1_555 C CYS 781 SG ? ? C CYS 776 C CYS 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? ? disulf19 disulf ? ? D CYS 14 SG ? ? ? 1_555 D CYS 27 SG ? ? D CYS 35 D CYS 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? ? disulf20 disulf ? ? D CYS 159 SG ? ? ? 1_555 D CYS 165 SG ? ? D CYS 181 D CYS 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? ? disulf21 disulf ? ? D CYS 235 SG ? ? ? 1_555 D CYS 248 SG ? ? D CYS 257 D CYS 270 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.072 ? ? disulf22 disulf ? ? D CYS 238 SG ? ? ? 1_555 D CYS 245 SG ? ? D CYS 260 D CYS 267 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf23 disulf ? ? D CYS 457 SG ? ? ? 1_555 D CYS 487 SG ? ? D CYS 479 D CYS 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? ? disulf24 disulf ? ? D CYS 754 SG ? ? ? 1_555 D CYS 781 SG ? ? D CYS 776 D CYS 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? covale1 covale one ? A ASN 271 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? A ASN 293 E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 489 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? A ASN 511 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 568 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 590 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.471 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 618 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? A ASN 640 A NAG 913 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? B ASN 271 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? B ASN 293 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? B ASN 489 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? B ASN 511 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? B ASN 568 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? B ASN 590 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? B ASN 618 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? B ASN 640 B NAG 911 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.426 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? C ASN 271 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? C ASN 293 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.481 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? C ASN 489 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? C ASN 511 L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? C ASN 568 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? C ASN 590 M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.468 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? D ASN 271 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? D ASN 293 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? D ASN 489 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? D ASN 511 D NAG 908 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? D ASN 568 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? D ASN 590 O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.466 ? N-Glycosylation covale15 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.405 ? ? covale16 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E BMA . C1 ? ? E NAG 2 E BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? ? covale17 covale both ? E BMA . O3 ? ? ? 1_555 E MAN . C1 ? ? E BMA 3 E MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.462 ? ? covale18 covale both ? E BMA . O6 ? ? ? 1_555 E MAN . C1 ? ? E BMA 3 E MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.475 ? ? covale19 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? ? covale20 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale21 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale22 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H BMA . C1 ? ? H NAG 2 H BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale23 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? ? covale24 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? ? covale25 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale26 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K BMA . C1 ? ? K NAG 2 K BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.423 ? ? covale27 covale both ? K BMA . O3 ? ? ? 1_555 K MAN . C1 ? ? K BMA 3 K MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale28 covale both ? K BMA . O6 ? ? ? 1_555 K MAN . C1 ? ? K BMA 3 K MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.471 ? ? covale29 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? ? covale30 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L BMA . C1 ? ? L NAG 2 L BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale31 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? ? covale32 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? ? covale33 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N BMA . C1 ? ? N NAG 2 N BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? ? covale34 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 TYR 12 A . ? TYR 33 A PRO 13 A ? PRO 34 A 1 9.50 2 ASN 75 A . ? ASN 97 A PRO 76 A ? PRO 98 A 1 -5.65 3 SER 783 A . ? SER 805 A PRO 784 A ? 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D ARG 811 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero E 2 NAG 1 E NAG 1 A NAG 1080 n E 2 NAG 2 E NAG 2 A NAG 1081 n E 2 BMA 3 E BMA 3 A BMA 1082 n E 2 MAN 4 E MAN 4 A MAN 1084 n E 2 MAN 5 E MAN 5 A MAN 1083 n F 3 NAG 1 F NAG 1 A NAG 1140 n F 3 NAG 2 F NAG 2 A NAG 1141 n G 3 NAG 1 G NAG 1 A NAG 1170 n G 3 NAG 2 G NAG 2 A NAG 1171 n H 4 NAG 1 H NAG 1 B NAG 1080 n H 4 NAG 2 H NAG 2 B NAG 1081 n H 4 BMA 3 H BMA 3 B BMA 1082 n I 3 NAG 1 I NAG 1 B NAG 1140 n I 3 NAG 2 I NAG 2 B NAG 1141 n J 3 NAG 1 J NAG 1 B NAG 1170 n J 3 NAG 2 J NAG 2 B NAG 1171 n K 2 NAG 1 K NAG 1 C NAG 1080 n K 2 NAG 2 K NAG 2 C NAG 1081 n K 2 BMA 3 K BMA 3 C BMA 1082 n K 2 MAN 4 K MAN 4 C MAN 1084 n K 2 MAN 5 K MAN 5 C MAN 1083 n L 4 NAG 1 L NAG 1 C NAG 1140 n L 4 NAG 2 L NAG 2 C NAG 1141 n L 4 BMA 3 L BMA 3 C BMA 1142 n M 3 NAG 1 M NAG 1 C NAG 1170 n M 3 NAG 2 M NAG 2 C NAG 1171 n N 4 NAG 1 N NAG 1 D NAG 1080 n N 4 NAG 2 N NAG 2 D NAG 1081 n N 4 BMA 3 N BMA 3 D BMA 1082 n O 3 NAG 1 O NAG 1 D NAG 1170 n O 3 NAG 2 O NAG 2 D NAG 1171 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 2 oligosaccharide 3 oligosaccharide 4 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 2 'DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 2 'WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 2 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 3 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 3 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 3 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 7 4 DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 8 4 'WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 9 4 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 2 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 2 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 3 2 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 4 2 5 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 5 3 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 6 4 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 7 4 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 2 NAG 1 n 2 NAG 2 n 2 BMA 3 n 2 MAN 4 n 2 MAN 5 n 3 NAG 1 n 3 NAG 2 n 4 NAG 1 n 4 NAG 2 n 4 BMA 3 n # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 5 URIDINE URI 6 ;O-[(2R,3S,4R,5R)-5-(2-amino-6-oxo-3,6-dihydro-9H-purin-9-yl)-2-({[(S)-({(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-4-hydroxy-2-[(thiophosphonooxy)methyl]tetrahydrofuran-3-yl}oxy)(sulfanyl)phosphoryl]oxy}methyl)-4-hydroxytetrahydrofuran-3-yl] dihydrogen (S)-phosphorothioate ; 06S 7 ;1-[(2R,3aR,4R,6R,6aR)-2-hydroxy-6-(hydroxymethyl)-2-sulfidotetrahydrofuro[3,4-d][1,3,2]dioxaphosphol-4-yl]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione ; UPT 8 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose NAG #